Molecular Biological investigations on viral diseases affecting farmed penaeid shrimps in Kerala

This thesis covers various aspects of viral diseases affecting shrimp aquaculture. The research component of this thesis can be divided into four areas. The areas covered are: I) A study to determine the prevalence of WSSV among the crustaceans in the Vembanad estuary, the shrimp aquaculture farms surrounding the estuary, and the sea off Cochin coast, India using two , sets of nested PCR primers. 2) An investigation to compare the sequence of six major structural proteins of WSSV; vp28, vp26, vp 19, vp68, vp281, vp466 from different geographical locations with that of an isolate from India. 3) Simultaneous occurrence of HPV, IHHNV, MBV and WSSV in postlarvae of P. monodon from hatcheries in India was monitored by Polymerase Chain Reaction. 4) A real time PCR procedure was developed for the quantitative analysis of WSSV infection. The viral load of postlarvae from hatcheries in Kerala meant for aquaculture was also determined using the quantitative PCR.

Haematology of Fenneropenaeus indicus in response to environmental alterations and microbial infections

Aquaculture has developed to become one of the fastest growing food producing sectors in the world.Today India is one among the major shrimp producing countries in the world.There are extensive and intensive shrimp culture practices. In extensive shrimp culture, shrimps are stocked at low densities (< 25 PLs m'2)in large ponds or tidal enclosures in which little or no management is exercised or possible. Farmers depend almost entirely on natural conditions in extensive cultures. Intensive shrimp culture is carried out in high densities (>200 PLs m'2). Much of the world shrimp production still comes from extensive culture.There is a growing demand for fish and marine products for human and animal consumption. This demand has led to rapid growth of aquaculture, which some times has been accompanied by ecological impacts and economic loss due to diseases. The expansion of shrimp culture always accompanies local environmental degradation and occurrence of diseases.Disease out breaks is recognised as a significant constraint to aquaculture production. Environmental factors, water quality, pollution due to effluent discharge and pathogenic invasion due to vertical and horizontal transmission are the main causes of shrimp disease out breaks. Nutritional imbalance, toxicant and other pollutants also account for the onset of diseases. pathogens include viruses, bacteria, fungi and parasites.Viruses are the most economically significant pathogens of the cultured shrimps world wide. Disease control in shrimp aquaculture should focus first on preventive measures for eliminating disease promoting factors.ln order to design prophylactic and proactive measures against shrimp diseases, it is mandatory to understand the immune make up of the cultivable species, its optimum culture conditions and the physico chemical parameters of the rearing environment. It has been proven beyond doubt that disease is an end result of complex interaction of environment, pathogen and the host animal. The aquatic environment is abounded with infectious microbes.The transmission of disease in this environment is extremely easy, especially under dense, culture conditions. Therefore, a better understanding of the immune responses of the cultured animal in relation to its environmental alterations and microbial invasions is essential indevising strategic measures against aquaculture loss due to diseases. This study accentuate the importance of proper and regular health monitoring in shrimps employing the most appropriate haematological biomarkers for application of suitable prophylactic measures in order to avoid serious health hazards in shrimp culture systems.

Primary hemocyte culture of Penaeus monodon as an in vitro model for white spot syndrome virus titration, viral and immune related gene expression and cytotoxicity assays

Immortal cell lines have not yet been reported from Penaeus monodon, which delimits the prospects of investigating the associated viral pathogens especially white spot syndrome virus (WSSV). In this context, a method of developing primary hemocyte culture from this crustacean has been standardized by employing modified double strength Leibovitz-15 (L-15) growth medium supplemented with 2% glucose, MEM vitamins (1 ), tryptose phosphate broth (2.95 g l 1), 20% FBS, N-phenylthiourea (0.2 mM), 0.06 lgml 1 chloramphenicol, 100 lgml 1 streptomycin and 100 IU ml 1 penicillin and hemolymph drawn from shrimp grown under a bio-secured recirculating aquaculture system (RAS). In this medium the hemocytes remained viable up to 8 days. 5-Bromo-20-deoxyuridine (BrdU) labeling assay revealed its incorporation in 22 ± 7% of cells at 24 h. Susceptibility of the cells to WSSV was confirmed by immunofluoresence assay using a monoclonal antibody against 28 kDa envelope protein of WSSV. A convenient method for determining virus titer as MTT50/ml was standardized employing the primary hemocyte culture. Expression of viral genes and cellular immune genes were also investigated. The cell culture could be demonstrated for determining toxicity of a management chemical (benzalkonium chloride) by determining its IC50. The primary hemocyte culture could serve as a model for WSSV titration and viral and cellular immune related gene expression and also for investigations on cytotoxicity of aquaculture drugs and chemicals

Anti-lipopolysaccharide factor and crustin-III, the anti-white spot virus peptides in Penaeus monodon: Control of viral infection by up-regulation

White Spot Syndrome Virus (WSSV) is the most devastating disease affecting shrimp culture around the world. Though, considerable progress has been made in the detection and molecular characterization of WSSV in recent years, information pertaining to immune gene expression in shrimps with respect to WSSV infection remains limited. In this context, the present study was undertaken to understand the differential expression of antimicrobial peptide (AMP) genes in the haemocytes of Penaeus monodon in response to WSSV infection on a time-course basis employing semi-quantitative RT-PCR. The present work analyzes the expression profile of six AMP genes (ALF, crustin-1, crustin-2, crustin-3, penaeidin-3 and penaeidin-5), eight WSSV genes (DNA polymerase, endonuclease, immediate early gene, latency related gene, protein kinase, ribonucleotide reductase, thymidine kinase and VP28) and three control genes (18S rRNA, β-actin and ELF) in P. monodon in response to WSSV challenge. Penaeidins were found to be up-regulated during early hours of infection and crustin-3 during late period of infection. However, ALF was found to be up-regulated early to late period of WSSV infection. The present study suggests that AMPs viz. ALF and crustin-3 play an important role in antiviral defense in shrimps. WSSV gene transcripts were detected post-challenge day 1 itself and increased considerably day 5 onwards. Evaluation of the control genes confirmed ELF as the most reliable control gene followed by 18S rRNA and β-actin for gene expression studies in shrimps. This study indicated the role of AMPs in the protection of shrimps against viral infection and their possible control through the up-regulation of AMPs

El marketing viral como elemento de la estrategia de comunicación en las campañas electorales, caso de estudio : precandidatura y candidatura de Barack Obama a la Presidencia de los Estados Unidos 2007 – 2008

Este caso de estudio versa sobre la estrategia de marketing viral utilizada en la campaña de Barack Obama a la Presidencia de Estados Unidos durante el 2008. Se describirá el papel del marketing viral como estrategia de comunicación durante la campaña.

Determinación de la prevalencia de infección y coinfección por virus del papiloma humano (vph) y asociación con diferentes factores de riesgo

Los objetivos de este estudio fueron proveer datos con respecto a los patrones de infección de seis tipos de Papilomavirus humano de Alto Riesgo (AR-VPH-16, -18, -31, -33, -45, y -58) y dos tipos de Bajo Riesgo BR-VPH- 6 and -11), su asociación con factores de riesgo y coinfección. Se probaron muestras cervicales de 2110 mujeres para evaluar la presencia de DNA de HPV por reacción en cadena de la polimerasa. Se realizaron análisis estadísticos para determinar las frecuencias de los tipos virales encontrados en infecciones únicas y múltiples y la asociación entre infección y diferentes factores poblacionales. El tipo más prevalente fue VPH-16 seguido de VPH-31, siendo la distribución de éste último, variable según las diferentes ciudades analizadas. Los resultados evidenciaron una distribución tipo-específica diferencial entre regiones y una alta asociación entre ausencia de embarazos, ciudades como Girardot y Leticia, pertenecer a la etnia indígena (analizada en este estudio) y la adquisición de infecciones múltiples. Adicionalmente los datos sugieren que algunos factores sociodemográficos como la raza, el número de embarazos, el número de compañeros sexuales y la región geográfica se asocian significativamente y mostraron diferencias menores entre infecciones únicas y múltiples. Estos resultados proveen información relevante que permitirá evaluar el impacto de los programas de vacunación en estas poblaciones y la presión selectiva que podría tener la distribución de los tipos de VPH.

Diferencias microbiológicas en pacientes con exacerbación severa de EPOC con o sin consolidación neumónica

La EPOC es una causa importante de morbilidad y mortalidad en el mundo y su prevalencia en Bogotá alcanza hasta 8,5%. Las exacerbaciones están asociadas a deterioro funcional y de la calidad de vida por lo que se consideran un factor cardinal de la enfermedad. En la literatura se ha descrito que las infecciones por bacterias y/o virus son las responsables del 78% de las exacerbaciones. Estos datos han sido descritos en poblaciones diferentes y no hay datos en la literatura que muestren cual es la epidemiología local de las exacerbaciones de EPOC y menos aún de aquellas que se asocian a consolidaciones neumónicas. Objetivo: Comparar la microbiología de las exacerbaciones severas de la EPOC que requieren ingreso a UCI con y sin infiltrados alveolares. Materiales y métodos: Estudio de corte transversal en el que se estudiaron pacientes con EPOC que ingresaron a la UCI Médica de la FCI-IC por exacerbación severa, asociada o no a infiltrados alveolares. Se tomaron muestras de microbiología, serológicas y radiografía de tórax para evaluar la etiología de la exacerbación, si se asocia a coinfección viral y a consolidación neumónica o no. Resultados: No se encontró una diferencia estadísticamente significativa en la microbiología de los diferentes grupos evaluados. Se encontró un resistencia global del 24% y llama la atención que hay una alta prevalencia de Serratia Marcescens AMPc entre los 2 grupos, germen que no está descrito como patógeno común en la literatura. Se encontraron diferencias en cuanto a factores de riesgo para presentar neumonía asociada como lo son un mayor índice de paquetes/año (55.1.6 vs. 36.3 paq/año, sig.=0.021). Así mismo se demostró que los pacientes con neumonía asociada presentan mayor necesidad de IOT (48.9 vs. 23.9, sig.=0.013). No hay diferencia significativa en desenlaces como mortalidad (20.5 vs. 13.0, sig.=0.346). Conclusiones: A pesar de no haber diferencia microbiológica entre los 2 grupos se encontraron variables como factores de riesgo y variables clínicas que pueden ayudar a proponer planes de manejo en los dos escenarios. El hecho de encontrar un paciente con neumonía asociada al cuadro de exacerbación no debe afectar en la toma de decisiones en relación al tratamiento antibiótico.

Enfoque del paciente con sospecha de neuroinfección en urgencias

Las infecciones del sistema nervioso son importantes fuentes de morbilidad y mortalidad en el mundo, debido a diferentes factores como son el amplio uso de antibióticos que aunque contribuyen con éxito al manejo de infecciones, pero el mal uso por automedicación o tratamientos incompletos favorecen la emergencia de organismos resistentes y la existencia de “mimos infecciosos” que incluyen el síndrome de reconstitución inflamatoria (IRIS). Adicionalmente el crecimiento de las poblaciones inmunocomprometidas por el síndrome de inmunodeficiencia adquirida (SIDA) y por tratamientos agresivos para trasplante sólido o hematopoyético han mejorado la sobrevida de diferentes tipos de malignidades y alteraciones reumatológicas pero son poblaciones que tienen más susceptibilidad a contraer infecciones y encefalitis mediadas inmunológicamente, como son la encefalomielitis diseminada aguda (ADEM) o la encefalitis contra el receptor de N-metil-D aspartato (NMDA).

Perfil de pacientes de uci neonatal con bronquiolitis en institución de cuarto nivel en Bogotá 2011

Introducción: La bronquiolitis se ha convertido en una patología de alta relevancia clínica y de salud pública, de la cual se han realizado múltiples estudios en cuanto a tratamiento y diagnóstico; Identificar el perfil de los pacientes que presentan esta patología en nuestra población justifica el profundizar en su conocimiento y contexto a nivel local. Metodología: Se realizó un estudio observacional descriptivo de serie de casos. Muestreo consecutivo o secuencial de pacientes con bronquiolitis que cumplieron los criterios de selección, durante el 2011. La información se analizó en SPSS. Se realizó un análisis descriptivo y análisis para determinar la posible asociación entre las variables. Resultados: El total de pacientes en el estudio fue 92. Se encontraron una serie de características comunes, discriminadas en dos grupos, características sociodemográficas de los pacientes y sus padres y características o manifestaciones clínicas de los pacientes, al ingreso, durante y al egreso de su hospitalización. Discusión: Las características sociodemográficas que identifican a los pacientes que presentan bronquiolitis pueden ser determinantes, como pertenecer a población vulnerable, como los pacientes recién nacidos, o lactantes menores; pertenecer a una comunidad en la cual haya presencia de niños en edad escolar. Conclusiones: Los pacientes con riesgo de presentar bronquiolitis, para este estudio, son lactantes menores y recién nacidos; hijos de padres profesionales, y bachilleres, y provenientes de la ciudad de Bogotá. A nivel socio demográfico se encontró que convivir con personas fumadoras y niños en edad escolar no mostró una diferencia en la distribución porcentual de estas variables.

Infecciones respiratorias agudas en menores de 5 años vacunados o no contra la Influenza en el periodo del 2004 y 2005

De las enfermedades posibles que afectan el ser humano, las infecciones respiratorias agudas (IRA) son las más prevalentes de todas, con una prevalencia para Colombia según informes de la OPS del año 2005 de 12.6% en niños de 0 a 4 años. A pesar de la naturaleza en su mayoría son de corta duración y su desarrollo es benigno, con lleva repercusiones importantes en la salud y en lo económico: Es una de las principales causas de demanda de servicios médicos, de prescripción injustificada de antibióticos , de ausentismo escolar y laboral secundario. El objetivo de este estudio es comparar el número de eventos de infecciones respiratorias agudas, en niños entre 2 y 5 años de edad afiliados a la EPS Sanitas que consultaron al Clinisanitas de Ciudad Salitre entre el periodo de septiembre del 2004 y febrero del 2006, para determinar si existe o no asociación al hecho de estar vacunado contra la influenza.

Análisis fármaco económico de dos tratamientos para pacientes vih positivos con carga viral indetectable

Los tratamientos para aumentar los niveles de cúmulo de diferenciación 4 – CD4 en personas que padecen la enfermedad ocasionada por el Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH), son importantes tanto para el mejoramiento del bienestar de los pacientes, como para el buen funcionamiento de las instituciones de salud. La presente investigación compara la intervención farmacológica de dos líneas de tratamiento, Lamivudina, Zidovudina, Efavirenz contra Efavirenz, Emtricitabina, Disoproxilo de Tenofovir que se encuentran en la recomendación de esquema de primera línea según la Guía Práctica Clínica (2014). Se evaluó el efecto costo-efectivo de estos dos tratamientos basado en el aumento de los niveles de CD4 a lo largo de tres tiempos diferentes (inicial, 6 y 12 meses) y los costos de los medicamentos de acuerdo a los precios en Colombia según el SISMED en el año 2014. Se realizó un análisis de varianza factorial con medidas repetidas, un árbol de decisiones y un análisis de costo-efectividad incremental (ACEI). Se obtuvo información de 546 pacientes, tanto hombres como mujeres, de la Institución Asistencia Científica de Alta Complejidad S.A.S de la ciudad de Bogotá. Se encontró que el esquema 1 (Lamivudina, Zidovudina, Efavirenz) fue considerado más efectivo y menos costoso que el tratamiento 2 (Efavirenz, Emtricitabina, Disoproxilo de Tenofovir), sin embargo no se evidenció una alta frecuencia de efectos adversos que pueda contribuir a la escogencia de un tratamiento u otro. De acuerdo a estos resultados la institución o los médicos tratantes tienen una alternativa farmacoeconómica para la toma de decisión del tratamiento a utilizar y así iniciar la terapia antirretroviral de pacientes que conviven con VHI con carga viral indetectable.

Análisis fármaco económico de dos tratamientos para pacientes VIH positivos con carga viral indetectable

Los tratamientos para aumentar los niveles de cúmulo de diferenciación 4 – CD4 en personas que padecen la enfermedad ocasionada por el Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH), son importantes tanto para el mejoramiento del bienestar de los pacientes, como para el buen funcionamiento de las instituciones de salud. La presente investigación compara la intervención farmacológica de dos líneas de tratamiento, Lamivudina, Zidovudina, Efavirenz contra Efavirenz, Emtricitabina, Disoproxilo de Tenofovir que se encuentran en la recomendación de esquema de primera línea según la Guía Práctica Clínica (2014). Se evaluó el efecto costo-efectivo de estos dos tratamientos basado en el aumento de los niveles de CD4 a lo largo de tres tiempos diferentes (inicial, 6 y 12 meses) y los costos de los medicamentos de acuerdo a los precios en Colombia según el SISMED en el año 2014. Se realizó un análisis de varianza factorial con medidas repetidas, un árbol de decisiones y un análisis de costo-efectividad incremental (ACEI). Se obtuvo información de 546 pacientes, tanto hombres como mujeres, de la Institución Asistencia Científica de Alta Complejidad S.A.S de la ciudad de Bogotá. Se encontró que el esquema 1 (Lamivudina, Zidovudina, Efavirenz) fue considerado más efectivo y menos costoso que el tratamiento 2 (Efavirenz, Emtricitabina, Disoproxilo de Tenofovir), sin embargo no se evidenció una alta frecuencia de efectos adversos que pueda contribuir a la escogencia de un tratamiento u otro. De acuerdo a estos resultados la institución o los médicos tratantes tienen una alternativa farmacoeconómica para la toma de decisión del tratamiento a utilizar y así iniciar la terapia antirretroviral de pacientes que conviven con VHI con carga viral indetectable.

Virus infection speeds: theory versus experiment

In order to explain the speed of Vesicular Stomatitis Virus VSV infections, we develop a simple model that improves previous approaches to the propagation of virus infections. For VSV infections, we find that the delay time elapsed between the adsorption of a viral particle into a cell and the release of its progeny has a very important effect. Moreover, this delay time makes the adsorption rate essentially irrelevant in order to predict VSV infection speeds. Numerical simulations are in agreement with the analytical results. Our model satisfactorily explains the experimentally measured speeds of VSV infections