Populational Genetic Databases Is a Specific Ethical and Legal Framework Necessary?

Recent scientific advances and new technological developments, most notably the advent of bio-informatics, have led to the emergence of genetic databases with particular characteristics and structures. Paralleling these developments, there has been a proliferation of ethical and legal texts aimed at the regulation of this new form of genetic database.

Système de listes de vérification interactives du niveau de conformité des maquettes avec les recommandations des fabricants de plateformes mobiles

L'ensemble de mon travail a été réalisé grâce a l'utilisation de logiciel libre.

Développement et validation d’un index de prédiction des risques d’institutionnalisation et de décès pour le contrôle des variables confondantes non-mesurées dans la population âgée

Le biais de confusion est un défi majeur des études observationnelles, surtout s'ils sont induits par des caractéristiques difficiles, voire impossibles, à mesurer dans les banques de données administratives de soins de santé. Un des biais de confusion souvent présents dans les études pharmacoépidémiologiques est la prescription sélective (en anglais « prescription channeling »), qui se manifeste lorsque le choix du traitement dépend de l'état de santé du patient et/ou de son expérience antérieure avec diverses options thérapeutiques. Parmi les méthodes de contrôle de ce biais, on retrouve le score de comorbidité, qui caractérise l'état de santé d'un patient à partir de médicaments délivrés ou de diagnostics médicaux rapportés dans les données de facturations des médecins. La performance des scores de comorbidité fait cependant l'objet de controverses car elle semble varier de façon importante selon la population d'intérêt. Les objectifs de cette thèse étaient de développer, valider, et comparer les performances de deux scores de comorbidité (un qui prédit le décès et l’autre qui prédit l’institutionnalisation), développés à partir des banques de services pharmaceutiques de la Régie de l'assurance-maladie du Québec (RAMQ) pour leur utilisation dans la population âgée. Cette thèse vise également à déterminer si l'inclusion de caractéristiques non rapportées ou peu valides dans les banques de données administratives (caractéristiques socio-démographiques, troubles mentaux ou du sommeil), améliore la performance des scores de comorbidité dans la population âgée. Une étude cas-témoins intra-cohorte fut réalisée. La cohorte source consistait en un échantillon aléatoire de 87 389 personnes âgées vivant à domicile, répartie en une cohorte de développement (n=61 172; 70%) et une cohorte de validation (n=26 217; 30%). Les données ont été obtenues à partir des banques de données de la RAMQ. Pour être inclus dans l’étude, les sujets devaient être âgés de 66 ans et plus, et être membres du régime public d'assurance-médicaments du Québec entre le 1er janvier 2000 et le 31 décembre 2009. Les scores ont été développés à partir de la méthode du Framingham Heart Study, et leur performance évaluée par la c-statistique et l’aire sous les courbes « Receiver Operating Curves ». Pour le dernier objectif qui est de documenter l’impact de l’ajout de variables non-mesurées ou peu valides dans les banques de données au score de comorbidité développé, une étude de cohorte prospective (2005-2008) a été réalisée. La population à l'étude, de même que les données, sont issues de l'Étude sur la Santé des Aînés (n=1 494). Les variables d'intérêt incluaient statut marital, soutien social, présence de troubles de santé mentale ainsi que troubles du sommeil. Tel que décrit dans l'article 1, le Geriatric Comorbidity Score (GCS) basé sur le décès, a été développé et a présenté une bonne performance (c-statistique=0.75; IC95% 0.73-0.78). Cette performance s'est avérée supérieure à celle du Chronic Disease Score (CDS) lorsqu'appliqué dans la population à l'étude (c-statistique du CDS : 0.47; IC 95%: 0.45-0.49). Une revue de littérature exhaustive a montré que les facteurs associés au décès étaient très différents de ceux associés à l’institutionnalisation, justifiant ainsi le développement d'un score spécifique pour prédire le risque d'institutionnalisation. La performance de ce dernier s'est avérée non statistiquement différente de celle du score de décès (c-statistique institutionnalisation : 0.79 IC95% 0.77-0.81). L'inclusion de variables non rapportées dans les banques de données administratives n'a amélioré que de 11% la performance du score de décès; le statut marital et le soutien social ayant le plus contribué à l'amélioration observée. En conclusion, de cette thèse, sont issues trois contributions majeures. D'une part, il a été démontré que la performance des scores de comorbidité basés sur le décès dépend de la population cible, d'où l'intérêt du Geriatric Comorbidity Score, qui fut développé pour la population âgée vivant à domicile. D'autre part, les médicaments associés au risque d'institutionnalisation diffèrent de ceux associés au risque de décès dans la population âgé, justifiant ainsi le développement de deux scores distincts. Cependant, les performances des deux scores sont semblables. Enfin, les résultats indiquent que, dans la population âgée, l'absence de certaines caractéristiques ne compromet pas de façon importante la performance des scores de comorbidité déterminés à partir de banques de données d'ordonnances. Par conséquent, les scores de comorbidité demeurent un outil de recherche important pour les études observationnelles.

Distributed conditional computation

L'objectif de cette thèse est de présenter différentes applications du programme de recherche de calcul conditionnel distribué. On espère que ces applications, ainsi que la théorie présentée ici, mènera à une solution générale du problème d'intelligence artificielle, en particulier en ce qui a trait à la nécessité d'efficience. La vision du calcul conditionnel distribué consiste à accélérer l'évaluation et l'entraînement de modèles profonds, ce qui est très différent de l'objectif usuel d'améliorer sa capacité de généralisation et d'optimisation. Le travail présenté ici a des liens étroits avec les modèles de type mélange d'experts. Dans le chapitre 2, nous présentons un nouvel algorithme d'apprentissage profond qui utilise une forme simple d'apprentissage par renforcement sur un modèle d'arbre de décisions à base de réseau de neurones. Nous démontrons la nécessité d'une contrainte d'équilibre pour maintenir la distribution d'exemples aux experts uniforme et empêcher les monopoles. Pour rendre le calcul efficient, l'entrainement et l'évaluation sont contraints à être éparse en utilisant un routeur échantillonnant des experts d'une distribution multinomiale étant donné un exemple. Dans le chapitre 3, nous présentons un nouveau modèle profond constitué d'une représentation éparse divisée en segments d'experts. Un modèle de langue à base de réseau de neurones est construit à partir des transformations éparses entre ces segments. L'opération éparse par bloc est implémentée pour utilisation sur des cartes graphiques. Sa vitesse est comparée à deux opérations denses du même calibre pour démontrer le gain réel de calcul qui peut être obtenu. Un modèle profond utilisant des opérations éparses contrôlées par un routeur distinct des experts est entraîné sur un ensemble de données d'un milliard de mots. Un nouvel algorithme de partitionnement de données est appliqué sur un ensemble de mots pour hiérarchiser la couche de sortie d'un modèle de langage, la rendant ainsi beaucoup plus efficiente. Le travail présenté dans cette thèse est au centre de la vision de calcul conditionnel distribué émis par Yoshua Bengio. Elle tente d'appliquer la recherche dans le domaine des mélanges d'experts aux modèles profonds pour améliorer leur vitesse ainsi que leur capacité d'optimisation. Nous croyons que la théorie et les expériences de cette thèse sont une étape importante sur la voie du calcul conditionnel distribué car elle cadre bien le problème, surtout en ce qui concerne la compétitivité des systèmes d'experts.

Échantillonnage des distributions continues non uniformes en précision arbitraire et protocole pour l'échantillonnage exact distribué des distributions discrètes quantiques

La thèse est divisée principalement en deux parties. La première partie regroupe les chapitres 2 et 3. La deuxième partie regroupe les chapitres 4 et 5. La première partie concerne l'échantillonnage de distributions continues non uniformes garantissant un niveau fixe de précision. Knuth et Yao démontrèrent en 1976 comment échantillonner exactement n'importe quelle distribution discrète en n'ayant recours qu'à une source de bits non biaisés indépendants et identiquement distribués. La première partie de cette thèse généralise en quelque sorte la théorie de Knuth et Yao aux distributions continues non uniformes, une fois la précision fixée. Une borne inférieure ainsi que des bornes supérieures pour des algorithmes génériques comme l'inversion et la discrétisation figurent parmi les résultats de cette première partie. De plus, une nouvelle preuve simple du résultat principal de l'article original de Knuth et Yao figure parmi les résultats de cette thèse. La deuxième partie concerne la résolution d'un problème en théorie de la complexité de la communication, un problème qui naquit avec l'avènement de l'informatique quantique. Étant donné une distribution discrète paramétrée par un vecteur réel de dimension N et un réseau de N ordinateurs ayant accès à une source de bits non biaisés indépendants et identiquement distribués où chaque ordinateur possède un et un seul des N paramètres, un protocole distribué est établi afin d'échantillonner exactement ladite distribution.

T-Policy in Reliability and Inventory

In this thesis T-policy is implemented to the inventory system with random lead time and also repair in the reliability of k-out-of-n system. Inventory system may be considered as the system of keeping records of the amounts of commodities in stock. Reliability is defined as the ability of an entity to perform a required function under given conditions for a given time interval. It is measured by the probability that an entity E can perform a required function under given conditions for the time interval. In this thesis considered k-out-of-n system with repair and two modes of service under T-policy. In this case first server is available always and second server is activated on elapse of T time units. The lead time is exponentially distributed with parameter  and T is exponentially distributed with parameter  from the epoch at which it was inactivated after completion of repair of all failed units in the previous cycle, or the moment n-k failed units accumulate. The repaired units are assumed to be as good as new. In this study , three different situations, ie; cold system, warm system and hot system. A k-out-of-n system is called cold, warm or hot according as the functional units do not fail, fail at a lower rate or fail at the same rate when system is shown as that when it is up.

On Implementing Joins, Aggregates and Universal Quantifier in Temporal Databases using SQL Standards

A feasible way of implementing a temporal database is by mapping temporal data model onto a conventional data model followed by a commercial database management system. Even though extensions were proposed to standard SQL for supporting temporal databases, such proposals have not yet come across standardization processes. This paper attempts to implement database operators such as aggregates and universal quantifier for temporal databases, implemented on top of relational database systems, using currently available SQL standards.

Queueing Models with Vacations and Working Vacations

The thesis entitled “Queueing Models with Vacations and Working Vacations" consists of seven chapters including the introductory chapter. In chapters 2 to 7 we analyze different queueing models highlighting the role played by vacations and working vacations. The duration of vacation is exponentially distributed in all these models and multiple vacation policy is followed.In chapter 2 we discuss an M/M/2 queueing system with heterogeneous servers, one of which is always available while the other goes on vacation in the absence of customers waiting for service. Conditional stochastic decomposition of queue length is derived. An illustrative example is provided to study the effect of the input parameters on the system performance measures. Chapter 3 considers a similar setup as chapter 2. The model is analyzed in essentially the same way as in chapter 2 and a numerical example is provided to bring out the qualitative nature of the model. The MAP is a tractable class of point process which is in general nonrenewal. In spite of its versatility it is highly tractable as well. Phase type distributions are ideally suited for applying matrix analytic methods. In all the remaining chapters we assume the arrival process to be MAP and service process to be phase type. In chapter 4 we consider a MAP/PH/1 queue with working vacations. At a departure epoch, the server finding the system empty, takes a vacation. A customer arriving during a vacation will be served but at a lower rate.Chapter 5 discusses a MAP/PH/1 retrial queueing system with working vacations.In chapter 6 the setup of the model is similar to that of chapter 5. The signicant dierence in this model is that there is a nite buer for arrivals.Chapter 7 considers an MMAP(2)/PH/1 queueing model with a nite retrial group

Analysis of some Stochastic models in inventories and Queues

The thesis entitled Analysis of Some Stochastic Models in Inventories and Queues. This thesis is devoted to the study of some stochastic models in Inventories and Queues which are physically realizable, though complex. It contains a detailed analysis of the basic stochastic processes underlying these models. In this thesis, (s,S) inventory systems with nonidentically distributed interarrival demand times and random lead times, state dependent demands, varying ordering levels and perishable commodities with exponential life times have been studied. The queueing system of the type Ek/Ga,b/l with server vacations, service systems with single and batch services, queueing system with phase type arrival and service processes and finite capacity M/G/l queue when server going for vacation after serving a random number of customers are also analysed. The analogy between the queueing systems and inventory systems could be exploited in solving certain models. In vacation models, one important result is the stochastic decomposition property of the system size or waiting time. One can think of extending this to the transient case. In inventory theory, one can extend the present study to the case of multi-item, multi-echelon problems. The study of perishable inventory problem when the commodities have a general life time distribution would be a quite interesting problem. The analogy between the queueing systems and inventory systems could be exploited in solving certain models.

Information discovery in distributed systems - A novel concept based on modelling of information elements

This thesis attempts to investigate the problems associated with such schemes and suggests a software architecture, which is aimed towards achieving a meaningful discovery. Usage of information elements as a modelling base for efficient information discovery in distributed systems is demonstrated with the aid of a novel conceptual entity called infotron. The investigations are focused on distributed systems and their associated problems. The study was directed towards identifying suitable software architecture and incorporating the same in an environment where information growth is phenomenal and a proper mechanism for carrying out information discovery becomes feasible. An empirical study undertaken with the aid of an election database of constituencies distributed geographically, provided the insights required. This is manifested in the Election Counting and Reporting Software (ECRS) System. ECRS system is a software system, which is essentially distributed in nature designed to prepare reports to district administrators about the election counting process and to generate other miscellaneous statutory reports.

Channel Adaptive MAC Protocol with Traffic-Aware Distributed Power Management in Wireless Sensor Networks-Some Performance Issues

In Wireless Sensor Networks (WSN), neglecting the effects of varying channel quality can lead to an unnecessary wastage of precious battery resources and in turn can result in the rapid depletion of sensor energy and the partitioning of the network. Fairness is a critical issue when accessing a shared wireless channel and fair scheduling must be employed to provide the proper flow of information in a WSN. In this paper, we develop a channel adaptive MAC protocol with a traffic-aware dynamic power management algorithm for efficient packet scheduling and queuing in a sensor network, with time varying characteristics of the wireless channel also taken into consideration. The proposed protocol calculates a combined weight value based on the channel state and link quality. Then transmission is allowed only for those nodes with weights greater than a minimum quality threshold and nodes attempting to access the wireless medium with a low weight will be allowed to transmit only when their weight becomes high. This results in many poor quality nodes being deprived of transmission for a considerable amount of time. To avoid the buffer overflow and to achieve fairness for the poor quality nodes, we design a Load prediction algorithm. We also design a traffic aware dynamic power management scheme to minimize the energy consumption by continuously turning off the radio interface of all the unnecessary nodes that are not included in the routing path. By Simulation results, we show that our proposed protocol achieves a higher throughput and fairness besides reducing the delay

A model of Distributed Ayurvedic Diagnosis and Therapy System for Hridroga Using Agents

Diagnosis of Hridroga (cardiac disorders) in Ayurveda requires the combination of many different types of data, including personal details, patient symptoms, patient histories, general examination results, Ashtavidha pareeksha results etc. Computer-assisted decision support systems must be able to combine these data types into a seamless system. Intelligent agents, an approach that has been used chiefly in business applications, is used in medical diagnosis in this case. This paper is about a multi-agent system named “Distributed Ayurvedic Diagnosis and Therapy System for Hridroga using Agents” (DADTSHUA). It describes the architecture of the DADTSHUA model .This system is using mobile agents and ontology for passing data through the network. Due to this, transport delay can be minimized. It is a system which will be very helpful for the beginning physicians to eliminate his ambiguity in diagnosis and therapy. The system is implemented using Java Agent DEvelopment framework (JADE), which is a java-complaint mobile agent platform from TILab.

A Generic Software Architecture for a Domain Specific Distributed Embedded System

In this paper, we have evolved a generic software architecture for a domain specific distributed embedded system. The system under consideration belongs to the Command, Control and Communication systems domain. The systems in such domain have very long operational lifetime. The quality attributes of these systems are equally important as the functional requirements. The main guiding principle followed in this paper for evolving the software architecture has been functional independence of the modules. The quality attributes considered most important for the system are maintainability and modifiability. Architectural styles best suited for the functionally independent modules are proposed with focus on these quality attributes. The software architecture for the system is envisioned as a collection of architecture styles of the functionally independent modules identified