Shallow-transfer rule-based machine translation for Czech to Polish

This article describes the developmentof an Open Source shallow-transfer machine translation system from Czech to Polish in theApertium platform. It gives details ofthe methods and resources used in contructingthe system. Although the resulting system has quite a high error rate, it is still competitive with other systems.

Regulation of the vitellogenin gene B1 promoter after transfer into hepatocytes in primary cultures.

The estrogen-dependent and tissue-specific regulation of the Xenopus laevis vitellogenin gene B1 promoter has been studied by lipid-mediated DNA transfer into Xenopus hepatocytes in primary culture. Hepatocytes achieve an efficient hormonal control of this promoter through a functional interaction between the estrogen responsive elements and a promoter proximal region upstream of the TATA box, which is characterized by a high density of binding sites for the transcription factors CTF/NF-1, C/EBP and HNF3. DNA accessibility to restriction enzymes within the chromosomal copy of the vitellogenin gene B1 promoter shows that the estrogen responsive unit and the promoter proximal region are sensitive to digestion in uninduced and estrogen-induced hepatocytes but not in erythrocyte nuclei. Together, these findings support the notion that chromatin configuration as well as the interplay of promoter elements mediate proper hormone-dependent and tissue-specific expression of the B1 vitellogenin gene.

Probing functional groups at the gas-aerosol interface using heterogeneous titration reactions: a tool for predicting aerosol health effects?

The complex chemical and physical nature of combustion and secondary organic aerosols (SOAs) in general precludes the complete characterization of both bulk and interfacial components. The bulk composition reveals the history of the growth process and therefore the source region, whereas the interface controls--to a large extent--the interaction with gases, biological membranes, and solid supports. We summarize the development of a soft interrogation technique, using heterogeneous chemistry, for the interfacial functional groups of selected probe gases [N(CH(3))(3), NH(2)OH, CF(3)COOH, HCl, O(3), NO(2)] of different reactivity. The technique reveals the identity and density of surface functional groups. Examples include acidic and basic sites, olefinic and polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH) sites, and partially and completely oxidized surface sites. We report on the surface composition and oxidation states of laboratory-generated aerosols and of aerosols sampled in several bus depots. In the latter case, the biomarker 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine, signaling oxidative stress caused by aerosol exposure, was isolated. The increase in biomarker levels over a working day is correlated with the surface density N(i)(O3) of olefinic and/or PAH sites obtained from O(3) uptakes as well as with the initial uptake coefficient, γ(0), of five probe gases used in the field. This correlation with γ(0) suggests the idea of competing pathways occurring at the interface of the aerosol particles between the generation of reactive oxygen species (ROS) responsible for oxidative stress and cellular antioxidants.

Effect of antifoams on oxygen mass transfer in pulp and paper mill effluents

Vaahdonestoaineiden haitallinen vaikutus hapen liukenemisnopeuteen biologisen puhdistamon jätevesissä on yleisesti tunnettua. Aineiden eri vaikutusmekanismien takia on silti vaikea etukäteen arvioida, miten ja kuinka paljon aineensiirto muuttuu. Työn tavoitteena oli saada tietoa vaahdonestoaineiden ja muiden pinta-aktiivisten aineiden vaikutuksesta kuplakokoon, kaasun tilavuusosuuteen ja kaasu-neste aineensiirtoon. Työn teoriaosassa on kuvailtu vaahdon muodostumiseen vaikuttavia tekijöitä sekä eri vaahdonestoaineiden vaikutusmekanismeja sellu- ja paperitehtaan jätevedessä. Edelleen on esitetty useita hapen siirtoa estäviä ja parantavia aineita. Työn kokeellisessa osassa tutkittiin kahdenkymmenenviiden eri pinta-aktiivisen aineen vaikutusta hapen liukenemisnopeuteen yksivaiheisessa kuplakolonnissa. Kokeet tehtiin kahdella pitoisuudella, kahdella eri kaasunjakolaitteella ja kolmella eri kaasun tyhjäputkinopeudella. Aineensiirtokokeiden rinnalla tutkittiin jätevesien laatu- ja fysikaalisiaominaisuuksia, niiden vaikutusta hapen liukenemisnopeuteen sekä testattavien koeaineiden vaikutusta fysikaalisin ominaisuuksiin. Kokeet osoittavat että pinta-aktiivisten aineiden vaikutus hapen aineensiirtoon vaihtelee riippuen kaasunjakolaitteesta ja aineen pitoisuuksista. Testatuista vaahdonestonaineista pienin negatiivinen vaikutus oli aineella AT 35 ja positiivinen vaikutustodettiin olevan vaahdonestoaineiden komponenteilla: P2, S1, F4 ja T9.

Stochasticity and bistability in horizontal transfer control of a genomic island in Pseudomonas.

Genomic islands (GEI) comprise a recently recognized large family of potentially mobile DNA elements and play an important role in the rapid differentiation and adaptation of bacteria. Most importantly, GEIs have been implicated in the acquisition of virulence factors, antibiotic resistances or toxic compound metabolism. Despite detailed information on coding capacities of GEIs, little is known about the regulatory decisions in individual cells controlling GEI transfer. Here, we show how self-transfer of ICEclc, a GEI in Pseudomonas knackmussii B13 is controlled by a series of stochastic processes, the result of which is that only a few percent of cells in a population will excise ICEclc and launch transfer. Stochastic processes have been implicated before in producing bistable phenotypic transitions, such as sporulation and competence development, but never before in horizontal gene transfer (HGT). Bistability is instigated during stationary phase at the level of expression of an activator protein InrR that lays encoded on ICEclc, and then faithfully propagated to a bistable expression of the IntB13 integrase, the enzyme responsible for excision and integration of the ICEclc. Our results demonstrate how GEI of a very widespread family are likely to control their transfer rates. Furthermore, they help to explain why HGT is typically confined to few members within a population of cells. The finding that, despite apparent stochasticity, HGT rates can be modulated by external environmental conditions provides an explanation as to why selective conditions can promote DNA exchange.

Simulation of Boundary Layers and Heat Transfer in the Entrance Region of Pipes

The study of fluid flow in pipes is one of the main topic of interest for engineers in industries. In this thesis, an effort is made to study the boundary layers formed near the wall of the pipe and how it behaves as a resistance to heat transfer. Before few decades, the scientists used to derive the analytical and empirical results by hand as there were limited means available to solve the complex fluid flow phenomena. Due to the increase in technology, now it has been practically possible to understand and analyze the actual fluid flow in any type of geometry. Several methodologies have been used in the past to analyze the boundary layer equations and to derive the expression for heat transfer. An integral relation approach is used for the analytical solution of the boundary layer equations and is compared with the FLUENT simulations for the laminar case. Law of the wall approach is used to derive the empirical correlation between dimensionless numbers and is then compared with the results from FLUENT for the turbulent case. In this thesis, different approaches like analytical, empirical and numerical are compared for the same set of fluid flow equations.

Flow phenomena, heat and mass transfer in microchannel reactors

The studies of flow phenomena, heat and mass transfer in microchannel reactors are beneficial to estimate and evaluate the ability of microchannel reactors to be operated for a given process reaction such as Fischer-Tropsch synthesis. The flow phenomena, for example, the flow regimes and flow patterns in microchannel reactors for both single phase and multiphase flow are affected by the configuration of the flow channel. The reviews of the previous works about the analysis of related parameters that affect the flow phenomena are shown in this report. In order to predict the phenomena of Fischer-Tropsch synthesis in microchannel reactors, the 3-dimensional computational fluid dynamic simulation with commercial software package FLUENT was done to study the flow phenomena and heat transfer for gas phase Fischer-Tropsch products flow in rectangular microchannel with hydraulic diameter 500 ¿m and length 15 cm. Numerical solution with slip boundary condition was used in the simulation and the flowphenomena and heat transfer were determined.

An operon of three transcriptional regulators controls horizontal gene transfer of the integrative and conjugative element ICEclc in Pseudomonas knackmussii B13.

The integrative and conjugative element ICEclc is a mobile genetic element in Pseudomonas knackmussii B13, and an experimental model for a widely distributed group of elements in Proteobacteria. ICEclc is transferred from specialized transfer competent cells, which arise at a frequency of 3-5% in a population at stationary phase. Very little is known about the different factors that control the transfer frequency of this ICE family. Here we report the discovery of a three-gene operon encoded by ICEclc, which exerts global control on transfer initiation. The operon consists of three consecutive regulatory genes, encoding a TetR-type repressor MfsR, a MarR-type regulator and a LysR-type activator TciR. We show that MfsR autoregulates expression of the operon, whereas TciR is a global activator of ICEclc gene expression, but no clear role was yet found for MarR. Deletion of mfsR increases expression of tciR and marR, causing the proportion of transfer competent cells to reach almost 100% and transfer frequencies to approach 1 per donor. mfsR deletion also caused a two orders of magnitude loss in population viability, individual cell growth arrest and loss of ICEclc. This indicates that autoregulation is an important feature maintaining ICE transfer but avoiding fitness loss. Bioinformatic analysis showed that the mfsR-marR-tciR operon is unique for ICEclc and a few highly related ICE, whereas tciR orthologues occur more widely in a large variety of suspected ICE among Proteobacteria.

Heat Transfer Analysis of the EPR Core Catcher Test Facility Volley

Uusi EPR-reaktorikonsepti on suunniteltu selviytymään tapauksista, joissa reaktorinsydän sulaa ja sula puhkaisee paineastian. Suojarakennuksen sisälle on suunniteltu alue, jolle sula passiivisesti kerätään, pidätetään ja jäähdytetään. Alueelle laaditaan valurautaelementeistä ns.sydänsieppari, joka tulvitetaan vedellä. Sydänsulan tuottama jälkilämpö siirtyyveteen, mistä se poistetaan suojarakennuksen jälkilämmönpoistojärjestelmän kautta. Suuri osa lämmöstä poistuu sydänsulasta sen yläpuolella olevaan veteen, mutta lämmönsiirron tehostamiseksi myös sydänsiepparin alapuolelle on sijoitettu vedellä täytettävät jäähdytyskanavat. Jotta sydänsiepparin toiminta voitaisiin todentaa, on Lappeenrannan Teknillisellä Yliopistolla rakennettu Volley-koelaitteisto tätä tarkoitusta varten. Koelaitteisto koostuu kahdesta täysimittaisesta valuraudasta tehdystä jäähdytyskanavasta. Sydänsulan tuottamaa jälkilämpöä simuloidaan koelaitteistossa sähkövastuksilla. Tässä työssä kuvataan simulaatioiden suorittaminen ja vertaillaan saatuja arvoja mittaustuloksiin. Työ keskittyy sydänsiepparista jäähdytyskanaviin tapahtuvan lämmönsiirron teoriaan jamekanismeihin. Työssä esitetään kolme erilaista korrelaatiota lämmönsiirtokertoimille allaskiehumisen tapauksessa. Nämä korrelaatiot soveltuvat erityisesti tapauksiin, joissa vain muutamia mittausparametreja on tiedossa. Työn toinen osa onVolley 04 -kokeiden simulointi. Ensin käytettyä simulointitapaa on kelpoistettuvertaamalla tuloksia Volley 04 ja 05 -kokeisiin, joissa koetta voitiin jatkaa tasapainotilaan ja joissa jäähdytteen käyttäytyminen jäähdytyskanavassa on tallennettu myös videokameralla. Näiden simulaatioiden tulokset ovat hyvin samanlaisiakuin mittaustulokset. Korkeammilla lämmitystehoilla kokeissa esiintyi vesi-iskuja, jotka rikkoivat videoinnin mahdollistavia ikkunoita. Tämän johdosta osassa Volley 04 -kokeita ikkunat peitettiin metallilevyillä. Joitakin kokeita jouduttiin keskeyttämään laitteiston suurten lämpöjännitysten johdosta. Tällaisten testien simulaatiot eivät ole yksinkertaisia suorittaa. Veden pinnan korkeudesta ei ole visuaalista havaintoa. Myöskään jäähdytteen tasapainotilanlämpötiloista ei ole tarkkaa tietoa, mutta joitakin oletuksia voidaan tehdä samoilla parametreilla tehtyjen Volley 05 -kokeiden perusteella. Mittaustulokset Volley 04 ja 05 -kokeista, jotka on videoitu ja voitu ajaa tasapainotilaan saakka, antoivat simulaatioiden kanssa hyvin samankaltaisia lämpötilojen arvoja. Keskeytettyjen kokeiden ekstrapolointi tasapainotilaan ei onnistunut kovin hyvin. Kokeet jouduttiin keskeyttämään niin paljon ennen termohydraulista tasapainoa, ettei tasapainotilan reunaehtoja voitu ennustaa. Videonauhoituksen puuttuessa ei veden pinnan korkeudesta saatu lisätietoa. Tuloksista voidaan lähinnä esittää arvioita siitä, mitä suuruusluokkaa mittapisteiden lämpötilat tulevat olemaan. Nämä lämpötilat ovat kuitenkin selvästi alle sydänsiepparissa käytettävän valuraudan sulamislämpötilan. Joten simulaatioiden perusteella voidaan sanoa, etteivät jäähdytyskanavien rakenteet sula, mikäli niissä on pienikin jäähdytevirtaus, eikä useampia kuin muutama vierekkäinen kanava ole täysin kuivana.

Transfer of penicillin resistance between Neisseriae in microcosm

Horizontal gene transfer between commensal and pathogenic Neisseriae is the mechanism proposed to explain how pathogenic species acquire altered portions of the penA gene, which encodes penicillin binding protein 2. These changes resulted in a moderately penicillin-resistant phenotype in the meningococci, whose frequency of isolation in Spain increased at the end of the 1980s. Little has been published about the possibility of this gene transfer in nature or about its simulation in the laboratory. We designed a simple microcosm, formed by solid and liquid media, that partially mimics the upper human respiratory tract. In this microcosm, penicillin-resistant commensal strains and the fully susceptible meningococcus were co-cultivated. The efficiency of gene transfer between the strains depended on the phase of bacterial growth and the conditions of culture. Resistance of penicillin was acquired in different steps irrespective of the source of the DNA. The presence of DNase in the medium had no effect on gene transfer, but it was near zero when nicked DNA was used. Cell-to-cell contact or membrane blebs could explain these results. The analysis of sequences of the transpeptidase domain of PBP2 from transformants, and from donor and recipient strains demonstrated that the emergence of moderately resistant transformants was due to genetic exchange between the co-cultivated strains. Finally, mechanisms other than penA modification could be invoked to explain decreased susceptibility

Interfirm Knowledge Transfer in Coopetitive Relationships

Tämä tutkimuskeskittyy yritysten väliseen samanaikaiseen kilpailuun ja yhteistyöhön. Suurin mielenkiinto tässä tutkimuksessa kohdistuu yritysten väliseen tietämyksen siirtoon. Tietämyksen siirto samanaikaisissa kilpailu- ja yhteistyösuhteissa voi olla erityisen hyödyllistä samankaltaisten toimintalogiikoiden ja ymmärryksen takia. Toisaalta, mahdollinen kriittisen tiedon vuotaminen kilpailevalle yritykselle onriski, joka täytyy ottaa huomioon, kun yhteistyötä kilpailijan kanssa suunnitellaan. Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää, kuinka tietämystä siirretään samanaikaisissa kilpailu- ja yhteistyösuhteissa välttäen kuitenkin tähän liittyvät riskit. Tutkimuksen empiirinen osa sisältää kolme erilaista case-esimerkkiä samanaikaisista kilpailu- ja yhteistyösuhteista. Empiirisessä osassa tehdyt havainnot tukevat pääasiassa teoriaosuudessa käsiteltyjä asioita. Tietämyksen siirron motiivit, suhdekohtaiset tietämyksen omaksumiskyvyt, tietojohtamiskäytännöt ja luottamus ovat tekijöitä, jotka vaikuttavat tietämyksen siirron tehokkuuteen. Pääasialliset keinot tietämyksen siirron riskin välttämiseksi samanaikaisissa kilpailu- ja yhteistyösuhteissa ovat hierarkkisen hallintomuodon käyttäminen tai horisontaalisesti ja vertikaalisesti rajattu yhteistyön laajuus.

Adverse drug reactions following nonresponse in a depressed patient with CYP2D6 deficiency and low CYP 3A4/5 activity

A 47-year-old male taxi driver experienced multiple adverse drug reactions during therapy with clomipramine (CMI) and quetiapine for major depressive disorder, after having been unsuccessfully treated with adequate doses of mirtazapine and venlafaxine. Drug serum concentrations of CMI and quetiapine were significantly increased and pharmacogenetic testing showed a poor metabolizer status for CYP2D6, low CYP3A4/5 activity and normal CYP2C19 genotype. After reduction of the CMI dose and discontinuation of quetiapine, all ADR subsided except for the increase in liver enzymes. The latter improved but did not normalize completely, even months later, possibly due to concomitant cholelithiasis.

Syttyminen ja palamisen eteneminen partikkelikerroksessa

Syttymistä ja palamisen etenemistä partikkelikerroksessa tutkitaan paloturvallisuuden parantamista sekä kiinteitä polttoaineita käyttävien polttolaitteiden toiminnan tuntemista ja kehittämistä varten. Tässä tutkimuksessa on tavoitteena kerätä yhteen syttymiseen ja liekkirintaman etenemiseen liittyviä kokeellisia ja teoreettisia tutkimustuloksia, jotka auttavat kiinteäkerrospoltto- ja -kaasutus-laitteiden kehittämisessä ja suunnittelussa. Työ on esitutkimus sitä seuraavalle kokeelliselle ja teoreettiselle osalle. Käsittelyssä keskitytään erityisesti puuperäisiin polttoaineisiin. Hiilidioksidipäästöjen vähentämistavoitteet sekä kiinteiden jätteiden energiakäytön lisääminen ja kaatopaikalle viennin vähentäminen aiheuttavat lähitulevaisuudessa kerrospolton lisääntymistä. Kuljetusmatkojen optimoinnin takia joudutaan rakentamaan melko pieniä polttolaitoksia, joissa kerrospolttotekniikka on edullisin vaihtoehto. Syttymispisteellä tarkoitetaan Semenovin määritelmän mukaan tilaa ja ajankohtaa, jolloin polttoaineen ja hapen reaktioissa muodostuva nettoenergia aikayksikössä on yhtäsuuri kuin ympäristöön siirtyvä nettoenergiavirta. Itsesyttyminen tarkoittaa syttymistä ympäristön lämpötilan tai paineen suurenemisen seurauksena. Pakotettu syttyminen tapahtuu, kun syttymispisteen läheisyydessä on esimerkiksi liekki tai hehkuva kiinteä kappale, joka aiheuttaa paikallisen syttymisen ja syttymisrintaman leviämisen muualle polttoaineeseen. Kokeellinen tutkimus on osoittanut tärkeimmiksi syttymiseen ja syttymisrintaman etenemiseen vaikuttaviksi tekijöiksi polttoaineen kosteuden, haihtuvien aineiden pitoisuuden ja lämpöarvon, partikkelikerroksen huokoisuuden, partikkelien koon ja muodon, polttoaineen pinnalle tulevan säteilylämpövirran tiheyden, kaasun virtausnopeuden kerroksessa, hapen osuuden ympäristössä sekä palamisilman esilämmityksen. Kosteuden lisääntyminen suurentaa syttymisenergiaa ja -lämpötilaa sekä pidentää syttymisaikaa. Mitä enemmän polttoaine sisältää haihtuvia aineita sitä pienemmässä lämpötilassa se syttyy. Syttyminen ja syttymisrintaman eteneminen ovat sitä nopeampia mitä suurempi on polttoaineen lämpöarvo. Kerroksen huokoisuuden kasvun on havaittu suurentavan palamisen etenemisnopeutta. Pienet partikkelit syttyvät yleensä nopeammin ja pienemmässä lämpötilassa kuin suuret. Syttymisrintaman eteneminen nopeutuu partikkelien pinta-ala - tilavuussuhteen kasvaessa. Säteilylämpövirran tiheys on useissa polttosovellutuksissa merkittävin lämmönsiirtotekijä, jonka kasvu luonnollisesti nopeuttaa syttymistä. Ilman ja palamiskaasujen virtausnopeus kerroksessa vaikuttaa konvektiiviseen lämmönsiirtoon ja hapen pitoisuuteen syttymisvyöhykkeellä. Ilmavirtaus voi jäähdyttää ja kuumankaasun virtaus lämmittää kerrosta. Hapen osuuden kasvaminen nopeuttaa syttymistä ja liekkirintaman etenemistä kunnes saavutetaan tila, jota suuremmilla virtauksilla ilma jäähdyttää ja laimentaa reaktiovyöhykettä. Palamisilman esilämmitys nopeuttaa syttymisrintaman etenemistä. Syttymistä ja liekkirintaman etenemistä kuvataan yleensä empiirisillä tai säilyvyysyhtälöihin perustuvilla malleilla. Empiiriset mallit perustuvat mittaustuloksista tehtyihin korrelaatioihin sekä joihinkin tunnettuihin fysikaalisiin lainalaisuuksiin. Säilyvyysyhtälöihin perustuvissa malleissa systeemille määritetään massan, energian, liikemäärän ja alkuaineiden säilymisyhtälöt, joiden nopeutta kuvaavien siirtoyhtälöiden muodostamiseen käytetään teoreettisella ja kokeellisella tutkimuksella saatuja yhtälöitä. Nämä mallinnusluokat ovat osittain päällekkäisiä. Pintojen syttymistä kuvataan usein säilyvyysyhtälöihin perustuvilla malleilla. Partikkelikerrosten mallinnuksessa tukeudutaan enimmäkseen empiirisiin yhtälöihin. Partikkelikerroksia kuvaavista malleista Xien ja Liangin hiilipartikkelikerroksen syttymiseen liittyvä tutkimus ja Gortin puun ja jätteen polttoon liittyvä reaktiorintaman etenemistutkimus ovat lähimpänä säilyvyysyhtälöihin perustuvaa mallintamista. Kaikissa malleissa joudutaan kuitenkin yksinkertaistamaan todellista tapausta esimerkiksi vähentämällä dimensioita, reaktioita ja yhdisteitä sekä eliminoimalla vähemmän merkittävät siirtomekanismit. Suoraan kerrospolttoa ja -kaasutusta palvelevia syttymisen ja palamisen etenemisen tutkimuksia on vähän. Muita tarkoituksia varten tehtyjen tutkimusten polttoaineet, kerrokset ja ympäristöolosuhteet poikkeavat yleensä selvästi polttolaitteiden vastaavista olosuhteista. Erikokoisten polttoainepartikkelien ja ominaisuuksiltaan erilaisten polttoaineiden seospolttoa ei ole tutkittu juuri ollenkaan. Polttoainepartikkelien muodon vaikutuksesta on vain vähän tutkimusta.Ilman kanavoitumisen vaikutuksista ei löytynyt tutkimuksia.