Caracterización molecular de 105 accesiones de cacao(Theobroma Cacao L.) utilizando 10 marcadores moleculares tipo SSR en INTA-CNIAB, Nicaragua, 2011

Se realizó la caracterización molecular de 105 accesiones de Cacao que contemplan 79 colectas nacionales, 21 híbridos de referencia y 5 materiales criollo referencia , congregados en 8 grupos de acuerdo a su ubicación geográfica al momento de la colecta; utilizando 10 marcadores moleculares tipo SSR con el fin de conocer la divers idad genética de Cacao colectado en finca de productores nicaragüenses . Se utilizó el método de extracción de ADN C TAB - Buffer, Amplificación de fragmentos de ADN mediante la técnica PCR , visualización de fragmentos de ADN en cámara electroforesis. Se identificaron 183 alelos en las 105 ac cesiones con una media de 18.3, los rangos de Heterosigocidad observada y esperada resultaron mayores para MTcCIR12 con 0.437 y 0.81 respectivamente ; el CIP y el Índice de Shannon proporcionaron los mayores valores para MTcCIR12 con 0.96 y 1.94 respectivamente . La media general del CIP e Índice de Shannon para todos los locus es de 0.87 y 1.37 respectivamente; e l análisis molecular de varianza reveló que las diferencias genéticas dentro de los grupos (85%) es mayor que las diferencias entre grupos (15%) ; se realizó el dendograma basado en las distancia de Nei’s donde revela diferencias m ínimas entre los grupos , la mayor relación genética son entre los grupos RSJ y Carazo ; en cambio para el grupo Carazo e Hibrido referencia se encontraron las mayores diferencias. E n el PCA se encontró materiales colectados que resultaron genéticamente pare cidos a los criollo s referencias, es el caso de RSJ 0211, RSJ 0 311, RSJ 0511, Bomat0510, Ji0210 ; los materiales Ji - Cuá 0104 y RSJ0411 están estrechamente relacionado . Se demostró que existe una alta diversidad genética y que existen materiales promisorios para posteriores estudios de mejora genética

Caracterizacion molecular de 52 accesiones de yuca (Manihot esculenta Crantz) usando nueve marcadores tipo SSR, CNIAB-INTA, Nicaragua

Se realizó un estudio para determinar la variabilidad genética de 35 accesiones de yuca colectadas en territorio nicaragüense, se incluyó como material de referencia 14 accesiones introducidas del Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT), Colombia y 3 introducidas de Brasil, con el objetivo de identificar duplicidad de accesiones y comparar la estructura genética de las accesiones colectadas en Nicaragua. Los análisis de diversidad se obtuvieron de los datos de 9 m arcadores microsatélitestipo SSR. Se detectó un total de 47 alelos en los nueve microsatélites, el número de alelos varió de 3 a 9, con un valor medio de 5. El índice de diversidad genética fue alto de 0.61. El valor promedio del PIC fue de 0.60, demostrando que los marcadores más informativos y polimórficos fueron el SSRY 100, GA-131y GA-12, con alto poder de discriminación. El análisis molecular de varianza mostró que la mayor diferencia existe dentro del grupo, no así entre grupo. La mayor distancia genética determinada entre los grupos fue entre el grupo de Matagalpa con las Internacionales, presentando menor distancia las RAAS con las Rio San Juan, mientras que el grupo de Río San Juan y RAAS, presentaron la mayor identidad genética. El análisis de conglomerado mostró un coeficiente de correlación cofenética de 0.82 el cual agrupo ó seis grupos genéticamente idénticos. La información genética obtenida permitirá reducir las accesiones idénticas y seleccionar las de interés genético, para garantizar un manejo sostenible de los recursos que se dispone en el banco de germoplasma del Centro Nacional de Investigación Agropecuaria y Biotecnología (CNIAB) del Instituto Nicaragüense de Tecnología Agropecuaria (INTA).

Utilidad de marcadores RAPD en la caracterización molecular de quequisque (Xanthosoma spp.) de Nicaragua. Estudio preliminar

El quequisque es un cultivo de importancia en los trópicos y subtrópicos por ser fuente de alimento y recursos para productores. Nicaragua está ubicada en el centro de origen del género Xanthosoma , donde pueden encontrarse muchas especies silvestres de uso potencial. Sin embargo, la información sobre la relación genética inter e intra específica es escasa. Se evaluó el uso de los marcadores moleculares generados por 40 cebadores RAPD (kits B y D, Operon technologies) en la caracterización de especies del género Xanthosoma colectados en Nicaragua. Con tal fin se extrajo ADN de vitroplantas de tres especies Xanthosoma silvestres y cuatro cultivadas, cuatro Alocasia ornamentales y tres Colocasia cultivadas. Los marcadores moleculares generados fueron sometidos al análisis genético utilizando el programa Neighbour joining. Catorce de los cebadores revelaron polimorfismo entre los genotipos. El dendograma generado agrupó las Xanthosoma cultivadas y silvestres, exceptuando X mexicum. Las especies Colocasia y Alocasia no formaron un grupo claro. Este estudio confirma la variación genética en las especies Xanthosoma silvestres y cultivadas creciendo en Nicaragua. Los marcadores moleculares generados por los catorce cebadores RAPD pueden ser utilizados para la caracterización molecular del banco de germoplasma del género Xanthosoma colectado en el país.

Metric representation of DNA sequences

A metric representation of DNA sequences is borrowed from symbolic dynamics. In view of this method, the pattern seen in the chaos game representation of DNA sequences is explained as the suppression of certain nucleotide strings in the DNA sequences. Frequencies of short nucleotide strings and suppression of the shortest ones in the DNA sequences can be determined by using the metric representation.

Recurrence plot analysis of DNA sequences

Recurrence plot technique of DNA sequences is established on metric representation and employed to analyze correlation structure of nucleotide strings. It is found that, in the transference of nucleotide strings, a human DNA fragment has a major correlation distance, but a yeast chromosome's correlation distance has a constant increasing. (C) 2004 Elsevier B.V All rights reserved.