Analysis of self-interference within DAG tasks

6th Real-Time Scheduling Open Problems Seminar (RTSOPS 2015), Lund, Sweden.

XDense: A Dense Grid Sensor Network for Distributed Feature Extraction

XXXIII Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores e Sistemas Distribuídos (SBRC 2015). 15 to 19, May, 2015, III Workshop de Comunicação em Sistemas Embarcados Críticos. Vitória, Brasil.

A module for the XDense architecture in ns-3

Demo in Workshop on ns-3 (WNS3 2015). 13 to 14, May, 2015. Castelldefels, Spain.

Role of the DHH1 Gene in the Regulation of Monocarboxylic Acids Transporters Expression in Saccharomyces cerevisiae

Previous experiments revealed that DHH1, a RNA helicase involved in the regulation of mRNA stability and translation, complemented the phenotype of a Saccharomyces cerevisiae mutant affected in the expression of genes coding for monocarboxylic-acids transporters, JEN1 and ADY2 (Paiva S, Althoff S, Casal M, Leao C. FEMS Microbiol Lett, 1999, 170∶301–306). In wild type cells, JEN1 expression had been shown to be undetectable in the presence of glucose or formic acid, and induced in the presence of lactate. In this work, we show that JEN1 mRNA accumulates in a dhh1 mutant, when formic acid was used as sole carbon source. Dhh1 interacts with the decapping activator Dcp1 and with the deadenylase complex. This led to the hypothesis that JEN1 expression is post-transcriptionally regulated by Dhh1 in formic acid. Analyses of JEN1 mRNAs decay in wild-type and dhh1 mutant strains confirmed this hypothesis. In these conditions, the stabilized JEN1 mRNA was associated to polysomes but no Jen1 protein could be detected, either by measurable lactate carrier activity, Jen1-GFP fluorescence detection or western blots. These results revealed the complexity of the expression regulation of JEN1 in S. cerevisiae and evidenced the importance of DHH1 in this process. Additionally, microarray analyses of dhh1 mutant indicated that Dhh1 plays a large role in metabolic adaptation, suggesting that carbon source changes triggers a complex interplay between transcriptional and post-transcriptional effects.

Virulence factors of uropathogenic Escherichia coli from a University Hospital in Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil

The aim of the study was to determine the occurrence of virulence genes expressing fimbriae, production of hemolysin, colicin and aerobactin among a hundred Escherichia coli isolates obtained from in-and outpatients of a tertiary-care teaching hospital, between July and August 2000, showing clinical and laboratory signs of urinary tract infection (UTI). The presence of genes (pap, afa, sfa) for fimbriae expression was assayed using specific primers in a polymerase chain reaction. Among the isolates studied, the prevalence of the virulence factors was 96.0%, 76.0%, 24.0%, for hemolysin, aerobactin and colicin, respectively; the prevalence of genes coding for fimbrial adhesive systems was 32.0%, 19.0% and 11.0% for pap, sfa and afa respectively. The strains isolated from the outpatients displayed a greater number of virulence factors compared to those from hospitalized subjects, emphasizing the difference between these two kinds of patients.

Estado da Arte da Computação Evolutiva Aplicada à Eletrónica

A Computação Evolutiva enquadra-se na área da Inteligência Artificial e é um ramo das ciências da computação que tem vindo a ser aplicado na resolução de problemas em diversas áreas da Engenharia. Este trabalho apresenta o estado da arte da Computação Evolutiva, assim como algumas das suas aplicações no ramo da eletrónica, denominada Eletrónica Evolutiva (ou Hardware Evolutivo), enfatizando a síntese de circuitos digitais combinatórios. Em primeiro lugar apresenta-se a Inteligência Artificial, passando à Computação Evolutiva, nas suas principais vertentes: os Algoritmos Evolutivos baseados no processo da evolução das espécies de Charles Darwin e a Inteligência dos Enxames baseada no comportamento coletivo de alguns animais. No que diz respeito aos Algoritmos Evolutivos, descrevem-se as estratégias evolutivas, a programação genética, a programação evolutiva e com maior ênfase, os Algoritmos Genéticos. Em relação à Inteligência dos Enxames, descreve-se a otimização por colônia de formigas e a otimização por enxame de partículas. Em simultâneo realizou-se também um estudo da Eletrónica Evolutiva, explicando sucintamente algumas das áreas de aplicação, entre elas: a robótica, as FPGA, o roteamento de placas de circuito impresso, a síntese de circuitos digitais e analógicos, as telecomunicações e os controladores. A título de concretizar o estudo efetuado, apresenta-se um caso de estudo da aplicação dos algoritmos genéticos na síntese de circuitos digitais combinatórios, com base na análise e comparação de três referências de autores distintos. Com este estudo foi possível comparar, não só os resultados obtidos por cada um dos autores, mas também a forma como os algoritmos genéticos foram implementados, nomeadamente no que diz respeito aos parâmetros, operadores genéticos utilizados, função de avaliação, implementação em hardware e tipo de codificação do circuito.

Energy-efficient MAC protocols for WBANs: Opportunities and challenges

Wireless body area networks (WBANs) are expected to play a significant role in smart healthcare systems. One of the most important attributes of WBANs is to increase network lifetime by introducing novel and low-power techniques on the energy-constrained sensor nodes. Medium access control (MAC) protocols play a significant role in determining the energy consumption in WBANs. Existing MAC protocols are unable to accommodate communication requirements in WBANs. There is a need to develop novel, scalable and reliable MAC protocols that must be able to address all these requirements in a reliable manner. In this special issue, we attracted high quality research and review papers on the recent advances in MAC protocols for WBANs.

ABCC Subfamily Vacuolar Transporters are Involved in Pb (Lead) Detoxification in Saccharomyces cerevisiae

The present work has as objective to contribute for the elucidation of the mechanism associated with Pb detoxification, using the yeast Saccharomyces cerevisiae as a model organism. The deletion of GTT1 or GTT2 genes, coding for functional glutathione transferases (GST) enzymes in S. cerevisiae, caused an increased susceptibility to high Pb concentrations (500-1000 μmol L(-1)). These results suggest that the formation of glutathione-Pb conjugate (GS-Pb), dependent of GSTs, is important in Pb detoxification. The involvement of ATP-binding cassette (ABC) vacuolar transporters, belonging to class C subfamily (ABCC) in vacuolar compartmentalization of Pb, was evaluated. For this purpose, mutant strains disrupted in YCF1, VMR1, YBT1 or BPT 1 genes were used. All mutants tested, without vacuolar ABCC transporters, presented an increased sensitivity to 500-1000 μmol L(-1) Pb comparative to wild-type strain. Taken together, the obtained results suggest that Pb detoxification, by vacuolar compartmentalization, can occur as a result of the concerted action of GSTs and vacuolar ABCC transporters. Pb is conjugated with glutathione, catalysed by glutathione transferases and followed to the transport of GS-Pb conjugate to the vacuole by ABCC transporters.

Molecular characterization of Cryptosporidium spp. from HIV infected patients from an urban area of Brazil

Cryptosporidium spp. are important cause of enteric disease in humans, but may also infect animals. This study describes the relative frequency of several Cryptosporidium species found in human specimens from HIV infected patients in the São Paulo municipality obtained from January to July 2007. Sequence analysis of the products of nested-PCR based on small subunit rRNA and Cryptosporidium oocyst wall protein coding genes revealed 17 (63.0%) isolates of C. hominis, four (14.8%) C. parvum, five (18.5%) C. felis and one (3.7%) C. canis. These findings suggest that, in urban environments of Brazil, the cat adapted C. felis may play a potential role in the zoonotic transmission of cryptosporidiosis whereas the anthroponotic transmission of cryptosporidiosis caused by C. hominis seems to predominate.

Modeling assembly program with constraints. A contribution to WCET problem

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Lógica Computacional

Desenvolvimento de uma aplicação móvel para apoio a pessoas com perturbações psicóticas

A presente dissertação tem como objectivo descrever o trabalho desenvolvido sobre o projecto iCOPE, uma plataforma dedicada ao auxilio do processo psicoterapêutico para pessoas com perturbações psicóticas. A sua concepção e motivada pela necessidade de fornecer um meio psicoterapêutico com base na portabilidade dos dispositivos móveis. O desenvolvimento foi conseguido através de uma colaboração multidisciplinar, orientada por especialistas de terapia ocupacional, e pela engenharia de software. O iCOPE é um sistema centralizado, no qual o progresso de um paciente é registado e monitorizado através de outra aplicação, por um terapeuta designado. Esta filosofia levou à criação de uma API baseada em REST, capaz de comunicar com uma base de dados. A construção da API concretizou-se com recurso a linguagem PHP, aliada a micro-framework Slim. O objectivo desta API passa não só pela necessidade de fornecer um sistema acessível, mas também com a ambição de conceber uma plataforma com um potencial escalável e expansível, para o caso de ser necessário implementar novas funcionalidades futuras (future-proof). O autor desta dissertação foi responsável pelo levantamento de requisitos, o desenvolvimento da aplicação móvel, o desenvolvimento colaborativo do modelo de dados e base de dados e da interface da API de comunicação. No fim do desenvolvimento foi feita uma apreciação funcional pelos utilizadores alvo, que realizaram uma avaliação sobre a utilização e integração da aplicação no seu tratamento. Face aos resultados obtidos foram tiradas conclusões sobre o futuro desenvolvimento da aplicação e que outros aspectos poderiam ser integrados para efectivamente chegar a mais pacientes.

Middleware for Large-scale Distributed Systems

Nos últimos anos o aumento exponencial da utilização de dispositivos móveis e serviços disponibilizados na “Cloud” levou a que a forma como os sistemas são desenhados e implementados mudasse, numa perspectiva de tentar alcançar requisitos que até então não eram essenciais. Analisando esta evolução, com o enorme aumento dos dispositivos móveis, como os “smartphones” e “tablets” fez com que o desenho e implementação de sistemas distribuidos fossem ainda mais importantes nesta área, na tentativa de promover sistemas e aplicações que fossem mais flexíveis, robutos, escaláveis e acima de tudo interoperáveis. A menor capacidade de processamento ou armazenamento destes dispositivos tornou essencial o aparecimento e crescimento de tecnologias que prometem solucionar muitos dos problemas identificados. O aparecimento do conceito de Middleware visa solucionar estas lacunas nos sistemas distribuidos mais evoluídos, promovendo uma solução a nível de organização e desenho da arquitetura dos sistemas, ao memo tempo que fornece comunicações extremamente rápidas, seguras e de confiança. Uma arquitetura baseada em Middleware visa dotar os sistemas de um canal de comunicação que fornece uma forte interoperabilidade, escalabilidade, e segurança na troca de mensagens, entre outras vantagens. Nesta tese vários tipos e exemplos de sistemas distribuídos e são descritos e analisados, assim como uma descrição em detalhe de três protocolos (XMPP, AMQP e DDS) de comunicação, sendo dois deles (XMPP e AMQP) utilzados em projecto reais que serão descritos ao longo desta tese. O principal objetivo da escrita desta tese é demonstrar o estudo e o levantamento do estado da arte relativamente ao conceito de Middleware aplicado a sistemas distribuídos de larga escala, provando que a utilização de um Middleware pode facilitar e agilizar o desenho e desenvolvimento de um sistema distribuído e traz enormes vantagens num futuro próximo.

Documento de Consenso Sobre Codificação de Exames de Ressonância Magnética Cardíaca em Portugal

Um dos obstáculos a uma utilização mais frequente e apropriada da ressonância magnética cardíaca (RMC) em Portugal tem sido a ausência de códigos específicos que descrevam adequadamente os exames tal como são efetuados actualmente. Este documento de consenso fornece recomendações para a atualização e uniformização dos códigos empregues na RMC. São igualmente feitas recomendações quanto às técnicas e códigos a utilizar nas indicações clínicas mais frequentes.

Development of novel human cellular models for neurotoxicity studies

Dissertation to obtain master degree in Genética Molecular e Biomedicina

A Novel Autosomal Recessive GJA1 Missense Mutation Linked to Craniometaphyseal Dysplasia

Craniometaphyseal dysplasia (CMD) is a rare sclerosing skeletal disorder with progressive hyperostosis of craniofacial bones. CMD can be inherited in an autosomal dominant (AD) trait or occur after de novo mutations in the pyrophosphate transporter ANKH. Although the autosomal recessive (AR)form of CMD had been mapped to 6q21-22 the mutation has been elusive. In this study, we performed whole-exome sequencing for one subject with AR CMD and identified a novel missense mutation (c.716G>A, p.Arg239Gln) in the C-terminus of the gap junction protein alpha-1 (GJA1) coding for connexin 43 (Cx43). We confirmed this mutation in 6 individuals from 3 additional families. The homozygous mutation cosegregated only with affected family members. Connexin 43 is a major component of gap junctions in osteoblasts, osteocytes, osteoclasts and chondrocytes. Gap junctions are responsible for the diffusion of low molecular weight molecules between cells. Mutations in Cx43 cause several dominant and recessive disorders involving developmental abnormalities of bone such as dominant and recessive oculodentodigital dysplasia (ODDD; MIM #164200, 257850) and isolated syndactyly type III (MIM #186100), the characteristic digital anomaly in ODDD. However, characteristic ocular and dental features of ODDD as well as syndactyly are absent in patients with the recessive Arg239Gln Cx43 mutation. Bone remodeling mechanisms disrupted by this novel Cx43 mutation remain to be elucidated.