Estimative of genetic parameters in progeny test of Pinus caribaea Morelet var. hondurensis Barret & Golfari by quantitative traits and microsatellite markers

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Uma Análise de métodos de distriubuição de atributos em comitês de classificadores

The objective of the researches in artificial intelligence is to qualify the computer to execute functions that are performed by humans using knowledge and reasoning. This work was developed in the area of machine learning, that it s the study branch of artificial intelligence, being related to the project and development of algorithms and techniques capable to allow the computational learning. The objective of this work is analyzing a feature selection method for ensemble systems. The proposed method is inserted into the filter approach of feature selection method, it s using the variance and Spearman correlation to rank the feature and using the reward and punishment strategies to measure the feature importance for the identification of the classes. For each ensemble, several different configuration were used, which varied from hybrid (homogeneous) to non-hybrid (heterogeneous) structures of ensemble. They were submitted to five combining methods (voting, sum, sum weight, multiLayer Perceptron and naïve Bayes) which were applied in six distinct database (real and artificial). The classifiers applied during the experiments were k- nearest neighbor, multiLayer Perceptron, naïve Bayes and decision tree. Finally, the performance of ensemble was analyzed comparatively, using none feature selection method, using a filter approach (original) feature selection method and the proposed method. To do this comparison, a statistical test was applied, which demonstrate that there was a significant improvement in the precision of the ensembles

Novos métodos determinísticos para gerar centros iniciais dos grupos no algoritmo fuzzy C-Means e variantes

Data clustering is applied to various fields such as data mining, image processing and pattern recognition technique. Clustering algorithms splits a data set into clusters such that elements within the same cluster have a high degree of similarity, while elements belonging to different clusters have a high degree of dissimilarity. The Fuzzy C-Means Algorithm (FCM) is a fuzzy clustering algorithm most used and discussed in the literature. The performance of the FCM is strongly affected by the selection of the initial centers of the clusters. Therefore, the choice of a good set of initial cluster centers is very important for the performance of the algorithm. However, in FCM, the choice of initial centers is made randomly, making it difficult to find a good set. This paper proposes three new methods to obtain initial cluster centers, deterministically, the FCM algorithm, and can also be used in variants of the FCM. In this work these initialization methods were applied in variant ckMeans.With the proposed methods, we intend to obtain a set of initial centers which are close to the real cluster centers. With these new approaches startup if you want to reduce the number of iterations to converge these algorithms and processing time without affecting the quality of the cluster or even improve the quality in some cases. Accordingly, cluster validation indices were used to measure the quality of the clusters obtained by the modified FCM and ckMeans algorithms with the proposed initialization methods when applied to various data sets

Efeito de valores discrepantes em grupos de contemporâneos na predição dos valores genéticos

Foram simuladas nove populações, cada uma com cinco replicações da variável ganho médio diário (GMD1) com distribuição normal e média 100, variando o tamanho dos grupos e os desvios-padrão. Cada replicação foi dividida de modo a formar grupos que representariam grupos de contemporâneos (GC) e de progênie dentro de GC. Cada GC tinha dez pais. Obtiveram-se três conjuntos: o conjunto 1 com 1.000 grupos de contemporâneos (GC), cada um com 100 observações e dez observações por pai; o conjunto 2, com 2.500 GC, 40 observações e quatro observações por pai; e o conjunto 3, com 5.000 GC, 20 observações e dois filhos por pai. em cada população, gerou-se GMD1, a qual foi transformada em outra variável, da seguinte forma: DIAS1 = 100/GMD1. Calcularam-se para cada pai, dentro de cada GC, as contribuições de cada GC ao valor de cada pai, para GMD1 (Cx) e DIAS1 (Cy). Os efeitos do máximo e da média de DIAS1 no grupo sobre o valor absoluto de Cy foram significativos, mas o R² foi baixo (máximo de 16%). O mínimo de DIAS1 não influenciou o valor de Cy. O máximo e o mínimo de GMD1 sobre Cx foram significativos, mas os R² foram muito baixos (máximo de 2%). A média não influenciou Cx. em grupos de contemporâneos com um animal com valor de GMD muito baixo, o valor de DIAS desse animal será relativamente muito mais alto, o que afetará a média do grupo e os valores de todos os animais do grupo. Esse efeito se refletirá na avaliação de seus pais e será mais uma importante fonte de erros na avaliação genética do rebanho. Assim, a utilização de DIAS em substituição ao GMD como critério de seleção para o melhoramento de bovinos é contra-indicada, pois deverá reduzir a possibilidade de ganho genético para crescimento.

Dieta hiperlipídica com farinha de soja como fonte proteica: utilização na seleção de ratos propensos e resistentes à obesidade

OBJETIVO: Desenvolver uma dieta hiperlipídica de baixo custo, tendo farinha de soja como fonte proteica, que seja eficiente na seleção de ratos propensos e resistentes à obesidade e que permita alcançar fenótipo obeso nos animais propensos. Além desses requisitos, a dieta deve ser palatável e não rejeitada a curto prazo pelo animal. MÉTODOS: A dieta proposta foi obtida misturando-se leite condensado (15,5%), amendoim (18,5%), farinha de soja (20,0%), óleo de milho (6,0%), ração Bio Tec (30,0%) e bolacha wafer de chocolate (10,0%). A mistura foi peletizada e submetida à análise bromatológica. A dieta foi ofertada a ratos Wistar durante uma semana; posteriormente, os animais foram divididos em três grupos, de acordo com o ganho de peso. O terço superior foi considerado propenso à obesidade e o terço inferior, resistente à obesidade. Após 80 dias de oferta da dieta, os animais foram sacrificados e foram quantificados o peso corpóreo, consumo alimentar, gorduras retroperitoneal, periepididimal, de carcaça e gorduras totais. RESULTADOS: Verificou-se que a dieta apresentava 5,31kcal/g, com a seguinte composição: 22,3% de gordura, 22,2% de proteína, 15,9% de fibra, estimando-se 35,7% de carboidrato. Ratos propensos à obesidade, alimentados por 87 dias com a dieta hipercalórica, apresentaram peso corpóreo, gorduras retroperitoneal, periepididimal e totais significativamente maiores do que animais resistentes à obesidade (p<0,05). O consumo de alimentos também foi maior em animais propensos (p<0,05). Verificou-se também que a substituição da caseína pela farinha de soja, como componente proteico da ração, levou à diminuição de 96,0% no custo do estudo. CONCLUSÃO: A dieta formulada com farinha de soja apresentou custo reduzido e foi capaz de desenvolver o fenótipo obeso em ratos propensos, à semelhança do observado na literatura com outras dietas.

Rastreamento de hemoglobinas variantes e talassemias com associação de métodos de diagnóstico

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Seleção de clones de ameixeira para o sul do estado de Minas Gerais

Um dos sérios problemas enfrentados pelos fruticultores é o reduzido número de cultivares disponíveis regionalmente. Nesse aspecto, a produção de novos materiais genéticos é uma alternativa viável e necessária para minimizar este entrave. O objetivo deste trabalho foi selecionar diferentes clones de ameixeira visando à obtenção de plantas com alta produtividade e frutos de boa qualidade, com maturação escalonada e adaptados às condições climáticas do sul de Minas Gerais. Foram selecionadas plantas de um antigo pomar comercial, localizado no Município de Wenceslau Braz - MG. Estas plantas estavam vegetando e produzindo em condições totalmente adversas, sem quaisquer tratos culturais. Após identificação, foram coletados dados fenológicos de coloração da flor, épocas de brotação e floração. Nos frutos, foram avaliados: época de maturação (início e fim), tamanho, forma, descrição da película, descrição da polpa, ocorrência de pragas e doenças. Após um período de avaliação de dois ciclos produtivos (1996-1997 e 1997-1998), foram selecionados clones com características favoráveis, principalmente com relação às épocas de floração e maturação dos frutos e adaptação ambiental. A maturação mais precoce ocorreu na seleção VI, enquanto a colheita se prolongou mais nas seleções I, VII, VIII e XI.

Controle genético da eficiência de utilização de fósforo em famílias de meios-irmãos de Eucalyptus grandis, em casa de vegetação

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Influência do modelo de análise estatística e da forma das parcelas experimentais na seleção de clones de Eucalyptus spp.

Foram avaliadas três formas de parcelas experimentais (retangular, uma linha - linear e parcela de uma árvore - STP) em testes clonais de Eucalyptus spp, utilizando-se três experimentos, cada um com 18 clones. Foram usados três modelos de análise (mínimos quadrados ordinários - ANOVA tradicional, modelos mistos com fator clone fixo ou com fator clone aleatório - REML/BLUP). Os dois primeiros modelos apresentaram resultados similares. Com REML/BLUP houve estreitamento das predições em relação às amplitudes obtidas com as médias, e essa redução foi proporcionalmente maior com parcelas retangulares e STP. O ordenamento dos clones também foi similar com esses dois tipos de parcelas. É provável que com parcelas STP haja um balanço compensatório das alocompetições, pois se pode trabalhar com maior número de repetições e menor custo. Portanto, com parcelas STP haverá economia de recursos e sem prejuízos para o Programa de Melhoramento Florestal.

Testes multiambientais na seleção de genótipos de arroz utilizando o modelo de regressão nos sítios ou locais

A análise da interação genótipo x ambiente utilizda no melhoramento de plantas tem sofrido mudanças na última década, melhorando a sua eficiência quanto à seleção dos genótipos sob diferentes condições ambientais. O objetivo deste trabalho foi analisar a produtividade e estabilidade de 12 genótipos de arroz em oito ambientes, durante os anos 2005 e 2006, na Colômbia. O delineamento utilizado foi o de blocos ao acaso com quatro repetições. Os parâmetros de estabilidade fenotípica e o agrupamento dos ambientes foram estimados pelo estudo da interação genótipo x ambiente, segundo o método SREG (Regressão nos sítios ou locais) e seu gráfico biplot (GGE). As análises estatísticas indicaram diferenças significativas (com 5% de probabilidade de erro) entre genótipos e entre ambientes e significância (com 5% de probabilidade de erro) da interação genótipo x ambiente, sugerindo uma resposta diferente dos genótipos nos vários ambientes. No método SREG, os dois primeiros componentes principais da interação explicaram 75,29% da interação. Os genótipos 400094, 350361 e a variedade Fedearroz 50 foram considerados os de maior produtividade. Segundo o gráfico biplot GGE, os ambientes La Libertad e Escobal foram os mais favoráveis para o cultivo do arroz.

Diallel analysis of maize resistance to Phaeosphaeria maydis

Em programas de melhoramento visando resistência genética a doenças, a estimativa de parâmetros genéticos que governam a resistência permite direcionar a introdução de resistência em germoplasmas. O objetivo deste trabalho foi estimar os efeitos heteróticos, a capacidade geral (CGC) e específica (CEC) de combinação, utilizando-se de dois métodos de avaliação da resistência, à Phaeosphaeria maydis através da análise dialélica de 36 híbridos F1 e de suas nove linhagens genitoras, em experimentos conduzidos em três ambientes. Foi utilizado um delineamento experimental em blocos casualizados com três repetições e a parcela experimental foi representada por uma fileira de 5 m. As diferenças entre as estimativas da capacidade de combinação, em diferentes ambientes e para os dois métodos de avaliação, apresentaram efeitos significativos (P < 0.01) para ambientes (E), CGC e CGC x E. O efeito de CEC e a interação CEC x E não foi significativa para os dois métodos de avaliação. Os efeitos de CGC foram mais importantes que CEC nesse conjunto de linhagens, sugerindo que efeitos genéticos aditivos são mais importantes como fonte de variação para resistência a esta doença. Efeitos heteróticos para resistência foram estimados, sendo possível identificar combinações híbridas específicas entre linhagens com alto potencial para o controle genético deste patógeno. Resultados para os dois métodos de avaliação foram praticamente idênticos, embora o método PI seja de maior praticidade de uso.

Comparação entre alguns critérios de seleção para crescimento na raça Nelore

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Seleção de extratores químicos para avaliação da disponibilidade de zinco em solos do estado de São Paulo

The purpose of this study was to evaluate methods for predicting availability of Zn in soils. Surface soil samples representing Podzolized soils from Lins and Marilia var. Marilia and var. Lins, medium texture Dark-Red Latosol, Dusky-Red Latosol and Terra Roxa Estruturada, were gathered from fields in Jaboticabal, SP, Brazil. Com was used as indicator plant in a greenhouse experiment. Availability of Zn was determined with: 0.5 M CaCl2, 2.0 N MgCl2, N CH3COONH4 (pH 6.0 and 4.8), 0.05 and 0.1 N HCl, 0.05 N H2SO4, 0.005 M DTPA (pH 7.3 and 6.0), 1.0% Na2-EDTA, 0.01 M EDTA + 1.0 M (NH4)2CO3 (pH 8.6) and 0.02 M EDTA + 0.5 M CH3COOH + 0.5 M CH3COONH4. By using the simple correlation coefficients (Zn extracted from soils x absorbed by plants it can be concluded that the complexant agents and acid solutions showed to be efficient. The salt solutions showed low extraction capacity, low correlation coefficients and less accuracy. By considering aspects as accuracy and easy management DTPA pH 7,3 and Na2-EDTA can be indicated as the most apropriates (r values, respectively, 0.873** and 0.868** and V.C. 7.52% and 7.98%).

Seleção simultânea de caracteres em progênies de Pinus caribaea Morelet var. bahamensis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Parâmetros genéticos entre caracteres quantitativos no girassol como critério de seleção para produtividade de aquênios

Two experiments were conducted in southern Brazil in no-tillage system, in order to estimate genetic parameters and the direct and indirect effects of components for achene yield as a selection criterion in sunflower. We analyzed eight sunflower hybrids at two locations, in a randomized complete block design with four replicates, determined through quantitative descriptors: insertion height of the head, and head stem diameter, weight of 1000 achenes, number of achenes per head, mass by achene head and yield achene. Estimates of genetic parameters were based on combined analysis, decomposing interactions in genetic and environmental components. Considering the coefficient of genetic variation, indirect effects of components and heritability, there are higher possibilities for responses to selection in sunflower achenes by descriptors mass and mass of achenes per head, with its indirect association interrelated pathways for the increase in the achenes of yield.