Ecological temporal stability of Staphylococcus aureus nasal carriage.

We described the colonization dynamics of Staphylococcus aureus in a group of 266 healthy carriers over a period of approximately 1 year. We used precise genotyping methods, i.e., amplified fragment length polymorphism (AFLP), spa typing, and double-locus sequence typing (DLST), to detect changes in strain identity. Strain change took place rather rarely: out of 89 carriers who had initially been colonized, only 7 acquired a strain different from the original one. Approximately one-third of the carriers eliminated the colonization, and a similar number became newly colonized. Some of these events probably represent detection failure rather than genuine colonization loss or acquisition. Lower bacterial counts were associated with increased probability of eliminating the colonization. We have confirmed a high mutation rate in the spa locus: 6 out of 53 strains underwent mutation in the spa locus. There was no overall change in S. aureus genotype composition.

Theileria parva-transformed T cells show enhanced resistance to Fas/Fas ligand-induced apoptosis.

Lymphocyte homeostasis is regulated by mechanisms that control lymphocyte proliferation and apoptosis. Activation-induced cell death is mediated by the expression of death ligands and receptors, which, when triggered, activate an apoptotic cascade. Bovine T cells transformed by the intracellular parasite Theileria parva proliferate in an uncontrolled manner and undergo clonal expansion. They constitutively express the death receptor Fas and its ligand, FasL but do not undergo apoptosis. Upon elimination of the parasite from the host cell by treatment with a theilericidal drug, cells become increasingly sensitive to Fas/FasL-induced apoptosis. In normal T cells, the sensitivity to death receptor killing is regulated by specific inhibitor proteins. We found that anti-apoptotic proteins such as cellular (c)-FLIP, which functions as a catalytically inactive form of caspase-8, and X-chromosome-linked inhibitor of apoptosis protein (IAP) as well as c-IAP, which can block downstream executioner caspases, are constitutively expressed in T. parva-transformed T cells. Expression of these proteins is rapidly down-regulated upon parasite elimination. Antiapoptotic proteins of the Bcl-2 family such as Bcl-2 and Bcl-x(L) are also expressed but, in contrast to c-FLIP, c-IAP, and X-chromosome-linked IAP, do not appear to be tightly regulated by the presence of the parasite. Finally, we show that, in contrast to the situation in tumor cells, the phosphoinositide 3-kinase/Akt pathway is not essential for c-FLIP expression. Our findings indicate that by inducing the expression of antiapoptotic proteins, T. parva allows the host cell to escape destruction by homeostatic mechanisms that would normally be activated to limit the continuous expansion of a T cell population.

Temporal and spatial origin of Gesneriaceae in the New World inferred from plastid DNA sequences

Gesneriaceae are represented in the New World (NW) by a major clade (c. 1000 species) currently recognized as subfamily Gesnerioideae. Radiation of this group occurred in all biomes of tropical America and was accompanied by extensive phenotypic and ecological diversification. Here we performed phylogenetic analyses using DNA sequences from three plastid loci to reconstruct the evolutionary history of Gesnerioideae and to investigate its relationship with other lineages of Gesneriaceae and Lamiales. Our molecular data confirm the inclusion of the South Pacific Coronanthereae and the Old World (OW) monotypic genus Titanotrichum in Gesnerioideae and the sister-group relationship of this subfamily to the rest of the OW Gesneriaceae. Calceolariaceae and the NW genera Peltanthera and Sanango appeared successively sister to Gesneriaceae, whereas Cubitanthus, which has been previously assigned to Gesneriaceae, is shown to be related to Linderniaceae. Based on molecular dating and biogeographical reconstruction analyses, we suggest that ancestors of Gesneriaceae originated in South America during the Late Cretaceous. Distribution of Gesneriaceae in the Palaeotropics and Australasia was inferred as resulting from two independent long-distance dispersals during the Eocene and Oligocene, respectively. In a short time span starting at 34 Mya, ancestors of Gesnerioideae colonized several Neotropical regions including the tropical Andes, Brazilian Atlantic forest, cerrado, Central America and the West Indies. Subsequent diversification within these areas occurred largely in situ and was particularly extensive in the mountainous systems of the Andes, Central America and the Brazilian Atlantic forest. Only two radiations account for 90% of the diversity of Gesneriaceae in the Brazilian Atlantic forest, whereas half of the species richness in the northern Andes and Central America originated during the last 10 Myr from a single radiation.

Traducción técnica del capítulo III del libro Advanced Data Warehouse design: from conventional to spatial and temporal applications

The proposal to work on this final project came after several discussions held with Dr. Elzbieta Malinowski Gadja, who in 2008 published the book entitled Advanced Data Warehouse Design: From Conventional to Spatial and Temporal Applications (Data-Centric Systems and Applications). The project was carried out under the technical supervision of Dr. Malinowski and the direct beneficiary was the University of Costa Rica (UCR) where Dr. Malinowski is a professor at the Department of Computer Science and Informatics. The purpose of this project was twofold: First, to translate chapter III of said book with the intention of generating educational material for the use of the UCR and, second, to venture in the field of technical translation related to data warehouse. For the first component, the goal was to generate a final product that would eventually serve as an educational tool for the post-graduate courses of the UCR. For the second component, this project allowed me to acquire new skills and put into practice techniques that have helped me not only to perfom better in my current job as an Assistant Translator of the Inter-American BAnk (IDB), but also to use them in similar projects. The process was lenggthy and required torough research and constant communication with the author. The investigation focused on the search of terms and definitions to prepare the glossary, which was the basis to start the translation project. The translation process itself was carried out by phases, so that comments and corrections by the author could be taken into account in subsequent stages. Later, based on the glossary and the translated text, illustrations had been created in the Visio software were translated. In addition to the technical revision by the author, professor Carme Mangiron was in charge of revising the non-technical text. The result was a high-quality document that is currently used as reference and study material by the Department of Computer Science and Informatics of Costa Rica.

Variabilidade espacial e temporal da resistência mecânica do solo à penetração em áreas com e sem manejo químico localizado

O objetivo deste trabalho foi avaliar o comportamento das variabilidades (espacial e temporal) por meio da técnica de escalonamento de semivariogramas, da variável resistência mecânica do solo à penetração (RMSP) nas camadas de 0-0,1, 0,1-0,2, 0,2-0,3 m, para os anos de 1999 a 2001, sob duas formas de manejo: com manejo químico localizado (CML) e sem manejo químico localizado (SML). Os resultados demonstraram que a variável RMSP apresentou variabilidade espacial com comportamento distinto, conforme a camada e o ano de estudo. A variável RMSP apresentou variabilidade temporal tanto nas parcelas CML quanto nas parcelas SML. As duas formas de manejo (com manejo químico localizado (CML) e sem manejo químico localizado (SML)) não influenciaram o comportamento espacial da variável resistência mecânica do solo à penetração (RMSP). O escalonamento dos semivariogramas reduziu o tempo computacional de ajuste dos modelos, não apresentando diferenças no comportamento e amplitude da variabilidade espacial em relação aos semivariogramas não escalonados.

Enhanced expression of 70-kilodalton heat shock protein limits cell division in a sepsis-induced model of acute respiratory distress syndrome.

OBJECTIVE: Fibrotic changes are initiated early in acute respiratory distress syndrome. This may involve overproliferation of alveolar type II cells. In an animal model of acute respiratory distress syndrome, we have shown that the administration of an adenoviral vector overexpressing the 70-kd heat shock protein (AdHSP) limited pathophysiological changes. We hypothesized that this improvement may be modulated, in part, by an early AdHSP-induced attenuation of alveolar type II cell proliferation. DESIGN: Laboratory investigation. SETTING: Hadassah-Hebrew University and University of Pennsylvania animal laboratories. SUBJECTS: Sprague-Dawley Rats (250 g). INTERVENTIONS: Lung injury was induced in male Sprague-Dawley rats via cecal ligation and double puncture. At the time of cecal ligation and double puncture, we injected phosphate-buffered saline, AdHSP, or AdGFP (an adenoviral vector expressing the marker green fluorescent protein) into the trachea. Rats then received subcutaneous bromodeoxyuridine. In separate experiments, A549 cells were incubated with medium, AdHSP, or AdGFP. Some cells were also stimulated with tumor necrosis factor-alpha. After 48 hrs, cytosolic and nuclear proteins from rat lungs or cell cultures were isolated. These were subjected to immunoblotting, immunoprecipitation, electrophoretic mobility shift assay, fluorescent immunohistochemistry, and Northern blot analysis. MEASUREMENTS AND MAIN RESULTS: Alveolar type I cells were lost within 48 hrs of inducing acute respiratory distress syndrome. This was accompanied by alveolar type II cell proliferation. Treatment with AdHSP preserved alveolar type I cells and limited alveolar type II cell proliferation. Heat shock protein 70 prevented overexuberant cell division, in part, by inhibiting hyperphosphorylation of the regulatory retinoblastoma protein. This prevented retinoblastoma protein ubiquitination and degradation and, thus, stabilized the interaction of retinoblastoma protein with E2F1, a key cell division transcription factor. CONCLUSIONS: : Heat shock protein 70-induced attenuation of cell proliferation may be a useful strategy for limiting lung injury when treating acute respiratory distress syndrome if consistent in later time points.

Análise espaço-temporal do uso da terra em parte do semi-árido cearense

A cobertura vegetal exerce papel imprescindível à proteção e conservação dos recursos naturais, principalmente no que diz respeito aos solos. Este estudo teve como objetivo avaliar e analisar a dimensão espacial e temporal da ação antrópica na cobertura vegetal de parte do semi-árido cearense, utilizando imagens LANDSAT TM-5, de 1985 e 1994, e técnicas de geoprocessamento, para verificar a hipótese de que a degradação ambiental vem sendo intensificada. Foram confeccionadas cartas de vegetação, uso da terra, solos e hidrografia, obtendo-se cartas de sobreposição, por meio das quais se constatou o aumento de áreas degradadas nas diferentes unidades fitoecológicas. No período de uma década, comprovou-se o processo progressivo da degradação nas áreas dos municípios de Independência, Pedra Branca, Mombaça e Tauá, tendo as áreas do município de Pedra Branca apresentado menor degradação. A unidade fitoecológica mais degradada, dentre as estudadas, foi a Caatinga Arbórea Aberta, desencadeando processos de degradação e transformação das unidades circunvizinhas. Grande parte da área foi atingida por processos de degradação ambiental, com forte pauperização da biodiversidade, acompanhados por um rebaixamento geral das formações vegetais.

Variabilidade temporal da resistência à penetração de um latossolo argiloso sob semeadura direta com rotação de culturas

O desenvolvimento radicular é afetado pela resistência mecânica do solo e altera o potencial de produção das culturas. Este trabalho teve como objetivo avaliar a resistência à penetração de um solo argiloso com distintos sistemas de cultura em semeadura direta. O experimento foi realizado no campo tecnológico da Cotrijuí, no município de Ijuí (RS), em um Latossolo Vermelho distroférrico típico com 0,68 kg kg-1 de argila, manejado sob semeadura direta, com quatro seqüências de culturas: sucessão soja/trigo, milho/aveia/milho + guandu/trigo/soja/trigo, guandu/trigo/soja/trigo/soja/aveia e crotalária/trigo/soja/aveia/milho/trigo. A resistência à penetração (RP), a umidade e a densidade do solo foram avaliadas em distintas épocas e profundidades. Em todos os sistemas de culturas no Latossolo argiloso com semeadura direta, o maior estado de compactação foi verificado na camada em torno de 0,1 m de profundidade e o menor na camada até 0,07 m. A RP teve grande variação temporal e foi associada à variação do teor de água para cada condição de densidade do solo ou estado de compactação. Durante o ciclo das culturas, valores de RP restritivos ao crescimento das plantas foram atingidos na camada de cerca de 0,03 a 0,23 m de profundidade, quando o teor de água do solo variou de 0,14 a 0,28 kg kg-1. O efeito de plantas de cobertura de estação quente, com sistema radicular abundante e formador de poros biológicos, na redução da resistência mecânica do solo à penetração não foi observado no tempo estudado.

Estabilidade temporal da distribuição espacial da armazenagem de água em um solo cultivado com citros

O presente trabalho objetivou quantificar e caracterizar a variabilidade espaço-temporal e a estabilidade temporal da armazenagem da água em um Latossolo Amarelo argissólico cultivado com citros. A parcela experimental foi montada em um solo sob uma cultura de citros com 10 anos de idade, consistindo de 40 pontos de observação ao longo de duas transeções, com espaçamento de 4 x 7 m, isto é, duas transeções 1 e 2 (coincidentes com duas linhas de plantas) paralelas e distantes entre si de 7 m e cada uma delas com 20 pontos, separados um do outro de 4 m, delimitando uma área de terreno de dimensões 80 x 14 m (40 plantas). Cada ponto localizava-se no centro da distância entre duas plantas (2 m do tronco) na linha de plantas. Os pontos de observação da transecão 1 foram enumerados de 1 a 20 e os da transecão 2 de 21 a 40 no sentido aposto. Em cada ponto de observação, foi instalado um tubo de acesso à sonda de nêutrons até a profundidade de 1,20 m. As medições foram feitas ao longo de dois anos, em períodos compreendidos entre novembro e julho do ano seguinte, semanalmente. Em cada ponto de observação, foram retiradas amostras de solo com estrutura deformada para a quantificação das frações granulométricas ao longo do perfil. A estabilidade temporal foi observada pelo comportamento dos valores nos 40 pontos ao longo do tempo, os quais mantiveram a sua característica, independentemente do tempo de amostragem, o que pôde ser comprovado por meio do coeficiente de correlação de Pearson utilizado entre datas de observação. Por meio da técnica da diferença relativa, foi possível identificar os pontos que, independentemente de tempo, estimaram a média real do campo, os mais secos e os mais úmidos. O ponto 28 foi escolhido, em decorrência do valor da diferença relativa, como o ponto representativo da média, e identificou-se o ponto 15 como o mais seco e o 05 como o mais úmido.

An Efficient Segmentation Method for Ultrasound Images based on a Semi-supervised Approach and Patch-based Features

Segmenting ultrasound images is a challenging problemwhere standard unsupervised segmentation methods such asthe well-known Chan-Vese method fail. We propose in thispaper an efficient segmentation method for this class ofimages. Our proposed algorithm is based on asemi-supervised approach (user labels) and the use ofimage patches as data features. We also consider thePearson distance between patches, which has been shown tobe robust w.r.t speckle noise present in ultrasoundimages. Our results on phantom and clinical data show avery high similarity agreement with the ground truthprovided by a medical expert.

Estabilidade temporal de medidas do teor e do potencial mátrico da água no solo em uma transeção

O elevado nível de variabilidade espacial de observações experimentais de campo da condutividade hidráulica do solo dificulta o planejamento de amostragem e a utilização e extrapolação de valores médios, em estudos de campo de dinâmica da água no solo. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi verificar a estabilidade temporal de medidas do teor e do potencial mátrico da água no solo e sua aplicação como ferramenta para racionalizar a estratégia de amostragem para avaliação da condutividade hidráulica do solo em condições de campo. O experimento de drenagem foi desenvolvido num Latossolo Vermelho-Amarelo em Piracicaba (SP), numa parcela experimental com 50 pontos de observação distanciados de 1 m entre si, nos quais foram medidos o teor de água (com TDR) e o potencial mátrico (com tensiômetros) durante três semanas de redistribuição da água no solo. Os resultados mostraram que o método da estabilidade temporal permite identificar, com exatidão, os locais mais adequados para as amostragens, possibilitando a redução do número de amostras necessárias e do custo de execução do esforço amostral para o planejamento de sistemas de uso e manejo de água na agricultura.

Enhanced radar precipitation estimates using a combined clutter and beam blockage correction technique

Weather radar observations are currently the most reliable method for remote sensing of precipitation. However, a number of factors affect the quality of radar observations and may limit seriously automated quantitative applications of radar precipitation estimates such as those required in Numerical Weather Prediction (NWP) data assimilation or in hydrological models. In this paper, a technique to correct two different problems typically present in radar data is presented and evaluated. The aspects dealt with are non-precipitating echoes - caused either by permanent ground clutter or by anomalous propagation of the radar beam (anaprop echoes) - and also topographical beam blockage. The correction technique is based in the computation of realistic beam propagation trajectories based upon recent radiosonde observations instead of assuming standard radio propagation conditions. The correction consists of three different steps: 1) calculation of a Dynamic Elevation Map which provides the minimum clutter-free antenna elevation for each pixel within the radar coverage; 2) correction for residual anaprop, checking the vertical reflectivity gradients within the radar volume; and 3) topographical beam blockage estimation and correction using a geometric optics approach. The technique is evaluated with four case studies in the region of the Po Valley (N Italy) using a C-band Doppler radar and a network of raingauges providing hourly precipitation measurements. The case studies cover different seasons, different radio propagation conditions and also stratiform and convective precipitation type events. After applying the proposed correction, a comparison of the radar precipitation estimates with raingauges indicates a general reduction in both the root mean squared error and the fractional error variance indicating the efficiency and robustness of the procedure. Moreover, the technique presented is not computationally expensive so it seems well suited to be implemented in an operational environment.

Atrial assist device, a new alternative to lifelong anticoagulation?

OBJECTIVE: Atrial fibrillation is a very common heart arrhythmia, associated with a five-fold increase in the risk of embolic strokes. Treatment strategies encompass palliative drugs or surgical procedures all of which can restore sinus rhythm. Unfortunately, atria often fail to recover their mechanical function and patients therefore require lifelong anticoagulation therapy. A motorless volume displacing device (Atripump) based on artificial muscle technology, positioned on the external surface of atrium could avoid the need of oral anticoagulation and its haemorrhagic complications. An animal study was conducted in order to assess the haemodynamic effects that such a pump could provide. METHODS: Atripump is a dome-shape siliconecoated nitinol actuator sewn on the external surface of the atrium. It is driven by a pacemaker-like control unit. Five non-anticoagulated sheep were selected for this experiment. The right atrium was surgically exposed, the device sutured and connected. Haemodynamic parameters and intracardiac ultrasound (ICUS) data were recorded in each animal and under three conditions; baseline; atrial fibrillation (AF); atripump assisted AF (aaAF). RESULTS: In two animals, after 20 min of AF, small thrombi appeared in the right atrial appendix and were washed out once the pump was turned on. Assistance also enhanced atrial ejection fraction. 31% baseline; 5% during AF; 20% under aaAF. Right atrial systolic surfaces (cm2) were; 5.2 +/- 0.3 baseline; 6.2 +/- 0.1 AF; 5.4 +/- 0.3 aaAF. CONCLUSION: This compact and reliable pump seems to restore the atrial "kick" and prevents embolic events. It could avoid long-term anticoagulation therapy and open new hopes in the care of end-stage heart failure.

Variação temporal do intervalo hídrico ótimo de um latossolo vermelho distroférrico sob sistemas de plantio direto

O plantio direto é eficiente no controle das perdas de solo e água, mas o tráfego de máquinas e a ausência de revolvimento podem induzir a compactação superficial dos solos de textura argilosa. O intervalo hídrico ótimo (IHO) traduz os efeitos de sistemas de manejo na melhoria ou na degradação da qualidade física do solo. O objetivo deste estudo foi quantificar o IHO para discriminar os efeitos de sistemas de manejo em plantio direto na qualidade física do solo. Os tratamentos utilizados foram: plantio direto com sucessão de culturas, plantio direto com rotação de culturas e plantio direto com rotação de culturas e escarificação do solo. Em duas épocas distintas - em outubro de 2002, após a cultura de inverno (trigo), e em abril de 2003, após a cultura de verão (soja) - foram retiradas 44 amostras indeformadas em cada tratamento. Essas amostras foram utilizadas para determinar a curva de retenção de água, a curva de resistência do solo à penetração, a densidade do solo, o IHO e a densidade crítica do solo. A resistência do solo à penetração determinou o limite inferior do IHO em todos os tratamentos e reduziu os seus valores com o aumento da densidade do solo. A densidade crítica do solo não dependeu do sistema de manejo em plantio direto. A variação temporal do IHO nos tratamentos foi dependente da variação da densidade do solo. No plantio direto com rotação, a maior retenção de água em elevados potenciais proporcionou, temporalmente, maiores valores do IHO.