Là où il y a des gènes, il y a du plaisir: réalisation et évaluation d’une formation en bio-informatique

La consultation de bases de données publiques en bio-informatique est essentielle pour quiconque a un intérêt pour la biologie cellulaire, la génétique ou la biologie des systèmes. Les notices de ces bases contiennent surtout des données spécialisées: séquences de nucléotides ou d’acides aminés, structures de protéines en trois dimensions, ou encore composantes de sentiers biologiques. Cependant, il peut être difficile de localiser l’information souhaitée parmi les centaines de bases de données disponibles. La Bibliothèque de la santé de l’Université de Montréal offre depuis janvier 2010 une activité de découverte des bases de données du National Center for Biotechnology Information; on y explore une vingtaine de bases et d’outils à l’aide d’exercices pratiques. Les moyens utilisés pour réaliser, publiciser et évaluer cette nouvelle activité de formation seront présentés.

Modélisation procédurale par composants

Le réalisme des images en infographie exige de créer des objets (ou des scènes) de plus en plus complexes, ce qui entraîne des coûts considérables. La modélisation procédurale peut aider à automatiser le processus de création, à simplifier le processus de modification ou à générer de multiples variantes d'une instance d'objet. Cependant même si plusieurs méthodes procédurales existent, aucune méthode unique permet de créer tous les types d'objets complexes, dont en particulier un édifice complet. Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse proposent deux solutions au problème de la modélisation procédurale: une solution au niveau de la géométrie de base, et l’autre sous forme d'un système général adapté à la modélisation des objets complexes. Premièrement, nous présentons le bloc, une nouvelle primitive de modélisation simple et générale, basée sur une forme cubique généralisée. Les blocs sont disposés et connectés entre eux pour constituer la forme de base des objets, à partir de laquelle est extrait un maillage de contrôle pouvant produire des arêtes lisses et vives. La nature volumétrique des blocs permet une spécification simple de la topologie, ainsi que le support des opérations de CSG entre les blocs. La paramétrisation de la surface, héritée des faces des blocs, fournit un soutien pour les textures et les fonctions de déplacements afin d'appliquer des détails de surface. Une variété d'exemples illustrent la généralité des blocs dans des contextes de modélisation à la fois interactive et procédurale. Deuxièmement, nous présentons un nouveau système de modélisation procédurale qui unifie diverses techniques dans un cadre commun. Notre système repose sur le concept de composants pour définir spatialement et sémantiquement divers éléments. À travers une série de déclarations successives exécutées sur un sous-ensemble de composants obtenus à l'aide de requêtes, nous créons un arbre de composants définissant ultimement un objet dont la géométrie est générée à l'aide des blocs. Nous avons appliqué notre concept de modélisation par composants à la génération d'édifices complets, avec intérieurs et extérieurs cohérents. Ce nouveau système s'avère général et bien adapté pour le partionnement des espaces, l'insertion d'ouvertures (portes et fenêtres), l'intégration d'escaliers, la décoration de façades et de murs, l'agencement de meubles, et diverses autres opérations nécessaires lors de la construction d'un édifice complet.

Pratiques d’individualisation en enseignement primaire au Québec visant à faciliter l’intégration des élèves handicapés ou des élèves en difficulté au programme de formation générale

Au Québec, des ressources considérables sont investies pour assurer la réussite scolaire des élèves handicapés et en difficulté, tant au plan des apprentissages, de la socialisation que de la qualification. Pour des raisons évoquées d’équité et d’accès à la formation générale, les politiques éducatives privilégient l’intégration de ces élèves en classe ordinaire (Ministère de l'Éducation, 2008; Ministère de l'Éducation du Québec, 1999, 2004a). Ces politiques appellent de profonds changements dans l’organisation scolaire et conduisent inévitablement les enseignants à adopter des pratiques d’individualisation de leur enseignement. En dépit de l’importance de l’individualisation de l’enseignement pour favoriser la réussite des élèves intégrés, les pratiques pédagogiques mises en œuvre par les enseignants québécois demeurent méconnues. Cette étude vise à obtenir un portrait de ces pratiques. Plus spécifiquement, cette étude vise à obtenir des données sur la fréquence d’utilisation de certaines pratiques, à étudier leur compréhension conceptuelle et appliquée par les enseignants, ainsi qu’à identifier des facteurs personnels et organisationnels pouvant expliquer les différences entre les enseignants. Sur la base de la littérature disponible, une typologie des pratiques d’individualisation a été produite, regroupant quatre pratiques : la différenciation pédagogique, l’enseignement de stratégies, l’accommodation et la modification. Puis, un questionnaire élaboré aux fins de cette étude, permettant d’évaluer empiriquement la prégnance de ces quatre pratiques, a été rempli par 138 enseignants provenant de 35 commissions scolaires du Québec. Parmi ces enseignants, treize ont été sélectionnés et interviewés sur la base des exemples de leurs pratiques mentionnées dans les questions ouvertes du sondage. Fondée sur un devis mixte de type concourant et imbriqué (Creswell, 2003), cette recherche combine une stratégie d’analyse quantitative des données issues du questionnaire à des analyses de contenu des entrevues, de nature qualitative. Les résultats convergent vers trois niveaux de prise en charge de l’hétérogénéité en classe: nuancée, mécanique et réactive. Seuls les enseignants qui ont une prise en charge nuancée démontrent une compréhension et une utilisation des pratiques conformes au cadre conceptuel. Suivant cette hypothèse formulée à partir des données d’entrevue, les résultats d’une ANOVA ont permis de conclure que le tiers des répondants au sondage (n=41) utilisant le plus fréquemment la différenciation pédagogique fait une utilisation significativement peu fréquente de la pratique de la modification. Enfin, des analyses de régression ont révélé que parmi les autres facteurs prédisant l’utilisation des pratiques se trouvent la participation à des activités de formation continue, le niveau d’enseignement, le nombre d’élèves dans le groupe et le nombre d’élèves en difficulté avec des plans d’intervention. Les résultats de cette recherche indiquent un niveau de connaissance inégal des pratiques étudiées chez les enseignants, ainsi qu’une mise en œuvre déficiente des ressources nécessaires à l’intégration scolaire des élèves handicapés ou en difficulté.

Génération efficace de graphes d’appels dynamiques complets

Analyser le code permet de vérifier ses fonctionnalités, détecter des bogues ou améliorer sa performance. L’analyse du code peut être statique ou dynamique. Des approches combinants les deux analyses sont plus appropriées pour les applications de taille industrielle où l’utilisation individuelle de chaque approche ne peut fournir les résultats souhaités. Les approches combinées appliquent l’analyse dynamique pour déterminer les portions à problèmes dans le code et effectuent par la suite une analyse statique concentrée sur les parties identifiées. Toutefois les outils d’analyse dynamique existants génèrent des données imprécises ou incomplètes, ou aboutissent en un ralentissement inacceptable du temps d’exécution. Lors de ce travail, nous nous intéressons à la génération de graphes d’appels dynamiques complets ainsi que d’autres informations nécessaires à la détection des portions à problèmes dans le code. Pour ceci, nous faisons usage de la technique d’instrumentation dynamique du bytecode Java pour extraire l’information sur les sites d’appels, les sites de création d’objets et construire le graphe d’appel dynamique du programme. Nous démontrons qu’il est possible de profiler dynamiquement une exécution complète d’une application à temps d’exécution non triviale, et d’extraire la totalité de l’information à un coup raisonnable. Des mesures de performance de notre profileur sur trois séries de benchmarks à charges de travail diverses nous ont permis de constater que la moyenne du coût de profilage se situe entre 2.01 et 6.42. Notre outil de génération de graphes dynamiques complets, nommé dyko, constitue également une plateforme extensible pour l’ajout de nouvelles approches d’instrumentation. Nous avons testé une nouvelle technique d’instrumentation des sites de création d’objets qui consiste à adapter les modifications apportées par l’instrumentation au bytecode de chaque méthode. Nous avons aussi testé l’impact de la résolution des sites d’appels sur la performance générale du profileur.

Les infractions portant atteinte à la sécurité du système informatique d’une entreprise

Les nouvelles technologies de l’information et des communications occupent aujourd’hui une place importante dans les entreprises, quelle que soit la taille ou le(s) domaine(s) d’activité de ces dernières. Elles participent de manière positive au développement de la vie économique. Elles sont toutefois à l’origine d’une nouvelle forme de criminalité qui menace la sécurité et l’intégrité des systèmes informatiques dans l’entreprise. Celle-ci est d’une ampleur difficile à évaluer, mais surtout difficile à maîtriser avec les dispositions législatives déjà en place, laissant par là même apparaître qu’une adaptation au niveau juridique est inévitable. Certains pays industrialisés ont ainsi décidé de mettre en place un cadre juridique adéquat pour garantir aux entreprises la sécurité de leurs systèmes informatiques. Notre étude va justement porter sur les dispositifs mis en place par deux systèmes juridiques différents. Forcés de prendre en compte une réalité nouvelle – qui n’existait pas nécessairement il y a plusieurs années –, la France et le Canada ont décidé de modifier respectivement leurs codes pénal et criminel en leur ajoutant des dispositions qui répriment de nouvelles infractions. À travers cet exposé, nous allons analyser les infractions qui portent atteinte à la sécurité du système informatique de l’entreprise à la lumière des outils juridiques mis en place. Nous allons mesurer leur degré d’efficacité face à la réalité informatique. En d’autres termes, il s’agit pour nous de déterminer si le droit va répondre ou non aux besoins de l’informatique.

Conception d'un outil informatique basé sur un réseau de neurones artificiels pour la classification automatique des stades du sommeil

L’objectif de notre travail est de développer un outil d’analyse automatique des stades du sommeil basé sur les réseaux de neurones artificiels (RNA). Dans ce papier nous présentons notre démarche pour la conception de cet outil. La première difficulté consiste dans le choix de la représentation des signaux physiologiques et en particulier de l’électroencéphalogramme (EEG). Une fois la représentation adoptée, l’étape suivante est la conception du réseau de neurones optimal déterminé par un processus d’apprentissage et de validation sur les données issues d’un ensemble d'enregistrements de nuits de sommeil. Le résultat obtenu avec un taux de 63% de bonne classification pour six stades, nous incite à approfondir l’étude de cette problématique aux niveaux représentation et conception pour améliorer les performances de notre outil.

Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique

La phosphorylation est une modification post-traductionnelle omniprésente des protéines Cette modification est ajoutée et enlevée par l’activité enzymatique respective des protéines kinases et phosphatases. Les kinases Erk1/2 sont au cœur d’une voie de signalisation importante qui régule l’activité de protéines impliquées dans la traduction, le cycle cellulaire, le réarrangement du cytosquelette et la transcription. Ces kinases sont aussi impliquées dans le développement de l’organisme, le métabolisme du glucose, la réponse immunitaire et la mémoire. Différentes pathologies humaines comme le diabète, les maladies cardiovasculaires et principalement le cancer, sont associées à une perturbation de la phosphorylation sur les différents acteurs de cette voie. Considérant l’importance biologique et clinique de ces deux kinases, connaître l’étendue de leur activité enzymatique pourrait mener au développement de nouvelles thérapies pharmacologiques. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse était de mesurer l’influence de cette voie sur le phosphoprotéome et de découvrir de nouveaux substrats des kinases Erk1/2. Une étude phosphoprotéomique de cinétique d’inhibition pharmacologique de la voie de signalisation Erk1/2 a alors été entreprise. Le succès de cette étude était basé sur trois technologies clés, soit l’enrichissement des phosphopeptides avec le dioxyde de titane, la spectrométrie de masse haut débit et haute résolution, et le développement d’une plateforme bio-informatique nommée ProteoConnections. Cette plateforme permet d’organiser les données de protéomique, évaluer leur qualité, indiquer les changements d’abondance et accélérer l’interprétation des données. Une fonctionnalité distinctive de ProteoConnections est l’annotation des sites phosphorylés identifiés (kinases, domaines, structures, conservation, interactions protéiques phospho-dépendantes). Ces informations ont été essentielles à l’analyse des 9615 sites phosphorylés sur les 2108 protéines identifiées dans cette étude, soit le plus large ensemble rapporté chez le rat jusqu’à ce jour. L’analyse des domaines protéiques a révélé que les domaines impliqués dans les interactions avec les protéines, les acides nucléiques et les autres molécules sont les plus fréquemment phosphorylés et que les sites sont stratégiquement localisés pour affecter les interactions. Un algorithme a été implémenté pour trouver les substrats potentiels des kinases Erk1/2 à partir des sites identifiés selon leur motif de phosphorylation, leur cinétique de stimulation au sérum et l’inhibition pharmacologique de Mek1/2. Une liste de 157 substrats potentiels des kinases Erk1/2 a ainsi été obtenue. Parmi les substrats identifiés, douze ont déjà été rapportés et plusieurs autres ont des fonctions associées aux substrats déjà connus. Six substrats (Ddx47, Hmg20a, Junb, Map2k2, Numa1, Rras2) ont été confirmés par un essai kinase in vitro avec Erk1. Nos expériences d’immunofluorescence ont démontré que la phosphorylation de Hmg20a sur la sérine 105 par Erk1/2 affecte la localisation nucléocytoplasmique de cette protéine. Finalement, les phosphopeptides isomériques positionnels, soit des peptides avec la même séquence d’acides aminés mais phosphorylés à différentes positions, ont été étudiés avec deux nouveaux algorithmes. Cette étude a permis de déterminer leur fréquence dans un extrait enrichi en phosphopeptides et d’évaluer leur séparation par chromatographie liquide en phase inverse. Une stratégie analytique employant un des algorithmes a été développée pour réaliser une analyse de spectrométrie de masse ciblée afin de découvrir les isomères ayant été manqués par la méthode d’analyse conventionnelle.

Psychopathie dans la population générale : comparaison selon le sexe

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Analyse de descendances : une approche bio-informatique pour estimer le risque d'hypertension et d'obésité

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

L’extraction de phrases en relation de traduction dans Wikipédia

Afin d'enrichir les données de corpus bilingues parallèles, il peut être judicieux de travailler avec des corpus dits comparables. En effet dans ce type de corpus, même si les documents dans la langue cible ne sont pas l'exacte traduction de ceux dans la langue source, on peut y retrouver des mots ou des phrases en relation de traduction. L'encyclopédie libre Wikipédia constitue un corpus comparable multilingue de plusieurs millions de documents. Notre travail consiste à trouver une méthode générale et endogène permettant d'extraire un maximum de phrases parallèles. Nous travaillons avec le couple de langues français-anglais mais notre méthode, qui n'utilise aucune ressource bilingue extérieure, peut s'appliquer à tout autre couple de langues. Elle se décompose en deux étapes. La première consiste à détecter les paires d’articles qui ont le plus de chance de contenir des traductions. Nous utilisons pour cela un réseau de neurones entraîné sur un petit ensemble de données constitué d'articles alignés au niveau des phrases. La deuxième étape effectue la sélection des paires de phrases grâce à un autre réseau de neurones dont les sorties sont alors réinterprétées par un algorithme d'optimisation combinatoire et une heuristique d'extension. L'ajout des quelques 560~000 paires de phrases extraites de Wikipédia au corpus d'entraînement d'un système de traduction automatique statistique de référence permet d'améliorer la qualité des traductions produites. Nous mettons les données alignées et le corpus extrait à la disposition de la communauté scientifique.

Une analyse économique de la tarification des actes en médecine générale : quelles conséquences éthiques ?

Cet article s'interroge sur les pratiques tarifaires des médecins généralistes libéraux français et notamment de la succession d'actes gratuits et de dépassements d'honoraires. Il soutient l'hypothèse selon laquelle la marchandisation du système de soins se traduit par une différence (à la hausse ou à la baisse) par rapport au tarif conventionnel. La marchandisation se répercute par une augmentation des tarifs spécifiques et creuse l'écart entre le prix "juste" selon le médecin et le tarif conventionnel.

Structure et interactions de bulles d'espace-temps en relativité générale

Nous analysons des bulles d'espace-temps d'épaisseur finie en relativité générale. Les conditions d'énergie sont utilisées afin d'obtenir un ensemble de critères permettant de restreindre la structure du bord de la bulle. Dans le cas des bulles statiques et à symétrie sphérique, nous obtenons quatre inégalités différentielles équivalentes aux trois conditions d'énergie les plus communes. Nous montrons qu'elles sont équivalentes à un ensemble de deux inégalités différentielles simples lorsque le potentiel gravitationnel effectif a une forme particulière. Nous paramétrons alors l'espace-temps de manière à rendre la vérification de ces inégalités plus simple lorsqu'il sera question de bulles d'espace-temps. Nous traitons en particulier quatre formes de bulles, toutes caractérisées par un extérieur de type Schwarzschild de Sitter. Nous montrons que notre méthode donne les bons résultats lorsque la limite où l'épaisseur de la bulle tend vers zéro est prise. Nous terminons par un traitement succinct du problème d'une onde gravitationnelle se propageant dans un nuage de bulles d'espace-temps.

La convergence de la sécurité informatique et la protection des données à caractère personnel : vers une nouvelle approche juridique

Le développement exponentiel des réseaux informatiques a largement contribué à augmenter le volume des renseignements personnels disponibles et à remplacer les méthodes désuètes de collecte des renseignements par des méthodes plus rapides et plus efficaces. La vie privée et le contrôle sur les informations personnelles, tels que nous les connaissions il y a quelques décennies, sont des notions difficilement compatibles avec la société ouverte et commerciale comme la nôtre. Face à cette nouvelle réalité menaçante pour les droits et libertés de l’homme, il est essentiel de donner un cadre technique et légal stable qui garantisse une protection adéquate de ces données personnelles. Pour rester dans le marché ou bénéficier de la confiance des individus, les entreprises et les gouvernements doivent posséder une infrastructure de sécurité efficace. Cette nouvelle donne a tendance à devenir plus qu’une règle de compétitivité, elle se transforme en une authentique obligation légale de protéger les données à caractère personnel par des mesures de sécurité adéquates et suffisantes. Ce mémoire aborde justement ces deux points, soit l’étude du développement d’une obligation légale de sécurité et l’encadrement juridique de la mise en place d’un programme de sécurisation des données personnelles par des mesures de sécurités qui respectent les standards minimaux imposés par les textes législatifs nationaux et internationaux.

Comparaison de la victimisation des jeunes telle qu’observée dans la traduction du Juvenile Victimisation Questionnaire et l’Enquête Sociale Générale

L’objectif de la recherche est de comparer une traduction d’un questionnaire américain, le Juvenile Victimization Questionnaire (JVQ) avec un questionnaire de victimisation préexistant au Canada, l’Enquête Sociale Générale (ESG). À l’aide d’une base de données formée par le JVQ en 2009, une comparaison a été conduite entre les victimisations de 783 jeunes âgés entre 15 et 17 ans afin de les comparer avec les victimisations de 631 jeunes âgés entre 15 et 17 ans de la base de données de l’ESG de 2009. Sur la majorité des points de comparaison établis entre les deux questionnaires, il existe des différences significatives entre les résultats obtenus par le JVQ et l’ESG. Pour les comparaisons des taux de victimisation des 12 derniers mois, 3 des 8 taux de victimisation comparés étaient similaires. Pour les comparaisons des taux de victimisation à vie, les 7 taux comparés étaient significativement différents. Cependant, il existe des explications méthodologiques et échantillonnales afin de rendre compte de ces différences. Les résultats indiquent qu’avec les différences inhérentes aux deux questionnaires, les échantillons des 15 à 17 ans présentent des taux relativement différents. Il est possible de valider l’utilisation du JVQ sur la population afin de recueillir des informations fiables sur la victimisation. Toutefois, en comparant les différentes questions individuellement, il est possible d’apporter des améliorations aux deux questionnaires utilisés.

Histoire formelle du jeu d’aventure sur ordinateur (le cas de l’Amérique du Nord de 1976-1999)

Cette étude s’intéresse à l’évolution formelle du jeu d’aventure de 1976 à 1999. Elle se propose de mieux comprendre les facteurs historiques contribuant à l’apparition du genre, son institution et ses transformations. La recherche est fondée sur l’analyse du discours de la presse spécialisée en jeux d’ordinateur et d’un corpus étendu d’œuvres. L’une des thèses proposées est que l’identité générique du jeu d’aventure est fondée sur une expérience vidéoludique demeurant relativement constante malgré des variations importantes de formes. Cette expérience est assurée par la reproduction des principaux éléments d’une architecture générale de design de jeu inaugurée par Adventure en 1977. Les variations formelles ponctuelles résultent d’une négociation entre la volonté de s’adapter aux changements de contexte de l’écologie du jeu d’ordinateur et la résistance d’une architecture ludique établie. La pertinence d’une histoire d’un genre vidéoludique est justifiée au premier chapitre en fonction de l’état actuel des connaissances sur l’histoire du jeu vidéo et du jeu d’aventure. On y précise également le cadre théorique, la méthodologie et les sources étudiées. Le deuxième chapitre s’intéresse à la genèse d’Adventure de Crowther et Woods (1976; 1977) en fonction des diverses pratiques culturelles dans lesquelles l’œuvre s’inscrit. Cette analyse permet d’en dégager l’architecture ludique. Le troisième chapitre porte sur le « tournant narratif » du jeu d’aventure ayant lieu au début des années 1980. On y décrit différents facteurs historiques poussant le genre vers l’enchâssement d’histoires pré-écrites afin d’en faire un véhicule narratif. Le quatrième chapitre décrit le contexte du « tournant graphique », passage du jeu d’aventure d’une représentation textuelle à un régime visuel, ainsi que ses conséquences expérientielles. Le « tournant ergonomique » décrit au cinquième chapitre traite de l’apparition du modèle « pointer et cliquer » en fonction des avancées des connaissances concernant les interactions humain-machine ainsi que de la maturation du design de jeu comme pratique autonome. Le dernier chapitre relate l’apogée du jeu d’aventure au début de la révolution multimédia sous ses formes de film interactif et « Myst-like » puis du ralentissement – voire de l’arrêt – de son évolution formelle.