Novel genetic susceptibility loci for diabetic end-stage renal disease identified through robust naive Bayes classification

Aims/hypothesis: Diabetic nephropathy is a major diabetic complication, and diabetes is the leading cause of end-stage renal disease (ESRD). Family studies suggest a hereditary component for diabetic nephropathy. However, only a few genes have been associated with diabetic nephropathy or ESRD in diabetic patients. Our aim was to detect novel genetic variants associated with diabetic nephropathy and ESRD. Methods: We exploited a novel algorithm, ‘Bag of Naive Bayes’, whose marker selection strategy is complementary to that of conventional genome-wide association models based on univariate association tests. The analysis was performed on a genome-wide association study of 3,464 patients with type 1 diabetes from the Finnish Diabetic Nephropathy (FinnDiane) Study and subsequently replicated with 4,263 type 1 diabetes patients from the Steno Diabetes Centre, the All Ireland-Warren 3-Genetics of Kidneys in Diabetes UK collection (UK–Republic of Ireland) and the Genetics of Kidneys in Diabetes US Study (GoKinD US). Results: Five genetic loci (WNT4/ZBTB40-rs12137135, RGMA/MCTP2-rs17709344, MAPRE1P2-rs1670754, SEMA6D/SLC24A5-rs12917114 and SIK1-rs2838302) were associated with ESRD in the FinnDiane study. An association between ESRD and rs17709344, tagging the previously identified rs12437854 and located between the RGMA and MCTP2 genes, was replicated in independent case–control cohorts. rs12917114 near SEMA6D was associated with ESRD in the replication cohorts under the genotypic model (p < 0.05), and rs12137135 upstream of WNT4 was associated with ESRD in Steno. Conclusions/interpretation: This study supports the previously identified findings on the RGMA/MCTP2 region and suggests novel susceptibility loci for ESRD. This highlights the importance of applying complementary statistical methods to detect novel genetic variants in diabetic nephropathy and, in general, in complex diseases.

Shared Services in Ireland

The global financial crisis has forced governments across the globe to seek new ways of achieving efficiencies and savings in running their state administrations. Prominent amongst the variety of approaches adopted is the concept of shared services, which purports to offer a means of consolidating common tasks, reducing duplication, and achieving greater value for money. Based on successful experiences in the private sector, the phenomenon of shared service centres (SSCs) as a new co-ordination practice is of particular interest. In this chapter, the use of shared services and SSCs in Ireland is considered.

Autism and ABA: The gulf between North America and Europe

Prevalence estimations for Autism Spectrum Disorder have been increasing over the past few years with rates now reported to be at 1:68. Interventions that are based on Applied Behaviour Analysis are significantly related to best outcomes and are widely considered ‘treatment as usual’ in North America. In Europe, this is not the case, instead a rather ill-defined ‘eclectic’ approach is widely promoted and in this paper we discuss some of the roots of this gulf between Europe and North America and correct some of the misconceptions that prevail about Applied Behaviour Analysis in Europe.

SORBS1 gene, a new candidate for diabetic nephropathy: results from a multi-stage genome-wide association study in patients with type 1 diabetes

Aims/hypothesis<p class="a-plus-plus">The genetic determinants of diabetic nephropathy remain poorly understood. We aimed to identify novel susceptibility genes for diabetic nephropathy.</p>Methods<p class="a-plus-plus">We performed a genome-wide association study using 1000 Genomes-based imputation to compare type 1 diabetic nephropathy cases with proteinuria and with or without renal failure with control patients who have had diabetes for more than 15 years and no evidence of renal disease.</p>Results<p class="a-plus-plus">None of the single nucleotide polymorphisms (SNPs) tested in a discovery cohort composed of 683 cases and 779 controls reached genome-wide statistical significance. The 46 top hits (<em class="a-plus-plus">p</em> &lt; 10<sup class="a-plus-plus">−5</sup>) were then sought for first-stage analysis in the Genetics of Kidneys in Diabetes US (US-GoKinD) study, an independent population of 820 cases and 885 controls. Two SNPs in strong linkage disequilibrium with each other and located in the <em class="a-plus-plus">SORBS1</em> gene were consistently and significantly (<em class="a-plus-plus">p</em> &lt; 10<sup class="a-plus-plus">−4</sup>) associated with diabetic nephropathy. The minor rs1326934-C allele was less frequent in cases than in controls (0.34 vs 0.43) and was associated with a decreased risk for diabetic nephropathy (OR 0.70; 95% CI 0.60, 0.82). However, this association was not observed in a second stage with two additional diabetic nephropathy cohorts, the All Ireland-Warren 3-Genetics of Kidneys in Diabetes UK and Republic of Ireland (UK-ROI; <em class="a-plus-plus">p</em> = 0.15) and the Finnish Diabetic Nephropathy (FinnDiane; <em class="a-plus-plus">p</em> = 0.44) studies, totalling 2,142 cases and 2,494 controls. Altogether, the random-effect meta-analysed rs1326934-C allele OR for diabetic nephropathy was 0.83 (95% CI 0.72, 0.96; <em class="a-plus-plus">p</em> = 0.009).</p>Conclusions/interpretation<p class="a-plus-plus">These data suggest that <em class="a-plus-plus">SORBS1</em> might be a gene involved in diabetic nephropathy.</p>

Factors influencing success of clinical genome sequencing across a broad spectrum of disorders

<p>To assess factors influencing the success of whole-genome sequencing for mainstream clinical diagnosis, we sequenced 217 individuals from 156 independent cases or families across a broad spectrum of disorders in whom previous screening had identified no pathogenic variants. We quantified the number of candidate variants identified using different strategies for variant calling, filtering, annotation and prioritization. We found that jointly calling variants across samples, filtering against both local and external databases, deploying multiple annotation tools and using familial transmission above biological plausibility contributed to accuracy. Overall, we identified disease-causing variants in 21% of cases, with the proportion increasing to 34% (23/68) for mendelian disorders and 57% (8/14) in family trios. We also discovered 32 potentially clinically actionable variants in 18 genes unrelated to the referral disorder, although only 4 were ultimately considered reportable. Our results demonstrate the value of genome sequencing for routine clinical diagnosis but also highlight many outstanding challenges.</p>

Lichenicidin biosynthesis and search for novel antibacterial peptides

A estirpe Bacillus licheniformis I89 possui a capacidade de produzir alguns compostos com actividade antibacteriana. No presente estudo, a separação desses compostos foi realizada através da aplicação de vários procedimentos, incluindo extracção em fase sólida e cromatografia liquida de alta pressão. Dois destes compostos bioactivos constituem o lantibiótico de classe II lichenicidina e são caracterizados pela massas molecular de 3250 Da (Bliα) e 3020 Da (Bliβ). O cluster responsável pela biossíntese da lichenicidina foi heterologamente expresso em Escherichia coli, constituindo a primeira descrição da produção de um lantibiótico totalmente in vivo num hospedeiro Gram-negativo. Este sistema foi subsequentemente explorado com o objectivo de relacionar cada proteína codificada no cluster genético da lichenicidina na produção dos péptidos Bliα e Bliβ. O desenvolvimento do sistema de trans complementação possibilitou a produção de variantes destes péptidos. A análise das massas moleculares destas variantes assim como a análise dos padrões de fragmentação obtidos por MS/MS permitiu a revisão de algumas das características estruturais previamente proposta para Bliα e Bliβ. A análise dos genes hipoteticamente envolvidos na protecção da estirpe produtora contra a acção antibiótica da lichenicidina revelou, que em E. coli, a sua ausência não resulta no aumento da susceptibilidade a este composto. Verificou-se também que a presença destes genes não é essencial para a produção de lichenicidina em E. coli. Foi também confirmado experimentalmente que a membrana externa da E. coli constitui uma barreira natural para a entrada dos péptidos na célula. De facto, uma das características intrigantes da produção de lichenicidina por uma bactéria de Gram negativo reside no mecanismo de transporte dos dois péptidos através da membrana externa. Neste estudo foi demonstrado que na ausência da proteína de membrana TolC, a massa molecular de Bliα e Bliβ não foi identificada no sobrenadante de E. coli, demonstrando assim que a sua presença no ambiente extra-celular não se devia a um processo de lise bacteriana. Foi ainda avaliada a capacidade da maquinaria biossintética da lichenicidina para produzir o lantibiótico haloduracina, através do processamento de chimeras lichenicidina-haloduracina, contudo, os resultados foram negativos. Verificou-se ainda que em determinadas condições de incubação, a diferenciação da morfologia original da estirpe B. licheniformis I89 pode ocorrer. Esta dissociação implicou a transição da colónia parental e rugosa para uma colónia de aparência mais simples e suave. Desta forma, as diferenças das duas morfologias em termos de taxa de crescimento, esporulação e actividade antibiótica foram investigadas. Considerando especificamente Bliα e Bliβ verificou-se que a abundância destes péptidos nas culturas do fenótipo fino é geralmente inferior aquela identificada nas culturas do fenótipo parental. Por último, a diversidade de elementos genéticos constituintes de péptido sintetases não ribossomais (NRPS) foi investigada em lagoas no centro de Portugal e em solos provenientes de caves do sul de Portugal, revelando a presença de potenciais novas NRPS nestes ambientes.

Mechanical cell lysis technique for plasmid recovery

Dissertação de Mestrado, Engenharia Biológica, Faculdade de Engenharia de Recursos Naturais, Universidade do Algarve, 2008

Construction et expérimentation d'un instrument d'observation de la compétence à travailler en équipe

La réforme du collégial a entraîné un changement pédagogique majeur : la mise en application de l'approche d'élaboration de programme par compétences (APC). En formation, le développement des compétences passe par trois voies obligées : développement intégral de la personne, développement intégré à un milieu et développement centré sur l'élève. Les dimensions cognitive et sociale du développement de la personne sont les deux dimensions dominantes mises de l'avant par notre milieu institutionnel et les milieux socioprofessionnels. Pour notre recherche, nous avons retenu la dimension sociale du développement de la personne et nous avons établi que cette dimension passe par le développement de la compétence à travailler en équipe. En plus d'être exigée tant par notre milieu institutionnel que par les milieux socioprofessionnels, elle représente une difficulté ou du moins un immense défi pour l'enseignement. Alors nous avons posé notre question de recherche : Est-ce que l'utilisation de l'apprentissage coopératif (AC) en tant que stratégie pédagogique favorise le développement de la compétence à travailler en équipe au secteur collégial technique?"--Résumé abrégé par UMI.

Le rapport au travail en collaboration du personnel enseignant d'écoles secondaires du Québec

Cette recherche a pour but de connaitre le rapport au travail en collaboration du personnel enseignant d'écoles secondaires du Québec. Ce rapport comporte deux dimensions, à savoir les représentations dont les dispositions à collaborer et les pratiques de collaboration. La recension des écrits soulève quatre types d'éléments qui sont mis en cause dans le travail en collaboration chez le personnel enseignant : des facteurs de contexte, entre autres, la réforme de l'éducation au Québec (1997-1998), les représentations du personnel enseignant au regard du travail en collaboration, des représentations au regard des pratiques d'enseignement, l'identité professionnelle des enseignantes et enseignants. Sur le plan méthodologique, cette étude s'inscrit dans le paradigme compréhensif, interprétatif. La cueillette des informations, par entrevues semi-structurées, a été réalisée auprès de trente-cinq enseignantes et enseignants issus de trois écoles de tailles différentes en 2006 et en 2007. Les résultats révèlent qu'une forte proportion du personnel interrogé montre des dispositions positives ou plutôt positives à la collaboration. Par ailleurs, un peu plus des trois quarts des participantes et participants ont des pratiques de collaboration très développées ou développées. Quant au rapport à la collaboration, une majorité des participantes et participants présente un rapport positif ou plutôt positif. Les résultats de notre recherche ont permis d'identifier quatre types de collaboratrices et de collaborateurs : la personne solitaire et individualiste, la collaboratrice ou le collaborateur occasionnel, la collaboratrice ou le collaborateur sélectif, la collaboratrice ou le collaborateur engagé. Plusieurs facteurs conditionnent le travail en collaboration et ils se regroupent en quatre catégories : les facteurs personnels, la relation, la production, la dimension organisationnelle et contextuelle. Les résultats de cette recherche contribuent à mieux connaître le rapport au travail en collaboration du personnel enseignant ainsi que ce qui influence la dynamique de collaboration.

Dimensions examinées par des novices en enseignement en adaptation scolaire en insertion professionnelle devant un problème éthique à l'école

Les novices en enseignement, particulièrement celles et ceux qui oeuvrent en adaptation scolaire, doivent composer avec de nombreux rôles dès leur entrée en milieu professionnel. Cette réalité multiplie les occasions de rencontrer des problèmes d'ordre éthique à l'école, soit des problèmes pour lesquels il n'existe pas de réponses ou de balises claires, qui exigent une prise de décisions et un choix d'actions qui doivent tenir compte de plusieurs éléments dont il faudra déterminer l'importance et, par conséquent, qui génèrent des conflits de valeurs. Être capable de résoudre un problème éthique implique au départ de développer la capacité à reconnaître les dimensions présentes à l'intérieur du problème. Nous avons dégagé quatre dimensions généralement présentes dans l'analyse d'un problème éthique: les personnes impliquées, les valeurs en jeu, les principes de conduite professionnelle appropriée et le cadre professionnel.Les personnes impliquées, puisque les professionnelles et professionnels sont amenés à anticiper les conséquences de leurs actions sur le bien-être des personnes concernées.Les valeurs en jeu, soit les structures internes sur lesquelles chaque individu se réfère spontanément, que ce soit des valeurs acquises durant l'enfance, dans l'expérience personnelle ou dans l'expérience professionnelle.Les principes de conduite professionnelle appropriée qui sont adoptés à titre de références par les membres de la communauté enseignante. Finalement, le cadre professionnel, car l'enseignante et l'enseignant s'inscrivent dans un cadre qui repose sur des lois et des normes des milieux. L'objectif de cette recherche a été de mettre en évidence les dimensions examinées par des enseignantes et des enseignants en adaptation scolaire en insertion professionnelle lorsqu'ils sont devant un problème éthique à l'école. La méthodologie utilisée était de nature qualitative et la cueillette de données a été effectuée par le moyen d'entrevues individuelles semi-dirigées.Les résultats obtenus à la suite de deux phases de collecte nous ont permis de mettre en évidence, entre autres, que certaines dimensions étaient examinées par les participantes de manière plus approfondie que d'autres devant des problèmes éthiques et dégager le sens accordé à chacune des dimensions par les participantes. Nous avons aussi analysé certaines préoccupations relatives à l'insertion professionnelle ayant émergé durant les entrevues.