ICGE: an R package for detecting relevant clusters and atypical units in gene expression

Background: Gene expression technologies have opened up new ways to diagnose and treat cancer and other diseases. Clustering algorithms are a useful approach with which to analyze genome expression data. They attempt to partition the genes into groups exhibiting similar patterns of variation in expression level. An important problem associated with gene classification is to discern whether the clustering process can find a relevant partition as well as the identification of new genes classes. There are two key aspects to classification: the estimation of the number of clusters, and the decision as to whether a new unit (gene, tumor sample ... ) belongs to one of these previously identified clusters or to a new group. Results: ICGE is a user-friendly R package which provides many functions related to this problem: identify the number of clusters using mixed variables, usually found by applied biomedical researchers; detect whether the data have a cluster structure; identify whether a new unit belongs to one of the pre-identified clusters or to a novel group, and classify new units into the corresponding cluster. The functions in the ICGE package are accompanied by help files and easy examples to facilitate its use. Conclusions: We demonstrate the utility of ICGE by analyzing simulated and real data sets. The results show that ICGE could be very useful to a broad research community.

Kalman Filtering in R

Support in R for state space estimation via Kalman filtering was limited to one package, until fairly recently. In the last five years, the situation has changed with no less than four additional packages offering general implementations of the Kalman filter, including in some cases smoothing, simulation smoothing and other functionality. This paper reviews some of the offerings in R to help the prospective user to make an informed choice.

Cartas enviadas por Francisco R. de Arbulu a Justo Garate en 1970

12 cartas y 2 notas (manuscritas) ; entre 160x215mm y 240x350mm. Ubicación: Caja 1 - Carpeta 41

Cartas enviadas por Francisco R. de Arbulu a Justo Garate entre 1972 y 1973

12 cartas (manuscritas) ; entre 215x230mm y 210x2970mm. Ubicación: Caja 1 - Carpeta 41

Alvará de declaração com força de Lei, pelo qual V.A.R. ha por bem ordenar, que os Ministros, quando despacharem o levantamento dos depositos feitos no Banco Nacional, o fação por precatorios expedidos na conformidade do que se acha determinado para a Junta da Administração dos depositos de Lisboa no Alvará de seis de julho de mil setecentos cincoenta e quatro, na forma acima exposta : para Vossa Alteza Real ver

Variação do Título : Obrigação de precatorias para levantamento de depositos no Banco do Brasil.

Alvará, pelo qual V.A.R. ha por bem estabelecer hum methodo de Thesourarias Geraes para o Exercito, em que se reuna exactidão na fiscalização da Fazenda Real como prompto pagamento das tropas, extinguindo as Thesourarias, e Pagadorias, que agora existem, tudo como acima se declara : para Vossa Alteza Real ver

Variação do Título : Regulamento das Tesourarias Gerais do Exercito.

Tarjeta enviada por R. Azkue a Justo Garate en 1925

1 tarjeta (manuscrita) ; 136x92mm. Ubicación: Caja 1 - Carpeta 83

Toxicity of Gramoxone super(R) and detergent to nile tilapia (Oreochromis niloticus) L. fingerlings

Acute toxicity tests on the effects of Gramoxone and detergent (both applied as a single dose) to nile tilapia, Oreochromis niloticus, fingerlings (mean weight 2.7~c1 g) were conducted using static bioassay. The 96-h LC sub(50) of Gramoxone and detergent applied were 0.08ml/l and 0.004 g/l, respectively. The fingerlings showed increased hyperactivities exemplified by erratic movement, loss of reflex, and hyperventilation during the period of exposure. These effects increased with increasing concentrations of Gramoxone or detergent throughout the duration of exposure. Tilapia fingerlings of the same size showed different levels of tolerance to the same concentration of both pollutants

Fundamental aspects of the feeding of the amphipod Gammarus (R.) balcanicus (Crustacea, Amphipoda). [Translation from: Nauchn.Dokl.vyssh.Shkoly (Biol.Nauk) 1970(7) 12-16, 1970]

The amphipods are major food items for many commercial fishes, and they are used as protein food for agricultural animals. In the present paper are presented the results of four-year observations on the feeding of Gammarus balcanicus in nature and in an aquarium. Among the studied aspects were the dependence of daily food ration on sex and physiological state (with and without eggs) and feeding on different kinds of plant food. The study concludes that Gammarus balcanicus willingly feed on soft half-decayed plant residues; into their ration also enters food of animal origin. In contrast to other amphipods, G. balcanicus eats representatives of its own species very rarely, and only dead or immobile ones.

Estudo da enzima Horseradish peroxidase (HRP) no descoramento dos corantes têxteis Azul Drimaren X-3LR, Azul Drimaren X-BLN, Rubinol Drimaren X-3LR e Azul Drimaren CL-R

O presente trabalho avaliou o potencial da enzima HRP no descoramento dos corantes têxteis: Azul Drimaren X-3LR (DMBLR), Azul Drimaren X-BLN (DMBBLN), Rubinol Drimaren X-3LR (DMR) e Azul Drimaren CL-R (RBBR). Parâmetros como concentração do corante, temperatura, concentração de peróxido de hidrogênio (H2O2) e tempo de reação foram otimizados. Os ensaios de descoramento dos corantes foram realizados a partir desses resultados. As melhores condições reacionais determinadas para os corantes estudados foram: concentração do corante = 120 mg L-1, temperatura = 35C, concentração de H2O2 = 0,55 mM e tempo de reação = 1 hora. Os percentuais de descoramento dos corantes DMBLR, DMBBLN, DMR e RBBR, após o tratamento enzimático foi de 99, 77, 94 e 97%, respectivamente. O tempo reacional de 5 minutos foi suficiente para os corantes DMBLR e RBBR apresentarem elevada porcentagem de descoramento, 96% para ambos. Já os corantes DMBBLN e DMR só apresentaram elevado grau de descoramento após 1 hora de reação, sendo o corante DMBBLN o mais recalcitrante, apresentando uma melhora de 10% na porcentagem de descoramento, após 24 horas de reação. Além do grau de descoramento, também foi avaliada a toxicidade dos corantes antes e após o tratamento enzimático utilizando Daphnia pulex e Artemia salina como bioindicadores de toxicidade. Resultados toxicológicos utilizando Daphnia pulex não foram conclusivos, indicando que esse bioindicador não foi adequado para avaliar a toxicidade dos corantes estudados no meio reacional utilizado. Com o uso da Artemia salina na avaliação toxicológica foi observado uma redução da toxicidade para os corantes DMBLR, DMR e RBBR após tratamento enzimático, e um aumento da toxicidade não significativo para o corante DMBBLN. Os resultados obtidos no trabalho ressaltam a eficiência da enzima HRP no descoramento dos corantes têxteis estudados, sem a geração de produtos tóxicos e prejudiciais ao meio ambiente

Filtering N.M.R. spectra

Methods of filtering an n.m.r. spectrum which can improve the resolution by as much as a factor of ten are examined. They include linear filters based upon an information theory approach and non-linear filters based upon a statistical approach. The appropriate filter is determined by the nature of the problem. Once programmed on a digital computer they are both simple to use.

These filters are applied to some examples from ¹³C and ¹⁵N n.m.r. spectra.

Some data on the predacious behaviour of tendipidae larvae [Translation from: C. R. Acad. Sci. U.R.S.S. 111, 466-4, 1956]

A study has been made primarily of the food of the chironomid Procladius nigriventris: this includes Alona affinis, Bosmina coregoni, Camptocercus, Eucyclops serrulatus, Paracyclops fimbriatus, Acanthocyclops viridis, Harpacticoida, Diaptomus graciloides, Ostracods, Chironomus sp, Polypedilum sp and Tanytarsus sp. Chironomus larvae usually found in the gut are in their 1st or 2nd instars , though occasional 3rd instars are present. The study summarises other findings on the feeding behaviour of Procladius nigriventris.