Elementary steps in aqueous proton transfer reactions : a first principles molecular dynamics study

La nature des acides dans un environnement aqueux est primordiale dans de nombreux aspects de la chimie et de la biologie. La caractéristique principale d'un acide est sa capacité à transférer un proton vers une molécule d'eau ou vers n'importe quelle base, mais ce procédé n'est pas aussi simple qu'il y paraît. Il peut au contraire être extrêmement complexe et dépendre de manière cruciale de la solvatation des différents intermédiaires de réaction impliqués. Cette thèse décrit les études computationnelles basées sur des simulations de dynamique moléculaire ab initio qui ont pour but d'obtenir une description à l'échelle moléculaire des divers procédés de transferts de proton entre acide et bases dans un milieu aqueux. Pour cela, nous avons étudié une serie de système, dont l'acide hydrofluorique aqueux, l'acide trifluoroacétique aqueux, et un système modèle constitué d'un phénol et d'une entité carboxylate reliés entre eux par une molécule d'eau en solution aqueuse. Deux états intermédiaires ont été identifiés pour le transfert d'un proton depuis un acide. Ces intermédiaires apparaissent stabilisés par un motif local de solvatation via des ponts H. Leurs signatures spectroscopiques ont été caractérisées au moyen de la spectroscopie infrarouge, en utilisant le formalisme de la dynamique moléculaire ab initio, qui inclut l'effet quantique nucléaire de manière explicite. Cette étude a aussi identifié trois chemins de réaction élémentaire, qui sont responsable pour le transfert d'un proton d'un acide à une base, ainsi que leurs échelles de temps caractéristiques. Les conclusions tirées de ces études sont discutées dans les détails, au niveau moléculaire, avec une emphase sur les comparaisons entre les résultats théoriques et les mesures expérimentales obtenues dans a littérature ou via des collaborateurs.

Construction d'un Atlas 3D numérique de la cornée humaine par recalage d'images

Nous proposons de construire un atlas numérique 3D contenant les caractéristiques moyennes et les variabilités de la morphologie d’un organe. Nos travaux seront appliqués particulièrement à la construction d'un atlas numérique 3D de la totalité de la cornée humaine incluant la surface antérieure et postérieure à partir des cartes topographiques fournies par le topographe Orbscan II. Nous procédons tout d'abord par normalisation de toute une population de cornées. Dans cette étape, nous nous sommes basés sur l'algorithme de recalage ICP (iterative closest point) pour aligner simultanément les surfaces antérieures et postérieures d'une population de cornée vers les surfaces antérieure et postérieure d'une cornée de référence. En effet, nous avons élaboré une variante de l'algorithme ICP adapté aux images (cartes) de cornées qui tient compte de changement d'échelle pendant le recalage et qui se base sur la recherche par voisinage via la distance euclidienne pour établir la correspondance entre les points. Après, nous avons procédé pour la construction de l'atlas cornéen par le calcul des moyennes des élévations de surfaces antérieures et postérieures recalées et leurs écarts-types associés. Une population de 100 cornées saines a été utilisée pour construire l'atlas cornéen normal. Pour visualiser l’atlas, on a eu recours à des cartes topographiques couleurs similairement à ce qu’offrent déjà les systèmes topographiques actuels. Enfin, des observations ont été réalisées sur l'atlas cornéen reflétant sa précision et permettant de développer une meilleure connaissance de l’anatomie cornéenne.

L’impact d’une simulation sur des dispositifs mobiles et en situation de collaboration sur la compréhension de l’effet photoélectrique au niveau collégial

L’innovation pédagogique pour elle-même s’avère parfois discutable, mais elle se justifie quand les enseignants se heurtent aux difficultés d’apprentissage de leurs étudiants. En particulier, certaines notions de physique sont réputées difficiles à appréhender par les étudiants, comme c’est le cas pour l’effet photoélectrique qui n’est pas souvent compris par les étudiants au niveau collégial. Cette recherche tente de déterminer si, dans le cadre d’un cours de physique, la simulation de l’effet photoélectrique et l’utilisation des dispositifs mobiles et en situation de collaboration favorisent une évolution des conceptions des étudiants au sujet de la lumière. Nous avons ainsi procédé à l’élaboration d’un scénario d’apprentissage collaboratif intégrant une simulation de l’effet photoélectrique sur un ordinateur de poche. La conception du scénario a d’abord été influencée par notre vision socioconstructiviste de l’apprentissage. Nous avons effectué deux études préliminaires afin de compléter notre scénario d’apprentissage et valider la plateforme MobileSim et l’interface du simulateur, que nous avons utilisées dans notre expérimentation : la première avec des ordinateurs de bureau et la seconde avec des ordinateurs de poche. Nous avons fait suivre à deux groupes d’étudiants deux cours différents, l’un portant sur une approche traditionnelle d’enseignement, l’autre basé sur le scénario d’apprentissage collaboratif élaboré. Nous leur avons fait passer un test évaluant l’évolution conceptuelle sur la nature de la lumière et sur le phénomène de l’effet photoélectrique et concepts connexes, à deux reprises : la première avant que les étudiants ne s’investissent dans le cours et la seconde après la réalisation des expérimentations. Nos résultats aux prétest et post-test sont complétés par des entrevues individuelles semi-dirigées avec tous les étudiants, par des enregistrements vidéo et par des traces récupérées des fichiers logs ou sur papier. Les étudiants du groupe expérimental ont obtenu de très bons résultats au post-test par rapport à ceux du groupe contrôle. Nous avons enregistré un gain moyen d’apprentissage qualifié de niveau modéré selon Hake (1998). Les résultats des entrevues ont permis de repérer quelques difficultés conceptuelles d’apprentissage chez les étudiants. L’analyse des données recueillies des enregistrements des séquences vidéo, des questionnaires et des traces récupérées nous a permis de mieux comprendre le processus d’apprentissage collaboratif et nous a dévoilé que le nombre et la durée des interactions entre les étudiants sont fortement corrélés avec le gain d’apprentissage. Ce projet de recherche est d’abord une réussite sur le plan de la conception d’un scénario d’apprentissage relatif à un phénomène aussi complexe que l’effet photoélectrique, tout en respectant de nombreux critères (collaboration, simulation, dispositifs mobiles) qui nous paraissaient extrêmement utopiques de réunir dans une situation d’apprentissage en classe. Ce scénario pourra être adapté pour l’apprentissage d’autres notions de la physique et pourra être considéré pour la conception des environnements collaboratifs d’apprentissage mobile innovants, centrés sur les besoins des apprenants et intégrant les technologies au bon moment et pour la bonne activité.

Méthodes numériques pour la capture et la résolution des discontinuités dans les solutions des systèmes hyperboliques

Réalisé en majeure partie sous la tutelle de feu le Professeur Paul Arminjon. Après sa disparition, le Docteur Aziz Madrane a pris la relève de la direction de mes travaux.

Le passé eugénique canadien et ses leçons au regard des nouvelles technologies génétiques

L'eugénisme fascine. L'eugénisme fait peur. D'ailleurs, le spectre de cette idéologie, lié à un passé riche en histoire, revient en force et suscite des craintes de dérives quant à l'avancement des connaissances scientifiques et de leurs applications principalement dans le débat sur le diagnostic préimplantatoire. Alors que nous nous intéressons à son encadrement normatif, une approche historique permet de guider le législateur afin de ne pas répéter des erreurs passées et de mieux en comprendre les enjeux. Or, une loi eugénique a déjà existé au Canada en matière de stérilisation des personnes mentalement handicapées. À la lumière de celle-ci et de son histoire, l'auteur s'interroge sur les leçons que nous pouvons appliquer au diagnostic préimplantatoire, une technologie génétique permettant de sélectionner un enfant créé in vitro en fonction de son profil génétique.

De l'«être» vers l'«avoir été» : muabilité du corps humain au moment du décès

"Le cadavre – cette dépouille mortelle, ce corps inanimé devant lequel la fatalité inéluctable s'est abattue – symbolise à la fois un produit de consommation, un objet de culte et une matière de la science. La première acception s'observe au regard du cannibalisme qui permet à ses pratiquants de s'approprier les qualités de la victime et d'effrayer les ennemis; cette vision occidentale d'un être « sauvage mangeur d'homme » inspire notamment Shakespeare à créer Caliban, personnage maléfique dans la comédie La tempête. La deuxième acception renvoie aux rituels funéraires, où le cadavre tend à une certaine sacralisation par le procédé de momification qui, dans l'ancienne Égypte, visait à préserver le corps du défunt afin d'assurer l'existence de son âme dans l'au-delà. La troisième acception transpose le cadavre dans le domaine scientifique; il revêt alors une finalité de « serviabilité » et constitue un « patrimoine biologique » par la possibilité de dons d'organes à titre gratuit, car justifiés par un intérêt altruiste. Une considération contemporaine sur le caractère lucratif du don se pose néanmoins à la lumière des expositions « Bodies » – technique de plastination de l'inventeur Gunther Von Hagen – et de celle projetée par Andreï Molodkin, cet alchimiste de la chair humaine – procédé qui consiste à faire cuire des corps humains pour qu'ils deviennent une huile brute. Outre le questionnement relatif à la provenance des corps ou des organes exposés, il est permis de s'interroger sur le véritable dessein – mercantile ou scientifique? – poursuivi par ces concepteurs."

De la question de la légitimité du projet de traité établissant une Constitution pour l'Europe à la question de la légitimité des juges

L’Europe est à l’heure actuelle en pleine mutation. D’une part, elle s’est élargie en acceptant de nouveaux États passant ainsi de quinze à vingt-cinq membres. D’autre part, elle s’est dotée d’un traité constitutionnel appelé Projet de traité établissant une Constitution pour l'Europe. Celui-ci a été approuvé en juin 2004. Il sera au cœur de notre recherche. Doter l’Union européenne d’un nouvel acte conduit incontestablement à se poser une multitude de questions concernant l’acte lui-même mais également ses conséquences. Que faut-il entendre par « traité établissant une Constitution pour l’Europe » ? Quels seront les effets d’un tel acte au regard du droit communautaire existant et des législations nationales ? Cette recherche répondra à ces questions et offrira un éclairage particulier du traité. Elle sera plus particulièrement axée sur la Cour de justice qui assure le respect du droit dans l’interprétation et l’application de la Constitution (article 28 du projet). Comment les juges devront-ils se comporter par rapport au traité ? Leur action sera-t-elle légitime ? Le débat sera ouvert sur l’interprétation que les juges feront de cette nouvelle norme.

La stéganographie au Québec : lumière technique, ombres juridiques

« Dissimuler » un trésor a toujours fasciné. Mais à l’heure actuelle, le trésor n’est plus toujours une caisse pleine de pierres précieuses ou d’or, il peut s’agir d’une simple information ou d’une donnée informatique importante que l’on souhaite cacher pour mieux la protéger. Avec le développement d’Internet, le domaine de la stéganographie, technique consistant à dissimuler une information pour la faire passer inaperçue, prend alors une nouvelle ampleur : il est désormais facile de dissimuler un fichier qui n’est qu’une goutte d’eau dans un océan informationnel. Si cette possibilité ouvre de nouvelles perspectives en termes de sécurité de l’information (car si personne ne sait qu’il y a un message secret, personne ne cherchera à le regarder ou le récupérer…), sa couverture sur le plan juridique n’est encore qu’embryonnaire. Dans la première partie, après avoir présenté les principes de la stéganographie informatique, nous montrerons combien un tel procédé est complémentaire et s’accorde bien avec la cryptographie, et le mettrons en perspective avec d’autres techniques voisines de dissimulation d’information (tatouage et empreinte digitale). Nous illustrerons finalement quelques pratiques de stéganographie appliquée à deux catégories de données numériques, l’image et le texte. Dans la seconde partie, nous plaçant résolument sur le plan juridique, nous tenterons tout d’abord de voir si la stéganographie peut faire partie des mesures techniques de protection que doit mettre en place un responsable de système d’information au titre de l’obligation de sécurité informationnelle. Ensuite, après avoir constaté que certains usages déviants de la stéganographie pouvaient impacter la sécurité publique, nous nous interrogerons sur ses répercussions, compte tenu des exigences d’accessibilité et d’intégrité de l’information.

Mutations impliquées dans la progression du cancer épithélial de l'ovaire

Le cancer épithélial de l’ovaire (CEO) est le cancer gynécologique le plus létal. Plus de 70% des patientes diagnostiquées avec une tumeur de stade avancé rechutent suite aux traitements chimiothérapeutiques de première ligne, la survie à cinq ans étant ainsi très faible. Afin de mieux comprendre l’évolution de la maladie, nous avons recherché de nouveaux gènes, responsables de l’initiation et de la progression du CEO. Précédemment, des lignées cellulaires ont été dérivées à partir de la tumeur primaire et récurrente et/ou d’ascites de trois patientes. Le séquençage de l’ARN de ces lignées par la technologie de séquençage de nouvelle génération (TSNG) nous a permis d’identifier des mutations ponctuelles qui pourraient nous indiquer des gènes dérégulés dans le CEO. La TSNG est un bon outil qui permet d’identifier et de cribler à grande échelle des mutations. Nous avons sélectionné PLEC1, SCRIB, NCOR2, SEMA6C, IKBKB, GLCE et ITGAE comme gènes candidats présentant des mutations dans nos lignées et ayant une relation fonctionnelle avérée avec le cancer. Étant donné que la TSNG est une technique à taux de fiabilité limité, nous avons validé ces mutations par séquençage Sanger. Ensuite, nous avons étudié l’effet de ces mutations sur la structure protéique et l’expression de PLEC1, de SCRIB et de SEMA6C. Seules certaines mutations dans les gènes PLEC1, SCRIB et SEMA6C ont pu être confirmées. PLEC1 et SCRIB sont deux protéines d’échafaudage dont la mutation, rapportée dans plusieurs cancers, pourrait induire des changements de leurs conformations et affecter leurs interactions et leurs fonctions. Les conséquences de ces mutations sur la tumorigenèse de l’ovaire devront être étudiées.

Les demandes du travail et l'épuisement émotionnel : l'influence de la qualité de la relation d'encadrement LMX

Ce mémoire vise à vérifier l’effet modérateur de la relation d’encadrement LMX sur la relation entre les demandes du travail et l’épuisement émotionnel. Nous avons d’abord étudié la relation d’encadrement LMX et ses effets multiples, particulièrement sur le stress. Nous avons envisagé le LMX comme une ressource qui peut atténuer les effets des demandes du travail (conflit, surcharge et l’ambiguïté de rôle) sur l’épuisement émotionnel, et ce, avec comme fondement théorique le modèle des tensions du travail de Karasek (1979). Pour vérifier notre modèle, nous avons procédé à une analyse secondaire de données recueillies dans le cadre provenant d’une étude précédente réalisée à l’Institut de gériatrie de l’Université de Sherbrooke en 1996. Des analyses descriptives nous ont permis de valider deux de nos trois principales hypothèses à l’effet que le LMX agit comme modérateur sur la relation entre les demandes du travail et l’épuisement émotionnel. En effet, les résultats montrent que plus le LMX est de qualité, moins les relations entre le conflit de rôle et l’épuisement émotionnel ainsi qu’entre la surcharge de rôle et l’épuisement émotionnel sont significatives. Toutefois, nos résultats indiquent que plus le LMX est de qualité, plus l’effet de l’ambiguïté de rôle est relié à l’épuisement émotionnel.

Role of NOX2 and DUOX2 in the antiviral airway responses

Les voies respiratoires sont exposées à une panoplie de pathogènes. Lors d’une infection virale respiratoire les cellules qui recouvrent ces voies participent activement à la défense immunitaire contre ces derniers en limitant la propagation du virus et en engendrant une réponse proinflammatoire. Un évènement clef dans ces processus est l’activation des facteurs de transcription, notamment le « Nuclear Factor » (NF)-κB et l’« Interferon Regulatory Factor -3 » (IRF-3), qui régulent l’expression des cytokines antivirales et proinflammatoires. Des données récentes démontrent que les dérivés actifs de l’oxygène (ROS), produits suite à une infection virale, ont la capacité de réguler les voies de signalisation enclenchées par NF-κB et IRF-3. Une source importante de ROS est la famille de NADPH oxydases (NOX), qui contient les membres NOX1-5 et DUOX1 et 2. L’objectif de notre étude était d’identifier la NOX qui régule les mécanismes antiviraux et proinflammatoires suite à l’infection avec le virus respiratoire syncytial (RSV), qui cause des complications respiratoires majeures, et le virus Sendai (SeV), un modèle viral non-pathogène. Nos travaux ont permis d’identifier que NOX2 est une molécule clef dans la réponse proinflammatoire suite à l’infection virale. Plus spécifiquement, NOX2 est important pour l’activation de NF-κB et la sécrétion des cytokines régulées par ce dernier. De plus, nous avons observé une forte augmentation de la présence de DUOX2 dans les cellules de voies respiratoires humaines infectées par SeV. Une étude plus approfondie nous a permis de caractériser qu’une synergie entre deux cytokines secrétées lors de l’infection, soit l’interféron (IFN)β et le TNFα est responsable de l’induction de DUOX2. Nous avons aussi découvert que DUOX2 confère une activité antivirale et est nécessaire pour maintenir les taux des cytokines antivirales tardives IFNβ et IFNλ. Lors d’une infection avec RSV, l’induction de DUOX2 n’est pas détectable. Nous avons mis en évidence que RSV interfère avec l’expression de DUOX2 ce qui pourrait suggérer sa pathogénicité. En conclusion, nos travaux démontrent pour la première fois une implication spécifique des NADPH oxydase NOX2 et DUOX suite aux infections virales respiratoires.

Ouvrir la porte à des pratiques euthanasiques? Pas aussi simple que les Rapports de la Société royale, du Barreau du Québec et de la Commission spéciale sur le mourir dans la dignité le laissent croire

[Préciser ici le type de document. Par défaut, dans Papyrus, tous les documents de la revue sont du type "Article":] Commentaire / Commentary Compte-rendu / Review Éditoral / Editorial Étude de cas / Case study Lettre à l'éditeur / Letter to the Editor Actes de colloque / Conference Proceedings

La représentation de la tragédie humaine dans la littérature des génocides du XXe siècle : les enjeux de la mise en récit d’une expérience catastrophique

Étant tous les deux récits d’événements, l’histoire et le roman ne sont pas logés à la même enseigne : le contenu du texte romanesque est habituellement considéré comme le contraire de celui du texte historique. On suppose que l’histoire raconte les vraies choses alors que le roman excelle dans l’imaginaire. Dans la représentation des génocides, le discours romanesque et celui historique partagent de nombreuses stratégies narratives à partir desquelles se réalise la relecture de l’expérience tragique. De nombreux artifices incitent le discours à se contenter d’être le (trans)porteur d’une conscience souveraine qui transcende les faits, le temps et l’espace reliés à l’événement. Ni l’histoire ni le roman ne sont reconstitutions expérientielles, mais le procédé de mise en récit doit démontrer une épaisseur discursive pouvant produire chez le lecteur la représentation d’un monde. Cette thèse prend pour objet les modalités littéraires des récits et des romans qui essayent de représenter l’expérience du génocide. En analysant ce dispositif discursif qui ne fait plus de différence entre le réel, le vrai et la vraisemblance, les livres de notre corpus présentent l’expérience du génocide et pensent les brisures et les déchirures d’humanité constatées dans différentes régions du monde (dans l’Empire ottoman, dans l’Allemagne nazie, en Bosnie, au Rwanda, etc.). Dans cette perspective, nous examinons la littérarisation de ces événements horribles qui se déroulent suivant un schéma narratif formé de séquences véridiques et de scènes imaginaires mettant en exergue toutes les innovations stylistiques et langagières qui font la singularité et l’originalité des ces œuvres. Fort de ces spécificités, les quatre principaux romans de notre corpus (Journal de déportation, Être sans destin, Le soldat et le gramophone et Le Passé devant soi) s’appuient sur une vraisemblance littéraire ou poétique qui leur permet d’aller à la quête d’une vérité ; une vérité littéraire non seulement subjective, mais en mesure d’accompagner la vérité historique.

Étude des procédés d’explicitation dans les traductions anglais-français de textes environnementaux

S.O.

Villusions : construction spatiale de paysages sonores musicalisés

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).