Comparative survey of the relative impact of mRNA features on local ribosome profiling read density

Ribosome profiling (Ribo-seq), a promising technology for exploring ribosome decoding rates, is characterized by the presence of infrequent high peaks in ribosome footprint density and by long alignment gaps. Here, to reduce the impact of data heterogeneity we introduce a simple normalization method, Ribo-seq Unit Step Transformation (RUST). RUST is robust and outperforms other normalization techniques in the presence of heterogeneous noise. We illustrate how RUST can be used for identifying mRNA sequence features that affect ribosome footprint densities globally. We show that a few parameters extracted with RUST are sufficient for predicting experimental densities with high accuracy. Importantly the application of RUST to 30 publicly available Ribo-seq data sets revealed a substantial variation in sequence determinants of ribosome footprint frequencies, questioning the reliability of Ribo-seq as an accurate representation of local ribosome densities without prior quality control. This emphasizes our incomplete understanding of how protocol parameters affect ribosome footprint densities.

Efecto del consumo concomitante de inhibidores de bomba protones y levotiroxina : revisión sistemática y metaanálisis

Estudios afirman que la acidez gástrica es importante en la absorción de levotiroxina (LT4) con resultados controversiales sobre la interacción entre inhibidores de bomba de protones (IBP) y LT4. El objetivo del estudio fue establecer el efecto del uso concomitante de LT4 e IBP en los niveles de TSH en pacientes adultos con hipotiroidismo primario. Se realizó una revisión sistemática mediante búsqueda en Medline, Embase, Lilacs, Bireme, Scielo, Cochrane y Universidad de York, Access Pharmacy, Google Scholar, Dialnet y Opengray. La búsqueda no se limito por lenguaje. Se evaluó el efecto en la diferencia de medias de TSH luego del consumo de LT4 y luego del consumo concomitante con IBP. Se hizo un metaanálisis, análisis de subgrupos y análisis de sensibilidad utilizando el programa Review Manager 5.3. Se eligieron 5 artículos para el análisis cualitativo y 3 para el metaanálisis. La calidad de los estudios fue buena y el riesgo de sesgos bajo. La diferencia de medias obtenida fue 0.21 mUI/L (IC95%: 0.02-0.40; p=0.03; I2:0%). En el análisis de subgrupos en pacientes mayores de 55 años la diferencia de medias fue 0.21 mUI/L (IC95%: 0.01-0.40; p=0.27; I2:19%). En el análisis de sensibilidad se excluyo el estudio con mayor muestra y la diferencia de medias fue 0.49 mUI/L (IC95%: -0.12 a 1.11; p=0.12; I2:0%). La diferencia de medias de TSH luego del consumo concomitante no se considera clínicamente significativa pues no representa riesgo para el paciente. Son necesarios estudios clínicos aleatorizados y evaluar el efecto en los niveles de T4 libre.

El rol de los actores subnacionales en la construcción de la política exterior de Japón. Estudio de caso: La disputa territorial por las islas Senkaku/Diaoyu entre Japón y China (2001-2014)

El presente estudio de caso tiene como objetivo analizar la influencia de la gobernación de Tokio en la formulación de la política exterior de Japón durante la disputa territorial por las islas Senkaku/Diaoyu. Para ello, se identifican los puntos más relevantes de la política exterior de seguridad de Japón después de la Segunda Guerra Mundial. Se hace un énfasis en la política bilateral de seguridad sino-japonesa, con el fin de ubicar el conflicto territorial por las islas Senkaku/Diaoyu como un punto importante en la agenda internacional de seguridad de ambos países. Se estudia y analiza el concepto de paradiplomacia; articulado, a su vez, por los conceptos de identidad y rol en política exterior de la perspectiva teórica del Constructivismo de las Relaciones Internacionales, para así analizar la influencia de Tokio en el manejo de la política exterior de Japón en el marco del conflicto territorial por las islas Senkaku/Diaoyu.

Screening a Case Base for Stroke Disease Detection

Stroke stands for one of the most frequent causes of death, without distinguishing age or genders. Despite representing an expressive mortality fig-ure, the disease also causes long-term disabilities with a huge recovery time, which goes in parallel with costs. However, stroke and health diseases may also be prevented considering illness evidence. Therefore, the present work will start with the development of a decision support system to assess stroke risk, centered on a formal framework based on Logic Programming for knowledge rep-resentation and reasoning, complemented with a Case Based Reasoning (CBR) approach to computing. Indeed, and in order to target practically the CBR cycle, a normalization and an optimization phases were introduced, and clustering methods were used, then reducing the search space and enhancing the cases re-trieval one. On the other hand, and aiming at an improvement of the CBR theo-retical basis, the predicates` attributes were normalized to the interval 0…1, and the extensions of the predicates that match the universe of discourse were re-written, and set not only in terms of an evaluation of its Quality-of-Information (QoI), but also in terms of an assessment of a Degree-of-Confidence (DoC), a measure of one`s confidence that they fit into a given interval, taking into account their domains, i.e., each predicate attribute will be given in terms of a pair (QoI, DoC), a simple and elegant way to represent data or knowledge of the type incomplete, self-contradictory, or even unknown.

Estudo das qualidades psicométricas do questionário de cooperação organizacional (QCO)

O presente estudo apresenta as qualidades psicométricas do Questionário de Cooperação Organizacional (QCO). A amostra é constituída por 300 funcionários camarários, dos departamentos de Atendimento e Urbanismo, de 70 Câmaras Municipais de Portugal Continental. Recorreu-se a procedimentos de Análise Factorial Exploratória, método de Máxima Verosimilhança, Scree Test, com método de rotação Varimax with Kaiser Normalization. Os resultados demonstram que o QCO é capaz de medir 3 dimensões da cooperação organizacional, explicando 49,36% da variância total. Os valores de consistência interna foram bastante satisfatórios, com a dimensão 1 “Cooperação configurada por regulamentações formais" a apresentar um Alpha de Cronbach de 0,875, a dimensão 2, "Cooperação decorrente da interdependência de indivíduos únicos articulados entre si" com 0,864 e a dimensão 3 "Cooperação através da orientação para a sociedade dos contributos singulares" com 0,787. /ABSTRACT: This study presents the analysis of psychometric properties of the Questionário de Cooperação Organizacional (QCO) (Organizational Cooperation Questionnaire). lt was applied to a sample of 300 employees from the Reception and Urbanization departments of 70 continental portuguese town-halls. Procedures of Exploratory Factorial Analysis, Maximum Likelihood extraction method and Varimax with Kaiser Normalization rotation method were performed. Results indicate that the QCO is capable of measuring 3 organizational cooperation dimensions, which explain 49,36% of the total variance. Reliability statistics were very satisfactory, in which dimension 1 "Cooperation structured by formal regulamentation" has a Cronbach's Alpha of 0,875, dimension 2, "The cooperation originated from the interdependence by the articulation amongst unique individuals" 0,864, and dimension 3 "Orientation to society of singular contribution through cooperation" 0,787.

Normalização automática de descrições de hotéis

As descrições de produtos turísticos na área da hotelaria, aviação, rent-a-car e pacotes de férias baseiam-se sobretudo em descrições textuais em língua natural muito heterogénea com estilos, apresentações e conteúdos muito diferentes entre si. Uma vez que o sector do turismo é bastante dinâmico e que os seus produtos e ofertas estão constantemente em alteração, o tratamento manual de normalização de toda essa informação não é possível. Neste trabalho construiu-se um protótipo que permite a classificação e extracção automática de informação a partir de descrições de produtos de turismo. Inicialmente a informação é classificada quanto ao tipo. Seguidamente são extraídos os elementos relevantes de cada tipo e gerados objectos facilmente computáveis. Sobre os objectos extraídos, o protótipo com recurso a modelos de textos e imagens gera automaticamente descrições normalizadas e orientadas a um determinado mercado. Esta versatilidade permite um novo conjunto de serviços na promoção e venda dos produtos que seria impossível implementar com a informação original. Este protótipo, embora possa ser aplicado a outros domínios, foi avaliado na normalização da descrição de hotéis. As frases descritivas do hotel são classificadas consoante o seu tipo (Local, Serviços e/ou Equipamento) através de um algoritmo de aprendizagem automática que obtém valores médios de cobertura de 96% e precisão de 72%. A cobertura foi considerada a medida mais importante uma vez que a sua maximização permite que não se percam frases para processamentos posteriores. Este trabalho permitiu também a construção e população de uma base de dados de hotéis que possibilita a pesquisa de hotéis pelas suas características. Esta funcionalidade não seria possível utilizando os conteúdos originais. ABSTRACT: The description of tourism products, like hotel, aviation, rent-a-car and holiday packages, is strongly supported on natural language expressions. Due to the extent of tourism offers and considering the high dynamics in the tourism sector, manual data management is not a reliable or scalable solution. Offer descriptions - in the order of thousands - are structured in different ways, possibly comprising different languages, complementing and/or overlap one another. This work aims at creating a prototype for the automatic classification and extraction of relevant knowledge from tourism-related text expressions. Captured knowledge is represented in a normalized/standard format to enable new services based on this information in order to promote and sale tourism products that would be impossible to implement with the raw information. Although it could be applied to other areas, this prototype was evaluated in the normalization of hotel descriptions. Hotels descriptive sentences are classified according their type (Location, Services and/or Equipment) using a machine learning algorithm. The built setting obtained an average recall of 96% and precision of 72%. Recall considered the most important measure of performance since its maximization allows that sentences were not lost in further processes. As a side product a database of hotels was built and populated with search facilities on its characteristics. This ability would not be possible using the original contents.