Structural variation and its effect on expression.

Structural variation, whether it is caused by copy number variants or present in a balanced form, such as reciprocal translocations and inversions, can have a profound and dramatic effect on the expression of genes mapping within and close to the rearrangement, as well as affecting others genome wide. These effects can be caused by altering the copy number of one or more genes or regulatory elements (dosage effect) or from physical disruption of links between regulatory elements and their associated gene or genes, resulting in perturbation of expression. Similarly, large-scale structural variants can result in genome-wide expression changes by altering the positions that chromosomes occupy within the nucleus, potentially disrupting not only local cis interactions, but also trans interactions that occur throughout the genome. Structural variation is, therefore, a significant factor in the study of gene expression and is discussed here in more detail.

Metanálise bayesiana de parâmetros genéticos para características de crescimento em bovinos de corte

Foi conduzida uma metanálise, sob enfoque bayesiano, em um conjunto de estimativas de herdabilidade, para características de crescimento em bovinos de corte de raças indianas, com 869 estimativas de herdabilidade de efeito direto, 186 estimativas de herdabilidade de efeito materno e 123 estimativas do coeficiente de correlação genética entre os efeitos direto e materno. A construção e o desenvolvimento de um modelo hierárquico possibilitam a obtenção de estimativas combinadas de herdabilidade para as características peso ao nascimento, peso ao desmame, peso aos 365 dias e peso aos 550 dias, cujos valores são, respectivamente: 0,31, 0,24, 0,28 e 0,33 para efeitos diretos; 0,09, 0,13, 0,12 e 0,05 para efeitos maternos; e -0,16, -0,16, -0,20 e -0,16 para as correlações entre esses efeitos. A metanálise conduzida sob enfoque bayesiano mostrou-se bastante adequada, uma vez que um modelo hierárquico considera as variâncias dentro e entre os estudos, e sua implementação e condução são facilitadas em virtude, principalmente, do avanço conseguido na área computacional.

Collection de copies de pièces sur l'histoire de France, formée par François DE CAMPS, abbé de Signy (1723). II PROVINCES. 57 Lyon et Lyonnais.

« De la souveraineté des rois de France sur la ville et le comté de Lion » (fol. 2, 93, 120) : pièces justificatives, 942-1320 (132, 183). — Lettre critique sur l'Histoire civile ou consulaire de la ville de Lyon du P. Menestrier (90). — Primatie de Lyon (186). Extraits « ex cartulario episcopatus Diensis, quod est conventus fratrum Minimorum Parisiensium, » 1158-1229 (193). Diplômes de l'empereur Frédéric II, copies extraites des archives du Domaine royal en Languedoc, arm. B (196). Inventaire des chartes du Trésor relatives au Lyonnais (218).

Recueil d'actes intéressant la sénéchaussée de Beaucaire, de saint Louis à Philippe de Valois ; poème sur le comput .

Contient au f. 23 un poème sur le comput : L'escriptura mostra per ver, Que Dieus dona sen e saber [...]. Récolé le 8 mai 1877.

Derivation and validation of a prognostic model for pulmonary embolism.

RATIONALE: An objective and simple prognostic model for patients with pulmonary embolism could be helpful in guiding initial intensity of treatment. OBJECTIVES: To develop a clinical prediction rule that accurately classifies patients with pulmonary embolism into categories of increasing risk of mortality and other adverse medical outcomes. METHODS: We randomly allocated 15,531 inpatient discharges with pulmonary embolism from 186 Pennsylvania hospitals to derivation (67%) and internal validation (33%) samples. We derived our prediction rule using logistic regression with 30-day mortality as the primary outcome, and patient demographic and clinical data routinely available at presentation as potential predictor variables. We externally validated the rule in 221 inpatients with pulmonary embolism from Switzerland and France. MEASUREMENTS: We compared mortality and nonfatal adverse medical outcomes across the derivation and two validation samples. MAIN RESULTS: The prediction rule is based on 11 simple patient characteristics that were independently associated with mortality and stratifies patients with pulmonary embolism into five severity classes, with 30-day mortality rates of 0-1.6% in class I, 1.7-3.5% in class II, 3.2-7.1% in class III, 4.0-11.4% in class IV, and 10.0-24.5% in class V across the derivation and validation samples. Inpatient death and nonfatal complications were <or= 1.1% among patients in class I and <or= 1.9% among patients in class II. CONCLUSIONS: Our rule accurately classifies patients with pulmonary embolism into classes of increasing risk of mortality and other adverse medical outcomes. Further validation of the rule is important before its implementation as a decision aid to guide the initial management of patients with pulmonary embolism.

Produção e qualidade dos frutos da goiabeira 'Pedro Sato' submetida a diferentes épocas de poda

O objetivo deste trabalho foi verificar a possibilidade de produção de goiaba de boa qualidade comercial, em diferentes épocas do ano, de acordo com podas realizadas em setembro e dezembro de 2003, março e junho de 2004. Utilizaram-se goiabeiras, cultivar Pedro Sato, com os ramos podados a 30 cm da base, sem desfolhamento, com quatro anos de idade, em delineamento de blocos ao acaso. Avaliaram-se: número de frutos produzidos, produção por planta, firmeza, sólidos solúveis (SS), acidez titulável (AT), relação SS/AT, pH e açúcares solúveis totais. Observou-se que as épocas de poda afetaram de maneira expressiva as características avaliadas. A produção de frutos por planta variou de 269,8 a 500,8 e foi inversamente proporcional ao peso dos frutos (186,9 a 205,5 g). A produção foi entre 55,5 e 93,6 kg por planta. O período de poda também influenciou as características físico-químicas dos frutos, mas não afetou a firmeza. É possível a produção de frutos de boa qualidade ao longo de nove meses do ano, com o manejo das podas.

Diversidade genética de Litopenaeus vannamei cultivado na Bahia

O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de estoques comerciais do camarão Litopenaeus vannamei, por meio de marcadores RAPD e diferentes métodos estatísticos de análises, em Canavieiras, BA. Vinte primers foram utilizados para a obtenção de 59 marcadores polimórficos. A análise com o programa AMOVA evidenciou diferenciação genética significativa entre os estoques, com fiST = 0,186 (p<0,001). Entretanto, as análises obtidas com o programa HICKORY sugeriram não existir estruturação (q b ou = 0,002), mas considerável taxa de endogamia dentro dos estoques, em razão, provavelmente, do cruzamento entre indivíduos geneticamente mais similares (f = 0,729). Testes com bootstrap mostraram 48 como o número mínimo de marcadores RAPD adequados para estudos de variabilidade genética nessa espécie. Pelo dendrograma, gerado a partir da matriz de similaridade de Jaccard (Sj), observou-se que nos três estoques comerciais estudados existem animais geneticamente distintos.

Per "una ricognizione nel retrobottega" : Meneghello alla luce del suo archivio, tra storia delle carte e indagine filologica

Il lungo e complesso itinerario narrativo di Luigi Meneghello è ben rappresentato dalle migliaia di documenti che compongono il suo Archivio, oggi conservati in varie sedi pubbliche: il Centro Manoscritti dell'Università di Pavia (che ha acquisito la parte più abbondante e notevole delle carte, a partire dal 1983 e grazie soprattutto al lungimirante intervento di Maria Corti) la Biblioteca dell'Università di Reading, il Museo Casabianca di Malo e l''Archivio di Scrittori Vicentini della Biblioteca Civica Bertoliana di Vicenza. Il presente lavoro è il frutto di una ricerca che si è sviluppata in due direzioni strettamente interrelate: la prima parte, di taglio storico-archivistico, riguarda il Fondo Meneghello di Pavia, anche in relazione all'intero Archivio dello scrittore; la seconda parte analizza filologicamente e criticamente il caso specifico della genesi di una delle sue opere maggiori, Pomo pero (Rizzoli, 1974), rivelando e indagando una fitta rete di connessioni nell'intera produzione narrativa. Più nel dettaglio, nel primo capitolo del lavoro (L'ARCHIVIO DI LUIGI MENEGHELLO, pp. 1-92) ho cercato di delineare il quadro complessivo dell'Archivio, segnalando i dati dei diversi Fondi sparsi, per poi concentrare l'attenzione sul Fondo pavese. Di questo Fondo ho tracciato brevemente la storia, fornendo un quadro molto dettagliato delle carte conservate, carte che ho provveduto integralmente a catalogare. La schedatura si trova alle pp. 29-92 ed è divisa in due sezioni: la prima è relativa ai materiali donati dall'autore in vita (a partire dal 1983/4 sino al 2001, per un totale di 36000 documenti); la seconda comprende i conferimenti postumi. Alle pp. 29-33 della tesi ho chiarito preliminarmente i criteri di ordinamento adottati, in gran parte dedotti dalle indicazioni e dalle linee guida del progetto Archivi Letterari Lombardi del Novecento, a cura di Simone Albonico. Il secondo capitolo (UN CASO DI FILOLOGIA D'ARCHIVIO: LA GENESI DI POMO PERO, pp. 93-166) si occupa dell'elaborata vicenda compositiva di Pomo pero, terzo romanzo, e altro scomparto dell'epopea maladense che segue al primo Libera nos a malo, ma anche se ne differenzia per tratti e tonalità non irrilevanti (in Appendice si fornisce trascrizione del testo con indici topografici e cronologici). Ho cercato di seguirne per tappe la formazione alla luce delle numerose testimonianze dell'Archivio, partendo dai primi materiali ancora rintracciabili tra le carte di Libera nos a malo, e individuando progressivamente il filo intricato dell'elaborazione testuale, tra frequenti intrecci con le altre opere e continui ripensamenti e rielaborazioni, dunque in un percorso complessivo che dal 1962 (dunque a monte dell'uscita di Libera nos a malo) va sino al 1974, a ridosso della stampa. Sono emersi anche progetti totalmente sconosciuti di testi inediti, collocabili nel fertile periodo della metà degli anni Sessanta, che conducono alla suggestiva ipotesi di un "cantiere unico" di elaborazione testuale (cfr. cap. III «CONCLUSIONI PROVVISORIE». TRA I PROGETTI DEGLI ANNI SESSANTA; L'ESPEDIENTE DEL FRATELLO; L'IPOTESI DEL CANTIERE UNICO, pp. 167-186).

Combined effects of endurance training and dietary unsaturated fatty acids on physical performance, fat oxidation and insulin sensitivity.

Endurance training improves exercise performance and insulin sensitivity, and these effects may be in part mediated by an enhanced fat oxidation. Since n-3 and n-9 unsaturated fatty acids may also increase fat oxidation, we hypothesised that a diet enriched in these fatty acids may enhance the effects of endurance training on exercise performance, insulin sensitivity and fat oxidation. To assess this hypothesis, sixteen normal-weight sedentary male subjects were randomly assigned to an isoenergetic diet enriched with fish and olive oils (unsaturated fatty acid group (UFA): 52 % carbohydrates, 34 % fat (12 % SFA, 12 % MUFA, 5 % PUFA), 14 % protein), or a control diet (control group (CON): 62 % carbohydrates, 24 % fat (12 % SFA, 6 % MUFA, 2 % PUFA), 14 % protein) and underwent a 10 d gradual endurance training protocol. Exercise performance was evaluated by measuring VO2max and the time to exhaustion during a cycling exercise at 80 % VO2max; glucose homeostasis was assessed after ingestion of a test meal. Fat oxidation was assessed by indirect calorimetry at rest and during an exercise at 50 % VO2max. Training significantly increased time to exhaustion, but not VO2max, and lowered incremental insulin area under the curve after the test meal, indicating improved insulin sensitivity. Those effects were, however, of similar magnitude in UFA and CON. Fat oxidation tended to increase in UFA, but not in CON. This difference was, however, not significant. It is concluded that a diet enriched with fish- and olive oil does not substantially enhance the effects of a short-term endurance training protocol in healthy young subjects.

A comparison of alpha and gamma spectrometry for environmental natural radioactivity surveys.

An alpha-spectrometry, using automated borate fusion and sequential extraction and exchange chromatography, was used to determine the uranium and thorium based on environmental radioactivity of 20 soil samples. The same set of the samples was analysed using gamma-spectrometry with an HPGe detector. The two data sets were checked for coherence using Z-score and chi2 statistical tests. We show that gamma-spectrometry is a valid alternative to time-consuming alpha-spectrometry for the determination of natural uranium and thorium activity in soil (activity range: 12.5-58.2 Bq/kg). The measured activities were compared with the theoretical activities to ensure secular equilibrium in the 238U and 232Th series. For 226Ra, a special study was made on deconvolution of the 186 keV multiplet with the Levenberg-Marquardt algorithm. Finally, the combined use of Z-score and chi2-tests was found to be a powerful tool for comparing the results obtained with two different methods.