Amplification efficiency: linking baseline and bias in the analysis of quantitative PCR data.

Despite the central role of quantitative PCR (qPCR) in the quantification of mRNA transcripts, most analyses of qPCR data are still delegated to the software that comes with the qPCR apparatus. This is especially true for the handling of the fluorescence baseline. This article shows that baseline estimation errors are directly reflected in the observed PCR efficiency values and are thus propagated exponentially in the estimated starting concentrations as well as 'fold-difference' results. Because of the unknown origin and kinetics of the baseline fluorescence, the fluorescence values monitored in the initial cycles of the PCR reaction cannot be used to estimate a useful baseline value. An algorithm that estimates the baseline by reconstructing the log-linear phase downward from the early plateau phase of the PCR reaction was developed and shown to lead to very reproducible PCR efficiency values. PCR efficiency values were determined per sample by fitting a regression line to a subset of data points in the log-linear phase. The variability, as well as the bias, in qPCR results was significantly reduced when the mean of these PCR efficiencies per amplicon was used in the calculation of an estimate of the starting concentration per sample.

Teste para avaliar a utilizacao do dispositivo de rega waterboxx na producao de tomate

O «Waterboxx» (WB), pode ser traduzido grosseiramente em português como «Caixa d’água». Consiste em um recipiente com uma parte aberta no meio através da qual duas mudas de plantas crescem. Nas regiões e período do ano onde há formação de orvalho à noite, a água é captada através das nervuras na tampa creme do recipiente e escorre através de dois tubos (Azuis) para a vasilha de cor verde que se comporta como reservatório de água. O mesmo está fechado hermeticamente contando com uma pré-tampa de cor preta no interior que evita a evaporação da água contida no reservatório Pieter Hoff, o holandês que inventou o WB, considera esta técnica como uma combinação de engenhosidade e simplicidade e, segundo ele o mesmo pode ser reutilizado durante vários anos. Na sequência da demonstração feita pela equipa da FICASE/FAO, estas mesmas instituições disponibilizaram ao INIDA dez (10) unidades completas de WB para teste em hortícolas. Desta forma, foram instaladas as dez unidades de waterboxx em três zonas agroclimáticas diferentes com objectivo de avaliar o comportamento e a produtividade de tomate nesse dispositivo de rega.

RNA/DNA co-analysis from blood stains--results of a second collaborative EDNAP exercise.

A second collaborative exercise on RNA/DNA co-analysis for body fluid identification and STR profiling was organized by the European DNA Profiling Group (EDNAP). Six human blood stains, two blood dilution series (5-0.001 μl blood) and, optionally, bona fide or mock casework samples of human or non-human origin were analyzed by the participating laboratories using a RNA/DNA co-extraction or solely RNA extraction method. Two novel mRNA multiplexes were used for the identification of blood: a highly sensitive duplex (HBA, HBB) and a moderately sensitive pentaplex (ALAS2, CD3G, ANK1, SPTB and PBGD). The laboratories used different chemistries and instrumentation. All of the 18 participating laboratories were able to successfully isolate and detect mRNA in dried blood stains. Thirteen laboratories simultaneously extracted RNA and DNA from individual stains and were able to utilize mRNA profiling to confirm the presence of blood and to obtain autosomal STR profiles from the blood stain donors. The positive identification of blood and good quality DNA profiles were also obtained from old and compromised casework samples. The method proved to be reproducible and sensitive using different analysis strategies. The results of this collaborative exercise involving a RNA/DNA co-extraction strategy support the potential use of an mRNA based system for the identification of blood in forensic casework that is compatible with current DNA analysis methodology.

Arthrogryposis multiplexa congenita: an epidemiologic study of nearly 9 million births in 24 EUROCAT registers.

OBJECTIVE: To examine the occurrence of arthrogryposis multiplex congenita (AMC) in Europe and to identify possible risk factors. STUDY DESIGN: Retrospective population-based epidemiological study using EUROCAT congenital anomaly registries. The study population included all cases of AMC (based on WHO ICD-9 or ICD-10 codes) that were livebirths (LB), fetal deaths (FD) from 20 weeks gestation and underwent termination of pregnancy for fetal anomaly (TOPFA), 1980-2006. RESULTS: Among 8.9 million births covered by 24 EUROCAT congenital anomaly registries, 757 AMC cases were reported. This gives a prevalence of 8.5 per 100,000. Five hundred and four (67%) AMC cases were LB, 199 (26%) cases were TOPFA, and FD occurred in 54 (7%) cases. First week survival status was known for 381 of the 504 LB (76%), of whom 87 (23%) died within the first week of life. Perinatal mortality associated with AMC was 32%. Two hundred and eighty-two (37%) cases had isolated AMC, 90 (12%) had additional syndrome or chromosomal anomalies and 385 (51%) had other major malformations. The same or similar anomaly was reported in 13% of siblings and in 12% of the mother's own family background. Information on prenatal testing was available for 521 cases of which 360 tested positive for a congenital anomaly, representing a sensitivity of 69%. Information on maternal illness before and during pregnancy and medication use in the first trimester was available for approximately a third of the mothers, of whom the vast majority reported no maternal illness or medication use. CONCLUSION: AMC is a rare occurrence, with a reported prevalence of 1:12,000. In this study, while information on potential risk factors such as maternal disease or maternal use of drugs was limited, they did not appear to be associated with the occurrence of AMC. AMC was lethal in a third of cases, either in utero or during the first week of life, although this may not be solely attributed to AMC as most cases had additional malformations.

Body condition score to predict the postpartum fertility of crossbred beef cows

The relationship between changes in body condition score (BCS) during the postpartum and fertility in beef cows suckling calves under extensive conditions were investigated. Cows were subjected to four BCS evaluations over the postpartum period, starting around one month after calving. In the second evaluation cows were treated with medroxy-progesterone acetate impregnated pessaries and received an injection of estradiol benzoate. At the third evaluation, pessaries were removed and calves were separated from the cows for 96 hours, during which time estrous was observed twice a day, and animals artificially inseminated 12 hours after detection. When calves returned to their dams, bulls were introduced until a 60-day mating period was reached. The distribution of BCS differed among calving groups and evaluations. Results indicated that only cows comprising a BCS 3 (1 to 5 scale) around the first month postpartum can be used in an artificial insemination program with possibilities of becoming pregnant. There was no statistical difference between the calving groups in pregnancy rate. The evolution of the BCS of the cows during postpartum can be used to adjust the start of the breeding season to coincide with the time of the year where herd pregnancy rates will be highest.

Subclinical thyroid dysfunction and fracture risk: a meta-analysis.

IMPORTANCE: Associations between subclinical thyroid dysfunction and fractures are unclear and clinical trials are lacking. OBJECTIVE: To assess the association of subclinical thyroid dysfunction with hip, nonspine, spine, or any fractures. DATA SOURCES AND STUDY SELECTION: The databases of MEDLINE and EMBASE (inception to March 26, 2015) were searched without language restrictions for prospective cohort studies with thyroid function data and subsequent fractures. DATA EXTRACTION: Individual participant data were obtained from 13 prospective cohorts in the United States, Europe, Australia, and Japan. Levels of thyroid function were defined as euthyroidism (thyroid-stimulating hormone [TSH], 0.45-4.49 mIU/L), subclinical hyperthyroidism (TSH <0.45 mIU/L), and subclinical hypothyroidism (TSH ≥4.50-19.99 mIU/L) with normal thyroxine concentrations. MAIN OUTCOME AND MEASURES: The primary outcome was hip fracture. Any fractures, nonspine fractures, and clinical spine fractures were secondary outcomes. RESULTS: Among 70,298 participants, 4092 (5.8%) had subclinical hypothyroidism and 2219 (3.2%) had subclinical hyperthyroidism. During 762,401 person-years of follow-up, hip fracture occurred in 2975 participants (4.6%; 12 studies), any fracture in 2528 participants (9.0%; 8 studies), nonspine fracture in 2018 participants (8.4%; 8 studies), and spine fracture in 296 participants (1.3%; 6 studies). In age- and sex-adjusted analyses, the hazard ratio (HR) for subclinical hyperthyroidism vs euthyroidism was 1.36 for hip fracture (95% CI, 1.13-1.64; 146 events in 2082 participants vs 2534 in 56,471); for any fracture, HR was 1.28 (95% CI, 1.06-1.53; 121 events in 888 participants vs 2203 in 25,901); for nonspine fracture, HR was 1.16 (95% CI, 0.95-1.41; 107 events in 946 participants vs 1745 in 21,722); and for spine fracture, HR was 1.51 (95% CI, 0.93-2.45; 17 events in 732 participants vs 255 in 20,328). Lower TSH was associated with higher fracture rates: for TSH of less than 0.10 mIU/L, HR was 1.61 for hip fracture (95% CI, 1.21-2.15; 47 events in 510 participants); for any fracture, HR was 1.98 (95% CI, 1.41-2.78; 44 events in 212 participants); for nonspine fracture, HR was 1.61 (95% CI, 0.96-2.71; 32 events in 185 participants); and for spine fracture, HR was 3.57 (95% CI, 1.88-6.78; 8 events in 162 participants). Risks were similar after adjustment for other fracture risk factors. Endogenous subclinical hyperthyroidism (excluding thyroid medication users) was associated with HRs of 1.52 (95% CI, 1.19-1.93) for hip fracture, 1.42 (95% CI, 1.16-1.74) for any fracture, and 1.74 (95% CI, 1.01-2.99) for spine fracture. No association was found between subclinical hypothyroidism and fracture risk. CONCLUSIONS AND RELEVANCE: Subclinical hyperthyroidism was associated with an increased risk of hip and other fractures, particularly among those with TSH levels of less than 0.10 mIU/L and those with endogenous subclinical hyperthyroidism. Further study is needed to determine whether treating subclinical hyperthyroidism can prevent fractures.

Comportamento da dose glandular versus contraste do objeto em mamografia: determinação de formalismo semi-empírico para diferentes combinações alvo-filtro

OBJETIVO: Verificar o efeito da mudança no contraste do objeto, tempo de exposição e dose de radiação quando diferentes espessuras de filtração de molibdênio (Mo) e ródio (Rh) são empregadas em mamógrafos. MATERIAIS E MÉTODOS: Realizaram-se medidas da exposição na entrada da pele com uma câmara de ionização para diferentes espessuras para os filtros de Mo e Rh. Para determinar a dose glandular média foi utilizado simulador de BR12 (50% tecido adiposo e 50% tecido glandular) de diferentes espessuras (4 cm e 8 cm). Energias na faixa de 24 kVp a 34 kVp foram empregadas e filmes Kodak MinR 2000 foram utilizados. RESULTADOS: Os resultados evidenciaram dados de contraste do objeto, dose glandular e tempo de exposição para diferentes espessuras de filtros adicionais e diferentes tensões. Esses dados indicaram aumento nos valores de contraste do objeto e tempo de exposição, com o aumento da espessura dos filtros. A dose glandular apresentou comportamento com diferentes tendências para cada caso analisado. Equações foram definidas para possibilitar a estimativa do contraste do objeto, dose glandular e tempo de exposição para os casos estudados. CONCLUSÃO: Os resultados possibilitaram a estimativa de equações que auxiliam na verificação do comportamento do contraste do objeto e da dose glandular para simuladores com espessura de 4 cm e 8 cm e para os filtros de Rh e Mo. Dessa forma, torna-se possível estimar a figura de mérito (razão entre o contraste do objeto e a dose glandular), podendo auxiliar na análise da relação risco-benefício dos casos estudados.

Desenvolvimento de um programa computacional para avaliar e controlar as características sensitométricas em processamento automático

OBJETIVO: Desenvolver um programa computacional para avaliar e controlar as características das curvas sensitométricas. MATERIAIS E MÉTODOS: Para o desenvolvimento do programa, foi elaborado um método de obtenção dos valores das características sensitométricas, de filmes de baixo e alto contraste, sem a necessidade da fixação de degraus de referência. RESULTADOS: O programa, denominado Sensito, foi implementado e testado utilizando dados sensitométricos de curvas características dos departamentos de radiologia convencional, hemodinâmica e mamografia. Ficou comprovada a possibilidade da análise das curvas sensitométricas destas áreas sem a necessidade de ajustes, dependentes dos usuários, e sem incorrer em desvios nos parâmetros sensitométricos avaliados e na variação destes. CONCLUSÃO: O programa possibilita a criação de um banco de dados de curvas sensitométricas para diferentes processadoras de uma instituição, gerando com facilidade as curvas sensitométrica e gama, de um registro, e os gráficos de constância das características sensitométricas avaliadas, fornecendo importante ferramenta para manter o controle sensitométrico.

Curvas de isodose no ar em uma sala de mamografia

OBJETIVO: O objetivo deste trabalho foi obter a distribuição da dose absorvida no ar numa sala de mamografia durante a simulação de um exame mamográfico, visando a reavaliar a necessidade do uso de barreiras de proteção radiológica nessas salas e a exposição das pacientes. MATERIAIS E MÉTODOS: Os dados da dose absorvida no ar foram coletados mediante simulação de exame mamográfico de um simulador de mama de BR12, em um equipamento Senograph 600T-Senix HF. Para tal, 158 pastilhas de CaSO4 foram distribuídas em malhas retangulares em torno do bucky, em três alturas distintas. RESULTADOS: O valor mais elevado da dose absorvida no ar, registrado no ponto central da superfície do simulador, centralizado no feixe primário, foi de 8,33 mGy, enquanto o menor valor registrado, devido exclusivamente ao espalhamento, foi de 0,008 mGy. CONCLUSÃO: Estes resultados indicam que o uso de blindagem adicional nas salas de mamografia pode não ser necessário na incidência crânio-caudal, desde que as distâncias consideradas neste trabalho sejam observadas. No entanto, eles enfatizam a necessidade de proteção da paciente.

Estudo comparativo da qualidade da imagem e do kerma, de entrada e de saída, em simulador de tórax utilizando sistemas analógico e digitalizado CR de aquisição de imagens

OBJETIVO: O processo de migração de sistemas analógicos para digitalizados, para aplicações diagnósticas, requer cuidados específicos, a fim de manter a qualidade das imagens e minimizar a dose no paciente. Este trabalho tem como objetivo analisar e comparar a qualidade da imagem e o kerma num simulador não antropomórfico de tórax gerados por sistemas analógicos e digitalizados CR. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram analisados a qualidade da imagem e o kerma, de entrada e saída, no simulador para dois equipamentos de raios X diferentes (Siemens e Emic), com diferentes sistemas de retificação de onda (12 pulsos e alta frequência). Ambos os sistemas (analógico e digitalizado) estavam sendo utilizados no mesmo local. Foram geradas imagens em filme e em image plates. RESULTADOS: Foi observado aumento na tensão e/ou na carga transportada pelo tubo de raios X quando houve a migração para o sistema CR, para manutenção das características diagnósticas da imagem. Isto resultou em aumento de kerma coletado. CONCLUSÃO: As maiores diferenças determinadas (aumento de dose e redução da qualidade da imagem) foram observadas no equipamento com retificação de onda de 12 pulsos e transdutor de imagem CR (image plates).

Estudo comparativo de dosimetria computacional entre modelos homogêneos e um modelo voxel em mamografia: uma discussão de aplicações em testes de constância e cálculo de dose glandular em pacientes

OBJETIVO: Comparar dados de dosimetria e fluência de fótons entre diferentes modelos de mama, discutindo as aplicações em testes de constância e estudos dosimétricos aplicados à mamografia. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram simulados diferentes modelos homogêneos e um modelo antropomórfico de mama tipo voxel, sendo contabilizadas: a dose total absorvida no modelo, a dose absorvida pelo tecido glandular/material equivalente, e a dose absorvida e a fluência de fótons em diferentes profundidades dos modelos. Uma câmara de ionização simulada coletou o kerma de entrada na pele. As combinações alvo-filtro estudadas foram Mo-30Mo e Mo-25Rh, para diferentes potenciais aceleradores de 26 kVp até 34 kVp. RESULTADOS: A dose glandular normalizada, comparada ao modelo voxel, resultou em diferenças entre -15% até -21% para RMI, -10% para PhantomMama e 10% para os modelos Barts e Keithley. A variação dos valores da camada semirredutora entre modelos foi geralmente inferior a 10% para todos os volumes sensíveis. CONCLUSÃO: Para avaliar a dose glandular normalizada e a dose glandular, em mamas médias, recomenda-se o modelo de Dance. Os modelos homogêneos devem ser utilizados para realizar testes de constância em dosimetria, mas eles não são indicados para estimar a dosimetria em pacientes reais

Avaliação dos diferentes métodos de medida de força de compressão em três equipamentos mamográficos diferentes

OBJETIVO: Verificar a concordância dos resultados apresentados por diferentes métodos de medida e as variações apresentadas na aplicação deles em diferentes equipamentos mamográficos. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram realizadas 10 medidas de força de compressão para cada método proposto em cada equipamento avaliado (Mammomat 3000-Siemens, Mammo Diagnostic UC-Philips e Alpha ST-GE), sendo avaliadas as diferenças entre esses equipamentos mamográficos para aplicação dos mesmos métodos de medida e as diferenças entre os métodos aplicados. RESULTADOS: Diferenças significativas foram observadas entre os resultados para os diferentes métodos propostos, sendo o valor medido com auxílio de "balança tipo de banheiro", o que subestimou o valor da força de compressão. Cada sistema de compressão mostrou diferentes respostas para os métodos propostos. CONCLUSÃO: Diferenças foram verificadas para os sistemas de compressão e métodos utilizados. Dessa forma, a escolha do modo de realização do teste de compressão torna-se importante para aceitação de equipamentos mamográficos, e a competência para a definição do método mais adequado e realista é do responsável técnico. Sugere-se que a medida de força de compressão seja realizada com auxílio de dinamômetro de extensão e não de compressão se não se conhece o funcionamento do sistema de compressão do mamógrafo.

Ferramenta computacional para avaliação de kerma no ar em aplicações de radioproteção em áreas de internação de pacientes: proposição de um método simples para avaliação experimental

OBJETIVO: Apresentar uma ferramenta de análise de dados que pode ser utilizada para proteção de pacientes e trabalhadores em áreas de uso de equipamentos móveis. MATERIAIS E MÉTODOS: Foi desenvolvida uma ferramenta, em planilha ativa Excel®, que utiliza medidas de exposição para gerar um banco de dados de fatores de forma e calcular o kerma no ar ao entorno de um leito. O banco de dados inicial foi coletado com três equipamentos móveis. Um espalhador não antropomórfico foi utilizado, sendo realizadas medidas de exposição em uma malha de (4,2 × 4,2) m², ao passo de 0,3 m. RESULTADOS: A ferramenta calcula o kerma no ar (associado à exposição de pacientes expostos e ao equivalente de dose ambiente) à radiação secundária. Para distâncias inferiores a 60,0 cm, valores acima do limite máximo de equivalente de dose ambiente definido para área livre (0,5 mSv/ano) foram verificados. Os dados coletados a 2,1 m foram sempre inferiores a 12% do referido limite. CONCLUSÃO: A ferramenta é capaz de auxiliar na proteção radiológica de pacientes e trabalhadores, quando associada à coleta de dados adequada, pois possibilita a determinação de áreas livres ao entorno de leitos em áreas onde equipamentos móveis geradores de radiação X são utilizados.

Separação cromatográfica quiral de anestésicos a partir de soluções diluídas e concentradas em escala preparativa

In this work the separation of the chiral anesthetic compounds ketamine and bupivacaine was development using two chiral stationary phases (CSP). Ketamine enantiomers were well separate in the polysaccharide-based CSP (microcrystalline cellulose triacetate - MCTA) while bupivacaine in the tartardiamide-based CSP (Kromasil CHI-TBB). In both cases, the effect of temperature was investigated under analytical conditions. An improvement in the separation performance with temperature was observed. Thermodynamic parameters were evaluated by the van't Hoff plot. We concluded that enthalpic effects controlled the retention in these chiral columns. The enantiomers of ketamine and bupivacaine were separated under overloaded conditions with a good performance.