VariScan Software

VariScan is a software package for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the whole genome scale. Among other features, the software:(1) can conduct many population genetic analyses; (2) incorporates a multiresolution wavelet transform-based method that allows capturing relevant information from DNA polymorphism data; and (3) it facilitates the visualization of the results in the most commonly used genome browsers.

Modelització i simulació de processos dinàmics en xarxes complexes adaptatives

El 1736, Leonhard Euler va ser pioner en l'estudi de la teoria de grafs, i des de llavorsmúltiples autors com Kirchoff, Seymour, etc. continuaren amb l'estudi de la teoria i topologiade grafs. La teoria de xarxes, part de la teoria de grafs, també ha estat estudiada abastament.D'altra banda, la dinàmica de xarxes fou popularitzada per Dan Gillespie el 1977, en el qual proposà un algorisme que permet la simulació discreta i estocàstica d'un sistema de partícules, el qual és la base del treball ja que serveix per dur a terme les simulacions de processos sobre les xarxes complexes. El camp de l'anàlisi de la dinàmica de xarxes, de fet, és un campemergent en l'actualitat; comprèn tant l'anàlisi estadística com la utilització de simulacions persolucionar problemes de la mateixa dinàmica.Les xarxes complexes (xarxes de característiques complexes, sovint xarxes reals) també sónobjecte d'estudi de l'actualitat, sobretot a causa de l'aparició de les xarxes socials. S'han convertiten un paradigma per l'estudi de processos dinàmics en sistemes formats per molts componentsque interactuen entre si de manera molt homogèniaL'objectiu del treball és triple:1. Estudiar i entendre els conceptes bàsics i la topologia de les xarxes complexes, així comdiferents tipus de dinàmiques de processos sobre elles.2. Programar un simulador estocàstic en llenguatge C++ capaç de generar trajectòries mitjantçant l'algorisme de Gillespie tant pel model epidèmic com pel model de dinàmicad'enllaços amb reconnexió.3. Utilitzar el simulador tant per estudiar casos que ja han estat tractats en la literatura comcasos nous que no han estat tractats i que poden ser assimilables a xarxes reals com, perexemple, xarxes socials

Características geoquímicas de la formación de sales potásicas de Navarra (Eoceno superior). Comparación con la cuenca potásica catalana

Se estudia la distribución de una serie de elementos mayoritarios (Na, K, Ca, Mg) y minoritarios (Li, Rb, Sr, Fe, Br) en las sales de los yacimientos de la cuenca potásica navarra. Se insiste en un dispositivo de cubeta asimétrica, con acumulación marginal de las salmueras más densas, para explicar algunas anomalías en la distribución vertical de bromo dentro el yacimiento. Se concluye que, desde el punto de vista geoquímico, dicha formación evaporítica es semejante a su homóloga catalana, tratándose de sales marinas y básicamente primarias. Las paragénesis de silvinita transformada son secundarias. Su génesis a partir de carnalita se pone de manifiesto tanto desde el punto de vista petrográfico, como geoquímico y mineralógico.

Hot wire configuration for depositing device grade nano-crystalline silicon at high deposition rate

The University of Barcelona is developing a pilot-scale hot wire chemical vapor deposition (HW-CVD) set up for the deposition of nano-crystalline silicon (nc-Si:H) on 10 cm × 10 cm glass substrate at high deposition rate. The system manages 12 thin wires of 0.15-0.2 mm diameter in a very dense configuration. This permits depositing very uniform films, with inhomogeneities lower than 2.5%, at high deposition rate (1.5-3 nm/s), and maintaining the substrate temperature relatively low (250 °C). The wire configuration design, based on radicals' diffusion simulation, is exposed and the predicted homogeneity is validated with optical transmission scanning measurements of the deposited samples. Different deposition series were carried out by varying the substrate temperature, the silane to hydrogen dilution and the deposition pressure. By means of Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), the evolution in time of the nc-Si:H vibrational modes was monitored. Particular importance has been given to the study of the material stability against post-deposition oxidation.

Influência de tratamento térmico e sistemas de embalagens na qualidade de lichia 'Bengal

Estudaram-se oito tratamentos quanto à eficiência de banhos hidrotérmicos com ou sem adição de produtos químicos na conservação da qualidade de lichias acondicionadas em bandejas de PET com tampa (BT) e cobertas com filme de PVC de 15 µm (BF), sendo submetidas a banhos hidrotérmicos, tais como:T1-BT e T2-BF - sem tratamento; T3-BT- água a 55ºC por 20 s; T4-BF- água a 55ºC por 20 s; T5-BT- água a 55ºC por 10 s e em ácido cítrico 60% por 10 s; T6-BF- água a 55ºC por 10 s e banho de ácido cítrico 60% por 10 s ; T7-BT- ácido cítrico 60% por 20 s; T8-BF-ácido cítrico 60% por 20 s. Avaliaram-se as principais alterações físicas, químicas, sensoriais e presença de doença em lichias armazenadas a 4ºC e a 25ºC. De forma geral, ao final do estudo, as lichias ficaram ligeiramente menos ácidas, com leve aumento no pH e com discreta redução de sólidos solúveis, e após dois dias a 25ºC todos os tratamentos apresentaram infestação por fungos.Os tratamentos T5, T6, T7 e T8 foram considerados inaceitáveis (>4) a partir de 15 dias; T1, T2, T3 e T4 aceitáveis até 21 dias, pela avaliação visual. Quanto à manutenção da cor vermelha, os melhores tratamentos foram T1 e T4. O tratamento T2 apresentou os maiores valores de firmeza da casca, mostrando que o filme de PVC protegeu contra a perda de firmeza, de umidade e ao murchamento. A menor perda de massa foi nos tratamentos T6 e T8 (0,4%), ambos com filme de PVC, e a maior perda de massa foi nas amostras T5 (5,6%) acondicionadas nas bandejas perfuradas, além de apresentar menor firmeza na casca.

Control de respiració en temps real per dispositius Android

El projecte està basat en la creació d'una aplicació per dispositius mòbils android i que fent servir l'ús del micròfon capturi el so que genera l'usuari i pugui determinar si s'està respirant i en quin punt de la respiració es troba l'usuari. S'ha dut a terme una filosofia de disseny orientada a l'usuari (DCU) de manera que el primer pas ha sigut realitzar un prototip i un 'sketch'. A continuació, s'han realitzat 10 aplicacions test i en cadascuna d'elles s'ha ampliat la funcionalitat fins a arribar a obtenir una aplicació base que s'aproxima al disseny inicial generat per mitjà del prototip. El més important dels dissenys algorísmics que s'han realitzat per la aplicació es la capacitat de processar el senyal en temps real, ja que fins i tot s'ha pogut aplicar la transformada ràpida de Fourier (FFT) en temps real sense que el rendiment de l'aplicació es veies afectat. Això ha sigut possible gràcies al disseny del processament amb doble buffer i amb un fil d'execució dedicat independent del fil principal d'execució del programa 'UI Thread'

Les escriptores a Galicia: subversio, gramatica violeta i identitat multiple

La literatura gallega dels darrers anys s"ha vist profundament transformada per la irrupció de les escriptores i una «gramàtica violeta», una literatura concebuda en femení, que ha afectat també l"escriptura d"autoria masculina. Les seves propostes no se situen, doncs, en el marge del camp literari, malgrat que numèricament són menys. A la narrativa han engegat ambiciosos projectes de subversió de gènere amb una bona recepció. A la poesia s"han convertit en models literaris per la seva capacitat d"experimentació i renovació integral de l"escriptura, fent quallar una gramàtica violeta. I l"espai virtual, convertit en laboratori públic del llenguatge, s"experimenta amb l"escriptura i la identitat múltiple.

Les escriptores a Galicia: subversio, gramatica violeta i identitat multiple

La literatura gallega dels darrers anys s"ha vist profundament transformada per la irrupció de les escriptores i una «gramàtica violeta», una literatura concebuda en femení, que ha afectat també l"escriptura d"autoria masculina. Les seves propostes no se situen, doncs, en el marge del camp literari, malgrat que numèricament són menys. A la narrativa han engegat ambiciosos projectes de subversió de gènere amb una bona recepció. A la poesia s"han convertit en models literaris per la seva capacitat d"experimentació i renovació integral de l"escriptura, fent quallar una gramàtica violeta. I l"espai virtual, convertit en laboratori públic del llenguatge, s"experimenta amb l"escriptura i la identitat múltiple.

Statistical mechanics of multi-edge networks

Statistical properties of binary complex networks are well understood and recently many attempts have been made to extend this knowledge to weighted ones. There are, however, subtle yet important considerations to be made regarding the nature of the weights used in this generalization. Weights can be either continuous or discrete magnitudes, and in the latter case, they can additionally have undistinguishable or distinguishable nature. This fact has not been addressed in the literature insofar and has deep implications on the network statistics. In this work we face this problem introducing multiedge networks as graphs where multiple (distinguishable) connections between nodes are considered. We develop a statistical mechanics framework where it is possible to get information about the most relevant observables given a large spectrum of linear and nonlinear constraints including those depending both on the number of multiedges per link and their binary projection. The latter case is particularly interesting as we show that binary projections can be understood from multiedge processes. The implications of these results are important as many real-agent-based problems mapped onto graphs require this treatment for a proper characterization of their collective behavior.

Prediction in transformed images

The study is related to lossless compression of greyscale images. The goal of the study was to combine two techniques of lossless image compression, i.e. Integer Wavelet Transform and Differential Pulse Code Modulation to attain better compression ratio. This is an experimental study, where we implemented Integer Wavelet Transform, Differential Pulse Code Modulation and an optimized predictor model using Genetic Algorithm. This study gives encouraging results for greyscale images. We achieved a better compression ration in term of entropy for experiments involving quadrant of transformed image and using optimized predictor coefficients from Genetic Algorithm. In an other set of experiments involving whole image, results are encouraging and opens up many areas for further research work like implementing Integer Wavelet Transform on multiple levels and finding optimized predictor at local levels.

Development of phase retrieval algorithm and techniques for optical spectrum analysis

Coherent anti-Stokes Raman scattering is the powerful method of laser spectroscopy in which significant successes are achieved. However, the non-linear nature of CARS complicates the analysis of the received spectra. The objective of this Thesis is to develop a new phase retrieval algorithm for CARS. It utilizes the maximum entropy method and the new wavelet approach for spectroscopic background correction of a phase function. The method was developed to be easily automated and used on a large number of spectra of different substances.. The algorithm was successfully tested on experimental data.

Wavelets in real-time paper web analysis

Online paper web analysis relies on traversing scanners that criss-cross on top of a rapidly moving paper web. The sensors embedded in the scanners measure many important quality variables of paper, such as basis weight, caliper and porosity. Most of these quantities are varying a lot and the measurements are noisy at many different scales. The zigzagging nature of scanning makes it difficult to separate machine direction (MD) and cross direction (CD) variability from one another. For improving the 2D resolution of the quality variables above, the paper quality control team at the Department of Mathematics and Physics at LUT has implemented efficient Kalman filtering based methods that currently use 2D Fourier series. Fourier series are global and therefore resolve local spatial detail on the paper web rather poorly. The target of the current thesis is to study alternative wavelet based representations as candidates to replace the Fourier basis for a higher resolution spatial reconstruction of these quality variables. The accuracy of wavelet compressed 2D web fields will be compared with corresponding truncated Fourier series based fields.

Dopplerfluxometria da veia hepática em pacientes com esteatose não alcoólica

OBJETIVO: Avaliar a correlação entre a dopplerfluxometria da veia hepática direita e o grau de esteatose, inflamação e fibrose à biópsia na doença hepática gordurosa não alcoólica. MATERIAIS E MÉTODOS: Foi realizada ultrassonografia com Doppler em 80 pacientes, sendo 40 portadores de doença hepática gordurosa não alcoólica, também submetidos à biópsia. Quarenta controles normais saudáveis, sem fatores risco para doença hepática gordurosa não alcoólica foram submetidos a ultrassonografia com Doppler. O padrão ao Doppler da veia hepática direita foi classificado em trifásico, bifásico e monofásico. Os espécimes de biópsia foram classificados conforme o grau de esteatose, inflamação e fibrose. RESULTADOS: O fluxo foi trifásico em 38 (95%) dos controles e em 9 (56,3%) dos pacientes com esteatose discreta, enquanto nos com esteatose acentuada o padrão foi monofásico em 60%. Encontrou-se diferença significante na distribuição dos padrões ao Doppler (p < 0,01). Houve correlação negativa e significante entre o padrão ao Doppler da veia hepática direita e grau de esteatose (r = -0,57; p < 0,01). CONCLUSÃO: A alteração do padrão ao Doppler da veia hepática direita em pacientes com doença hepática gordurosa não alcoólica pode sugerir redução da complacência vascular consequente a infiltração gordurosa.

Acrodermatitis enteropática: tratamiento con Zinc

Se presenta un nuevo caso de Acrodermatitis Enteropática en un lactante de 2,5 meses de vida, fruto de embarazo gemelar bivitelino pretérmino (36 S), de aparición gradual desde los 15 días de vida. Había seguido lactancia artificial exclusivamente desde su nacimiento, al igual que su hermano gemelo que no presentó la enfermedad. Entre los exámenes complementarios destacaba una importante hipozincemia, fosfatasas alcalinas descendidas, alteraciones en la inmunidad celular, rasgos de inmadurez cerebral en el EEG y discreta atrofia vellositaria en la muestra biópsica intestinal. El Tratamiento con sulfato de Zinc a la dosis de 10 mg/Kg/día hizo remitir el cuadro clínico y analítico en pocos días. A los 4 meses de edad abandonó el tratamiento, reapareciendo a los 22 días los síntomas digestivos y cutáneos; la zincemia en ese momento era elevada (175 mcg/dl). Esta falta de relación entre la zincemia y la clínica sugiere que en la Acrodermatitis Enteropática el defecto de transporte del Zn afecta no sólo al enterocito sino también a otras células del organismo y que el criterio para mantener el tratamiento y fijar la dosis debe ser clínico y no analítico.

Internet press releases : informative or manipulative?

Una anàlisi de la difusió voluntària de dades o la seva gestió discreta en els Comunicats de Premsa i la importància de la presentació de resultats anuals. L¿exemple del context espanyol: cost de regulació i litigi.