Identification of molecular subtypes and gene expression patterns of breast cancer analysing RNA-seq data

Breast cancer is the most common diagnosed cancer and the leading cause of cancer death among females worldwide. It is considered a highly heterogeneous disease and it must be classified into more homogeneous groups. Hence, the purpose of this study was to classify breast tumors based on variations in gene expression patterns derived from RNA sequencing by using different class discovery methods. 42 breast tumors paired-samples were sequenced by Illumine Genome Analyzer and the data was analyzed and prepared by TopHat2 and htseq-count. As reported previously, breast cancer could be grouped into five main groups known as basal epithelial-like group, HER2 group, normal breast-like group and two Luminal groups with a distinctive expression profile. Classifying breast tumor samples by using PAM50 method, the most common subtype was Luminal B and was significantly associated with ESR1 and ERBB2 high expression. Luminal A subtype had ESR1 and SLC39A6 significant high expression, whereas HER2 subtype had a high expression of ERBB2 and CNNE1 genes and low luminal epithelial gene expression. Basal-like and normal-like subtypes were associated with low expression of ESR1, PgR and HER2, and had significant high expression of cytokeratins 5 and 17. Our results were similar compared with TGCA breast cancer data results and with known studies related with breast cancer classification. Classifying breast tumors could add significant prognostic and predictive information to standard parameters, and moreover, identify marker genes for each subtype to find a better therapy for patients with breast cancer.

Bowing the violin : a case study for auditory-motor pattern modelling in the context of music performance

This project addresses methodological and technological challenges in the development of multi-modal data acquisition and analysis methods for the representation of instrumental playing technique in music performance through auditory-motor patterning models. The case study is violin playing: a multi-modal database of violin performances has been constructed by recording different musicians while playing short exercises on different violins. The exercise set and recording protocol have been designed to sample the space defined by dynamics (from piano to forte) and tone (from sul tasto to sul ponticello), for each bow stroke type being played on each of the four strings (three different pitches per string) at two different tempi. The data, containing audio, video, and motion capture streams, has been processed and segmented to facilitate upcoming analyses. From the acquired motion data, the positions of the instrument string ends and the bow hair ribbon ends are tracked and processed to obtain a number of bowing descriptors suited for a detailed description and analysis of the bow motion patterns taking place during performance. Likewise, a number of sound perceptual attributes are computed from the audio streams. Besides the methodology and the implementation of a number of data acquisition tools, this project introduces preliminary results from analyzing bowing technique on a multi-modal violin performance database that is unique in its class. A further contribution of this project is the data itself, which will be made available to the scientific community through the repovizz platform.

Análisis del formato del material educativo para la docencia de la estadística para psicólogos.

Resumen basado en el de la publicación

Dones directives i lideratge: el cas de les empreses gironines

L'objectiu de la tesi és l'anàlisi del accés de les dones a la direcció d'empreses, el seu estil de lideratge, Així com les dificultats que han trobat i tenen actualment per poder exercir la direcció. D'entrada s'ha fet una revisió de la literatura acadèmica sobre el lideratge i l'evolució de les seves característiques fins als dos grans estils: transaccional i transformacional. A partir d'aquest punt, es van recopilant una sèries d'estudis que analitzen les característiques diferencials de gènere i la influència que tenen en els estils de lideratge, per poder elaborar un model conceptual d'anàlisi que s'aplica en l'estudi empíric. Aquest fa referència a la realitat de les dones directives a les empreses de Girona i comarques. En primer lloc es fa una aproximació a les empreses per poder detectar on estan situades les dones directives i poder conèixer el seu perfil, així com l'estil de lideratge que tenen, com han accedit a la direcció i les dificultats que han de superar per poder exercir. Es fa especial referència a la conciliació de la vida laboral i la vida familiar, i també es fa una anàlisi de les motivacions que tenen per exercir la direcció i com veuen el futur per a les dones directives. La metodologia inclou anàlisi quantitativa i qualitativa: per a la quantitativa es varen fer servir dos qüestionaris, el primer dirigit als directius i directives d'una mostra de les empreses de Girona, en que es varen aconseguir 252 qüestionaris vàlids i el segon dirigit a dones directives de les empreses, amb l'obtenció de 100 qüestionaris vàlids. Posteriorment i en la recollida de dades de la fase qualitativa, es varen realitzar entrevistes a 19 dones directives, amb una posterior anàlisi del discurs. L'anàlisi de dades ens mostra que l'accés a la direcció és, en elevats percentatges, la via familiar o el fet de ser empresàries. S'ha de tenir en compte el context en el que estan aquestes empreses, que és de petita i mitjana i bàsicament familiar. L'estil de lideratge amb el que més s'identifiquen és el transformacional, però tenint també molt en compte la importància dels resultats. Les motivacions bàsiques manifestades són: autorrealització i desenvolupament personal. Pel que fa a les dificultats, les directives enquestades i entrevistades no han trobat gaires problemes importants, però el que sí han manifestat, ha estat la sensació de que pel fet de ser dones, han hagut de demostrat molt més la seva capacitat i vàlua en diferents circumstàncies de l'exercici de la direcció. També es té en compte que en les últimes investigacions sobre el tema, malgrat que és considera que les dones poden fer aportacions molt valuoses a les empreses i que poden ser molt positives per l'exercici de la direcció, encara no hi ha en les grans empreses un nombre de dones en càrrecs d'alta direcció que afavoreixi un accés més fàcil als consells d'administració, a no ser que siguin dones membres de la família accionarial.

La superdotació als centres d'educació infantil i primària dels Serveis Territorials d'Educació de Girona: creences dels professionals de l'educació, mestres i Equips d'Assessorament i Orientació Psicopedagògica (EAP), sobre la detecció d'aquests alumnes i les mesures d'intervenció educativa

En aquesta tesi es fa una valoració dels elements que incideixen en les creences dels mestres d'educació infantil i primària i dels professionals dels EAP respecte la detecció dels alumnes amb altes capacitats i les principals mesures d'intervenció educativa. Els instruments utilitzats són els propis de les metodologies naturalistes i quasi experimentals. L'anàlisi de resultats obtinguts llarg de tres cursos escolars recull les creences dels mestres i EAP a partir de diferents fonts d'informació: entrevistes, descripció de casos, anàlisi de dades, valoració de normativa i dos qüestionaris, un per a mestres i l'altre per a EAP. Els resultats posen en evidència una molt baixa detecció, insuficiència de regulació legal, eines de diagnòstic febles, dispersió documental i falta de formació. Es detecten contradiccions entre les creences i les pràctiques. Finalment es proposa una redefinició del concepte Altes Capacitats-superdotació des dels àmbits de l'eficàcia, del perfil i del rendiment escolar.

Protecció de dades categòriques i anàlisi de la pèrdua d'informació

Degut a l'expansió de la nostra societat cada dia hi ha més fonts de dades públiques (mèdiques, financeres,...) per a realitzar-hi estudis estadístics. Aquestes fonts de dades són perilloses per a la informació confidencial de les persones o institucions ja que són accessibles per a tothom, per tant necessiten ser protegides abans de ser publicades. En aquest projecte es presenten els diferents mètodes de protecció corresponents a dades categòriques així com un anàlisi de cadascun per a determinar-ne la pèrdua d'informació i el risc de revelació. Finalment també s'ha desenvolupat un mètode per optimitzar els resultats obtinguts pel mètode PRAM.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades per a l'anàlisi d'informació immobiliària

Aquest projecte consisteix en facilitar a l'empresa Sostre per a tothom l'anàlisi del seu catàleg d'immobles a Andorra i Espanya. Per poder oferir aquesta visió estratègica, es proposa la creació d'un nou magatzem de dades corporatiu, estructurat de tal manera que faciliti l'explotació d'aquesta informació pel seu anàlisis posterior, per tal d'ajudar en la pressa de decisions. Com a resultat del projecte s'obtenen tres productes; el propi magatzem de dades corporatiu, l'aplicació batch que executa el procés per poblar aquest magatzem i una bateria d'informes inicials que facilitaran la interpretació d'aquesta informació.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades per a l'anàlisi d'informació immobiliària

L'empresa immobiliària Sostre per tothom ens ha fet l'encàrrec de construir un magatzem de dades a partir d'un fitxer de dades en format text amb la informació del seu mercat immobiliari durant un cert període de temps, amb la finalitat d'explotar aquesta informació, mitjançant consultes i eines de business intelligence.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades per a l'anàlisi d'informació immobiliària

Aquest projecte consisteix en la construcció d'un magatzem de dades com a eina de treball per a l'empresa Sostre per a Tothom, una immobiliària que opera a Espanya i a Andorra. Aquesta immobiliària vol aprofitar la potència d'un magatzem de dades per recollir la informació històrica de pisos en venta i pisos venuts a partir d'un fitxer .txt i explotar aquesta informació amb eines de business intelligence per reportar dades i veure pisos-tipus.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades per a l'anàlisi d'informació immobiliària

Aquest treball consisteix en crear un projecte de magatzem de dades per a una empresa immobiliària. La primera etapa de la creació del magatzem consisteix en la definició del projecte, cosa que implica determinar els seus objectius i el seu abast i detallar la planificació del projecte. La segona fase consisteix en realitzar tot el seu disseny el més acuradament possible. En la tercera fase s'implementa el disseny anterior i es construeix el magatzem de dades, i també es creen els informes demanats per l'empresa mitjançant eines de Business Intelligence. Com a resultat final, s'haurà construït una base de dades en forma de cub multidimensional (data warehouse) amb les dades de tots els immobles que gestiona o ha gestionat l'empresa.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades per a l'anàlisi estadístic dels resultats del Campionat de Fórmula 1

Disseny, construcció i explotació d'un magatzem de dades a partir de la información disponible en fitxer en format MsExcel. El producte final havia de permetre l'explotació de la información sobre els resultats del Campionat de Fórmula 1 mitjançant Oracle Discoverer.

Creació de taules d'una base de dades relacional a partir del diagrama de classes d'anàlisi d'UML

És ben sabut que les úniques etapes del cicle de vida del programari que necessàriament s'han d'especificar són les de recollida de requisits i l'anàlisi o l'especificació del programari. La resta (disseny, implementació i prova) es pot generar d'una manera més o menys automàtica a partir de l'anàlisi. En aquest PFC hem volgut estudiar la viabilitat de la construcció automàtica de codi SQL a partir de diagrames de classes d'anàlisi UML. S'ha estès l'eina de modelatge UML Poseidon amb un connector, de manera que amb una interfície molt simple es pot obtenir molt ràpidament l'esquema bàsic d'una base de dades, incloent-hi les taules, les seves columnes, claus rimàries i foranes, i també els disparadors (i les claus úniques) necessaris per a garantir les restriccions de cardinalitat de les associacions.

Anàlisi i comparativa de frameworks dins de les 3 capes (Vista-Model-Dades) d'una arquitecturatípica JEE

Analitzarem, mitjançant proves de codi que realitzen la mateixa tasca, dels diferentsFramework escollits, la seva eficiència (velocitat i memòria entre d'altres).

Construcció i explotació d'un magatzem de dades per a l'anàlisi estadístic dels resultats del Campionat de Fórmula 1

Creació d'un magatzem de dades amb BBDD Oracle i l'eina Discoverer.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades per a l'anàlisi estadístic dels resultats del Campionat de Fórmula 1

En els darrers anys les organitzacions han anat agafant consciència de la importància de la gestió de la seva informació. D'aquesta necessitat d'organitzar les pròpies dades d'una forma coherent i eficient per al seu anàlisi sorgeixen els magatzems de dades. El projecte "Construcció i explotació d'un magatzem de dades per a l'anàlisi estadístic dels resultats del Campionat de Fórmula 1" s'emmarca dins aquest context i te com a objectiu el disseny d'un magatzem de dades per a cobrir les necessitats del Institut Català d'Esports de Motor (ICEM) en la gestió de les seves dades referents a la Fórmula 1. En aquest projecte s'han executat les diferents fases necessàries per a la creació d'un nou magatzem. En primer lloc s'ha fet l'anàlisi de requeriments i de les dades disponibles. A continuació s'ha fet el disseny i la implementació física del magatzem de dades. Seguidament s'ha procedit amb l'extracció, transformació i càrrega de dades originals (ETL) i per finalitzar s'han creat els informes. Com a resultat s'han obtingut una sèrie d'informes per a ser consumits de manera immediata pels usuaris del ICEM. Aquests informes han de permetre l'anàlisi de les dades d'una forma senzilla i àgil. A més s'ha implementat un sistema d'actualització automàtic de les dades que per al manteniment de la informació del magatzem.La implementació del magatzem de dades s'ha fet sobre una base de dades Oracle 10g Express Edition i els informes s'ha dissenyat amb l'eina Oracle Discoverer. Per a l'automatització de les dades s'ha fet servir a més visual basic script i l'eina de càrrega SQL*Loader.