Electronic couplings and on-site energies for hole transfer in DNA: systematic quantum mechanical/molecular dynamic study

The electron hole transfer (HT) properties of DNA are substantially affected by thermal fluctuations of the π stack structure. Depending on the mutual position of neighboring nucleobases, electronic coupling V may change by several orders of magnitude. In the present paper, we report the results of systematic QM/molecular dynamic (MD) calculations of the electronic couplings and on-site energies for the hole transfer. Based on 15 ns MD trajectories for several DNA oligomers, we calculate the average coupling squares 〈 V2 〉 and the energies of basepair triplets X G+ Y and X A+ Y, where X, Y=G, A, T, and C. For each of the 32 systems, 15 000 conformations separated by 1 ps are considered. The three-state generalized Mulliken-Hush method is used to derive electronic couplings for HT between neighboring basepairs. The adiabatic energies and dipole moment matrix elements are computed within the INDO/S method. We compare the rms values of V with the couplings estimated for the idealized B -DNA structure and show that in several important cases the couplings calculated for the idealized B -DNA structure are considerably underestimated. The rms values for intrastrand couplings G-G, A-A, G-A, and A-G are found to be similar, ∼0.07 eV, while the interstrand couplings are quite different. The energies of hole states G+ and A+ in the stack depend on the nature of the neighboring pairs. The X G+ Y are by 0.5 eV more stable than X A+ Y. The thermal fluctuations of the DNA structure facilitate the HT process from guanine to adenine. The tabulated couplings and on-site energies can be used as reference parameters in theoretical and computational studies of HT processes in DNA

Análisis de adopción, actividad y participación en aplicaciones SIG Libres: un estudio sobre GRASS, Quantum GIS y gvSIG basado en indicadores

A través del análisis de información pública del proyecto se han elaborado una serie de indicadores que permiten comparar el grado de adopción, actividad y participación en proyectos de software libre. Estos indicadores han sido desarrollados en base a información obtenida desde herramientas habituales en los proyectos (listas de correo, repositorios de código, etc) y que nos permiten reconstruir los patrones de comportamiento en los mismos

Fuzzy set Theory and Quantum Chemistry

Es discuteixen breument algunes consideracions sobre l'aplicació de la Teoria dels Conjunts difusos a la Química quàntica. Es demostra aqui que molts conceptes químics associats a la teoria són adequats per ésser connectats amb l'estructura dels Conjunts difusos. També s'explica com algunes descripcions teoriques dels observables quàntics es potencien tractant-les amb les eines associades als esmentats Conjunts difusos. La funció densitat es pren com a exemple de l'ús de distribucions de possibilitat al mateix temps que les distribucions de probabilitat quàntiques

Quantum similarity topological indices definition, analysis and comparison with classical molecular topological indices

Es mostra que, gracies a una extensió en la definició dels Índexs Moleculars Topològics, s'arriba a la formulació d'índexs relacionats amb la teoria de la Semblança Molecular Quàntica. Es posa de manifest la connexió entre les dues metodologies: es revela que un marc de treball teòric sòlidament fonamentat sobre la teoria de la Mecànica Quàntica es pot connectar amb una de les tècniques més antigues relacionades amb els estudis de QSPR. Es mostren els resultats per a dos casos d'exemple d'aplicació d'ambdues metodologies

Practical applications of quantum molecular similarity measures (QMSM): programs and examples

Es descriu l'aproximació de Capes Atòmiques dins de la teoria de la Semblança Molecular Quàntica. Partint només de dades teòriques, s'ha trobat una relació entre estructura molecular i activitat biològica per a diversos conjunts de molècules. Es descriuen els aspectes teòrics de la Semblança Molecular Quàntica i alguns exemples d'aplicació

Molecular quantum similarity in QSAR: applications in computer-aided molecular design

La present tesi està centrada en l'ús de la Teoria de Semblança Quàntica per a calcular descriptors moleculars. Aquests descriptors s'utilitzen com a paràmetres estructurals per a derivar correlacions entre l'estructura i la funció o activitat experimental per a un conjunt de compostos. Els estudis de Relacions Quantitatives Estructura-Activitat són d'especial interès per al disseny racional de molècules assistit per ordinador i, en particular, per al disseny de fàrmacs. Aquesta memòria consta de quatre parts diferenciades. En els dos primers blocs es revisen els fonaments de la teoria de semblança quàntica, així com l'aproximació topològica basada en la teoria de grafs. Ambdues teories es fan servir per a calcular els descriptors moleculars. En el segon bloc, s'ha de remarcar la programació i implementació de programari per a calcular els anomenats índexs topològics de semblança quàntica. La tercera secció detalla les bases de les Relacions Quantitatives Estructura-Activitat i, finalment, el darrer apartat recull els resultats d'aplicació obtinguts per a diferents sistemes biològics.

Estudio de los beneficios de la implementación del modelo de gestión cloud computing en comparación al modelo de gestión tradicional. Caso de estudio: Corporación ADC-HAS Management Ecuador S.A.

El desarrollo eficiente y oportuno de las actividades propias de las empresas exige una constante renovación en su infraestructura, capacitación permanente de su staff, investigar nuevas tecnológicas y la asignación cada vez mayor del presupuesto para su área de TIC. Varios modelos de gestión han intentado suplir estas necesidades, entre los que se puede mencionar a: hosting, outsourcing, leasing, servicios profesionales, asesorías especializadas, entre otros. El modelo de gestión cloud computing y sus diversas opciones se está posicionando últimamente como la solución más viable y rápida de implementar. De ahí que, este proyecto se enfoca en el estudio de este modelo como una alternativa al modelo de gestión tradicional de servicios TIC, y toma como referencia para el desarrollo de esta tesis la situación actual de la infraestructura tecnológica de la Corporación ADC&HAS Management Ecuador S.A. No se pretende justificar al cloud como una solución definitiva, sino plantear este modelo como una alternativa útil a la realidad tecnológica de la Corporación, y en base a sus propiedades concluir que fue el modelo que mejor se ajustó a la estrategia institucional en términos: organizacionales, tecnológicos y financieros, por lo menos para los próximos cinco años. En los dos primeros capítulos se referencian algunos elementos conceptuales en los que se fundamenta las TIC y se mencionan ciertos parámetros que intervinieron en su evolución. El tercer capítulo describe a la Corporación; y en el capítulo cuarto se aplican los conceptos de los primeros capítulos reforzados con las experiencias publicadas en la revista Computerworld (2010 hasta la presente) y que permitieron evaluar los beneficios de los dos modelos de gestión y las razones para implementarlos o mantenerlos.

Análisis del modelo de negocio del cloud computing. Caso: empresa de desarrollo DevTeam

Hoy en día el uso de las TIC en una empresa se ha convertido en indispensable sin importar su tamaño o industria a tal punto que ya no es una ventaja competitiva el simple hecho de usarla sino que la clave es determinar cuál es la mejor para la empresa. Existen en el mercado servicios en-línea que igualan o sobrepasan los estándares de tecnologías pagadas que incluso deben ser instaladas dentro de la empresa consumiendo recursos y en algunos casos subutilizándolos, los servicios del cloud computing poseen la flexibilidad y capacidad que la empresa requiere de acuerdo a sus necesidades de crecimiento y de cambio continuo que el mercado exige en la actualidad. Algunas empresas no invierten en dichas tecnologías porque no saben que pueden accederlas a costos bajos e incluso en algunos casos sin pagar un solo centavo y pierden competitividad y productividad por simple desconocimiento. El uso de servicios SaaS e IaaS afecta al flujo de caja de manera positiva comparada con una inversión en infraestructura propia, sobre todo en empresas que están empezando a funcionar o en aquellas que están en proceso de renovación tecnológica. Después de realizada esta investigación se recomienda el uso de los servicios de cloud computing, pero es evidente que no son útiles para todas las empresas y la utilidad depende de la criticidad de las aplicaciones o infraestructuras, el momento por el que pasa la compañía, tamaño de la empresa, ¿Cloud pública o Cloud privada?, en ocasiones, virtualizar también es racionalizar y la visión integral de la seguridad. Por otro lado, después de tabular los datos obtenidos en la encuesta número 2 se evidenció que el lanzamiento del Servicio en la nube de EcuFlow incrementó la demanda de esta herramienta en el mercado.

The use of computer-based learning tools for teaching and clinical purposes: Interactive computing strategy for Iraq

Medical universities and teaching hospitals in Iraq are facing a lack of professional staff due to the ongoing violence that forces them to flee the country. The professionals are now distributed outside the country which reduces the chances for the staff and students to be physically in one place to continue the teaching and limits the efficiency of the consultations in hospitals. A survey was done among students and professional staff in Iraq to find the problems in the learning and clinical systems and how Information and Communication Technology could improve it. The survey has shown that 86% of the participants use the Internet as a learning resource and 25% for clinical purposes while less than 11% of them uses it for collaboration between different institutions. A web-based collaborative tool is proposed to improve the teaching and clinical system. The tool helps the users to collaborate remotely to increase the quality of the learning system as well as it can be used for remote medical consultation in hospitals.