Análise do perfil de expressão dos genes da cana-de-açúcar envolvidos na interação com Leifsonia xyli subsp: xyli

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise comparativa dos genes de reparo do DNA em Gluconacetobacter diazotrophicus e Gluconobacter oxydans

Gluconacetobacter diazotrophicus é uma alfa-proteobactéria Gram-negativa, tolerante a meios ácidos, fixadora de nitrogênio atmosférico e foi a primeira bactéria diazotrófica endofítica isolada da cana-de-açúcar. Por sua vez, Gluconobacter oxydans, também alfa-proteobactéria Gram-negativa, possui a capacidade de oxidar incompletamente alcoóis e carboidratos. Ambas de interesse biotecnológico e industrial, essas bactérias tiveram seus genomas seqüenciados completamente em 2007. Desta forma, foi de interesse desse trabalho analisar e comparar os genes de reparo do DNA devido sua importância na manutenção da integridade genômica. Sendo assim, as vias de reparo presentes nos dois organismos foram identificadas, utilizando como base uma terceira alfa-proteobactéria, a Caulobacter crescentus, cujos genes de reparo foram descritos por um trabalho anterior e também os genes bem estabelecidos para o reparo do DNA em Escherichia coli. Para esse estudo, um banco de dados contendo ortólogos para os genes de reparo de DNA encontrados nos organismos foi criado e análises comparativas por similaridade usando o pacote Blast e o software Clustal foram feitas. Este estudo demonstrou que as principais vias de reparo ao DNA reparos por excisão, reparo direto, reparo recombinacional e reparo pelo sistema SOS estão presentes nos organismos analisados, demonstrando, na maioria das vezes, boa similaridade com E. coli. Interessantemente, foram encontradas duplicações gênicas nos quais uma das cópias estava presente no cromossomo e a outra, no plasmídeo, como no caso de UvrD, DnaE e Ssb, possivelmente caracterizando eventos de transferência lateral. Por fim, uma grande novidade foi a identificação de ortólogos para RecB em G. diazotrophicus e G. oxydans e de ortólogos duplicados de RecD em G. diazotrophicus. Até o momento, não havia sido relatada a presença de membros da via de iniciação RecBCD do reparo recombinacional em alfaproteobactérias

Análise imuno-histoquímica das proteínas VEGF e HIF-1α na doença periodontal

Periodontal disease is a complex inflammatory and infectious condition that immune host, front of the microbial aggressions, can lead to disease progression, resulting in tissue destruction. The tissue damage induces the release of regulatory molecules, which protective roles and / or destructive, including proteins VEGF (vascular endothelial growth factor vascular) and HIF-1 α (hypoxia-induced factor α -1). Thus, this study investigated, quantitatively and comparatively, the immunohistochemical expression of VEGF (vascular endothelial growth factor) and HIF-1 α (hypoxia induced factor 1-α), proteins involved in inflammation, angiogenesis and hypoxia, in human gingival tissues. Therefore, 75 samples of gingival tissues were examined. Thirty samples were chronic periodontitis, 30 with chronic gingivitis and 15 healthy gingival. After sections analysis, positives and negatives inflammatory and endothelial cells in the connective tissue were counted and converted into percentage. Data were statistically analyzed using Kruskal-Wallis test and Spearman correlation. The results showed that both proteins marked. It was observed higher immunoreactivity for HIF-1 α at chronic gingivitis and periodontitis specimens compared to healthy sites, however, no statistically significant differences were observed among them (p>0.05). The VEGF immunostaining showed similarity among the cases of periodontitis, gingivitis and healthy gingiva. Moderate and positive correlation statistically significant differences were verified for the expressions of VEGF and HIF-1α in gingival health (r = 0,529, p = 0.04). Thus, it can be conclude that possibly the route of HIF-1 α, is activated in periodontal disease may have involvement of the protein in pathogenesis and progression of disease, and that activation of VEGF, can be in addition to being triggered transcription by HIF-1 α may be also influenced by other additional factors such as the action of periodontal microorganisms endotoxins

Análise psicolinguística e cognitivo-linguística das provas de habilidades metalinguísticas e leitura realizadas em escolares de 2ª a 5ª série

OBJETIVOS: analisar o desempenho de escolares de 2ª a 5ª série do ensino fundamental em provas de habilidades metalinguísticas e leitura segundo critérios psicolinguísticos e cognitivo-linguísticos e verificar similaridade e diferenças entre as análises. MÉTODOS: participaram 120 escolares de 2ª a 5ª série do ensino municipal, de ambos os gêneros, na faixa etária de sete a 12 anos de idade, divididos em 4 grupos de 30 escolares de cada série. Os escolares foram submetidos à aplicação de provas de habilidades metalinguísticas e de leitura. RESULTADOS: houve diferença estatisticamente significante entre os grupos nas habilidades metalinguísticas, nas regras de decodificação de palavras reais e pseudopalavras para todas as variáveis na leitura de palavras reais, com exceção do erro tipo Recusas, com médias superiores para Tentativas de Som Mal Sucedidas e Falha na Aplicação de Regras Ortográficas, indicando que esses tipos de erros foram os de maior ocorrência. Na leitura de pseudopalavras houve diferença estatisticamente significante em Tentativas de Som Mal Sucedidas, indicando que os escolares apresentaram desempenho inferior na decodificação de palavras que exigiram a utilização de informação fonológica. CONCLUSÃO: a adoção de critérios psicolinguísticos ou cognitivo-linguísticos na avaliação da leitura de palavras e pseudopalavras juntamente com a avaliação das habilidades metalinguísticas fornecem subsídios para a compreensão de como o escolar vem processando os complexos princípios do sistema de escrita do português do Brasil, além de dar o suporte necessário à compreensão das dificuldades específicas apresentadas pelos escolares, orientando o profissional fonoaudiólogo em relação aos objetivos precisos no seu atendimento.

Interpretação sísmica e análise de atributos - área do levantamento sísmico 3D de siririzinho (Bacia Sergipe-Alagoas, NE do Brasil)

The main objective of the present thesis was the seismic interpretation and seismic attribute analysis of the 3D seismic data from the Siririzinho high, located in the Sergipe Sub-basin (southern portion of Sergipe-Alagoas Basin). This study has enabled a better understanding of the stratigraphy and structure that the Siririzinho high experienced during its development. In a first analysis, we used two types of filters: the dip-steered median filter, was used to remove random noise and increase the lateral continuity of reflections, and fault-enhancement filter was applied to enhance the reflection discontinuities. After this filtering step similarity and curvature attributes were applied in order to identify and enhance the distribution of faults and fractures. The use of attributes and filtering greatly contributed to the identification and enhancement of continuity of faults. Besides the application of typical attributes (similarity and curvature) neural network and fingerprint techniques were also used, which generate meta-attributes, also aiming to highlight the faults; however, the results were not satisfactory. In a subsequent step, well log and seismic data analysis were performed, which allowed the understanding of the distribution and arrangement of sequences that occur in the Siririzinho high, as well as an understanding of how these units are affected by main structures in the region. The Siririzinho high comprises an elongated structure elongated in the NS direction, capped by four seismo-sequences (informally named, from bottom to top, the sequences I to IV, plus the top of the basement). It was possible to recognize the main NS-oriented faults, which especially affect the sequences I and II, and faults oriented NE-SW, that reach the younger sequences, III and IV. Finally, with the interpretation of seismic horizons corresponding to each of these sequences, it was possible to define a better understanding of geometry, deposition and structural relations in the area.

Alimentação de peixes: proposta para análise de itens registrados em conteúdos gástricos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Similaridade genética entre acessos de goiabeiras e araçazeiros baseada em marcadores moleculares AFLP

Espécies do gênero Psidium, como goiabeira e araçazeiros, são economicamente importantes e têm como área de diversidade genética primária o Brasil. Foram determinadas as relações genéticas, com base no marcador AFLP, para acessos do Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de Psidium da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Semiárido, para orientar trabalhos de melhoramento e de manejo de recursos genéticos do gênero. Foram analisados 88 acessos, sendo 64 de goiabeira e 24 de araçazeiros, coletados em dez Estados brasileiros, adotando-se para agrupamento o dendrograma UPGMA, considerando a matriz de similaridade do coeficiente de Jaccard de 149 bandas polimórficas de AFLP de 16 combinações dos iniciadores EcoRI e MseI. A análise da variância de dados moleculares foi realizada considerando a variação entre e dentro das populações de goiabeira dos dez Estados. O dendrograma apresentou boa definição, com coeficiente de correlação cofenética de 0,94. Foram observados dois grandes grupos: um formado por acessos de goiabeira e outro com acessos de araçazeiros, com inclusão de alguns acessos de goiabeira. Foram observados agrupamentos específicos no dendograma apenas para os indivíduos de goiabeira coletados em Goiás e Roraima. Os acessos estudados apresentaram similaridade variando de 28 a 98%, evidenciando a alta variabilidade genética dos mesmos. A variação entre acessos foi estimada em 0,16 (ΦST), indicando diferenciação genética moderada entre as populações de goiabeira dos dez Estados. Para aumentar a variabilidade genética do BAG estudado, sugere-se a coleta de um número maior de acessos nos Estados de Goiás e Roraima, dado o alto índice de similaridade entre os acessos provenientes destes Estados, bem como coletas amplas em outros Estados brasileiros. Sugerem-se ainda cruzamentos entre os poucos acessos de goiabeira posicionados no grupo dos araçazeiros para o desenvolvimento de híbridos interespecificos no gênero Psidium.

Levantamento e análise fitossociológica das principais espécies de plantas daninhas de pastagens da região de Selvíria (MS)

O presente trabalho trata do levantamento e análise fitossociológica de espécies de plantas daninhas, tóxicas ou não, infestantes de pastagens, no município de Selvíria, Estado de Mato Grosso do Sul. Para tanto, foram realizadas visitas periódicas às áreas infestadas, tendo sido coletadas excicatas para identificação botânica em dez fazendas da região. O levantamento foi tanto de natureza quantitativa como também de natureza qualitativa. Foram identificadas 73 espécies de plantas, havendo poucas espécies com distribuição generalizada. A família MALVACEAE foi a que apresentou o maior número de indivíduos e a maior densidade, enquanto que as famílias ASTERACEAE e LEGUMINOSAE apresentaram maior número de espécies nas áreas estudadas. As espécies mais abundantes foram Sida rhombifolia var. typica K. Schum e Sida cordifolia L., ambas classificadas como indivíduos solitários (sol). A espécie com maior freqüência foi S. cordifolia L. com 64,5% em relação à área total estudada. O coeficiente de similaridade para as localidades estudadas variou de 21,6% até 80%, com média de 55,8 ± 1,95% (desvio padrão da média). Foram também identificadas diversas espécies tóxicas ou suspeitas de intoxicação ao gado.

Análise florística e estrutural do componente arbustivo-arbóreo de uma floresta de galeria no Município de Cristais Paulista, SP, Brasil

Remanescentes florestais na porção nordeste do Estado de São Paulo são ainda pouco estudados quanto à composição florística. Foi realizado o levantamento florístico e fitossociológico de uma floresta de galeria no Município de Cristais Paulista visando à caracterização da flora do remanescente e o estudo das relações florísticas com outras formações ribeirinhas. Para o levantamento fitossociológico foi utilizado o método de ponto-quadrante. em quatro transeções paralelas ao curso d'água, foram estabelecidos 90 pontos eqüidistantes em 10 metros e amostrados os indivíduos com PAP > 15 cm. Espécies em estágio reprodutivo, não amostradas no levantamento fitossociológico, foram coletadas e identificadas. Foram encontradas 68 espécies, distribuídas em 37 famílias, das quais 53 espécies e 34 famílias foram amostradas no levantamento fitossociológico. O índice de diversidade (H') para as espécies foi de 3,17 nats indivíduo-1 e as espécies mais importantes (em VI) foram Virola sebifera, Protium heptaphyllum, Tapirira guianensis e Copaifera langsdorffii. A comparação com outras florestas ribeirinhas evidenciou uma maior semelhança florística com as florestas situadas principalmente na bacia do Rio Grande, possivelmente devido às condições semelhantes de clima, e no Brasil Central, devido à rede de drenagem que atua como rota migratória das espécies. Foram encontradas também muitas espécies compartilhadas com os cerrados, evidenciando a contribuição da flora desse domínio para a floresta de galeria estudada.

Análise multivariada aplicada em bacias hidrográficas no município de Botucatu-SP

As imagens aerofotogramétricas de uma região registram os vários aspectos da paisagem, destacando a cobertura vegetal, a rede de drenagem e principalmente o relevo do terreno conjunto que caracterizam unidades morfométricas denominadas bacias hidrográficas. Neste trabalho aplicaram-se técnicas fotointerpretativas e estatística multivariada a variáveis do relevo, medidas em bacias hidrográficas de terceira ordem de ramificação pertencentes à bacia do rio Tiête no município de Botucatu-SP, com o objetivo de agrupar bacias segundo graus de similaridade, bem como inferir sobre a representatividade da distribuição espacial dos agrupamentos em relação ao Mapa Pedológico do Estado de São Paulo, da Embrapa de 1999. Foram utilizadas fotografias aéreas verticais, escala nominal aproximada 1:30000, (2005), cartas planialtimétricas escala 1:50000 e Mapa Pedológico do Estado de São Paulo. Foram estudadas 06 bacias hidrográficas de 3aordem de ramificação, situada na região fisiográfica denominada frente da cuesta abrangendo as unidades de solo Neossolos Litólicos (RL) e Latossolos Vermelhos distrófico (LVdf), sendo esta última predominante na área de estudo. O conjunto de variáveis de relevo mostrou-se eficiente no agrupamento das bacias conforme as unidades de solos ocorrentes, concordando com as unidades identificadas no Mapa Pedológico.

Análise da compacidade do solo na área urbana de Bauru/ Estado de São Paulo utilizando Ensaios de Penetração Padronizado e sísmica de refração

This study was done to determine compactness of soil strata in the urban area of Bauru, central São Paulo State using standard penetration test (SPT) and seismic refraction methods. Frequency distribution within boreholes was measured every meter to a depth of 30 meters. The geometric mean of standard penetration test values was computed every meter. A biplot graph showing the relationship of SPT with depth indicates soil stratification. In addition, five sections of seismic refraction values, which also indicate the compactness of soil strata, were obtained. A comparison of the two methods shows significant correlation between the results obtained from each.

Similaridade ecológica em comunidades de girinos: o papel de componentes históricos (filogenéticos) e contemporâneos (ecológicos)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização de populações genéticas de Solenopsis invicta através de marcadores moleculares microssatélites. Correlação de similaridade entre populações hospedeiras e endossimbiose

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Clonagem, análise estrutural e imunológica do alérgeno antígeno 5 do veneno da vespa Polybia paulista (Hymenoptera : Vespidae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise filogenética de linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros baseada na sequencia da região intergênica 16S-23S rDNA

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Biologia Celular e Molecular) - IBRC