Identification of NAB1, a repressor of NGFI-A- and Krox20-mediated transcription.

NGFI-A (also called Egr1, Zif268, or Krox24) and the closely related proteins Krox20, NGFI-C, and Egr3 are zinc-finger transcription factors encoded by immediate-early genes which are induced by a wide variety of extracellular stimuli. NGFI-A has been implicated in cell proliferation, macrophage differentiation, synaptic activation, and long-term potentiation, whereas Krox20 is critical for proper hindbrain segmentation and peripheral nerve myelination. In previous work, a structure/function analysis of NGFI-A revealed a 34-aa inhibitory domain that was hypothesized to be the target of a cellular factor that represses NGFI-A transcriptional activity. Using the yeast two-hybrid system, we have isolated a cDNA clone which encodes a protein that interacts with this inhibitory domain and inhibits the ability of NGFI-A to activate transcription. This NGFI-A-binding protein, NAB1, is a 570-aa nuclear protein that bears no obvious sequence homology to known proteins. NAB1 also represses Krox20 activity, but it does not influence Egr3 or NGFI-G, thus providing a mechanism for the differential regulation of this family of immediate-early transcription factors.

O SNRC e os novos instrumentos de financiamento do agronegócio: o mercado de crédito rural brasileiro entre dois modelos

Esta pesquisa mostra como o desenvolvimento do sistema jurídico institucional do mercado de crédito rural no Brasil se desenvolveu a ponto de permitir a convivência de dois modelos normalmente considerados antitéticos: o modelo de economia de mercado coordenado via bancos públicos e o modelo de economia de mercado liberal. O primeiro capítulo da dissertação reconstrói como a teoria do Law and Finance que permite identificar adequadamente esse resultado de pesquisa se desenvolve a partir da crise das postulações e premissas da teoria econômica neoclássica. O segundo capítulo narra o desenvolvimento e crise do modelo do Sistema Nacional de Crédito Rural entre as décadas de 1960 e 1980, partindo de uma análise sobre sua estrutura, regulação e institutos. Passando dos modelos de organização financeira para as modalidades de crédito rural, o capítulo narra a lógica, estrutura e evolução do modelo calcado na alocação de recursos por banco públicos, de modo que essa elucidação de contexto histórico permite que se verifique a grande ruptura que é introduzida no sistema de financiamento rural a partir dos anos 2000. O terceiro capítulo narra e descreve o surgimento da estrutura, regulação e institutos regidos pela lógica de mercado liberal, até então ausente no SNCR para, após, realizar uma apreciação do resultado alcançado. Ao final, a conclusão reúne os principais achados dessa pesquisa, destaca os principais pontos de sua narrativa e os problematiza para uma agenda de pesquisa futura.

Erratum: Suppression of localization in kronig-penney models with correlated disorder (Vol. 49, PG 147, 1994)

We consider the electron dynamics and transport properties of one-dimensional continuous models with random, short-range correlated impurities. We develop a generalized Poincare map formalism to cast the Schrodinger equation for any potential into a discrete set of equations, illustrating its application by means of a specific example. We then concentrate on the case of a Kronig-Penney model with dimer impurities. The previous technique allows us to show that this model presents infinitely many resonances (zeroes of the reflection coefficient at a single dimer) that give rise to a band of extended states, in contradiction with the general viewpoint that all one-dimensional models with random potentials support only localized states. We report on exact transfer-matrix numerical calculations of the transmission coefFicient, density of states, and localization length for various strengths of disorder. The most important conclusion so obtained is that this kind of system has a very large number of extended states. Multifractal analysis of very long systems clearly demonstrates the extended character of such states in the thermodynamic limit. In closing, we brieBy discuss the relevance of these results in several physical contexts.

Desempenho econômico de um sistema de produção de biomassa da cana energia

O uso da biomassa como fonte de energia elétrica corresponde a uma alternativa de grande importância para o planejamento estratégico do crescimento econômico de diversos países. A vasta extensão territorial e o clima favorável ao desenvolvimento da agricultura no Brasil trazem como vantagem o poder de planejar sua matriz energética utilizando variadas fontes primárias renováveis. A cana-de-açúcar destaca-se pela rusticidade e grande produtividade. O bagaço como um subproduto resultante do processamento da cana é utilizado como fonte para a cogeração de energia e pode contribuir significativamente para a descentralização das fontes de energia nacional. Com o desenvolvimento da tecnologia de etanol de segunda geração, a busca pela maior produção de biomassa ganha relevância. Os programas de melhoramento identificaram que se caso com redução de 25 a 35% da sacarose na cana, a planta teria um potencial de aumento de mais de 100% da biomassa. Os híbridos derivados de programas de melhoramento da espécie Saccharum spp., direcionados exclusivamente para a produção de biomassa, foram denominados de cana energia. Tendo em vista o potencial de produtividade da cultura e consequentemente de geração de energia, torna-se necessário conhecer se esse potencial se traduz em resultado econômico. Com esse enfoque, o objetivo deste trabalho foi analisar a viabilidade econômica da produção de biomassa da cana energia. Para tanto foi desenvolvido um modelo em planilha eletrônica e o modelo foi empregado na simulação de cenários e alternativas. A planilha integra modelos de balanço hídrico, produtividade da cultura e distribuição de chuvas, e suas relações com aspectos econômicos e produtivos. O preço de venda da biomassa, a produtividade da cultura e a distância de transporte se mostraram como os itens que mais influem sobre os indicadores de viabilidade econômica. Diferentemente da eficiência gerencial, a eficiência de campo corresponde a um fator de grande importância a ser considerado para reduzir o custo de produção. A análise da área de colheita como uma variável crítica indicou que existem módulos ideais para a utilização de máquinas agrícolas, reduzindo o seu custo operacional devido ao uso melhor atribuído das máquinas na propriedade. A análise da textura do solo como variável crítica mostrou que o cultivo da planta em diferentes tipos de solos reflete em diferentes custos operacionais, produtividade potencial e no montante de investimento. O ano de reforma corresponde a um fator crítico para a viabilização da atividade. Para o cenário base, o indicador de atratividade financeira apresenta um Valor Presente Líquido de 6,4 milhões de reais e uma Taxa Interna de Retorno de 15,2%, com um horizonte de 20 anos de produção. As análises de sensibilidade mostram que as variáveis que mais impactam nos indicadores de viabilidade econômica financeira são o preço de venda da biomassa e a produtividade média da lavoura.

Koala: sistema para integração de métodos de predição e análise de estruturas de proteína

A Biologia Computacional tem desenvolvido algoritmos aplicados a problemas relevantes da Biologia. Um desses problemas é a Protein Structure Prediction (PSP). Vários métodos têm sido desenvolvidos na literatura para lidar com esse problema. Porém a reprodução de resultados e a comparação dos mesmos não têm sido uma tarefa fácil. Nesse sentido, o Critical Assessment of protein Structure Prediction (CASP), busca entre seus objetivos, realizar tais comparações. Além disso, os sistemas desenvolvidos para esse problema em geral não possuem interface amigável, não favorecendo o uso por não especialistas da computação. Buscando reduzir essas dificuldades, este trabalho propões o Koala, um sistema baseado em uma plataforma web, que integra vários métodos de predição e análises de estruturas de proteínas, possibilitando a execução de experimentos complexos com o uso de fluxos de trabalhos. Os métodos de predição disponíveis podem ser integrados para a realização de análises dos resultados, usando as métricas RMSD, GDT-TS ou TM-Score. Além disso, o método Sort by front dominance (baseado no critério de optimalidade de Pareto), proposto nesse trabalho, consegue avaliar predições sem uma estrutura de referência. Os resultados obtidos, usando proteínas alvo de artigos recentes e do CASP11, indicam que o Koala tem capacidade de realizar um conjunto relativamente grande de experimentos estruturados, beneficiando a determinação de melhores estruturas de proteínas, bem como o desenvolvimento de novas abordagens para predição e análise por meio de fluxos de trabalho.

Método para análise da interação fluido-estrutura em travessas do pré-distribuidor de turbinas hidráulicas.

Um dos grandes desafios enfrentados pelos fabricantes de turbinas hidráulicas é prevenir o aparecimento de vibrações induzidas pelo escoamento nas travessas do pré-distribuidor e pás do rotor. Considerando apenas as travessas, e atribuídos a tais vibrações, foram relatados 28 casos de trincas ou ruídos anormais nas últimas décadas, que acarretaram enormes prejuízos associados a reparos, atrasos e perda de geração. O estado da arte na prevenção destes problemas baseia-se na utilização de sofisticados, e caros, programas comerciais de dinâmica dos fluidos computacional para o cálculo transiente do fenômeno. Este trabalho faz uma ampla revisão bibliográfica e levantamento de eventos de trincas ou ruídos ocorridos em travessas nos últimos 50 anos. Propõe, então, um enfoque alternativo, baseado exclusivamente em ferramentas de código aberto. A partir de hipóteses simplificadoras devidamente justificadas, o problema é formulado matematicamente de forma bidimensional, no plano da seção transversal da travessa, levando em conta a interação fluido-estrutura. Nesta estratégia, as equações de Navier-Stokes são resolvidas pelo método dos elementos finitos por meio da biblioteca gratuita oomph-lib. Um código especial em C++ é desenvolvido para o problema de interação fluido-estrutura, no qual o fenômeno de turbulência é levado em consideração por meio de um algoritmo baseado no modelo de Baldwin-Lomax. O método proposto é validado por meio da comparação dos resultados obtidos com referências e medições disponíveis na literatura, que tratam de problemas de barras retangulares suportadas elasticamente. O trabalho finaliza com a aplicação do método a um estudo de caso envolvendo uma travessa particular.

Огляд наукових досліджень в галузі вивчення напружено-деформованого стану трубобетонних конструкцій

The paper presents an analytical review of the literature, which reflects the results of national and foreign scientific researches aimed to studying the features of the composition and dosage of components of self compacting concrete as one of the most promising aggregate for modern composite structures. In addition, the results of numerical and experimental researches of stress-strain state of composite structures (concrete-filled tubes) under the influence of various power factors, have been considered. The description and features of existing analytical methods for the determination of the bearing capacity of the considered structures under compression and bendings, have been given. The analysis of deformation model of confined concrete in a composition of the composite structure, as well as non-linear models of steel works with their distinctive features, has been carried out. The main approaches to the finite element modeling of composite structures have been determined.

Cdk1 Restrains NHEJ through Phosphorylation of XRCC4-like Factor Xlf1

Eukaryotic cells use two principal mechanisms for repairing DNA double-strand breaks (DSBs): homologous recombination (HR) and nonhomologous end-joining (NHEJ). DSB repair pathway choice is strongly regulated during the cell cycle. Cyclin-dependent kinase 1 (Cdk1) activates HR by phosphorylation of key recombination factors. However, a mechanism for regulating the NHEJ pathway has not been established. Here, we report that Xlf1, a fission yeast XLF ortholog, is a key regulator of NHEJ activity in the cell cycle. We show that Cdk1 phosphorylates residues in the C terminus of Xlf1 over the course of the cell cycle. Mutation of these residues leads to the loss of Cdk1 phosphorylation, resulting in elevated levels of NHEJ repair in vivo. Together, these data establish that Xlf1 phosphorylation by Cdc2(Cdk1) provides a molecular mechanism for downregulation of NHEJ in fission yeast and indicates that XLF is a key regulator of end-joining processes in eukaryotic organisms.

The Structure of theCyprinid herpesvirus 3ORF112-Zα·Z-DNA Complex Reveals a Mechanism of Nucleic Acids Recognition Conserved with E3L, a Poxvirus Inhibitor of Interferon Response

In vertebrate species, the innate immune system down-regulates protein translation in response to viral infection through the action of the double-stranded RNA (dsRNA)-activated protein kinase (PKR). In some teleost species another protein kinase, Z-DNA-dependent protein kinase (PKZ), plays a similar role but instead of dsRNA binding domains, PKZ has Zα domains. These domains recognize the left-handed conformer of dsDNA and dsRNA known as Z-DNA/Z-RNA. Cyprinid herpesvirus 3 infects common and koi carp, which have PKZ, and encodes the ORF112 protein that itself bears a Zα domain, a putative competitive inhibitor of PKZ. Here we present the crystal structure of ORF112-Zα in complex with an 18-bp CpG DNA repeat, at 1.5 Å. We demonstrate that the bound DNA is in the left-handed conformation and identify key interactions for the specificity of ORF112. Localization of ORF112 protein in stress granules induced in Cyprinid herpesvirus 3-infected fish cells suggests a functional behavior similar to that of Zα domains of the interferon-regulated, nucleic acid surveillance proteins ADAR1 and DAI.

Analysis of analogue models by helical X-ray computed tomography

The aim of analogue model experiments in geology is to simulate structures in nature under specific imposed boundary conditions using materials whose rheological properties are similar to those of rocks in nature. In the late 1980s, X-ray computed tomography (CT) was first applied to the analysis of such models. In early studies only a limited number of cross-sectional slices could be recorded because of the time involved in CT data acquisition, the long cooling periods for the X-ray source and computational capacity. Technological improvements presently allow an almost unlimited number of closely spaced serial cross-sections to be acquired and calculated. Computer visualization software allows a full 3D analysis of every recorded stage. Such analyses are especially valuable when trying to understand complex geological structures, commonly with lateral changes in 3D geometry. Periodic acquisition of volumetric data sets in the course of the experiment makes it possible to carry out a 4D analysis of the model, i.e. 3D analysis through time. Examples are shown of 4D analysis of analogue models that tested the influence of lateral rheological changes on the structures obtained in contractional and extensional settings.

Investigational cancer treatments coverage report /

To comply with 20 ILCS 1405/56.3, the Illinois Dept. of Insurance was required to conduct a three year report (2000-2002), which included an analysis of the effect of the coverage requirements on the cost of insurance and health care; the results of the treatments to patients; the mortality rate among cancer patients; any improvements in care of patients; and any imporvements in the quality of life of patients.

A Knowledge-based System for Intelligent Support in Pharmacogenomics Evidence Assessment: Ontology-driven Evidence Representation, Retrieval, Classification and Interpretation

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2016-06

Molecular modelling of human CYP1B1 substrate interactions and investigation of allelic variant effects on metabolism

Molecular modelling of human CYP1B1 based on homology with the mammalian P450, CYP2C5, of known three-dimensional structure is reported. The enzyme model has been used to investigate the likely mode of binding for selected CYP1B1 substrates, particularly with regard to the possible effects of allelic variants of CYP1B1 on metabolism. In general, it appears that the CYP1B1 model is consistent with known substrate selectivity for the enzyme, and the sites of metabolism can be rationalized in terms of specific contacts with key amino acid residues within the CYP1B1 heme locus. Further-more, a mode of binding interaction for the inhibitor, a-naphthoflavone, is presented which accords with currently available information. The current paper shows that a combination of molecular modelling and experimental determinations on the substrate metabolism for CYP1B1 allelic variants can aid in the understanding of structure-function relationships within P450 enzymes. (C) 2003 Elsevier Science Ireland Ltd. All rights reserved.

Eutectic grains in unmodified and strontium-modified hypoeutectic aluminum-silicon alloys

Additions of strontium to hypoeutectic aluminum-silicon alloys modify the morphology of the eutectic silicon phase from a coarse platelike structure to a fine fibrous structure. Thermal analysis, interrupted solidification, and microstructural examination of sand castings in this work revealed that, in addition to a change in silicon morphology, modification with strontium also causes an increase in the size of eutectic grains. The eutectic grain size increases because fewer grains nucleate, possibly due to poisoning of the phosphorus-based nucleants, that are active in the unmodified alloy. A simple growth model is developed to estimate the interface velocity during solidification of a eutectic grain. The model confirms, independent of microstructural observations, that the addition of 100 ppm strontium increases the eutectic grain size by at least an order of magnitude compared with the equivalent unmodified alloy. The model predicts that the growth velocity varies significantly during eutectic growth. At low strontium levels, these variations may be sufficient to cause transitions between flake and fibrous silicon morphologies depending on the casting conditions. The model can be used to rationally interpret the eutectic grain structure and silicon morphology of fully solidified aluminum-silicon castings and, when coupled with reliable thermal data, can be used to estimate the eutectic grain size.

Protein contact prediction using patterns of correlation

We describe a new method for using neural networks to predict residue contact pairs in a protein. The main inputs to the neural network are a set of 25 measures of correlated mutation between all pairs of residues in two windows of size 5 centered on the residues of interest. While the individual pair-wise correlations are a relatively weak predictor of contact, by training the network on windows of correlation the accuracy of prediction is significantly improved. The neural network is trained on a set of 100 proteins and then tested on a disjoint set of 1033 proteins of known structure. An average predictive accuracy of 21.7% is obtained taking the best L/2 predictions for each protein, where L is the sequence length. Taking the best L/10 predictions gives an average accuracy of 30.7%. The predictor is also tested on a set of 59 proteins from the CASP5 experiment. The accuracy is found to be relatively consistent across different sequence lengths, but to vary widely according to the secondary structure. Predictive accuracy is also found to improve by using multiple sequence alignments containing many sequences to calculate the correlations. (C) 2004 Wiley-Liss, Inc.