Retrieving Regions of Interest for User Exploration

We consider an application scenario where points of interest (PoIs) each have a web presence and where a web user wants to iden- tify a region that contains relevant PoIs that are relevant to a set of keywords, e.g., in preparation for deciding where to go to conve- niently explore the PoIs. Motivated by this, we propose the length- constrained maximum-sum region (LCMSR) query that returns a spatial-network region that is located within a general region of in- terest, that does not exceed a given size constraint, and that best matches query keywords. Such a query maximizes the total weight of the PoIs in it w.r.t. the query keywords. We show that it is NP- hard to answer this query. We develop an approximation algorithm with a (5 + ǫ) approximation ratio utilizing a technique that scales node weights into integers. We also propose a more efficient heuris- tic algorithm and a greedy algorithm. Empirical studies on real data offer detailed insight into the accuracy of the proposed algorithms and show that the proposed algorithms are capable of computingresults efficiently and effectively.

Observação e controlo da segurança estrutural de barragens de betão: utilização integrada de modelos numéricos e de modelos de separação de efeitos

Dissertação de Natureza Científica elabora da no âmbito do protocolo de cooperação entre o ISEL e o LNEC para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil

Necessidades em cuidados paliativos do doente pós-AVC

Relatório de Prática Clínica apresentado à Escola Superior de Saúde Dr. Lopes Dias do Instituto Politécnico de Castelo Branco para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Cuidados Paliativos, realizada sob a orientação científica do Professora Doutora Ana Paula Gonçalves Antunes Sapeta, do Instituto Politécnico de Castelo Branco.

Gestão integrada da doença renal crónica em Portugal : o panorama atual e o papel do profissional de nutrição na obtenção de melhores resultados em saúde

RESUMO - A doença renal crónica (DRC) resulta da perda de função renal, sendo necessário a terapêutica de substituição, no estádio terminal. Em Portugal está atualmente em vigor o modelo de Gestão Integrada da Doença, que tem inerente o cumprimento de objetivos e metas pelas unidades de diálise. Uma alimentação adequada é um pilar fundamental ao sucesso do tratamento desta doença, o que torna o profissional de nutrição indispensável. Este trabalho pretendeu avaliar o cumprimento das metas e objetivos estabelecidos no modelo referido, e relacionar os resultados obtidos com a existência de contacto entre o profissional de nutrição e os pacientes. Para a persecução dos objetivos, foram analisadas duas bases de dados disponibilizadas pela Direção Geral da Saúde: a base de dados da Plataforma de Gestão Integrada da Doença Renal Crónica em 2012 e a do Questionário de Avaliação da Satisfação dos Doentes em Hemodiálise em 2013. Verificou-se uma melhoria contínua ao longo dos anos do cumprimento das metas e objetivos preconizados em Portugal para o tratamento da DRC, com um cumprimento da maioria no ano de 2012. No entanto, os parâmetros ferritina e albumina sérica ficaram aquém da recomendação. Observou-se um nível elevado de satisfação do paciente quanto ao trabalho do profissional de nutrição, apesar de ser frequente a inexistência de contacto entre ambas as partes. Os resultados obtidos demonstram também que o profissional de nutrição tem um papel importante para a obtenção de melhores resultados de saúde nos pacientes em tratamento por hemodiálise, pelo que se sugere um acompanhamento da totalidade deste tipo de população por este profissional.

Diagenesis and geochemical stratigraphy of Upper Pennsylvanian madera brachiopods, New Mexico

Owing to the fact that low-Mg calcite fossil shells are so important in paleoceanographic research, 249 brachiopod, cement and matrix specimens from two neighboring localities (Jemez Springs and Battleship Rock), of the Upper Pennsylvanian Madera Formation were analyzed. Of which, about 86% of the Madera brachiopods are preserved in their pristine mineralogy, microstructure and geochemistry. Cement and matrix samples, in contrast, have been subjected to complete but variable post-deposition~1 alteration. It is confirmed that the stable isotope data of brachiopods are much better than that of matrix material in defining depositional parameters. Because there is no uniform or constant relationship between the two data bases (e.g., from 0.1 to 3.0%0 for 0180 and from 0.2 to 6.7%0 for 013C in this study), it is not possible to make corrections for the matrix data. Regarding the two stratigraphic sections, elemental and petrographic analyses suggest that Jemez Springs is closer to Penasco Uplift than Battleship Rock. Seawater at Jemez Springs is more aerobic, and the water chemistry is more influenced by continental sources than that at Battleship Rock. In addition, there is a relatively stronger dolomitization in the mid-section of the Battleship Rock. Results further suggest that no significant biogenic fractionation or vital effects occurred during their shell secretion, suggesting that the Madera brachiopods incorporated oxygen and carbon isotopes in equilibrium with the ambient seawater. This conclusion is not only drawn from the temporal and spatial analyses, but also supported by brachiopod inter-generic comparison (Composita and Neospirifer) and statistical analysis ( t-test).

Modèle de structuration des relations lexicales fondé sur le formalisme des fonctions lexicales

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université Paris Diderot (Paris 7)

On some aspects of coherent risk measures and their applications

Le sujet principal de cette thèse porte sur les mesures de risque. L'objectif général est d'investiguer certains aspects des mesures de risque dans les applications financières. Le cadre théorique de ce travail est celui des mesures cohérentes de risque telle que définie dans Artzner et al (1999). Mais ce n'est pas la seule classe de mesure du risque que nous étudions. Par exemple, nous étudions aussi quelques aspects des "statistiques naturelles de risque" (en anglais natural risk statistics) Kou et al (2006) et des mesures convexes du risque Follmer and Schied(2002). Les contributions principales de cette thèse peuvent être regroupées selon trois axes: allocation de capital, évaluation des risques et capital requis et solvabilité. Dans le chapitre 2 nous caractérisons les mesures de risque avec la propriété de Lebesgue sur l'ensemble des processus bornés càdlàg (continu à droite, limité à gauche). Cette caractérisation nous permet de présenter deux applications dans l'évaluation des risques et l'allocation de capital. Dans le chapitre 3, nous étendons la notion de statistiques naturelles de risque à l'espace des suites infinies. Cette généralisation nous permet de construire de façon cohérente des mesures de risque pour des bases de données de n'importe quelle taille. Dans le chapitre 4, nous discutons le concept de "bonnes affaires" (en anglais Good Deals), pour notamment caractériser les situations du marché où ces positions pathologiques sont présentes. Finalement, dans le chapitre 5, nous essayons de relier les trois chapitres en étendant la définition de "bonnes affaires" dans un cadre plus large qui comprendrait les mesures de risque analysées dans les chapitres 2 et 3.

Les pratiques stratégiques des infirmières dans les réseaux intégrés de services de santé

L’intégration des soins et des services de santé est vue autant, par les décideurs, par les professionnels que par les usagers, comme une nécessité pour assurer une meilleure accessibilité, pour favoriser la continuité et la coordination et pour améliorer la qualité des soins et services tout en contrôlant les coûts. Depuis près de deux décennies, des réseaux intégrés de soins et de services de santé se développent dans les pays de l’OCDE. Ce phénomène a généré une littérature plutôt abondante sur les conditions organisationnelles supportant l’intégration des soins et plus récemment, sur l’importance du rôle et de la place des professionnels dans ces structures. Les données empiriques et les écrits mettent en évidence que les infirmières ont joué un rôle important dans la mise en place des réseaux intégrés de services depuis leurs débuts. Cette étude vise à identifier les pratiques stratégiques des infirmières qui sont impliquées dans des réseaux intégrés de services de santé et de comprendre comment ces pratiques favorisent des apprentissages organisationnels permettant l’ajustement des pratiques de l’ensemble des intervenants dans le sens de l’intégration clinique. Elle vise aussi à mettre en évidence les facteurs individuels et organisationnels impliqués dans le développement de ces pratiques et dans le processus d’apprentissage organisationnel. Une revue des écrits sur les réseaux de services intégrés et sur l’intégration clinique, ainsi que sur l’apprentissage organisationnel et sur l’analyse stratégique a confirmé que ces écrits, tout en étant complémentaires, soutenaient les objectifs de cette étude. En effet, les écrits sur l’intégration présentent des déterminants de l’intégration sans aborder les pratiques stratégiques et sont discrets sur l’apprentissage organisationnel. Les écrits sur l’apprentissage organisationnel abordent le processus d’apprentissage, mais ne décrivent pas les pratiques favorisant l’apprentissage organisationnel et sont peu loquaces sur les facteurs influençant l’apprentissage organisationnel. Enfin, les écrits sur l’analyse stratégique discutent des systèmes et des processus dynamiques en incluant les conditions individuelles et organisationnelles, mais ne font pas allusion à l’apprentissage organisationnel. Afin de découvrir les pratiques stratégiques ainsi que les apprentissages organisationnels, et de comprendre le processus d’apprentissage et les facteurs impliqués dans celui-ci, nous avons eu recours à un devis d’étude de cas multiples où nous nous sommes attardés à étudier les pratiques d’infirmières évoluant dans quatre situations visant l’intégration clinique. Ces situations faisaient partie de trois réseaux intégrés de services de santé impliquant des professionnels de différentes disciplines rattachés soit, à un centre hospitalier ou à un centre local de services communautaires. Trois études de cas ont été rédigées à partir des informations émanant des différentes sources de données. Dans le cadre de cette étude, quatre sources de données ont été utilisées soit : des entrevues individuelles avec des infirmières, d’autres professionnels et des gestionnaires (n=60), des entrevues de groupe (n=3), des séances d’observations (n=12) et l’étude de documents d’archives (n=96). À l’aide des données empiriques recueillies, il a été possible de découvrir quinze pratiques stratégiques et de préciser la nature des apprentissages qu'elles généraient. L’analyse des cas a également permis de mieux comprendre le rapport entre les pratiques stratégiques et les apprentissages organisationnels et d’apporter des précisions sur le processus d’apprentissage organisationnel. Cette étude contribue à la pratique et à la recherche, car en plus d’offrir un modèle d’apprentissage organisationnel intégré, elle précise que le processus d’apprentissage organisationnel est propulsé grâce à des boucles d’apprentissages stimulées par des pratiques stratégiques, que ces pratiques stratégiques s’actualisent grâce aux ressources individuelles des infirmières et aux facteurs organisationnels et enfin, que ces apprentissages organisationnels favorisent des changements de pratiques soutenant l’intégration clinique.

Le Projet de convention européenne sur la criminalité dans le cyberespace:l’organisation des poursuites internes

Le Conseil de l'Europe a publié le 27 avril 2000 un Projet de convention sur la cybercriminalité dans le cadre d’un appel public à contribution de ses pays membres. Le texte doit être finalisé par un groupe d’experts avant décembre 2000 pour être adopté et ouvert à la signature par le comité des ministres du Conseil de l’Europe à l’automne 2001. Ce projet constitue le futur traité international contre la criminalité dans le cyberespace dans l’espace européen. Le Projet de convention sur la cybercriminalité poursuit deux objectifs. Premièrement, il vise la prévention des actes portant atteinte à la confidentialité, à l’intégrité et à la disponibilité des systèmes informatiques, des réseaux et des données. En second lieu, il prône l’adoption de pouvoirs suffisants pour permettre une lutte efficace contre les infractions pénales de haute technologie. Le cadre de mise en œuvre est possible, d'une part, en facilitant la détection, la recherche et la poursuite, tant au plan du droit de la procédure interne, qu’au niveau international. D'autre part, en prévoyant la création de dispositions matérielles appropriées en vue d’une coopération internationale alliant rapidité et efficacité. Finalement, en garantissant un équilibre adéquat entre les nécessités d’une répression démocratique et le respect des droits fondamentaux. L’objet de cet article est d’examiner le Projet de convention en ses dispositions organisant l’exercice des poursuites à un niveau interne, afin de pouvoir en percevoir autant les avantages que les faiblesses éventuelles au plan de la protection des droits et libertés de la personne.

Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.

L’étude des stratégies de séparations préparatrices de protéines par électrophorèse capillaire

La protéomique est un sujet d'intérêt puisque l'étude des fonctions et des structures de protéines est essentiel à la compréhension du fonctionnement d'un organisme donné. Ce projet se situe dans la catégorie des études structurales, ou plus précisément, la séquence primaire en acides aminés pour l’identification d’une protéine. La détermination des protéines commence par l'extraction d'un mélange protéique issu d'un tissu ou d'un fluide biologique pouvant contenir plus de 1000 protéines différentes. Ensuite, des techniques analytiques comme l’électrophorèse en gel polyacrylamide en deux dimensions (2D-SDS-PAGE), qui visent à séparer ce mélange en fonction du point isoélectrique et de la masse molaire des protéines, sont utilisées pour isoler les protéines et pour permettre leur identification par chromatographie liquide and spectrométrie de masse (MS), typiquement. Ce projet s'inspire de ce processus et propose que l'étape de fractionnement de l'extrait protéique avec la 2D-SDS-PAGE soit remplacé ou supporté par de multiples fractionnements en parallèle par électrophorèse capillaire (CE) quasi-multidimensionnelle. Les fractions obtenues, contenant une protéine seule ou un mélange de protéines moins complexe que l’extrait du départ, pourraient ensuite être soumises à des identifications de protéines par cartographie peptidique et cartographie protéique à l’aide des techniques de séparations analytiques et de la MS. Pour obtenir la carte peptidique d'un échantillon, il est nécessaire de procéder à la protéolyse enzymatique ou chimique des protéines purifiées et de séparer les fragments peptidiques issus de cette digestion. Les cartes peptidiques ainsi générées peuvent ensuite être comparées à des échantillons témoins ou les masses exactes des peptides enzymatiques sont soumises à des moteurs de recherche comme MASCOT™, ce qui permet l’identification des protéines en interrogeant les bases de données génomiques. Les avantages exploitables de la CE, par rapport à la 2D-SDS-PAGE, sont sa haute efficacité de séparation, sa rapidité d'analyse et sa facilité d'automatisation. L’un des défis à surmonter est la faible quantité de masse de protéines disponible après analyses en CE, due partiellement à l'adsorption des protéines sur la paroi du capillaire, mais due majoritairement au faible volume d'échantillon en CE. Pour augmenter ce volume, un capillaire de 75 µm était utilisé. Aussi, le volume de la fraction collectée était diminué de 1000 à 100 µL et les fractions étaient accumulées 10 fois; c’est-à-dire que 10 produits de séparations étaient contenu dans chaque fraction. D'un autre côté, l'adsorption de protéines se traduit par la variation de l'aire d'un pic et du temps de migration d'une protéine donnée ce qui influence la reproductibilité de la séparation, un aspect très important puisque 10 séparations cumulatives sont nécessaires pour la collecte de fractions. De nombreuses approches existent pour diminuer ce problème (e.g. les extrêmes de pH de l’électrolyte de fond, les revêtements dynamique ou permanent du capillaire, etc.), mais dans ce mémoire, les études de revêtement portaient sur le bromure de N,N-didodecyl-N,N-dimethylammonium (DDAB), un surfactant qui forme un revêtement semi-permanent sur la paroi du capillaire. La grande majorité du mémoire visait à obtenir une séparation reproductible d'un mélange protéique standard préparé en laboratoire (contenant l’albumine de sérum de bovin, l'anhydrase carbonique, l’α-lactalbumine et la β-lactoglobulin) par CE avec le revêtement DDAB. Les études portées sur le revêtement montraient qu'il était nécessaire de régénérer le revêtement entre chaque injection du mélange de protéines dans les conditions étudiées : la collecte de 5 fractions de 6 min chacune à travers une séparation de 30 min, suivant le processus de régénération du DDAB, et tout ça répété 10 fois. Cependant, l’analyse en CE-UV et en HPLC-MS des fractions collectées ne montraient pas les protéines attendues puisqu'elles semblaient être en-dessous de la limite de détection. De plus, une analyse en MS montrait que le DDAB s’accumule dans les fractions collectées dû à sa désorption de la paroi du capillaire. Pour confirmer que les efforts pour recueillir une quantité de masse de protéine étaient suffisants, la méthode de CE avec détection par fluorescence induite par laser (CE-LIF) était utilisée pour séparer et collecter la protéine, albumine marquée de fluorescéine isothiocyanate (FITC), sans l'utilisation du revêtement DDAB. Ces analyses montraient que l'albumine-FITC était, en fait, présente dans la fraction collecté. La cartographie peptidique a été ensuite réalisée avec succès en employant l’enzyme chymotrypsine pour la digestion et CE-LIF pour obtenir la carte peptidique.

1st Kassel Student Workshop on Security in Distributed Systems

With this document, we provide a compilation of in-depth discussions on some of the most current security issues in distributed systems. The six contributions have been collected and presented at the 1st Kassel Student Workshop on Security in Distributed Systems (KaSWoSDS’08). We are pleased to present a collection of papers not only shedding light on the theoretical aspects of their topics, but also being accompanied with elaborate practical examples. In Chapter 1, Stephan Opfer discusses Viruses, one of the oldest threats to system security. For years there has been an arms race between virus producers and anti-virus software providers, with no end in sight. Stefan Triller demonstrates how malicious code can be injected in a target process using a buffer overflow in Chapter 2. Websites usually store their data and user information in data bases. Like buffer overflows, the possibilities of performing SQL injection attacks targeting such data bases are left open by unwary programmers. Stephan Scheuermann gives us a deeper insight into the mechanisms behind such attacks in Chapter 3. Cross-site scripting (XSS) is a method to insert malicious code into websites viewed by other users. Michael Blumenstein explains this issue in Chapter 4. Code can be injected in other websites via XSS attacks in order to spy out data of internet users, spoofing subsumes all methods that directly involve taking on a false identity. In Chapter 5, Till Amma shows us different ways how this can be done and how it is prevented. Last but not least, cryptographic methods are used to encode confidential data in a way that even if it got in the wrong hands, the culprits cannot decode it. Over the centuries, many different ciphers have been developed, applied, and finally broken. Ilhan Glogic sketches this history in Chapter 6.

ONTIC: A Knowledge Representation System for Mathematics

Ontic is an interactive system for developing and verifying mathematics. Ontic's verification mechanism is capable of automatically finding and applying information from a library containing hundreds of mathematical facts. Starting with only the axioms of Zermelo-Fraenkel set theory, the Ontic system has been used to build a data base of definitions and lemmas leading to a proof of the Stone representation theorem for Boolean lattices. The Ontic system has been used to explore issues in knowledge representation, automated deduction, and the automatic use of large data bases.

Revision sistematica de la literatura sobre el uso de progestagenos en gestantes con incompetencia cervical y alto riesgo de parto pretermino

La incompetencia cervical corresponde a la incapacidad del cuello uterino de mantener su rigidez propia, necesaria para la mantención del embarazo. Se tiene dos teorías de la deformación cervical una por alteración en componentes del estroma que producen un reblandecimiento del cérvix por lo que explica la efectividad el cerclaje como método de manejo, pero no siempre existe utilidad, por eso se buscan alternativas no quirúrgicas para el manejo de la incompetencia cervical y se analizan los progestágenos. Método: el objetivo del estudio fue realizar una revisión sistemática de la literatura disponible en las bases de datos más importantes en medicina sobre el uso terapéutico de la progesterona en gestantes con incompetencia cervical publicados hasta Agosto del 2010. Resultados: Se seleccionaron quince estudios sobre el manejo terapéutico de la incompetencia cervical, once eran secundarios, dos eran serie de casos, y uno solo era un experimental. Conclusiones: El beneficio del uso de progesterona en mujeres gestantes no tiene suficiente evidencia, pero existe beneficio en algunas pacientes con un cuello corto en el segundo trimestre, este beneficio tiene documentación pero todavía se debe mejorar la indicaciones del uso de la progesterona, es decir tener claramente identificado a quienes se puede dar tratamiento con progesterona y quienes con cerclaje, porque no existe efecto sinérgico entre el manejo medico y el procedimiento. Los pocos estudios también evidencian beneficios en disminución de riesgo