Molecular characterization of the Hepatitis B virus genotypes in Colombia: A Bayesian inference on the genotype F

Hepatitis B is a worldwide health problem affecting about 2 billion people and more than 350 million are chronic carriers of the virus. Nine HBV genotypes (A to I) have been described. The geographical distribution of HBV genotypes is not completely understood due to the limited number of samples from some parts of the world. One such example is Colombia, in which few studies have described the HBV genotypes. In this study, we characterized HBV genotypes in 143 HBsAg-positive volunteer blood donors from Colombia. A fragment of 1306 bp partially comprising HBsAg and the DNA polymerase coding regions (S/POL) was amplified and sequenced. Bayesian phylogenetic analyses were conducted using the Markov Chain Monte Carlo (MCMC) approach to obtain the maximum clade credibility (MCC) tree using BEAST v.1.5.3. Of all samples, 68 were positive and 52 were successfully sequenced. Genotype F was the most prevalent in this population (77%) - subgenotypes F3 (75%) and Fib (2%). Genotype G (7.7%) and subgenotype A2 (15.3%) were also found. Genotype G sequence analysis suggests distinct introductions of this genotype in the country. Furthermore, we estimated the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for each HBV/F subgenotype and also for Colombian F3 sequences using two different datasets: (i) 77 sequences comprising 1306 bp of S/POL region and (ii) 283 sequences comprising 681 bp of S/POL region. We also used two other previously estimated evolutionary rates: (i) 2.60 x 10(-4) s/s/y and (ii) 1.5 x 10(-5) s/s/y. Here we report the HBV genotypes circulating in Colombia and estimated the TMRCA for the four different subgenotypes of genotype F. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

Molecular Characterization, Distribution, and Dynamics of Hepatitis C Virus Genotypes in Blood Donors in Colombia

Hepatitis C virus (HCV) is a frequent cause of acute and chronic hepatitis and a leading cause for cirrhosis of the liver and hepatocellular carcinoma. HCV is classified in six major genotypes and more than 70 subtypes. In Colombian blood banks, serum samples were tested for anti-HCV antibodies using a third-generation ELISA. The aim of this study was to characterize the viral sequences in plasma of 184 volunteer blood donors who attended the ""Banco Nacional de Sangre de la Cruz Roja Colombiana,`` Bogota, Colombia. Three different HCV genomic regions were amplified by nested PCR. The first of these was a segment of 180 bp of the 5`UTR region to confirm the previous diagnosis by ELISA. From those that were positive to the 5`UTR region, two further segments were amplified for genotyping and subtyping by phylogenetic analysis: a segment of 380 bp from the NS5B region; and a segment of 391 bp from the E1 region. The distribution of HCV subtypes was: 1b (82.8%), 1a (5.7%), 2a (5.7%), 2b (2.8%), and 3a (2.8%). By applying Bayesian Markov chain Monte Carlo simulation, it was estimated that HCV-1b was introduced into Bogota around 1950. Also, this subtype spread at an exponential rate between about 1970 to about 1990, after which transmission of HCV was reduced by anti-HCV testing of this population. Among Colombian blood donors, HCV genotype 1b is the most frequent genotype, especially in large urban conglomerates such as Bogota, as is the case in other South American countries. J. Med. Virol. 82: 1889-1898, 2010. (C) 2010 Wiley-Liss, Inc.

Karyotype variability in KP1(+) and KP1(-) strains of Trypanosoma rangeli isolated in Brazil and Colombia

In the present study, the molecular karyotypes of 12 KP1(+) and KP1(-) Trypanosoma rangeli strains were determined and 10 different molecular markers were hybridized to the chromosomes of the parasite, including seven obtained from T. rangeli [ubiquitin hydrolase (UH), a predicted serine/threonine protein kinase (STK), hexose transporter, hypothetical protein, three anonymous sequences] and three from Trypanosoma cruzi [ubiquitin-conjugating enzyme E2 (UBE2), ribosomal RNA methyltransferase (rRNAmtr), proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 (PSMD6)]. Despite intraspecific variation, analysis of the karyotype profiles permitted the division of the T rangeli strains into two groups coinciding with the KP1(+) and KP1(-) genotypes. Southern blot hybridization showed that, except for the hexose transporter probe, all other probes produced distinct patterns able to differentiate the KP1(+) and KP1(-) genotypes. The UH, STK and An-1A04 probes exclusively hybridized to the chromosomes of KP1(+) strains and can be used as markers of this group. In addition, the UBE2, rRNAmtr and PSMD6 markers, which are present in a conserved region in all trypanosomatid species sequenced so far, co-hybridized to the same T. rangeli chromosomal bands, suggesting the occurrence of gene synteny in these species. The finding of distinct molecular karyotypes in KP1(+) and KP1 (-) strains of T rangeli is noteworthy and might be used as a new approach to the study of genetic variability in this parasite. Together with the Southern blot hybridization results, these findings demonstrate that differences at the kDNA level might be associated with variations in nuclear DNA. (c) 2009 Elsevier BY. All rights reserved.

Late Devonian acanthodians from Colombia

Acanthodian remains occur in micaceous siltstone lenses (presumed to have been deposited during a marine incursion) in the Cuche Formation (?Frasnian) of northeast Colombia. The acanthodians are represented by patches of scales from climatiidid Nostolepis sp. cf. N. gatijensis and a fin spine and scales from a new diplacanthid. Type material of N. gaujensis is from the Frasnian Sventoji regional stage in the Baltic, and Nostolepis sp. cf. N. gaujensis has been recorded in the Frasnian of Iran, as well as from Colombia. The new diplacanthid taxon shows affinity to Baltic and Antarctic diplacanthids. The fauna thus shows possible links to both Gondwanan and Euramerican acanthodian assemblages. (C) 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Uma investiga????o sobre os impactos do Siconv na presta????o de contas dos conv??nios no Minist??rio da Agricultura

No intuito de ampliar o entendimento sobre os impactos da implementa????o do SICONV sobre os processos de gest??o de conv??nios, o presente trabalho busca entender em que medida a evolu????o deste sistema do governo federal em conjunto com as mudan??as nos instrumentos normativos gera impactos no tempo necess??rio para concluir a presta????o de contas final dos conv??nios. Foram escolhidos para o estudo os conv??nios celebrados pelas unidades gestoras do Minist??rio da Agricultura. A amostra foi composta de 1.745 conv??nios celebrados desde 2003 at?? Agosto/2008, onde 1.391 encontravam-se com suas presta????es de contas finalizadas. Os dados destes conv??nios foram importados do SICONV e SIAFI, passando por um processo de reclassifica????o em fases cronol??gicas de implementa????o dos sistemas de gest??o de conv??nios e dos dispositivos legais que regulamentam as transfer??ncias volunt??rias. Al??m disso foram realizadas entrevistas com os servidores p??blicos respons??veis pelos conv??nios nas unidades gestoras concedentes esperando obter a confirma????o da melhoria no tempo das presta????es de contas em fun????o da implementa????o do SICONV. Os resultados confirmaram uma significativa tend??ncia de redu????o nos prazos de finaliza????o das presta????es de contas, no entanto, esta redu????o foi motivada pelas mudan??as implementadas pelo SICONV na fase de execu????o em detrimento da fase de an??lise da presta????o de contas. Esta pesquisa abre possibilidades de aplica????o da metodologia empregada para an??lise das presta????es de contas nos demais ??rg??os do Governo Federal na expectativa de identificar se este padr??o de comportamento identificado no Minist??rio da Agricultura pode ser comprovado como generalizado com a implanta????o do SICONV. Os resultados aqui obtidos tamb??m podem servir de refer??ncia para futuros estudos de impacto operacional do SICONV na execu????o e acompanhamento das transfer??ncias volunt??rias de uma forma geral

A iniciativa da Delegacia Federal de Agricultura do Mato Grosso do Sul na padroniza????o de procedimentos e no controle de "n??o conformidades" no processo de fiscaliza????o, do Minist??rio da Agricultura e do Abastecimento

A Delegacia Federal de Agricultura/MS- DFA/MS elaborou um manual de procedimento padr??o no processo de fiscaliza????o e criou um in??dito sistema de controle e registro de "n??o conformidades" nos processos de fiscaliza????o, que al??m de n??o trazer nenhum custo extra ?? reparti????o, motiva o trabalho em equipe e ?? melhoria cont??nua nos processos de trabalho. Esta a????o inova, tamb??m, por constituir-se numa ferramenta de trabalho que permite a avalia????o do desempenho institucional e do desempenho individual do servidor, e induz por, conseq????ncia, ao aumento da efici??ncia organizacional

Revison of Alongatepyris (Hymenoptera: Bethylidae) with description of a new species from Colombia

Espécies do gênero Neotropical Alongatepyris Azevedo são raramente coletadas. O gênero é reconhecido dentre os Sclerodermini por possuir o corpo extremamente achatado e a célula submediana da asa anterior pequena e completamente fechada. É descrita e ilustrada uma segunda espécie, Alongatepyris ingens sp. nov. da Colômbia. Esta espécie é caracterizada por não possuir a nervura radial da asa anterior. É apresentada uma diagnose de A. platunissimus Azevedo, 1992. É apresentada uma chave para as espécies do gênero.

O PRONAF e os seus reflexos para a agricultura familiar

O presente trabalho busca através do estudo da modernização da agricultura, com foco no período de 1965-2012, compreender o papel do Estado na formulação de políticas agrícolas que conduz o desenvolvimento do modo de produção capitalista na agricultura. Utiliza-se como fonte de pesquisa dados secundários de agências governamentais, supranacionais e autores com tradição no estudo do tema, a fim de dissertar sobre as particularidades do desenvolvimento do capitalismo na agricultura em um país de economia dependente e subdesenvolvido. Para isso, faz-se necessário compreender o controle exercido pelo capital internacional sobre os elos estratégicos da economia, a perpetuação da segregação social e a superexploração do trabalho como base da sociedade nacional. Conclui-se que o Programa Nacional de Fortalecimento da Agricultura Familiar (PRONAF), política agrícola que surge em meados da década de 1990, criado para pequenos produtores, vem promovendo feitos similares à política agrícola formulada pelo Estado no período do regime militar que ficou classificado como modernização conservadora. Nesta direção, o PRONAF apresenta como estratégia o esforço de enquadrar agricultores familiares nos paradigmas da eficiência produtiva, que acaba resultando entre aqueles aptos (competitivos) e não aptos para a sobrevivência no mercado

Moravia : das lógicas da informalidade às lógicas da formalidade

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Arquitetura e Urbanismo, Programa de Pós-Graduação em Arquitetura e Urbanismo, 2016.

Condicionantes institucionais e políticos e poder de barganha nas negociações internacionais sobre agricultura: o caso da União Européia

Neste artigo se analisa a influência das instituições políticas e da Política Agrícola Comum sobre o comportamento da UE nas negociações internacionais no âmbito da agricultura. Procura-se demonstrar que aqueles fatores colaboram para tornar o ambiente ratificador da UE limitado, aumentando o seu poder de barganha e reduzindo a margem de manobra dos adversários. A pesquisa enfoca, dessa maneira, o modo como os interesses dos Estados-membro são canalizados pelas instituições, bem como o desempenho da UE em relação ao comportamento dos EUA e do Brasil nas Rodadas Uruguai e Doha.

Remoção de sólidos suspensos e totais em biofiltros operando com esgoto doméstico primário para reuso na agricultura

Este trabalho objetivou analisar a remoção de sólidos suspensos e totais em biofiltros, preenchidos com lixo compostado, bagaço de cana-de-açúcar e serragem de madeira, submetidos às taxas de aplicação do esgoto doméstico de 0,5, 1,0 e 1,5 m³ m-2 d-1, em Viçosa-MG. Para isso, foi montada uma bancada experimental, constituída de 27 biofiltros, em área experimental da Universidade Federal de Viçosa. As concentrações de sólidos suspensos e totais foram determinadas, mensalmente, durante período de 153 dias. O experimento foi montado no esquema de parcelas subsubdivididas, tendo, nas parcelas, as taxas de aplicação do esgoto doméstico; nas subparcelas, os tipos de material orgânico e, nas subsubparcelas, os períodos de avaliação, no delineamento em blocos casualizados, com três repetições. Os resultados indicaram que os biofiltros proporcionaram remoções de sólidos suspensos e totais de até 82 e 46%, no esgoto doméstico, após 153 dias de operação; a serragem de madeira foi o tipo de material orgânico filtrante com melhor desempenho no tratamento de esgoto doméstico; as aplicações de taxas de 0,5, 1,0 e 1,5 m³ m-2 d-1 de esgoto não apresentaram diferenças quanto à remoção de sólidos suspensos e totais; e a utilização de biofiltros minimiza a obstrução de emissores causada por sólidos suspensos, quando do aproveitamento agrícola de esgoto doméstico, por via do sistema de irrigação por gotejamento.

Estudios etiológicos de la marchitez del aguacate en Antioquia-Colombia

El cultivo de aguacate en Colombia ha presentado un incremento en el área sembrada durante la última década, especialmente en clima frío moderado, entre 1.800 y 2.500 msnm. La variedad Hass se destaca por tener la mayor área sembrada en este clima, en el departamento de Antioquia-Colombia. Este cultivo presenta grandes retos tecnológicos para su expansión; entre ellos el manejo de enfermedades ocupa un lugar predominante por las implicaciones que tiene en costos, impacto en la salud, ambiente y restricciones para exportaciones. La marchitez, ocasiona la muerte de numerosos árboles en todas las etapas del cultivo y presenta la mayor incidencia y severidad de las enfermedades identificadas para este cultivo. El desconocimiento de los agentes causales de esta enfermedad, ha llevado a realizar prácticas de manejo encaminadas principalmente al control del oomycete Phytophthora cinnamomi Rands, como único agente causal. Esta investigación tuvo como objetivo identificar los distintos agentes causales de la marchitez del aguacate y la relación de su incidencia con las prácticas de manejo en lotes cultivados en el departamento de Antioquia-Colombia. Los resultados encontrados muestran que la marchitez es el principal problema del cultivo de aguacate. Los microorganismos P. cinnamomi, Phytophthora heveae Thompson, Phytophthora citrícola Sawada, Verticillium sp., y Cylindrocarpon destructans (Zinss) Scholten fueron aislados y reprodujeron los síntomas asociados a marchitez. Las condiciones de bajo contenido de oxigeno el suelo también reprodujeron la sintomatología de marchitez, involucrando también un origen abiótico en la etiología.

Impactos do crescimento da produção de cana-de-açúcar na agricultura dos oito maiores estados produtores

Nesta pesquisa, buscou-se analisar o processo de substituição de culturas, ocorrido nos principais estados produtores de cana-de-açúcar, no período de 2000 a 2010, utilizando o modelo shift-share. Os estados de Alagoas, Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais, Paraná, Pernambuco e São Paulo foram considerados na análise. De modo geral, os resultados mostram que a agricultura desses estados foi afetada pela forte expansão da área cultivada com cana-de-açúcar e com soja. Esse crescimento baseou-se, em parte, na substituição de outros produtos, principalmente arroz, feijão e milho, além de café, algodão e laranja. Apesar disso, os ganhos de produtividade contribuíram para reduzir, ou mesmo superar, os efeitos da perda de área dos produtos substituídos. Porém, a agricultura dos estados mais afetados pelo crescimento da participação da cana-de-açúcar e da soja tornou-se menos diversificada e, portanto, mais exposta a eventuais crises no mercado dos produtos em que passou a se basear.

Satisfacción con el empleo de extensionista rural: un estudio cualitativo en Caldas, Colombia

Como aporte al posicionamiento de la extensión rural como objeto multidimensional de estudio, se analizan las valoraciones realizadas por extensionistas rurales acerca de situaciones inherentes a su experiencia cotidiana de trabajo, seguido de la identificación de factores de satisfacción/insatisfacción laboral. En consonancia con la esencia cualitativa del estudio, la información se generó a partir de entrevistas semiestructuradas a 23 extensionistas rurales adscritos las Unidades Municipales de Asistencia Técnica (UMATA) de cinco municipios del departamento de Caldas, Colombia. El análisis de discurso permitió identificar ocho factores: a) gusto por la profesión ejercida, b) posibilidades de proyección social, c) alcance y visualización de logros, d) reconocimiento público, e) posibilidades de ascenso, f) posibilidades de aprendizaje continuo, g) autonomía, y h) estabilidad laboral. Se concluye que desconocer el estado emocional de los extensionistas hacia el trabajo produce el riesgo de crear o conservar escenarios que limiten el compromiso con la labor social realizada y el mantenimiento de la vocación extensionista.

Estoque e frações de carbono orgânico e fertilidade de solo sob floresta, agricultura e pecuária

O entendimento dos fenômenos de trocas de carbono entre solo, água e atmosfera é fundamental para o manejo e a conservação de ecossistemas naturais e agrários. Os objetivos deste trabalho foram determinar os estoques de carbono orgânico, as suas frações e a fertilidade do solo sob os manejos florestal (mata remanescente), integrando agricultura e florestas (eucalipto e cutieira) e em monoculturas agrícola (sob pivô central) e pastoril (braquiária), na Bacia do Rio Paraopeba, em Florestal-MG, visando a propor indicadores para a avaliação de manejo e conservação do solo. As amostras de solo foram coletadas em remanescente de mata nativa (Mata), em área agrícola cultivada sob irrigação de pivô central (Pivô) e em áreas de cultivo de Corymbia citriodora (Corymbia citriodora (Hook.) K.D. Hill & L.A.S. Johnson) (Eucalipto), Joannesia princeps Vell. (Cutieira) e Brachiaria decumbens Stapf (Pasto), nas profundidades de 0 a 20 e 20 a 40 cm. Os resultados indicaram que as estimativas dos estoques e de estabilidade do carbono orgânico aumentaram com a fertilidade do solo. Os sistemas florestais, principalmente a Mata, acompanhada pelos sistemas de manejo do solo integrando florestas à pastagem, em comparação com o cultivo contínuo ou a monocultura de pastagem, apresentaram estoques de carbono maiores, mais estáveis e menos solúveis, com formas mais aromáticas e hidrofóbicas (maior relação AH/AF), indicando menor potencial de lixiviação de carbono para o sistema aquático adjacente.