Dibenzofuran degradation by Sphingomonas wittichii RW1 under environmental stresses

Sphingomonas wittichii is a gram-negative Alpha-proteobacterium, capable of degrading xenobiotic compounds such as dibenzofuran (DBF), dibenzo-p-dioxin, carbazole, 2-hydroxybiphenyl or nitro diphenyl ether herbicides. The metabolism of strain RW1 has been the subject of previous studies and a number of genes involved in DBF degradation have been characterized. It is known that RW1 posseses a unique initial DBF dioxygenase (encoded by the dxnAl gene) that catalyzes the first step in the degradation pathway. None of the organisms known to be able to degrade DBF have a similar dioxygenase, the closest match being the DBF dioxygenase from Rhodococcus sp. with an overall amino acid similarity of 45%. Genes participating in the conversion of the metabolite salicylate via the ortho-cleavage pathway to TCA cycle intermediates were identified as well. Apart from this scarce information, however, there is a lack of global knowledge on the genes that are involved in DBF degradation by strain RW1 and the influence of environmental stresses on DBF-dependent global gene expression. A global analysis is necessary, because it may help to better understand the behaviour of the strain under field conditions and suggest improvements for the current bioaugmentation practice. Chapter 2 describes the results of whole-genome analysis to characterize the genes involved in DBF degradation by RW1. Micro-array analysis allowed us to detect differences in gene transcription when strain RW1 was exposed to DBF. This was complemented by ultra-high throughput sequencing of mutants no longer capable of growing on salicylate and DBF. Some of the genes of the ortho-cleavage pathway were induced 2 to 4 times in the presence of DBF, as well as the initial DBF dioxygenase. However two gene clusters, named 4925 and 5102 were induced up to 19 times in response to DBF induction. The cluster 4925 is putatively participating in a meta-cleavage pathway while the cluster 5102 might be part of a gentisate pathway. The three pathways, ortho-cleavage, meta-cleavage and gentisate pathway seem to be active in parallel when strain RW1 is exposed to DBF, presenting evidence for a redundancy of genes for DBF degradation in the genome of RW1. Chapter 3 focuses on exploiting genetic tools to construct bioreporters representative for DBF degradation in RW1. A set of basic tools for genetic manipulation in Sphingomonas wittichii RW1 was tested and optimized. Both plasmids and mini-transposons were evaluated for their ability to be maintained in RW1 with or without antibiotic selection pressure, and for their ability to lead to fluorescent protein expression in strain RW1 from a constitutive promoter. Putative promoter regions of three of the previously found DBF-induced genes (Swit_4925, Swit_5102 and Swit_4897-dxnAl) were then used to construct eg/^-bioreporters in RW1. Chapter 4 describes the use of the constructed RW1-based bioreporter strains for examining the expression of the DBF degradation pathway genes under microcosm conditions. The bioreporter strains were first exposed to different carbon sources in liquid culture to calibrate the egfp induction. Contrary to our expectations from micro-array analysis only the construct with the promoter from gene cluster 4925 responded to DBF, whereas the other two constructs did not show specific induction with DBF. The response from the bioreporters was subsequently tested for sensitivity to water stress, given that this could have an important impact in soils. Exposure to liquid cultures with decreasing water potential, achieved by NaCl or PEG addition to the growth media, showed that eGFP expression in RW1 from the promoter regions 4925 and 5102 was not directly influenced by water stress, but only through an overall reduction in growth rate. In contrast, expression of eGFP from the dxnAl or an uspA promoter was also directly dependent on the extent of water stress. The RW1 with the 4925 construct was subsequently used in soil microcosms to evaluate DBF bioavailability to the cells in presence or absence of native microbiota or other contaminated material. We found that RW1 could grow on DBF added to soil, but bioreporter expression suggested that competition with native microbiota for DBF intermediates may limit its ability to proliferate to a maximum. Chapter 5 describes the results from the experiments carried out to more specifically detect genes of RW1 that might be implicated in water stress resistance. Hereto we created transposon mutagenesis libraries in RW1, either with a classical mini-Tn5 or with a variant that would express egfp when the transposon would insert in a gene induced under water stress. Classical mutant libraries were screened by replica plating under high and low water stress conditions (achieved by adding NaCl to the agar medium). In addition, we screened for smaller microcolonies formed by mutants in agarose beads that could be analized with flow cytometry. A number of mutants impaired to grow on NaCl-supplemented media were recovered and the transposon insertion sites sequenced. In a second procedure we screened by flow cytometry for mutants with a higher eGFP production after exposure to growth medium with higher NaCl concentrations. Mutants from both libraries rarely overlapped. Discovered gene functions of the transposon insertions pointed to compatible solute synthesis (glutamate and proline), cell membrane synthesis and modification of cell membrane composition. The results obtained in the present study give us a more complete picture of the mechanisms of DBF degradation by S. wittichii RW1, how it reacts to different DBF availability and how the DBF catabolic activity may be affected by the conditions found in contaminated environments. - Sphingomonas wittichii est une alpha-protéobactérie gram-négative, capable de dégrader des composés xénobiotiques tels que le dibenzofurane (DBF), la dibenzo-p-dioxine, le carbazole, le 2-hydroxybiphényle ou les herbicides dérivés du nitro-diphényléther. Le métabolisme de la souche RW1 a fait l'objet d'études antérieures et un certain nombre de gènes impliqués dans la dégradation du DBF ont été caractérisés. Il est connu que RW1 possède une unique dioxygénase DBF initiale (codée par le gène dxnAl) qui catalyse la première étape de la voie de dégradation. Aucun des organismes connus pour être capables de dégrader le DBF n'a de dioxygénase similaire. L'enzyme la plus proche étant la DBF dioxygénase de Rhodococcus sp. avec 45% d'acides aminés conservés. Les gènes qui participent à la transformation du salicylate en métabolites intermédiaires du cycle de Krebs par la voie ort/io-cleavage ont aussi été identifiés. Outre ces informations lacunaires, il y a un manque de connaissances sur l'ensemble des gènes impliqués dans la dégradation du DBF par la souche RW1 ainsi que l'effet des stress environnementaux sur l'expression génétique globale, en présence du DBF. Une analyse globale est nécessaire, car elle peut aider à mieux comprendre le comportement de la souche dans les conditions de terrain et de proposer des améliorations pour l'utilisation de la bio-augmentation comme technique de bio-remédiation. Le chapitre 2 décrit les résultats de l'analyse du génome pour caractériser les gènes impliqués dans la dégradation du DBF par RW1. Une analyse de micro-arrays nous a permis de détecter des différences dans la transcription des gènes lorsque la souche RW1 a été exposée au DBF. L'analyse a été complétée par le criblage à ultra-haut débit de mutants qui n'étaient plus capables de croître avec le salicylate ou le DBF comme seule source de carbone. Certains des gènes de la voie ortho-cleavage, dont la DBF dioxygénase initiale, ont xî été induits 2 à 4 fois, en présence du DBF. Cependant, deux groupes de gènes, nommés 4925 et 5102 ont été induits jusqu'à 19 fois en réponse au DBF. Le cluster 4925 participe probablement dans une voie de meta-cleavage tandis que le cluster 5102 pourrait faire partie d'une voie du gentisate. Les trois voies, ortho-cleavage, meta-cleavage et la voie du gentisate semblent être activées en parallèle lorsque la souche RW1 est exposée au DBF, ce qui représente une redondance de voies pour la dégradation du DBF dans le génome de RW1. Le chapitre 3 se concentre sur l'exploitation des outils génétiques pour la construction de biorapporteurs de la dégradation du DBF par RW1. Un ensemble d'outils de base pour la manipulation génétique dans Sphingomonas wittichii RW1 a été testé et optimisé. Deux plasmides et mini-transposons ont été évalués pour leur capacité à être maintenu dans RW1 avec ou sans pression de sélection par des antibiotiques, et pour leur capacité à exprimer la protéine fluorescente verte (eGFP) dans la souche RW1. Les trois promoteurs des gènes Swit_4925, Swit_5102 et Swit_4897 (dxnAl), induits en réponse au DBF, ont ensuite été utilisés pour construire des biorapporteurs dans RW1. Le chapitre 4 décrit l'utilisation des souches biorapportrices construites pour l'analyse de l'expression des gènes de la voie de dégradation du DBF dans des microcosmes avec différents types de sols. Les souches biorapportrices ont d'abord été exposées à différentes sources de carbone en cultures liquides afin de calibrer l'induction de la eGFP. La construction avec le promoteur du gène 4925 a permis une réponse au DBF. Mais contrairement à nos attentes, basées sur les résultats de l'analyse des micro-arrays, les deux autres constructions n'ont pas montré d'induction spécifique au DBF. La réponse des biorapporteurs a ensuite été testée pour la sensibilité au stress hydrique, étant donné que cela pourrait avoir un impact important dans les microcosmes. La diminution du potentiel hydrique en culture liquide est obtenue par addition de NaCl ou de PEG au milieu de croissance. Nous avons montré que l'expression de la eGFP contrôlée par les promoteurs 4925 et 5102 n'était pas directement influencée par le stress hydrique, mais seulement par une réduction globale des taux de croissance. En revanche, l'expression de la eGFP dépendante des promoteurs dxnAl et uspA était aussi directement dépendante de l'ampleur du stress hydrique. La souche avec la construction 4925 a été utilisée par la suite dans des microcosmes avec différents types de sols pour évaluer la biodisponibilité du DBF en présence ou absence des microbes indigènes et d'autres composés contaminants. Nous avons constaté que RW1 pouvait se développer si le DBF a été ajouté au sol, mais l'expression de la eGFP par le biorapporteur suggère que la compétition avec la microbiota indigène pour les métabolites intermédiaires du DBF peut limiter sa capacité à proliférer de manière optimale. Le chapitre 5 décrit les résultats des expériences réalisées afin de détecter spécifiquement les gènes de RW1 qui pourraient être impliquées dans la résistance au stress hydrique. Ici on a crée des bibliothèques de mutants de RW1 par transposon, soit avec un mini-Tn5 classique ou avec une variante qui exprime la eGFP lorsque le transposon s'insère dans un gène induit par le stress hydrique. Les bibliothèques de mutants ont été criblées par la méthode classique de repiquage sur boîtes, dans des conditions de stress hydrique élevé (obtenu par l'addition de NaCl dans les boîtes). En outre, nous avons criblé des micro¬colonies dans des billes d'agarose qui ont pu être analysées par cytométrie de flux. Un certain nombre de mutants déficients à croître sur des milieux supplémentés avec du NaCl ont été isolés et les sites d'insertion du transposon séquencés. Dans une deuxième procédure nous avons criblé par cytométrie de flux des mutants avec une production de eGFP supérieure, après exposition à un milieu de croissance avec une concentration élevée de NaCl. Les mutants obtenus dans les deux bibliothèques n'étaient pas similaires. Les fonctions des gènes où se trouvent les insertions de transposons sont impliqués dans la synthèse de solutés compatibles (glutamate et de la proline), dans la synthèse de la membrane cellulaire et dans la modification de la composition de la membrane cellulaire. Les résultats obtenus dans la présente étude nous donnent une image plus complète des mécanismes de dégradation du DBF par S. wittichii RW1, comment cette souche réagit à la disponibilité du DBF et comment l'activité catabolique peut être affectée par les conditions rencontrées dans des environnements contaminés.

Avaluació alternativa de l'assignatura "Geografia Humana" en el context de l'Espai Europeu d'Educació Superior

Aquest projecte ha aplicat algunes noves metodologies docents que seran imprescindibles per a la integració en l'EEES i, en particular, sistemes d'avaluació alternatius que puguin formar la base d'un sistema d'avaluació continuada per als continguts i adquisició d'habilitats que fins ara s'han aplegat en l'assignatura "Geografia Humana" de la llicenciatura de Geografia de la Universitat de Barcelona. A partir de la reflexió conjunta entre els membres de l’equip integrant del projecte sobre les competències i continguts que es desitja que adquireixi l'estudiant s'han dissenyat un conjunt de recursos per a l’avaluació: 1. exercicis individuals, destinats a valorar la capacitat d’estructurar idees, expressió escrita i gràfica, presentació etc. 2. treballs en equip, destinats a fomentar l’esperit de divisió del treball i de cooperació entre els estudiants i a mostrar el guany individual del treball col·lectiu. 3. proves objectives (tipus test), destinades a valorar l’adquisició de conceptes i de continguts bàsics. 4. preguntes d'autoavaluació, amb la finalitat que l’estudiant pugui fer el seu propi seguiment de l’adquisició de Coneixements. 5. qüestionaris d’autovaloració dels exercicis individuals i dels treballs en equip, amb l’objectiu que els alumnes reflexionin sobre el treball realitzat i que serveixin de base per a contrastar amb la valoració del professor. L’objectiu final és que l’estudiant pugui ser avaluat de manera contínua en el portafoli que recull el treball acumulat al llarg del curs. Tot i que el projecte s’ha basat en l’ús de l’eina dels “dossiers electrònics” de la UB, en el futur immediat els resultats obtinguts passaran a integrar-se en el Campus Virtual de la UB que utilitza la plataforma Moodle, les posibilitats tècniques de la qual permetran afegir una dimensió cooperativa més gran al treball avaluable (accés al treball dels grups, cooperació en la construcció de bases de dades, wikis editades pel conjunt de la classe etc.)

Helminth Parasites of Conventionally Maintained Laboratory Mice: II- Inbred Strains with an Adaptation of the Anal Swab Technique

Worm burdens recovered from inbred mice strains, namely C57Bl/6, C57Bl/10, CBA, BALB/c, DBA/2 and C3H/He, conventionally maintained in two institutional animal houses in the State of Rio de Janeiro, RJ, Brazil, were analyzed and compared, regarding their prevalences and mean intensities.Three parasite species were observed: the nematodes Aspiculuris tetraptera, Syphacia obvelata and the cestode Vampirolepis nana. A modification of the anal swab technique is also proposed for the first time as an auxiliary tool for the detection of oxyurid eggs in mice

A linear optimization technique for graph pebbling

Graph pebbling is a network model for studying whether or not a given supply of discrete pebbles can satisfy a given demand via pebbling moves. A pebbling move across an edge of a graph takes two pebbles from one endpoint and places one pebble at the other endpoint; the other pebble is lost in transit as a toll. It has been shown that deciding whether a supply can meet a demand on a graph is NP-complete. The pebbling number of a graph is the smallest t such that every supply of t pebbles can satisfy every demand of one pebble. Deciding if the pebbling number is at most k is NP 2 -complete. In this paper we develop a tool, called theWeight Function Lemma, for computing upper bounds and sometimes exact values for pebbling numbers with the assistance of linear optimization. With this tool we are able to calculate the pebbling numbers of much larger graphs than in previous algorithms, and much more quickly as well. We also obtain results for many families of graphs, in many cases by hand, with much simpler and remarkably shorter proofs than given in previously existing arguments (certificates typically of size at most the number of vertices times the maximum degree), especially for highly symmetric graphs. Here we apply theWeight Function Lemma to several specific graphs, including the Petersen, Lemke, 4th weak Bruhat, Lemke squared, and two random graphs, as well as to a number of infinite families of graphs, such as trees, cycles, graph powers of cycles, cubes, and some generalized Petersen and Coxeter graphs. This partly answers a question of Pachter, et al., by computing the pebbling exponent of cycles to within an asymptotically small range. It is conceivable that this method yields an approximation algorithm for graph pebbling.

Des hommes en mouvement : vers une reconfiguration des modèles masculins? L'exemple de la Suisse

This project is a study of the men's movement in Switzerland, especially regarding organizations seeking to redefine male identity. So far, this topic has been understudied, in Switzerland. The few studies available on the subject mostly adopt a (pro)feminist perspective. Their main purpose is to criticize men's movement participants. What is more, scarce researches on this problem mostly conducted by members of the Swiss men's movement themselves are mainly descriptive and methodologically problematic. In this context, I initiated the first national and sociological study of the men's movement in Switzerland. My main goals are: firstly, to propose a typology of organizations forming the men's movement in Switzerland. Secondly, I develop a sociological analysis of this phenomenon, taking into account in this process especially the characteristics of the Swiss context. Consequently, I adopted a mixed method approach, which included two main research steps: Firstly, I defined a representative sample of men's movement organizations in Switzerland. Based on a content analysis of men's organizations' websites, I was able to distinguish three ideal-types: Radical Criticism of Masculinity, Criticism of Hegemonic Masculinity, Defense of Men and Traditional Masculinity. Based on these three concepts, I subsequently analyzed the discourse on masculinity amongst men's movement organizations. Secondly, I conducted a survey of men's movement participants. This survey was based on the results of the content analysis. In this particular stage, I mainly used factor analysis. My results show that it would be all too simplistic to characterize the men's movement, in Switzerland, as a criticism of women's emancipation. On the contrary, my analysis reveals a more complex picture: The two main factors, which influence the men's movement, in Switzerland, are the contemporary sociological context and the Swiss society's particular features. I find that male roles, on the one hand, depend very much on today's cultural shift from materialistic to self-expression values. On the other hand, male role models reflect a social adaptation process. Moreover, as a reaction to deep changes in contemporary family structures, I observe an individualization process, characterized by separation between parental and conjugal functions that greatly shapes male role models. - Cette thèse analyse le phénomène des hommes en mouvement, dans le contexte de la Suisse. Cet ensemble est formé d'organisations regroupant des hommes impliqués consciemment dans un processus d'actions et de réflexions sur l'identité masculine. La revue de la littérature révèle qu'en Suisse, le sujet des hommes en mouvement est très peu étudié. Jusqu'ici, les rares recherches s'y intéressant adoptent généralement une approche (pro)féministe, dont l'objectif est de dénoncer ce phénomène. En outre, de rares recherches, issues des acteurs mêmes de ce mouvement, proposent une vue descriptive de l'ensemble, mais souffrant de faiblesses méthodologiques. Par notre recherche, nous souhaitons contribuer à l'étude de ce sujet, en initiant la première étude d'envergure nationale portant sur les hommes en mouvement. L'objectif final est de déboucher sur une typologie des organisations réunissant les hommes en mouvement, puis sur une analyse de la spécificité de cet ensemble, dans le contexte suisse. Pour remplir ces objectifs, nous avons mis en place un dispositif de méthodes mixtes, en deux phases. Lors d'une première étape, nous avons sélectionné un échantillon représentatif de la diversité des organisations masculines. Par une analyse de contenu effectuée sur la documentation récoltée sur les sites Internet de ces dernières, nous avons pu, en utilisant une démarche inductive et qualitative, faire émerger trois idéaux-types : Critique radicale de la masculinité, Critique de la masculinité hégémonique, Défense des hommes et de la masculinité traditionnelle. Ces concepts permettent de rendre compte, de manière schématique, des trois types de discours contemporains sur l'identité masculine diffusés par les hommes en mouvement. Lors d'une seconde étape, nous avons réalisé une enquête auprès des membres des organisations masculines. Pour y parvenir, nous avons créé un questionnaire incluant des propositions élaborées à partir des résultats de l'étape précédente. Lors de cette phase, nous avons réalisé une analyse factorielle. Les résultats montrent que le phénomène du mouvement des hommes ne saurait se réduire, en Suisse, à un mouvement de ressac visant à attaquer les droits des femmes. Au contraire, il s'agit d'un phénomène complexe, fortement dépendant du contexte sociologique contemporain et des caractéristiques de la société helvétique. Nous affirmons, entre autres, que les modèles masculins observables dans cet ensemble sont façonnés, d'une part, par une transition culturelle, caractérisée par le passage des valeurs matérialistes aux valeurs d'expression de soi. D'autre part, les modèles masculins prônés par les hommes en mouvement reflètent un processus d'adaptation sociale. En effet, en réaction au contexte de reconfiguration des formes familiales, on assiste à une individualisation des rapports de filiation et au détachement de la fonction parentale et conjugale, qui imprègnent fortement les modèles masculins défendus par ces hommes.

Sensitivity of a Vacuum Aspiratory Culture Technique for Diagnosis of Localized Cutaneous Leishmaniasis in an Endemic Area of Leishmania (Viannia) braziliensis Transmission

Sixty eight patients with localized cutaneous leishmaniasis from an area with Leishmania (Viannia) braziliensis transmission had cultures performed with a modified Marzochi´s vacuum aspiratory puncture technique to establish sensitivity and contamination rate with this new method. Overall sensitivity of three aspirates was 47.1%; (CI95% 39.4; 59.4) significantly greater than the sensitivity of a single one aspirate. Fungal contamination was observed in 6/204 (2.9%) inoculated culture tubes. We recommend that this useful technique should be adopted as routine for primary isolation of L. (V.) braziliensis from localized cutaneous ulcers.

The Rank Lecture: Has imaging told us anything new about human visual organisation?

The functional architecture of the occipital cortex is being studied with increasing detail. Functional and structural MR based imaging are altering views about the organisation of the human visual system. Recent advances have ranged from comparative studies with non-human primates to predictive scanning. The latter multivariate technique describes with sub-voxel resolution patterns of activity that are characteristic of specific visual experiences. One can deduce what a subject experienced visually from the pattern of cortical activity recorded. The challenge for the future is to understand visual functions in terms of cerebral computations at a mesoscopic level of description and to relate this information to electrophysiology. The principal medical application of this new knowledge has focused to a large extent on plasticity and the capacity for functional reorganisation. Crossmodality visual-sensory interactions and cross-correlations between visual and other cerebral areas in the resting state are areas of considerable current interest. The lecture will review findings over the last two decades and reflect on possible roles for imaging studies in the future.