KIAA1985, a Protein Mutant in Charcot-Marie-Tooth Neuropathy, Links Peripheral Nerve Myelination to Endosomal Recycling Pathways

Charcot-Marie-Tooth neuropathy (CMT) represents a heterogenous group of inherited disorders of the peripheral nervous system. One form of autosomal recessive demyelinating CMT (CMT4C, 5q32) is caused by mutations in the gene encoding KIAA1985, a protein of so far unknown function. Here we show that KIAA1985 is exclusively expressed in Schwann cells. KIAA1985 is tethered to cellular membranes through an N-terminal myristic acid anchor and localizes to the perinuclear recycling compartment. A search for proteins that interact with KIAA1985 identified the small GTPase Rab11, a key regulator of recycling endosome functions. CMT4C-related missense mutations disrupt the KIAA1985/Rab11 interaction. Protein binding studies indicate that KIAA1985 functions as a Rab11 effector, as it interacts only with active forms of Rab11 (WT and Q70L) and does not interact with the GDP locked mutant (S25N). Consistent with a function of Rab11 in Schwann cell myelination, myelin formation was strongly impaired when dorsal root ganglion neurons were co-cultured with Schwann cells infected with Rab11 S25N. Our data indicate that the KIAA1985/Rab11 interaction is relevant for peripheral nerve pathophysiology and place endosomal recycling on the list of cellular mechanisms involved in Schwann cell myelination.

Öljyvahinkojätteiden käsittely alusonnettomuuden jälkeen Kymenlaakson alueen näkökulmasta

Työn tavoitteena oli selvittää Suomenlahden rannalta merkittävän suuruisen alusöljyvahingon jälkeen kerättävän öljyisen jätteen käsittelymahdollisuudet ja -kapasiteetit sekä loppusijoitusmahdollisuudet ja -kapasiteetit Kymenlaakson alueen näkökulmasta. Tarkoituksena oli selvittää, missä jätteiden käsittely voidaan toteuttaa sekä, miten öljyisiä jätteitä voidaan esikäsitellä välivarastoinnin aikana puhdistuksen ja loppusijoituksen tehostamiseksi. Tutkimuksen kohteena oli sekä rannalta kerättävät kiinteät öljyiset ainekset että öljyinen merivesi. Työn alussa on perehdytty jätehuoltovastuuseen, eli kenen vastuulla öljyalusonnettomuuksissa syntyvät öljyiset jätteet ovat. Työssä on esitelty lyhyesti öljyvahinkojätteille teknisesti soveltuvien käsittelymenetelmien periaatteet ja menetelmien rajoituksia käsitellä öljyvahinkojätetteitä. Työssä on myös mainittu aiemmin Suomea koskettaneiden tai maailmalla tapahtuneiden alusöljyvahinkojen jätemääriä ja tapauksissa käytettyjä jätteiden käsittelymenetelmiä. Työ painottuu esittelemään Kymenlaakson alueen laitosten, Riihimäen Ekokem Oy Ab:n ja siirrettävien laitteistojen mahdollisuuksia käsitellä öljyisiä jätteitä. Lisäksi on esitelty öljyisen meriveden käsittelyyn soveltuvia laitoksia Kymenlaakson alueen näkökulmasta. Tietoja on kerätty puhelimitse ja sähköpostitse yritysten edustajilta vuoden 2007 aikana. Kymenlaakson alueella voidaan polttaa voimalaitosten leijupedeissä puhtaaseen polttoaineeseen sekoitettuja öljyisiä orgaanisia aineksia ja murskautuvia puhdistustyössä käytettyjä varusteita noin 10 000 t/a, homogenoitua öljyistä orgaanista ainesta voidaan polttaa Leca-soratehtaan rumpu-uunissa noin 1 200 t/a. Alueen polttokapasiteetti kasvaa, kun työn aikana rakenteilla oleva jätteenpolttolaitos valmistuu ja jätettä voidaan polttaa laitoksen arinalla. Haihtuvilla öljy-yhdisteillä pilaantuneita maa-aineksia voidaan alipainekäsitellä, jos yhdisteet eivät ole haihtuneet jo merellä. Erityisesti öljyiset maaainekset voidaan käsitellä alhaisilla öljypitoisuuksilla (öljypitoisuus noin alle 1-2 %) bitumistabiloimalla, aumakompostoimalla tai pesemällä siirrettävällä pesulaitteistolla. Kymenlaakson alueelle voidaan tuoda myös alueen ulkopuolelta siirrettäviä laitteistoja. Siirrettävät termodesorptiolaitteistot on tehty pilaantuneen maa-aineksen ensisijaiseen käsittelyyn, mutta samalla voidaan käsitellä myös muita jätejakeita, joilla on pieni partikkelikoko (alle 5-10 cm). Savaterra Oy:n siirrettävän termodesorptiolaitteiston kapasiteettiarvio on 100 000 t/a. Myös Niska & Nyyssönen Oy:llä on siirrettävä termodesorptiolaitteisto. Doranova Oy:n siirrettävän pesulaitteiston kapasiteettiarvio on 30 000- 50 000 t/a öljyistä maa-ainesta. Tutkimuksessa on ollut mukana myös Riihimäen Ekokem Oy Ab:n jätevoimala, jonka kapasiteettiarvio on 40 000-45 000 t/a erityisesti öljyisille orgaanisille aineksille, varusteille ja kuolleille eläimille. Riihimäen Ekokem Oy Ab:n ongelmajätelaitoksen rumpuuuneissa voidaan käsitellä arviolta 80 000-100 000 t/a öljyisiä maa-aineksia eli kiinteitä jätteitä, joiden partikkelikoko on suunnilleen alle 10 cm, ja 20 000 t/a nestemäisiä öljyisiä jätteitä. Työn loppupuolella on esitelty myös öljyisen meriveden käsittelyyn soveltuvia laitoksia ja niiden rajoituksia käsitellä kyseistä jätettä. Kyseisten laitosten kapasiteetit selviävät usein vasta onnettomuuden sattuessa. Kaikkiin annettuihin kapasiteettiarvioihin vaikuttaa merkittävästi jätteen koostumus. Raportin lopussa on esitelty alustava toimintasuunnitelma öljyvahinkojätteen käsittelemiseksi. Suunnitelmaan sisältyvät eri jätejakeille laaditut kaaviot, joista voi nähdä muun muassa eri jätekoostumuksille teknisesti soveltuvat käsittelymenetelmät ja käsittelymenetelmiä suorittavat yritykset. Öljyalusonnettomuuden sattuessa soveltuviin yrityksiin tulee ottaa yhteyttä ja selvittää kyseisellä hetkellä vapaana oleva käsittelykapasiteetti. Raportissa on myös esitelty käsittelykustannuksiin vaikuttavia tekijöitä ja arvioitu aiheutuvia kuljetuskustannuksia. Saadut tutkimustulokset ovat hyödynnettävissä erityisesti Kymenlaakson alueella. Tiedot käsittelymenetelmistä ja niiden rajoitteista ovat hyödynnettävissä valtakunnallisesti.

Jätteen määrän vähentäminen ja jätteenkäsittelymahdollisuuksien selvittäminen pinnoitetehtaassa

EU:n mukanaan tuomat uudet vaatimukset jätteenpoltolle aiheuttavat suuria muutoksia Dynea Overlays Oy:n jätteen käsittelylle. Samalla tehdasalueella tapahtuva jätteenpoltto päättyy todennäköisesti vuoden 2005 lopulla. Tästä syystä tehtaalla syntyville jätteille haettiin uusia hävitysreittejä. Jokaiselle jätejakeelle löydettiin uusi hävitysvaihtoehto, jotka pääosin ovat jätteen hyödyntämistä energiana. Pinnoitejätteet, kovetetut hartsit ja kuitujäte hyödynnetään energiana, tyhjät kertakäyttökontit joko otetaan uudelleenkäyttöön tai toimitetaan purettuina metallin- ja muovinkeräykseen. Työn toinen tavoite oli jätteen määrän vähentäminen. Jätteen määrää vähentämällä saadaan alennettua jätteenkäsittelykustannuksia sekä parannettua saantoa. Saanto on mittari, jota seurataan Dynean kaikilla pinnoitetehtailla ympäri maailmaa. Yrityksen johto on asettanut tavoitteeksi nostaa saannon vuoden 2003 tasolta 90 % tasolle 93 % vuoden 2004 loppuun mennessä. Jo vuoden 2004 ensimmäisinä kuukausina saanto näyttää parantuneen tavoitetasolle asiaan kiinnitetyn huomion ja tarkentuneen raportoinnin seurauksena.

Characterisation of Hydrophobic Nonfibrous Material and Its Removal From Pulp Suspension

Paperin ja kartongin kierrätys lisääntyy taloudellisten intressien ja ympäristöhygieenisten tavoitteiden takia jatkuvasti. Lisääntyvän kierrätyksen myötä myös paperin ja kartongin epäpuhtauksien määrä kasvaa, mikä huonontaa kierrätysraaka-aineen laatua. Tämän työn tarkoituksena on antaa perustietoa eräästä kartongin päällystyksessä käytettävästä hydrofobisesta materiaalista, epäpuhtaan kartongin kierrätyksestä sekä ongelmista, joita epäpuhtaan kartongin kierrätyksestä syntyy. Kierrätyskuidun fraktiointi on yksinkertainen prosessi aallotuskartongin, testilainerin ja taivekartongin valmistuksessa. Kierrätysprosessin ensisijaisia tehtäviä ovat kuidutus ja epäpuhtauksien poisto sekä näiden epäpuhtauksien vaikutusten eliminointi, jotta kierrätysmassan laatuvaatimukset täyttyvät. Lisääntynyt epäpuhtauksien määrä raaka-aineessa asettaa vaatimuksia lajitteluprosessin kehittämiseksi. Nykyaikaisilla kierrätyslaitoksilla ei pystytä käsittelemään ylettömiä määriä epäpuhtauksia. Epäpuhtaudet aiheuttavat ongelmia ajettavuuteen ja heikentävät tuotteen laatua kierrätysprosessissa. Epäpuhtauksien poistoon on olemassa useita teknisiä ratkaisuja, mutta minkään niistä ei ole todettu täysin poistavan kaikkia ongelmia. Työn kokeellisessa osassa kartongin päällystykseen käytettävää hydrofobista materiaalia analysoitiin erilaisin menetelmin. Tutkittiin myös erilaisten olosuhteiden vaikutusta tämän materiaalin poistoon.

Kuivajätteen hyödyntämisprosessi

Jätemäärät Suomessa ja useimmissa muissakin maissa ovat kasvavia tehostuneesta kierrätyksestä huolimatta. Kaatopaikka on edelleen yleisin jätteen loppusijoituspaikka. Sinne päätyy paljon kierrätettäväksi kelpaavaa materiaalia muun muassa kuitumateriaalia, joka olisi käyttökelpoista uusiomassan raaka-ainetta. Metso Paper Oy on kehittänyt prosessin, jolla voidaan erottaa kuitumateriaali kuiva- tai energiajätteestä. Prosessista on rakennettu siirrettavä koelaitteisto, jonka tarkoituksena on osoittaa, että kuidun talteenotto kuivajätteestä on mahdollista sekä taloudellisesti mielekästä. Työn alkuosassa tarkastellaan uusiokuidun ominaisuuksia ja sen käyttökohteita. Lisäksi tarkastellaan kuivajätteen hyödyntämistä hylsykartongin ja kierrätettävän muovin raaka-aineena. Työn tavoitteena on arvioida erilaisten raaka-aineiden soveltuvuutta prosessiin koeajotulosten pohjalta sekä tarkastella saavutettuja massan laatuarvoja ja niiden soveltuvuutta erilaisiin paperi- ja kartonkituotteisiin. Ominaisuuksiltaan uusiokuitu on aina ensikuitua heikompi. Kuivajätteestä voidaan prosessilla erottaa kuitua, joka laadultaan kelpaa ainakin ruskeisiin pakkausmateriaaleihin.

Morph-specific genetic and environmental variation in innate and acquired immune response in a color polymorphic raptor.

Genetic color polymorphism is widespread in nature. There is an increasing interest in understanding the adaptive value of heritable color variation and trade-off resolution by differently colored individuals. Melanin-based pigmentation is often associated with variation in many different life history traits. These associations have recently been suggested to be the outcome of pleiotropic effects of the melanocortin system. Although pharmacological research supports that MC1R, a gene with a major role in vertebrate pigmentation, has important immunomodulatory effects, evidence regarding pleiotropy at MC1R in natural populations is still under debate. We experimentally assessed whether MC1R-based pigmentation covaries with both inflammatory and humoral immune responses in the color polymorphic Eleonora's falcon. By means of a cross-fostering experiment, we disentangled potential genetic effects from environmental effects on the covariation between coloration and immunity. Variation in both immune responses was primarily due to genetic factors via the nestlings' MC1R-related color genotype/phenotype, although environmental effects via the color morph of the foster father also had an influence. Overall, dark nestlings had lower immune responses than pale ones. The effect of the color morph of the foster father was also high, but in the opposite direction, and nestlings raised by dark eumelanic foster fathers had higher immune responses than those raised by pale foster fathers. Although we cannot completely discard alternative explanations, our results suggest that MC1R might influence immunity in this species. Morph-specific variation in immunity as well as pathogen pressure may therefore contribute to the long-term maintenance of genetic color polymorphism in natural populations.

Odor emission control and reduce in betaine manufacture

This thesis was made in Naantali plant of Finnfeeds Finland Oy. In this thesis the main study was in reducing, controlling, measuring and processing odour effluents in various methods. Also are considered legislation, marketing issues and environmental requirements of reducing of odour effluents. The literature review introduces odours complications, legislations and various methods of odour removal. There is also a review of volatile organic compounds detection and measuring methods. The experimental section consists TD-GC-MS-measurements and expansive measurements with electronic nose. Electronic nose is a new solution for recognition and measuring industrial odours. In this thesis the electronic nose was adapted into reliable recognition and measuring method. Measurements with electronic nose was made in betaine factory and main targets were odour removal process and other odours from factory. As a result of experimental work with TD-GC-MS-measurements becomes odour compound of 2-and 3- methylbutanal and dimethyldisulfide, which odour is sweet and fug. Extensive study with electronic nose found many developmental subjects. Odour balance measurements of factory and after calculation made adjustment of odour removal process, over all odour effluent to environment will reduce 25 %.

Fiscal sustainability and fiscal shocks in a dollarized and oil-exporting country: Ecuador

This paper investigates the fiscal sustainability of an emerging, dollarized, oil-exporting country: Ecuador. A cointegrated VAR approach is adopted in testing, first, if the intertemporal budget constraint is satisfied in Ecuador and, second, in identifying the permanent and transitory shocks that affect a fiscal policy characterized by inertia and a heavy dependence on oil revenues. Following confirmation that the debt-GDP ratio does not place the Ecuadorian budget under any pressure, we reformulate the model and identify two forces that push the fiscal system out of equilibrium, namely, economic activity and oil revenues implemented in the government budget. We argue that Ecuador needs to recover control of its monetary policy and to promote the diversification of its economy in order that non-oil tax revenues can replace oil revenues as a pushing force. Finally, we calculate quarterly elasticities of tax revenues with respect to Ecuador’s GDP and that of eight Eurozone countries. We illustrate graphically how the Eurozone countries with low positive or high negative elasticities’ levels suffer debt problems after the crisis. This finding emphasizes the pressing need for Ecuador to strengthen the connection between its tax revenues and output, and also suggests that the convergence of these elasticities in the Eurozone might contribute to the success of an eventually future fiscal union.

Ribosome profiling reveals the rhythmic liver translatome and circadian clock regulation by upstream open reading frames.

Mammalian gene expression displays widespread circadian oscillations. Rhythmic transcription underlies the core clock mechanism, but it cannot explain numerous observations made at the level of protein rhythmicity. We have used ribosome profiling in mouse liver to measure the translation of mRNAs into protein around the clock and at high temporal and nucleotide resolution. We discovered, transcriptome-wide, extensive rhythms in ribosome occupancy and identified a core set of approximately 150 mRNAs subject to particularly robust daily changes in translation efficiency. Cycling proteins produced from nonoscillating transcripts revealed thus-far-unknown rhythmic regulation associated with specific pathways (notably in iron metabolism, through the rhythmic translation of transcripts containing iron responsive elements), and indicated feedback to the rhythmic transcriptome through novel rhythmic transcription factors. Moreover, estimates of relative levels of core clock protein biosynthesis that we deduced from the data explained known features of the circadian clock better than did mRNA expression alone. Finally, we identified uORF translation as a novel regulatory mechanism within the clock circuitry. Consistent with the occurrence of translated uORFs in several core clock transcripts, loss-of-function of Denr, a known regulator of reinitiation after uORF usage and of ribosome recycling, led to circadian period shortening in cells. In summary, our data offer a framework for understanding the dynamics of translational regulation, circadian gene expression, and metabolic control in a solid mammalian organ.

Mergers and difference-in-difference estimator : why firms do not increase prices?

Difference-in-Difference (DiD) methods are being increasingly used to analyze the impact of mergers on pricing and other market equilibrium outcomes. Using evidence from an exogenous merger between two retail gasoline companies in a specific market in Spain, this paper shows how concentration did not lead to a price increase. In fact, the conjectural variation model concludes that the existence of a collusive agreement before and after the merger accounts for this result, rather than the existence of efficient gains. This result may explain empirical evidence reported in the literature according to which mergers between firms do not have significant effects on prices.

Vertical relations and local competition : an empirical approach

The analysis of vertical industry relations forms an essential element in the field of industrial organization. This paper tests hypotheses derived from transaction cost theory and the principal-agent problem in Chile’s petrol market. It shows that local competition plays an important role in the choice of a disintegrated vertical structure, and that low levels of service investment have the same effect. Conversely, the number of own-brand outlets and a high level of investment in services reduce the probability of disintegration. The paper demonstrates that vertical disintegration has a null effect on wholesale petrol prices and a positive effect on retail petrol prices of between 1.6 and 7 per cent, depending on fuel type.

Cooperation in R&D, firm size and type of partnership: Evidence for the Spanish automotive industry

This paper aims to analyse cooperation in R&D in the automobile industry in Spain. It first examines to what extent firms cooperate with external actors in the field of technological innovation, and if so, with what type of cooperation partner, paying special attention to the differentiation according to the size of the firms. Second, it aims to study how the firm’s size may affect not only the decision of cooperating but also with which type of partner, while controlling for other determinants that have been considered in the literature as main drivers of collaborative activities in R&D. We use data provided by the Technological Innovation Panel in the 2006-2008 period for firms in the automotive sector. We estimate a bivariate probit model that takes into account the two types of cooperation mostly present in the automotive industry, vertical and institutional, explicitly considering the interdependencies that may arise in the simultaneous choice of both.

Mediterranean-climate streams and rivers: geographically separated but ecologically comparable freshwater systems

Streams and rivers in mediterranean-climate regions (med-rivers in med-regions) are ecologically unique, with flow regimes reflecting precipitation patterns. Although timing of drying and flooding is predictable, seasonal and annual intensity of these events is not. Sequential flooding and drying, coupled with anthropogenic influences make these med-rivers among the most stressed riverine habitat worldwide. Med-rivers are hotspots for biodiversity in all med-regions. Species in med-rivers require different, often opposing adaptive mechanisms to survive drought and flood conditions or recover from them. Thus, metacommunities undergo seasonal differences, reflecting cycles of river fragmentation and connectivity, which also affect ecosystem functioning. River conservation and management is challenging, and trade-offs between environmental and human uses are complex, especially under future climate change scenarios. This overview of a Special Issue on med-rivers synthesizes information presented in 21 articles covering the five med-regions worldwide: Mediterranean Basin, coastal California, central Chile, Cape region of South Africa, and southwest and southern Australia. Research programs to increase basic knowledge in less-developed med-regions should be prioritized to achieve increased abilities to better manage med-rivers.

Cooperation in R&D, firm size and type of partnership: Evidence for the Spanish automotive industry

This paper aims to analyse cooperation in R&D in the automobile industry in Spain. It first examines to what extent firms cooperate with external actors in the field of technological innovation, and if so, with what type of cooperation partner, paying special attention to the differentiation according to the size of the firms. Second, it aims to study how the firm’s size may affect not only the decision of cooperating but also with which type of partner, while controlling for other determinants that have been considered in the literature as main drivers of collaborative activities in R&D. We use data provided by the Technological Innovation Panel in the 2006-2008 period for firms in the automotive sector. We estimate a bivariate probit model that takes into account the two types of cooperation mostly present in the automotive industry, vertical and institutional, explicitly considering the interdependencies that may arise in the simultaneous choice of both.

Empirical analysis of solid management waste costs: Some evidence from Galicia, Spain

This paper analyses the factors that determine solid waste service costs. The empirical analysis is based on information derived from a survey conducted in a sample of Galician municipalities. The results reveal economies of scale in municipalities of fewer than 50,000 inhabitants, such that cooperation between these municipalities could lead to cost savings. It also appears that private delivery is not cheaper than public delivery. Finally, designating a larger proportion of the total waste volume to recycling does not imply greater costs.