QUADrATiC: scalable gene expression connectivity mapping for repurposing FDA-approved therapeutics

Background: Gene expression connectivity mapping has proven to be a powerful and flexible tool for research. Its application has been shown in a broad range of research topics, most commonly as a means of identifying potential small molecule compounds, which may be further investigated as candidates for repurposing to treat diseases. The public release of voluminous data from the Library of Integrated Cellular Signatures (LINCS) programme further enhanced the utilities and potentials of gene expression connectivity mapping in biomedicine. Results: We describe QUADrATiC (http://go.qub.ac.uk/QUADrATiC), a user-friendly tool for the exploration of gene expression connectivity on the subset of the LINCS data set corresponding to FDA-approved small molecule compounds. It enables the identification of compounds for repurposing therapeutic potentials. The software is designed to cope with the increased volume of data over existing tools, by taking advantage of multicore computing architectures to provide a scalable solution, which may be installed and operated on a range of computers, from laptops to servers. This scalability is provided by the use of the modern concurrent programming paradigm provided by the Akka framework. The QUADrATiC Graphical User Interface (GUI) has been developed using advanced Javascript frameworks, providing novel visualization capabilities for further analysis of connections. There is also a web services interface, allowing integration with other programs or scripts.Conclusions: QUADrATiC has been shown to provide an improvement over existing connectivity map software, in terms of scope (based on the LINCS data set), applicability (using FDA-approved compounds), usability and speed. It offers potential to biological researchers to analyze transcriptional data and generate potential therapeutics for focussed study in the lab. QUADrATiC represents a step change in the process of investigating gene expression connectivity and provides more biologically-relevant results than previous alternative solutions.

Projecto dum laboratório remoto para automação de processos industriais

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Monitorização via internet de processos industriais controlados com autómatos programáveis

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Estudo de Funcionalidades HTML5 para um Editor de Imagem na Internet

Hoje em dia existem múltiplas aplicações multimédia na Internet, sendo comum qualquer website apresentar mais de uma forma de visualização de informação além do texto como, por exemplo: imagens, áudio, vídeo e animação. Com aumento do consumo e utilização de Smartphone e Tablets, o volume de tráfego de internet móvel tem vindo a crescer rapidamente, bem como o acesso à internet através da televisão. As aplicações web-based ganham maior relevância devido à maior partilha ou consumo de conteúdos multimédia, com ou sem edição ou manipulação da mesma, através de redes sociais, como o Facebook. Neste documento é apresentado o estudo de alternativas HTML5 e a implementação duma aplicação web-based no âmbito do Mestrado de Engenharia Informática, ramo de Sistemas Gráficos e Multimédia, no Instituto Superior Engenharia do Porto (ISEP). A aplicação tem como objetivo a edição e manipulação de imagens, tanto em desktop como em dispositivos móveis, sendo este processo exclusivamente feito no lado do cliente, ou seja, no Browser do utilizador. O servidor é usado somente para o armazenamento da aplicação. Durante o desenvolvimento do projeto foi realizado um estudo de soluções de edição e manipulação de imagem existentes no mercado, com a respetiva análise de comparação e apresentadas tecnologias Web modernas como HTML5, CSS3 e JavaScript, que permitirão desenvolver o protótipo. Posteriormente, serão apresentadas, detalhadamente, as várias fases do desenvolvimento de um protótipo, desde a análise do sistema, à apresentação do protótipo e indicação das tecnologias utilizadas. Também serão apresentados os resultados dos inquéritos efetuados a um grupo de pessoas que testaram esse protótipo. Finalmente, descrever-se-á de forma mais exaustiva, a implementação e serão apontadas dificuldades encontradas ao longo do desenvolvimento, bem como indicadas futuras melhorias a introduzir.

Laboratório remoto de automação industrial (Lab-RAI)

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e Computadores

EWDY: uma plataforma online para planeamento de viagens

Trabalho de Projecto apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Novos Media e Práticas Web

CrowdProcess: design numa startup de computação distribuída

Este estágio, realizado na CrowdProcess, consistiu em integrar a equipa da empresa, trabalhando na área do Design de Comunicação, Web e Gráfico, integrado no Departamento de Comunicação da empresa. A CrowdProcess é uma plataforma de computação distribuída que utiliza o poder de processamento dos browsers ligados para correr tarefas de computação distribuída. Uma vez que se trata de um produto online, a maioria do trabalho desenvolvido diz respeito a design e desenvolvimento web e apenas uma pequena parte dedicada a design gráfico. O trabalho foi desenvolvido com as linguagens HTML, CSS e JavaScript. Foram tidos em consideração os princípios de Design, Usabilidade e Arquitectura de Informação, com principal foco na prototipagem dos vários objectos desenvolvidos.

Take Care4All: Gestor Pessoal para o Bem-Estar na Saúde, Exercício Físico e Alimentação

Este trabalho de Projecto consiste numa plataforma online que possibilita ao seu utilizador gerir simultaneamente a saúde, o exercício físico e o regime alimentar. A plataforma é uma ferramenta que ajuda a promover o bem-estar do indivíduo, porque auxilia a monitorizar a toma de medicação e a agendar consultas e/ou exames. Permite ainda identificar o exercício físico e a dieta adequada para o estado de saúde do utilizador, através do teste de aptidão física e das calculadoras de IMC, TMB e NCD. Para o desenvolvimento da plataforma foram considerados os princípios da usabilidade e acessibilidade heurística de Jacob Nielsen. O desenvolvimento do projecto assenta nas linguagens de Programação de HTML5, CSS3, PHP, MySQL, Javascript (JQuery) e na plataforma de RWD do Twitter-Bootstrap.

Analysis of temporal and spatial variations of forest. A case of study in notheastern Armenia

The forest has a crucial ecological role and the continuous forest loss can cause colossal effects on the environment. As Armenia is one of the low forest covered countries in the world, this problem is more critical. Continuous forest disturbances mainly caused by illegal logging started from the early 1990s had a huge damage on the forest ecosystem by decreasing the forest productivity and making more areas vulnerable to erosion. Another aspect of the Armenian forest is the lack of continuous monitoring and absence of accurate estimation of the level of cuts in some years. In order to have insight about the forest and the disturbances in the long period of time we used Landsat TM/ETM + images. Google Earth Engine JavaScript API was used, which is an online tool enabling the access and analysis of a great amount of satellite imagery. To overcome the data availability problem caused by the gap in the Landsat series in 1988- 1998, extensive cloud cover in the study area and the missing scan lines, we used pixel based compositing for the temporal window of leaf on vegetation (June-late September). Subsequently, pixel based linear regression analyses were performed. Vegetation indices derived from the 10 biannual composites for the years 1984-2014 were used for trend analysis. In order to derive the disturbances only in forests, forest cover layer was aggregated and the original composites were masked. It has been found, that around 23% of forests were disturbed during the study period.

WebGIS applied to improve spatial knowledge of high school students

This research seeks to design and implement a WebGIS application allowing high school students to work with information related to the disciplinary competencies of the competency-teaching model, in Mexico. This paradigm assumes knowledge to be acquired through the application of new technologies and to link it with everyday life situations of students. The WebGIS provides access to maps regarding natural risks in Mexico, e.g. volcanism, seismic activities, or hurricanes; the prototype's user interface was designed with special emphasis on scholar needs for high school students.

Système de listes de vérification interactives du niveau de conformité des maquettes avec les recommandations des fabricants de plateformes mobiles

L'ensemble de mon travail a été réalisé grâce a l'utilisation de logiciel libre.

Instant Storyboarding

This thesis aims at empowering software customers with a tool to build software tests them selves, based on a gradual refinement of natural language scenarios into executable visual test models. The process is divided in five steps: 1. First, a natural language parser is used to extract a graph of grammatical relations from the textual scenario descriptions. 2. The resulting graph is transformed into an informal story pattern by interpreting structurization rules based on Fujaba Story Diagrams. 3. While the informal story pattern can already be used by humans the diagram still lacks technical details, especially type information. To add them, a recommender based framework uses web sites and other resources to generate formalization rules. 4. As a preparation for the code generation the classes derived for formal story patterns are aligned across all story steps, substituting a class diagram. 5. Finally, a headless version of Fujaba is used to generate an executable JUnit test. The graph transformations used in the browser application are specified in a textual domain specific language and visualized as story pattern. Last but not least, only the heavyweight parsing (step 1) and code generation (step 5) are executed on the server side. All graph transformation steps (2, 3 and 4) are executed in the browser by an interpreter written in JavaScript/GWT. This result paves the way for online collaboration between global teams of software customers, IT business analysts and software developers.

OpenLayers

En este ultimo año y medio el mundo del Web Mapping ha visto nacer y crecer una comunidad muy activa alrededor de OpenLayers, una librería en Javascript para la publicación de mapas en el web. En este artículo se muestran las rutinas y herramientas para la creación de una aplicación de Web Mapping con OpenLayers. OpenLayers ofrece muchas herramientas con las que añadir al mapa, capas raster desde servicios WMS o desde servicios propietarios como los de Google Maps. Ademas, cuenta con una nueva librería de dibujo vectorial con lo que veremos como relacionarse con el editing online. En conclusión, vamos a evaluar el futuro de OpenLayers con las nuevas funciones y soporte a formatos con los que se esta trabajando

Desarrollo de una geoplataforma cibertaxonómica europea

Desde hace unos años se han tomado iniciativas muy importantes para facilitar la inserción de información biológica georeferenciada en bases de datos accesibles al público en general, mediante estándares para el intercambio de información en la red (TDWG; http://www.tdwg.org/). La iniciativa mundial más importante orientada a la digitalización y difusión de datos sobre la diversidad biológica es GBIF (http://www.gbif.org/) la cual ha logrado compilar más de 180 millones de registros provenientes de más de 500 colecciones repartidas por todo el mundo. Sin embargo, desafortunadamente, la calidad y representatividad espacial y taxonómica de esta información impide su utilización generalizada con fines aplicados. Desde el MNCN (CSIC), estamos comenzando a desarrollar una serie de herramientas dentro del proyecto EDIT (http://www.e-taxonomy.eu/) a fin de proporcionar aplicaciones capaces de visualizar y evaluar la calidad de la información biológica georeferenciada a la comunidad de taxónomos europea. El desarrollo creciente de técnicas de modelización capaces de extrapolar la distribución de los organismos a partir de datos fragmentarios, requiere de aplicaciones que permitan un estudio previo de la información de partida para: i) estimar las unidades espaciales con inventarios relativamente fiables, ii) representar su ubicación y iii) localizar espacialmente el conjunto mínimo de unidades espaciales que garantice una cobertura ambiental adecuada de los datos a modelizar. La ausencia de aplicaciones web asequibles y de fácil manejo ha motivado el desarrollo de este proyecto. Hasta el presente esta disponible una plataforma para descarga libre de capas de información geográfica -unidades espaciales y variables ambientales-, y una herramienta de visualización basada en la librería javascript de MapBuilder, que toma datos de PostGIS a través del servidor de mapas GeoServer (http://edit.csic.es). En un futuro cercano pretendemos aprovechar la posibilidad que nos proporciona PostGIS para realizar el análisis espacial (punto-en-polígono) “al vuelo”, plasmándose dichos resultados en la generación de mapas temáticos