DNA bending by an adenine–thymine tract and its role in gene regulation

To gain insight into the structural basis of DNA bending by adenine–thymine tracts (A-tracts) and their role in DNA recognition by gene-regulatory proteins, we have determined the crystal structure of the high-affinity DNA target of the cancer-associated human papillomavirus E2 protein. The three independent B-DNA molecules of the crystal structure determined at 2.2-Å resolution are examples of A-tract-containing helices where the global direction and magnitude of curvature are in accord with solution data, thereby providing insights, at the base pair level, into the mechanism of DNA bending by such sequence motifs. A comparative analysis of E2–DNA conformations with respect to other structural and biochemical studies demonstrates that (i) the A-tract structure of the core region, which is not contacted by the protein, is critical for the formation of the high-affinity sequence-specific protein–DNA complex, and (ii) differential binding affinity is regulated by the intrinsic structure and deformability encoded in the base sequence of the DNA target.

Empoderamiento y participación política de las mujeres afrodescendientes de Colombia, en los últimos 20 años

Este trabajo, hermenéutico interpretativo, profundo y emotivo, que elegí para optar mi título doctoral, ha sido un desafío, que retó mi capacidad académica y me ha permitido “dar la palabra” a mujeres racializadas, sujetas a teorías y debates, que las dimensionan desde periféricos rincones de la sinrazón social, política y académica de una América Latina que se jacta de su Multiculturalidad y Pluriétnia, pero que no termina de encajar el tema de la Negritud, como un asunto político que demanda acciones integrales para lograr el reconocimiento “real” de esa declaración derechos humanos que proclama que: “Todos los seres humanos nacen libres e iguales en dignidad y derechos y, dotados como están de razón y conciencia, deben comportarse fraternalmente los unos con los otros” Colombia, ha mostrado su deseo de incorporar en su noción de Estado social de Derecho la premisa de que “Todos los seres humanos nacen libres e iguales en dignidad y derechos” y así lo recogió en su Carta Magna, en la reforma constitucional del año 1991, al declarar que “El Estado reconoce y protege la diversidad étnica y cultural de la Nación colombiana”. (Art, 7) y facultar a esas diversidades étnicas, como lo es la Afrodescendiente (en ese momento autodenominada Comunidades negras de Colombia) a proyectar una ley que les permitiera establecer mecanismos para la protección de la identidad cultural y de los derechos de las comunidades negras de Colombia como grupo étnico, y el fomento de su desarrollo económico y social, con el fin de garantizar que estas comunidades obtengan condiciones reales de igualdad de oportunidades frente al resto de la sociedad colombiana (Art 1, Ley de Comunidades Negras, 70 de 1993)...

An application of fuzzy logic for hardware/software partitioning in embedded systems

Hardware/Software partitioning (HSP) is a key task for embedded system co-design. The main goal of this task is to decide which components of an application are to be executed in a general purpose processor (software) and which ones, on a specific hardware, taking into account a set of restrictions expressed by metrics. In last years, several approaches have been proposed for solving the HSP problem, directed by metaheuristic algorithms. However, due to diversity of models and metrics used, the choice of the best suited algorithm is an open problem yet. This article presents the results of applying a fuzzy approach to the HSP problem. This approach is more flexible than many others due to the fact that it is possible to accept quite good solutions or to reject other ones which do not seem good. In this work we compare six metaheuristic algorithms: Random Search, Tabu Search, Simulated Annealing, Hill Climbing, Genetic Algorithm and Evolutionary Strategy. The presented model is aimed to simultaneously minimize the hardware area and the execution time. The obtained results show that Restart Hill Climbing is the best performing algorithm in most cases.

Algoritmos metaheurísticos en el problema del particionado hardware/software de sistemas embebidos

El particionado hardware/software es una tarea fundamental en el co-diseño de sistemas embebidos. En ella se decide, teniendo en cuenta las métricas de diseño, qué componentes se ejecutarán en un procesador de propósito general (software) y cuáles en un hardware específico. En los últimos años se han propuesto diversas soluciones al problema del particionado dirigidas por algoritmos metaheurísticos. Sin embargo, debido a la diversidad de modelos y métricas utilizadas, la elección del algoritmo más apropiado sigue siendo un problema abierto. En este trabajo se presenta una comparación de seis algoritmos metaheurísticos: Búsqueda aleatoria (Random search), Búsqueda tabú (Tabu search), Recocido simulado (Simulated annealing), Escalador de colinas estocástico (Stochastic hill climbing), Algoritmo genético (Genetic algorithm) y Estrategia evolutiva (Evolution strategy). El modelo utilizado en la comparación está dirigido a minimizar el área ocupada y el tiempo de ejecución, las restricciones del modelo son consideradas como penalizaciones para incluir en el espacio de búsqueda otras soluciones. Los resultados muestran que los algoritmos Escalador de colinas estocástico y Estrategia evolutiva son los que mejores resultados obtienen en general, seguidos por el Algoritmo genético.

Suivi longitudinal de la densité osseuse et du statut en vitamine D chez des enfants prépubères avec une allergie au lait de vache non résolue

Problématique : L'allergie au lait de vache (ALV) est reconnue comme une condition transitoire qui disparaît chez la majorité des enfants avant l’âge de 3-5 ans, mais des données récentes révèlent une persistance de l’ALV. Les enfants souffrant d’une ALV sont à risque d’apports insuffisants en calcium et en vitamine D, deux nutriments impliqués dans la santé osseuse. Une première étude transversale portant sur la santé osseuse d’enfants prépubères ALV a observé que la densité osseuse (DMO) lombaire était significativement inférieure à celle d’enfants sans allergie au lait de vache (SALV). Objectifs : Sur la base de ces résultats, nous désirons documenter l’évolution longitudinale de la santé osseuse, du statut en vitamine D, des apports en calcium et en vitamine D et de l’adhérence à la supplémentation des enfants ALV (n=36) et de comparer ces données aux enfants SALV (n=19). Résultats : Le gain annualisé de la DMO lombaire est similaire entre les enfants ALV et SALV. Bien qu’il n’y ait pas de différence significative entre les deux groupes, la DMO lombaire des enfants ALV demeure cependant inférieure à celle des témoins. Qui plus est, le score-Z de la DMO du corps entier tend à être inférieur chez les enfants-cas comparé aux témoins. Au suivi, la concentration de 25OHD et le taux d’insuffisance en vitamine D sont similaires entre les deux groupes tout comme les apports en calcium et en vitamine D. Davantage d’enfants ALV prennent un supplément de calcium au suivi comparativement au temps initial (42% vs. 49%, p<0,05), mais le taux d’adhérence à la supplémentation a diminué à 4 jours/semaine. Conclusion : Une évaluation plus précoce ainsi qu’une prise en charge de la santé osseuse des enfants ALV pourraient être indiquées afin de modifier l’évolution naturelle de leur santé osseuse. Les résultats justifient aussi le suivi étroit des apports en calcium et vitamine D par une nutritionniste et la nécessité d'intégrer la supplémentation dans le plan de traitement de ces enfants et d’assurer une surveillance de l’adhérence à la supplémentation.

Uvigerina spp. d18O and Mg/Ca measurements from sediment cores JR244-GC528 and MD07-3076

Explanations of the glacial-interglacial variations in atmospheric pCO2 invoke a significant role for the deep ocean in the storage of CO2. Deep-ocean density stratification has been proposed as a mechanism to promote the storage of CO2 in the deep ocean during glacial times. A wealth of proxy data supports the presence of a "chemical divide" between intermediate and deep water in the glacial Atlantic Ocean, which indirectly points to an increase in deep-ocean density stratification. However, direct observational evidence of changes in the primary controls of ocean density stratification, i.e., temperature and salinity, remain scarce. Here, we use Mg/Ca-derived seawater temperature and salinity estimates determined from temperature-corrected d18O measurements on the benthic foraminifer Uvigerina spp. from deep and intermediate water-depth marine sediment cores to reconstruct the changes in density of sub-Antarctic South Atlantic water masses over the last deglaciation (i.e., 22-2 ka before present). We find that a major breakdown in the physical density stratification significantly lags the breakdown of the deep-intermediate chemical divide, as indicated by the chemical tracers of benthic foraminifer d13C and foraminifer/coral 14C. Our results indicate that chemical destratification likely resulted in the first rise in atmospheric pCO2, whereas the density destratification of the deep South Atlantic lags the second rise in atmospheric pCO2 during the late deglacial period. Our findings emphasize that the physical and chemical destratification of the ocean are not as tightly coupled as generally assumed.

First Annual IMACS Report: A global International Society for Heart and Lung Transplantation Registry for Mechanical Circulatory Support

The first annual report of the International Society for Heart and Lung Transplantation (ISHLT) Mechanically Assisted Circulatory Support (IMACS) registry provides global data on 5,942 patients from 31 countries. This initial report focuses on patient demographics, survival, device types, adverse events, competing outcomes, and a risk factor analysis.

U-M Softball Team, 1989

Back Row: Head Coach Carol Hutchins, Karen Katcavage, Heather Lyke, Bridget Fitzpatrick, Sara Dyksterhouse, Andrea Nelson, Jenny Allard, Mary Ann Daviera, Nan Payne, Assistant coach Carol Bruggeman

Front Row: Julie Cooper, Julie Foster, Stacey Heams, Kelly O'Connor, Beth Mueller, Shelly Bawol, Bonnie Tholl, Maria Heck.

U-M Softball Team, 1990

Front Row :Michelle Sampson-athletic trainer, Kari Kunnen, Karla Kunnen, Patti Benedict, Shelley Bawol, Julie Cooper, Stacey Heams, Kelly O'Connor, Bonnie Tholl, Natalie Mussato-manager.

Back Row: Carol Bruggeman-assistant coach, Michelle Bolster, Sue Sieler, Maria Heck, Julie Foster, Heather Lyke, Jenny Allard, Andrea Nelson, Kelly Forbis, Julie Clarkson, Sara Dyksterhouse, Bridget Fitzpatrick, Carol Hutchins-head coach.

University of Michigan Field Hockey Team, 1991

Front Row: Nancy Irvine, Katie Epler, Katie Vignevic, co-captain Kristin Shaiper, co-captain Katie Thomas, co-captain Sandie Marotti, Katie Allison, Shay Perry.

Back Row: assistant coach Meri Dembrow, athletic trainer Hank Handel, Jennifer DiMascio, Kalli Hose, Chrissie Johnson, Stacy Daly. Nicole Hoover, Keely Libby, Mary Beth Bird, Lelli Hose, Jenny Ridgely, head coach Patti Smith.

University of Michigan Women's Cross Country Team, 1987

Back Row: Melanie Richards, Jodi Maastricht, Pam Barstow, Kathleen Kennedy, Andrea Barnes, Traci Babcock, Sarah Gray, coach Sue Frederick Foster

Front Row: Cheri Sly, Karen, Welke, Ava Udvadia, Jenny Sarri, Debbie Palmer, Jennifer McPeck, Mindy Rowand, Kim Klinke

University of Michigan Women's Cross Country Team, 1991

Back Row: head coach Sue Foster, Amy Bucholz, Kate Jackson, Kelly Chard, Courtney Babcock, Jennifer Kiel, Kristine Westerby. Jenny Stuht, Kathie Nordquist, Michelle Radcliffe

Front Row: Chris Szabo, Mayrie Richards, Kristi Wink, Megan Nortz, Jessica Kluge, Karen Harvey, Carrie Yates, Rachel Mann (not pictured: Molly McClimon)