宁康霉素产生菌海洋地衣芽孢杆菌BAC-9912的诱变育种

宁康霉素(Nincomycin)产生菌BAC-9912经紫外线单因子和亚硝基胍化学试剂诱变后,获得两株高产菌株9912-7-2U(UV处理获得)和9912-2U-32N(NTG处理获得),其摇瓶效价分别为176.464×105u·L-1和217.808×105u·L-1。比出发菌株效价分别提高126.9%和180.0%。连续传代摇瓶效价稳定。初步建立了形态观察法和琼脂块大通量法两种初筛模型。

利用比较染色体涂色和BAC定位技术探讨麂属动物染色体的起源和演化

比较细胞遗传学研究发现物种的形成过程往往伴随着核型结构的变化，各种鹿属动物染色体的巨大差异正是很好的例证'赤魔的染色体被证明是由具有端着丝粒的祖先染色体经过多次的串联融合进化而来的。根据祖先染色体的形态和连接方式，可以将染色体串联融合主要分为三类：着丝粒一着丝粒融合，着丝粒一端粒融合和端粒一端粒融合。经典细胞遗传学，比较染色体涂色，卫星DNA序列和部分融合位点序列比较研究都支持串联融合假说。但串联融合的类型和分子机制迄今没有完全弄清楚。本论文旨在对魔属动物的串联融合类型和分子机制进行研究，分为两个部分：一、通过比较染色体涂色的方法，建立小鹿一林察一大额牛的比较染色体图谱，结合以前发表的结果来阐明鹿科（小魔）与牛科（大额牛），寮科（林磨）之间的核型关系；二、建立赤鹿的全基因组BAc文库，通过克隆定位的方法确立在赤魔的染色体进化过程中所发生的串联融合类型，并对其机制进行探讨。主要结果如下：利用小鹿的染色体特异探针与林寮，大额牛的染色体进行杂交，首次建立了小鹿一大额牛，小魔一林察的核型对比关系。结果显示小鹿的1-5、11号染色体均与林集和大额牛的多段染色体同源。结合高分辨的G带比较，发现小魔1-5和11号染色体上的与林爵和大额牛对应的所有同源片断在小鹿染色体上呈着丝粒一端粒连接排列。从而进一步证明小鹿的1-5和11号染色体是由2n=70的祖先核型通过染色体的着丝粒一端粒串联融合方式进化而来的。建立了我国第一个赤魔全基因组BAC文库，该文库由124800个克隆组成。大部分插入片段的大小在100-145kb之间，片段的平均大小为12＜0kb。克隆定位显示克隆的分布与小鹿染色体大小成正比关系，说明整个文库没有染色体的偏倚，文库为整个基因组的6倍，覆盖率几乎为100％。通过赤鹿BAC克隆在小魔和赤鹿染色体上的精确定位，使我们得以准确判断小鹿染色体在赤鹿染色体同源片段上的连接方式，并确定串联融合的类型。结果进一步支持赤鹿的核型是由一个2n=70祖先核型通过着丝粒一端粒的融合方式进化而来的。

Construction and characterization of two bacterial artificial chromosome libraries of Zhikong scallop, Chlamys farreri Jones et Preston, and identification of BAC clones containing the genes involved in its innate immune system

Large-insert bacterial artificial chromosome (BAC) libraries are necessary for advanced genetics and genomics research. To facilitate gene cloning and characterization, genome analysis, and physical mapping of scallop, two BAC libraries were constructed from nuclear DNA of Zhikong scallop, Chlamys farreri Jones et Preston. The libraries were constructed in the BamHI and MboI sites of the vector pECBAC1, respectively. The BamHI library consists of 73,728 clones, and approximately 99% of the clones contain scallop nuclear DNA inserts with an average size of 110 kb, covering 8.0x haploid genome equivalents. Similarly, the MboI library consists of 7680 clones, with an average insert of 145 kb and no insert-empty clones, thus providing a genome coverage of 1.1x. The combined libraries collectively contain a total of 81,408 BAC clones arrayed in 212 384-well microtiter plates, representing 9.1x haploid genome equivalents and having a probability of greater than 99% of discovering at least one positive clone with a single-copy sequence. High-density clone filters prepared from a subset of the two libraries were screened with nine pairs of Overgos designed from the cDNA or DNA sequences of six genes involved in the innate immune system of mollusks. Positive clones were identified for every gene, with an average of 5.3 BAC clones per gene probe. These results suggest that the two scallop BAC libraries provide useful tools for gene cloning, genome physical mapping, and large-scale sequencing in the species.

扇贝、对虾基因组BAC文库构建及其重要功能基因的初步筛选和分析

基因组大片段BAC文库是进行生物遗传学和基因组学研究必不可少的基础工具。为了深入开展栉孔扇贝（Chlamys farreri）和凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）基因组学研究、阐明其基因组的结构与功能、图位克隆重要功能基因、构建高密度物理图谱并最终实现与已有遗传连锁图的整合，本研究在植物基因组BAC文库构建技术的基础上，针对海洋生物的特点进行了大胆的改革与尝试，最终成功构建了C. ferrari和L. vannamei两种重要海水养殖动物的基因组BAC文库。 本文构建的栉孔扇贝基因组BAC文库，由BamHI文库和MboI文库构成。其中BamHI文库含有73,728个BAC克隆，空载率约为1%，平均插入片段约为110 kb，覆盖栉孔扇贝单倍体基因组约8倍；MboI文库共有7,680个克隆组成，平均插入片段大小约为145 kb，插入率为100%，覆盖栉孔扇贝单倍体基因组约1.1倍。两个栉孔扇贝基因组BAC文库共由81,408个克隆组成，平均插入片段约为113 kb，覆盖率约为栉孔扇贝单倍体基因组大小的9.1倍。 将栉孔扇贝基因组BAC文库的192个384微孔培养板中的73,728个BAC克隆以4 x 4点阵形式制备了高密度DNA薄膜，用于对感兴趣的基因及DNA序列的筛选。高密度DNA薄膜的覆盖率约为栉孔扇贝单倍体基因组的8.3倍。针对栉孔扇贝先天免疫系统通路的6个重要功能基因，根据栉孔扇贝cDNA序列以及异缘物种DNA序列设计了Overgo探针。利用Overgo探针对高密度DNA薄膜杂交筛选的结果显示，平均每个基因检测到7.3个潜在阳性克隆。 本研究所构建的凡纳滨对虾基因组HindIII酶切BAC文库共有102,528个BAC克隆，存放于267个384微孔培养板中，平均插入片段大小约为101 kb，空载率约为5%，覆盖L. vannamei单倍体基因组约5倍。将其中240个384微孔培养板中的92,160个BAC克隆以4 x 4的矩阵排列形式制作了5张高密度凡纳滨对虾DNA薄膜，约覆盖整个对虾单倍体基因组的4.5倍。针对6个与对虾免疫、生殖生理有关的重要功能基因设计了Overgo探针，杂交筛选出20个阳性克隆，平均每个基因有3.3个潜在阳性克隆。 以上筛选结果不仅为进一步研究这些功能基因的结构与功能、表达与调控，揭示它们在扇贝和对虾以及其他近缘种的免疫系统、抗逆和生殖生理过程中的作用机理打下了基础，同时也间接验证了栉孔扇贝和凡纳滨对虾基因组BAC文库将成为基因筛选、基因的结构与功能分析、基因图位克隆、物理图谱构建以及大规模全基因组测序等方面的有力工具。

Caracterização dos solos em duas toposseqüências sobre diferentes litologias em áreas altimontanas na Serra da Mantiqueira.

Estudo de solos em duas toposseqüências em áreas de preservação ambiental na Serra da Mantiqueira, a primeira localizada no Parque Estadual do Ibitipoca, município de Lima Duarte, MG e a segunda localizada na RPPN do Matutú, município de Aiuruoca, MG.

A viticultura para vinhos finos e espumantes na Região da Serra Gaúcha, Brasil: topônimos e distribuição geográfica.

1995

Cultivares de Ameixeira para a Serra Gaúcha.

Cultivares de ameixeira para Serra Gaúcha.

Cultivares de pessegueiro e nectarineira para a Serra Gaúcha.

Cultivares de pessegueiro e nectarina.

Recomendações de fertilizantes e corretivos para a cultura da videira na Serra Gaúcha (safra 2002/2003).

2002

Taxa fotossintética e acúmulo de matéria seca e nutrientes em videiras jovens na Serra Gaúcha cultivadas em solos com excesso de cobre.

2007

Pulverizações foliares de cálcio em pessegueiros cultivados na Serra Gaúcha do Rio Grande do Sul e alterações no teor de nutrientes na folha, no fruto e rendimento.

2007

Pulverizações foliares de nitrogênio em videiras cultivadas na Serra Gaúcha do Rio Grande do Sul e alterações no seu teor na folha e nas reservas nitrogenadas e de carbonatos nas gemas dos ramos do ano.

2007

Doenças do pessegueiro na Região da Serra Gaúcha

2005

Caracterização micrometeorológica de vinhedos cultivados sob cobertura plástica na Serra Gaúcha.

Alterações microclimáticas em vinhedos, provocadas pelo uso de cobertura plástica, interferem na fisiologia das plantas e na incidência de doenças fúngicas em videiras. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da cobertura plástica no microclima de vinhedos, em particular na qualidade da radiação solar. O experimento foi conduzido nos ciclos 2005/06 e 2006/07, em Flores da Cunha, Rio Grande do Sul (RS), em um vinhedo de ?Moscato Giallo? conduzido em Y, com cobertura plástica impermeável (160 mm) sobre 12 fileiras com 35 m, deixando-se cinco fileiras sem cobertura (controle). Em ambas as áreas, avaliou-se o microclima quanto à temperatura do ar, umidade relativa do ar, radiação fotossinteticamente ativa e velocidade do vento, próximo ao dossel vegetativo e aos cachos. Medições contínuas foram efetuadas utilizando sensores e sistemas automáticos de aquisição de dados. Alterações na qualidade da radiação solar incidente sobre o dossel vegetativo, no espectro de 300 a 750 nm, foram avaliadas por meio de medições durante cinco dias, com espectroradiômetro. A cobertura plástica impermeável à água sobre as fileiras das plantas aumentou a temperatura do ar e diminuiu a radiação fotossinteticamente ativa e a velocidade do vento. A cobertura interferiu na qualidade da radiação solar incidente, principalmente reduzindo a irradiância na faixa do ultravioleta e a razão entre a radiação nas faixas do vermelho e vermelho-distante.