Meta-analysis to integrate effect sizes within a paper: Possible misuse and Type-1 error inflation

In recent years an increasing number of papers have employed meta-analysis to integrate effect sizes of researchers’ own series of studies within a single paper (“internal meta-analysis”). Although this approach has the obvious advantage of obtaining narrower confidence intervals, we show that it could inadvertently inflate false-positive rates if researchers are motivated to use internal meta-analysis in order to obtain a significant overall effect. Specifically, if one decides whether to stop or continue a further replication experiment depending on the significance of the results in an internal meta-analysis, false-positive rates would increase beyond the nominal level. We conducted a set of Monte-Carlo simulations to demonstrate our argument, and provided a literature review to gauge awareness and prevalence of this issue. Furthermore, we made several recommendations when using internal meta-analysis to make a judgment on statistical significance.

Are visual threats prioritized without awareness? A critical review and meta analysis involving 3 behavioral paradigms and 2696 observers

Given capacity limits, only a subset of stimuli 1 give rise to a conscious percept. Neurocognitive models suggest that humans have evolved mechanisms that operate without awareness and prioritize threatening stimuli over neutral stimuli in subsequent perception. In this meta analysis, we review evidence for this ‘standard hypothesis’ emanating from three widely used, but rather different experimental paradigms that have been used to manipulate awareness. We found a small pooled threat-bias effect in the masked visual probe paradigm, a medium effect in the binocular rivalry paradigm and highly inconsistent effects in the breaking continuous flash suppression paradigm. Substantial heterogeneity was explained by the stimulus type: the only threat stimuli that were robustly prioritized across all three paradigms were fearful faces. Meta regression revealed that anxiety may modulate threat biases, but only under specific presentation conditions. We also found that insufficiently rigorous awareness measures, inadequate control of response biases and low level confounds may undermine claims of genuine unconscious threat processing. Considering the data together, we suggest that uncritical acceptance of the standard hypothesis is premature: current behavioral evidence for threat-sensitive visual processing that operates without awareness is weak.

Sexually Dimorphic Effect of the Val66Met Polymorphism of BDNF on Susceptibility to Alzheimer`s Disease: New Data and Meta-Analysis

Conflicting results have been reported as to whether genetic variations (Val66Met and C270T) of the brain-derived neurotrophic factor gene (RDNF) confer susceptibility to Alzheimer`s disease (AD). We genotyped these polymorphisms in a Japanese sample of 657 patients with AD and 525 controls, and obtained weak evidence of association for Val66Met (P = 0.063), but not for C270T. After stratification by sex, we found a significant allelic association between Val66Met and AD in women (P = 0.017), but not in men. To confirm these observations, we collected genotyping data for each sex from 16 research centers worldwide (4,711 patients and 4,537 controls in total). The meta-analysis revealed that there was a clear sex difference in the allelic association; the Met66 allele confers susceptibility to AD in women (odds ratio = 1.14, 95% CI 1.05-1.24, P = 0.002), but not in men. Our results provide evidence that the Met66 allele of BDNF has a sexually dimorphic effect on susceptibility to AD. (C) 2009 Wiley-Liss, Inc.

Structural requirement for PPAR gamma binding revealed by a meta analysis of holo-crystal structures

PPAR gamma is a ligand regulated transcriptional factor that modulates the transcription of several genes involved in fat and sugar metabolism. Due to its easy bacterial expression and crystallization, several crystal structures of holo-PPAR gamma have been reported and deposited in the Protein Data Bank. Here, we investigated the three-dimensional electrostatic properties of 55 PPAR gamma ligands and used this information for clustering them through principal component analysis. We found out that, according to their electrostatic potential, these ligands can be separated in three groups, with different binding features. We also observed that non-selective and selective ligands show different 3D electrostatic properties and are separated in different clusters. The relevance of this analysis for the development of new binders is discussed. (C) 2010 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

Cambios en el uso de la lengua meta en el aula tras la introducción de Lgy 11 : Una revisión sistemática de literatura con el objetivo de investigar si ha cambiado el uso de la lengua meta en la enseñanza de lenguas modernas tras la introducción de Lgy 11

Resumen: La tesina investiga si ha cambiado el uso de la lengua meta en la enseñanza de lenguas modernas en la escuela sueca tras el inicio de Lgy 11. El estudio se realiza a través de una revisión sistemática de literatura. Vemos que en nuestro campo de investigación faltan estudios profundos. Los estudios encontrados indican un aumento del uso de la lengua meta en el aula tras el inicio de Lgy 11. Sin embargo, en pocas situaciones parece cumplirse la norma que indica que todo lo esencial de la enseñanza debe realizarse en la lengua meta. Las unidades de gramática parecen ser el segmento de la enseñanza en el cual los profesores usan el sueco más extensamente. Según los estudios analizados solamente una profesora incorpora la lengua meta cuando enseña la gramática. No obstante, la mayoría de los profesores expresan que la gramática es una parte esencial de la enseñanza de lenguas modernas

La noción de lo esencial en la enseñanza de lenguas modernas según los profesores. : Entrevistas con cinco profesores sobre la norma "Todo lo esencial de la enseñanza debe realizarse en la lengua meta" de Gy11.

La tesina investiga cómo cinco profesores interpretan la norma de Gy11 que indica que todo lo esencial de la enseñanza de lenguas modernas debe realizarse en la lengua meta. Las entrevistas semiestructuradas indican que los profesores interpretan la norma de maneras parecidas, es decir, que los profesores deben usar la lengua meta lo máximo posible en la enseñanza. La mayoría de los profesores están de acuerdo con la norma, sin embargo, tienen varias críticas contra Skolverket y la formulación de la norma. Ninguno de los profesores ha cambiado su uso de la lengua meta en el aula debido a la norma.

Simulation model using meta heuristic algorithms for achieving optimal arrangement of storage bins in a sawmill yard

Bin planning (arrangements) is a key factor in the timber industry. Improper planning of the storage bins may lead to inefficient transportation of resources, which threaten the overall efficiency and thereby limit the profit margins of sawmills. To address this challenge, a simulation model has been developed. However, as numerous alternatives are available for arranging bins, simulating all possibilities will take an enormous amount of time and it is computationally infeasible. A discrete-event simulation model incorporating meta-heuristic algorithms has therefore been investigated in this study. Preliminary investigations indicate that the results achieved by GA based simulation model are promising and better than the other meta-heuristic algorithm. Further, a sensitivity analysis has been done on the GA based optimal arrangement which contributes to gaining insights and knowledge about the real system that ultimately leads to improved and enhanced efficiency in sawmill yards. It is expected that the results achieved in the work will support timber industries in making optimal decisions with respect to arrangement of storage bins in a sawmill yard.

The meta-object facility typed

The Object Managment Group’s Meta-Object Facility (MOF) is a semiformal approach to writing models and metamodels (models of models). The MOF was developed to enable systematic model/metamodel interchange and integration. The approach is problematic, unless metamodels are correctly specified: an error in a metamodel specification will propagate throughout instantiating models and final model implementations. An important open question is how to develop provably correct metamodels. This paper outlines a solution to the question, in which the MOF metamodelling approach is formalized within constructive type theory.

Representação na forma normal disjuntiva para a flexibilidade de seqüência na manufatura

A crescente demanda por produtos de melhor qualidade, diferenciados e com custos competitivos tem forçado as manufaturas a se tornarem flexíveis, capacitando-as a responder às mudanças impostas pelo mercado. A flexibilidade permite que as empresas alcancem a customização desejada através da capacitação do sistema de responder e atuar em tempo real, mesmo em um ambiente de incertezas. Para atuar em tempo real, os sistemas de manufatura precisam de representações eficientes dos planos de produção. Muitas vezes, a atuação em tempo real torna-se inviável devido ao crescimento exponencial no número de planos de produção para cada máquina ou operação adicionada ao sistema. Uma possível solução para este problema é uso de representações adequadas para o espaço de estados. A escolha de uma representação adequada para o espaço de estados influencia na capacidade de reposta em tempo real, pois determina o desempenho computacional do sistema através da utilidade e eficiência dos algoritmos desenvolvidos, tornando possível explorar problemas clássicos de flexibilidade, tais como, seqüenciamento, otimização, etc. Entretanto, a geração de uma representação que trabalhe com o espaço de estados completo de uma manufatura é considerada um problema não polinomial (NP). Esta particularidade dificulta o desenvolvimento de algoritmos que trabalhem com uma manufatura flexível. Assim, a geração de uma representação, que trabalhe com pouca memória computacional e permita o desenvolvimento de heurísticas eficientes, é um importante desafio para uma avaliação efetiva da flexibilidade. Este trabalho objetiva o desenvolvimento de uma representação para o espaço de estados de uma manufatura com flexibilidade de seqüência. Na construção desta representação são aplicadas técnicas de modelagem baseadas na teoria dos grafos e nos princípios de álgebra booleana. Inicialmente, os grafos são utilizados para representar todas as seqüências de operações de uma manufatura, posteriormente estas seqüências são convertidas em formas normais disjuntivas (FND). Por fim, é apresentada uma possível aplicação da representação na FND em modelos de programação linear.

APSEE-Reuse : um meta-modelo para apoiar a reutilização de processos de software

Dentre as principais áreas que constituem a Ciência da Computação, uma das que mais influenciam o mundo atual é a Engenharia de Software, envolvida nos aspectos tecnológicos e gerenciais do processo de desenvolvimento de software. Software tornou-se a base de sustentação de inúmeras organizações dos mais diversos ramos de atuação espalhados pelo planeta, consistindo de um elemento estratégico na diferenciação de produtos e serviços atuais. Atualmente, o software está embutido em sistemas relacionados a infindável lista de diferentes ciências e tecnologias. A Tecnologia de Processo de Software surgiu em meados da década de 1980 e representou um importante passo em direção à melhoria da qualidade de software através de mecanismos que proporcionam o gerenciamento automatizado do desenvolvimento de software. Diversas teorias, conceitos, formalismos, metodologias e ferramentas surgiram nesse contexto, enfatizando a descrição formal do modelo de processo de software, para que possa ser automatizado por um ambiente integrado de desenvolvimento de software. Os modelos de processos de software descrevem o conhecimento de uma organização e, portanto, modelos que descrevem experiências bem sucedidas devem ser continuamente disseminados para reutilização em diferentes projetos. Apesar da importância desse tópico, atualmente apenas uma pequena porção do conhecimento produzido durante o desenvolvimento de software é mantido para ser reutilizado em novos projetos. Embora, à primeira vista, o desafio de descrever modelos reutilizáveis para processos de software pareça ser equivalente ao problema tratado pela tradicional área de reutilização de produtos software, isso é apenas parcialmente verdade, visto que os processos envolvem elementos relacionados com aspectos sociais, organizacionais, tecnológicos e ambientais. A crescente complexidade da atual modelagem de processos vem influenciando a investigação de tecnologias de reutilização que sejam viáveis nesse campo específico. A investigação conduzida nesse trabalho culminou na especificação de um meta-modelo que tem como objetivo principal aumentar o nível de automação fornecido na reutilização de processos, apoiando a modelagem de processos abstratos que possam ser reutilizados em diferentes contextos. O meta-modelo proposto por esse trabalho - denominado APSEE-Reuse - fornece uma série de construtores sintáticos que permitem que os diferentes aspectos desse contexto sejam descritos segundo múltiplas perspectivas, complementares entre si, contribuindo para diminuir a complexidade do modelo geral. A solução proposta destaca-se por fornecer um formalismo para modelagem de processos, o qual é integrado à uma infraestrutura de automação de processos de software, permitindo que a reutilização esteja intimamente relacionada com as outras etapas do ciclo de vida de processos. Os diferentes componentes envolvidos na definição do modelo APSEE-Reuse proposto foram especificados algebricamente, constituindo uma base semântica de alto 15 nível de abstração que deu origem a um conjunto de protótipos implementados no ambiente PROSOFT-Java. O texto ainda discute os experimentos realizados com o meta-modelo proposto na especificação de diferentes estudos de casos desenvolvidos a partir de exemplos retirados na literatura especializada, e de processos que fornecem soluções em contextos e necessidades específicas de projetos desenvolvidos no PPGC-UFRGS. Finalmente, são apresentadas considerações acerca dos trabalhos relacionados, os elementos críticos que influenciam a aplicabilidade do modelo e as atividades adicionais vislumbradas a partir do trabalho proposto.

Cálculo da complexidade exata de algoritmos do tipo divisão-e-conquista através das equações características

A equação de complexidade de um algoritmo pode ser expressa em termos de uma equação de recorrência. A partir destas equações obtém-se uma expressão assintótica para a complexidade, provada por indução. Neste trabalho, propõem-se um esquema de solução de equações de recorrência usando equações características que são resolvidas através de um "software" de computação simbólica, resultando em uma expressão algébrica exata para a complexidade. O objetivo é obter uma forma geral de calcular a complexidade de um algoritmo desenvolvido pelo método Divisão-e-Conquista.

Novos algoritmos para roteamento de circuitos VLSI

Este trabalho apresenta novos algoritmos para o roteamento de circuitos integrados, e discute sua aplicação em sistemas de síntese de leiaute. As interconexões têm grande impacto no desempenho de circuitos em tecnologias recentes, e os algoritmos propostos visam conferir maior controle sobre sua qualidade, e maior convergência na tarefa de encontrar uma solução aceitável. De todos os problemas de roteamento, dois são de especial importância: roteamento de redes uma a uma com algoritmos de pesquisa de caminhos, e o chamado roteamento de área. Para o primeiro, procura-se desenvolver um algoritmo de pesquisa de caminhos bidirecional e heurístico mais eficiente, LCS*, cuja aplicação em roteamento explora situações específicas que ocorrem neste domínio. Demonstra-se que o modelo de custo influencia fortemente o esforço de pesquisa, além de controlar a qualidade das rotas encontradas, e por esta razão um modelo mais preciso é proposto. Para roteamento de área, se estuda o desenvolvimento de uma nova classe de algoritmos sugerida em [JOH 94], denominados LEGAL. A viabilidade e a eficiência de tais algoritmos são demonstradas com três diferentes implementações. Devem ser também estudados mecanismos alternativos para gerenciar espaços e tratar modelos de grade não uniforme, avaliando-se suas vantagens e sua aplicabilidade em outros diferentes contextos.