Magnetic, thermal and spectral characterization of 2,4-dimethoxybenzoates of Mn(II), Co(II) and Cu(II)

2,4 - Dimethoxybenzoates of Mn(II), Co(II) and Cu(II) have been synthesized as hydrated or anyhydrous polycrystalline solids and characterized by elemental analysis, IR spectroscopy, magnetic studies and X-ray diffraction measurements. They possess the following colours: Mn(II) - white, Co(II) - pink and Cu(II) - blue. The carboxylate groups bind as monodentate, or a symmetrical bidentate bridging ligands and tridentate. The thermal stabilities were determined in air at 293-1173K. When heated the hydrated complexes dehydrate to from anhydous salts which are decomposed to the oxides of respective metals. The magnetic susceptibilites of the 2,4-dimethoxybenzoates were measured over the range 76-303 K and their magnetic moments were calculated. The results reveal the complexes of Mn(II), Co(II) to be high-spin complexes and that of Cu(II) to form dimer.

The physico-chemical properties of 4-chlorophenoxyacetates of Mn(II), Co(II), Ni(II) and Cu(II)

The complexes of 4-chlorophenoxyacetates of Mn(II), Co(II), Ni(II) and Cu(II) have been synthesized as polycrystalline solids, and characterized by elemental analysis, spectroscopy, magnetic studies and also by X-ray diffraction and thermogravimetric measurements. The analysed complexes have the following colours: pink for Co(II), green for Ni(II), blue for Cu(II) and a pale pink for Mn(II) compounds. The carboxylate group binds as monodentate and bidentate ligands. On heating to 1173K in air the complexes decompose in several steps. At first, they dehydrate in one step to anhydrous salts, that next decompose to the oxides of respective metals. Their magnetic moments were determined in the range of 76-303K. The results reveal them to be high-spin complexes of weak ligand fields.

Comparison of some properties of 2,3 - and 3,4 - dimethoxybenzoates of Cu(II), Co(II) and Nd(III)

The physicochemical properties of 2,4-, and 3,4- dimethoxybenzoates of Cu(II), Co(II) and Nd(III) were studied and compared to observe the -OCH3 substituent positions in benzene ring on the character of complexes. The analysed compounds are crystalline hydrated or anhydrous salts with colours depending on the kind of central ions: blue for Cu(II), pink for Co(II) and violet for Nd(III) complexes. The carboxylate groups bind as monodentate, bidentate bridging or chelating and even tridentate ligands. Their thermal stabilities were studied in air at 293-1173K. When heated the hydrated complexes release the water molecules and form anhydrous compounds which are then decomposed to the oxides of respective metals. Their magnetic moment values were determined in the range of 76-303K. The results reveal the compounds of Nd(III) and Co(II) to be the high-spin and that of Cu(II) forms dimer. The various positions of -OCH3 groups in benzene ring influence some of physicochemical properties of analysed compounds.

Polarographic study and electrode kinetics of [Zn(II) - antibiotics - cephaloglycin] system vis a vis kinetics of electrode reactions

Electrode kinetics and complex formation of Zn(II) using doxycycline, chlortetracycline, oxytetracycline, tetracycline, minocycline, amoxicillin, chloramphenicol and cephaloglycin were reported at pH = 7.30 ± 0.01 in = 1.0 molL-1 NaClO4 used as supporting electrolyte at 25.0°C. Kinetic parameters viz. transfer coefficient (α), degree of irreversibility (λ) and rate constant (k) were determined. The study showed that 'Transition state' behaves between reactant (O) and product (R) response to applied potential. The stability constants varied from 2.14 to 10.31 showing that these drugs or their complexes could be used against Zn toxicity.

Synthesis and magnetic studies of copper(II)-lanthanide(III) 5-bromosalicylideneglycylglycine

The physico-chemical properties of the new 3d-4f heteronuclear complexes with general formula LnCu3(C11H8N2 O4Br)3·13H2O (where Ln = Pr, Eu, Gd, Tb, Er, Yb and H3(C11H8N2 O4Br) - 5-bromosalicylideneglycylglycine) were studied. The compounds were characterized by elemental, spectral and thermal analyses and magnetic measurements. The formation of Schiff base is evidenced by a strong band at ca. 1646-1650 cm-1 attributable to C=N stretching mode. The presence of water molecules is confirmed by broad absorptions with maximum at 3360 - 3368 cm-1. The Cu(II)-Ln(III) complexes are stable up to ca. 318 K. During dehydration process the water molecules are lost probably in two stages. The magnetic susceptibility data for these complexes change with temperature according to the Curie-Weiss law.

Direct and simultaneous spectrophotometric determination of Ni (II) and Co (II) using diethanoldithiocarbamate as complexing agent

A direct spectrophotometric method for simultaneous determination of Co(II) and Ni(II), with diethanoldithiocarbamate (DEDC) as complexing agent, is proposed using the maximum absorption at 360 and 638 nm (Co(II)/DEDC) and 390 nm (Ni/DEDC). Adjusting the best metal/ligand ratio, supporting eletrolite, pH, and time of analysis, linear analytical curves from 1.0 10-6-4.0 10-4 for Co(II) in the presence of Ni 1.0 10-6-1.0 10-4 mol L-1 were observed. No further treatment or calculation processes have been necessary. Recoveries in different mixing ratios were of 99%. Interference of Fe(III), Cu(II), Zn(II) and Cd(II), and anions as NO3-, Cl-, ClO4-, citrate and phosphate has been evaluated. The method was applied to natural waters spiked with the cations.

The physico-chemical properties of 2-methoxyphenoxyacetates of Mn(II), Co(II), Ni(II) and Cu(II)

The complexes of 2-methoxyhenoxyacetates of Mn(II), Co(II), Ni(II) and Cu(II)with the general formula: M(C9H9O4)3·4H2O, where M(II) = Mn, Co, Ni and Cu have been synthesized and characterized by elemental analysis, IR spectroscopy, magnetic and thermogravimetric studies and also X-ray diffraction measurements. The complexes have colours typical for M(II) ions (Mn(II) - a pale pink, Co(II) - pink, Ni(II) - green, and Cu(II) - blue). The carboxylate group binds as monodentate and bidentate ligands. On heating to 1273K in air the complexes decompose in the same way. At first, they dehydrate in one step to anhydrous salts, that next decompose to the oxides of respective metals with the intermediate formation of the oxycarbonates. Their solubility in water at 293K is of the order of 10-5 mol·dm-3. The magnetic moments of analysed complexes were determined in the range of 76-303K. The results reveal them to be high-spin complexes of weak ligand fields.

Growth, magnetic and transport properties of InSb and II-IV-As2 semiconductors doped with manganese

This thesis is devoted to growth and investigations of Mn-doped InSb and II-IV-As2 semiconductors, including Cd1-xZnxGeAs2:Mn, ZnSiAs2:Mn bulk crystals, ZnSiAs2:Mn/Si heterostructures. Bulk crystals were grown by direct melting of starting components followed by fast cooling. Mn-doped ZnSiAs2/Si heterostructures were grown by vacuum-thermal deposition of ZnAs2 and Mn layers on Si substrates followed by annealing. The compositional and structural properties of samples were investigated by different methods. The samples consist of micro- and nano- sizes clusters of an additional ferromagnetic Mn-X phases (X = Sb or As). Influence of magnetic precipitations on magnetic and electrical properties of the investigated materials was examined. With relatively high Mn concentration the main contribution to magnetization of samples is by MnSb or MnAs clusters. These clusters are responsible for high temperature behavior of magnetization and relatively high Curie temperature: up to 350 K for Mn-doped II-IV-As2 and about 600 K for InMnSb. The low-field magnetic properties of Mn-doped II-IV-As2 semiconductors and ZnSiAs2:Mn/Si heterostructures are connected to the nanosize MnAs particles. Also influence of nanosized MnSb clusters on low-field magnetic properties of InMnSb have been observed. The contribution of paramagnetic phase to magnetization rises at low temperatures or in samples with low Mn concentration. Source of this contribution is not only isolated Mn ions, but also small complexes, mainly dimmers and trimmers formed by Mn ions, substituting cation positions in crystal lattice. Resistivity, magnetoresistance and Hall resistivity properties in bulk Mn-doped II-IV-As2 and InSb crystals was analyzed. The interaction between delocalized holes and 3d shells of the Mn ions together with giant Zeeman splitting near the cluster interface are respond for negative magnetoresistance. Additionally to high temperature critical pointthe low-temperature ferromagnetic transition was observed Anomalous Hall effect was observed in Mn doped samples and analyzed for InMnSb. It was found that MnX clusters influence significantly on magnetic scattering of carriers.

Metal complexes involving pyridoxine and pyridoxamine

Solid complexes of pyridoxine with Mn(II) , Cd(II) and Zn(II) have been isolated, as well as compounds containing Cu(II), Ni(II), Co(III), Cd(II) and Zn(II), and pyridoxamine in various protonated forms. Infrared spectra provide evidence for protonation at the pyridine nitrogen site in the complexes, but not in the neutral vitamins and the complexes of anionic pyridoxamine. Thus the complexed vitamins are in zwitterionic forms, with chelation probably occurring through the phenolate oxygen and either the amino or the hydroxy group at the 4' position.

Molecular mechanics calculations on some phosphine oxide metal complexes in aqueous and organic solvents

Molecular mechanics calculations were done on tetrahedral phosphine oxide zinc complexes in simulated water, benzene and hexane phases using the DREIDING II force field in the BIOGRAF molecular modeling program. The SUN workstation computer (SUN_ 4c, with SPARK station 1 processor) was used for the calculations. Experimental structural information used in the parameterization was obtained from the September 1989 version of the Cambridge Structural Database. 2 Steric and solvation energies were calculated for complexes of the type ZnCl2 (RlO)2' The calculations were done with and without inclusion of electrostatic interactions. More reliable simulation results were obtained without inclusion of charges. In the simulated gas phase, the steric energies increase regularly with number of carbons in the alkyl group, whereas they go through a maximum when solvent shells are included in the calculation. Simulated distribution ratios vary with chain length and type of chain branching and the complexes are found to be more favourable for extraction by benzene than by hexane, in accord with experimental data. Also, in line with what would be expected for a favorable extraction, calculations without electrostatics predict that the complexes are better solvated by the organic solvents than by water.

Competing demands for a complex system : photosystem II repair, photoprotection and quantum yield

Photosynthesis in general is a key biological process on Earth and Photo system II (PSII) is an important component of this process. PSII is the only enzyme capable of oxidizing water and is largely responsible for the primordial build-up and present maintenance of the oxygen in the atmosphere. This thesis endeavoured to understand the link between structure and function in PSII with special focus on primary photochemistry, repair/photodamage and spectral characteristics. The deletion of the PsbU subunit ofPSII in cyanobacteria caused a decoupling of the Phycobilisomes (PBS) from PSII, likely as a result of increased rates of PSII photodamage with the PBS decoupling acting as a measure to protect PSII from further damage. Isolated fractions of spinach thylakoid membranes were utilized to characterize the heterogeneity present in the various compartments of the thylakoid membrane. It was found that the pooled PSIILHCII pigment populations were connected in the grana stack and there was also a progressive decrease in the reaction rates of primary photochemistry and antennae size of PSII as the sample origin moved from grana to stroma. The results were consistent with PSII complexes becoming damaged in the grana and being sent to the stroma for repair. The dramatic quenching of variable fluorescence and overall fluorescent yield of PSII in desiccated lichens was also studied in order to investigate the mechanism by which the quenching operated. It was determined that the source of the quenching was a novel long wavelength emitting external quencher. Point mutations to amino acids acting as ligands to chromophores of interest in PSII were utilized in cyanobacteria to determine the role of specific chromophores in energy transfer and primary photochemistry. These results indicated that the Hl14 ligated chlorophyll acts as the 'trap' chlorophyll in CP47 at low temperature and that the Q130E mutation imparts considerable changes to PSII electron transfer kinetics, essentially protecting the complex via increased non-radiative charge Photosynthesis in general is a key biological process on Earth and Photo system II (PSII) is an important component of this process. PSII is the only enzyme capable of oxidizing water and is largely responsible for the primordial build-up and present maintenance of the oxygen in the atmosphere. This thesis endeavoured to understand the link between structure and function in PSII with special focus on primary photochemistry, repair/photodamage and spectral characteristics. The deletion of the PsbU subunit ofPSII in cyanobacteria caused a decoupling of the Phycobilisomes (PBS) from PSII, likely as a result of increased rates of PSII photodamage with the PBS decoupling acting as a measure to protect PSII from further damage. Isolated fractions of spinach thylakoid membranes were utilized to characterize the heterogeneity present in the various compartments of the thylakoid membrane. It was found that the pooled PSIILHCII pigment populations were connected in the grana stack and there was also a progressive decrease in the reaction rates of primary photochemistry and antennae size of PSII as the sample origin moved from grana to stroma. The results were consistent with PSII complexes becoming damaged in the grana and being sent to the stroma for repair. The dramatic quenching of variable fluorescence and overall fluorescent yield of PSII in desiccated lichens was also studied in order to investigate the mechanism by which the quenching operated. It was determined that the source of the quenching was a novel long wavelength emitting external quencher. Point mutations to amino acids acting as ligands to chromophores of interest in PSII were utilized in cyanobacteria to determine the role of specific chromophores in energy transfer and primary photochemistry. These results indicated that the Hl14 ligated chlorophyll acts as the 'trap' chlorophyll in CP47 at low temperature and that the Q130E mutation imparts considerable changes to PSII electron transfer kinetics, essentially protecting the complex via increased non-radiative charge.

Lung cancer risk associated with occupational exposure to nickel, chromium VI, and cadmium in two population-based case-control studies in Montreal.

Cancer du poumon associé à l’exposition au nickel, au chrome VI et au cadmium dans le milieu de travail utilisant deux études populationnelles cas-témoins à Montréal. Au début des années 1990, le nickel, le chrome VI et le cadmium ont été classés en tant qu’agents cancérigènes de classe 1 par le CIRC (Centre International de Recherche sur le Cancer). Cependant, les résultats des études ayant permis la classification de ces métaux n’ont pas toujours été reproduits, et d’importantes questions demeurent quant aux effets de ces métaux à de faibles niveaux d’exposition. Un plus grand nombre de recherches empiriques est donc nécessaire afin de réaffirmer la cancérogénicité de ces agents, et d’identifier les circonstances dans lesquelles ils peuvent être néfastes. L'objectif de cette étude était d'explorer la relation entre l’exposition à un des métaux (soit le nickel, le chrome VI, ou le cadmium) et les risques subséquents de développer un cancer du poumon chez des travailleurs provenant de différents milieux de travail qui sont exposés à ces métaux à de différents degrés. Deux études cas-témoins de base populationnelle menées à Montréal ont fourni les données nécessaires pour examiner la cancérogénicité de ces métaux. La première étude était menée entre 1979 et 1986 chez des hommes âgés de 35 à 70 ans ayant un cancer dans l’un de 19 sites anatomiques de cancer sélectionnés. La seconde étude était menée entre 1996 et 2001 chez des hommes et des femmes âgés de 35 à 75 ans, avec un diagnostic de tumeur maligne au poumon. Dans ces deux études, les cas ont été recensés dans tous les hôpitaux de l'île de Montréal, tandis que les contrôles populationnels appariés par âge et stratifiés par sexe, ont été sélectionnés des listes électorales. Une entrevue avec chaque sujet a permis d'obtenir un historique d'emploi détaillé ainsi que des informations précises sur les facteurs de risques socio-économiques et personnels. Les descriptions de poste ont été évaluées par une équipe d'experts chimistes et hygiénistes afin de déterminer si le sujet a été exposé à chaque agent, et pour mesurer à la fois la concentration et la durée de chaque exposition, ainsi que l’exposition cumulative tout au long de la vie de chaque participant. Pour déterminer si une exposition à l’un des trois métaux en cause était associée à une augmentation de l'incidence du cancer du poumon, des données ont été analysées par régression logistique : des ajustements ont été effectués pour des facteurs de confusion pertinents incluant un historique détaillé du tabagisme. Des mesures catégoriques d'exposition cumulée ont été également analysées, ainsi que la modification des effets par le tabagisme. Les deux études ont été analysées séparément, puis par la suite combinées afin d'augmenter la puissance statistique. Les niveaux d'exposition mesurés dans cette population ne semblaient pas poser un excès de risque de cancer du poumon pour les travailleurs exposés au chrome VI. Cependant, ceux qui ont été exposés au nickel ont subi une augmentation significative du risque, et ce, quel que soit leur niveau d'exposition. Le risque de développer un cancer du poumon suite à une exposition au cadmium était élevé, mais pas de manière significative. Pour chacun des trois métaux, le risque de cancer du poumon était très élevé parmi les non-fumeurs, mais pas parmi les fumeurs. L’effet combiné du tabagisme et de l’exposition aux métaux était compatible avec un excès de risque additif. Cependant, les intervalles de confiance dans cette étude tendaient à être larges, et une faiblesse de puissance statistique peut limiter l’interprétation de certains résultats. Cette étude est unique dans la mesure où elle a fourni des preuves empiriques sur les risques de développer le cancer du poumon liés aux faibles niveaux d’exposition au nickel, au chrome VI, ou au cadmium provenant de divers contextes de travail. Dans la plupart des autres études, la majorité des expositions pertinentes n’ont pas été bien contrôlées. À l'inverse, cette étude a bénéficié de la collecte et de la disponibilité d'information détaillée concernant le tabagisme et d’autres facteurs de risque. Les résultats de cette étude ont d'importantes conséquences pour la santé publique, tant au niveau de la détermination des risques pour les travailleurs actuellement exposés à ces métaux, qu'au niveau de l’évaluation des risques pour la population en général, elle-même exposée à ces métaux par le biais de la pollution et de la fumée de cigarette. Cette analyse contribuera fort probablement à une réévaluation par le CIRC de la cancérogénicité de ces métaux. L'exploration de la relation entre les risques de cancer du poumon et l'exposition au nickel, au chrome VI et au cadmium est donc opportune et pertinente.

Analyse de la localisation génomique et identification de nouvelles fonctions des sous-unités Rpb4/Rpb7 de l’ARN polymérase II et des facteurs TFIIF, TFIIS et UBR5

Grâce à un grand nombre d’études biochimiques, génétiques et structurales effectuées dans les dernières années, des avancements considérables ont été réalisés et une nouvelle vision du processus par lequel la machinerie transcriptionnelle de l’ARN polymérase II (Pol II) décode l’information génétique a émergé. De nouveaux indices ont été apportés sur la diversité des mécanismes de régulation de la transcription, ainsi que sur le rôle des facteurs généraux de transcription (GTFs) dans cette diversification. Les travaux présentés dans cette thèse amènent de nouvelles connaissances sur le rôle des GTFs humains dans la régulation des différentes étapes de la transcription. Dans la première partie de la thèse, nous avons analysé la fonction de la Pol II et des GTFs humains, en examinant de façon systématique leur localisation génomique. Les patrons obtenus par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) des versions de GTFs portant une étiquette TAP (Tandem-Affinity Purification) indiquent de nouvelles fonctions in vivo pour certains composants de cette machinerie et pour des éléments structuraux de la Pol II. Nos résultats suggèrent que TFIIF et l’hétérodimère Rpb4–Rpb7 ont une fonction spécifique pendant l’étape d’élongation transcriptionnelle in vivo. De plus, notre étude amène une première image globale de la fonction des GTFs pendant la réaction transcriptionnelle dans des cellules mammifères vivantes. Deuxièmement, nous avons identifié une nouvelle fonction de TFIIS dans la régulation de CDK9, la sous-unité kinase du facteur P-TEFb (Positive Transcription Elongation Factor b). Nous avons identifié deux nouveaux partenaires d’interaction pour TFIIS, soit CDK9 et la E3 ubiquitine ligase UBR5. Nous montrons que UBR5 catalyse l’ubiquitination de CDK9 in vitro. De plus, la polyubiquitination de CDK9 dans des cellules humaines est dépendante de UBR5 et TFIIS. Nous montrons aussi que UBR5, CDK9 and TFIIS co-localisent le long du gène  fibrinogen (FBG) et que la surexpression de TFIIS augmente les niveaux d’occupation par CDK9 de régions spécifiques de ce gène, de façon dépendante de UBR5. Nous proposons que TFIIS a une nouvelle fonction dans la transition entre les étapes d’initiation et d’élongation transcriptionnelle, en régulant la stabilité des complexes CDK9-Pol II pendant les étapes précoces de la transcription.

Caractérisation de la fonction des complexes histone déacétylases Rpd3S et Set3C

La chromatine est essentielle au maintien de l’intégrité du génome, mais, ironiquement, constitue l’obstacle principal à la transcription des gènes. Plusieurs mécanismes ont été développés par la cellule pour pallier ce problème, dont l’acétylation des histones composant les nucléosomes. Cette acétylation, catalysée par des histones acétyl transférases (HATs), permet de réduire la force de l’interaction entre les nucléosomes et l’ADN, ce qui permet à la machinerie transcriptionnelle de faire son travail. Toutefois, on ne peut laisser la chromatine dans cet état permissif sans conséquence néfaste. Les histone déacétylases (HDACs) catalysent le clivage du groupement acétyle pour permettre à la chromatine de retrouver une conformation compacte. Cette thèse se penche sur la caractérisation de la fonction et du mécanisme de recrutement des complexes HDACs Rpd3S et Set3C. Le complexe Rpd3S est recruté aux régions transcrites par une interaction avec le domaine C-terminal hyperphosphorylé de Rpb1, une sous-unité de l’ARN polymérase II. Toutefois, le facteur d’élongation DSIF joue un rôle dans la régulation de cette association en limitant le recrutement de Rpd3S aux régions transcrites. L’activité HDAC de Rpd3S, quant à elle, dépend de la méthylation du résidu H3K36 par l’histone méthyltransférase Set2. La fonction du complexe Set3C n’est pas clairement définie. Ce complexe est recruté à la plupart de ses cibles par l’interaction entre le domaine PHD de Set3 et le résidu H3K4 di- ou triméthylé. Un mécanisme indépendant de cette méthylation, possiblement le même que pour Rpd3S, régit toutefois l’association de Set3C aux régions codantes des gènes les plus transcrits. La majorité de ces résultats ont été obtenus par la technique d’immunoprécipitation de la chromatine couplée aux biopuces (ChIP-chip). Le protocole technique et le design expérimental de ce type d’expérience fera aussi l’objet d’une discussion approfondie.

Thérapie prolongée au mesylate d'imatinib avant la chirurgie pour les tumeurs stromales gastrointestinales avancées : résultats d'une étude prospective de phase II

Les tumeurs stromales gastrointestinales (GIST) sont les néoplasies mésenchymateuses les plus complexes du système gastrointestinal. Le traitement curatif standard de cette pathologie est la chirurgie avec l'obtention de marges microscopiques négatives. Les résultats impressionnants obtenus sur la prolongation de la survie avec l'administration d'imatinib (IM) chez les patients atteints de maladie métastatique et non-réséquable ont suggéré aux cliniciens que ce même médicament pourrait aussi collaborer à l'obtention de marges négatives plus aisément lors de cancer avancé. Jusqu'à présent, aucune étude prospective n'a caractérisée l'effet d'une thérapie néoadjuvante prolongée à l'IM sur la qualité de la résection chirurgicale subséquente. L'objectif de ce projet de maîtrise était d'évaluer l'efficacité de l'imatinib utilisé avant la chirurgie (néoadjuvant) jusqu'à l'obtention d'une réponse maximale, en vue d'augmenter le taux de résection microscopique complète (R0) dans le traitement chirurgical des GIST à haut risque de résection microscopique incomplète (R1) ou impossible (R2). Pour ce faire, une étude prospective multicentrique de phase II a été réalisée. Le traitement néoadjuvant à l'IM a été instauré chez des patients porteurs d'une GIST localement avancée ou métastatique. Au total, quatorze patients ont reçu une dose de 400-600 mg/d d'IM pour une durée de 6-12 mois avant la chirurgie. Quatorze patients ont été inclus dans l'étude. Onze ont eu une chirurgie à visée curative, un patient a démontré une maladie non-réséquable suite à une laparotomie exploratrice et deux patients ont refusé la chirurgie. Après un suivi moyen de 48 mois, tous les patients opérés étaient vivants et sept sans évidence de récidive. L'utilisation prolongée (12 mois) d'IM dans un contexte néoadjuvant est faisable, sécuritaire, efficace et comporte peu de toxicité. De plus, cette approche est associée à des hauts taux de résection complète (R0), tout en permettant une chirurgie moins extensive. Des études de phase III actuellement en cours sont nécessaires afin de confirmer nos résultats.