两种完熟相关基因反义RNA在转因番茄中的表达及其对果实完熟的仰制作用

植物激素乙烯作为一种信使分子调节控制果实完熟。ACC合成酶是植物体内乙烯生物合成途径的限速酶，其反义RNA的表达将能有效地抑制乙烯的生物合成而延缓果实完熟，利用反转录PCR技术克隆获得了ACC合成酶多基因家族成员之一LE-ACC2阅读框架约1.7kb的cDNA，经酶切图谱和序列分析鉴定无误后，反向连入植物表达载体pBin437中构建成组成型表达ACC合成酶反义RNA的双元载体。经农杆菌途径转化番茄“丽春”品种，获得了60株抗卡那再生杭株，PCR检测证明有6株为转基因植株，Southern杂交和Northern杂交分析进一步确证了外源基因的插入及其转录活性。反义番茄果实的乙烯释放受到明显抑制，表现出更好的耐储保鲜特性，并且与对照相比，在果实品质上没有明显差别。大田培育Fl和F2代转化番茄植株，反义番茄纯合品系的筛选工作正在进行之中。 同时，本研究利用已经获得的ACC合成酶和PG的cDNA克隆，构建了两个嵌合转化基因载体pPGACC1、pPGACC10，它包括1300bp的ACC合成酶cDNA编码序列，并分别含有反向与正向的250bp的5’端PG基因片断。酶切图谱和序列分析鉴定无误后，以pBin437为植物表达载体构建了双元载体pBPGACC1和pBPGACC10，分别表达PG正义RNA和反义RNA，并均表达ACC合成酶反义RNA。经农杆菌转化番茄子叶，植株的再生培育有待进行。通过对转基因植物的分析，我们期望阐明用单一嵌合基因表达载体通过反义抑制与抑制作用实现对内源两同源基因——PG和ACC合成酶下降调节的可能性，并可望得到具有更好耐储效果且品质优良的番茄品系。

烟草NtFAD2基因的沉默及功能研究

油酰磷脂酰胆碱去饱和酶（FAD2）是一种重要的植物脂肪酸去饱和酶，位于内质网中，催化油酸生成亚油酸。亚油酸等多不饱和脂肪酸含量过高的植物油脂不稳定，易氧化，不易贮藏，而且氧化产物对人体有害。因此油脂改良的一个重要目的是提高种子油脂的油酸含量，降低多不饱和脂肪酸含量。另外，关于FAD2的结构、功能和表达调控等问题目前还不清楚，有待深入研究。近年发展起来的RNAi技术可有效地沉默目标基因，研究植物FAD2基因沉默后膜脂和油脂的变化及温度对基因沉默的影响，有助于深入理解FAD2酶的功能、表达调控方式和有效地利用基因沉默技术改变膜脂组成、提高植物油脂品质。本研究的主要目的是，首先采用RNAi技术抑制烟草FAD2基因（NtFAD2）的表达以降低NtFAD2酶活性，得到膜脂不饱和度改变的烟草转基因株系。然后研究NtFAD2基因沉默后脂肪酸去饱和过程的变化及其机理，以及温度对NtFAD2基因沉默的影响。研究中首先用PCR方法克隆烟草NtFAD2基因，用其编码区的一个片段构建表达发卡RNA的沉默结构，用农杆菌介导的方法转化烟草，从第一代转基因植株中筛选出油酸含量高的突变体。然后对其中一个转基因株系S61进行脂肪酸分析，发现叶片总脂和质体外单脂PC和PE中的油酸含量大幅度增加。此外，NtFAD2基因沉默对叶片甘油脂的影响有多效性，即质体内的单脂油酸含量也有显著增加，有些单脂中软脂酸含量有所下降。烟草NtFAD2基因沉默后，在叶片和种子中油酸含量变化最大，说明NtFAD2基因在不同器官中的沉默效果不同：沉默结构对NtFAD2酶活性较高的器官抑制程度更大，内源基因没有表现均一的沉默效果。沉默植株的多种组织中NtFAD2基因的mRNA降解程度相似，说明油酸含量与NtFAD2转录本的丰度没有直接关系。 植物脂肪酸的不饱和程度受温度调控，因此研究FAD2基因沉默株系的油酸含量受温度影响情况及其调控规律对RNAi技术在油脂改良方面的实际应用具有十分重要的意义。研究结果表明，随着生长温度的下降，野生烟草叶片膜脂油酸含量降低，多不饱和脂肪酸含量随之增加;转基因烟草中油酸和多不饱和脂肪酸有相似的变化趋势，但是变化幅度远远大于野生烟草。低温下转基因烟草叶片油酸含量之所以大幅度下降，其中一个重要原因是被抑制的NtFAD2酶受低温的调节而活性升高。然而研究发现，与常温条件下相比，低温下转基因烟草NtFAD2基因的mRNA丰度不变，说明低温没有影响沉默结构对NtFAD2基因的mRNA的降解。低温环境下NtFAD2基因沉默植株的多不饱和脂肪酸含量有所回升可能是植物对低温的一种适应性响应。转基因烟草种子油脂的油酸含量也受温度影响：常温下表现高油酸性状，低温下油酸含量下降。因此种植这种高油酸品系时，需要考虑温度的影响。如果在适宜的地域和季节种植，避免转基因植株开花结实时遭遇持续低温，就可以利用转基因植株的遗传优势，生产富含油酸的优质植物油。

植物油脂积累机理和品质改良—利用RNAi改良大豆油脂品质—四合木茎积累三脂酰甘油特征

利用RNAi改良大豆油脂品质 大豆[Glycine max (L.) Merr.]起源于中国，栽培历史悠久，是重要的粮食作物， 同时也是植物油和蛋白的重要来源。随着经济的发展和生活水平的提高，人们不但对大豆的需求量大大增加，同时对大豆的品质也提出了更高的要求。近年来，我国大豆进口量逐年攀升，已远远超过本国生产量。国外转抗除草剂转基因大豆大面积种植大大降低了生产成本，直接影响了我国大豆生产。因此，提高产量和改良品质是当前中国大豆生产所面临的重要课题。基因工程是大豆品种改良更为有效和快速的方法，但是由于历史原因我国的大豆转基因育种与发达国家尚存在一定差距，对我国的大豆生产贡献十分有限。因此，建立高效的大豆转化体系，加强大豆基因工程研究和育种是解决大豆面临困境的关键。 本研究的目的是以我国主要栽培大豆品种（黑农、合丰和东农等）为材料，利用GUS（β-glucuronidase）报告基因和RNAi技术，建立高效的大豆基因转化体系和基因功能研究体系。为大豆产量和品质基因工程改良提供技术手段和理论基础。结果如下： 以大豆下胚轴为外植体，对分生组织产生不定芽的频率进行了研究。培养基中添加高浓度BAP（6-benzylaminopurine）可以诱导外植体分生组织增殖产生不定芽的发生率;在培养基中添加银离子可以明显地促进大豆单个外植体多芽的产生，使得诱导不定芽总数目显著增加;不同基因型大豆再生不定芽能力有着较大区别，黑农44，黑农37，合丰35，合丰39等品种再生能力强;相对于大豆子叶节等再生系统，大豆下胚轴体系具有高效高频的再生特点（总的再生频率高于80%），且重复性好，容易操作。 以大豆下胚轴为外植体，用含有GUS报告基因的根癌农杆菌对其进行遗传转化，并重点对农杆菌菌液浓度、农杆菌侵染时间、乙酰丁香酮（AS）和抗氧化剂浓度等因素对农杆菌大豆转化效率的影响进行了研究。组织化学染色结果显示GUS基因在外植体顶端表达强烈，表达位置主要位于初生芽基部周围的分生组织。 农杆菌浸染时间以 4h 为最佳，此时的GUS瞬时表达频率可达73.0%;培养基中添加浓度为200μmol/L的乙酰丁香酮，可以显著增加GUS瞬时表达频率。抗氧化剂可以显著降低共培养阶段外植体的褐化和坏死率，进而显著提高农杆菌转化效率。用根癌农杆菌转化大豆下胚轴的方法得到了表达GUS基因转基因大豆株系。 利用大豆油酸去饱和酶基因(FAD2-1;Genbank, L43920)在第315-852碱基之间的基因片断构建了反向重复的RNAi表达载体，以农杆菌介导大豆下胚轴转化方法进行转化，并且获得转基因植株。经过PCR，Southern杂交和转基因后代的脂肪酸分析，表明沉默结构已经成功整合到大豆基因组中，并成功抑制了内源基因的表达。与栽培大豆品种相比较，转基因大豆种子的脂肪酸组成发生显著变化，油酸含量由栽培大豆的18.1％增加到71.5％¬-81.9％;亚油酸含量从栽培大豆的46.4％降到了约3.4％。 栽培大豆种子中油酸去饱和比率（ODP, oleic desaturation proportion）为0.76 到 0.84，转基因大豆种子的油酸去饱和比率降为0.06-0.26，表明Δ12-去饱和酶活性降低了74%-94%。上述结果表明，我们构建的RNAi反向重复序列沉默结构高效地抑制了大豆种子FAD2-1基因。 在本研究中，我们通过外源GUS基因的表达和内源FAD2基因的抑制，成功地建立了以大豆下胚轴为外植体的高效农杆菌介导大豆转化体系，并获得了相应的转基因株系。本研究对我国大豆品种基因工程改良以及进一步大豆功能基因组研究有重要参考价值。 四合木茎积累三脂酰甘油特征 四合木(Tetraena mongotica Maxim)是蒺藜科(Zygophyllaceac)四合木属唯一的种，是地球上最具代表性的古老残遗濒危珍稀植物。由于四合木极易燃烧，当地居民称其为“油柴”。 通过对四合木内可能存在的“油”成分进行了分析，我们发现其茎组织含有大量的三脂酰甘油（Triacylglycerols），含量达到46 mg/g DM。在韧皮部中更高，达到90 mg/g DM。我们通过半薄切片对四合木中三脂酰甘油在不同组织的分布和存在形式进行了研究，发现三脂酰甘油主要以油体形式存在于木质部和韧皮部的薄壁组织中。在韧皮部中，几乎所有的薄壁细胞都含有大量的油体。 三脂酰甘油在植物的生长发育中起着非常重要的作用。作为植物生长发育所需的碳源和能量，三脂酰甘油一般储存在植物的种子和果实中。虽然也有关于其在茎和叶中发现的报道，但是含量很少。四合木茎组织含有大量的三脂酰甘油，这种现象可能与四合木茎中存在茎特异油脂合成酶系统有关。因此，克隆相关基因并在作物中表达，将对能源植物的开发具有重要意义。

植物体内谷胱甘肽还原酶的功能研究

谷胱甘肽还原酶（GR，EC1.6.4.2）是一重要的抗氧化酶，许多生理学和遗传工程研究都证明GR酶在抗氧化中的重要作用。但改变GR酶怎样影响植物的抗氧化系统却不清楚。GR是抗坏血酸－谷胱甘肽循环途径中的重要组成部分，其功能必然与其密切相关。本文用RNAi技术获得具有较低GR酶活性的转基因烟草，系统测定了非胁迫条件和胁迫条件下抗坏血酸－谷胱甘肽循环的变化，得出以下主要结果： 1．选择一烟草叶绿体GR酶编码基因（X76293, gi: 431954）进行RNAi载体构建，构建好的双元载体转化根癌农杆菌LBA4404，然后侵染转化烟草叶圆片。获得的转基因烟草具有30－70％的GR酶活性。分子检测结果表明GR在RNA和蛋白水平上与GR酶活性的变化一致。文中我们第一次用2-D电泳对烟草中GR同工酶进行分析，并确定发生抑制的GR同工酶在细胞中的定位。2-D电泳后的Western杂交检测到烟草的10种GR同工酶，pI值分布在4.5-6.3，其中3种GR同工酶定位在叶绿体内，其蛋白量占据所有GR酶含量的大部分。RNAi发生在叶绿体内和叶绿体外，表明发生抑制的GR同工酶的基因序列具有很高的同源性。igr转基因烟草在表型上与野生型对照烟草无明显差异。 2．所有igr转基因植株和对照植株中的活性氧（O2-和H2O2）、MDA含量和光合作用都无明显差异，表明正常生长条件下GR酶活性的降低不会引起氧化胁迫。测定正常生长条件下igr转基因烟草中谷胱甘肽库的变化。结果表明与对照烟草相比，GR酶活性降低70％会引起转基因植株中GSH/GSSG比率明显降低，而GSH和GSSG的含量稍有增加；测定抗坏血酸－谷胱甘肽循环的变化，结果显示igr转基因烟草中DHAR和MDHAR的酶活性升高，表明非胁迫条件下较低的GR酶活性可能会诱导抗坏血酸－谷胱甘肽循环不能正常的运转。这一作用可能与改变的谷胱甘肽库有关。GR酶活性降低30％的转基因烟草中未检测到这些变化，表明70％的GR酶活对于非胁迫条件下igr转基因烟草可能是足够的。 3. MV处理结果显示，igr转基因烟草的离体叶圆片和活体植株在MV处理后都发生比对照烟草严重的光漂白作用。igr转基因烟草的活性氧和MDA含量明显高于对照烟草，igr转基因烟草的光合作用明显低于对照烟草。以上这些指标表明igr转基因烟草对MV处理更为敏感。MV处理条件下igr转基因烟草谷胱甘肽的含量明显高于对照烟草，但是GSH/GSSG的比率明显低于对照烟草，GR酶活性仍明显低于对照烟草，表明在MV胁迫条件下igr转基因烟草中较低的GR酶活性不能有效的将GSSG还原生成GSH。igr转基因烟草中较高的谷胱甘肽净含量说明其谷胱甘肽的合成能力提高，但这仍不能补偿胁迫条件下较低GR酶引起的GSH/GSSG比率降低。MV处理条件下igr转基因烟草和对照烟草相比ASC的含量大大降低，导致DHA/ASC明显升高。测定MDHAR和DHAR的结果表明，MV处理后igr转基因烟草的MDHAR酶活性明显降低，这表明较低的GR酶活性引起ASC再生循环受到抑制。MV处理后较低的GR酶还引起igr转基因烟草中APX的活性大大降低。以上这些结果表明MV处理条件下降低GR酶活性会削弱抗坏血酸－谷胱甘肽循环，从而引起活性氧的大量积累，造成严重的氧化伤害。 4．低温处理的结果和MV处理的结果稍有不同。在GR酶活性较高的i2转基因烟草中所有检测指标与对照烟草无明显差异。而GR酶活性较低的i21、i28和i42植株与对照烟草相比表现出明显差异。低温下生长的对照烟草叶绿素含量明显高于i21、i28和i42植株。i21、i28和i42中活性氧（O2-和H2O2）和MDA的含量都明显高于对照烟草，表明低温处理下i21、i28和i42受到更严重的胁迫伤害。与MV处理后的变化相似，低温处理后i21、i28和i42中较低的 GR酶活性导致GSH/GSSG大大降低，ASC再生循环受抑制，APX活性明显降低，从而使抗坏血酸－谷胱甘肽循环不能高效的清除活性氧，导致ROS和MDA的大量积累，造成严重的低温伤害。

金丝桃素在制备抗RNA病毒药物中的应用

本发明公开了金丝桃素的新用途。本发明发明人的实验证实，金丝桃素对ＲＮＡ病毒，特别是禽流感病毒，口蹄疫病毒和犬瘟热病毒具有较好的抑制和灭活效果，可以该化合物为活性成分，制备成抗ＲＮＡ病毒药物。该抗病毒药物可用于临床防治和治疗禽流感、犬瘟热、口蹄疫等由ＲＮＡ病毒引发的疾病，对禽业、犬业及畜牧养殖业等意义重大。此外，我国草药资源丰富，该药物具有工业化生产的可行性。综上所述，金丝桃素将在医学和生物制药领域，尤其是抗ＲＮＡ病毒药物的制备领域具有较大的实际意义和广阔的应用前景。

Estimation of RNA/DNA ratio in two north-Indian natural populations of mahseer (Tor tor) and its relationship with growth and hydrobiology

Samples of Tor tor were collected from Bari Reservoir of Udaipur and Narmada River at Hoshangabad (India), in the months of July and November 2005, respectively. Twenty-five samples were collected from each location. Bari Reservoir samples ranged from 17.0 to 24.5 cm in total length and from 75 to 155 g in weight, while Narmada samples ranged from 20.0 to 42.0 cm in length and 90 to 425 g in weight. The nucleic acid content in body muscle of Tor tor and the RNA/DNA ratio were estimated. The age of fishes was estimated by the scale study method and specimens were classified into four age groups. RNA/DNA ratio showed significant linear increase with increase in weight and age till the age of three years after which, the growth rate reduced. The 1-2 year group was the only one common between the two water bodies and a comparison of RNA/DNA ratios showed higher growth rate in Bari Reservoir. The gross primary productivity was also higher in Bari Reservoir being 551 mg cmˉ³ dˉ¹ compared to 404 mg cmˉ³ dˉ¹ observed for Narmada River. The condition factor (K) was found to be higher (1.21) in the fish from the Bari Reservoir compared to those of Narmada River (1.14). The growth rate was higher in females compared to males in >100 g specimens.

Interference Competition and High Temperatures Reduce the Virulence of Fig Wasps and Stabilize a Fig-Wasp Mutualism

Fig trees are pollinated by fig wasps, which also oviposit in female flowers. The wasp larvae gall and eat developing seeds. Although fig trees benefit from allowing wasps to oviposit, because the wasp offspring disperse pollen, figs must prevent wasps fr

RNA processing and Arabidopsis flowering time control.

Plants control their flowering time in order to ensure that they reproduce under favourable conditions. The components involved in this complex process have been identified using a molecular genetic approach in Arabidopsis and classified into genetically separable pathways. The autonomous pathway controls the level of mRNA encoding a floral repressor, FLC, and comprises three RNA-binding proteins, FCA, FPA and FLK. FCA interacts with the 3'-end RNA-processing factor FY to autoregulate its own expression post-transcriptionally and to control FLC. Other components of the autonomous pathway, FVE and FLD, regulate FLC epigenetically. This combination of epigenetic and post-transcriptional control gives precision to the control of FLC expression and flowering time.

Dissecting Arabidopsis thaliana DICER function in small RNA processing, gene silencing and DNA methylation patterning.

Small RNAs have several important biological functions. MicroRNAs (miRNAs) and trans-acting small interfering RNAs (tasiRNAs) regulate mRNA stability and translation, and siRNAs cause post-transcriptional gene silencing of transposons, viruses and transgenes and are important in both the establishment and maintenance of cytosine DNA methylation. Here, we study the role of the four Arabidopsis thaliana DICER-LIKE genes (DCL1-DCL4) in these processes. Sequencing of small RNAs from a dcl2 dcl3 dcl4 triple mutant showed markedly reduced tasiRNA and siRNA production and indicated that DCL1, in addition to its role as the major enzyme for processing miRNAs, has a previously unknown role in the production of small RNAs from endogenous inverted repeats. DCL2, DCL3 and DCL4 showed functional redundancy in siRNA and tasiRNA production and in the establishment and maintenance of DNA methylation. Our studies also suggest that asymmetric DNA methylation can be maintained by pathways that do not require siRNAs.

MicroRNAs and other small RNAs enriched in the Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerase-2 mutant.

The Arabidopsis genome contains a highly complex and abundant population of small RNAs, and many of the endogenous siRNAs are dependent on RNA-Dependent RNA Polymerase 2 (RDR2) for their biogenesis. By analyzing an rdr2 loss-of-function mutant using two different parallel sequencing technologies, MPSS and 454, we characterized the complement of miRNAs expressed in Arabidopsis inflorescence to considerable depth. Nearly all known miRNAs were enriched in this mutant and we identified 13 new miRNAs, all of which were relatively low abundance and constitute new families. Trans-acting siRNAs (ta-siRNAs) were even more highly enriched. Computational and gel blot analyses suggested that the minimal number of miRNAs in Arabidopsis is approximately 155. The size profile of small RNAs in rdr2 reflected enrichment of 21-nt miRNAs and other classes of siRNAs like ta-siRNAs, and a significant reduction in 24-nt heterochromatic siRNAs. Other classes of small RNAs were found to be RDR2-independent, particularly those derived from long inverted repeats and a subset of tandem repeats. The small RNA populations in other Arabidopsis small RNA biogenesis mutants were also examined; a dcl2/3/4 triple mutant showed a similar pattern to rdr2, whereas dcl1-7 and rdr6 showed reductions in miRNAs and ta-siRNAs consistent with their activities in the biogenesis of these types of small RNAs. Deep sequencing of mutants provides a genetic approach for the dissection and characterization of diverse small RNA populations and the identification of low abundance miRNAs.

Role of RNA polymerase IV in plant small RNA metabolism.

In addition to the three RNA polymerases (RNAP I-III) shared by all eukaryotic organisms, plant genomes encode a fourth RNAP (RNAP IV) that appears to be specialized in the production of siRNAs. Available data support a model in which dsRNAs are generated by RNAP IV and RNA-dependent RNAP 2 (RDR2) and processed by DICER (DCL) enzymes into 21- to 24-nt siRNAs, which are associated with different ARGONAUTE (AGO) proteins for transcriptional or posttranscriptional gene silencing. However, it is not yet clear what fraction of genomic siRNA production is RNAP IV-dependent, and to what extent these siRNAs are preferentially processed by certain DCL(s) or associated with specific AGOs for distinct downstream functions. To address these questions on a genome-wide scale, we sequenced approximately 335,000 siRNAs from wild-type and RNAP IV mutant Arabidopsis plants by using 454 technology. The results show that RNAP IV is required for the production of >90% of all siRNAs, which are faithfully produced from a discrete set of genomic loci. Comparisons of these siRNAs with those accumulated in rdr2 and dcl2 dcl3 dcl4 and those associated with AGO1 and AGO4 provide important information regarding the processing, channeling, and functions of plant siRNAs. We also describe a class of RNAP IV-independent siRNAs produced from endogenous single-stranded hairpin RNA precursors.