Structural insights into the allosteric activation mechanism of cGMP-dependent protein kinase I

Cyclic GMP-dependent protein kinase (PKG) is a key transducer in the NO-cGMP signaling pathway. In this line, PKG has been considered an important drug target for treating hypertensive cardiovascular and pulmonary diseases. However, the investigation of PKG’s allosteric activation mechanism has been hampered by a lack of structural information. One of the fundamental questions on the cGMP-dependent activation of PKG is how the enzyme can distinguish cGMP over cAMP and selectively respond to cGMP. To ensure proper signaling, PKG must have developed unique features to ensure its activation upon the right activation signal. In this thesis, the cGMP-selective activation mechanism of PKG was studied through determining crystal structures of three truncated constructs of the regulatory domain [CNB-A (92-227), CNB-B (271-369), and CNB-A/B (92-351)] of PKG Iβ in the absence or presence of cyclic nucleotides. Herein, two individual CNB domain structures with biochemical data revealed that the C-terminal CNB domain (CNB-B) is responsible for cGMP selectivity, while the N-terminal CNB-domain (CNB-A) has a higher binding affinity for both cGMP and cAMP without showing any selectivity. Based on these crystal structures, mutagenesis studies were performed in which the critical residues for cyclic nucleotide selectivity and activation were identified. Furthermore, we discovered that the conformational changes of the C-terminal helix of the CNB-B that bridges between the regulatory and catalytic domains including the hydrophobic capping interaction are crucial for PKG activation. In addition, to observe the global conformation of the activated R-domain, I solved a co-crystal structure of the CNB-A/B with cGMP. Although a monomeric construct was crystallized, the structure displays a dimer. Strikingly, the CNB-A domain and its bound cGMP provide a key interface for this dimeric interaction. Using small angle X-ray scattering (SAXS), the existence of the cGMP-mediated dimeric interface within the CNB domains was confirmed. Furthermore, measuring cGMP-binding affinities (EC50) of the dimeric interface mutants as well as determining activation constants (Ka) revealed that the interface formation is important for PKG activation. To conclude, this thesis study provides a new mechanistic insight in PKG activation along with a newly found interface that can be targeted for designing PKG-specific activity modulators.

Creación de una empresa virtual de servicios informativos para la industria musical de Bogotá

El presente trabajo describe el proceso de conformación de la empresa “C Music”, la cual tiene como meta posicionarse como líder en la consolidación, promoción y distribución de información relacionada con la industria de la música inicialmente en Bogotá. En el presente trabajo se plantea tanto el problema como la justificación que llevaron al autor a desarrollar la empresa, así como los objetivos y metas trazadas en el corto, mediano y largo plazo. En él se realiza una investigación de mercado, y se referencian las empresas que prestan servicios similares tanto en Colombia como en América Latina y España. Finalmente se definen las herramientas técnicas con las que se realizó la planificación de la empresa. El trabajo de grado tiene como soporte una fuerte labor investigativa que se realizó a través de visitas de campo, en las cuales se diligenciaba una encuesta que facilitó el proceso de sistematización de la información, ésta fue posteriormente condensada en una base de datos que estará a disposición del público, a través de un portal Web, que es el medio por el cual funcionará la empresa.

Redes transnacionales de crimen organizado. Caso de estudio: el narcotráfico en México 1990 – 2008

El narcotráfico en México es una claro ejemplo del crimen organizado internacional, en el que las complejas redes de cooperación transnacional, tejidas entre varios grupos alrededor del mundo, se articulan a la manera de una gran empresa organizada creada con fines de lucro, que se basa en la conformación de una economía alternativa derivada del tráfico de narcóticos y otras tantas actividades al margen de la ley, que encuentran en la escasa implementación de políticas concertadas en los ámbitos de la seguridad nacional y hemisférica, el espacio propicio para su accionar.

La acción de grupo : mecanismo adecuado y efectivo para reparar graves violaciones a los derechos humanos

La presente tesis, demuestra que la acción de grupo, consagrada en el Artículo 88 de la Constitución Política de Colombia y en la Ley 472 de 1998, es un mecanismo idóneo y efectivo de reparación en casos de graves violaciones a los derechos humanos v.gr. desplazamiento forzado. Para ello, en una primera parte, se presentan algunos antecedentes internacionales de esta acción, como lo son los International Mass Claims Processes y las Class Actions anglosajonas, que evidencian los casos de procedencia y los requisitos que se han establecido a nivel internacional para que una acción colectiva pueda proceder para indemnizar esta clase de violaciones. Posteriormente, en una segunda parte, se analizan los principales aspectos procesales de la acción de grupo, como lo son, por ejemplo, la conformación del grupo, la representatividad adecuada, el termino de caducidad de la acción, la notificación de la demanda, la publicación de la sentencia y el estimativo de perjuicios, entre otros aspectos, que a nivel sustancial y procedimental muestran que la acción de grupo es un mecanismo adecuado para indemnizar in integrum a las víctimas de las graves violaciones a los derechos humanos. Por último, se establece que el estándar internacional de reparación que es empleado en el sistema interamericano de protección de derechos humanos (Restitución, indemnización. rehabilitación, satisfacción, garantía de no repetición y proyecto de vida) puede ser aplicado de manera adecuada y efectiva a través del empleo de la acción de grupo.

El discurso político del presidente Hugo Chávez Frías como constituyente de identidad política en Venezuela: antagonismo y representación

En esta monografía de grado se pretende hacer un análisis acerca de la constitución de una nueva identidad política en Venezuela a partir del discurso del presidente Hugo Chávez y con posterioridad al golpe de Estado de 2002. Para ello, se emplean los supuestos teóricos de Ernesto Laclau y Chantal Mouffe y la deconstrucción de las categorías discursivas del presidente venezolano, así como “la respuesta” popular en relación a la representación política en “doble vía”. Por medio de un estudio histórico sobre la conformación de Venezuela como un Estado democrático-liberal, es posible aprehender sobre su consenso (Pacto de Punto Fijo) y la manera en la que un discurso antagónico se erige como hegemónico y así, se establece una identidad política alternativa: “El pueblo bolivariano”. Se trata de un análisis cualitativo sobre la constitución de identidades políticas y la relación entre las mismas, se aleja completamente de una evaluación sobre los logros y/o fracasos del proceso político venezolano.

En busca de algunos hechos estilizados del mercado financiero colombiano

El reciente desarrollo de los mercados financieros en Colombia hace evidente la importancia de la mayor o menor integración con el entorno internacional. De acuerdo con la teoría de portafolio, para la conformación de un portafolio eficiente se deben combinar activos de diferente riesgo para obtener el mayor retorno esperado posible, teniendo en cuenta que puede existir correlación entre los activos. En ese sentido, se busca evidencia del grado de correlación que existe entre los principales activos del mercado local y del mercado internacional. En particular, los activos del mercado local (dólar, bonos de la Tesorería y acciones) y el mercado extranjero (en particular bonos del Tesoro de Estados Unidos) deberían presentar una correlación alta para considerarse sustitutos en una eventual construcción de un portafolio eficiente. En busca de estos hechos estilizados, se utilizan dos metodologías (Filtro de Hodrick y Prescott, 1997 y primeras diferencias de las variables) para la estimación de correlaciones contemporáneas y no contemporáneas entre los diferentes activos. Sin embargo, la evidencia muestra que la relación que existe entre los activos locales y los extranjeros no permite ser concluyente sobre el tema.

Oportunidades para la internacionalización del clúster de tecnologías de la información y desarrollo de software en Colombia

El presente trabajo pretende encontrar y explicar las ventajas o desventajas que traen para la internacionalización la creación de Clústers en Colombia; en particular el del sector de tecnologías de la información, telecomunicaciones y desarrollo de software, el cual presenta características diferenciadoras en la elaboración de los productos y servicios, debido a que al ser en su mayoría intangibles requieren de diferentes fuentes de recursos y altos niveles innovación; así como de diferentes agentes coadyuvantes dentro de la industria. Se describen aquellos factores logísticos, legales y estratégicos a tener en cuenta en la conformación de Clústers así como algunas experiencias internacionales del sector que ayudarán a construir las bases y buenas prácticas tanto para agentes públicos como privados en la conformación de Clústers.

La estructura de oportunidad política en la aparición del movimiento estudiantil mexicano de 1968

Este documento presenta un estudio de cómo los cambios en las dimensiones pertenecientes a la estructura de oportunidad política, fueron determinantes en la conformación identitaria de un movimiento, la estructuración de sus demandas y sus métodos de actuación

La restauración del orden democrático en Paraguay. Apuntes para entender el triunfo de Fernando Lugo dentro de una larga transición inconclusa

Entender la relevancia que adquiere el triunfo de Fernando Armindo Lugo Méndez en Paraguay implica realizar un repaso de la vida política de dicho país, para comprender el funcionamiento que el Partido Colorado –opositor al ex obispo en las elecciones del 2008– adquirió en los previos 61 años en el poder; 35 de los cuales conformaron una dictadura (liderada por Alfredo Stroessner).Realizando una breve caracterización de la historia política del Paraguay, comenzando con las Guerras Patrias, prosiguiendo con una descripción de los gobiernos colorados que presidieron entre 1947 y 2008, y profundizando el análisis de los años de transición a la democracia (iniciada en 1989), este artículo intentará dar una aproximación interpretativa sobre los factores que confluyeron para lograr el triunfo electoral del ex clérigo Fernando Lugo en el año 2008, quien derrocó al Partido Colorado (Asociación Nacional Republicana, ANR).Consiguientemente, se describirá la conformación de los poderes legislativos y judiciales, con la finalidad de observar continuidades y rupturas en estas instituciones durante la transición y en el gobierno actual.Finalmente, se hará un breve comentario referido a la actualidad del país, a dos años de haber consagrado como primer mandatario a un ex obispo.---The restoration of the democraticorder in Paraguay. Notes to understand Fernando Lugo’s victory inside a long incomplete transitionUnderstanding the relevancy that acquires the victory of the ex clergyman of the Catholic Church Fernando Armindo Lugo Méndez in Paraguay, implies realizing a revision (brief but conscientious) of the political recent life of the above mentioned country, to understand the characteristics that the Party Colorado –opponent to the ex-bishop in the 2008 elections– had during 61 years before; 35 of which shaped a dictatorship (led by Alfredo Stroessner).Making a brief characterization of the political history of Paraguay, starting with the Patriotic War, continuing with a description of the Colorado governments that presided between 1947 and 2008 and deepening the analysis the years of transition to democracy (begun in 1989), this article will attempt to give an interpretative approach to the factors that came together to achieve electoral victory of former priest Fernando Lugo in 2008, who overthrew the Colorado Party (Asociación Nacional Republicana, ANR).Accordingly, it will be to characterize the conformation of the legislative and judicial powers, in order to observe continuities and discontinuities in these institutions during the transition and now.Finally, a brief comment will be referred to the country today, two years after he established himself as a former president bishop.Key words: Paraguay, democratic transition, Colorado Party’s presidency, Lugo’s victory.---A restauração da ordem democrática no Paraguai. Anotações para entender o triunfo de Fernando Lugo dentro de uma longa transição inconclusaEntender a relevância que adquire o triunfo de Fernando Armindo Lugo Méndez no Paraguai implica realizar um repasso da vida política de dito país, para compreender o funcionamento que o Partido Colorado –opositor ao ex-bispo nas eleições do 2008–adquiriu nos prévios 61 anos no poder; 35 dos quais conformaram uma ditadura (liderada por Alfredo Stroessner).Realizando uma breve caracterização da historia política do Paraguai, começando com as Guerras Pátrias, prosseguindo com uma descrição dos governos colorados que presidiram entre 1947 e 2008, e aprofundando a análise dos anos de transição à democracia (iniciada em 1989), este artigo tentará dar uma aproximação interpretativa sobre os fatores que confluíram para lograr o triunfo eleitoral do ex-clérigo Fernando Lugo no ano 2008, quem derrocou ao Partido Colorado (Associação Nacional Republicana, ANR).Conseguintemente, se descreverá a conformação dos poderes legislativos e judiciais, com a finalidade de observar continuidades e rupturas nestas instituições durante a transição e no governo atual.Finalmente, se fará um breve comentário referido à atualidade do país, a dois anos de haver consagrado como primeiro mandatário a um ex-bispo.Palavras chave: Paraguai. Transição democrática. Governos Colorados. Triunfo de Lugo.

Causas que motivan la conformación de comunidades alternativas como crítica a la sociedad occidental moderna. Caso Kunagua, Silvania, Colombia

La conformación de comunidades alternativas comúnmente se genera tras el abandono voluntario de ciudades occidentales modernas y actualmente está cobrando mayor importancia a nivel mundial. Por lo general las comunidades alternativas se caracterizan por ser asentamientos humanos que buscan integrar todos los aspectos de la vida en un entorno saludable, en el que se promueve la auto-sostenibilidad. Las causas de tipo político, económico y espiritual que motivan esta decisión en ciertos grupos de personas, relejan una posición no solo crítica sino también activa frente a la sociedad contemporánea. El presente estudio de caso pretende identificar estas causas y articularlas para presentar una crítica a la sociedad occidental moderna, sociedad en la cual se le ha dado preponderancia al método científico para explicar incluso el origen de los seres humanos, reconociendo la razón como modo supremo de conocimiento y olvidando por tanto que existe otro modo de conocer superior y previo a la razón.

Efectos de las reformas del fondo monetario internacional en la conformación de movimientos alterglobalización en el ecuador. Caso de análisis: movimiento de unidad plurinacional Pachakutik

El objetivo de la presente monografía de grado es explicar cómo las reformas del FMI implementadas en el Ecuador desde 1984 generaron una reestructuración de la economía que permitió la articulación organizativa e ideológica del Movimiento de Unidad Plurinacional Pachakutik (MUPP). Se analiza y explica el impacto de las reformas del FMI en la organización del MUPP y su accionar político en el Ecuador, desde la perspectiva de la teoría del neogramscianismo de Robert Cox, para entender el papel que las primeras tuvieron en la conformación y configuración del segundo. Se efectúa una revisión de textos académicos y programáticos del MUPP, entrevistas realizadas por terceros a los dirigentes del movimiento así como entrevistas realizadas por la autora.

Conformations of poly{G}-poly{C} π stacks with high hole mobility

Charge transfer properties of DNA depend strongly on the π stack conformation. In the present paper, we identify conformations of homogeneous poly-{G}-poly-{C} stacks that should exhibit high charge mobility. Two different computational approaches were applied. First, we calculated the electronic coupling squared, V2, between adjacent base pairs for all 1 ps snapshots extracted from 15 ns molecular dynamics trajectory of the duplex G15. The average value of the coupling squared 〈 V2 〉 is found to be 0.0065 eV2. Then we analyze the base-pair and step parameters of the configurations in which V2 is at least an order of magnitude larger than 〈 V2 〉. To obtain more consistent data, ∼65 000 configurations of the (G:C)2 stack were built using systematic screening of the step parameters shift, slide, and twist. We show that undertwisted structures (twist<20°) are of special interest, because the π stack conformations with strong electronic couplings are found for a wide range of slide and shift. Although effective hole transfer can also occur in configurations with twist=30° and 35°, large mutual displacements of neighboring base pairs are required for that. Overtwisted conformation (twist38°) seems to be of limited interest in the context of effective hole transfer. The results may be helpful in the search for DNA based elements for nanoelectronics

Electronic and vibrational contributions to first hyperpolarizability of donor-acceptor-substituted azobenzene

In this study we report on the electronic and vibrational (hyper)polarizabilities of donor–acceptorsubstituted azobenzene. It is observed that both electronic and vibrational contributions to the electric dipole first hyperpolarizability of investigated photoactive molecule substantially depend on the conformation. The contributions to the nuclear relaxation first hyperpolarizability are found to be quite important in the case of two considered isomers (cis and trans). Although the double-harmonic term is found to be the largest in terms of magnitude, it is shown that the total value of the nuclear relaxation contribution to vibrational first hyperpolarizability is a result of subtle interplay of higher-order contributions. As a part of the study, we also assess the performance of long-range-corrected density functional theory in determining vibrational contributions to electric dipole (hyper)polarizabilities. In most cases, the applied long-range-corrected exchange correlation potentials amend the drawbacks of their conventional counterparts

Resolució de l'estructura tridimensional de l'helicasa hexamètrica DnaB

Es presenta el model atòmic a 4.5 Å de DnaB, la principal helicasa replicativa bacteriana, d'Aquifex aeolicus. És un anell hexamèric de 100 Å d'amplada i 80 Å d'alçada amb dues capes de simetria diferenciada, la dels dominis N-terminals en C3 i la dels C-terminals propera a C6. El diàmetre central és de 25 Å al llarg d'ambdues capes, principal diferència amb les estructures prèvies, on era 25 Å més estret a la capa N-terminal. L'estretament s'origina pel trencament d'una de les dues superfícies d'interacció entre monòmers N-terminals, cosa que augmenta la flexibilitat del subdomini implicat. Només l'ssDNA pot atravessar l'anell, quan a les estructures prèvies hi podia passar tant ssDNA com dsDNA. L'estructura aquí presentada és més propera a la conformació funcional de DnaB durant la realització de l'activitat helicasa, mentre que les anteriors correspondrien a la forma inactiva o a la conformació capaç de translocar-se sobre dsDNA.

Mechanism of action of cyclic antimicrobial peptides

This PhD thesis is the result of the combination of experimental and computational techniques with the aim of understanding the mechanism of action of de novo cyclic decapeptides with high antimicrobial activity. By experimental techniques the influence of the replacement of the phenylalanine for tryptophan residue in their antimicrobial activity was tested and the stability in human serum was also analyzed, in order to evaluate their potential therapeutic application as antitumor agents. On the other hand, the interaction amongst the peptide BPC194 c(KKLKKFKKLQ), the best candidate from the whole library of cyclic peptides, and a model anionic membrane was simulated. The results showed a structure-function relationship derived from the stable conformation of the peptides involved in the membrane permeabilization. As a result, a rational design was performed being BPC490 the peptide with best antimicrobial activity compared with the best active peptide from the original library.