Scenarios Generation for Multi-Agent simulation of Electricity Markets based on Intelligent Data Analysis

This document presents a tool able to automatically gather data provided by real energy markets and to generate scenarios, capture and improve market players’ profiles and strategies by using knowledge discovery processes in databases supported by artificial intelligence techniques, data mining algorithms and machine learning methods. It provides the means for generating scenarios with different dimensions and characteristics, ensuring the representation of real and adapted markets, and their participating entities. The scenarios generator module enhances the MASCEM (Multi-Agent Simulator of Competitive Electricity Markets) simulator, endowing a more effective tool for decision support. The achievements from the implementation of the proposed module enables researchers and electricity markets’ participating entities to analyze data, create real scenarios and make experiments with them. On the other hand, applying knowledge discovery techniques to real data also allows the improvement of MASCEM agents’ profiles and strategies resulting in a better representation of real market players’ behavior. This work aims to improve the comprehension of electricity markets and the interactions among the involved entities through adequate multi-agent simulation.

THE CONTROL OF ANOPHELINE MOSQUITOS BY THE SPRAYING OF DELTAMETHRIN ON RAFFIA CURTAINS USED IN MINERS' HUTS IN AREAS ENDEMIC FOR MALARIA

The residual potential of an aqueous solution of Deltamethrin (FW 25 mg i.a./m2) was evaluated on raffia curtains. These are sheets of synthetic material used in the construction of huts to house miners. Experiments were conducted during 420 days and the curtains were always rolled up in the daytime and unrolled in late afternoon. Data analyzed by logarithmic regression indicated that raffia treated with Deltamethrin had higher mortality indices than that covered with DDT. The residual capacity of Deltamethrin on raffia was high. The mortality percentage was above 85% after 360 days and dropped to about 50% at 420 days. The effect of DDT was reduced after 180 days and reached zero by the end of the experiment. Based on the results of these experiments, it is recommended that Deltamethrin be used to spray raffia curtains in mining regions and other areas that are endemic for malaria.

Imagiologia Espetral - Análise Forense de Notas e Escrita Manual

A análise forense de documentos é uma das áreas das Ciências Forenses, responsável pela verificação da autenticidade dos documentos. Os documentos podem ser de diferentes tipos, sendo a moeda ou escrita manual as evidências forenses que mais frequentemente motivam a análise. A associação de novas tecnologias a este processo de análise permite uma melhor avaliação dessas evidências, tornando o processo mais célere. Esta tese baseia-se na análise forense de dois tipos de documentos - notas de euro e formulários preenchidos por escrita manual. Neste trabalho pretendeu-se desenvolver técnicas de processamento e análise de imagens de evidências dos tipos referidos com vista a extração de medidas que permitam aferir da autenticidade dos mesmos. A aquisição das imagens das notas foi realizada por imagiologia espetral, tendo-se definidas quatro modalidades de aquisição: luz visível transmitida, luz visível refletida, ultravioleta A e ultravioleta C. Para cada uma destas modalidades de aquisição, foram também definidos 2 protocolos: frente e verso. A aquisição das imagens dos documentos escritos manualmente efetuou-se através da digitalização dos mesmos com recurso a um digitalizador automático de um aparelho multifunções. Para as imagens das notas desenvolveram-se vários algoritmos de processamento e análise de imagem, específicos para este tipo de evidências. Esses algoritmos permitem a segmentação da região de interesse da imagem, a segmentação das sub-regiões que contém as marcas de segurança a avaliar bem como da extração de algumas características. Relativamente as imagens dos documentos escritos manualmente, foram também desenvolvidos algoritmos de segmentação que permitem obter todas as sub-regiões de interesse dos formulários, de forma a serem analisados os vários elementos. Neste tipo de evidências, desenvolveu-se ainda um algoritmo de análise para os elementos correspondentes à escrita de uma sequência numérica o qual permite a obtenção das imagens correspondentes aos caracteres individuais. O trabalho desenvolvido e os resultados obtidos permitiram a definição de protocolos de aquisição de imagens destes tipos de evidências. Os algoritmos automáticos de segmentação e análise desenvolvidos ao longo deste trabalho podem ser auxiliares preciosos no processo de análise da autenticidade dos documentos, o qual, ate então, é feito manualmente. Apresentam-se ainda os resultados dos estudos feitos às diversas evidências, nomeadamente as performances dos diversos algoritmos analisados, bem como algumas das adversidades encontradas durante o processo. Apresenta-se também uma discussão da metodologia adotada e dos resultados, bem como de propostas de continuação deste trabalho, nomeadamente, a extração de características e a implementação de classificadores capazes aferir da autenticidade dos documentos.

SIMPLIFIED DIAGNOSIS OF MALARIA INFECTION: GFM/PCR/ELISA A SIMPLIFIED NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUE BY PCR/ELISA

We report an adaptation of a technique for the blood sample collection (GFM) as well as for the extraction and amplification of Plasmodium DNA for the diagnosis of malaria infection by the PCR/ELISA. The method of blood sample collection requires less expertise and saves both time and money, thus reducing the cost by more than half. The material is also suitable for genetic analysis in either fresh or stored specimens prepared by this method.

Análise de desempenho de algoritmos de otimização para extração de parâmetros em modelos semicondutores de potência

Apresenta-se nesta tese uma revisão da literatura sobre a modelação de semicondutores de potência baseada na física e posterior análise de desempenho de dois métodos estocásticos, Particle Swarm Optimizaton (PSO) e Simulated Annealing (SA), quando utilizado para identificação eficiente de parâmetros de modelos de dispositivos semicondutores de potência, baseado na física. O conhecimento dos valores destes parâmetros, para cada dispositivo, é fundamental para uma simulação precisa do comportamento dinâmico do semicondutor. Os parâmetros são extraídos passo-a-passo durante simulação transiente e desempenham um papel relevante. Uma outra abordagem interessante nesta tese relaciona-se com o facto de que nos últimos anos, os métodos de modelação para dispositivos de potência têm emergido, com alta precisão e baixo tempo de execução baseado na Equação de Difusão Ambipolar (EDA) para díodos de potência e implementação no MATLAB numa estratégia de optimização formal. A equação da EDA é resolvida numericamente sob várias condições de injeções e o modelo é desenvolvido e implementado como um subcircuito no simulador IsSpice. Larguras de camada de depleção, área total do dispositivo, nível de dopagem, entre outras, são alguns dos parâmetros extraídos do modelo. Extração de parâmetros é uma parte importante de desenvolvimento de modelo. O objectivo de extração de parâmetros e otimização é determinar tais valores de parâmetros de modelo de dispositivo que minimiza as diferenças entre um conjunto de características medidas e resultados obtidos pela simulação de modelo de dispositivo. Este processo de minimização é frequentemente chamado de ajuste de características de modelos para dados de medição. O algoritmo implementado, PSO é uma técnica de heurística de otimização promissora, eficiente e recentemente proposta por Kennedy e Eberhart, baseado no comportamento social. As técnicas propostas são encontradas para serem robustas e capazes de alcançar uma solução que é caracterizada para ser precisa e global. Comparada com algoritmo SA já realizada, o desempenho da técnica proposta tem sido testado utilizando dados experimentais para extrair parâmetros de dispositivos reais das características I-V medidas. Para validar o modelo, comparação entre resultados de modelo desenvolvido com um outro modelo já desenvolvido são apresentados.

Tendências no Twitter

Atualmente as redes sociais fazem parte do dia a dia das pessoas, sendo que para muitas delas essas plataformas tornaram-se imprescindíveis. Quer seja por mera curiosidade ou por uma necessidade imperiosa de partilhar com o mundo as suas ideias ou pensamentos, a verdade é que as pessoas utilizam cada vez mais as redes sociais. O trabalho descrito neste documento pretende explorar uma dessas redes sociais, o Twitter, mais propriamente através do estudo das suas tendências do momento ou trending topics que são expressões referidas pelos utilizadores a uma taxa superior em comparação com outras. São descritas algumas das características do Twitter e dos recursos disponíveis para programadores. Para além do estudo detalhado do Twitter, são extraídos dados de diversas fontes, destacando-se o próprio Twitter, mas também outras plataformas e jornais online. Posteriormente é feita a análise desses dados através da verificação da evolução das tendências ao longo do tempo nos diversos locais em estudo e ainda através do cruzamento de dados das várias fontes de dados, com análise dos resultados obtidos. Na análise efetuada são analisadas as tendências considerando algumas métricas, a sua globalidade, a relação das tendências com tópicos dos jornais online e ainda a sua periodicidade.

Aquisição e Processamento de Imagens de Microscopia em Balística Forense

As novas tecnologias aplicadas ao processamento de imagem e reconhecimento de padrões têm sido alvo de um grande progresso nas últimas décadas. A sua aplicação é transversal a diversas áreas da ciência, nomeadamente a área da balística forense. O estudo de evidências (invólucros e projeteis) encontradas numa cena de crime, recorrendo a técnicas de processamento e análise de imagem, é pertinente pelo facto de, aquando do disparo, as armas de fogo imprimirem marcas únicas nos invólucros e projéteis deflagrados, permitindo relacionar evidências deflagradas pela mesma arma. A comparação manual de evidências encontradas numa cena de crime com evidências presentes numa base de dados, em termos de parâmetros visuais, constitui uma abordagem demorada. No âmbito deste trabalho pretendeu-se desenvolver técnicas automáticas de processamento e análise de imagens de evidências, obtidas através do microscópio ótico de comparação, tendo por base algoritmos computacionais. Estes foram desenvolvidos com recurso a pacotes de bibliotecas e a ferramentas open-source. Para a aquisição das imagens de evidências balísticas foram definidas quatro modalidades de aquisição: modalidade Planar, Multifocus, Microscan e Multiscan. As imagens obtidas foram aplicados algoritmos de processamento especialmente desenvolvidos para o efeito. A aplicação dos algoritmos de processamento permite a segmentação de imagem, a extração de características e o alinhamento de imagem. Este último tem como finalidade correlacionar as evidências e obter um valor quantitativo (métrica), indicando o quão similar essas evidências são. Com base no trabalho desenvolvido e nos resultados obtidos, foram definidos protocolos de aquisição de imagens de microscopia, que possibilitam a aquisição de imagens das regiões passiveis de serem estudadas, assim como algoritmos que permitem automatizar o posterior processo de alinhamento de imagens de evidências, constituindo uma vantagem em relação ao processo de comparação manual.

Continuous catalyst free production of biodiesel from agro industrial waste with green solvents

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Química e Bioquímica

Expressão em Escherichia coli de antigénios do Cell fusing agent virus (Flaviviridae: Flavivirus) como proteína de fusão

RESUMO: O Cell Fusing Agent Vírus (CFAV), considerado como o primeiro “flavivírus específicos de insectos” (ISF), parece estar exclusivamente adaptado aos seus hospedeiros, não replicando em células de vertebrados. Apesar de ter sido identificado há mais de três décadas (1975), a verdade é que muito pouco se conhece sobre a sua biologia. Dado o seu parentesco filogenético com alguns outros flavivírus encontrados naturalmente em mosquitos de diferentes géneros colhidos em diferentes regiões do globo, este vírus poderá ser usado como modelo para o estudo de ISF. No entanto, necessitam do desenvolvimento de ferramentas básicas, tais como clones moleculares ou baterias de soros contendo anticorpos que reconheçam uma ou mais proteínas codificadas pelo genoma viral, produzidas, por exemplo, a partir de antigénios virais produzidos de forma recombinante. Com este trabalho pretendeu-se a optimização de protocolos que permitiram a expressão e purificação parcial de quatro proteínas [duas proteínas estruturais (C e E) e duas não estruturais (NS3hel e NS5B)] do CFAV em E. coli, todas elas produzidas como proteínas de fusão com “caudas” (tags) de hexahistidina nos seus extremos carboxilo. Para a expansão do CFAV foram utilizadas células Aedes albopictus (C6/36). Após a realização da extracção do RNA viral e a obtenção de cDNA, procedeu-se amplificação, por RT-PCR, das regiões codificantes das proteínas C, E, NS3hel e NS5B, utilizando primers específicos. Os quatro fragmentos de DNA foram independentemente inseridos no vector pJTE1.2/blunt usando E. coli NovaBlue como hospedeira de clonagem e, posteriormente, inseridos em vectores de expressão pET-28b e pET-29b usando E. coli BL21(DE3)pLysS e Rosetta(DE3)pLysS como hospedeiras de expressão. Após da indução, expressão e purificação das proteínas recombinantes C, E, NS3hel e NS5B, foi confirmada a autenticidade destas proteínas produzidas através do método Western Blot com um anticorpo anti-histidina. --------- ABSTRACT: The Cell Fusing Agent virus (CFAV) considered as the first "insect- specific flavivirus" (ISF) and seems to be uniquely adapted to their hosts, not replicating in vertebrate cells. Although it has been known for more than three decades (1975), the truth is very little is known about its biology. Given its close phylogenetic relationship with other flavivirus naturally circulating in various genera of mosquitoes collected from different regions of the globe, this virus could be used as a model for the study of ISF. However, such studies require the development of experimental basic tools, such as molecular clones or serum batteries containing antibodies that recognize one or more proteins encoded by the viral genome, produced, for example, from viral antigens recombinant produced. In this work, we carried out the optimization of protocols that allowed the expression and partial purification of four proteins [two structural proteins (C and E) and two nonstructural proteins (NS3hel and NS5B)] CFAV in E. coli as fusion protein for c-terminal hexahistidine tags. For the expansion of the CFAV we used Aedes albopictus (C6/36) cells. After completion of the viral RNA extraction and cDNA obtained, amplification of the coding regions of the C, E, NS5B and NS3hel proteins was carried out by RT-PCR using specific primers. The four DNA fragments were independently inserted into the vector pJTE1.2/blunt using E. coli NovaBlue as cloning host and then inserted into expression vectors pET-28b and pET-29b using E. coli BL21(DE3)pLysS and Rosetta(DE3)pLysS as expression host. After induction, expression and purification of recombinant C, E, NS3hel and NS5B proteins Western Blot analyses with an anti-histidine antibody confirmed the authenticity of these proteins produced.

The Effect of Statins on Mortality in Septic Patients: a Meta-Analysis of Randomized Controlled Trials

OBJECTIVE: Statins are among the most prescribed drugs worldwide and their recently discovered anti-inflammatory effect seems to have an important role in inhibiting proinflammatory cytokine production, chemokines expression and counteracting the harmful effects of sepsis on the coagulation system. We decided to perform a meta-analysis of all randomized controlled trials ever published on statin therapy in septic patients to evaluate their effect on survival and length of hospital stay. DATA SOURCES AND STUDY SELECTION: Articles were assessed by four trained investigators, with divergences resolved by consensus. BioMedCentral, PubMed, Embase and the Cochrane Central Register of clinical trials were searched for pertinent studies. Inclusion criteria were random allocation to treatment and comparison of statins versus any comparator in septic patients. DATA EXTRACTION AND SYNTHESIS: Data from 650 patients in 5 randomized controlled studies were analyzed. No difference in mortality between patients receiving statins versus control (44/322 [14%] in the statins group vs 50/328 [15%] in the control arm, RR = 0.90 [95% CI 0.65 to 1.26], p = 0.6) was observed. No differences in hospital stay (p = 0.7) were found. CONCLUSIONS: Published data show that statin therapy has no effect on mortality in the overall population of adult septic patients. Scientific evidence on statins role in septic patients is still limited and larger randomized trials should be performed on this topic.

Exposição profissional ao chumbo : análise da indução de efeitos genotóxicos

RESUMO - A exposição contínua a substâncias químicas tem consequências para a saúde humana, algumas das quais não estão ainda totalmente estabelecidas. A toxicologia ocupacional é uma área interdisciplinar que envolve conhecimentos de higiene e de medicina ocupacional, de epidemiologia e de toxicologia e que tem por principal objectivo prevenir a ocorrência de efeitos adversos decorrentes do ambiente ocupacional sendo um dos seus principais papéis fornecer o máximo de dados que possam contribuir para o conhecimento dos potenciais efeitos na saúde. O chumbo é um tóxico de características cumulativas que provoca na saúde efeitos principalmente sistémicos, ou seja, o efeito tóxico manifesta-se em locais afastados do contacto inicial que resultam essencialmente de exposições crónicas, resultantes de períodos de exposição mais ou menos longos ao metal (entre meses e anos). Pode interagir com diferentes órgãos e tecidos, ligando-se a moléculas e constituintes celulares. Uma vez que não possui qualquer função fisiológica, a presença do chumbo no organismo humano resulta numa série de efeitos prejudiciais que afectam diversos órgãos e sistemas. A toxicidade do chumbo manifesta-se em diversos órgãos e tecidos, nomeadamente no sistema hematopoiético, no sistema nervoso, no rim, no aparelho reprodutor, no sistema cardiovascular, no sistema endócrino e no sistema imunitário. Da interferência do chumbo com o funcionamento de alguns sistemas biológicos resultam um conjunto de alterações fundamentais ao nível dos processos de transporte através das membranas, da integridade estrutural e funcional das enzimas e de várias vias metabólicas, em especial da fosforilação oxidativa e da síntese do heme sendo os primeiros efeitos bioquímicos do chumbo detectados a partir de valores de plumbémia inferiores a 10 μg/dL. As medidas de higiene e segurança actualmente em vigor nos países desenvolvidos asseguram que os casos de intoxicação grave são cada vez menos frequentes. No entanto, o risco de exposição a nível ocupacional existe em todas as actividades que envolvem materiais que o contenham como as explorações mineiras, as fundições primária e secundária, a produção de baterias de chumbo ácido, a produção de vidro com pigmentos de chumbo, as soldaduras de reparação automóvel e a instrução de tiro. Desde 2006 o chumbo é considerado pela International Agency for Research on Cancer (IARC) uma substância carcinogénica do grupo 2A (provável carcinogénio para o ser humano). Considera-se, assim, que o chumbo tem, inequivocamente, capacidade de induzir cancro em animais experimentais mas que, embora haja fortes indícios de que os mecanismos que medeiam a carcinogénese desses compostos ocorrem no ser humano, os dados disponíveis ainda não podem assegurar essa relação. Com este estudo pretendeu-se contribuir para o conhecimento da toxicidade do chumbo através do estudo da exposição ao chumbo e da influência da susceptibilidade individual (em industrias sem co-exposição significativa a outros agentes conhecidos ou suspeitos de serem carcinogénicos). Pretendeu-se estudar o caso através de uma abordagem múltipla que permitisse relacionar diferentes tipos de marcadores biológicos uma vez que a monitorização biológica integra todas as possíveis vias de entrada no organismo (para além da via respiratória), eventuais exposições fora do contexto estritamente profissional assim como uma série de factores intrínsecos individuais (relacionados com modos de via, de natureza fisiológica e comportamentais). Sendo a co-exposição a outros compostos com propriedades genotóxicas e carcinogénicas uma questão difícil de tornear quando se quer avaliar o potencial genotóxico do chumbo em populações expostas, ocupacional ou ambientalmente este estudo tem a vantagem de ter sido efectuado em populações sem co-exposição conhecida a outras substâncias deste tipo, permitindo concluir sobre os efeitos resultantes apenas da exposição a chumbo na população humana, contribuindo para explicar algumas das aparentes inconsistências e contradições entre diferentes estudos sobre este tema. Os indicadores de exposição usados foram: indicadores de dose interna (doseamento de chumbo e de PPZ no sangue), indicadores de efeitos adversos no heme e genotóxicos (actividade da ALAD, teste do cometa e mutação em TCR) e indicadores de susceptibilidade (polimorfismos genéticos de ALAD e VDR) através de uma abordagem estatística de comparação directa de sub-grupos previamente definidos na população e da aplicação de um modelo de regressão múltipla. Este estudo revelou que os níveis de plumbémia na população portuguesa baixaram significativamente nos últimos 10 anos, tanto na população ocupacionalmente exposta como na população em geral e que a presença do genótipo B-B (do gene VDR) é preditiva das variações de plumbémia, quando comparada com o genótipo mais frequente na população, B-b; ao contrário, o genótipo b-b não aparenta ter influência em nenhum dos marcadores estudados. No que diz respeito a efeitos genotóxicos concluiu-se que estes não se manifestaram na população estudada, levando a concluir que nos níveis de exposição estudados, o chumbo não tem capacidade de induzir este tipo de efeitos per si levando ao reforço da hipótese, já levantada por outros autores, de que o mecanismo de genotoxicidade do chumbo seja essencialmente de promoção de processos de genotoxicidade desencadeados por outros agentes. A realização de estudos de efeitos genotóxicos e de stress oxidativo desenhados de forma a comparar grupos de trabalhadores expostos apenas a chumbo com grupos de trabalhadores com o mesmo nível de exposição a chumbo, mas com co-exposição a outros agentes reconhecidamente carcinogénicos poderá ajudar a aumentar o conhecimento deste efeito do chumbo na saúde humana.

Evaluation of neuroprotective effects of natural extracts obtained from portuguese agro-food residues

Countries are currently faced with problems derived from changes in lifespan and an increase in lifestyle-related diseases. Neurodegenerative disorders such Parkinson’s (PD) and Alzheimer’s (AD) diseases are an increasing problem in aged societies. Data from World Alzheimer Report 2011 indicate that 36 million people worldwide are living with dementia. Oxidative stress has been associated with the development of AD and PD. Therefore there is interest to search for effective compounds or therapies to combat the oxidative damage in these diseases. Current evidence strongly supports a contribution of phenolic compounds present in fruits and vegetables to the prevention of neurodegenerative diseases such AD and PD. The industrial processing of a wide variety of fruits results in the accumulation of by-products without commercial value. Opuntia ficus-indica (cactus pear) is consumed fresh and processed like in juice. Prunnus avium (sweet cherry) is consumed fresh but the organoleptics characteristics of the fruits leads to the smaller and ragged fruits have no commercial value. Fruit extracts of both species has described to be rich in phenolic compounds and to have high antioxidant activities due to its composition. The aim of this work was assessing the efficacy of O. ficus-indica and P. avium by-products extracts obtained with conventional solvent extraction and pressurized liquid extraction in a neurodegeneration cell model. All extracts have protected neuroblastoma cells from H2O2-induced death at low, non-toxic levels, which approach to physiologically-relevant serum concentration. However, cherry extract has a slighter neuroprotective activity. The protective effect of Opuntia extracts are not conducted by a direct antioxidant activity since there are not decreases in intracellular ROS levels in cell treated with extracts and challenged with H2O2, while cherry extract neuroprotection seems to be due to a direct scavenging activity. Extracts from different biological matrixes seems to protect neuronal cells trough different cellular mechanisms.

Larval control of Anopheles (Nyssorhinchus) darlingiusing granular formulation of Bacillus sphaericus in abandoned gold-miners excavation pools in the Brazilian Amazon Rainforest

INTRODUCTION: Use of a Bacillus sphaericus based mosquito larvicide was evaluated as an intervention for malaria vector control at a mining site in Amapá, Brazil. Impacts on larval and adult densities of the primary vector Anopheles darlingi were measured over the course of a 52 week study period.METHODS: In Calçoene, State of Amapá, gold mining activity occurs in 19 mining sites in gold-miners of Lourenço. Large pools are formed in mining sites and naturally colonized by Anopheles darlingi. During one year, the impact of applications of VectoLex(r) CG to these larval sources was evaluated. Applications of 20kg/ha were made as needed, based on 10 immature (3rd, 4th instars and pupae) surveillance of health and established thresholds. RESULTS: One hundred percent initial control was observed 48h after each treatment. The pools received from 2-10 (5.3±1.6) treatments during the year. The average re-treatment interval in productive pools was 9.4±4.3 weeks. During weeks 3-52 of the study, mean density of late stage larvae was 78% and pupae were 93% lower in the treated pools than in untreated pools (p< 0.0001, n=51) while reduction of adult mosquitoes was 53% in comparison to the untreated area during the last five months of the study, which were the rainy season (p<0.001).CONCLUSIONS:VectoLex(r) CG reduced immature Anopheles darlingi infestation levels during the entire study period, and reduced adult mosquito populations during the rainy season.

cagE as a biomarker of the pathogenicity of Helicobacter pylori

IntroductionHelicobacter pylori infection is associated with gastro-duodenal diseases. Genes related to pathogenicity have been described for H. pylori and some of them appear to be associated with more severe clinical outcomes of the infection. The present study investigates the role of cagE as a pathogenicity biomarker of H. pylori compare it to cagA, vacA, iceA and babA2 genes and correlate with endoscopic diagnoses.MethodsWere collected biopsy samples of 144 dyspeptic patients at the Hospital of the Federal University of Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil. After collection, the samples were sent for histological examination, DNA extraction and detection of all putative pathogenicity genes by PCR.ResultsOf the 144 patients undergoing endoscopy, 57 (39.6%) presented H. pylori by histological examination and PCR by detection of the ureA gene. Based on the endoscopic diagnoses, 45.6% (26/57) of the patients had erosive gastritis, while 54.4% (31/57) had enanthematous gastritis. The genes cagA, cagE, vacAs1/m1, vacAs1/m2 and iceA1 were related to erosive gastritis, while the genes vacAs2/m2, iceA2 and babA2 were associated to enanthematous gastritis. We found a statistically significant association between the presence of cagE and the endoscopic diagnosis. However, we detect no statistically significant association between the endoscopic diagnosis and the presence of cagA, vacA, iceA and babA2, although a biological association has been suggested.ConclusionsThus, cagE could be a risk biomarker for gastric lesions and may contribute to a better evaluation of the H. pylori pathogenic potential and to the prognosis of infection evolution in the gastric mucosa.

The performance of four molecular methods for the laboratory diagnosis of congenital toxoplasmosis in amniotic fluid samples

Introduction Toxoplasmosis may be life-threatening in fetuses and in immune-deficient patients. Conventional laboratory diagnosis of toxoplasmosis is based on the presence of IgM and IgG anti-Toxoplasma gondii antibodies; however, molecular techniques have emerged as alternative tools due to their increased sensitivity. The aim of this study was to compare the performance of 4 PCR-based methods for the laboratory diagnosis of toxoplasmosis. One hundred pregnant women who seroconverted during pregnancy were included in the study. The definition of cases was based on a 12-month follow-up of the infants. Methods Amniotic fluid samples were submitted to DNA extraction and amplification by the following 4 Toxoplasma techniques performed with parasite B1 gene primers: conventional PCR, nested-PCR, multiplex-nested-PCR, and real-time PCR. Seven parameters were analyzed, sensitivity (Se), specificity (Sp), positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV), positive likelihood ratio (PLR), negative likelihood ratio (NLR) and efficiency (Ef). Results Fifty-nine of the 100 infants had toxoplasmosis; 42 (71.2%) had IgM antibodies at birth but were asymptomatic, and the remaining 17 cases had non-detectable IgM antibodies but high IgG antibody titers that were associated with retinochoroiditis in 8 (13.5%) cases, abnormal cranial ultrasound in 5 (8.5%) cases, and signs/symptoms suggestive of infection in 4 (6.8%) cases. The conventional PCR assay detected 50 cases (9 false-negatives), nested-PCR detected 58 cases (1 false-negative and 4 false-positives), multiplex-nested-PCR detected 57 cases (2 false-negatives), and real-time-PCR detected 58 cases (1 false-negative). Conclusions The real-time PCR assay was the best-performing technique based on the parameters of Se (98.3%), Sp (100%), PPV (100%), NPV (97.6%), PLR (∞), NLR (0.017), and Ef (99%).