An improved TIGER2 implementation for NAMD suitable for the Blue Gene architecture

Here we present an improved implementation of the TIGER2 Replica Exchange Molecular Dynamics (REMD) method, using the replica exchange Application Programming Interface (API) found in contemporary versions of the NAMD Molecular Dynamics Package. The implementation takes the form of a TCL script which is used in conjunction with the standard configuration file. This implementation is validated against a previous TIGER2 implementation, as well as data reported for the original TIGER2 simulations. Our implementation is compatible with a range of architectures; crucially it enables the use of this wrapper with the BlueGene/Q architecture, in addition to the x86 architecture. Program summary: Program title: TIGER2-NAMD. Catalogue identifier: AEWC_v1_0. Program summary URL: http://cpc.cs.qub.ac.uk/summaries/AEWC_v1_0.html Program obtainable from: CPC Program Library, Queen's University, Belfast, N. Ireland. Licensing provisions: Standard CPC licence, http://cpc.cs.qub.ac.uk/licence/licence.html No. of lines in distributed program, including test data, etc.: 34151. No. of bytes in distributed program, including test data, etc.: 424217. Distribution format: tar.gz. Programming language: Tcl 8.5. Computer: x86 Clusters, BlueGene/Q, Workstations. Operating system: Linux, IBM Compute Node Kernel. Has the code been vectorised or parallelised?: Yes. MPI Parallelism. Classification: 3. External routines: NAMD 2.9 (http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/). Nature of problem: Replica Exchange Molecular Dynamics. Solution method: Each replica runs through multiple cycles of heating and cooling with exchanges between them being attempted. Running time: Typically 30 mins, up to an hour.

Visualization of HIV-1 interactions with penile and foreskin epithelia: clues for female-to-male HIV transmission

To gain insight into female-to-male HIV sexual transmission and how male circumcision protects against this mode of transmission, we visualized HIV-1 interactions with foreskin and penile tissues in ex vivo tissue culture and in vivo rhesus macaque models utilizing epifluorescent microscopy. 12 foreskin and 14 cadaveric penile specimens were cultured with R5-tropic photoactivatable (PA)-GFP HIV-1 for 4 or 24 hours. Tissue cryosections were immunofluorescently imaged for epithelial and immune cell markers. Images were analyzed for total virions, proportion of penetrators, depth of virion penetration, as well as immune cell counts and depths in the tissue. We visualized individual PA virions breaching penile epithelial surfaces in the explant and macaque model. Using kernel density estimated probabilities of localizing a virion or immune cell at certain tissue depths revealed that interactions between virions and cells were more likely to occur in the inner foreskin or glans penis (from local or cadaveric donors, respectively). Using statistical models to account for repeated measures and zero-inflated datasets, we found no difference in total virions visualized at 4 hours between inner and outer foreskins from local donors. At 24 hours, there were more virions in inner as compared to outer foreskin (0.0495 +/- 0.0154 and 0.0171 +/- 0.0038 virions/image, p = 0.001). In the cadaveric specimens, we observed more virions in inner foreskin (0.0507 +/- 0.0079 virions/image) than glans tissue (0.0167 +/- 0.0033 virions/image, p<0.001), but a greater proportion was seen penetrating uncircumcised glans tissue (0.0458 +/- 0.0188 vs. 0.0151 +/- 0.0100 virions/image, p = 0.099) and to significantly greater mean depths (29.162 +/- 3.908 vs. 12.466 +/- 2.985 μm). Our in vivo macaque model confirmed that virions can breach penile squamous epithelia in a living model. In summary, these results suggest that the inner foreskin and glans epithelia may be important sites for HIV transmission in uncircumcised men.

Time-in-area represents foraging activity in a wide-ranging pelagic forager

Successful Marine Spatial Planning depends upon the identification of areas with high importance for particular species, ecosystems or processes. For seabirds, advancements in biologging devices have enabled us to identify these areas through the detailed study of at-sea behaviour. However, in many cases, only positional data are available and the presence of local biological productivity and hence seabird foraging behaviour is inferred from these data alone, under the untested assumption that foraging activity is more likely to occur in areas where seabirds spend more time. We fitted GPS devices and accelerometers to northern gannets Morus bassanus and categorised the behaviour of individuals outside the breeding colony as plunge diving, surface foraging, floating and flying. We then used the locations of foraging events to test the efficiency of 2 approaches: time-in-area and kernel density (KD) analyses, which are widely employed to detect highly-used areas and interpret foraging behaviour from positional data. For KD analyses, the smoothing parameter (h) was calculated using the ad hoc method (KDad hoc), and KDh=9.1, where h = 9.1 km, to designate core foraging areas from location data. A high proportion of foraging events occurred in core foraging areas designated using KDad hoc, KDh=9.1, and time-in-area. Our findings demonstrate that foraging activity occurs in areas where seabirds spend more time, and that both KD analysis and the time-in-area approach are equally efficient methods for this type of analysis. However, the time-in-area approach is advantageous in its simplicity, and in its ability to provide the shapes commonly used in planning. Therefore, the time-in-area approach can be used as a simple way of using seabirds to identify ecologically important locations from both tracking and survey data.

Microstructure and texture evolution during tensile deformation of symmetric/asymmetric-rolled low carbon microalloyed steel

The deformation and fracture mechanisms of a low carbon microalloyed steel processed by asymmetric rolling (AsR) and symmetric rolling (SR) were compared by microstructural and texture evolutions during uniaxial tensile deformation. A realistic microstructure-based micromechanical modeling was involved as well. AsR provides more effective grain refinement and beneficial shear textures, leading to higher ductility and extraordinary strain hardening with improved yield and ultimate tensile stresses as well as promoting the occurrence of ductile fracture. This was verified and further explained by means of the different fracture modes during quasi-static uniaxial deformation, the preferred void nucleation sites and crack propagation behavior, and the change in the dislocation density based on the kernel average misorientation (KAM) distribution. The equivalent strain/stress partitioning during tensile deformation of AsR and SR specimens was modeled based on a two-dimensional (2D) representative volume element (RVE) approach. The trend of strain/stress partitioning in the ferrite matrix agrees well with the experimental results.

Predicting protein function using multiple kernels

High-throughput experimental techniques provide a wide variety of heterogeneous proteomic data sources. To exploit the information spread across multiple sources for protein function prediction, these data sources are transformed into kernels and then integrated into a composite kernel. Several methods first optimize the weights on these kernels to produce a composite kernel, and then train a classifier on the composite kernel. As such, these approaches result in an optimal composite kernel, but not necessarily in an optimal classifier. On the other hand, some approaches optimize the loss of binary classifiers and learn weights for the different kernels iteratively. For multi-class or multi-label data, these methods have to solve the problem of optimizing weights on these kernels for each of the labels, which are computationally expensive and ignore the correlation among labels. In this paper, we propose a method called Predicting Protein Function using Multiple K ernels (ProMK). ProMK iteratively optimizes the phases of learning optimal weights and reduces the empirical loss of multi-label classifier for each of the labels simultaneously. ProMK can integrate kernels selectively and downgrade the weights on noisy kernels. We investigate the performance of ProMK on several publicly available protein function prediction benchmarks and synthetic datasets. We show that the proposed approach performs better than previously proposed protein function prediction approaches that integrate multiple data sources and multi-label multiple kernel learning methods. The codes of our proposed method are available at https://sites.google.com/site/guoxian85/promk.

A lightweight virtualization solution for android devices

Mobile virtualization has emerged fairly recently and is considered a valuable way to mitigate security risks on Android devices. However, major challenges in mobile virtualization include runtime, hardware, resource overhead, and compatibility. In this paper, we propose a lightweight Android virtualization solution named Condroid, which is based on container technology. Condroid utilizes resource isolation based on namespaces feature and resource control based on cgroups feature. By leveraging them, Condroid can host multiple independent Android virtual machines on a single kernel to support mutilple Android containers. Furthermore, our implementation presents both a system service sharing mechanism to reduce memory utilization and a filesystem sharing mechanism to reduce storage usage. The evaluation results on Google Nexus 5 demonstrate that Condroid is feasible in terms of runtime, hardware resource overhead, and compatibility. Therefore, we find that Condroid has a higher performance than other virtualization solutions.

Fast one-class support vector machine for novelty detection

Novelty detection arises as an important learning task in several applications. Kernel-based approach to novelty detection has been widely used due to its theoretical rigor and elegance of geometric interpretation. However, computational complexity is a major obstacle in this approach. In this paper, leveraging on the cutting-plane framework with the well-known One-Class Support Vector Machine, we present a new solution that can scale up seamlessly with data. The first solution is exact and linear when viewed through the cutting-plane; the second employed a sampling strategy that remarkably has a constant computational complexity defined relatively to the probability of approximation accuracy. Several datasets are benchmarked to demonstrate the credibility of our framework.

Em direção a agentes pedagógicos com dimensões afetivas

O contexto desta tese é a Inteligência Artificial aplicada à Educação, especificamente a área dos Sistemas Tutores Inteligentes (STI). Apesar das características multidisciplinares e interdisciplinares, a preocupação maior do trabalho se dá quanto aos aspectos computacionais. A multidisciplinaridade está na relação entre os aspectos educacionais, filosóficos e psicológicos inerentes a toda construção de um software educacional, e a interdisciplinaridade acontece no relacionamento da IA com a Informática na Educação. Esta tese propõe o uso de aspectos afetivos como apoio à decisão de ação por parte de um STI. As nossas hipóteses fundamentais são: um sistema de ensino e aprendizagem computacional deve levar em consideração fatores afetivos tornando mais flexível a interação; e a arquitetura de um sistema computacional de interação em tempo real com agentes humanos deve prever explicitamente, em sua arquitetura básica, as crenças e o raciocínio afetivos. Para demonstrar essas idéias, foi definida uma arquitetura para apoiar um STI de modo a reconhecer alguns fatores afetivos, representativos de estratégias de ação de agentes humanos em interação com sistemas. Esse reconhecimento é realizado através de construções retiradas dos comportamentos observáveis do agente humano em contextos determinados. A arquitetura prevê um Sistema Multiagente para executar a percepção de fatores afetivos e da conduta do aluno em interação e de um agente pedagógico, representando o tutor. O agente tutor é modelado através de estados mentais e é responsável pelo raciocínio de alto nível. O modelo computacional de agentes de Móra [MÓR2000] foi utilizado para implementar o “kernel cognitivo” (termo cunhado por Móra e Giraffa [GIR99] que designa a parte responsável pela deliberação). O “kernel cognitivo” decide que ações tomar para um conjunto de características de uma avaliação pedagógica. A utilização de fatores afetivos e da avaliação cognitiva de situações emocionais permite a flexibilização das estratégias quanto à adaptabilidade a agentes humanos. Particularmente, foi adotado o enfoque cognitivo para análise de situações, baseado em teorias cognitivistas sobre emoções. O uso de tecnologia multiagente, no enfoque mentalístico, especificamente BDI (Belief, Desire, Intention) e da ferramenta X-BDI, permite a formalização e construção de um tutor atuante na avaliação pedagógica. A modelagem do aluno passa a ser constituída de aspectos qualitativos e quantitativos. Estudos de casos são apresentados, em situações que consideram os fatores afetivos e nas mesmas situações sem estas considerações. As decisões do tutor para agir são analisadas e confrontadas. Os resultados mostram um impacto positivo na adaptabilidade e ação pedagógica do tutor, sendo coerente com as teorias modernas [SAL97],[DAM2000] sobre as emoções que as consideram partes fundamentais para agir. A maior contribuição desta tese está na agregação de raciocínio sobre a afetividade envolvida em situações de ensino aprendizagem de agentes humanos e artificiais e avança dentro da perspectiva de pesquisa do grupo de IA da UFRGS, quanto ao desenvolvimento de Ambientes de Ensino e Aprendizagem modelados com tecnologia multiagente, com o uso da metáfora de estados mentais.

Linguagem orientada e estrutura de dados para projeto automatico de edificios

Uma linguagem orientada ao problema de projeto estrutural de edifícios e a correspondente estrutura de armazenamento de dados são apresentados, como núcleo principal do sistema PROADE. Objetiva-se assim permitir ao engenheiro estrutural descrever o problema em termos correntes de Engenharia, organizandose os dados recebidos para posterior análise e dimensionamento da estrutura. São discutidos o problema PROADE e os dados correspondentes, seguidos pela descrição das estruturas de armazenamento de dados do sistema. A seguir, define-se a linguagem PROADE e finalmente apresenta-se a organização do sistema PROADE.

Paralelização de métodos de resolução de sistemas lineares esparsos com o DECK em um Cluster de PCs

O objetivo desta dissertação é a paralelização e a avaliação do desempenho de alguns métodos de resolução de sistemas lineares esparsos. O DECK foi utilizado para implementação dos métodos em um cluster de PCs. A presente pesquisa é motivada pela vasta utilização de Sistemas de Equações Lineares em várias áreas científicas, especialmente, na modelagem de fenômenos físicos através de Equações Diferenciais Parciais (EDPs). Nessa área, têm sido desenvolvidas pesquisas pelo GMC-PAD – Grupo de Matemática da Computação e Processamento de Alto Desempenho da UFRGS, para as quais esse trabalho vem contribuindo. Outro fator de motivação para a realização dessa pesquisa é a disponibilidade de um cluster de PCs no Instituto de Informática e do ambiente de programação paralela DECK – Distributed Execution and Communication Kernel. O DECK possibilita a programação em ambientes paralelos com memória distribuída e/ou compartilhada. Ele está sendo desenvolvido pelo grupo de pesquisas GPPD – Grupo de Processamento Paralelo e Distribuído e com a paralelização dos métodos, nesse ambiente, objetiva-se também validar seu funcionamento e avaliar seu potencial e seu desempenho. Os sistemas lineares originados pela discretização de EDPs têm, em geral, como características a esparsidade e a numerosa quantidade de incógnitas. Devido ao porte dos sistemas, para a resolução é necessária grande quantidade de memória e velocidade de processamento, característicos de computações de alto desempenho. Dois métodos de resolução foram estudados e paralelizados, um da classe dos métodos diretos, o Algoritmo de Thomas e outro da classe dos iterativos, o Gradiente Conjugado. A forma de paralelizar um método é completamente diferente do outro. Isso porque o método iterativo é formado por operações básicas de álgebra linear, e o método direto é formado por operações elementares entre linhas e colunas da matriz dos coeficientes do sistema linear. Isso permitiu a investigação e experimentação de formas distintas de paralelismo. Do método do Gradiente Conjugado, foram feitas a versão sem précondicionamento e versões pré-condicionadas com o pré-condicionador Diagonal e com o pré-condicionador Polinomial. Do Algoritmo de Thomas, devido a sua formulação, somente a versão básica foi feita. Após a paralelização dos métodos de resolução, avaliou-se o desempenho dos algoritmos paralelos no cluster, através da realização de medidas do tempo de execução e foram calculados o speedup e a eficiência. As medidas empíricas foram realizadas com variações na ordem dos sistemas resolvidos e no número de nodos utilizados do cluster. Essa avaliação também envolveu a comparação entre as complexidades dos algoritmos seqüenciais e a complexidade dos algoritmos paralelos dos métodos. Esta pesquisa demonstra o desempenho de métodos de resolução de sistemas lineares esparsos em um ambiente de alto desempenho, bem como as potencialidades do DECK. Aplicações que envolvam a resolução desses sistemas podem ser realizadas no cluster, a partir do que já foi desenvolvido, bem como, a investigação de précondicionadores, comparação do desempenho com outros métodos de resolução e paralelização dos métodos com outras ferramentas possibilitando uma melhor avaliação do DECK.

Uma Biblioteca para programação paralela por troca de mensagens de clusters baseados na tecnologia SCI

A presente Dissertação propõe uma biblioteca de comunicação de alto desempenho, baseada em troca de mensagens, especificamente projetada para explorar eficientemente as potencialidades da tecnologia SCI (Scalable Coherent Interface). No âmago da referida biblioteca, a qual se denominou DECK/SCI, acham-se três protocolos de comunicação distintos: um protocolo de baixa latência e mínimo overhead, especializado na troca de mensagens pequenas; um protocolo de propósito geral; e um protocolo de comunicação que emprega uma técnica de zero-copy, também idealizada neste Trabalho, no intuito de elevar a máxima largura de banda alcançável durante a transmissão de mensagens grandes. As pesquisas desenvolvidas no decurso da Dissertação que se lhe apresenta têm por mister proporcionar um ambiente para o desenvolvimento de aplicações paralelas, que demandam alto desempenho computacional, em clusters que se utilizam da tecnologia SCI como rede de comunicação. A grande motivação para os esforços envidados reside na consolidação dos clusters como arquiteturas, a um só tempo, tecnologicamente comparáveis às máquinas paralelas dedicadas, e economicamente viáveis. A interface de programação exportada pelo DECK/SCI aos usuários abarca o mesmo conjunto de primitivas da biblioteca DECK (Distributed Execution Communication Kernel), concebida originalmente com vistas à consecução de alto desempenho sobre a tecnologia Myrinet. Os resultados auferidos com o uso do DECK/SCI revelam a eficiência dos mecanismos projetados, e a utilização profícua das características de alto desempenho intrínsecas da rede SCI, haja visto que se obteve uma performance muito próxima dos limites tecnológicos impostos pela arquitetura subjacente. Outrossim, a execução de uma clássica aplicação paralela, para fins de validação, testemunha que as primitivas e abstrações fornecidas pelo DECK/SCI mantêm estritamente a mesma semântica da interface de programação do original DECK.

Validação do mecanismo de tolerância a falhas do SGBD InterBase através de injeção de falhas

O presente trabalho explora a aplicação de técnicas de injeção de falhas, que simulam falhas transientes de hardware, para validar o mecanismo de detecção e de recuperação de erros, medir os tempos de indisponibilidade do banco de dados após a ocorrência de uma falha que tenha provocado um FUDVK. Adicionalmente, avalia e valida a ferramenta de injeção de falhas FIDe, utilizada nos experimentos, através de um conjunto significativo de testes de injeção de falhas no ambiente do SGBD. A plataforma experimental consiste de um computador Intel Pentium 550 MHz com 128 MB RAM, do sistema operacional Linux Conectiva kernel versão 2.2.13. O sistema alvo das injeções de falhas é o SGBD centralizado InterBase versão 4.0. As aplicações para a carga de trabalho foram escritas em VFULSWV SQL e executadas dentro de uma sessão chamada LVTO. Para a injeção de falhas foram utilizadas três técnicas distintas: 1) o comando NLOO do sistema operacional; 2) UHVHW geral no equipamento; 3) a ferramenta de injeção de falhas FIDe, desenvolvida no grupo de injeção de falhas do PPGC da UFRGS. Inicialmente são introduzidos e reforçados os conceitos básicos sobre o tema, que serão utilizados no decorrer do trabalho e são necessários para a compreensão deste estudo. Em seguida é apresentada a ferramenta de injeção de falhas Xception e são também analisados alguns experimentos que utilizam ferramentas de injeção de falhas em bancos de dados. Concluída a revisão bibliográfica é apresentada a ferramenta de injeção de falhas – o FIDe, o modelo de falhas adotado, a forma de abordagem, a plataforma de hardware e software, a metodologia e as técnicas utilizadas, a forma de condução dos experimentos realizados e os resultados obtidos com cada uma das técnicas. No total foram realizados 3625 testes de injeções de falhas. Com a primeira técnica foram realizadas 350 execuções, com a segunda técnica foram realizadas 75 execuções e com a terceira técnica 3200 execuções, em 80 testes diferentes. O modelo de falhas proposto para este trabalho refere-se a falhas de crash baseadas em corrupção de memória e registradores, parada de CPU, aborto de transações ou reset geral. Os experimentos foram divididos em três técnicas distintas, visando a maior cobertura possível de erros, e apresentam resultados bastante diferenciados. Os experimentos com o comando NLOO praticamente não afetaram o ambiente do banco de dados. Pequeno número de injeção de falhas com o FIDe afetaram significativamente a dependabilidade do SGBD e os experimentos com a técnica de UHVHW geral foram os que mais comprometeram a dependabilidade do SGBD.

Estudo comparativo da transformada Karhunen-Loève na compressão de imagens

A representação de funções através da utilização de bases (KERNEL) de representação tem sido fundamental no processamento digital de sinais. A Transformada KARHUNEN-LOÈVE (KLT), também conhecida como Transformada HOTELLING, permite a representação de funções utilizando funções-base formadas pelos autovetores da matriz de correlação do sinal considerado. Nesse aspecto essa transformada fornece uma base ótima, isto é, aquela que proporciona o menor valor de Erro Quadrático Médio entre o sinal reconstruído e o original, para um determinado número de coeficientes. A dificuldade na utilização da KLT está no tempo adicional para calcular os autovetores (base) da matriz de correlação, o que muitas vezes inviabiliza a sua utilização nas aplicações em tempo real. Em muitas aplicações a KLT é utilizada em conjunto com outras transformadas melhorando os resultados destas aplicações. Sendo considerada a transformada ótima no sentido do Erro Quadrático Médio, este trabalho apresenta um estudo da Transformada KARHUNEN-LOÈVE nas aplicações de compressão de imagens bidimensionais estáticas e em tons de cinza, realizando também a comparação desta técnica com outras técnicas (DCT e WAVELET) buscando avaliar os pontos fortes e fracos da utilização da KLT para este tipo de aplicação. Duas técnicas importantes para solucionar o problema de cálculo dos autovalores e autovetores da matriz de correlação (Método de JACOBI e Método QL) são também apresentadas neste trabalho. Os resultados são comparados utilizando a Razão Sinal/Ruído de Pico (PSNR), a Razão de Compressão (CR) e os tempos de processamento (em segundos) para geração dos arquivos compactados.

Avaliação de abordagens para captura de informações da aplicação

Numerosas pesquisas estão introduzindo o conceito de grupo em padrões abertos para programação distribuída. Nestas, o suporte a grupo de objetos por meio de middlewares, apresentam diferentes abordagens de interligação com a aplicação. Segundo princípios defendidos na tese de Felber, essas abordagens vão ao encontro do objetivo de facilitar o desenvolvimento e proporcionar confiabilidade e desempenho. Neste contexto, localizou-se três enfoques básicos para a interligação com a aplicação, denominados integração, serviço, e interceptação, que utilizam a captura de mensagens para obtenção de informações ou como meio para adicionar novas funcionalidades às aplicações. A utilização dessas informações pode auxiliar no ajuste de parâmetros funcionais de serviços relacionados, na escolha de mecanismos, influindo em aspectos como, desempenho e segurança. Ao longo do estudo dessas abordagens, sentiu-se a necessidade de estudar detalhes e testar aspectos de implementação, suas premissas de uso e as conseqüências advindas da incorporação de seus mecanismos junto à aplicação. Este trabalho visa apresentar uma análise do comportamento das referidas abordagens por meio da implementação de protótipos, possibilitando assim, investigar problemas relacionados ao emprego da técnica e suas conseqüências quando integradas à aplicação. Os objetivos específicos reúnem a busca de informações qualitativas, tais como: modularidade, transparência, facilidade de uso e portabilidade; e informações quantitativas, fundamentalmente traduzidas pelo grau de interferência no desempenho da aplicação. O desenvolvimento dos protótipos teve como início a busca por um ambiente que ofereceria suporte as condições necessárias para a implementação das diferentes abordagens. Percebeu-se que definir os mecanismos diretamente sobre uma linguagem de programação, como C ou C++, não era viável. As versões padrões dessas linguagens não oferecem mecanismos capazes de suportar algumas características de implementação como, por exemplo, a captura de mensagens na abordagem de interceptação. A possibilidade é introduzida apenas por extensões dessas linguagens. Assim, a investigação de um ambiente de implementação voltou-se para mecanismos disponíveis em sistemas operacionais. A opção pela utilização do Linux visou atender alguns requisitos importantes para o desenvolvimento dos protótipos tais como: facilidade de instalação, boa documentação e código aberto. Este último é um ponto essencial, pois a construção de parte dos protótipos explora a programação em nível do sistema operacional. A linguagem de programação C foi escolhida como base para a implementação, já que as diferentes abordagens exploram tanto o nível do kernel como o nível do usuário, e é compatível com o Linux. A etapa de desenvolvimento dos protótipos possibilitou a coleta de informações sobre aspectos qualitativos. As demais informações que fazem parte do perfil levantado por este trabalho sobre as abordagens, foram obtidas através da utilização dos protótipos em experimentos com duas aplicações distribuídas denominadas de “Ping-Pong” e “Escolha de Líderes”, que têm como característica geral à troca de mensagens, utilizando comunicação através de sockets. A realização de medidas em múltiplas execuções, avaliadas após o tratamento estatístico necessário, permitiu definir um perfil das diferentes abordagens.

Nonparametric specification tests for conditional duration models

This paper deals with the testing of autoregressive conditional duration (ACD) models by gauging the distance between the parametric density and hazard rate functions implied by the duration process and their non-parametric estimates. We derive the asymptotic justification using the functional delta method for fixed and gamma kernels, and then investigate the finite-sample properties through Monte Carlo simulations. Although our tests display some size distortion, bootstrapping suffices to correct the size without compromising their excellent power. We show the practical usefulness of such testing procedures for the estimation of intraday volatility patterns.