Haemophilus influenzae pili are composite structures assembled via the HifB chaperone.

Haemophilus influenzae is a Gram-negative bacterium that represents a common cause of human disease. Disease due to this organism begins with colonization of the upper respiratory mucosa, a process facilitated by adhesive fibers called pili. In the present study, we investigated the structure and assembly of H. influenzae pili. Examination of pili by electron microscopy using quick-freeze, deep-etch and immunogold techniques revealed the presence of two distinct subassemblies, including a flexible two-stranded helical rod comprised of HifA and a short, thin, distal tip structure containing HifD. Genetic and biochemical studies demonstrated that the biogenesis of H. influenzae pili is dependent on a periplasmic chaperone called HifB, which belongs to the PapD family of immunoglobulin-like chaperones. HifB bound directly to HifA and HifD, forming HifB-HifA and HifB-HifD complexes, which were purified from periplasmic extracts by ion-exchange chromatography. Continued investigation of the biogenesis of H. influenzae pili should provide general insights into organelle development and may suggest novel strategies for disease prevention.

ATPase activity of Escherichia coli Rep helicase crosslinked to single-stranded DNA: implications for ATP driven helicase translocation.

To examine the coupling of ATP hydrolysis to helicase translocation along DNA, we have purified and characterized complexes of the Escherichia coli Rep protein, a dimeric DNA helicase, covalently crosslinked to a single-stranded hexadecameric oligodeoxynucleotide (S). Crosslinked Rep monomers (PS) as well as singly ligated (P2S) and doubly ligated (P2S2) Rep dimers were characterized. The equilibrium and kinetic constants for Rep dimerization as well as the steady-state ATPase activities of both PS and P2S crosslinked complexes were identical to the values determined for un-crosslinked Rep complexes formed with dT16. Therefore, ATP hydrolysis by both PS and P2S complexes are not coupled to DNA dissociation. This also rules out a strictly unidirectional sliding mechanism for ATP-driven translocation along single-stranded DNA by either PS or the P2S dimer. However, ATP hydrolysis by the doubly ligated P2S2 Rep dimer is coupled to single-stranded DNA dissociation from one subunit of the dimer, although loosely (low efficiency). These results suggest that ATP hydrolysis can drive translocation of the dimeric Rep helicase along DNA by a "rolling" mechanism where the two DNA binding sites of the dimer alternately bind and release DNA. Such a mechanism is biologically important when one subunit binds duplex DNA, followed by subsequent unwinding.

Transcription termination factor La is also an initiation factor for RNA polymerase III.

La RNA-binding protein is a transcription termination factor that facilitates recycling of template and RNA polymerase (pol) 111. Transcription complexes preassembled on immobilized templates were depleted of pol III after a single round of RNA synthesis in the presence of heparin and sarkosyl. The isolated complexes could then be complemented with highly purified pol III and/or recombinant La to test if La is required for transcription reinitiation. VA1, 7SL, and B1 transcription complexes cannot be transcribed by supplemental pol III in single or multiple-round transcription assays unless La is also provided. La mediates concentration-dependent activation of pol III initiation and thereby controls the use of preassembled stable transcription complexes. The initiation factor activity of La augments its termination factor activity to produce a novel mechanism of activated reinitiation. A model in which La serves pol III upon transcription initiation and again at termination is discussed.

Protein synthesis editing by a DNA aptamer.

Potential errors in decoding genetic information are corrected by tRNA-dependent amino acid recognition processes manifested through editing reactions. One example is the rejection of difficult-to-discriminate misactivated amino acids by tRNA synthetases through hydrolytic reactions. Although several crystal structures of tRNA synthetases and synthetase-tRNA complexes exist, none of them have provided insight into the editing reactions. Other work suggested that editing required active amino acid acceptor hydroxyl groups at the 3' end of a tRNA effector. We describe here the isolation of a DNA aptamer that specifically induced hydrolysis of a misactivated amino acid bound to a tRNA synthetase. The aptamer had no effect on the stability of the correctly activated amino acid and was almost as efficient as the tRNA for inducing editing activity. The aptamer has no sequence similarity to that of the tRNA effector and cannot be folded into a tRNA-like structure. These and additional data show that active acceptor hydroxyl groups in a tRNA effector and a tRNA-like structure are not essential for editing. Thus, specific bases in a nucleic acid effector trigger the editing response.

Interactions of protein antigens with antibodies.

There are now several crystal structures of antibody Fab fragments complexed to their protein antigens. These include Fab complexes with lysozyme, two Fab complexes with influenza virus neuraminidase, and three Fab complexes with their anti-idiotype Fabs. The pattern of binding that emerges is similar to that found with other protein-protein interactions, with good shape complementarity between the interacting surfaces and reasonable juxtapositions of polar residues so as to permit hydrogen-bond formation. Water molecules have been observed in cavities within the interface and on the periphery, where they often form bridging hydrogen bonds between antibody and antigen. For the most part the antigen is bound in the middle of the antibody combining site with most of the six complementarity-determining residues involved in binding. For the most studied antigen, lysozyme, the epitopes for four antibodies occupy approximately 45% of the accessible surface area. Some conformational changes have been observed to accompany binding in both the antibody and the antigen, although most of the information on conformational change in the latter comes from studies of complexes with small antigens.

Principles of protein-protein interactions.

This review examines protein complexes in the Brookhaven Protein Databank to gain a better understanding of the principles governing the interactions involved in protein-protein recognition. The factors that influence the formation of protein-protein complexes are explored in four different types of protein-protein complexes--homodimeric proteins, heterodimeric proteins, enzyme-inhibitor complexes, and antibody-protein complexes. The comparison between the complexes highlights differences that reflect their biological roles.

Association with capsid proteins promotes nuclear targeting of simian virus 40 DNA.

All animal DNA viruses except pox virus utilize the cell nucleus as the site for virus reproduction. Yet, a critical viral infection process, nuclear targeting of the viral genome, is poorly understood. The role of capsid proteins in nuclear targeting of simian virus 40 (SV40) DNA, which is assessed by the nuclear accumulation of large tumor (T) antigen, the initial sign of the infectious process, was tested by two independent approaches: antibody interception experiments and reconstitution experiments. When antibody against viral capsid protein Vp1 or Vp3 was introduced into the cytoplasm, the nuclear accumulation of T antigen was not observed in cells either infected or cytoplasmically injected with virion. Nuclearly introduced anti-Vp3 IgG also showed the inhibitory effect. In the reconstitution experiments, SV40 DNA was allowed to interact with protein components of the virus, either empty particles or histones, and the resulting complexes were tested for the capability of protein components to target the DNA to the nucleus from cytoplasm as effectively as the targeting of DNA in the mature virion. In cells injected with empty particle-DNA, but not in minichromosome-injected cells, T antigen was observed as effectively as in SV40-injected cells. These results demonstrate that SV40 capsid proteins can facilitate transport of SV40 DNA into the nucleus and indicate that Vp3, one of the capsid proteins, accompanies SV40 DNA as it enters the nucleus during virus infection.

A peptide interaction in the major groove of RNA resembles protein interactions in the minor groove of DNA.

A 17-amino acid arginine-rich peptide from the bovine immunodeficiency virus Tat protein has been shown to bind with high affinity and specificity to bovine immunodeficiency virus transactivation response element (TAR) RNA, making contacts in the RNA major groove near a bulge. We show that, as in other peptide-RNA complexes, arginine and threonine side chains make important contributions to binding but, unexpectedly, that one isoleucine and three glycine residues also are critical. The isoleucine side chain may intercalate into a hydrophobic pocket in the RNA. Glycine residues may allow the peptide to bind deeply within the RNA major groove and may help determine the conformation of the peptide. Similar features have been observed in protein-DNA and drug-DNA complexes in the DNA minor groove, including hydrophobic interactions and binding deep within the groove, suggesting that the major groove of RNA and minor groove of DNA may share some common recognition features.

Caracterização da anemia em cadelas com piometra

A piometra é uma condição mórbida caracterizada pela inflamação do útero com acúmulo de exsudatos, resultante de ações hormonais e geralmente associada à presença de bactérias no lúmen uterino. A anemia é a alteração hematológica mais frequentemente observada em cadelas com piometra e está associada à cronicidade da doença, diminuição da eritropoiese, devido ao efeito toxêmico na medula óssea, diminuição da disponibilidade de ferro ou perda de sangue para o útero. Adicionalmente, o efeito das toxinas bacterianas e os radicais livres gerados pelo metabolismo oxidativo dos neutrófilos podem resultar na modificação da estrutura antigênica da membrana do eritrócito, permitindo a ligação de imunoglobulinas em sua superfície e acelerando a destruição eritrocitária. Essa hipótese pode ser comprovada pela detecção de imunocomplexos na superfície eritrocitária de cadelas com piometra. O diagnóstico de piometra foi estabelecido em 33 cadelas atendidas no Serviço de Obstetrícia/Ginecologia do Hospital Veterinário da Universidade de São Paulo com base na anamnese, exame físico e exames subsidiários (ultrassonografia, hemograma e concentrações séricas de ureia e creatinina). As amostras sanguíneas foram coletadas em dois momentos. A primeira anterior a ovariosalpingohisterectomia (OSH) e a segunda, sete a dez dias após a OSH. A quantificação de hemácias com deposição de imunocomplexos IgG e IgM foi realizada utilizando-se anticorpos anti-IgG e anti-IgM (Bethyl®Laboratories) conjugadas a fluoresceína de isotiocianato (FITC), e a leitura realizada com citômetro de fluxo (FACS Calibur; Becton, Dickinson and Company© 2007 BD), sendo os resultados expressos em percentual de hemácias marcadas. Foram utilizados o Teste de Shapiro-Wilk para a avaliação da distribuição de dados e a comparação entre os grupos controle, pré e pós-OSH foi realizada valendo-se do Teste t ou Teste t pareado e Correlação de Pearson, e do Teste U de Mann-Whitney e Correlação de Spearman, para as variáveis com distribuição normal e não-normal, respectivamente. O valor de alfa estipulado foi de 0,05. Analisando os valores hematológicos de cada um dos cães incluídos no estudo, observa-se que 19 (57,6%) apresentavam anemia normocítica normocrômica não regenerativa no momento pré-OSH e cinco (15,2%) no momento pós-OSH. Em cães do grupo controle foram observadas 0,14 - 0,77% (0,43±0,18%) de hemácias marcadas com anticorpos anti-IgG FITC e 0,29 - 9,58% (0,68±0,29%) para anticorpos anti-IgM FITC. Já nos cães com piometra, foram encontradas 0,14 - 4,19% (0,96±0,86%) de hemácias marcadas com anticorpos anti-IgG FITC e 0,29 - 9,58% (1,37±1,71%) com anticorpos anti-IgM FITC, antecedendo a OSH. No momento pós-OSH observou-se 0,18 - 16,2% (2,77±3,67%) de hemácias marcadas para anticorpos anti-IgG FITC e 0,15 - 19,8% (4,01±4,46%) para anticorpos anti-IgM FITC. O percentual de hemácias marcadas com anticorpos anti-IgG FITC diferiu entre os grupos controle e piometra, pré-OSH (p<0,001) e pós-OSH (p<0,001). Em relação a anticorpos anti-IgM FITC, não foram observadas diferenças entre os grupos controle e pré-OSH (p=0,09), porém, após a OSH houve aumento na marcação de hemácias, quando comparado ao grupo controle (p<0,001). Apenas alguns animais apresentaram mais de 5% de hemácias marcadas, e isto ocorreu, principalmente, no momento pós-OSH. Entretanto, não resultou no agravamento da anemia, indicando que a piometra em cadelas está associada à deposição de imunoglobulinas G ou M na superfície das hemácias, sem, no entanto, promover hemólise ou agravamento da anemia

Propriedades fotoquímicas de alguns complexos de ferro(II) e rênio(I)

Neste trabalho, foram estudadas as propriedades fotoquímica e/ou fotofísica de alguns compostos de coordenação de rênio(l) e ferro(I I). A irradiação dos complexos fac-[Re(CO)3(NN)(trans-L)]+, NN= 4,7-difenil-1,10- fenantrolina (ph2phen) ou 5-cloro-1,10-fenantrolina (Clphen) e L = 1,2-bis(4-piridil)etileno (bpe) ou 4-estirilpiridina (stpy), em acetonitrila ou em filme de poli(metacrilato de metila) (PMMA) resulta em variações espectrais condizentes com a fotoisomerização trans-cis do ligante coordenado. A determinação dos rendimentos quânticos para a fotorreação pela variação espectral resultou em valores aparentes, uma vez que o reagente e o fotoproduto absorvem na mesma região. Para a determinação do rendimento quântico real, Φreal, utilizou-se a técnica de 1H RMN, na qual os sinais do fotoproduto e do reagente são observados em regiões distintas com diferentes constantes de acoplamento. Os valores de Φreal obtidos para fac-[Re(CO)3h(NN)(trans-bpe)]+ (ph2phen: Φ313= 0,43 ± 0,03; Φ365= 0,44 ± 0,02; Φ404= 0,43 ± 0,02; Clphen: Φ313= 0,56 ± 0,03; Φ365= 0,55 ± 0,04; Φ404= 0,57 ± 0,06) são independentes do comprimento de onda de irradiação, indicando a existência de um único canal para a população do estado excitado 3ILtrans-bpe. Por outro lado, para fac-[Re(CO)3(NN)(trans-stpy)]+, os valores de Φreal sob irradiação a 404 nm são menores que os determinados para os demais comprimentos de onda de irradiação (ph2phen: Φ313= 0,60 ± 0,05; Φ365= 0,64 ± 0,09; Φ404= 0,42 ± 0,03; Clphen: Φ313= 0,52 ± 0,05; Φ365= 0,58 ± 0,02; Φ404= 0,41 ± 0,06), indicando que, a energias maiores, em que o Iigante absorve significativamente, deve existir a contribuição de outro canal para a população do estado excitado 3ILtrans-stpy. A eficiência do fotoprocesso foi avaliada por meio da substituição dos ligantes NN e/ou L, e a diferença nos valores de Φreal entre os complexos deve estar relacionada principalmente com as distintas eficiências de cruzamento intersistemas. o fotoprocesso altera as propriedades fotofísicas desses complexos. Os isômeros trans apresentam fraca ou nenhuma emissão a 298 K, enquanto os fotoprodutos, fac-[Re(CO)3(NN)(cis-L)]+, apresentam intensa luminescência dominada pelo estado excitado 3MLCTRe→NN, que é sensivel à rigidez do meio. A reatividade fotoquímica dos pentacianoferratos(II) [Fe(CN)5 (NN)]3-, NN= 2aminobenzilamina (aba), 2-aminobenzamida (ab), 2-(dimetilaminometil)-3-hidroxipiridina (dmampy), 2-aminometilpiridina (ampy), 2-aminoetilpiridina (aepy) ou 2-(2metilaminoetil) piridina (maepy), também foi investigada. A irradiação desses complexos resulta na fotossubstituição do CN-, a qual só pode ser detectada quando o ligante possui um segundo grupo coordenante nas proximidades da esfera de coordenação. Os rendimentos quânticos da fotossubstituição são dependentes do comprimento de onda de irradiação (Φ313= 0,13 ± 0,01; Φ334= 0,091 ± 0,001; Φ365= 0,056 ± 0,002; Φ404= 0,022 ± 0,002; Φ436= 0,015 ± 0,001, por exemplo, para NN = aba) e indicam a existência de canais distintos pelos quais a fotorreação ocorre ou as diferentes eficiências de cruzamento intersistema para a população do estado excitado reativo. A eficiência do fotoprocesso também depende do Iigante utilizado (λirr= 365 nm: Φaba= 0,056, Φab= 0,14, Φampy= 0,046, Φaepy= 0,066, Φmaepy= 0,069 e Φdmampy= 0,12). Na série das diaminas, o rendimento quântico é maior para [Fe(CN)5(ab)]3-, que possui dois sítios para ocorrer o fechamento do anel. Na série das aminopiridinas, observa-se a influência do comprimento da cadeia na eficiência do fechamento do anel. A presença de metilas ligadas ao nitrogênio alifático deve ter pouca ou nenhuma influência na eficiência do fotoprocesso.

Potencial dos biflavonóides de Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze como antioxidantes e fotoprotetores

A Araucaria angustifolia é uma conífera endêmica das regiões sul e sudeste do Brasil sendo considerada uma espécie em extinção devido ao extenso extrativismo madeireiro. Atualmente, existem inúmeros projetos visando o reflorestamento e o uso sustentável deste pinheiro. Em vista destes pontos, o estudo das propriedades dos componentes das folhas com o intuito da utilização destes com fins comerciais tornou-se de extrema importância. As suas folhas foram submetidas à extração com solventes e foram identificados seis biflavonóides majoritários, dentre estes a amentoflavona e a ginkgetina, que são apontados como agentes contra inflamações e artrites. A fração rica de biflavonóides (BFF) extraída da araucaria foi testada frente a sua atividade em proteger contra danos em biomoléculas provocadas por espécies reativas de oxigênio, capacidade em quelar metais e proteção contra raios UV. A capacidade do BFF em proteger contra danos provocados por espécies reativas de oxigênio foi comparado com compostos conhecidamente antioxidantes, como o α-tocoferol, Trolox®, quercetina, rutina e com padrões de biflavonóides, a amentoflavona e ginkgetina. O BFF demonstrou que possui uma constante de supressão do 1O2 (50 x 106 M-1s-1), superior ao da quercetina (9 x 106 M-1s-1) e foi o mais eficiente na proteção contra quebras de simples fita em DNA plasmidial, provocado por esta espécie reativa. Ainda em relação à proteção de DNA plasmidial o BFF foi capaz de proteger também contra estes danos provocados através da reação de Fenton, apesar de não demonstrar a mesma eficiência da quercetina que mostrou ser um potente protetor destes danos. O BFF protegeu contra lipoperoxidação em lipossomos de fosfatidilcolina induzida por raios UV e reação de Fenton. Em análises realizadas com espectrometria de massas foi observada a formação de complexos destes biflavonóides com íons metálicos como ferro, cobre e alumínio que possuem um papel importante na formação de radicais livres. Em relação à capacidade fotoprotetora do BFF, este inibiu a formação de dímeros de pirimidina que são apontados como causadores de câncer de pele induzidos, principalmente por radiação UV-B. Esta ação protetora foi superior àquela conferida ao p-metoxicinamato de octila, um conhecido fotoprotetor. Com o intuito de permitir a solubilização do BFF em soluções aquosas e assim, avaliar a ação do BFF em células, incorporou-se o BFF em ciclodextrina. Essa inclusão favoreceu a incorporação de BFF em células CV1-P na concentração aproximada de 0,4 µg/ml após 24 horas de incubação. Essa concentração incorporada não demonstrou ser tóxica para as células no teste com MTT. Assim, o BFF tem despertado grande interesse em relação ao seu potencial na utilização nas mais variadas áreas como cosmética, alimentos e fitoterápicos.

Fala Manguinhos!: a construção de uma agência de comunicação comunitária em favelas e conjuntos habitacionais cariocas

Esta dissertação analisa a prática da Comunicação Social no Brasil, uma das questões mais importantes para a estruturação e manutenção do poder na sociedade, evidenciada, mais uma vez, com a crise institucional iniciada em 2014, que colocou o direito à produção e divulgação de informações e opiniões no centro do debate nacional. Para tanto, tomou-se como referência as condições políticas, administrativas e operacionais presentes na experiência da Agência de Comunicação Comunitária do Complexo de Manguinhos, aglomerado de favelas e conjuntos habitacionais populares da cidade do Rio de Janeiro.

Die Einführung elliptischer Koordinaten bei den Spezialfällen der Komplexe zweiten Grades.

Diss.--Munich.

Untersuchung über das Strahlensystem dritter Ordnung und zweiter Klasse, ausgehend von dem in ihm enthaltenen Regelflächen; Erzeugung mittelst linearer Komplexe.

Diss.--Munich.

Über die linearen Complexe der Lie' schen Kugelgeometrie.

Diss.--Göttingen.