Conserved modularity and potential for alternate splicing in mouse and human Slit genes

The vertebrate Slit gene family currently consists of three members;Slit1,Slit2 and Slit3. Each gene encodes a protein containing multiple epidermal growth factor and leucine rich repeat motifs, which are likely to have importance in cell-cell interactions. In this study, we sought to fully define and characterise the vertebrate Slit gene family. Using long distance PCR coupled with in silico mapping, we determined the genomic structure of all three Slit genes in mouse and man. Analysis of EST and genomic databases revealed no evidence of further Slit family members in either organism. All three Slit genes were encoded by 36 (Slit3) or 37 (Slit1 and Slit2) exons covering at least 143 kb or 183 kb of mouse or human genomic DNA respectively. Two additional potential leucine-rich repeat encoding exons were identified within intron 12 of Slit2. These could be inserted in frame, suggesting that alternate splicing may occur in Slit2 A search for STS sequences within human Slit3 anchored this gene to D5S2075 at the 5' end (exon 4) and SGC32449 within the 3' UTR, suggesting that Slit3 may cover greater than 693 kb. The genomic structure of all Slit genes demonstrated considerable modularity in the placement of exon-intron boundaries such that individual leucine-rich repeat motifs were encoded by individual 72 by exons. This further implies the potential generation of multiple Slit protein isoforms varying in their number of repeat units. cDNA library screening and EST database searching verified that such alternate splicing does occur.

On the volume of 4-cycle trades

A 4-cycle trade of volume t corresponds to a simple graph G without isolated vertices, where the edge set can be partitioned into t 4-cycles in at least two different ways such that the two collections of 4-cycles have no 4-cycles in common. The foundation of the trade is v = \V(G)\. This paper determines for which values oft and a there exists a 4-cycle trade of volume t and foundation v.

Predicting cave initiation and propagation

The most widely used method for predicting the onset of continuous caving is Laubscher's caving chart. A detailed examination of this method was undertaken which concluded that it had limitations which may impact on results, particularly when dealing with stronger rock masses that are outside current experience. These limitations relate to inadequate guidelines for adjustment factors to rock mass rating (RMR), concerns about the position on the chart of critical case history data, undocumented changes to the method and an inadequate number of data points to be confident of stability boundaries. A review was undertaken on the application and reliability of a numerical method of assessing cavability. The review highlighted a number of issues, which at this stage, make numerical continuum methods problematic for predicting cavability. This is in particular reference to sensitivity to input parameters that are difficult to determine accurately and mesh dependency. An extended version of the Mathews method for open stope design was developed as an alternative method of predicting the onset of continuous caving. A number of caving case histories were collected and analyzed and a caving boundary delineated statistically on the Mathews stability graph. The definition of the caving boundary was aided by the existence of a large and wide-ranging stability database from non-caving mines. A caving rate model was extrapolated from the extended Mathews stability graph but could only be partially validated due to a lack of reliable data.

The tree cut and merge algorithm for estimation of network reliability

This article presents Monte Carlo techniques for estimating network reliability. For highly reliable networks, techniques based on graph evolution models provide very good performance. However, they are known to have significant simulation cost. An existing hybrid scheme (based on partitioning the time space) is available to speed up the simulations; however, there are difficulties with optimizing the important parameter associated with this scheme. To overcome these difficulties, a new hybrid scheme (based on partitioning the edge set) is proposed in this article. The proposed scheme shows orders of magnitude improvement of performance over the existing techniques in certain classes of network. It also provides reliability bounds with little overhead.

Mouse proteome analysis

A general overview of the protein sequence set for the mouse transcriptome produced during the FANTOM2 sequencing project is presented here. We applied different algorithms to characterize protein sequences derived from a nonredundant representative protein set (RPS) and a variant protein set (VPS) of the mouse transcriptome. The functional characterization and assignment of Gene Ontology terms was done by analysis of the proteome using InterPro. The Superfamily database analyses gave a detailed structural classification according to SCOP and provide additional evidence for the functional characterization of the proteome data. The MDS database analysis revealed new domains which are not presented in existing protein domain databases. Thus the transcriptome gives us a unique source of data for the detection of new functional groups. The data obtained for the RPS and VPS sets facilitated the comparison of different patterns of protein expression. A comparison of other existing mouse and human protein sequence sets (e.g., the International Protein Index) demonstrates the common patterns in mammalian proteornes. The analysis of the membrane organization within the transcriptome of multiple eukaryotes provides valuable statistics about the distribution of secretory and transmembrane proteins

A review of peer support in the context of cancer

Peer support interventions for people with cancer, their families, and friends have been widely used throughout the world. The present study reviewed the research literature on psychosocial oncology over the past decade to assess the prevalence and contribution of articles on peer support. Using CD-Rom databases, 25 articles were retrieved for review. In each article, patients or their family members were the target group for supportive interventions, which were primarily for the delivery of peer support and included either a qualitative or quantitative evaluation of the program. A definitional taxonomy for peer support interventions, which identified eight discrete settings, was derived from three key dimensions: style of supervision, interpersonal context, and mode of delivery. The studies suggested that peer support programs help by providing emotional and informational support from the perspective of shared personal experience. However, a paucity of research-particularly randomized controlled trials-was noted. The reasons may include inherent difficulties in isolating for study what is essentially a naturalistically occurring interpersonal dynamic from the complex social and community contexts from which it emanates. The authors discuss the gap between practice and theory in this area and recommend a broader and more inclusive view of supportive care for people with cancer. (C) 2003 by The Haworth Press, Inc. All rights reserved.

A coupled knowledge-based expert system for design of liquid-retaining structures

This paper describes a coupled knowledge-based system (KBS) for the design of liquid-retaining structures, which can handle both the symbolic knowledge processing based on engineering heuristics in the preliminary synthesis stage and the extensive numerical crunching involved in the detailed analysis stage. The prototype system is developed by employing blackboard architecture and a commercial shell VISUAL RULE STUDIO. Its present scope covers design of three types of liquid-retaining structures, namely, a rectangular shape with one compartment, a rectangular shape with two compartments and a circular shape. Through custom-built interactive graphical user interfaces, the user is directed throughout the design process, which includes preliminary design, load specification, model generation, finite element analysis, code compliance checking and member sizing optimization. It is also integrated with various relational databases that provide the system with sectional properties, moment and shear coefficients and final member details. This system can act as a consultant to assist novice designers in the design of liquid-retaining structures with increase in efficiency and optimization of design output and automated record keeping. The design of a typical example of the liquid-retaining structure is also illustrated. (C) 2003 Elsevier B.V All rights reserved.

Decompositions of complete graphs into theta graphs with fewer than ten edges

A theta graph is a graph consisting of three pairwise internally disjoint paths with common end points. Methods for decomposing the complete graph K-nu into theta graphs with fewer than ten edges are given.

Mapping the royal road and other hierarchical functions

In this paper we present a technique for visualising hierarchical and symmetric, multimodal fitness functions that have been investigated in the evolutionary computation literature. The focus of this technique is on landscapes in moderate-dimensional, binary spaces (i.e., fitness functions defined over {0, 1}(n), for n less than or equal to 16). The visualisation approach involves an unfolding of the hyperspace into a two-dimensional graph, whose layout represents the topology of the space using a recursive relationship, and whose shading defines the shape of the cost surface defined on the space. Using this technique we present case-study explorations of three fitness functions: royal road, hierarchical-if-and-only-if (H-IFF), and hierarchically decomposable functions (HDF). The visualisation approach provides an insight into the properties of these functions, particularly with respect to the size and shape of the basins of attraction around each of the local optima.

Avalia????o de pol??ticas de financiamento a micro e pequenas empresas na gera????o de postos de trabalho: o caso do Proger ??? principais aspectos

O artigo se prop??e a apresentar os principais aspectos e resultados de uma nova metodologia de avalia????o de programas de financiamento a micro e pequenas empresas aplicada ao Programa de Gera????o de Emprego e Renda na ??rea urbana ??? Proger urbano, tanto no que se refere aos seus custos efetivos, at?? ent??o desconhecidos, quanto no que se refere ao seu impacto sobre a gera????o de empregos, estimado utilizando dados prim??rios oriundos do cruzamento de dois bancos de dados do Minist??rio do Trabalho e Emprego, quais sejam, o do Sistema de Acompanhamento da Execu????o do Proger (Saep), e o do Cadastro Geral de Empregados e Desempregados. S??o apresentados, preliminarmente, alguns dos resultados de duas avalia????es anteriores do programa, uma realizada pelo Ibase, atrav??s de question??rios aos benefici??rios do programa, e outra, uma primeira experi??ncia de cruzamento dos dois referidos bancos de dados, que serviu de base para a avalia????o que se apresenta.

Coleta de lavado gástrico para diagnóstico de tuberculose pulmonar infantil : revisão sistemática

Objetivo: Analisar a padronização da coleta do lavado gástrico para diagnóstico de tuberculose em crianças. Métodos: Estudo de revisão sistemática referente aos anos de 1968 a 2008. O levantamento de artigos científicos foi feito nas bases de dados Lilacs, SciELO e Medline, utilizando-se a estratégia de busca ("gastric lavage and tuberculosis" ou "gastric washing and tuberculosis", com o limite "crianças com idade até 15 anos"; e "gastric lavage and tuberculosis and childhood" ou "gastric washing and tuberculosis and childhood"). A análise dos 80 artigos recuperados baseou-se nas informações sobre o protocolo de coleta de lavado gástrico para diagnóstico da tuberculose em crianças: preparo da criança e horas de jejum, horário da coleta, aspiração do resíduo gástrico, volume total aspirado, solução usada para aspiração do conteúdo gástrico, solução descontaminante, solução tampão, e tempo de encaminhamento das amostras para o laboratório. Desses, foram selecionados 14 artigos após análise criteriosa. Resultados: Nenhum artigo explicava detalhadamente todo o procedimento. Em alguns artigos não constavam: quantidade de aspirado gástrico, aspiração antes ou após a instilação de uma solução, solução usada na aspiração gástrica, solução tampão utilizada, tempo de espera entre coleta e processamento do material. Esses resultados mostram inconsistências entre os protocolos de coleta de lavado gástrico. Conclusões: Embora este seja um método secundário no Brasil, reservado a casos que não alcançaram pontuação diagnóstica pelo sistema preconizado pelo Ministério da Saúde, é necessário padronizar a coleta de lavado gástrico para diagnóstico de tuberculose pulmonar na infância.

Researchers' information needs in the bibliographic database : a literature review

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Mobilidade geográfica de trabalhadores qualificados : principais evidências para o Brasil e o Espírito Santo

O objetivo desta dissertação, de forma geral, foi estimar empiricamente a probabilidade de imigração interestadual de trabalhadores qualificados para o Brasil. Consideraram-se tanto as variáveis relativas ao indivíduo quanto as variáveis relacionadas aos fatores regionais de origem e destino do imigrante e as análises foram feitas para os anos de 2001, 2006 e 2011. Para estimar os coeficientes das variáveis explicativas foram utilizados os modelos probit e logit. Os bancos de dados utilizados foram os microdados da PNAD e os principais resultados mostram que o principal polo de atração de trabalhadores qualificados é o estado de São Paulo. Em geral a probabilidade de migração de trabalhadores qualificados é maior para os indivíduos do sexo masculino, brancos e solteiros. Pessoas mais jovens e com maiores salários também são mais propensas a serem imigrantes qualificados.

Experiências formativas no início da docência mediadas pelo PIBID educação física da Universidade Estadual de Feira de Santana, Bahia

O presente trabalho objetiva compreender como o Coordenador, os Supervisores e os Bolsistas do PIBID Educação Física da Universidade Estadual de Feira de Santana (UEFS) no município de Feira de Santana – Bahia percebem os processos de iniciação à docência na formação inicial de professores de Educação Física no PIBID Educação Física – UEFS. Por meio da Pesquisa Narrativa, numa perspectiva de pesquisa e de formação, oportunizamos aos sujeitos da pesquisa entrevistas narrativas compostas pela reflexividade crítica necessária na constituição da docência. Analisamos a produção acadêmica sobre a temática da iniciação à docência no tempo da formação inicial nos bancos de dados da Associação Nacional de Pós-Graduação e Pesquisa em Educação (ANPED) e do Congresso Brasileiro de Ciências do Esporte (CONBRACE) e discutimos com Antonio Nóvoa, Carlos Marcelo e Molina Neto sobre as concepções de formação e as experiências vividas no início da docência e buscamos em Walter Benjamin e Jorge Larrosa ancoragens para o entendimento do conceito de experiência. Os resultados apontam para o reconhecimento do PIBID como um programa que aproxima do campo de atuação interferindo na escolha pela docência. Sinalizam que o programa possibilita a articulação entre a universidade e a escola fortalecendo a perspectiva de formação que acontece coletivamente. Confirmam que o PIBID permite a constatação dos desafios presentes na escola e da necessidade de transformação desta realidade com a articulação dos saberes acadêmicos e os escolares. Neste sentido, constatamos a afirmação da entrada na carreira, como uma experiência formativa que intensifica o desenvolvimento profissional docente e, portanto, deve ser concebida como política nacional institucionalizada de iniciação à docência.

Indicadores de Ciência, Tecnologia & Inovação : análise da produção científica e tecnológica da área de conhecimento em Engenharia Civil na Base de Dados da Web of Science

Esta dissertação trata da análise da produção científica e tecnológica internacional e brasileira na área de conhecimento Engenharia Civil, por meio de indicadores bibliométricos. A área Engenharia Civil foi escolhida em razão da sua relevância para o desenvolvimento econômico do país. No entanto, em termos absolutos e relativos, está entre os setores tecnologicamente mais atrasados da economia. A bibliometria é uma disciplina com alcance multidisciplinar que estuda o uso e os aspectos quantitativos da produção científica registrada. Os indicadores de produção científica são objeto de análise de várias áreas do conhecimento, tanto para o planejamento e a execução de políticas públicas de vários setores quanto para maior conhecimento da comunidade científica sobre o sistema em que está inserida. A metodologia utilizada para a elaboração deste estudo descritivo de caráter exploratório foi a análise documental e bibliométrica, baseada em dados das publicações científicas, no período de 1970 a 2012, e tecnológicas, no período de 2001 a 2012, da área Engenharia Civil, indexadas nas bases de dados Science Citattion Index Expanded (SCI); Social Science Citation Index (SSCI); Conference Proceedings Citation Index (CPCI) e da Derwent Innovations Index (DII), que compõem a base de dados multidisciplinar da Web of Sicence (WoS). As informações foram qualificadas e quantificadas com o auxílio do software bibliométrico VantagePoint®. Os resultados obtidos confirmaram o baixo número de publicações científicas e tecnológicas na área de conhecimento Engenharia Civil de autores filiados a instituições de ensino e pesquisa brasileiras quando comparados aos dos países industrializados. Existe um conjunto de fortes condicionantes que ultrapassam o poder de decisão e de influência da academia, dificultando e limitando a disseminação das pesquisas e patentes brasileiras relacionadas a fatores de caráter sistêmico e cultural. A possibilidade de análise de indicadores de produção científica e tecnológica na Engenharia Civil contribui para criar políticas que, se utilizadas por agências de fomento, podem subsidiar investimentos mais fundamentados por parte dos governos e da iniciativa privada, a exemplo do que é feito por outros setores industriais.