Quebra da dormência da maciera (Malus domestica Borkh) em São Joaquim-SC

A macieira é uma fruteira de clima temperado que se caracteriza pelo fenômeno de dormência das gemas, necessitando de determinado número de horas de frio (< 7,2ºC) para abertura de gemas. No Brasil, São Joaquim-SC, é o local que apresenta as melhores condições climáticas para o cultivo desta espécie. Entretanto, não é correto afirmar que sempre apresenta horas de frio suficientes para satisfazer as exigências das cultivares. Foram desenvolvidos experimentos no ano 1998 e 1999, em microclimas específicos, que vão de 900 a 1400 metros de altitude, no município de São Joaquim -- SC, permitindo afirmar que apenas para a cultivar Gala, nos locais mais altos, acima de 1300 m, em anos acima de 2.300 unidades de frio, é dispensada a superação de dormência artificial.

Avaliação fenotípica de características de frutos em duas famílias de meios-irmãos de goiabeira-serrana (Acca sellowiana Berg.) de um pomar comercial em São Joaquim, SC

Frutos de um pomar comercial composto por progênies de duas plantas matrizes foram avaliados, com o objetivo de caracterizar a variabilidade fenotípica. As características peso de fruto, diâmetro e sólidos solúveis totais apresentaram diferenças estatísticas significativas entre as médias de famílias em pelo menos dois dos anos avaliados, enquanto para comprimento e rendimento de polpa a diferença não foi significativa. Houve diferença significativa entre médias de anos, dentro de cada família, para todas as características, com exceção das médias de peso de fruto entre 1998 e 1999 nas duas famílias e as médias de sólidos solúveis totais entre 1998 e 1999 em uma família e entre 1999 e 2000 na outra família. As correlações e regressões entre características produtivas mais relevantes foram obtidas entre peso de fruto e peso de casca, peso de fruto e comprimento, peso de fruto e diâmetro, peso de casca e comprimento, peso de casca e diâmetro e comprimento e diâmetro.

Variação fenotípica em plantas de duas famílias de meios-irmãos de goiabeira-serrana (Acca sellowiana Berg.) em um pomar comercial em São Joaquim-SC

A goiabeira-serrana (Acca sellowiana Berg.) é uma mirtácea nativa do planalto meridional brasileiro, com dispersão secundária no Uruguai, e produz um fruto de sabor único. Plantas de um pomar comercial composto por duas famílias de meios-irmãos (FMI1 e FMI2) foram avaliadas, com o objetivo principal de analisar a variabilidade fenotípica de várias características. As médias (± desvio-padrão) obtidas para as características avaliadas, no ano de 2000, foram: produtividade (29,2±35,0 e 55,1±53,4 frutos por planta); altura (2,2±0,7 m e 2,7±0,8 m); diâmetro de copa (1,9±0,7 m e 2,1±0,7 m); número de ramificações a 20 cm do solo (2,4±1,5 e 1,6±1,2) e distância entre o estigma e as anteras na flor (0,5±0,2 cm e 0,2±0,2 cm), para as plantas da FMI1 e da FMI2, respectivamente. As avaliações revelaram diferenças estatisticamente significativas entre as duas famílias para as características avaliadas, com exceção de diâmetro de copa. As correlações entre características vegetativas não foram estatisticamente significativas, com exceção da correlação entre a altura e a distância entre estigma e anteras (r=-0,53) para a FMI1, no ano de 2000. As regressões não foram significativas, com exceção da regressão entre altura e produtividade na FMI1, em 1998, e entre a produtividade e a distância entre estigma e anteras na FMI2, em 2000. Porém, todas apresentaram coeficientes de determinação inferiores a 0,15.

Adubação de crescimento de macieira Cv. Catarina sobre porta-enxerto marubakaido em São Joaquim-SC

O vigor vegetativo e a capacidade produtiva da macieira são dependentes da adubação de crescimento ou de formação, a qual se baseia no fornecimento de N. A macieira cultivar Catarina, selecionada como resistente à sarna, tem-se mostrado promissora para as regiões de maior altitude do Sul do Brasil, mas, por tratar-se de uma cultivar nova, ainda não existem recomendações de adubação para a formação inicial das plantas. Por essa razão, conduziu-se um experimento com o objetivo de estabelecer a dose de N capaz de equilibrar o vigor vegetativo com a capacidade produtiva da planta. O experimento foi instalado num pomar estabelecido de macieira cultivar Catarina, enxertada sobre o porta-enxerto Marubakaido, implantado em 1998, num solo raso originário de rochas magmáticas ácidas, no município de São Joaquim. O solo (Neossolo) havia sido corrigido quanto ao pH e teores de fósforo e de potássio, de acordo com as recomendações para macieira. Avaliaram-se as doses de N: zero; 25; 50 e 100 kg ha-1 (soma de três aplicações anuais a partir do ano subseqüente ao plantio, na projeção da copa das plantas). As parcelas foram formadas por oito plantas em blocos ao acaso e oito repetições. O crescimento dos ramos do ano das plantas, o número de esporões e brindilas não foram afetados pelas doses de N. Todavia, conjeturou-se que a adubação nitrogenada, nos anos anteriores, afetou a nutrição das gemas florais, dado o aumento significativo no número de frutos no primeiro ciclo de produção das plantas.

A novel source for miR-21 expression through the alternative polyadenylation of VMP1 gene transcripts

miR-21 is the most commonly over-expressed microRNA (miRNA) in cancer and a proven oncogene. Hsa-miR-21 is located on chromosome 17q23.2, immediately downstream of the vacuole membrane protein-1 (VMP1) gene, also known as TMEM49. VMP1 transcripts initiate ∼130 kb upstream of miR-21, are spliced, and polyadenylated only a few hundred base pairs upstream of the miR-21 hairpin. On the other hand, primary miR-21 transcripts (pri-miR-21) originate within the last introns of VMP1, but bypass VMP1 polyadenylation signals to include the miR-21 hairpin. Here, we report that VMP1 transcripts can also bypass these polyadenylation signals to include miR-21, thus providing a novel and independently regulated source of miR-21, termed VMP1–miR-21. Northern blotting, gene-specific RT-PCR, RNA pull-down and DNA branching assays support that VMP1–miR-21 is expressed at significant levels in a number of cancer cell lines and that it is processed by the Microprocessor complex to produce mature miR-21. VMP1 and pri-miR-21 are induced by common stimuli, such as phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA) and androgens, but show differential responses to some stimuli such as epigenetic modifying agents. Collectively, these results indicate that miR-21 is a unique miRNA capable of being regulated by alternative polyadenylation and two independent gene promoters.

miR-143 Interferes with ERK5 Signaling, and Abrogates Prostate Cancer Progression in Mice

Abstract Background: Micro RNAs are small, non-coding, single-stranded RNAs that negatively regulate gene expression at the post-transcriptional level. Since miR-143 was found to be down-regulated in prostate cancer cells, we wanted to analyze its expression in human prostate cancer, and test the ability of miR-43 to arrest prostate cancer cell growth in vitro and in vivo. Results: Expression of miR-143 was analyzed in human prostate cancers by quantitative PCR, and by in situ hybridization. miR-143 was introduced in cancer cells in vivo by electroporation. Bioinformatics analysis and luciferase-based assays were used to determine miR-143 targets. We show in this study that miR-143 levels are inversely correlated with advanced stages of prostate cancer. Rescue of miR-143 expression in cancer cells results in the arrest of cell proliferation and the abrogation of tumor growth in mice. Furthermore, we show that the effects of miR-143 are mediated, at least in part by the inhibition of extracellular signal-regulated kinase-5 (ERK5) activity. We show here that ERK5 is a miR-143 target in prostate cancer. Conclusions: miR-143 is as a new target for prostate cancer treatment.

Contribution of Intronic miR-338-3p and Its Hosting Gene AATK to Compensatory β-Cell Mass Expansion.

The elucidation of the mechanisms directing β-cell mass regeneration and maintenance is of interest, because the deficit of β-cell mass contributes to diabetes onset and progression. We previously found that the level of the microRNA (miRNA) miR-338-3p is decreased in pancreatic islets from rodent models displaying insulin resistance and compensatory β-cell mass expansion, including pregnant rats, diet-induced obese mice, and db/db mice. Transfection of rat islet cells with oligonucleotides that specifically block miR-338-3p activity increased the fraction of proliferating β-cells in vitro and promoted survival under proapoptotic conditions without affecting the capacity of β-cells to release insulin in response to glucose. Here, we evaluated the role of miR-338-3p in vivo by injecting mice with an adeno-associated viral vector permitting specific sequestration of this miRNA in β-cells. We found that the adeno-associated viral construct increased the fraction of proliferating β-cells confirming the data obtained in vitro. miR-338-3p is generated from an intron of the gene coding for apoptosis-associated tyrosine kinase (AATK). Similarly to miR-338-3p, we found that AATK is down-regulated in rat and human islets and INS832/13 β-cells in the presence of the cAMP-raising agents exendin-4, estradiol, and a G-protein-coupled Receptor 30 agonist. Moreover, AATK expression is reduced in islets of insulin resistant animal models and selective silencing of AATK in INS832/13 cells by RNA interference promoted β-cell proliferation. The results point to a coordinated reduction of miR-338-3p and AATK under insulin resistance conditions and provide evidence for a cooperative action of the miRNA and its hosting gene in compensatory β-cell mass expansion.

Fluxos de radiação solar global em vinhedos de altitude de São Joaquim-SC

O presente trabalho teve como objetivo avaliar e quantificar a partição de energia solar em cultivos de videira (Vitis vinifera L.) em São Joaquim-SC. Consideraram-se três diferentes posicionamentos dos sensores de radiação solar global: voltados para leste, oeste e no topo do dossel. Observou-se que, em plantas de videira conduzidas em espaldeira e posicionadas no sentido norte-sul, o ciclo diurno de radiação solar global apresentou características diferentes entre as faces leste e oeste do dossel, tanto em relação à disponibilidade, quanto à intensidade de radiação. Verificou-se que é em torno das 10 h que ocorre a maior disponibilidade de radiação solar na face leste (363W.m-2) e na face oeste ocorre próximo das 16 h (290W.m-2). A máxima disponibilidade de radiação solar global no topo do dossel é registrada próximo das 13 h (612W.m-2). Cerca de 30% a 40% da radiação solar global incidente está disponível nas faces leste e oeste do dossel, com valor superior para a face o leste. Na região de estudo, observou-se maior disponibilidade de radiação solar global nos meses de novembro e dezembro, período que correspondeu ao maior crescimento dos ramos da videira.

COMPARAÇÃO ENTRE AS REGIÕES VITÍCOLAS DE SÃO JOAQUIM – SC, BRASIL E SAN MICHELE ALL’ADIGE – TN, ITÁLIA

A fenologia da videira, a produtividade das plantas e a qualidade da uva apresentam forte relação com os fatores ambientais. O objetivo deste trabalho foi comparar as regiões vitícolas de altitude elevada de Santa Catarina com a região de San Michele All’Adige localizada na Itália. Para os estudos, utilizou-se dos dados da Estação Experimental de São Joaquim - EPAGRI (28°16’30,08”S, 49°56’09,34”O, altitude 1.400 m), localizada em São Joaquim e do Istituto Agrario di San Michele All’Adige – Fondazione Edmund Mach46°11’41,46”N, 11°08’04,41”L, altitude 223 m), localizado na Província de Trento. A variedade avaliada foi a Rebo, para a qual foram determinados osprincipais estádios fenológicos e calculada a exigência térmica através dos graus-dia, temperaturas média, máxima, mínima, amplitude, precipitação, umidade relativa do ar, insolação e radiação solar global. No momento da colheita, foi avaliado o desempenho agronômico da variedade Rebo. Em São Joaquim, o ciclo da variedade Rebo é mais longo, o acúmulo térmico é menor, a precipitação pluviométrica e a radiação solar global acumulada são maiores do que em San Michele All’Adige. As temperaturas mais baixas e a menor insolação durante a floração-mudança de cor das bagas são os principais fatores climáticos relacionados com as menores produtividades das plantas. Em São Joaquim, as baixas temperaturas e as elevadas taxas de radiação solar global na maturação contribuem de maneira positiva na formação dos compostos fenólicos, mas dificultam a degradação dos ácidos da variedade Rebo.

A highly expressed miR-101 isomiR is a functional silencing small RNA

Background MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding regulatory RNAs that control gene expression usually producing translational repression and gene silencing. High-throughput sequencing technologies have revealed heterogeneity at length and sequence level for the majority of mature miRNAs (IsomiRs). Most isomiRs can be explained by variability in either Dicer1 or Drosha cleavage during miRNA biogenesis at 5" or 3" of the miRNA (trimming variants). Although isomiRs have been described in different tissues and organisms, their functional validation as modulators of gene expression remains elusive. Here we have characterized the expression and function of a highly abundant miR-101 5"-trimming variant (5"-isomiR-101). Results The analysis of small RNA sequencing data in several human tissues and cell lines indicates that 5"-isomiR-101 is ubiquitously detected and a highly abundant, especially in the brain. 5"- isomiR-101 was found in Ago-2 immunocomplexes and complementary approaches showed that 5"-isomiR-101 interacted with different members of the silencing (RISC) complex. In addition, 5"-isomiR-101 decreased the expression of five validated miR-101 targets, suggesting that it is a functional variant. Both the binding to RISC members and the degree of silencing were less efficient for 5"-isomiR-101 compared with miR-101. For some targets, both miR-101 and 5"-isomiR-101 significantly decreased protein expression with no changes in the respective mRNA levels. Although a high number of overlapping predicted targets suggest similar targeted biological pathways, a correlation analysis of the expression profiles of miR-101 variants and predicted mRNA targets in human brains at different ages, suggest specific functions for miR-101- and 5"-isomiR-101. Conclusions These results suggest that isomiRs are functional variants and further indicate that for a given miRNA, the different isomiRs may contribute to the overall effect as quantitative and qualitative fine-tuners of gene expression.

Identification and prospective validation of clinically relevant chronic obstructive pulmonary disease (COPD) subtypes.

Background Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is increasingly considered a heterogeneous condition. It was hypothesised that COPD, as currently defined, includes different clinically relevant subtypes. Methods To identify and validate COPD subtypes, 342 subjects hospitalised for the first time because of a COPD exacerbation were recruited. Three months after discharge, when clinically stable, symptoms and quality of life, lung function, exercise capacity, nutritional status, biomarkers of systemic and bronchial inflammation, sputum microbiology, CT of the thorax and echocardiography were assessed. COPD groups were identified by partitioning cluster analysis and validated prospectively against cause-specific hospitalisations and all-cause mortality during a 4 year follow-up. Results Three COPD groups were identified: group 1 (n ¼ 126, 67 years) was characterised by severe airflow limitation (postbronchodilator forced expiratory volume in 1 s (FEV 1 ) 38% predicted) and worse performance in most of the respiratory domains of the disease; group 2 (n ¼ 125, 69 years) showed milder airflow limitation (FEV 1 63% predicted); and group 3 (n ¼ 91, 67 years) combined a similarly milder airflow limitation (FEV 1 58% predicted) with a high proportion of obesity, cardiovascular disorders, iabetes and systemic inflammation. During follow-up, group 1 had more frequent hospitalisations due to COPD (HR 3.28, p < 0.001) and higher all-cause mortality (HR 2.36, p ¼ 0.018) than the other two groups, whereas group 3 had more admissions due to cardiovascular disease (HR 2.87, p ¼ 0.014). Conclusions In patients with COPD recruited at their first hospitalisation, three different COPD subtypes were identified and prospectively validated:"severe respiratory COPD","moderate respiratory COPD", and"systemic COPD'

Mir-21-Sox2 Axis Delineates Glioblastoma Subtypes with Prognostic Impact.

UNLABELLED: Glioblastoma (GBM) is the most aggressive human brain tumor. Although several molecular subtypes of GBM are recognized, a robust molecular prognostic marker has yet to be identified. Here, we report that the stemness regulator Sox2 is a new, clinically important target of microRNA-21 (miR-21) in GBM, with implications for prognosis. Using the MiR-21-Sox2 regulatory axis, approximately half of all GBM tumors present in the Cancer Genome Atlas (TCGA) and in-house patient databases can be mathematically classified into high miR-21/low Sox2 (Class A) or low miR-21/high Sox2 (Class B) subtypes. This classification reflects phenotypically and molecularly distinct characteristics and is not captured by existing classifications. Supporting the distinct nature of the subtypes, gene set enrichment analysis of the TCGA dataset predicted that Class A and Class B tumors were significantly involved in immune/inflammatory response and in chromosome organization and nervous system development, respectively. Patients with Class B tumors had longer overall survival than those with Class A tumors. Analysis of both databases indicated that the Class A/Class B classification is a better predictor of patient survival than currently used parameters. Further, manipulation of MiR-21-Sox2 levels in orthotopic mouse models supported the longer survival of the Class B subtype. The MiR-21-Sox2 association was also found in mouse neural stem cells and in the mouse brain at different developmental stages, suggesting a role in normal development. Therefore, this mechanism-based classification suggests the presence of two distinct populations of GBM patients with distinguishable phenotypic characteristics and clinical outcomes. SIGNIFICANCE STATEMENT: Molecular profiling-based classification of glioblastoma (GBM) into four subtypes has substantially increased our understanding of the biology of the disease and has pointed to the heterogeneous nature of GBM. However, this classification is not mechanism based and its prognostic value is limited. Here, we identify a new mechanism in GBM (the miR-21-Sox2 axis) that can classify ∼50% of patients into two subtypes with distinct molecular, radiological, and pathological characteristics. Importantly, this classification can predict patient survival better than the currently used parameters. Further, analysis of the miR-21-Sox2 relationship in mouse neural stem cells and in the mouse brain at different developmental stages indicates that miR-21 and Sox2 are predominantly expressed in mutually exclusive patterns, suggesting a role in normal neural development.

El examen MIR y su contenido en anatomía humana, bioestadística y epidemiología: evolución y accesibilidad para el opositor/a

Fundamentos: El examen MIR constituye actualmente el único medio de selección de candidatos para la formación de médicos especialistas en España. Consta de 260 preguntas (10 de ellas son de reserva) de las distintas asignaturas de la licenciatura de medicina. El presente estudio pretende describir la evolución de los contenidos en anatomía humana, bioestadístíca y epidemiología de las distintas convocatorias MIR realizadas desde 1982. Métodos: Se analizaron todos los exámenes MIR generales desde 1982 hasta 1996, incluidas las convocatorias específicas de medicina familiar y comunitaria desde 1995 a 1997. En cada examen, se identificaron los contenidos de todas las preguntas relacionadas con anatomía humana, bioestadistica y epidemiología, según una clasificación en categorías temáticas adaptada de los programas docentes de cada asignatura. El tratamiento estadístico consistió en el análisis descriptivo (tabulación y representación gráfica) de las categorías temáticas y de su accesibilidad para un hipotético opositor/a con unos determinados conocimientos. Resultados: El número de preguntas de cada una de dichas asignaturas no superó en ninguna convocatoria general el 4% del total de preguntas. Las categorías temáticas con mayor frecuencia de aparición fueron, en anatomía humana, extremidad superior e inferior; en bioestadística, probabilidad/pruebas diagnósticas, y epidemiología descriptiva para el caso de epidemiología. Un hipotético opositor/a que no se preparó ningún tema de anatomía humana, bioestadística o epidemiología tan sólo tuvo acceso, respectivamente, a 1, 6 o 3 de las 15 convocatorias generales MIR revisadas. Conclusiones: En el examen MIR, la presencia de contenidos de anatomía humana tiende a disminuir, mientras que los de bioestadística y epidemiología cobran mayor importancia. Un/a opositor/a que domine los conocimientos adquiridos durante su licenciatura tiene acceso temático a la totalidad de preguntas de dichas asignaturas.