A user-friendly web portal for T-Coffee on supercomputers

Background: Parallel T-Coffee (PTC) was the first parallel implementation of the T-Coffee multiple sequence alignment tool. It is based on MPI and RMA mechanisms. Its purpose is to reduce the execution time of the large-scale sequence alignments. It can be run on distributed memory clusters allowing users to align data sets consisting of hundreds of proteins within a reasonable time. However, most of the potential users of this tool are not familiar with the use of grids or supercomputers. Results: In this paper we show how PTC can be easily deployed and controlled on a super computer architecture using a web portal developed using Rapid. Rapid is a tool for efficiently generating standardized portlets for a wide range of applications and the approach described here is generic enough to be applied to other applications, or to deploy PTC on different HPC environments. Conclusions: The PTC portal allows users to upload a large number of sequences to be aligned by the parallel version of TC that cannot be aligned by a single machine due to memory and execution time constraints. The web portal provides a user-friendly solution.

End-tidal carbon dioxide monitoring using a naso-buccal sensor is not appropriate to monitor capnia during non-invasive ventilation.

BACKGROUND: In acute respiratory failure, arterial blood gas analysis (ABG) is used to diagnose hypercapnia. Once non-invasive ventilation (NIV) is initiated, ABG should at least be repeated within 1 h to assess PaCO2 response to treatment in order to help detect NIV failure. The main aim of this study was to assess whether measuring end-tidal CO2 (EtCO2) with a dedicated naso-buccal sensor during NIV could predict PaCO2 variation and/or PaCO2 absolute values. The additional aim was to assess whether active or passive prolonged expiratory maneuvers could improve the agreement between expiratory CO2 and PaCO2. METHODS: This is a prospective study in adult patients suffering from acute hypercapnic respiratory failure (PaCO2 ≥ 45 mmHg) treated with NIV. EtCO2 and expiratory CO2 values during active and passive expiratory maneuvers were measured using a dedicated naso-buccal sensor and compared to concomitant PaCO2 values. The agreement between two consecutive values of EtCO2 (delta EtCO2) and two consecutive values of PaCO2 (delta PaCO2) and between PaCO2 and concomitant expiratory CO2 values was assessed using the Bland and Altman method adjusted for the effects of repeated measurements. RESULTS: Fifty-four datasets from a population of 11 patients (8 COPD and 3 non-COPD patients), were included in the analysis. PaCO2 values ranged from 39 to 80 mmHg, and EtCO2 from 12 to 68 mmHg. In the observed agreement between delta EtCO2 and deltaPaCO2, bias was -0.3 mmHg, and limits of agreement were -17.8 and 17.2 mmHg. In agreement between PaCO2 and EtCO2, bias was 14.7 mmHg, and limits of agreement were -6.6 and 36.1 mmHg. Adding active and passive expiration maneuvers did not improve PaCO2 prediction. CONCLUSIONS: During NIV delivered for acute hypercapnic respiratory failure, measuring EtCO2 using a dedicating naso-buccal sensor was inaccurate to predict both PaCO2 and PaCO2 variations over time. Active and passive expiration maneuvers did not improve PaCO2 prediction. TRIAL REGISTRATION: ClinicalTrials.gov: NCT01489150.

Customization, transparency and proximity: a user- centered content strategy applied to the design of a virtual library website

We present a case study of the redesign of the organizational presentation and content of the Virtual Library website at the Universitat Oberta de Catalunya (Open University of Catalonia, UOC), based on a user-centered design strategy. The aim of the redesign was to provide users with more intuitive, usable and understandable content (textual content, resources and services) by implementing criteria of customization, transparency and proximity. The study also presents a selection of best practices for applying these criteria to the design of other library websites.

End point of Hawking radiation

The formation and semiclassical evaporation of two-dimensional black holes is studied in an exactly solvable model. Above a certain threshold energy flux, collapsing matter forms a singularity inside an apparent horizon. As the black hole evaporates the apparent horizon recedes and meets the singularity in a finite proper time. The singularity emerges naked, and future evolution of the geometry requires boundary conditions to be imposed there. There is a natural choice of boundary conditions which matches the evaporated black hole solution onto the linear dilaton vacuum. Below the threshold energy flux no horizon forms and boundary conditions can be imposed where infalling matter is reflected from a timelike boundary. All information is recovered at spatial infinity in this case.

Geofluid behaviour in successive extensional and compressional events: a case study from the southwestern end of the Vallès-Penedès Fault (Catalan Coastal Ranges, NE Spain)

The structural position of the Upper Jurassic-Lower Cretaceous carbonates located in the central part of the Catalan Coastal Ranges corresponds to the southwestern end of the Vallès-Penedès Fault. This fault was reactivated at different times during successive extensional and compressional events and several generations of fractures and cementations were formed.

Portable Application User Interface Development in Symbian OS

Symbian OS on käyttöjärjestelmä edistyneille matkapuhelimille. Symbiania käyttävistä laitteista on monia muunnoksia. Joitakin käytetään näppäimistön avulla ja toisia kynällä. Näytön mittasuhteet ja muut ominaisuudet vaihtelevat huomattavasti älypuhelimista kommunikaattoreihin. Tämän seurauksena Symbianin eri laiteperheiden viitemallien käyttöliittymäosat ovat sovelluskehittäjän kannalta melko erilaisia. Esimerkiksi kaikki käyttöliittymäkomponentit eivät ole saatavilla kaikissa laiteperheissä. Perinteisesti sovellusten käyttöliittymät on kirjoitettu erikseen kullekin laiteperheelle, mikä pidentää kehitysaikaa. Tämä työ esittelee Symbianin käyttöliittymäarkkitehtuurin, siirrettävyyden käsitteen ja tekniikoita sovellusten suunnitteluun ja toteutukseen, joilla saavutetaan parempi siirrettävyys Symbian-ympäristössä. Työssä suunnitellaan ja toteutetaan AppTest-nimisen testaustyökalun käyttöliittymä siten, että sovellus on helposti siirrettävissä eri laiteperheisiin.

REACHin vaikutukset kemikaaleja käyttäviin pk-yrityksiin, case Pohjanmaan ja Keski-Pohjanmaan veneteollisuus

Euroopan komissio julkaisi vuonna 2003 asetusehdotuksen EU:n uudeksi kemikaalilainsäädännöksi. Uudistus tunnetaan nimellä REACH ja se sisältää säädökset kemikaalien rekisteröinnistä, arvioinnista, lupamenettelystä sekä rajoituksista ja kielloista. Kemikaalien turvallisen käytön varmistaminen on tarkoitus saavuttaa koko tuotantoketjua koskevilla velvoitteilla. Työn tavoitteena on tutkia REACHin vaikutuksia Pohjanmaan ja Keski-Pohjanmaan veneteollisuuteen. Vaikutusten selvittämiseksi verrataan olemassa olevaa ja tulevaa lainsäädäntöä sekä haastattelemalla selvitetään lakiuudistuksen vaikutuksia kemikaaleja käyttäviin venealan pk-yrityksiin. Kemikaalit muodostavat huomattavan osan veneen valmistuskustannuksista. Suorat, aine- ja yrityskohtaiset, REACH-kustannukset kohdistuvat voimakkaimmin pieniä kemikaalimääriä käyttäviin pk-yrityksiin, koska kustannukset eivät nouse suorassa suhteessa kemikaalien vuosikulutukseen. Välillisiä kustannuksia aiheutuu korotetuista kemikaalihinnoista sekä markkinoilta poistuvien kemikaalien aiheuttamasta tuotekehitystarpeesta ja tuotannon mukauttamisesta. Työn lopussa esitettävien varautumisohjeiden tarkoituksena on auttaa yrityksiä ennakoimaan lakiuudistuksen tuomat muutokset ajoissa. Arvioiden mukaan REACH-asetus astuu voimaan vuoden 2007 lopussa.

Web user interface architecture for advanced planning and scheduling systems Case: Nokia Demand / Supply Planning Applications

In modem hitec industry Advanced Planning and Scheduling (APS) systems provide the basis for e-business solutions towards the suppliers and the customers. One objective of this thesis was to clarify the modem supply chain management with the APS systems and especially concentrate on the area of Collaborative Planning. In order Advanced Planning and Scheduling systems to be complete and usable, user interfaces are needed. Current Visual Basic user interfaces have faced many complaints and arguments from the users as well as from the development team. This thesis is trying to analyze the reasons and causes for the encountered problems and also provide ways to overcome them. The decision has been made to build the new user interfaces to be Web-enabled. Therefore another objective of this thesis was to research and find suitable technologies for building the Web-based user interfaces for Advanced Planning and Scheduling Systems in Nokia Demand/Supply Planning business area. Comparison between the most suitable technologies is made. Usability issues of Web-enabled user interfaces are also covered. The empirical part of the thesis includes design and implementation of a Web-based user interface with the chosen technology for a particular APS module that enables Collaborative Planning with suppliers.

Evaluation of an eLearning pilot course based on user experiences: corporate case study

Diplomityön tavoitteena oli arvioida sähköisen oppimisen soveltuvuutta kohdeyrityksessä ja selvittää, voidaanko luokkahuonekoulutusta korvata sähköisen oppimisen kursseilla. Tietojärjestelmän raportoinnista tehtiin sähköisen oppimisen kurssi, joka oli koekäytössä. Koekäytön jälkeen tehtiin käyttäjäkysely, kerättiin käyttötietoja kurssista ja tehtiin haastatteluja. Koekäyttäjien kokemuksista tehdyn arvioinnin perusteella sähköinen oppiminen soveltuu käytettäväksi selkeiden asioiden koulutukseen kohdeyrityksessä, mutta se ei voi kokonaan korvata luokkahuonekoulutusta. Luokkahuonekoulutuksessa tulisi keskittyä monimutkaisempiin asioihin ja ongelmanratkaisuun. Positiivisten tulosten perusteella sähköisen oppimisen kehittämistä päätettiin jatkaa yrityksessä. Sähköisen oppimisen kurssin avulla saadaan kustannussäästöjä kohdeyrityksessä, kun käyttäjämäärä on suurempi kuin 66. Jos koko koekäytössä olleen kurssin kohdeyleisö suorittaa kurssin sähköisesti, ovat kustannukset vain noin 15% vastaavista kustannuksista luokkahuoneessa järjestettynä. Lisäksi sähköisen oppimisen tehokkuutta tutkittiin ja koekäytössä olleen kurssin arvioitiin olevan positiivinen työssä kehitetyn Consensus-mallin mukaan.

Business model design: an evaluation of paper-based and computer-aided canvases

In recent years, Business Model Canvas design has evolved from being a paper-based activity to one that involves the use of dedicated computer-aided business model design tools. We propose a set of guidelines to help design more coherent business models. When combined with functionalities offered by CAD tools, they show great potential to improve business model design as an ongoing activity. However, in order to create complex solutions, it is necessary to compare basic business model design tasks, using a CAD system over its paper-based counterpart. To this end, we carried out an experiment to measure user perceptions of both solutions. Performance was evaluated by applying our guidelines to both solutions and then carrying out a comparison of business model designs. Although CAD did not outperform paper-based design, the results are very encouraging for the future of computer-aided business model design.

Design of User Authentication System for Multi-operator wireless LANs

Langattomat lähiverkot ovat viime vuosikymmeninä saavuttaneet suuren suosion. Tässä työssä käsitellään käyttäjien todentamisjärjestelmän suunnittelua ja kehitystä langattomaan monioperaattoriverkkoon. Langattomassa monioperaattoriverkossa käyttäjillä on mahdollisuus käyttää eri operaattoreiden palveluita. Aluksi käsitellään olemassa olevia todentamismenetelmiä ja -järjestelmiä. minkä jälkeen kuvaillaan todentamisjärjestelmä langattomille monioperaattoriverkoille. Todentamisjärjestelmän ratkaisuvaihtoehtoja esitellään kaksi, niin sanotut moni- istunto - ja yksittäisistuntomalli. Moni-istuntomalli on normaali lähestymistapa käyttäjien todentamiseen tietokonejärjestelmissä. Siinä käyttäjän pitää tunnistautua ja todentaa itsensä jokaiselle verkon palvelulle erikseen. Yksittäisistuntomallissa pyritään parempaan luotettavuuteen ja käytettävyyteen. Siinä käyttäjä todentaa itsensä vain kerran ja voi sen jälkeen päästä useisiin palveluihin. Työn loppuosassa kuvaillaan suunnitellun järjestelmän toteutusta. Lisäksi ehdotetaan vaihtoehtoisia toteutustapoja, analysoidaan järjestelmän heikkouksia ja kerrotaan jatkokehitysmahdoillisuuksista.

Neuropathic Pain Phenotype Does Not Involve the NLRP3 Inflammasome and Its End Product Interleukin-1β in the Mice Spared Nerve Injury Model.

The NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 (NLRP3) inflammasome is one of the main sources of interleukin-1β (IL-1β) and is involved in several inflammatory-related pathologies. To date, its relationship with pain has not been studied in depth. The aim of our study was to elucidate the role of NLRP3 inflammasome and IL-1β production on neuropathic pain. Results showed that basal pain sensitivity is unaltered in NLRP3-/- mice as well as responses to formalin test. Spared nerve injury (SNI) surgery induced the development of mechanical allodynia and thermal hyperalgesia in a similar way in both genotypes and did not modify mRNA levels of the NLRP3 inflammasome components in the spinal cord. Intrathecal lipopolysaccharide (LPS) injection increases apoptosis-associated speck like protein (ASC), caspase-1 and IL-1β expression in both wildtype and NLRP3-/- mice. Those data suggest that NLRP3 is not involved in neuropathic pain and also that other sources of IL-1β are implicated in neuroinflammatory responses induced by LPS.

Success Factors of an Enterprise Resource Planning System

Työn tarkoituksena oli tutkia yrityksen eri yksiköiden toiminnaohjausjärjestelmiä sekä verrata niiden menestystekijöitä Adelakunin malliin tietojärjestelmien laatuulottuvuuksista. Siinä järjestelmän kokonaislaatu jaetaan liiketoiminnalliseen, tekniseen ja käyttäjän kokemaan laatuun. Tulosten perusteella oli myös tavoitteena kehittää kyseisen toiminnanojausjärjestelmän kehittämistä varten malli onnistumistekijöiden keskinäisestä riippuvuudesta. Tutkittavista järjestelmistä ja niiden käytöstä kerättiin tietoja käyttöönottoprojektien dokumentaatiosta, haastatteluin, kyselylomakkein ja järjestelmäanalyysein. Sekä loppukäyttäjät että yritysjohto olivat kyselyjen ja haastattelujen kohderyhmänä. Saatuja tietoja arvioitiin Adelakunin kolmiulotteisen tietojärjestelmän laatutekijämallin mukaisesti ja keskeisiä menestystekijöitä etsittiin. Tutkituissa tapauksissa tietojärjestelmien menestyksen taustalta löytyi alan kirjallisuuden kanssa yhtäpitäviä tekijöitä. Myös Adelakunin laatu-ulottuvuusmalli osoittautui validiksi tutkituissa tapauksissa. Keskeisten menestystekijöiden välisistä vuorovaikutussuhteista rakennettiin malli, jota voidaan hyödyntää kyseisen järjestelmän jatkokehityksessä.

USER'S GUIDE FOR ADVANCED PROCESS SIMULATION SOFTWARE APROS 5

Tässä diplomityössä tehtiin käyttäjän opas kehittyneelle prosessisimulointiohjelmistolle APROS 5. Opas on osa VTT Energialle tehtävää APROS 5 käyttäjän koulutuspakettia, joka julkaistaan myöhemmin CD-ROM -muotoisena. Prosessisimulointiohjelmistoa AAPROS 5 voidaan käyttää termohydraulisten prosessien, automaatiopiirien ja sähköjärjestelmien mallinnuksessa. Ohjelma sisältää myös neutroniikkamallin ydinreaktorin käyttäytymisen mallintamiseksi. APROS:in aikaisemmilla UNIX-ympäristössä toimivilla versioilla on toteutettu useita ydinvoimalaitosten turvallisuustutkimukseen liittyviä analyysejä ja sekä ydinvoimalaitosten että konventionaalisten voimalaitosten koulutussimulaattoreita. APROS 5 toimii Windows NT -ympäristössä ja on oleellisesti erilainen käyttää kuin aikaisemmat versiot. Tämän myötä syntyi tarve uudelle käyttäjän oppaalle. Käyttäjän oppaassa esitetään APROS 5:n tärkeimmät toiminnot, mallinnuksen periaatteet ja termohydraulisten ja neutroniikan ratkaisumallit. Lisäksi oppaassa esitetään esimerkki, jossa mallinnetaan yksinkertaistettu VVER-440 -tyyppisen ydinvoimalaitoksen primääripiiri. Yksityiskohtaisempaa tietoa ohjelmistosta on saatavilla APROS 5 -dokumentaatiosta.

Development of the Simulation Environment for the Mobile Phone User Interfaces

Diplomityössä käsitellään Nokia Mobile Phonesin matkapuhelimien käyttöliittymäohjelmistojen suunnittelu-ja testausympäristön kehitystä. Ympäristöön lisättiin kaksi ohjelmistomodulia avustamaan simulointia ja versionhallintaa. Visualisointityökalulla matkapuhelimen toiminta voidaan jäljittää suunnittelu- kaavioihin tilasiirtyminä, kun taas vertailusovelluksella kaavioiden väliset erot nähdään graafisesti. Kehitetyt sovellukset parantavat käyttöliittymien suunnitteluprosessia tehostaen virheiden etsintää, optimointia ja versionhallintaa. Visualisointityökalun edut ovat merkittävät, koska käyttöliittymäsovellusten toiminta on havaittavissa suunnittelu- kaavioista reaaliaikaisen simuloinnin yhteydessä. Näin virheet ovat välittömästi paikannettavissa. Lisäksi työkalua voidaan hyödyntää kaavioita optimoitaessa, jolloin sovellusten kokoja muistintarve pienenee. Graafinen vertailutyökalu tuo edun rinnakkaiseen ohjelmistosuunnitteluun. Eri versioisten suunnittelukaavioiden erot ovat nähtävissä suoraan kaaviosta manuaalisen vertailun sijaan. Molemmat työkalut otettiin onnistuneesti käyttöön NMP:llä vuoden 2001 alussa.