Exploraty Multivariate Statistical Methods Applied to Pharmaceutical Industry CRM Data

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

EVALUATION OF FOUR DIFFERENT DNA EXTRACTION METHODS IN COAGULASE-NEGATIVE STAPHYLOCOCCI CLINICAL ISOLATES

Currently there are several methods to extract bacterial DNA based on different principles. However, the amount and the quality of the DNA obtained by each one of those methods is highly variable and microorganism dependent, as illustrated by coagulase-negative staphylococci (CoNS) which have a thick cell wall that is difficult to lyse. This study was designed to compare the quality and the amount of CoNS DNA, extracted by four different techniques: two in-house protocols and two commercial kits. DNA amount and quality determination was performed through spectrophotometry. The extracted DNA was also analyzed using agarose gel electrophoresis and by PCR. 267 isolates of CoNS were used in this study. The column method and thermal lyses showed better results with regard to DNA quality (mean ratio of A260/280 = 1.95) and average concentration of DNA (), respectively. All four methods tested provided appropriate DNA for PCR amplification, but with different yields. DNA quality is important since it allows the application of a large number of molecular biology techniques, and also it's storage for a longer period of time. In this sense the extraction method based on an extraction column presented the best results for CoNS.

Parallelization of web processing services on cloud computing: A case study of Geostatistical Methods

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

FALSE-NEGATIVE DENGUE CASES IN RORAIMA, BRAZIL: AN APPROACH REGARDING THE HIGH NUMBER OF NEGATIVE RESULTS BY NS1 AG KITS

Serum samples from 150 NS1-negative (Platelia ELISA) patients presumptively diagnosed with dengue were analyzed by the TaqMan probed real-time reverse transcription PCR (TaqMan qRT-PCR) method. The qRT-PCR positive samples were tested for serotype by semi-nested RT-PCR and a qualitative immunochromatographic assay for IgG and IgM. Molecular detection methods showed 33 (22%) positive samples out of 150 NS1-antigen negative samples. Of these, 72% were collected up to day 2 after the onset of symptoms, when diagnostic sensitivity of NS1-antigen test assays is significantly enhanced. Most of the cases were not characterized as secondary infection. Twenty-eight samples were successfully serotyped, 75% of which for DENV-4, 14% for DENV-2, 7% for DENV-3 and 4% for DENV-1. These findings reaffirm the hyperendemic situation of the state of Roraima and suggest a lower sensitivity of the NS1 test, mainly when DENV-4 is the predominant serotype. Health care providers should therefore be aware of samples tested negative by NS1 antigen assays, especially when clinical symptoms and other laboratory data results show evidence of dengue infection.

EVALUATION OF METHODS IN DETECTING VANCOMYCIN MIC AMONG MRSA ISOLATES AND THE CHANGES IN ACCURACY RELATED TO DIFFERENT MIC VALUES

INTRODUCTION: Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) presenting reduced susceptibility to vancomycin has been associated to therapeutic failure. Some methods used by clinical laboratories may not be sufficiently accurate to detect this phenotype, compromising results and the outcome of the patient. OBJECTIVES: To evaluate the performance of methods in the detection of vancomycin MIC values among clinical isolates of MRSA. MATERIAL AND METHODS: The Vancomycin Minimal Inhibitory Concentration was determined for 75 MRSA isolates from inpatients of Mãe de Deus Hospital, Porto Alegre, Brazil. The broth microdilution (BM) was used as the gold-standard technique, as well as the following methods: E-test® strips (BioMérieux), M.I.C.E® strips (Oxoid), PROBAC® commercial panel and the automated system MicroScan® (Siemens). Besides, the agar screening test was carried out with 3 µg/mL of vancomycin. RESULTS: All isolates presented MIC ≤ 2 µg/mL for BM. E-test® had higher concordance (40%) in terms of global agreement with the gold standard, and there was not statistical difference among E-test® and broth microdilution results. PROBAC® panels presented MICs, in general, lower than the gold-standard panels (58.66% major errors), while M.I.C.E.® MICs were higher (67.99% minor errors). CONCLUSIONS: For the population of MRSA in question, E-test® presented the best performance, although with a heterogeneous accuracy, depending on MIC values.

Melhoria e automação de linhas de montagem

Hoje em dia, e com os avanços tecnológicos a surgirem de forma constante, existem novas áreas que têm de ser consideradas com um foco importante por parte de todas as organizações, sendo uma delas a robótica industrial. Motivada em aumentar o seu output, as condições de trabalho para os seus colaboradores, bem como todas as condições de organização da logística interna, a Grohe Portugal, mais especificamente o departamento da montagem, achou relevante fazer um estudo de métodos e tempos, calculando os ganhos potenciais de aumento de output com introdução de robótica nas linhas dos cartuchos. Os objetivos principais seriam então, fazer uma restruturação de todo o layout dessas linhas, tendo como foco automatizar alguma(s) operação(ões), conseguindo assim uma melhoria significativa do output dessas linhas com o menor payback possível. Posto isto, esta dissertação pretende apresentar o trabalho desenvolvido junto da Grohe Portugal, que teve como objetivo fazer os estudos e a automatização de linhas de montagem de cartuchos, bem como melhorar algumas linhas de montagem tendo em conta fatores ergonómicos. Relativamente à automatização da linha dos cartuchos, foi importante estudar todos os seguintes aspetos:  utilização de unidades robóticas;  ergonomia;  ganhos de produtividade;  automatizar ou semi-automatizar operações;  simplificar processos de montagem;  simplificar setups;  solicitar orçamentos;  elaborar caderno de encargos. Para a realização deste projeto, o trabalho desenvolvido foi decomposto em várias etapas, entre as quais se destacam:  análise e estudo dos métodos e sequências de montagem;  levantamento de todos os componentes e operações de montagem até à obtenção do cartucho final;  estudo de tempos de todas essas operações de montagem;  caraterização de um novo layout para as linhas com a introdução de unidades robóticas, tanto quanto possível, mais adequadas;  elaboração de caderno de encargos para ser enviado a empresas, para estas poderem apresentar uma orçamentação, bem como indicar as unidades robóticas mais adequadas para as tarefas pretendidas;  automatização da linha dos cartuchos. Relativamente ao projeto de novas linhas de montagem tendo em conta fatores ergonómicos, de forma a melhorar os sistemas de abastecimento e as condições de trabalho por parte dos operadores, foram postos em prática diferentes passos, nomeadamente:  identificação de todos os processos de montagem realizados pelos operadores na linha a melhorar;  estudo e definição da disposição dos componentes na nova linha, bem como a sua forma de abastecimento;  projeto da nova linha de montagem em 3D com recurso ao software SolidWorks;  realização prática da linha, acompanhando e ajudando a equipa da ferramentaria. O balanço final do trabalho foi bastante positivo, tanto na automatização das linhas de montagem dos cartuchos, em que todo o seu estudo foi alcançado com sucesso, como no melhoramento ergonómico das linhas de montagem, tendo-se alcançado melhorias em alguns índices de qualidade, tempos de abastecimento, organização das linhas, e nas condições de iluminação, resultando essas melhorias numa avaliação positiva por parte dos colaboradores que nelas trabalham todos os dias.

INVENTORY OF MOSQUITOES (DIPTERA: CULICIDAE) IN CONSERVATION UNITS IN BRAZILIAN TROPICAL DRY FORESTS

In Brazil, most studies of the Culicidae family are concentrated in rainforest regions. As such, there is a lack of knowledge regarding the diversity of Culicidae in regions with different climatic and vegetational characteristics. The aim of this study was to compile an inventory of Culicidae in protected areas of the semi-arid region of the state of Minas Gerais, Brazil, in order to better understand the diversity of the family within this region. The study was conducted across four protected areas in the northern region of the state, in tropical dry forest (TDF) fragments. Sampling methods included Shannon trap and CDC light trap, as well as active collection. A total of 11,219 mosquito specimens were collected between August 2008 and July 2012, belonging to 11 genera and 45 species; 15 new records for the state of Minas Gerais were registered, as well as 26 new records for semi-arid regions within the state. The high number of new Culicidae records in this region demonstrates the importance of inventory studies for increasing the knowledge of culicid biodiversity in Minas Gerais, and in particular within semi-arid regions of the state.

COMPARISON BETWEEN FOUR USUAL METHODS OF IDENTIFICATION OF Candida SPECIES

SUMMARY Infection by Candidaspp. is associated with high mortality rates, especially when treatment is not appropriate and/or not immediate. Therefore, it is necessary to correctly identify the genus and species of Candida. The aim of this study was to compare the identification of 89 samples of Candida spp. by the manual methods germ tube test, auxanogram and chromogenic medium in relation to the ID 32C automated method. The concordances between the methods in ascending order, measured by the Kappa index were: ID 32C with CHROMagar Candida(κ = 0.38), ID 32C with auxanogram (κ = 0.59) and ID 32C with germ tube (κ = 0.9). One of the species identified in this study was C. tropicalis,which demonstrated a sensitivity of 46.2%, a specificity of 95.2%, PPV of 80%, NPV of 81.1%, and an accuracy of 80.9% in tests performed with CHROMagar Candida;and a sensitivity of 76.9%, a specificity of 96.8%, PPV of 90.9%, NPV of 91%, and an accuracy of 91% in the auxanogram tests. Therefore, it is necessary to know the advantages and limitations of methods to choose the best combination between them for a fast and correct identification of Candidaspecies.

Comparison of Methods and Co-Registration Maps of EEG and fMRI in Occipital Lobe Epilepsy

Clinically childhood occipital lobe epilepsy (OLE) manifests itself with distinct syndromes. The traditional EEG recordings have not been able to overcome the difficulty in correlating the ictal clinical symptoms to the onset in particular areas of the occipital lobes. To understand these syndromes it is important to map with more precision the epileptogenic cortical regions in OLE. Experimentally, we studied three idiopathic childhood OLE patients with EEG source analysis and with the simultaneous acquisition of EEG and fMRI, to map the BOLD effect associated with EEG spikes. The spatial overlap between the EEG and BOLD results was not very good, but the fMRI suggested localizations more consistent with the ictal clinical manifestations of each type of epileptic syndrome. Since our first results show that by associating the BOLD effect with interictal spikes the epileptogenic areas are mapped to localizations different from those calculated from EEG sources and that by using different EEG/fMRI processing methods our results differ to some extent, it is very important to compare the different methods of processing the localization of activation and develop a good methodology for obtaining co-registration maps of high resolution EEG with BOLD localizations.

COMPARISON OF PERMANENT STAINING METHODS FOR THE LABORATORY DIAGNOSIS OF TRICHOMONIASIS

Trichomonas vaginalis is the etiologic agent of trichomoniasis, the most common non-viral sexually transmitted disease (STD) in the world. The diagnosis is based on wet mount preparation and direct microscopy on fixed and stained clinical specimens. The aim of this study was to compare the performance of different fixing and staining techniques used in the detection of T. vaginalis in urine. The smears were fixed and submitted to different methods of permanent staining and then, the morphological aspects of the parasites were analyzed and compared. The Papanicolaou staining with ethanol as the fixative solution showed to be the best method of permanent staining. Our data suggest that staining techniques in association with wet mount examination of fresh specimens contribute to increase the sensitivity in the diagnosis of trichomoniasis.

From the portolan chart of the mediterranean to the latitude chart of the atlantic

Thesis submitted to the Instituto Superior de Estatística e Gestão de Informação da Universidade Nova de Lisboa in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Doctor of Philosophy in Information Management – Geographic Information Systems

O estudo de pavimentações regulares e semi-regulares com ambiente de geometria dinâmica

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Ensino da Matemática

Avaliação sorológica da vacina oral, tipo Sabin, contra a poliomielite em região semi-rural: I. Formação de anticorpos em vacinados

Os autores descrevem, os resultados obtidos em um programa de avaliação sorológica da vacina oral, tipo Sabin, contra a poliomielite, em uma comunidade semi-rural, próxima a cidade do Rio de Janeiro. Em condições controladas 114 crianças, com idades entre 3 meses a 3 anos (Tabela 1) foram vacinadas, com vacinas trivalentes (500.000, 200.000, e 300.000 TCD50 por dose, dos tipos 1, 2 e 3 respectivamente), usando-se três doses, com intervalos de 8 semanas entre as doses. Amostras de sangue foram coletadas por punção venosa ou discos de papel de filtro, juntamente com a 1.ª e a 3.ª dose de vacina e 9 semanas após esta última dose de vacina. As taxas de conversão alcançaram (diluição de sôro 1/8) 82,7%, 98,5% e 75,4% para os tipos 1, 2 e 3 respectivamente, após três doses de vacina (Tabela 2). A distribuição de idade de indivíduos sem anticorpos após a vacinação (Tabela 3) mostra o grupo etário de 1 a 2 anos como o que apresenta a mais baixa taxa de conversão. Os autores acentuam que as condições de vida da população estudada correspondem àquelas de grandes partes da população brasileira, nas áreas rurais do país; e uma avaliação semelhante da vacina em áreas urbanas, seria desejável. Os autores sugerem ainda o aumento da quantidade de vírus do tipo 1 na vacina como medida provàvelmente eficaz na melhora das taxas de conversão em populações como a estudada. Estudos quantitativos sôbre anticorpos para Enterovírus, presentes na população estudada, estão sendo realizados e serão pròximamente apresentados.

Bone Histomorphometry Revisited

Bone histomorphometry is defined as a quantitative evaluation of bone micro architecture, remodelling and metabolism. Bone metabolic assessment is based on a dynamic process, which provides data on bone matrix formation rate by incorporating a tetracycline compound. In the static evaluation, samples are stained and a semi-automatic technique is applied in order to obtain bone microarchitectural parameters such as trabecular area, perimeter and width. These parameters are in 2D, but they can be extrapolated into 3D, applying a stereological formula. Histomorphometry can be applied to different areas; however, in recent decades it has been a relevant tool in monitoring the effect of drug administration in bone. The main challenge for the future will be the development of noninvasive methods that can give similar information. In the herein review paper we will discuss the general principles and main applications of bone histomorphometry.

Avaliação sorológica da vacina oral, tipo Sabin, contra a poliomielite em região semi - rural: II - Aspectos quantitativos dos anticorpos formados e anticorpos para outros enterovirus

Os autores apresentam dados quantitativos sôbre os anticorpos presentes em vacinados com vacina oral trivalente, contra a poliomielite (Tabela 1). Apos a 3.ª dose de vacina verificou-se um aumento do título geométrico médio da população em relação aos títulos obtidos com duas doses de vacina. Infecções naturais devem ter contribuído para formação de anticorpos para poliomielite na população, ao lado da vacina. Anticorpos para enterovírus não-pólio (Coxsackie B e alguns tipos de vírus ECHO) são apresentados na Tabela II e referem-se a amostras de sôro colhidas quando da 1.ª dose de vacina. Os autores chamam a atenção para a incidência de enterovírus na região, embora poucos sejam os dados ainda disponíveis.