Prominent use of distal 5’ transcription start sites and discovery of a large number of additional exons in ENCODE regions

This report presents systematic empirical annotation of transcript products from 399 annotated protein-coding loci across the 1% of the human genome targeted by the Encyclopedia of DNA elements (ENCODE) pilot project using a combination of 5' rapid amplification of cDNA ends (RACE) and high-density resolution tiling arrays. We identified previously unannotated and often tissue- or cell-line-specific transcribed fragments (RACEfrags), both 5' distal to the annotated 5' terminus and internal to the annotated gene bounds for the vast majority (81.5%) of the tested genes. Half of the distal RACEfrags span large segments of genomic sequences away from the main portion of the coding transcript and often overlap with the upstream-annotated gene(s). Notably, at least 20% of the resultant novel transcripts have changes in their open reading frames (ORFs), most of them fusing ORFs of adjacent transcripts. A significant fraction of distal RACEfrags show expression levels comparable to those of known exons of the same locus, suggesting that they are not part of very minority splice forms. These results have significant implications concerning (1) our current understanding of the architecture of protein-coding genes; (2) our views on locations of regulatory regions in the genome; and (3) the interpretation of sequence polymorphisms mapping to regions hitherto considered to be "noncoding," ultimately relating to the identification of disease-related sequence alterations.

Bradykinin, but not muscarinic, inhibition of M-current in rat sympathetic ganglion neurons involves phospholipase C-β4

Rat superior cervical ganglion (SCG) neurons express low-threshold noninactivating M-type potassium channels (I-K(M)), which can be inhibited by activation of M-1 muscarinic receptors (M-1 mAChR) and bradykinin (BK) B-2 receptors. Inhibition by the M1 mAChR agonist oxotremorine methiodide (Oxo-M) is mediated, at least in part, by the pertussis toxin-insensitive G-protein G alpha (q) (Caulfield et al., 1994; Haley et al., 1998a), whereas BK inhibition involves G alpha (q) and/or G alpha (11) (Jones et al., 1995). G alpha (q) and G alpha (11) can stimulate phospholipase C-beta (PLC-beta), raising the possibility that PLC is involved in I-K(M) inhibition by Oxo-M and BK. RT-PCR and antibody staining confirmed the presence of PLC-beta1, - beta2, - beta3, and - beta4 in rat SCG. We have tested the role of two PLC isoforms (PLC-beta1 and PLC-beta4) using antisense-expression constructs. Antisense constructs, consisting of the cytomegalovirus promoter driving antisense cRNA corresponding to the 3'-untranslated regions of PLC-beta1 and PLC-beta4, were injected into the nucleus of dissociated SCG neurons. Injected cells showed reduced antibody staining for the relevant PLC-beta isoform when compared to uninjected cells 48 hr later. BK inhibition of I-K(M) was significantly reduced 48 hr after injection of the PLC-beta4, but not the PLC-beta1, antisense-encoding plasmid. Neither PLC-beta antisense altered M-1 mAChR inhibition by Oxo-M. These data support the conclusion of Cruzblanca et al. (1998) that BK, but not M-1 mAChR, inhibition of I-K(M) involves PLC and extends this finding by indicating that PLC-beta4 is involved.

Gene finding in the chicken genome

Background: Despite the continuous production of genome sequence for a number of organisms,reliable, comprehensive, and cost effective gene prediction remains problematic. This is particularlytrue for genomes for which there is not a large collection of known gene sequences, such as therecently published chicken genome. We used the chicken sequence to test comparative andhomology-based gene-finding methods followed by experimental validation as an effective genomeannotation method.Results: We performed experimental evaluation by RT-PCR of three different computational genefinders, Ensembl, SGP2 and TWINSCAN, applied to the chicken genome. A Venn diagram wascomputed and each component of it was evaluated. The results showed that de novo comparativemethods can identify up to about 700 chicken genes with no previous evidence of expression, andcan correctly extend about 40% of homology-based predictions at the 5' end.Conclusions: De novo comparative gene prediction followed by experimental verification iseffective at enhancing the annotation of the newly sequenced genomes provided by standardhomology-based methods.

Sources and propagation of international cycles: Common shocks or transmission?

This paper studies the generation and transmission of international cycles in a multi-country model with production and consumption interdependencies. Two sources of disturbance are considered and three channels of propagation are compared. In the short run the contemporaneous correlation of disturbances determines the main features of the transmission. In the medium run production interdependencies account for the transmission of technology shocks and consumption interdependencies account for the transmission of government shocks. Technology disturbances, which are mildly correlated across countries, are more successful than government expenditure disturbances in reproducing actual data. The model also accounts for the low cross country consumption correlations observed in the data.

Government consumption and private consumption correlations

This paper examines whether the introduction of government consumptionexpenditure in a standard one good model of the international real businesscycle is sufficient to reconcile the theory with the existing pattern ofinternational consumption and output correlations. I calibrate the model totwo different pairs of countries and generate the simulated distribution ofconsumption and output correlations implied by several specifications of themodel. It is shown that the model can account for existing internationalconsumption correlations only under very specific assumptions about the sizeof effect of government expenditure on agents' utility or the variabilityof government expenditure shocks. Crucial parameters are identified and thesensitivity of the results discussed.

Public and private saving and investment

We decompose aggregate saving and investment into its publicand private components and then document a variety of ``stylized facts''associated with saving and investment rates for a sample of15 countries over the period 1975--1989. In order to seewhether these empirical relationships are consistent with aworld of perfect capital mobility we develop a multi--countrymodel with free trade in a riskfree bond and calibrate it tothe fifteen OECD countries. We pay special attential tomodeling the fiscal policy rules. The model performsremarkably well in accounting for a wide variety of timeseries relationships. Nonetheless the model is not able to capture the crosssectional aspect of the data. In particular, the model cannot accountfor both the large cross country correlation between aggregate saving and investmentrates and the very negative cross country relationship between the public andprivate saving minus investment gaps.

Concurs de la Ciutat Judicial

Concurs de la Ciutat Judicial

Toposseqüências de Latossolos originados de rochas basálticas no Paraná: I - mineralogia da fração argila

Com o objetivo de estudar o efeito de diferentes posições do relevo e materiais de origem sobre as características mineralógicas da fração argila dos solos, foram estudadas duas toposseqüências de Latossolos (Latossolo Bruno ácrico LBw e Latossolo Vermelho distroférrico LVdf) no Estado do Paraná. A fração argila foi estudada por difratometria de raios X, análise termodiferencial, análise termogravimétrica diferencial e análises químicas. Os teores totais de Si, Al e Fe foram determinados após a digestão das amostras com água régia (mistura 3:1 de HCl 36 %: HNO3 68 %). Nos extratos resultantes da extração com oxalato de amônio ácido (OAA) e ditionito-citrato-bicarbonato (DCB), determinaram-se os teores de Fe e Al. O teor de Si no material de origem e a posição dos perfis na paisagem foram importantes na definição da mineralogia da fração argila. O LBw e o LVdf foram classificados como caulinítico/goethítico e gibbsítico/hematítico, respectivamente. Verificaram-se maiores teores de SiO2 total e de caulinita (Ct) (373,3 a 574,3 g kg-1) para o LBw nos horizontes mais profundos (Bw2) e nos perfis mais baixos na toposseqüência. A maior presença de água associada à drenagem limitada no perfil 4 do LBw (ponto mais baixo da toposseqüência) favoreceu os maiores teores de óxidos de Fe e Al de baixa cristalinidade (OAA) e os menores teores de Fe2O3 DCB (óxidos de Fe mais cristalinos). De maneira geral, não houve variação consistente nos valores dos atributos cristalográficos da hematita e goethita de acordo com a profundidade do solo e posição do perfil na toposseqüência. Os menores índices de cristalinidade da Ct foram verificados nas amostras do LVdf, associados ao maior teor de Fe total no solo (r = 0,79**). O menor crescimento da gibbsita [menor valor do diâmetro médio do cristal no domínio (110)] foi observado no perfil 4 do LBw (posição mais baixa da toposseqüência).

Toposseqüências de Latossolos originados de rochas basálticas no Paraná: II - relação entre mineralogia da fração argila e propriedades físicas dos solos

A estrutura do solo (tipo, tamanho e grau de desenvolvimento) define a porosidade total do solo e a distribuição relativa entre macro e microporos, sendo considerada uma das mais importantes propriedades do solo do ponto de vista agrícola. O objetivo deste estudo foi avaliar a influência da mineralogia da fração argila, incluindo as características cristalográficas dos minerais, sobre as propriedades físicas de duas classes de Latossolos provenientes de rochas basálticas, em diferentes posições no relevo (toposseqüência) no Estado do Paraná. Para tal, procedeu-se à descrição morfológica dos perfis, e as amostras dos horizontes Bw1 e Bw2 foram submetidas a análises físicas e micromorfológicas. A hematita (Hm), goethita (Gt) e Gibbsita (Gb) foram responsáveis pelo aumento na macroporosidade, porosidade total (PT) e pela redução na densidade do solo (Ds) para o Latossolo Bruno ácrico (LBw). Verificou-se influência oposta para a caulinita (Ct). As correlações entre os atributos físicos e os teores de Ct, Hm, Gt e Gb na fração argila não foram significativas para o Latossolo Vermelho distroférrico (LVdf). Aparentemente, os óxidos de Fe e Al de baixa cristalinidade foram mais importantes no incremento da macroporosidade e PT dos horizontes do LVdf. Com relação às características cristalográficas dos minerais da fração argila, para o LVdf, apenas os coeficientes de correlação entre o tamanho médio do cristal da Gb [DMC(110)] e a PT (correlação negativa) e a Ds (correlação positiva) foram significativos. Verificou-se comportamento semelhante para o diâmetro médio do cristal da Hm no domínio (104) para o LBw.

Nutrição mineral de mudas de eucalipto produzidas sob diferentes lâminas de irrigação e substratos

Este trabalho teve como objetivo avaliar os efeitos das lâminas brutas de irrigação na concentração de nutrientes de mudas de Eucalyptus grandis, produzidas em diferentes substratos. O experimento foi realizado na Camará - Mudas Florestais, em Ibaté, SP, e constituiu-se de um fatorial 5 x 4, sendo cinco lâminas brutas de irrigação diárias (6, 8, 10, 12 e 14 mm), aplicadas em diferentes horários (10, 13 e 16 h), e quatro substratos (FB - fibra de coco; CPV - casca de pinus e vermiculita; CATV - casca de pinus, carvão, turfa e vermiculita; e um MIX - 70 % de CPV e 30 % de FB). Foram determinadas os conteúdos dos nutrientes na parte aérea e no sistema radicular das mudas. Os resultados indicaram que houve influência das lâminas de irrigação e dos substratos no conteúdo dos nutrientes das mudas com maior acúmulo dos mesmos à medida que o fornecimento de água foi maior. As plantas crescidas nos substratos FB e CPV registraram os maiores acúmulos de nutrientes. CPV foi o melhor em se tratando do acúmulo dos macronutrientes nas raízes e também, juntamente com FB, o melhor para o acúmulo dos micronutrientes nas raízes e na parte aérea. Não houve influência dos substratos no acúmulo dos macronutrientes na parte aérea, porém houve das lâminas de irrigação.

Bibliometria da pesquisa brasileira em erosão acelerada do solo: instituições, temas, espaço e cronologia

Apesar do constante aumento na quantidade e diversidade de publicações acerca da erosão do solo no Brasil e no mundo, as grandes questões dessa ciência ainda não foram respondidas. Os possíveis motivos desse descompasso trazem à tona a necessidade de discutir o papel da pesquisa em erosão. A bibliometria permite uma visão abrangente da ciência, fornecendo perspectivas, contudo estudos que fazem uso dessas técnicas são escassos no mundo, bem como no Brasil. Os objetivos deste trabalho foram analisar as distribuições espacial, temporal, institucional e temática da pesquisa brasileira em erosão acelerada do solo a partir da divisão dos artigos em linhas temáticas e discutir a profundidade da abordagem das questões fundamentais em erosão. Para isso, 225 artigos de instituições brasileiras cujo tema central é a erosão do solo foram digitalizados, cadastrados em banco de dados e classificados em cinco linhas temáticas. Também foram produzidos mapas multitemporais a partir de ferramentas de geoprocessamento. A pesquisa brasileira em erosão, além de recente, está concentrada: (a) em poucas instituições, localizadas nas regiões Sul e Sudeste; e (b) em dois temas, centrados na Equação Universal de Perda de Solo e em comparações de manejos agrícolas quanto à perda de solo, com grande influência do nível de consolidação dos núcleos de pesquisa, que têm nesses dois temas centrais sua iniciação na pesquisa em erosão acelerada do solo.

The role of bradykinin B(1) and B(2) receptors for secondary brain damage after traumatic brain injury in mice.

Inflammatory mechanisms are known to contribute to the pathophysiology of traumatic brain injury (TBI). Since bradykinin is one of the first mediators activated during inflammation, we investigated the role of bradykinin and its receptors in posttraumatic secondary brain damage. We subjected wild-type (WT), B(1)-, and B(2)-receptor-knockout mice to controlled cortical impact (CCI) and analyzed tissue bradykinin as well as kinin receptor mRNA and protein expression up to 48 h thereafter. Brain edema, contusion volume, and functional outcome were assessed 24 h and 7 days after CCI. Tissue bradykinin was maximally increased 2 h after trauma (P<0.01 versus sham). Kinin B(1) receptor mRNA was upregulated up to four-fold 24 h after CCI. Immunohistochemistry showed that B(1) and B(2) receptors were expressed in the brain and were significantly upregulated in the traumatic penumbra 1 to 24 h after CCI. B(2)R(-/-) mice had significantly less brain edema (-51% versus WT, 24 h; P<0.001), smaller contusion volumes ( approximately 50% versus WT 24 h and 7 d after CCI; P<0.05), and better functional outcome 7 days after TBI as compared with WT mice (P<0.05). The present results show that bradykinin and its B(2) receptors play a causal role for brain edema formation and cell death after TBI.