ENFIN--A European network for integrative systems biology.

Integration of biological data of various types and the development of adapted bioinformatics tools represent critical objectives to enable research at the systems level. The European Network of Excellence ENFIN is engaged in developing an adapted infrastructure to connect databases, and platforms to enable both the generation of new bioinformatics tools and the experimental validation of computational predictions. With the aim of bridging the gap existing between standard wet laboratories and bioinformatics, the ENFIN Network runs integrative research projects to bring the latest computational techniques to bear directly on questions dedicated to systems biology in the wet laboratory environment. The Network maintains internally close collaboration between experimental and computational research, enabling a permanent cycling of experimental validation and improvement of computational prediction methods. The computational work includes the development of a database infrastructure (EnCORE), bioinformatics analysis methods and a novel platform for protein function analysis FuncNet.

Direct-on-line axial flux permanent magnet synchronous generator static and dynamic performance

In distributed energy production, permanent magnet synchronous generators (PMSG) are often connected to the grid via frequency converters, such as voltage source line converters. The price of the converter may constitute a large part of the costs of a generating set. Some of the permanent magnet synchronous generators with converters and traditional separately excited synchronous generators couldbe replaced by direct-on-line (DOL) non-controlled PMSGs. Small directly networkconnected generators are likely to have large markets in the area of distributed electric energy generation. Typical prime movers could be windmills, watermills and internal combustion engines. DOL PMSGs could also be applied in island networks, such as ships and oil platforms. Also various back-up power generating systems could be carried out with DOL PMSGs. The benefits would be a lower priceof the generating set and the robustness and easy use of the system. The performance of DOL PMSGs is analyzed. The electricity distribution companies have regulations that constrain the design of the generators being connected to the grid. The general guidelines and recommendations are applied in the analysis. By analyzing the results produced by the simulation model for the permanent magnet machine, the guidelines for efficient damper winding parameters for DOL PMSGs are presented. The simulation model is used to simulate grid connections and load transients. The damper winding parameters are calculated by the finite element method (FEM) and determined from experimental measurements. Three-dimensional finite element analysis (3D FEA) is carried out. The results from the simulation model and 3D FEA are compared with practical measurements from two prototype axial flux permanent magnet generators provided with damper windings. The dimensioning of the damper winding parameters is case specific. The damper winding should be dimensioned based on the moment of inertia of the generating set. It is shown that the damper winding has optimal values to reach synchronous operation in the shortest period of time after transient operation. With optimal dimensioning, interferenceon the grid is minimized.

Product Platform Development from the Product Lines' Perspective: Case of Switching Platform

In the era of fast product development and customized product requirements, the concept of product platform has proven its power in practice. The product platform approach has enabledcompanies to increase the speed of product introductions while simultaneously benefit from efficiency and effectiveness in the development and production activities. The product platforms are technological bases, which can be used to develop several derivative products, and hence, the differentiation can be pushed closer to the product introduction. The product platform development has some specific features, which differ somewhat from the product development of single products. The time horizon is longer, since the product platform¿slife cycle is longer than individual product's. The long time-horizon also proposes higher market risks and the use of new technologies increases the technological risks involved. The end-customer interface might be far away, but there is not a lack of needs aimed at the product platforms ¿ in fact, the product platform development is very much balancing between the varying needs set to it by thederivative products. This dissertation concentrated on product platform development from the internal product lines' perspective of a singlecase. Altogether six product platform development factors were identified: 'Strategic and business fit of product platform', 'Project communication and deliverables', 'Cooperation with product platform development', 'Innovativeness of product platform architecture and features', 'Reliability and quality of product platform', and 'Promised schedules and final product platform meeting the needs'. From the six factors, three were found to influence quite strongly the overall satisfaction, namely 'Strategic and business fit of product platform', 'Reliability and quality of product platform', and 'Promised schedules and final product platform meeting the needs'. Hence, these three factors might be the ones a new product platform development unit should concentrate first in order to satisfy their closest customers, the product lines. The 'Project communication and deliverables' and 'Innovativeness of product platform architecture and features' were weaker contributors to the overall satisfaction. Overall, the factors explained quite well the satisfaction of the product lines with product platform development. Along the research, several interesting aspects about the very basic nature of the product platform development were found. The long time horizon of the product platform development caused challenges in the area of strategic fIT - a conflict between the short-term requirements and long term needs. The fact that a product platform was used as basis of several derivative products resulted into varying needs, and hence the match with the needs and the strategies. The opinions, that the releases of the larger product lines were given higher priorities, give an interesting contribution to the strategy theory of powerand politics. The varying needs of the product lines, the strengths of them as well as large number of concurrent releases set requirements to prioritization. Hence, the research showed the complicated nature of the product platform development in the case unIT - the very basic nature of the product platform development might be its strength (gaining efficiency and effectiveness in product development and product launches) but also the biggest challenge (developing products to meet several needs). As a single case study, the results of this research are not directly generalizable to all the product platform development activities. Instead, the research serves best as a starting point for additional research as well as gives some insights about the factors and challengesof one product development unit.

Live trapping design for the harvest mouse (Micromys minutus) in its summer habitat

documented accurately since 1960. Most records are based on nest findings and there have been few direct observations or captures, mainly because live trapping of this species is not simple. Therefore, an efficient trapping technique is needed for population studies and to facilitate the management of its habitat. By combining the methods used to capture very small (Suncus etruscus) and climbing (Muscardinus avellanarius) mammals, we developed a design using Longworth traps with mouse excluders set on suspended platforms. This allowed us to trap more harvest mice in four field sessions of 60 trap-nights than have ever been caught previously since its discovery in Switzerland.

Reinvention of chemotherapy: drug conjugates and nanoparticles.

PURPOSE OF REVIEW: Recent advances in nanotechnology have addressed some of the issues related to lack of selectivity and nonspecific toxicities associated with conventional chemotherapy. Nanoparticles are therapeutic carriers that can be fine tuned for specific application and for passive or active tumor targeting. RECENT FINDINGS: Although the nanoparticle field is rapidly expanding, there are to date only six nanoparticle-based drug delivery platforms and two antibody-drug conjugates that are clinically approved for cancer therapy. Here, we review the clinical data of liposomal anthracyclines, nanoparticle formulations of paclitaxel and trastuzumab emtansine. We then briefly comment on efficacy and safety issues of nanoparticles, as well as on the next-generation nanoparticles for cancer therapy. SUMMARY: The emerging development of cancer nanotechnology offers the opportunity of reinvestigating the potential of cytotoxic agents, improving tumor targeting and drug delivery, leading to better safety profile and antitumor activity. Adding specificity to nanoparticles may allow personalization of cancer therapy using chemotherapy.

VariScan Software

VariScan is a software package for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the whole genome scale. Among other features, the software:(1) can conduct many population genetic analyses; (2) incorporates a multiresolution wavelet transform-based method that allows capturing relevant information from DNA polymorphism data; and (3) it facilitates the visualization of the results in the most commonly used genome browsers.

Paperikoneiden työskentelytasojen vaatimusten mukainen suunnittelu

Työtasojen kantavien rakenteiden on kestettävä riittävällä varmuudella mm. henkilökuormasta aiheutuvat jännitykset rakenneosissa. Lisäksi tasot eivät saa tuntua notkuvilta niillä käveltäessä, joten rakenteen siirtymille asetetaan rajoituksia. Työssä esitetään yleisimmin epäselvyyttä aiheuttaneet paperikoneiden työskentelytasoille asetetut vaatimukset. Vaatimukset ja niiden täyttäminen esitetään yksiselitteisellä tavalla esimerkiksi sovellettavien kuormitusten osalta. Materiaaliominaisuuksien osalta esitetään tärkeimmät työtasojen suunnittelussa huomioon otettavat asiat yleisimmille austeniittisille ruostumattomille teräksille ja alumiiniseoksille. Työtasorakenteiden mitoitusohjeet esitetään ritilöille, kulmaprofiilista valmistetuille jalkalistoille ja putkipalkista valmistetuille työtasojen kannattimille. Mitoituksessa otetaan myötöehdon ja siirtymärajoitusten lisäksi huomioon mm. levykenttien lommahdus. Kannattimien mitoituksessa otetaan huomioon vinoutuvien liitosten joustavuus ja kestävyys. Lisäksi esitetään mitoitusohjeet kitkaliitoksena toimivalle päätylevyliitokselle, johon kohdistuu mm. taivutus- ja vääntömomenttia.

Harmonising the Modular Product Range

Työn tavoitteena on analysoida KONEen hissien ovituoteperheitä ja harmonisoida modulaarista ovituotevalikoimaa niin, että tulos olisi mahdollisimman suotuisa KONEelle sekä sen sidosryhmille. Harmonisointi toteutetaan, koska KONEen tuotevalikoima on erittäin laaja ja monimutkainen ja siitä syystä erittäin kallis ja vaikea hallita ja ylläpitää. Tavoitteena on selvittää myös termejä modulaarisuus ja tuotealusta olennaisen kirjallisuuden pohjalta. Nykyään yritysten täytyy kehittää tuotevalikoimaa jatkuvasti. Yrityksen koko tuotevalikoiman varioituvuus tulisi kuitenkin pitää järkevissä rajoissa. Moduuleita ja tuotealustoja pitäisi käyttää jakamaan tuotteiden avainelementtejä ja lisäämään varioituvuutta helposti hallittavalla tavalla. Kannattamattomat ja matalavolyymiset tuotteet kuluttavat yrityksen niukkoja resursseja. Tällaiset tuotteet tulisi poistaa tuotevalikoimasta, mutta ei ilman harkintaa. Kannattama-tonkin tuote voi olla erittäin arvokas asiakkaalle ja tällaisen tuotteen hylkääminen voi olla yritykselle pitkällä tähtäimellä erittäin kohtalokasta. Työn tuloksena oli harmonisointiehdotus KONEen AMD-oville ja selvitys harmonisoinnin vaikutuksista. Harmonisointi KONEella päätettiin toteuttaa siten, että matalavolyymiset tuotteet siirrettiin erikoistuotteiden valikoimaan. Myös kustannusanalyysi tukee harmonisointipäätöstä laskentajärjestelmän puutteista huolimatta.

From 'Security for Privacy' to 'Privacy for Security'

This article envisions the use of context-awareness to improve single sign-on solutions (SSO) for mobile users. The attribute-based SSO is expected to increase users' perceived ease of use of the system and service providers' authentication security of the application. From these two features we derive two value propositions for a new business model for mobile platforms. The business model can be considered as an instantiation of the privacy-friendly business model pattern presented in our previous work, reinforcing our claim that privacy-friendly value propositions are possible and can be used to obtain a competitive advantage.

Business Model Considerations for Privacy Protection in a Mobile Location Based Context

In this paper we discuss the main privacy issues around mobile business models and we envision new solutions having privacy protection as a main value proposition. We construct a framework to help analyze the situation and assume that a third party is necessary to warrant transactions between mobile users and m-commerce providers. We then use the business model canvas to describe a generic business model pattern for privacy third party services. This pattern is then illustrated in two different variations of a privacy business model, which we call privacy broker and privacy management software. We conclude by giving examples for each business model and by suggesting further directions of investigation

Suunnitelma lähiverkon toteuttamiseksi oppilaitoksessa

Lähiverkkojen tehtävänä on toimia alustana useille eri tekniikoille ja palveluille. Verkossa liikkuu dataliikenteen lisäksi myös puhetta ja kuvaa. Lähiverkko mahdollistaa oheislaitteiden, kuten tiedostopalvelimien ja tulostimien, jakamisen ja käyttämisen koko lähiverkon alueelta. Organisaation lähiverkkoja voidaan yhdistää teleoperaattoreiden toimesta joten on vaikeaa enää määritellä lähiverkkoa tarkasti. Työssä on käyty läpi Ethernet-tekniikan peruselementit ja verkkotopologiat. Selvitystyö kattaa koko Ethernetin kehityshistorian jaetun media väylästä nykyaikaiseen täysin kytkentäiseen Ethernettiin asti sekä sen eri kaapelointimahdollisuudet. Verkoissa liikennöintiin ja valvontaan tarvittavien protokollien ja palveluiden toiminta on esitelty, samoin kuin tyypillisempien verkon aktiivilaitteiden toiminta. Verkon nykytilan kartoituksen kautta lopputuloksena esitetään uuden verkon fyysinen rakenne sekä verkon toiminnan kannalta keskeisimmät palvelut. Verkon fyysinen rakenne perustuu yleiskaapelointistandardiin EN 50173-1. Verkossa tapahtuvan ja verkkoon kohdistuvan opetuksen erityispiirteistä ja ongelmista esitetään ratkaisut niin teknisistä kuin tietoturvallisuuden näkökohdista . Kustannusarviossa keskitytään verkon komponenttien hintoihin ja tehdään vertailu kahden eri kytkimen hinnoista ja ominaisuuksista. Johtopäätöksissä pohditaan verkonsuunnittelun uusia suuntia SAN-verkkojen näkökulmasta.

Production Control Principles in Printed Wiring Board Fabrication

Työn tavoitteena oli kuvata piirilevyvalmistaja Aspocomp Oy:n Espoon tehtaan tämän hetkinen tuotannonohjausperiaate ja tunnistaa siinä esiintyvät puutteet sekä kehittää vaihtoehtoinen tuotannonohjausperiaate piirilevyvalmistukseen. Vaihtoehtoisen ohjausperiaatteen lähtökohtana oli tuotannonohjauksen sopeuttaminen vaativaan ja jatkuvasti muuttuvaan liiketoimintaympäristöön. Työn teoreettinen osa keskittyi tuotannonohjauksen eri lähestymistapoihin. Kirjallisuuskatsauksessa esitetään eri tuotannonohjausperiaatteiden keskeiset sisällöt, jotka muodostavat rungon toimivalle tuotannonohjauskäytännölle. Työn kokeellinen osa keskittyi Espoon piirilevytehtaan tuotannonohjausperiaatteen selvittämiseen. Espoon piirilevytehtaan nykyisessä tuotannonohjausperiaatteessa havaittujen ongelmakohtien ja liiketoimintaympäristön vaatimusten perusteella kehitettiin vaihtoehtoinen tuotannonohjaustapa. Vaihtoehtoisen tuotannonohjaustavan päämääränä oli läpimenoajan lyhentäminen sekä tuotannon parempi hallittavuus. Vaihtoehtoinen toimintamalli tavoitteiden saavuttamiseksi perustuu pullonkaulateoriaan, jossa keskeisin muutos nykyiseen toimintamalliin oli puolivalmisteiden varastointi toimitusajan lyhentämiseksi sekä tuotantovolyymin heilahdusten vaikutusten vähentämiseksi. Työn kokeellisessa osassa ilmeni, että kysynnän muutokset ja kapasiteetin suunnittelun puute aiheuttivat ongelmia piirilevytehtaan tuotannonohjauksessa.

Respecting the deal: Economically sustainable management of open innovation among co-opeting companies

Platforms like eBay allow product seekers and providers to meet and exchange goods. On eBay, consumers can return a product if it does not correspond to expectations; eBay is the third-party firm in charge of assuring that the agreement among seekers and providers will be respected. Who provides the same service for what concerns open innovation, where specifications might not fully defined? This paper describes the business model of an organizational structure to support the elicitation and respect of agreements among agents, who have conflicting interests but that gain from cooperating together. Extending previous studies, our business model takes into account the economic dimensions concerning the needs of knowledge share and mutual control to allow a third-party to sustainably reinforce trust among untrusted partners and to lower their overall relational risk.

Design and Implementation of Peer-to-Peer Network over Bluetooth

During the last half decade the popularity of different peer-to-peer applications has grown tremendously. Traditionally only desktop-class computers with fixed line network connections have been powerful enough to utilize peer-to-peer. However, the situation is about to change. The rapid development of wireless terminals will soon enable peer-to-peer applications on these devices as well as on desktops. Possibilities are further enhanced by the upcoming high-bandwidth cellular networks. In this thesis the applicability and implementation alternatives of an existing peer-to-peer system are researched for two target platforms: Linux powered iPaq and Symbian OS based smartphone. The result is a peer-to-peer middleware component suitable for mobile terminals. It works on both platforms and utilizes Bluetooth networking technology. The implemented software platforms are compatible with each other and support for additional network technologies can be added with a minimal effort.

VLANien käyttöönotto ja reititys kytkentäisessä lähiverkossa

Lähiverkkojen merkitys organisaatioiden toiminnassa on tänä päivänä tärkeämpi kuin koskaan aiemmin. Lähiverkot toimivat alustana useille tekniikoille ja palveluille. Lähiverkossa liikkuu dataliikenteen lisäksi myös puhetta ja kuvaa. Verkko mahdollistaa oheislaitteiden, kuten tiedostopalvelimien ja tulostimien, jakamisen ja käyttämisen koko verkon alueelta. Lähiverkkojen yhdistäminen voidaan toteuttaa teleoperaattoreiden toimesta, joten on vaikeaa enää määritellä lähiverkkoa tarkasti. Tämän diplomityön päätavoitteena oli muodostaa tehokas kytkentäinen lähiverkkoarkkitehtuuri. Keskeisenä osana työhön liittyy virtuaaliset lähiverkot, niiden käyttöönotto sekä reititys. Työn teoriaosassa käydään läpi lähiverkon ja tärkeimmän lähiverkkotekniikan, Ethernet-tekniikan peruselementit. Lisäksi käydään läpi TCP/IP- tekniikan periaate, sen keskeisimmät protokollat, VLAN-tekniikka sekä IP-reititys. Työosuudessa toteutettu Pilottiverkko muodostetaan Ciscon kytkin- ja reititinlaitteilla virtuaaliseen oppilaitosympäristöön. Pilottiverkon avulla esitetään vastaukset työn vaatimusmäärittelyihin, joita ovat verkon muunneltavuuden helppous, useiden broadcast-alueiden toteuttamisen mahdollisuus sekä käyttörajoituksiin perustuvan tietoturvan ja vikasietoisuuden mahdollistaminen verkossa.