Cloning and sequencing of CATR1.3, a human gene associated with tumorigenic conversion.

The human squamous cell carcinoma cell line SCC83-01-82 (SCC) contains mutations in both the H-ras and p53 genes, but it exhibits a nontumorigenic phenotype in nude mice. This cell line can be converted into a cell line with a tumorigenic phenotype, SCC83-01-82CA (CA), by treatment with the mutagen methyl methanesulfonate (MMS). This indicates that additional genetic events leading to expression of a cooperating tumor susceptibility gene(s) may be required for tumorigenicity. To identify the cooperating gene(s), an expression cDNA library was made from tumorigenic Ca cells. The library DNA was transfected into nontumorigenic SCC cells and the transfected SCC cells were then injected into nude mice for the selection of a tumorigenic phenotype. Tumors developed in 3 of the 18 mice after injection. Several new cell lines were established from these transfected cell-induced tumors and designated as CATR cells. Tumor histology and karyotype analysis of these cells indicated that they were of human epithelial cell origin. All the CATR cells have the library vector sequence integrated in their genome. Cell line CATR1 expressed a single message from the integrated library representing a 1.3-kb cDNA insert that was absent from untransfected SCC cells or MMS-converted CA cells. This 1.3-kb cDNA insert was cloned by PCR amplification of reverse-transcribed CATR1 total RNA and was designated CATR1.3. The nucleotide sequence of CATR1.3 encodes a peptide of 79 amino acids, has a long 3' untranslated region, and represents an unknown gene product that was associated with the tumorigenic conversion due to the transfected expression library.

Rapid mass spectrometric peptide sequencing and mass matching for characterization of human melanoma proteins isolated by two-dimensional PAGE.

We report a general mass spectrometric approach for the rapid identification and characterization of proteins isolated by preparative two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis. This method possesses the inherent power to detect and structurally characterize covalent modifications. Absolute sensitivities of matrix-assisted laser desorption ionization and high-energy collision-induced dissociation tandem mass spectrometry are exploited to determine the mass and sequence of subpicomole sample quantities of tryptic peptides. These data permit mass matching and sequence homology searching of computerized peptide mass and protein sequence data bases for known proteins and design of oligonucleotide probes for cloning unknown proteins. We have identified 11 proteins in lysates of human A375 melanoma cells, including: alpha-enolase, cytokeratin, stathmin, protein disulfide isomerase, tropomyosin, Cu/Zn superoxide dismutase, nucleoside diphosphate kinase A, galaptin, and triosephosphate isomerase. We have characterized several posttranslational modifications and chemical modifications that may result from electrophoresis or subsequent sample processing steps. Detection of comigrating and covalently modified proteins illustrates the necessity of peptide sequencing and the advantages of tandem mass spectrometry to reliably and unambiguously establish the identity of each protein. This technology paves the way for studies of cell-type dependent gene expression and studies of large suites of cellular proteins with unprecedented speed and rigor to provide information complementary to the ongoing Human Genome Project.

Fluorescence energy transfer dye-labeled primers for DNA sequencing and analysis.

Fluorescent dye-labeled DNA primers have been developed that exploit fluorescence energy transfer (ET) to optimize the absorption and emission properties of the label. These primers carry a fluorescein derivative at the 5' end as a common donor and other fluorescein and rhodamine derivatives attached to a modified thymidine residue within the primer sequence as acceptors. Adjustment of the donor-acceptor spacing through the placement of the modified thymidine in the primer sequence allowed generation of four primers, all having strong absorption at a common excitation wavelength (488 nm) and fluorescence emission maxima of 525, 555, 580, and 605 nm. The ET efficiency of these primers ranges from 65% to 97%, and they exhibit similar electrophoretic mobilities by gel electrophoresis. With argon-ion laser excitation, the fluorescence of the ET primers and of the DNA sequencing fragments generated with ET primers is 2- to 6-fold greater than that of the corresponding primers or fragments labeled with single dyes. The higher fluorescence intensity of the ET primers allows DNA sequencing with one-fourth of the DNA template typically required when using T7 DNA polymerase. With single-stranded M13mp18 DNA as the template, a typical sequencing reaction with ET primers on a commercial sequencer provided DNA sequences with 99.8% accuracy in the first 500 bases. ET primers should be generally useful in the development of other multiplex DNA sequencing and analysis methods.

Avaliação do crescimento de Ankistrodesmus braunii em reator tubular empregando diferentes concentrações de nitrato em diferentes condições de cultivo

Microalgas são organismos unicelulares, eucariontes, fotossintetizantes e eficientes fixadores de gás carbônico que apresentam grande potencial para produção de ácidos graxos além de pigmentos, como os carotenóides e a clorofila, de interesse nas indústrias de alimentos, química, farmacêutica e de cosméticos. Dentre as microalgas, o microrganismo Ankistrodesmus braunii vem sendo citado como capaz de produzir grandes quantidades de lipídios, podendo corresponder a até 73% de sua massa seca, com produção de ácidos graxos insaturados, como o ácido linolênico. Esse microrganismo se destaca do ponto de vista industrial por poder ser conduzido em reatores e em meios de cultivo complexos. As fontes de nitrogênio, as concentrações empregadas destes nutrientes, bem como o tipo de processo de cultivo interferem na composição de biomassas fotossintetizantes. O uso de reatores tubulares tem sido estudado e tem se apresentado interessante por permitir a obtenção de altas concentrações celulares. Nesse sentido, este trabalho teve a finalidade de estudar o crescimento de Ankistrodesmus braunii em reator tubular com uso de diferentes quantidades de nitrato de sódio por processos descontínuo, descontínuo alimentado e semi-contínuo. Nos cultivos descontínuos, a máxima concentração celular (Xm) encontrada foi de 1588 ± 11 mg.L-1 com uso de 20 mM de NaNO3. O uso do processo descontínuo alimentado, o qual teve adição de 20 mM de NaNO3 feito num intervalo a cada 48 horas sendo iniciada a adição no primeiro dia, permitiu a obtenção de Xm = 2753 ± 7 mg.L-1; porém não foi possível eliminar a fase lag do cultivo, levando a uma produtividade em células (Px) de 351 ± 1 mg.L-1.dia-1. O processo semi-contínuo foi eficiente para eliminar a fase lag do cultivo, permitindo a obtenção de Xm = 2399 ± 5 mg.L-1 e um aumento de até 50% em Px, que chegou a valores de 525 ± 1 mg.L-1.dia-1 em cultivos com uso de 20 mM de NaNO3. Nesta condição os teores de proteínas e lipídios nas biomassas foram de 34,8 ± 0,2% e 38,6 ± 0,2%, respectivamente. Foi observado que, independentemente do tipo de processo empregado, há um decréscimo do valor do fator de conversão de nitrogênio em células (YX/N) com o aumento da adição de NaNO3. O maior valor de YX/N foi obtido no experimento com processo semi-contínuo e uso de 2 mM de NaNO3 no meio de cultivo, com valor médio de 29,1 ± 0,1 mg mg-1 ao final do segundo ciclo. Porém, nesta condição, o teor de proteínas da biomassa foi de 17,3 ± 0,4%. Já os maiores valores de YX/N encontrados nos processos descontínuo e descontínuo alimentado foram, respectivamente, de 22,5 ± 1,6 e 7,1 ± 0,1 mg mg-1. Os resultados obtidos neste trabalho evidenciam o potencial de Ankistrodesmus braunii como fonte de proteínas e lipídios para uso industrial.

Produção de biohidrogênio a partir de soro de leite em AnSBBR com recirculação da fase líquida

O presente estudo investigou a aplicação de dois tipos de AnSBBR (reatores anaeróbio com biofilme e operados em batelada e batelada alimentada sequenciais: com recirculação da fase líquida e com agitação) para produção de biohidrogênio tratando água residuária sintética (a base de soro de leite e lactose, respectivamente). O AnSBBR com recirculação da fase líquida, que foi o estudo principal do presente trabalho, apresentou problemas na produção de hidrogênio utilizando soro de leite como substrato. Algumas alternativas, como adaptação da biomassa com substratos puros de degradação mais fácil, controle do pH em valores muito baixos e diferentes formas de inoculação foram testadas, entretanto, sem obtenção de sucesso. A solução do problema foi obtida ao refrigerar o meio de alimentação a 4ºC para evitar a fermentação no frasco de armazenamento, retirar a ureia e a suplementação de nutrientes, e realizar lavagens periódicas do material suporte para retirada de parte da biomassa. Dessa forma eliminaram-se indícios de produção de H2S por possível ação de bactérias redutoras de sulfato (BRS) e atingiu-se uma produção estável de hidrogênio sem, entretanto, eliminar completamento o metano, que foi produzido em baixas concentrações. Depois de atingida a estabilidade, investigou-se a influência da concentração afluente de substrato, do tempo de enchimento e da temperatura na produção de biohidrogênio no AnSBBR com recirculação da fase líquida tratando soro de leite. O estudo da concentração afluente apresentou um ponto ótimo para a concentração de 5400 mgDQO.L-1, atingindo valores de 0,80 mol H2.mol-1 lactose e de 660 mL H2.L-1.d-1. O estudo do tempo de enchimento apresentou resultados similares para as condições analisadas. Com relação à temperatura, os melhores resultados foram obtidos com a temperatura mais baixa testada de 15ºC (1,12 mol H2.mol lactose-1 e 1080 mL H2.L-1.d-1), sendo que na temperatura mais alta testada (45°C) não ocorreu produção de hidrogênio. Para o AnSBBR com agitação mecânica, que foi um estudado complementar realizado pelo fato da lactose ser o principal complemento do soro de leite, o desempenho do biorreator foi avaliado de acordo com influência conjunta do tempo de ciclo (tC – 2, 3 e 4 h), da concentração afluente (CSTA – 3600-5400 mgDQO.L-1) e da carga orgânica volumétrica aplicada (COAV – 9,3, 12,3, 13,9, 18,5 e 27,8 mgDQO.L-1.d-1). Foram obtidos excelentes resultados: consumos de carboidratos (lactose), com valores médios sempre acima de 90% e uma produção estável de biohidrogênio em todas as condições estudadas, com metano em baixas concentrações apenas na condição de maior COAV. A diminuição do tC apresentou tendência clara de melhora sobre o RMCRC,n (rendimento molar entre hidrogênio produzido e carboidrato removido) apenas para as condições com menor concentração CSTA, havendo uma relação direta entre CSTA, e RMCRC,n em todos os valores de tC, exceto para o tempo de ciclo de 3 h, exatamente onde ocorreu produção de metano. O melhor valor de RMCRC,n obtido na operação com lactose (1,65 mol H2.mol Carboidrato-1) foi superior aos obtidos em outros trabalhos utilizando a mesma configuração de reator e sacarose como substrato. As análises filogenéticas mostraram que a maioria dos clones analisados foi semelhante à Clostridium. Além destes, clones filogeneticamente semelhantes com a Família Lactobacilaceae, especificamente Lactobacillus rhamnosus foram observados em menor porcentagem no reator, assim como clones com sequências semelhantes a Acetobacter indonesiensis.

Degradação anaeróbia de fenol sob diferentes condições nutricionais

A tecnologia anaeróbia tem sido utilizada com sucesso no tratamento de água residuária contendo compostos fenólicos. Recentes pesquisas incluem tais compostos entre aqueles que podem ser degradados através desse processo. O objetivo desse trabalho foi avaliar a degradação do fenol em diferentes condições nutricionais, com ênfase na redução do sulfato. Os experimentos foram realizados com meio de cultura específico para esses microrganismos anaeróbios. Foram realizados ensaios de degradação em reatores em batelada alimentados nas seguintes condições: (1) fenol e sulfato, a diferentes concentrações, com inóculo previamente enriquecido; (2) fenol, sulfato e co-substratos e; (3) fenol, sulfato e extrato de levedura. Todos os ensaios foram realizados em temperatura de 30 graus Celsius, sob agitação de 150 rpm. Foi avaliado o consumo de fenol e sulfato e, produção de metano, em função do tempo, para diferentes concentrações iniciais de fenol e sulfato. Nos ensaios com reatores alimentados com fenol (329,3 mg/l); fenol (307,3 mg/l) e sulfato (160 mg/l); fenol (322.3 mg/l), sulfato (160 mg/l) e lactato (478,16 mg/l); fenol (332,1 mg/l), sulfato (150 mg/l) e etanol (129,76 mg/l), a remoção foi de, respectivamente, 99,8%, 98,2%, 98,8% e 98,8%. Os reatores alimentados com fenol (239,7 mg/l) obtiveram 100% de eficiência na degradação em apenas 11 dias e, os reatores alimentados com fenol (234,3 mg/l) e sulfato (162,5 mg/l) e fenol (256,0 mg/l) e sulfato (500 mg/l) tiveram eficiências de degradação de, respectivamente, 98,8% e 99,3% com 17 dias de operação. Tais eficiências foram obtidas pelo acréscimo de extrato de levedura nos reatores, no início dos ensaios. A caracterização morfológica foi realizada através de microscopia óptica. A diversidade microbiana referente aos Domínios Bacteria e Archaea, além do grupo de bactérias redutoras de sulfato foi avaliada através da técnica de PCR DGGE, onde foram observadas alterações nas populações microbianas, em função das condições nutricionais. Para o Domínio Archaea não foram observadas diferenças nos ensaios realizados. Para o Domínio Bacteria e Grupo das BRS essas diferenças foram, mais facilmente, percebidas com relação ao inóculo e entre os diversos reatores. A alteração na diversidade microbiana pode ter sido decorrente da composição do meio que, nesse caso, foi específico para BRS e a composição do inóculo que continha parte previamente adaptada às BRS. Essas condições adequadas puderam propiciar surgimento e desenvolvimento de populações microbianas capazes de degradar fenol, utilizando sulfato.

Chemical Reactors. Problem 1: A simple ODE (chaos in the atmosphere) (2011-2012 Course)

Wording of problem 1: A simple ODE (chaos in the atmosphere).

Chemical Reactors. Problem 3: Isothermal plug flow reactor with multiple reactions (2011-2012 Course)

Wording of problem 3: Isothermal plug flow reactor with multiple reactions.