Streptomyces herbaceus sp nov., Streptomyces incanus sp nov and Streptomyces pratens sp nov., isolated from the soil of a hay meadow

The taxonomic positions of three streptomycetes isolated from a soil sample from a hay meadow were determined using a polyphasic approach. The isolates had chemical and morphological properties typical of the genus Streptomyces and, in phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences, formed a distinct subclade that was most closely related to the Streptomyces prasinus subclade. DNA-DNA relatedness studies showed that the novel strains belonged to three different genomic species. The novel strains could be distinguished from one another and from the type strains of the species classified in the S. prasinus subclade using a combination of genotypic and phenotypic properties. On the basis of these data, it is proposed that the novel strains be assigned to the genus Streptomyces as Streptomyces herbaceus sp. nov., Streptomyces incanus sp. nov. and Streptomyces pratens sp. nov., with BK119(T) (=KACC 21001(T) =CGMCC 4.5797(T)), BK128(T) (=KACC 21002(T) =CGMCC 4.5799(T)) and BK138(T) (=KACC 20904(T) =CGMCC 4.5800(T)) as the respective type strains.

Amycolatopsis granulosa sp nov., Amycolatopsis ruanii sp nov and Amycolatopsis thermalba sp nov., thermophilic actinomycetes isolated from arid soils

The taxonomic positions of three thermophilic actinomycetes isolated from arid soil samples were established by using a polyphasic approach. The organisms had chemical and morphological features that were consistent with their classification in the genus Amycolatopsis. 16S rRNA gene sequence data supported the classification of the isolates in the genus Amycolatopsis and showed that they formed distinct branches in the Amycolatopsis methanolica subclade. DNA-DNA relatedness studies between the isolates and their phylogenetic neighbours showed that they belonged to distinct genomic species. The three isolates were readily distinguished from one another and from the type strains of species classified in the A. methanolica subclade based on a combination of phenotypic properties and by genomic fingerprinting. Consequently, it is proposed that the three isolates be classified in the genus Amycolatopsis as representatives of Amycolatopsis granulosa sp. nov. (type strain GY307(T)=NCIMB 14709(T)=NRRL B-24844(T)), Amycolatopsis ruanii sp. nov. (type strain NMG112(T)=NCIMB 14711(T)=NRRL B-24848(T)) and Amycolatopsis thermalba sp. nov. (type strain SF45(T)=NCIMB 14705(T)=NRRL B-24845(T)).

New microsatellite markers for garlic, Allium sativum (Alliaceae)

Premise of the study: A new set of microsatellite or simple sequence repeat (SSR) markers for garlic, an important medicinal spice, was developed to aid studies of genetic diversity and to define efficient strategies for germplasm conservation. Methods and Results: Using a (CT)(8)- and (GT)(8)-enriched library, a total of 16 SSR loci were developed and optimized in garlic. Ten loci were found to be polymorphic after screening 75 accessions. The parameters used to characterize the loci were observed and expected heterozygosity, number of alleles, Shannon Index, and polymorphism information content (PIC). A total of 44 alleles were identified, with an average of 4.4 alleles per loci. The vast majority of loci were moderate to highly informative according to PIC and the Shannon Index. Conclusion: The new SSR markers have the potential to be informative tools for genetic diversity, allele mining, mapping and associative studies, and in the management and conservation of garlic collections.

Cuticular Hydrocarbons Discriminate Distinct Colonies of Melipona marginata (Hymenoptera, Apinae, Meliponini)

The aim of the present study was to characterize the variation of the chemical profiles among workers in different colonies of the stingless bee Melipona marginata. We used gas chromatography and mass spectrometry (CG-MS) and multivariate analysis of the bees' chemical from three colonies of two localities in southeast Brazil. The results showed that cuticular hydrocarbon profiles clearly separated distinct colonies. We show here the importance of using the chemical analyses for characterization of colony membership, in addition of the traditional techniques of diversity analyses.

Analysis of Insect Cuticular Compounds by Non-lethal Solid Phase Micro Extraction with Styrene-Divinylbenzene Copolymers

Insect cuticular hydrocarbons including relatively non-volatile chemicals play important roles in cuticle protection and chemical communication. The conventional procedures for extracting cuticular compounds from insects require toxic solvents, or non-destructive techniques that do not allow storage of subsequent samples, such as the use of SPME fibers. In this study, we describe and tested a non-lethal process for extracting cuticular hydrocarbons with styrene-divinylbenzene copolymers, and illustrate the method with two species of bees and one species of beetle. The results demonstrate that these compounds can be efficiently trapped by ChromosorbA (R) (SUPELCO) and that this method can be used as an alternative to existing methods.

Shape differences rather than size differences between castes in the Neotropical swarm-founding wasp Metapolybia docilis (Hymenoptera: Vespidae, Epiponini)

Abstract Background Swarm-founding epiponine wasps are an intriguing group of social insects in which colonies are polygynic (several queens share reproduction) and differentiation between castes is often not obvious. However, caste differences in some may be more pronounced in later phases of the colony cycle. Results Using morphometric analyses and multivariate statistics, it was found that caste differences in Metapolybia docilis are slight but more distinct in latter stages of the colony cycle. Conclusions Because differences in body parts are so slight, it is proposed that such variation may be due to differential growth rates of body parts rather than to queens being larger in size, similar to other previously observed epiponines.

The gastric caeca of pentatomids as a house for actinomycetes

Abstract Background Microbes are extensively associated with insects, playing key roles in insect defense, nutrition and reproduction. Most of the associations reported involve Proteobacteria. Despite the fact that Actinobacteria associated with insects were shown to produce antibiotic barriers against pathogens to the hosts or to their food and nutrients, there are few studies focusing on their association with insects. Thus, we surveyed the Actinobacteria diversity on a specific region of the midgut of seven species of stinkbugs (Hemiptera: Pentatomidae) known to carry a diversity of symbiotically-associated Proteobacteria. Results A total of 34 phylotypes were placed in 11 different Actinobacteria families. Dichelops melacanthus held the highest diversity with six actinobacteria families represented by nine phylotypes. Thyanta perditor (n = 7), Edessa meditabunda (n = 5), Loxa deducta (n = 4) and Pellaea stictica (n = 3) were all associated with three families. Piezodorus guildini (n = 3) and Nezara viridula (n = 3) had the lowest diversity, being associated with two (Propionibacteriaceae and Mycobacteriaceae) and one (Streptomyceataceae) families, respectively. Corynebacteriaceae and Mycobacteriaceae were the most common families with phylotypes from three different insect species each one. Conclusions Many phylotypes shared a low 16S rRNA gene similarity with their closest type strains and formed new phyletic lines on the periphery of several genera. This is a strong indicative that stinkbug caeca can harbor new species of actinobacteria, which might be derived from specific associations with the species of stinkbugs studied. Although the well-known role of actinobacteria as a source of biomolecules, the ecological features of these symbionts on the stinkbugs biology remain unknown.

Le trasformazioni dello spazio urbano e delle pratiche di pianificazione. La Darsena di Ravenna come caso di studio.

Questa tesi propone una riflessione critica sulle pratiche della pianificazione urbanistica attraverso l’analisi di un significativo caso di studio, costituito dalla Darsena di Città a Ravenna. Questo approccio di ricerca è dal nostro punto di vista una conseguenza della difficoltà di governare le attuali problematiche di sviluppo dello spazio urbano attraverso gli strumenti tradizionali della pianificazione e dell’urbanistica. La tesi ha lo scopo di far emergere temi di dibattito attuale sulle aree di sviluppo urbano, in particolare la complessità dei compiti decisionali riguardanti aree oggetto di interventi di rigenerazione urbana. La definizione “area di sviluppo urbano” si pone come prodotto di un’attiva collaborazione tra Stato, mercato e società civile e costituisce dal nostro punto di vista una vera “questione sociale”. Prenderemo come riferimento il caso della Darsena di Città di Ravenna, oggetto della sperimentazione urbanistica degli ultimi trenta anni, sul quale diversi “stili” e strumenti di pianificazione si sono confrontati, nell’intento di guidare un processo di riqualificazione che ha portato ad oggi a risultati concreti assai limitati. Attraverso gli strumenti consultabili e un rapido sopralluogo infatti, possiamo intuire immediatamente come la realizzazione di interventi sull’area si limiti a casi localizzati come la riqualificazione della raffineria Almagià, la nuova sede dell’autorità portuale e l’ex molino Pineta, oltre agli interventi residenziali riconducibili all’edificio progettato dall’architetto Cino Zucchi e ai nuovi isolati attorno alla parte centrale di via Trieste. Le problematiche di fondo che hanno creato conflitti sono molte, dall’elevata divisione proprietaria alla cesura del comparto con il centro storico data dalla barriera ferroviaria, alla questione relativa al risanamento delle acque e dei suoli, solo per citare le più evidenti. Siamo quindi interessati a capire il problema dal punto di vista del processo di pianificazione per poi concentrare la nostra riflessione su possibili soluzioni che possano risolvere i conflitti che sembrano all’oggi non trovare una risposta condivisa. Per meglio comprendere come rapportarci al caso specifico si è cercato di analizzare alcuni aspetti teorici fondanti del “procedimento archetipico” di pianificazione urbana in contrapposizione con metodi di pianificazione “non convenzionali”. Come lo studio dei primi ci ha permesso di capire come si è arrivati all’attuale situazione di stallo nella trasformazione urbana della Darsena di Città, i secondi ci hanno aiutato a comprendere per quali ragioni i piani urbanistici di tipo “tradizionale” pensati per la Darsena di Città non sono stati portati a realizzazione. Consci che i fattori in gioco sono molteplici abbiamo deciso di affrontare questa tesi attraverso un approccio aperto al dialogo con le reali problematiche presenti sul territorio, credendo che la pianificazione debba relazionarsi con il contesto per essere in grado di proporre e finalizzare i suoi obiettivi. Conseguenza di questo è per noi il fatto che una sensibile metodologia di pianificazione debba confrontarsi sia con i processi istituzionali sia con le dinamiche e i valori socio-culturali locali. In generale gerarchie di potere e decisioni centralizzate tendono a prevalere su pratiche decisionali di tipo collaborativo; questa tesi si è proposta quindi l’obiettivo di ragionare sulle une e sulle altre in un contesto reale per raggiungere uno schema di pianificazione condiviso. La pianificazione urbanistica è da noi intesa come una previsione al futuro di pratiche di accordo e decisione finalizzate a raggiungere un obiettivo comune, da questo punto di vista il processo è parte essenziale della stessa pianificazione. Il tema è attuale in un contesto in cui l’urbanistica si è sempre confrontata in prevalenza con i temi della razionalizzazione della crescita, e con concetti da tempo in crisi che vanno oggi rimessi in discussione rispetto alle attuali istanze di trasformazione “sostenibile” delle città e dei territori. Potremmo riassumere le nostre riflessioni sull’urbanistica ed i nostri intenti rispetto al piano della Darsena di Città di Ravenna attraverso una definizione di Rem Koolhaas: l’urbanistica è la disciplina che genera potenziale, crea opportunità e causa eventi, mentre l’architettura è tradizionalmente la disciplina che manipola questo potenziale, sfrutta le possibilità e circoscrive. Il percorso di ragionamento descritto in questa tesi intende presentare attraverso alcune questioni significative l’evoluzione dello spazio urbano e delle pratiche di pianificazione, arrivando a formulare un “progetto tentativo” sul territorio della Darsena di Città.

La qualità del binario nelle linee AV/AC: studio dei dati rilevati dai treni diagnostici di RFI e analisi degli interventi manutentivi in previsione dell'aumento di velocità a 360 km/h.

Dal punto di vista geometrico, il tracciato delle linee AV/AC è determinato in funzione delle velocità di progetto, attualmente variabili tra 250 e 300 km/h, e in modo da limitare i parametri cinematici. In questa maniera è assicurata la corretta qualità di marcia dei treni ad alta velocità. La sovrastruttura ferroviaria è realizzata in modo da sopportare i carichi dinamici trasmessi dai convogli transitanti a elevate velocità, e da garantire la sicurezza della circolazione e il comfort di marcia. In particolare, la qualità del binario ferroviario è determinata attraverso una serie di parametri geometrici fondamentali, definiti da Rete Ferroviaria Italiana. A seconda dei valori assunti da tali parametri, il binario rientra in un livello di qualità geometrica: sono definiti tre livelli per i quali la circolazione ferroviaria avviene senza limitazioni e un livello che richiede l’imposizione di vincoli all’esercizio (rallentamenti o interruzioni). L’introduzione dei parametri geometrici e dei rispettivi valori di riferimento ha lo scopo di mantenere elevati livelli qualitativi e di sicurezza per l’infrastruttura ferroviaria, in materia di geometria dell’armamento. Infatti, il superamento di certe soglie da parte dei parametri, implica l’intervento manutentivo sul binario, al fine di ripristinare la corretta geometria e di garantire così la qualità della marcia dei treni. La politica è quella d’intervento prima del raggiungimento del quarto livello di qualità, per il quale sono necessarie restrizioni alla circolazione e interventi correttivi immediati.