Withdrawing from Atmosphere: An Ontology of Air partitioning and Affective Engineering

The main objective of this text is to warn against atmospherics. However comfortable it might appear, an atmosphere is politically suspicious because it numbs a body into an affective embrace of stability and permanence. It becomes doubly suspicious because a body desires to be part of the atmosphere. For this reason, I rethink both affect and atmosphere ontologically rather than phenomenologically. I argue that an atmosphere is engineered by subsuming individual affects to what I call, following Sloterdijk, an atmospheric glasshouse. I suggest that this happens in four steps: a distinction between inside and outside through partitioning; inclusion of the outside inside; illusion of synthesis; and dissimulation. In order to do this, I begin with air as the elemental paradox of ontological continuum and rupture. I carry on with the passage from air to atmosphere while retaining the discourse around continuum and rupture. Finally, I indicate a way of rupturing the atmospheric continuum through the ontological movement of withdrawal from the atmosphere. The ultimate goal of the article is to sketch a problematic of atmospherics that puts together without synthesising an elemental ontology of continuum and rupture.

Withdrawing from atmosphere: An ontology of air partitioning and affective engineering

The main objective of this text is to warn against atmospherics. However comfortable it might appear, an atmosphere is politically suspicious because it numbs a body into an affective embrace of stability and permanence. It becomes doubly suspicious because a body desires to be part of the atmosphere. For this reason, I rethink both affect and atmosphere ontologically rather than phenomenologically. I argue that an atmosphere is engineered by subsuming individual affects to what I call, following Sloterdijk, an atmospheric glasshouse. I suggest that this happens in four steps: a distinction between inside and outside through partitioning; inclusion of the outside inside; illusion of synthesis; and dissimulation. In order to do this, I begin with air as the elemental paradox of ontological continuum and rupture. I carry on with the passage from air to atmosphere while retaining the discourse around continuum and rupture. Finally, I indicate a way of rupturing the atmospheric continuum through the ontological movement of withdrawal from the atmosphere. The ultimate goal of the article is to sketch a problematic of atmospherics that puts together without synthesising an elemental ontology of continuum and rupture.

Metabolic and morphogenetic engineering of Bacillus subtilis: biotechnology for industry

Dissertation presented to obtain the Ph.D. degree in “Biology” at the Institute of Chemical and Biological Technology of the New University of Lisbon

Sustainability Improvement of a composite materials’ industry through recycling and re-engineering process approaches

Recent Advances in Mechanics and Materials in Design

Functional characterization and directed engineering of redox proteins for a rational improvement of Bioelectrochemical systems

In recent years, new methods of clean and environmentally friendly energy production have been the focus of intense research efforts. Microbial fuel cells (MFCs) are devices that utilize naturally occurring microorganisms that feed on organic matter, like waste water, while producing electrical energy. The natural habitats of bacteria thriving in microbial fuel cells are usually marine and freshwater sediments. These microorganisms are called dissimilatory metal reducing bacteria (DMRB), but in addition to metals like iron and manganese, they can use organic compounds like DMSO or TMAO, radionuclides and electrodes as terminal electron acceptors in their metabolic pathways.(...)

The Alberta Dilemma: Optimal Sharing of a Water Resource by an Agricultural and an Oil Sector

The purpose of this paper is to characterize the optimal time paths of production and water usage by an agricultural and an oil sector that have to share a limited water resource. We show that for any given water stock, if the oil stock is sufficiently large, it will become optimal to have a phase during which the agricultural sector is inactive. This may mean having an initial phase during which the two sectors are active, then a phase during which the water is reserved for the oil sector and the agricultural sector is inactive, followed by a phase during which both sectors are active again. The agricultural sector will always be active in the end as the oil stock is depleted and the demand for water from the oil sector decreases. In the case where agriculture is not constrained by the given natural inflow of water once there is no more oil, we show that oil extraction will always end with a phase during which oil production follows a pure Hotelling path, with the implicit price of oil net of extraction cost growing at the rate of interest. If the natural inflow of water does constitute a constraint for agriculture, then oil production never follows a pure Hotelling path, because its full marginal cost must always reflect not only the imputed rent on the finite oil stock, but also the positive opportunity cost of water.

Improvements in Fermentative Hydrogen Production through Physiological Manipulation and Metabolic Engineering

La production biologique d'hydrogène (H2) représente une technologie possible pour la production à grande échelle durable de H2 nécessaire pour l'économie future de l'hydrogène. Cependant, l'obstacle majeur à l'élaboration d'un processus pratique a été la faiblesse des rendements qui sont obtenus, généralement autour de 25%, bien en sous des rendements pouvant être atteints pour la production de biocarburants à partir d'autres processus. L'objectif de cette thèse était de tenter d'améliorer la production d'H2 par la manipulation physiologique et le génie métabolique. Une hypothèse qui a été étudiée était que la production d'H2 pourrait être améliorée et rendue plus économique en utilisant un procédé de fermentation microaérobie sombre car cela pourrait fournir la puissance supplémentaire nécessaire pour une conversion plus complète du substrat et donc une production plus grande d'H2 sans l'aide de l'énergie lumineuse. Les concentrations optimales d’O2 pour la production de H2 microaérobie ont été examinées ainsi que l'impact des sources de carbone et d'azote sur le processus. La recherche présentée ici a démontré la capacité de Rhodobacter capsulatus JP91 hup- (un mutant déficient d’absorption-hydrogénase) de produire de l'H2 sous condition microaérobie sombre avec une limitation dans des quantités d’O2 et d'azote fixé. D'autres travaux devraient être entrepris pour augmenter les rendements d'H2 en utilisant cette technologie. De plus, un processus de photofermentation a été créé pour améliorer le rendement d’H2 à partir du glucose à l'aide de R. capsulatus JP91 hup- soit en mode non renouvelé (batch) et / ou en conditions de culture en continu. Certains défis techniques ont été surmontés en mettant en place des conditions adéquates de fonctionnement pour un rendement accru d'H2. Un rendement maximal de 3,3 mols de H2/ mol de glucose a été trouvé pour les cultures en batch tandis que pour les cultures en continu, il était de 10,3 mols H2/ mol de glucose, beaucoup plus élevé que celui rapporté antérieurement et proche de la valeur maximale théorique de 12 mols H2/ mol de glucose. Dans les cultures en batch l'efficacité maximale de conversion d’énergie lumineuse était de 0,7% alors qu'elle était de 1,34% dans les cultures en continu avec un rendement de conversion maximum de la valeur de chauffage du glucose de 91,14%. Diverses autres approches pour l'augmentation des rendements des processus de photofermentation sont proposées. Les résultats globaux indiquent qu'un processus photofermentatif efficace de production d'H2 à partir du glucose en une seule étape avec des cultures en continu dans des photobioréacteurs pourrait être développé ce qui serait un processus beaucoup plus prometteur que les processus en deux étapes ou avec les co-cultures étudiés antérieurément. En outre, l'expression hétérologue d’hydrogenase a été utilisée comme une stratégie d'ingénierie métabolique afin d'améliorer la production d'H2 par fermentation. La capacité d'exprimer une hydrogénase d'une espèce avec des gènes de maturation d'une autre espèce a été examinée. Une stratégie a démontré que la protéine HydA orpheline de R. rubrum est fonctionnelle et active lorsque co-exprimée chez Escherichia coli avec HydE, HydF et HydG provenant d'organisme différent. La co-expression des gènes [FeFe]-hydrogénase structurels et de maturation dans des micro-organismes qui n'ont pas une [FeFe]-hydrogénase indigène peut entraîner le succès dans l'assemblage et la biosynthèse d'hydrogénase active. Toutefois, d'autres facteurs peuvent être nécessaires pour obtenir des rendements considérablement augmentés en protéines ainsi que l'activité spécifique des hydrogénases recombinantes. Une autre stratégie a consisté à surexprimer une [FeFe]-hydrogénase très active dans une souche hôte de E. coli. L'expression d'une hydrogénase qui peut interagir directement avec le NADPH est souhaitable car cela, plutôt que de la ferrédoxine réduite, est naturellement produit par le métabolisme. Toutefois, la maturation de ce type d'hydrogénase chez E. coli n'a pas été rapportée auparavant. L'opéron hnd (hndA, B, C, D) de Desulfovibrio fructosovorans code pour une [FeFe]-hydrogénase NADP-dépendante, a été exprimé dans différentes souches d’E. coli avec les gènes de maturation hydE, hydF et hydG de Clostridium acetobutylicum. L'activité de l'hydrogénase a été détectée in vitro, donc une NADP-dépendante [FeFe]-hydrogénase multimérique active a été exprimée avec succès chez E. coli pour la première fois. Les recherches futures pourraient conduire à l'expression de cette enzyme chez les souches de E. coli qui produisent plus de NADPH, ouvrant la voie à une augmentation des rendements d'hydrogène via la voie des pentoses phosphates.

Synthesis and characterisation of novel nitrogen and fluorine containing spirobifluorene derivatives for electronic applications and crystal engineering

Among organic materials, spirobifluorene derivatives represent a very attractive class of materials for electronic devices. These compounds have high melting points, glass transitions temperatures and morphological stability, which makes these materials suitable for organic electronic applications. In addition, some of spirobifluorenes can form porous supramolecular associations with significant volumes available for the inclusion of guests. These molecular associations based on the spirobifluorenes are noteworthy because they are purely molecular analogues of zeolites and other microporous solids, with potential applications in separation, catalysis, sensing and other areas.

Nanocrystalline Ge Flash Memories: Electrical Characterization and Trap Engineering

Conventional floating gate non-volatile memories (NVMs) present critical issues for device scalability beyond the sub-90 nm node, such as gate length and tunnel oxide thickness reduction. Nanocrystalline germanium (nc-Ge) quantum dot flash memories are fully CMOS compatible technology based on discrete isolated charge storage nodules which have the potential of pushing further the scalability of conventional NVMs. Quantum dot memories offer lower operating voltages as compared to conventional floating-gate (FG) Flash memories due to thinner tunnel dielectrics which allow higher tunneling probabilities. The isolated charge nodules suppress charge loss through lateral paths, thereby achieving a superior charge retention time. Despite the considerable amount of efforts devoted to the study of nanocrystal Flash memories, the charge storage mechanism remains obscure. Interfacial defects of the nanocrystals seem to play a role in charge storage in recent studies, although storage in the nanocrystal conduction band by quantum confinement has been reported earlier. In this work, a single transistor memory structure with threshold voltage shift, Vth, exceeding ~1.5 V corresponding to interface charge trapping in nc-Ge, operating at 0.96 MV/cm, is presented. The trapping effect is eliminated when nc-Ge is synthesized in forming gas thus excluding the possibility of quantum confinement and Coulomb blockade effects. Through discharging kinetics, the model of deep level trap charge storage is confirmed. The trap energy level is dependent on the matrix which confines the nc-Ge.

DNA and genetic engineering.

Este título pertenece a una serie que ofrece en profundidad una visión de las células en todo el mundo vivo, su estructura y los procesos en que se basa la vida en la Tierra. En él se explica cómo se crea el ADN y cómo se lee su código. Explora la ingeniería genética y la terapia génica, así como las áreas de la investigación con células madre y clonación. Se dan ejemplos, como el reciente uso de la sangre del cordón umbilical de un bebé para proporcionar células madre para el ensayo de nuevos fármacos. Tiene índice, glosario, referencias bibliográficas y un cuadro con algunos de los principales acontecimientos de la genética.

Distribution of diatom communities in agricultural and mining watersheds of Southwest Spain

Els sistemes aquàtics continental representen un dels ecosistemes més amenaçats a nivell mundial, com a conseqüència de l'ús intensiu quel'home en fa. La conca del Guadiana no està lliure d'aquestes pressions antròpiques. Les grans infraestructures hidràuliques i l'escorrentia provinent de l'agricultura són només exemples dels greus problemes que pateix la conca. Aquests problemes es fan especialment palesos en la zona alta de la conca, on l'escassetat d'aigua no fa més que agreujar el problema.Tot això ha generat la necessitat urgent d'avaluar l'estat de conservació d'aquests ecosistemes aquàtics continentals, poder determinar la mesura i la magnitud de les pertorbacions que els estan afectant i així proposar mesures de gestió destinades a restaurar-ne la integritat ecològica. El principal objectiu que presenta aquest és determinar els patrons de distribució de les comunitats de algals (amb una menció especial en el grup de les diatomees) i de les seves causes en la conca del Guadiana i associades, amb la finalitat d'establir i proposar eines que permetin avaluar l'estat de conservació de les masses d'aigua d'aquestes conques.