A WXW Motif Is Required for the Anticancer Activity of the TAT-RasGAP317-326 Peptide.

TAT-RasGAP317-326, a cell-permeable 10-amino acid-long peptide derived from the N2 fragment of p120 Ras GTPase-activating protein (RasGAP), sensitizes tumor cells to apoptosis induced by various anticancer therapies. This RasGAP-derived peptide, by targeting the deleted in liver cancer-1 (DLC1) tumor suppressor, also hampers cell migration and invasion by promoting cell adherence and by inhibiting cell movement. Here, we systematically investigated the role of each amino acid within the RasGAP317-326 sequence for the anticancer activities of TAT-RasGAP317-326. We report here that the first three amino acids of this sequence, tryptophan, methionine, and tryptophan (WMW), are necessary and sufficient to sensitize cancer cells to cisplatin-induced apoptosis and to reduce cell migration. The WMW motif was found to be critical for the binding of fragment N2 to DLC1. These results define the interaction mode between the active anticancer sequence of RasGAP and DLC1. This knowledge will facilitate the design of small molecules bearing the tumor-sensitizing and antimetastatic activities of TAT-RasGAP317-326.

Patterns in space : a regional study of motif in Minoan wall painting

This thesis consists of a quantitative analysis of the regional prevalence of certain artistic motifs as they appear in Minoan wall painting of the Neopalatial period. This will help to establish the relative degree of artistic autonomy exercised by each of the sites included in this study. The results show that the argument for itinerant artists during this time period is a strong one, but the assumption that these travelling artists were being controlled by any one palace-centre is erroneous. Rather, the similarities and differences seen suggest that the choices were predicated either by the specific patrons, or by the function of the associated building or room. Thus, the motifs found within this study should be understood as constituting a cultural identity, with greater or lesser degrees of regional homogeneity, which act as one facet of a number of cultural indicators that can be used to better understand the role of artists and regional dynamics on the island during the Bronze Age.

A Multi-Objective Genetic Algorithm with Side Effect Machines for Motif Discovery

Understanding the machinery of gene regulation to control gene expression has been one of the main focuses of bioinformaticians for years. We use a multi-objective genetic algorithm to evolve a specialized version of side effect machines for degenerate motif discovery. We compare some suggested objectives for the motifs they find, test different multi-objective scoring schemes and probabilistic models for the background sequence models and report our results on a synthetic dataset and some biological benchmarking suites. We conclude with a comparison of our algorithm with some widely used motif discovery algorithms in the literature and suggest future directions for research in this area.

L'âge, un motif autorisé de discrimination? : étude critique des effets conjugués des articles 10 de la Charte des droits et libertés de la personne et 15 de la Charte canadienne des droits et libertés comme obstacles à la protection contre la discrimination fondée sur l'âge

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maître en droit (LL.M.)"

« Accommodements raisonnables » pour motif religieux : étude d’un débat public

Ce mémoire porte sur la polémique qui a eu lieu au Québec entre mars 2006 et décembre 2007 autour des pratiques d’« accommodements raisonnables » pour motif religieux. À partir d’une approche compréhensive et d’un cadre théorique propre à la sociologie des relations ethniques, il propose une analyse qualitative de lettres d’opinion publiées dans des quotidiens québécois. Une première analyse, thématique, a permis de constituer des registres argumentaires dans lesquels ont puisé les participants au débat public sur les « accommodements raisonnables » par le biais de lettres d’opinion. Une seconde analyse, comparative, a permis de construire des figures d’intervenants du débat public qui témoignent non seulement des forces idéologiques qui se sont affrontées dans le débat public, mais également de leur positionnement au croisement des axes saillants de la différenciation sociale dans cette polémique Les résultats de ces analyses suggèrent d’abord que la polémique résulte d’un conflit entre marqueurs identitaires devant servir au positionnement des frontières ethniques, et ensuite que la polémique des « accommodements raisonnables » a donné lieu à une reconfiguration des rapports ethniques au Québec, attribuable à la dissociation entre le conflit entre deux nations et celui sur les critères d’inclusion à la nation.

Le motif d’empaquetage le long du sillon: une nouvelle entité structurale récurrente dans les ARN ribosomiques

La plupart des molécules d’ARN doivent se replier en structure tertiaire complexe afin d’accomplir leurs fonctions biologiques. Cependant, les déterminants d’une chaîne de polynucléotides qui sont nécessaires à son repliement et à ses interactions avec d’autres éléments sont essentiellement inconnus. L’établissement des relations structure-fonction dans les grandes molécules d’ARN passe inévitablement par l’analyse de chaque élément de leur structure de façon individuelle et en contexte avec d’autres éléments. À l’image d’une construction d’immeuble, une structure d’ARN est composée d’unités répétitives assemblées de façon spécifique. Les motifs récurrents d’ARN sont des arrangements de nucléotides retrouvés à différents endroits d’une structure tertiaire et possèdent des conformations identiques ou très similaires. Ainsi, une des étapes nécessaires à la compréhension de la structure et de la fonction des molécules d’ARN consiste à identifier de façon systématique les motifs récurrents et d’en effectuer une analyse comparative afin d’établir la séquence consensus. L’analyse de tous les cas d’empaquetage de doubles hélices dans la structure du ribosome a permis l’identification d’un nouvel arrangement nommé motif d’empaquetage le long du sillon (AGPM) (along-groove packing motif). Ce motif est retrouvé à 14 endroits dans la structure du ribosome de même qu’entre l’ARN ribosomique 23S et les molécules d’ARN de transfert liées aux sites ribosomaux P et E. Le motif se forme par l’empaquetage de deux doubles hélices via leur sillon mineur. Le squelette sucre-phosphate d’une hélice voyage le long du sillon mineur de l’autre hélice et vice versa. Dans chacune des hélices, la région de contact comprend quatre paires de bases. L’empaquetage le plus serré est retrouvé au centre de l’arrangement où l’on retrouve souvent une paire de bases GU dans une hélice interagissant avec une paire de bases Watson-Crick (WC) dans l’autre hélice. Même si la présence des paires de bases centrales GU versus WC au centre du motif augmente sa stabilité, d’autres alternatives existent pour différents représentants du motif. L’analyse comparative de trois librairies combinatoires de gènes d’AGPM, où les paires de bases centrales ont été variées de manière complètement aléatoire, a montré que le contexte structural influence l’étendue de la variabilité des séquences de nucléotides formant les paires de bases centrales. Le fait que l’identité des paires de bases centrales puisse varier suggérait la présence d’autres déterminants responsables au maintien de l’intégrité du motif. L’analyse de tous les contacts entre les hélices a révélé qu’en dehors du centre du motif, les interactions entre les squelettes sucre-phosphate s’effectuent via trois contacts ribose-ribose. Pour chacun de ces contacts, les riboses des nucléotides qui interagissent ensemble doivent adopter des positions particulières afin d’éviter qu’ils entrent en collision. Nous montrons que la position de ces riboses est modulée par des conformations spécifiques des paires de bases auxquelles ils appartiennent. Finalement, un autre motif récurrent identifié à l’intérieur même de la structure de trois cas d’AGPM a été nommé « adenosine-wedge ». Son analyse a révélé que ce dernier est lui-même composé d’un autre arrangement, nommé motif triangle-NAG (NAG-triangle). Nous montrons que le motif « adenosine-wedge » représente un arrangement complexe d’ARN composé de quatre éléments répétitifs, c’est-à-dire des motifs AGPM, « hook-turn », « A-minor » et triangle-NAG. Ceci illustre clairement l’arrangement hiérarchique des structures d’ARN qui peut aussi être observé pour d’autres motifs d’ARN. D’un point de vue plus global, mes résultats enrichissent notre compréhension générale du rôle des différents types d’interactions tertiaires dans la formation des molécules d’ARN complexes.

Mortuaires suivi de La mort-vivance comme motif d'écriture dans Aurélia de Gérard de Nerval

Dans Mortuaires, une pièce de théâtre en fragments, deux soeurs se rencontrent dans une chambre d'hôtel; Jiji, la plus vieille, vient de retrouver les cendres de leur mère, morte dix ans auparavant; elle voudrait enterrer l'urne définitivement, alors que la plus jeune, Ge, tient à la garder près d'elle. Ce sera l'occasion pour les soeurs de faire valoir leur propre désir et de célébrer la morte, de reprendre contact avec ce qui reste d'elle dans leur mémoire. Le texte se présente sous forme de mini-scènes sans continuité, bien qu’étant toutes reliées, comme un dialogue interrompu, une cérémonie rejouant la mise en pièces du corps. La fragmentation de la mémoire constitue le projet esthétique de la pièce, dont le ressort dramatique tourne autour du souvenir endeuillé et du corps mort. La mort-vivance comme motif d'écriture dans « Aurélia » de Gérard de Nerval est un essai portant sur le rapport qu'entretient Nerval avec les morts dans le récit, ceux-ci constituant son moteur d'écriture. Au moyen de théories telles que la psychanalyse (Freud, Jackson), la sociologie (Muray) et la théorie de la lecture (Picard), il sera démontré que Nerval, dans Aurélia, se fait spirite en faisant revenir les morts au moyen du rêve. L'écriture se pose comme un lieu de rencontre entre les vivants et les morts, un espace dans lequel chacun doit se faire mort-vivant pour aller retrouver l'autre. Les frontières se brouillent et il devient difficile pour Nerval, ainsi que pour le lecteur, de distinguer le rêve de la réalité.

Le motif du voile dans Sordidissimes de Pascal Quignard

Les trois paradigmes majeurs à partir desquels s’oriente l’analyse du voile dans Sordidissimes de Pascal Quignard sont les vêtements et la nudité, les « sordes » et le linceul, la toile et le regard. C’est à l’aide de l’analyse thématique et de la psychanalyse que la relation du voile au corps, à la mort et à l’art, est interprétée. Ce que l’on souhaite mettre en évidence est que le voile tient lieu de l’ambivalence. Il se trouve perpétuellement tendu par la volonté du sujet qui l’utilise tour à tour pour recouvrir ou révéler l’objet de ses désirs ou de ses peurs. Le voile incarne ainsi la frontière d’où s’origine la fascination, qu’elle soit morbide ou sexuelle.

Le motif du "domaine" : espace d'une subjectivité dans Les vies frontalières et Rabatteurs d'étoiles de Rachel Leclerc

Ce mémoire cherche à dévoiler le mode d’habitation singulier que développe le sujet poétique dans Les vies frontalières et Rabatteur d’étoiles de Rachel Leclerc par l’intermédiaire de l’analyse du motif du « domaine », récurrent dans les deux œuvres. Il s’agira donc de clarifier ce à quoi fait référence ce motif particulier en dégageant les différentes structures le sous-tendant et en tentant d’observer comment son élaboration se fait en parallèle étroit avec celle de la subjectivité des recueils de Leclerc. Ainsi, les trois premiers chapitres du présent ouvrage s’attardent à expliciter l’importance de la structure d’horizon, terme emprunté à Michel Collot, pour saisir la façon unique dont le sujet poétique perçoit l’espace, la temporalité et sa propre subjectivité. Le quatrième chapitre est quant à lui consacré à ce qu’on peut qualifier de structure du chemin, qui vient recouper et enrichir celle de l’horizon. Le croisement de ces deux lignes trace enfin l’espace du domaine et dessine une sorte de T qui supporte l’entreprise poétique dans son ensemble.

Analyse génétique moléculaire du gène de la voie non-canonique Frizzled/Dishevelled PRICKLE1 dans les anomalies du tube neural chez l’humain

La voie de la polarité planaire cellulaire (PCP), aussi connue sous le nom de la voie non-canonique du Frizzled/Dishevelled, contrôle le processus morphogénétique de l'extension convergente (CE) qui est essentiel pour la gastrulation et la formation du tube neural pendant l'embryogenèse. La signalisation du PCP a été récemment associée avec des anomalies du tube neural (ATN) dans des modèles animaux et chez l'humain. Prickle1 est une protéine centrale de la voie PCP, exprimée dans la ligne primitive et le mésoderme pendant l'embryogenèse de la souris. La perte ou le gain de fonction de Prickle1 mène à des mouvements de CE fautifs chez le poisson zèbre et la grenouille. PRICKLE1 interagit directement avec deux autres membres de la voie PCP, Dishevelled et Strabismus/Vang. Dans notre étude, nous avons investigué le rôle de PRICKLE1 dans l'étiologie des ATN dans une cohorte de 810 patients par le re-séquençage de son cadre de lecture et des jonctions exon-intron. Le potentiel pathogénique des mutations ainsi identifiées a été évalué par des méthodes bioinformatiques, suivi par une validation fonctionnelle in vivo dans un système poisson zèbre. Nous avons identifié dans notre cohorte un total de 9 nouvelles mutations dont sept: p.Ile69Thr, p.Asn81His, p.Thr275Met, p.Arg682Cys et p.Ser739Phe, p.Val550Met et p.Asp771Asn qui affectent des acides aminés conservés. Ces mutations ont été prédites in silico d’affecter la fonction de la protéine et sont absentes dans une large cohorte de contrôles de même origine ethnique. La co-injection de ces variantes avec le gène prickle1a de type sauvage chez l’embryon de poisson zèbre a démontré qu’une mutation, p.Arg682Cys, modifie dans un sens négatif le phénotype du défaut de la CE produit par pk1 de type sauvage. Notre étude démontre que PK1 peut agir comme facteur prédisposant pour les ATN chez l’humain et élargit encore plus nos connaissances sur le rôle des gènes de la PCP dans la pathogenèse de ces malformations.

Synthèse et utilisation de composés à motif gem-diiodé

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

De la guivre au crapaud : l'analyse du motif merveilleux du baiser désenchanteur à la bête, dans le roman médiéval et dans le conte

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal