Espaço livre: Luiz Carlos Di Serio

Professor Luiz Carlos Di Serio fala de sua carreira na área de gestão de operações

Comparação e validação de vários métodos de mapeamento cortical para o planeamento pré-cirúrgico por Imagem Funcional de Ressonância Magnética

Na análise funcional de imagens do cérebro podem utilizar-se diferentes métodos na identificação de zonas de activação. Tem havido uma evolução desde o método de correlação [19], para outros métodos [9] [14] até o método baseado no modelo linear generalizado que é mais comum ser utilizado hoje e que levou ao pacote de software SPM [15]. Deve-se principalmente à versatilidade que o método tem em realizar testes com diferentes objectivos. Têm sido publicados alguns estudos comparativos. Poucos têm sido quantitativos [20] e quando o são, o número de métodos testados é reduzido[22]. Há muitos estudos comparativos do ponto de vista da estatística envolvida (da matemática) mas que têm em geral apenas ns académicos. Um objectivo deste estudo é comparar os resultados obtidos por diferentes métodos. É de particular interesse averiguar o comportamento de cada método na fronteira do local de activação. As diferenças serão avaliadas numericamente para os seguintes métodos clássicos: t de Student, coeficiente de correlação e o modelo linear generalizado. Três novos métodos são também propostos - o método de picos de Fourier, o método de sobreposição e o método de amplitude. O segundo pode ser aplicado para o melhoramento dos métodos de t de Student, coe ciente de correlação e modelo linear generalizado. Ele pode no entanto, também manter-se como um método de análise independente. A influência exercida em cada método pelos parâmetros pertinentes é também medida. É adoptado um conjunto de dados clínicos que está amplamente estudado e documentado. Desta forma elimina-se a possibilidade dos resultados obtidos serem interpretados como sendo específicos do caso em estudo. Há situações em que a influência do método utilizado na identificação das áreas de activação de imagens funcionais do cérebro é crucial. Tal acontece, por exemplo, quando um tumor desenvolve-se perto de uma zona de activação responsável por uma função importante . Para o cirurgião tornase indispensável avaliar se existe alguma sobreposição. A escolha de um dos métodos disponíveis poderá ter infuência sobre a decisão final. Se o método escolhido for mais conservador, pode verificar-se sobreposição e eliminar-se a possibilidade de cirurgia. Porém, se o método for mais restritivo a decisão final pode ser favorável à cirurgia. Artigos recentes têm suportado a ideia de que a ressonância magnética funcional é de facto muito útil no processo de decisão pré-operatório [12].O segundo objectivo do estudo é então avaliar a sobreposição entre um volume de activação e o volume do tumor. Os programas informáticos de análise funcional disponíveis são variados em vários aspectos: na plataforma em que funcionam (macintosh, linux, windows ou outras), na linguagem em que foram desenvolvidos (e.g. c+motif, c+matlab, matlab, etc.) no tratamento inicial dos dados (antes da aplicação do método de análise), no formato das imagens e no(s) método(s) de análise escolhido(s). Este facto di culta qualquer tentativa de comparação. À partida esta poderá apenas ser qualitativa. Uma comparação quantitativa implicaria a necessidade de ocorrerem três factos: o utilizador tem acesso ao código do programa, sabe programar nas diferentes linguagens e tem licença de utilização de software comercial (e.g. matlab). Sendo assim foi decidido adoptar uma estratégia unificadora. Ou seja, criar um novo programa desenvolvido numa linguagem independente da plataforma, que não utilize software comercial e que permita aplicar (e comparar quantitativamente) diferentes métodos de análise funcional. A linguagem escolhida foi o JAVA. O programa desenvolvido no âmbito desta tese chama-se Cérebro.

Antibodies to yeast Sm motif 1 cross-react with human Sm core polypeptides

Two regions common to all UsnRNP core polypeptides have been described: Sm motif 1 and Sm motif 2. Rabbits were immunized with a 22 amino-acid peptide containing one segment of Sm motif 1 (YRGTLVSTDNYFNLQL-NEAEEF, corresponding to residues 11-32) from yeast F protein. After immunization, the rabbit sera contained antibodies that not only reacted specifically with the peptide from yeast F protein but also cross-reacted with Sm polypeptides from mammals; that is, with purified human U1snRNPs. The results suggest that the peptide used and human Sm polypeptides contain a common feature recognized by the polyclonal antibodies. A large collection of human systemic lupus erythematosus sera was assayed using the yeast peptide as an antigen source. Seventy per cent of systemic lupus erythematosus sera contain an antibody specificity that cross-reacts with the yeast peptide.

Deciding difference logic in a Nelson-Oppen combination framework

O método de combinação de Nelson-Oppen permite que vários procedimentos de decisão, cada um projetado para uma teoria específica, possam ser combinados para inferir sobre teorias mais abrangentes, através do princípio de propagação de igualdades. Provadores de teorema baseados neste modelo são beneficiados por sua característica modular e podem evoluir mais facilmente, incrementalmente. Difference logic é uma subteoria da aritmética linear. Ela é formada por constraints do tipo x − y ≤ c, onde x e y são variáveis e c é uma constante. Difference logic é muito comum em vários problemas, como circuitos digitais, agendamento, sistemas temporais, etc. e se apresenta predominante em vários outros casos. Difference logic ainda se caracteriza por ser modelada usando teoria dos grafos. Isto permite que vários algoritmos eficientes e conhecidos da teoria de grafos possam ser utilizados. Um procedimento de decisão para difference logic é capaz de induzir sobre milhares de constraints. Um procedimento de decisão para a teoria de difference logic tem como objetivo principal informar se um conjunto de constraints de difference logic é satisfatível (as variáveis podem assumir valores que tornam o conjunto consistente) ou não. Além disso, para funcionar em um modelo de combinação baseado em Nelson-Oppen, o procedimento de decisão precisa ter outras funcionalidades, como geração de igualdade de variáveis, prova de inconsistência, premissas, etc. Este trabalho apresenta um procedimento de decisão para a teoria de difference logic dentro de uma arquitetura baseada no método de combinação de Nelson-Oppen. O trabalho foi realizado integrando-se ao provador haRVey, de onde foi possível observar o seu funcionamento. Detalhes de implementação e testes experimentais são relatados

Variability of the conserved V3 loop tip motif in HIV-1 subtype B isolates collected from Brazilian and French patients

The diversity of the V3 loop tip motif sequences of HIV-1 subtype B was analyzed in patients from Botucatu (Brazil) and Montpellier (France). Overall, 37 tetrameric tip motifs were identified, 28 and 17 of them being recognized in Brazilian and French patients, respectively. The GPGR (P) motif was predominant in French but not in Brazilian patients (53.5% vs 31.0%), whereas the GWGR (W) motif was frequent in Brazilian patients (23.0%) and absent in French patients. Three tip motif groups were considered: P, W, and non-P non-W groups. The distribution of HIV-1 isolates into the three groups was significantly different between isolates from Botucatu and from Montpellier (P < 0.001). A higher proportion of CXCR4-using HIV-1 (X4 variants) was observed in the non-P non-W group as compared with the P group (37.5% vs 19.1%), and no X4 variant was identified in the W group (P < 0.001). The higher proportion of X4 variants in the non-P non-W group was essentially observed among the patients from Montpellier, who have been infected with HIV-1 for a longer period of time than those from Botucatu. Among patients from Montpellier, CD4+ cell counts were lower in patients belonging to the non-P non-W group than in those belonging to the P group (24 cells/µL vs 197 cells/µL; P = 0.005). Taken together, the results suggest that variability of the V3 loop tip motif may be related to HIV-1 coreceptor usage and to disease progression. However, as analyzed by a bioinformatic method, the substitution of the V3 loop tip motif of the subtype B consensus sequence with the different tip motifs identified in the present study was not sufficient to induce a change in HIV-1 coreceptor usage.

Long-term effects of developmental exposure to di-n-butyl-phthalate (DBP) on rat prostate: Proliferative and inflammatory disorders and a possible role of androgens

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Reproductive development and function of female rats exposed to di-eta-butyl-phthalate (DBP) in utero and during lactation

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Functional and Morphological Reproductive Aspects in Male Rats Exposed to Di-n-Butyl Phthalate (DBP) in Utero and During Lactation

The potential adverse reproductive effects, with emphasis on the epididymis, of in utero and lactational exposure to 100 mg/kg/d di-n-butyl phthalate (DBP) in adult male rat offspring were investigated. The fetal testis histopathology was also determined. The selected endpoints included reproductive organ weights, sperm motility and morphology, sperm epididymal transit time, sperm quantity in the testis and epididymis, hormonal status, fetal testis and epididymal histopathology and stereology, and androgen receptor (AR), aquaporin 9 (AQP9), and Ki-67 immunoreactivities. Pregnant females were divided into two groups: control (C) and treated (T). The treated females received DBP (100 mg/kg/d, by gavage) from gestation day (GD) 12 to postnatal day (PND) 21, while control dams received the vehicle. Some pregnant dams were killed by decapitation on GD20, and testes from male fetuses were collected for histopathogy. Male rats from other dams were killed at PND 90. Fetal testes from treated group showed Leydig-cell clusters, presence of multinucleated germinative cells, and increase of the interstitial component. Testosterone levels and reproductive organ weights were similar between the treated and control adult groups. DBP treatment did not markedly affect relative proportions of epithelial, stromal, or luminal compartments in the epididymis; sperm counts in the testis and epididymis; sperm transit time; or sperm morphology and motility in adult rats. The AR and AQP9 immunoreactivities and proliferation index were similar for the two groups. These results showed that fetal testes were affected by DBP as evidenced by testicular histopathologic alterations, but reproductive parameters and epididymal structure/function were not significantly altered in the adult animals exposed to 100 mg/kg DBP in utero and during lactation.

Microsatellite loci isolation from river buffalo using enriched partial genomic libraries

The extensive use of buffalo in agriculture, especially in developing countries, begs for genetic resources to evaluate and improve traits important to local and regional economies. Brazil presents the largest water buffalo populations in the New World, with 1 1 million heads including swamp and river types. To design rational breeding strategies for optimum utilization and conservation of available genetic variability in the Brazilian buffalo's population, it is essential to understand their genetic architecture and relationship among various breeds. This depends, in part, on the knowledge of their genetic structure based on molecular markers like microsatellites. In the present study, we developed six enriched partial genomic libraries for river buffalo using selective hybridization methods. Genomic DNA was hybridized with six different arrays of repeat motif, 5' biotinylated - (CA)(15), (CT)(15), (AGG)(8), (GAAA)(8), (GATA)(8), (AAAAC)(8) - and bound to streptavidin coated beads. The cloning process generated a total of 1920 recombinant clones. Up to date, 487 were directly sequenced for the presence of repeats, from which 13 have been positive for presence of repeats as follows: 9 for di-nucleotide repeats, 3 for tri-nucleotide repeats and 1 for tetra-nucleotide repeat. PCR primer pairs for the isolated microsatellites are under construction to determine optimum annealing temperature. These microsatellites will be useful for studies involving phylogenetic relationships, genome mapping and genetic diversity analysis within buffalo populations worldwide.

Search for supersymmetry in di-photon final states at root s=1.96 TeV

We report results of a search for supersymmetry (SUSY) with gauge-mediated symmetry breaking in di-photon events collected by the do experiment at the Fermilab Tevatron Collider in 2002-2006. In 1.1 fb(-1) of data, we find no significant excess beyond the background expected from the standard model and set the most stringent lower limits to date for a standard benchmark model on the lightest neutralino and chargino masses of 125 GeV and 229 GeV, respectively, at 95% confidence. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

Optical Fiber Relative Humidity Sensor Based on a FBG with a Di-Ureasil Coating

In this work we proposed a relative humidity (RH) sensor based on a Bragg grating written in an optical fiber, associated with a coating of organo-silica hybrid material prepared by the sol-gel method. The organo-silica-based coating has a strong adhesion to the optical fiber and its expansion is reversibly affected by the change in the RH values (15.0-95.0%) of the surrounding environment, allowing an increased sensitivity (22.2 pm/%RH) and durability due to the presence of a siliceous-based inorganic component. The developed sensor was tested in a real structure health monitoring essay, in which the RH inside two concrete blocks with different porosity values was measured over 1 year. The results demonstrated the potential of the proposed optical sensor in the monitoring of civil engineering structures.

2,6-di-hidroxiacetofenona no enraizamento de estacas semilenhosas de pessegueiro

A propagação do pessegueiro no Brasil baseia-se na enxertia de cultivares-copa em porta-enxertos propagados por sementes, e uma alternativa de propagação para esta frutífera poderia ser a estaquia. O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial de enraizamento de estacas semilenhosas de cultivares de pessegueiro através da aplicação de 2,6-di-hidroxiacetofonona (2,6-DHAP) antes do tratamento com AIB (ácido indolbutírico). As estacas foram preparadas a partir de ramos coletados das cultivares Delicioso Precoce, Jóia 1 e Okinawa, em dezembro de 2001, para serem tratadas na base com 2,6-DHAP (0 e 300mg L-1), por 4h, em aeração e depois com AIB (200mg L-1 e 2500mg L-1). As estacas foram plantadas em bandejas de poliestireno expandido com vermiculita fina e colocadas em casa de nebulização, por 45 dias. A aplicação de 300mg L-1 de 2,6-DHAP antes da aplicação de 200mg L-1 de AIB em estacas de 'Okinawa' proporcionou aumentos nos resultados das características de maior relevância para a propagação por estacas e pode ser uma técnica interessante para a estaquia em pessegueiro.

2,6-Di-hidroxiacetofenona e tipo de corte basal no enraizamento de estacas semi-lenhosas de pessegueiro Okinawa

A propagação do pessegueiro (Prunus persica) no Brasil é baseada na enxertia sobre porta-enxertos oriundos de sementes. Outros métodos de propagação de frutíferas poderiam ser utilizados para o pessegueiro visando obtenção de materiais de melhor qualidade. Neste trabalho objetivou-se avaliar o efeito do 2,6-di-hidroxiacetofenona aplicado previamente ao ácido indol-butírico em estacas semi-lenhosas de pessegueiro da cultivar Okinawa preparadas com diferentes tipos de corte basal. Foram coletados ramos do porta-enxerto Okinawa em dezembro de 2001 para o preparo das estacas sem folhas, com 12cm de comprimento, 7mm de diâmetro, quatro gemas e diferentes tipos de cortes basais (corte longitudinal, corte lateral e corte da casca) tratado-as na base com 0 e 300mg L-1 de 2,6-di-hidroxiacetofenona por 4h em aeração (oxigenação) e depois com 2500mg L-1 ácido indol-butírico por 5s. As estacas foram plantadas em bandejas de poliestireno expandido (72 células) com vermiculita fina e colocadas em casa de nebulização por 45 dias. A aplicação de 300mg L-1 de 2,6-DHAP e a realização de lesões nas bases das estacas foram eficientes para aumentar o enraizamento das estacas semi-lenhosas do pessegueiro Okinawa , demonstrando que estas técnicas podem ser utilizadas para a propagação de pessegueiro por estaquia.

1,3-dipolar cycloaddition of CS2 to the coordinated azide in the cyclopalladated [Pd(bzan)(mu-N-3)](2). Crystal and molecular structure of di(mu-N,S-1,2,3,4-thiatriazole-5-thiolate)bis[(benzylideneaniline-C-2,N)palladium(II)]

The compound [Pd(bzan)(mu -N-3)](2) 1, bzan = benzylideneaniline, was prepared from [Pd(bzan) (mu -OOCCH3)](2) by an anion exchange reaction. The 1,3-dipolar cycloaddition of carbon disulfide to the bridged coordinated azide in the cyclometallated compound I was investigated. The species resulting from this reaction, di(mu -N,S-1,2,3,4-thiatriazol-5-thiolate)bis[(benzylideneaniline)palladium(II)] 2, was characterized by IR spectroscopy and X-ray diffraction. The compound 2 is a dimer containing two [Pd(benzylideneaniline)] moieties connected by two vicinal bridging N,S-1,2,3,4-thiatriazole-5-thiolate anions in a square-planar coordination geometry for the palladium atoms.