Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.

Inferencia bayesiana sobre los parámetros de dispersión genéticos y ambientales en modelos animales con efectos maternos

Los modelos 'modelos animales con efectos maternos' (MAM) son modelos lineales mixtos que se utilizan para ajustar registros de caracteres bajo la influencia de efectos maternos. Uno de los desafíos más importantes en el marco de los MAM es la estimación de los parámetros de dispersión o 'componentes de (co) varianza' (CVC). En esta tesis se introducen desde una perspectiva bayesiana contribuciones teóricas y metodológicas con relación a la estimación de CVC para MAM sujetos a estructuras de covarianza novedosas. En primer lugar, se describe una implementación del análisis bayesiano jerárquico vía el algoritmo del muestreo de Gibbs. Luego, se considera una especificación conjugada diferente para la distribución a priori de la matriz de covarianza genética, basada en la distribución Wishart invertida generalizada, y se presenta una estrategia para determinar los correspondientes hiperparámetros. Esta estrategia fue comparada contra otras especificaciones a priori mediante un estudio de simulación estocástica, y produjo estimaciones precisas de los parámetros genéticos, con menores errores estándares y mejor tasa de convergencia. En segundo lugar, se presenta una formulación alternativa del MAM que incluye un parámetro de correlación ambiental entre pares de observaciones madre-progenie, y se desarrolla un procedimiento de estimación basado en un algoritmo de muestreo por grilla. El procedimiento fue programado y ejecutado exitosamente, y se obtuvo la primera estimación del parámetro de correlación con datos de campo para peso al destete en bovinos de carne. Por último, se considera el problema de la estimación de CVC en una población multirracial, donde en general es necesario especificar una estructura de covarianza heterogénea para los valores de cría. En particular, se demuestra que el modelo basado en la descomposición de la matriz de covarianza genética es equivalente al que deriva de la teoría genética cuantitativa. Además, se extiende el modelo para incluir efectos maternos y se describe la implementación de un análisis bayesiano jerárquico con el objetivo de estimar los CVC. El procedimiento fue implementado con éxito en datos experimentales de peso al destete y se obtuvieron por primera vez estimaciones para el conjunto completo de CVC.

Modelos animales para caracteres con efectos maternos, madres no identificadas e información incompleta

La evaluación genética para caracteres de crecimiento pre - destete requiere ajustar modelos animales con efectos maternos (MAM). Tanto la estimación paramétrica de la variabilidad como la evaluación genética mediante MAM son realizadas empleando datos de campo, muchos de los cuales no poseen información completa para todas las variables explicativas maternas. Es común no contar con la identificación de madres (biológicas y/o receptoras), de abuelas maternas y, consecuentemente, de la edad de la madre (EM). Este problema es bien marcado en razas compuestas como Brangus y Braford que tienen políticas para registrar animales de pedigrí "abierto". Además, no existe un consenso sobre cuál es el mejor modelo de predicción, y existen interrogantes sobre la magnitud de los componentes de (co) varianza genético-aditivos y ambientales del modelo de evaluación. La primera investigación de esta tesis consistió en la estimación, mediante métodos bayesianos de los parámetros de dispersión en MAMs con distintas estructuras de (co) varianza, para datos de peso al destete de animales Angus de pedigrí. El análisis se caracterizó por la originalidad en los muestreos de las distribuciones marginales posteriores de las covarianzas genéticas aditivas y de la correlación entre los efectos ambientales maternos permanentes de una vaca y sus hijas también madres. Con el objeto de especificar correctamente la fracción aditiva de las (co) varianzas cuando se desconocen las madres y/o abuelas maternas de los animales con datos, en otro capítulo se desarrollaron MAMs equivalentes que no requieren alargar los vectores de los valores de cría con madres o abuelas fantasmas. Finalmente, se desarrolló un modelo mixto que atenúa el sesgo por error de medición clásico en el efecto EM, e introduce splines penalizadas y una estructura de (co) variación autoregresiva de orden 1 para suavizar las covarianzas residuales Este modelo es apropiado para ajustar datos de animales nacidos por transplante embrionario con madres receptoras desconocidas

Crecimiento compensatorio en juveniles de la langosta de agua dulce pinzas rojas Cherax quadricarinatus (Decapoda, Parastacidae) y sus aplicaciones al cultivo

Un adecuado manejo alimenticio es determinante en el éxito en la acuicultura, dado que el consumo de alimentos influye directamente en el crecimiento y en la conversión alimenticia de los organismos. En una producción semi-intensiva e intensiva, los costos de alimentación representan hasta el 80 por ciento del total y por esta razón un manejo alimenticio alternativo al habitualmente empleado (alimentación diaria) puede ser una estrategia viable para reducir dichos costos. Explorar el crecimiento compensatorio en los organismos después de una reducción en la cantidad de alimento suministrado es una herramienta que puede ser utilizada para dicho fin. Los juveniles tempranos de la langosta de agua dulce Cherax quadricarinatus presentaron la capacidad de compensar tanto un moderado como prolongado periodo de restricción alimenticia (alimentación intermitente)y los mecanismos involucrados fueron la hiperfagia y la mayor conversión alimenticia. La recuperación del crecimiento fue total o parcial, dependiendo de la extensión del periodo de alimentación diaria post-restricción (periodo de recuperación). La aplicación de un período de recuperación fue imprescindible para inducir la capacidad compensatoria en esta especie. De los factores que modulan el crecimiento compensatorio, se observó que las dietas altamente proteicas no afectan dicha capacidad, así como las tres temperaturas ensayadas (inferior a la óptima, óptima y superior a la óptima, para el crecimiento de la especie). La talla tampoco afectó dicha capacidad, pero, influye en la severidad de la respuesta del periodo restricción y consecuentemente en el tiempo de recuperación. La restricción no causó severas alteraciones en la estructura, composición bioquímica y actividad de las enzimas digestivas de la glándula digestiva, lo que refleja que estos juveniles no presentarían deficiencias nutricionales. La alta supervivencia observada en los juveniles que compensan es otro indicador de que tanto la restricción alimenticia como la propia compensación no causan posteriores daños en el organismos.

Estudio del sistema de agronegocios del jabalí en Argentina : antecedentes y situación actual desde la perspectiva de los negocios agroalimentarios

La carne de jabalí es apreciada por sus características organolépticas y nutricionales. El principal consumidor es Europa (Italia, Alemania y Francia) , seguido por Japón. En Argentina, esta especie se adaptó en gran parte del territorio y a diferentes situaciones ecológicas. Asimismo, la crianza en cautiverio, aprovechamiento, elaboración, distribución, precios y características nutricionales no son de amplio conocimiento. El propósito de este trabajo es realizar un diagnóstico del sistema de agronegocios del jabalí en Argentina a fin de identificar los puntos fuertes y débiles y a partir de allí, proponer acciones para dar soluciones a las problemáticas actuales. Se utiliza como metodología el abordaje de la epistemología fenomenológica y el método EPESA, lo cual permite contar con abordaje amplio y sistémico del agronegocio bajo análisis. También, se utiliza el marco teórico de la nueva economía institucional, siguiendo el abordaje de Joskow y sus tres vías de aproximación. Si bien es una producción que posee ventajas comparativas (clima, suelo, extensión, alimento) que permitirían el desarrollo productivo y comercial del sistema, se observa que la informalidad limita la implementación de planteos productivos con mayores niveles de tecnología, registros y datos genéticos, lo que imposibilita la exportación. Por otra parte, existe un problema de reglamentaciones con respecto a la faena, dado que debe ser aprobada por FAUNA y por SENASA, teniendo distintos requerimientos y tiempos de carga y transporte. Esto genera incompatibilidades para la comercialización formal, incentivando a transacciones ilegales, baja transparencia, oportunismo ex ante y ex post de las transacciones y altos costos de transacción. Dado este ambiente de negocios descripto, las empresas bajo estudio en general trabajan con nichos de mercado y no tienen un panorama de ampliación productiva y comercial. Por tanto, la mejora del ambiente institucional es la primera acción a seguir a fin de vencer las limitaciones mencionadas.

Estudio del sistema de agronegocios del jabalí en Argentina : antecedentes y situación actual desde la perspectiva de los negocios agroalimentarios

La carne de jabalí es apreciada por sus características organolépticas y nutricionales. El principal consumidor es Europa (Italia, Alemania y Francia), seguido por Japón. En Argentina, esta especie se adaptó en gran parte del territorio y a diferentes situaciones ecológicas. Asimismo, la crianza en cautiverio, aprovechamiento, elaboración, distribución, precios y características nutricionales no son de amplio conocimiento. El propósito de este trabajo es realizar un diagnóstico del sistema de agronegocios del jabalí en Argentina a fin de identificar los puntos fuertes y débiles y a partir de allí, proponer acciones para dar soluciones a las problemáticas actuales. Se utiliza como metodología el abordaje de la epistemología fenomenológica y el método EPESA, lo cual permite contar con abordaje amplio y sistémico del agronegocio bajo análisis. También, se utiliza el marco teórico de la nueva economía institucional, siguiendo el abordaje de Joskow y sus tres vías de aproximación. Si bien es una producción que posee ventajas comparativas (clima, suelo, extensión, alimento)que permitirían el desarrollo productivo y comercial del sistema, se observa que la informalidad limita la implementación de planteos productivos con mayores niveles de tecnología, registros y datos genéticos, lo que imposibilita la exportación. Por otra parte, existe un problema de reglamentaciones con respecto a la faena, dado que debe ser aprobada por FAUNA y por SENASA, teniendo distintos requerimientos y tiempos de carga y transporte. Esto genera incompatibilidades para la comercialización formal, incentivando a transacciones ilegales, baja transparencia, oportunismo ex ante y ex post de las transacciones y altos costos de transacción. Dado este ambiente de negocios descripto, las empresas bajo estudio en general trabajan con nichos de mercado y no tienen un panorama de ampliación productiva y comercial. Por tanto, la mejora del ambiente institucional es la primera acción a seguir a fin de vencer las limitaciones mencionadas.

Estudios de asociación genómica en poblaciones animales independientes

En mejoramiento genético animal, uno de los principales enfoques para explicar la arquitectura genética de caracteres de importancia económica son los estudios de asociación del genoma completo (GWAS), que no suelen ser particularmente potentes dado el reducido tamaño muestral. Un enfoque para aumentar la potencia de detección de QTL es combinar datos de poblaciones diferentes en un análisis conjunto de asociación (JA). Sin embargo, este enfoque tiene limitaciones tales como la definición de efectos a ser modelados entre poblaciones y la dificultad en el acceso a los genotipos de poblaciones comerciales. Alternativamente, se pueden combinar resultados obtenidos de GWAS independientes mediante el meta-análisis (MA-GWAS). El objetivo central de esta tesis es describir e implementar métodos para GWAS a nivel poblacional y también, combinando datos de varias poblaciones (JA), así como combinando resultados de GWAS independientes (MA-GWAS). La aplicación en datos reales mostró que MA aumentó la potencia para detectar QTL significativos en contraste con los GWAS poblacionales y el JA, considerando la estructura genética, la heterogeneidad de los componentes de varianza entre poblaciones y evitando problemas del JA tales como el acceso a los datos y definición de los efectos fijos. Los resultados del MA fueron usados en la búsqueda de genes candidatos, identificando nuevas posiciones para algunos de los caracteres de calidad de carne porcina evaluados. En conclusión, el trabajo describe métodos novedosos para integrar resultados de evaluaciones genómicas independientes, a fin de detectar asociaciones significativas entre poblaciones e identificar nuevos genes asociados con caracteres de importancia económica.

Inferencia bayesiana sobre los parámetros de dispersión genéticos y ambientales en modelos animales con efectos maternos

Los modelos 'modelos animales con efectos maternos' (MAM)son modelos lineales mixtos que se utilizan para ajustar registros de caracteres bajo la influencia de efectos maternos. Uno de los desafíos más importantes en el marco de los MAM es la estimación de los parámetros de dispersión o 'componentes de (co)varianza' (CVC). En esta tesis se introducen desde una perspectiva bayesiana contribuciones teóricas y metodológicas con relación a la estimación de CVC para MAM sujetos a estructuras de covarianza novedosas. En primer lugar, se describe una implementación del análisis bayesiano jerárquico vía el algoritmo del muestreo de Gibbs. Luego, se considera una especificación conjugada diferente para la distribución a priori de la matriz de covarianza genética, basada en la distribución Wishart invertida generalizada, y se presenta una estrategia para determinar los correspondientes hiperparámetros. Esta estrategia fue comparada contra otras especificaciones a priori mediante un estudio de simulación estocástica, y produjo estimaciones precisas de los parámetros genéticos, con menores errores estándares y mejor tasa de convergencia. En segundo lugar, se presenta una formulación alternativa del MAM que incluye un parámetro de correlación ambiental entre pares de observaciones madre-progenie, y se desarrolla un procedimiento de estimación basado en un algoritmo de muestreo por grilla. El procedimiento fue programado y ejecutado exitosamente, y se obtuvo la primera estimación del parámetro de correlación con datos de campo para peso al destete en bovinos de carne. Por último, se considera el problema de la estimación de CVC en una población multirracial, donde en general es necesario especificar una estructura de covarianza heterogénea para los valores de cría. En particular, se demuestra que el modelo basado en la descomposición de la matriz de covarianza genética es equivalente al que deriva de la teoría genética cuantitativa. Además, se extiende el modelo para incluir efectos maternos y se describe la implementación de un análisis bayesiano jerárquico con el objetivo de estimar los CVC. El procedimiento fue implementado con éxito en datos experimentales de peso al destete y se obtuvieron por primera vez estimaciones para el conjunto completo de CVC.

Crecimiento compensatorio en juveniles de la langosta de agua dulce pinzas rojas Cherax quadricarinatus (Decapoda, Parastacidae) y sus aplicaciones al cultivo

Un adecuado manejo alimenticio es determinante en el éxito en la acuicultura, dado que el consumo de alimentos influye directamente en el crecimiento y en la conversión alimenticia de los organismos. En una producción semi-intensiva e intensiva, los costos de alimentación representan hasta el 80 por ciento del total y por esta razón un manejo alimenticio alternativo al habitualmente empleado (alimentación diaria) puede ser una estrategia viable para reducir dichos costos. Explorar el crecimiento compensatorio en los organismos después de una reducción en la cantidad de alimento suministrado es una herramienta que puede ser utilizada para dicho fin. Los juveniles tempranos de la langosta de agua dulce Cherax quadricarinatus presentaron la capacidad de compensar tanto un moderado como prolongado periodo de restricción alimenticia (alimentación intermitente)y los mecanismos involucrados fueron la hiperfagia y la mayor conversión alimenticia. La recuperación del crecimiento fue total o parcial, dependiendo de la extensión del periodo de alimentación diaria post-restricción (periodo de recuperación). La aplicación de un período de recuperación fue imprescindible para inducir la capacidad compensatoria en esta especie. De los factores que modulan el crecimiento compensatorio, se observó que las dietas altamente proteicas no afectan dicha capacidad, así como las tres temperaturas ensayadas (inferior a la óptima, óptima y superior a la óptima, para el crecimiento de la especie). La talla tampoco afectó dicha capacidad, pero, influye en la severidad de la respuesta del periodo restricción y consecuentemente en el tiempo de recuperación. La restricción no causó severas alteraciones en la estructura, composición bioquímica y actividad de las enzimas digestivas de la glándula digestiva, lo que refleja que estos juveniles no presentarían deficiencias nutricionales. La alta supervivencia observada en los juveniles que compensan es otro indicador de que tanto la restricción alimenticia como la propia compensación no causan posteriores daños en el organismos.

Los Shuar y los animales

La primera edición se agotó muy pronto, tanto más que se habían impreso tan solo 500 ejemplares. El tiraje fue mantenido calculadamente bajo. En efecto, desde el comienzo, el fasciculo fue considerado un simple borrador, es decir un punto de partida para correcciones y añadiduras. Los mismos alumnos de Sevilla D.B. lo vieron a tomar en sus manos y se organizaron en grupos, para corregir y completar. Se les añadieron los del COlegio Agrícola de Bomboiza, del Centro Artesanal de Chiguaza y de la Escuela de Mutintsa

Estudio de factibilidad para la creación de una Empresa Agroindustrial de maíz y comercialización de sus productos en la ciudad de Quito

Desde antes de la conquista el maíz era el principal producto alimenticio del hombre y de los animales en los pueblos americanos, el 15 de noviembre de 1492 dos mensajeros de Colón, al regresar de una exploración a Cuba, declararon haber visto "una clase de grano, que llaman maíz, de buen sabor cocinado, seco y en harina". El maíz se fue encontrando luego sucesivamente en toda América, desde Chile hasta Canadá. Aunque los conquistadores no llegaron a darse cuenta de ello, este grano dorado nativo de América era de mayor importancia para el mundo que todo el oro y la plata de México y el Perú. Actualmente no hay ningún país en el América Latina que no siembre maíz. En las tierras bajas del trópico se pueden producir varias cosechas al año; en otras regiones se da una, por lo general. El maíz constituye, con los frijoles, el alimento fundamental en los países americanos, en Estados Unidos lo llaman corn y se produce en escala gigantesca. Se estima que si la cosecha anual de dicho país se colocara en camiones de tamaño corriente, formarían una fila o procesión que daría la vuelta a la tierra cinco o seis veces. Las plantaciones de maíz cubren más de la décima parte de las tierras laborales de los E.U.A., los principales países productores son: China, la U.R.S.S., Brasil, México, Francia, Yugoslavia, Rumania, Italia, Rep. Sudáfrica y Argentina. El maíz pertenece a la familia de las gramíneas.

El alimento de la anchoveta engraulis ringens J. en un área de afloramiento (San Juan)

Información sobre la variación en la predominancia del tipo de alimento ingerido por la anchoveta Engraulis ringens J. colectadas en un área de afloramiento (San Juan 15º-16º L.S.). El material consta de 13 muestras obtenidas desde noviembre de 1973 a setiembre de 1974.

Composición y consumo de alimento dela merluza peruana merluccius gayi peruanus (Guitchenot) con especial énfasis en la ración diaria total

Analiza la composición del contenido estomacal de 693 ejemplares de una especie de pez merluza Merluccius gayi peruanus (Guitchenot) que se distribuye desde los 03°15 'S hasta 10°04 'S. Se determina el Índice de Importancia Relativa (IIR) para cada una de sus presas, mostrando que las más importantes para esta especie pertenecen al taxón Crustácea seguido por Teleostei, en términos de número.

Larvas de anchoveta peruana (Engraulis ringens) y su relación con el fitoplancton como alimento disponible. Crucero 9608-09 entre Paita y Tambo de Mora.

Analiza la distribución de las larvas de anchoveta en el área Paita a Tambo de Mora, del 11 de agosto al 27 de setiembre, en relación con las especies de fitoplancton consideradas como alimento adecuado. Las larvas de anchoveta estuvieron distribuidas en dos zonas, una en la zona costera y la otra fuera de las 60 mn. La calidad del alimento en ambas áreas fue diferente, la zona costera se caracterizó por la presencia de especies apropiadas para las larvas de anchoveta; por fuera de las 60 mn, la calidad del alimento para ellas no fue el más adecuado. Así mismo se observó que los vientos en la zona costera estuvieron dentro de la ventana óptima ambiental, en tanto que por fuera, los vientos no resultaron favorables para las larvas de anchoveta.