Molecular characterization of Cryptosporidium spp. from HIV infected patients from an urban area of Brazil

Cryptosporidium spp. are important cause of enteric disease in humans, but may also infect animals. This study describes the relative frequency of several Cryptosporidium species found in human specimens from HIV infected patients in the São Paulo municipality obtained from January to July 2007. Sequence analysis of the products of nested-PCR based on small subunit rRNA and Cryptosporidium oocyst wall protein coding genes revealed 17 (63.0%) isolates of C. hominis, four (14.8%) C. parvum, five (18.5%) C. felis and one (3.7%) C. canis. These findings suggest that, in urban environments of Brazil, the cat adapted C. felis may play a potential role in the zoonotic transmission of cryptosporidiosis whereas the anthroponotic transmission of cryptosporidiosis caused by C. hominis seems to predominate.

Biological predictors of survival in limphoma and mechanisms underlying follicular lymphoma transformaion into diffuse large B cell lymphoma (vol I e II)

RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrência da doença, predizer a resposta tumoral à terapêutica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos terapêuticos. Novos biomarcadores são especialmente necessários na abordagem clínica dos linfomas. Actualmente, esses tumores são diagnosticados através de uma combinação de características morfológicas, fenotípicas e moleculares, mas o prognóstico e o planeamento terapêutico estão quase exclusivamente dependentes de características clínicas. Estes factores clínicos são, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporção significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognóstico. O linfoma folicular (LF) é, globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. É tipicamente uma doença indolente com uma sobrevida média entre os 8 e 12 anos, mas é geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as células do LF recapitulam as células normais do centro germinativo na sua dependência de sobrevivência do microambiente não-tumoral, especialmente das células do sistema imunológico. Biomarcadores preditivos de transformação não existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrínseca de progressão do LF poderá revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expressão global de genes ('genomics') obtidos por técnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genéticas que possam representar mecanismos biológicos importantes de transformação. São descritos novos genes e alterações genómicas associados à transformação do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformação em LDGCB. A segunda, baseou-se em várias hipóteses centradas no microambiente do LF, rico em vários tipos de células nãomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrófagos, células T regulatórias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnóstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critérios clínicos, com a evolução clínica e, mais importante, com o risco de transformação em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) técnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas são facilmente acessíveis a partir das biopsias de diagnóstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transição rápida dos novos marcadores para a prática clínica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipóteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, são propostos e validados vários biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente não tumoral, sobretudo dependentes das células do sistema imunológico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opções para a abordagem clínica destas doenças e, eventualmente, novos alvos terapêuticos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (‘genomics’) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside” translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.

Próteses no tubo digestivo: evolução e aplicações no século XXI

RESUMO: A utilização das próteses metálicas auto-expansíveis é um tratamento paliativo e definitivo muito eficaz em doentes com obstrução maligna coló-retal e gastroduodenal. Este tratamento está associado a taxas de morbilidade e de intervenção adicional aceitáveis. O recurso a próteses expansíveis em doenças benignas pode constituir uma opção terapêutica válida. As próteses biodegradáveis e as próteses metálicas totalmente cobertas podem ser utilizadas, com eficácia aceitável, num grupo de doentes com estenóses refractárias do esófago e para os quais não estão disponíveis grandes opções de tratamento. As próteses metálicas totalmente cobertas podem ser um tratamento de excepção em situações benignas biliares onde anteriormente a cirurgia era a única opção disponível. As próteses metálicas são a opção de escolha no tratamento paliativo do colangiocarcinoma hilar, independentemente do tipo de lesão. Em doentes com estenoses do tipo II de Bismuth a colocação bilateral de próteses metálicas, sempre que tecnicamente possíveis, deve ser recomendada pois está associada a uma maior patência das próteses e a uma menor taxa de reintervenção.

Molecular characterization of Aeromonas spp. and Vibrio cholerae O1 isolated during a diarrhea outbreak

This work aimed to assess pathogenic potential and clonal relatedness of Aeromonas sp. and Vibrio cholerae isolates recovered during a diarrhea outbreak in Brazil. Clinical and environmental isolates were investigated for the presence of known pathogenic genes and clonal relatedness was assessed by intergenic spacer region (ISR) 16S-23S amplification. Four Aeromonas genes (lip, exu, gcat, flaA/B) were found at high overall frequency in both clinical and environmental isolates although the lip gene was specifically absent from selected species. A fifth gene, aerA, was rarely found in A. caviae, the most abundant species. The ISR profile revealed high heterogeneity among the Aeromonas isolates and no correlation with species identification. In contrast, in all the V. cholerae isolates the four genes investigated (ctxA, tcpA, zot and ace) were amplified and revealed homogeneous ISR and RAPD profiles. Although Aeromonas isolates were the major enteric pathogen recovered, their ISR profiles are not compatible with a unique cause for the diarrhea events, while the clonal relationship clearly implicates V. cholerae in those cases from which it was isolated. These results reinforce the need for a better definition of the role of aeromonads in diarrhea and whether they benefit from co-infection with V. cholerae.

Viability and molecular authentication of Coccidioides spp. isolates from the Instituto de Medicina Tropical de São Paulo culture collection, Brazil

Coccidioidomycosis is an emerging fungal disease in Brazil; adequate maintenance and authentication of Coccidioides isolates are essential for research into genetic diversity of the environmental organisms, as well as for understanding the human disease. Seventeen Coccidioides isolates maintained under mineral oil since 1975 in the Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMTSP) culture collection, Brazil, were evaluated with respect to their viability, morphological characteristics and genetic features in order to authenticate these fungal cultures. Only five isolates were viable after almost 30 years, showing typical morphological characteristics, and sequencing analysis using Coi-F and Coi-R primers revealed 99% identity with Coccidioides genera. These five isolates were then preserved in liquid nitrogen and sterile water, and remained viable after two years of storage under these conditions, maintaining the same features.

PARASITOLOGICAL AND MOLECULAR DIAGNOSIS IN EXPERIMENTAL Strongyloides venezuelensis INFECTION

Strongyloides venezuelensis is a parasitic nematode of rats which is frequently used as a model to study human and animal strongyloidiasis. The aim of this study was to evaluate the correlation between parasitological and molecular diagnosis in Strongyloides venezuelensis infection. PCR assays were used to detect S. venezuelensis DNA in fecal samples obtained from experimentally infected Rattus norvegicus. The results showed a higher sensitivity of the PCR assay in detecting the infection compared to parasitological methods.

A evolução do relato financeiro nas cooperativas ao longo do século XX até à atualidade

Dissertação de Mestrado apresentada ao Instituto de Contabilidade e Administração do Porto para a obtenção do grau de Mestre em Contabilidade e Finanças, sob orientação de: Professora Doutora Ana Maria Alves Bandeira Professora Doutora Deolinda Maria Moreira Aparício Meira

Sociedade e escola: evolução da representação do tempo social na organização da educação/formação

A Educação não deixa de suscitar perplexidade aos decisores políticos e à Comunidade Educativa (professores, pais, alunos...) sobretudo nas duas úhimas décadas, por três razões principais: A primeira advém da própria circunstância histórica que nos revela a ausência de horizonte temporal (incerteza e imprevisibilidade) na pós- -modemidade que pode estar na origem da crise de sentido e de uma profunda mudança na sociedade. A segunda radica no próprio estatuto do trabalho - como Princípio Organizador e Estruturante da Sociedade Industrializada - que vem sendo o centro do debate político, social e econômico e educativo visto que a sociedade sofre profundas transformações, emergindo na precaridade do trabalho e no desemprego. A terceira assenta nas críticas imputadas à Educação, críticas essas centradas no desajustamento entre as competências requeridas pela sociedade do conhecimento e os saberes da Escola. Deste modo, a relação entre Educação e Trabalho, por um lado está marcada pelo imperativo da mudança que implica inovação/criatividade, flexibilidade e competências; e, por outro lado, releva da necessidade de elevar o nível de formação para melhor inserção do indivíduo no mundo do trabalho.

MOLECULAR TYPING OF Candida albicans ISOLATES FROM HOSPITALIZED PATIENTS

SUMMARYIntroduction: The majority of nosocomial fungal infections are caused by Candida spp. where C. albicans is the species most commonly identified. Molecular methods are important tools for assessing the origin of the yeasts isolated in hospitals.Methods: This is a study on the genetic profifiles of 39 nosocomial clinical isolates of C. albicans using two typing methods: random amplifified polymorphic DNA (RAPD) and microsatellite, two different primers for each technique were used.Results: RAPD provided 10 and 11 different profiles with values for SAB of 0.84 ± 0.126 and 0.88 ± 0.08 for primers M2 and P4, respectively. Microsatellite using two markers, CDC3 and HIS3, allowed the observation of six and seven different alleles, respectively, with combined discriminatory power of 0.91.Conclusions: Although genetic variability is clear, it was possible to identify high similarity, suggesting a common origin for at least a part of isolates. It is important to emphasize that common origin was proven from yeasts isolated from colonization (urine, catheter or endotracheal secretions) and blood culture from the same patient, indicating that the candidemia must have started from a site of colonization. The combination of RAPD and microsatellite provides a quick and efficient analysis for investigation of similarity among nosocomial isolates of C. albicans.

Reação Cutânea Iatrogénica à Terapêutica Intra-Articular com Ácido Hialurónico

Introdução: A osteoartrite é uma doença crónica e progressiva, muito prevalente acima dos 60 anos de idade. Caracteriza-se por incapacidade e dor crónicas e resulta da redução da concentração e peso molecular do ácido hialurónico no líquido sinovial. Uma das opções terapêuticas, na ausência de resposta à terapêutica conservadora (anti-inflamatórios não esteroides), passa pela viscossuplementação com ácido hialurónico. A maior parte dos efeitos adversos descritos, tais como artralgia, reação inflamatória local e dor no local da infiltração, resolvem em 2 dias sem necessidade de tratamento específico. Caso clinico: Doente do sexo masculino, 74 anos de idade, com antecedentes pessoais de osteoartrite bilateral do joelho foi enviado à consulta urgente de Dermatovenereologia por mancha purpúrica com 10 dias de evolução, reticulada, com 20 cm de maior diâmetro, associada a dor. A lesão localizava-se na face anterior do joelho esquerdo e surgiu 1 semana após tratamento intra-articular com ácido hialurónico de origem não animal (Durolane®). A biópsia cutânea revelou a presença de êmbolos intravasculares de material amorfo, não refringente à luz polarizada, na derme e hipoderme - achados compatíveis com embolização por ácido hialurónico. Na reavaliação, 21 dias após, apresentava apenas ligeiro eritema da face anterior do joelho esquerdo, sem outros sintomas associados. Conclusão: Esta reação cutânea adversa ao tratamento com ácido hialurónico parece resultar do extravasamento extra-articular deste. No entanto, não podemos excluir que resulte da má aplicação técnica do ácido hialurónico, e não da molécula em si. O interesse deste caso reside no facto de a embolização por ácido hialurónico ser um efeito adverso da viscossuplementação ainda não descrito.

Origem e Evolução Recente dos Sistemas de Informação Geográfica em Portugal

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Ciência e Sistemas de Informação Geográfica

Evolução da intervenção coronária percutânea entre 2004-2013. Atividade em Portugal segundo o Registo Nacional de Cardiologia de Intervenção

Introducção e objetivos: Foi nosso objetivo estudar as tendências da intervencção coronária percutânea entre 2004-2013 e comparar Portugal com outros países europeus. Métodos: Análise dos procedimentos coronários efetuados entre 2004-2013 com base num registo prospetivo, multicêntrico, voluntário, doente a doente --- Registo Nacional de Cardiologia de Intervenc¸ão (RNCI) da Associac¸ão Portuguesa de Intervenc¸ão Cardiovascular da Sociedade Portuguesa de Cardiologia (APIC-SPC) --- e dos dados oficiais publicados pela Direc¸ão Geral de Saúde (DGS). Resultados: Em 2013 realizaram-se 36 810 cateterismos diagnósticos (3529 coronariografias por milhão de habitantes), representando um aumento significativo de 34% relativamente ao ano de 2007 (p < 0,001). As intervenc¸ões coronárias percutâneas (ICP) cresceram 64% desde 2004, atingindo um total de 13 897 procedimentos e uma taxa de 1333 por milhão de habitantes no ano de 2013 (p < 0,001). A angioplastia primária (ICP-P) cresceu 265% (1328 versus 3524) atingindo uma taxa de 338/milhão, o que representou 25% do total de angioplastias efectuadas em 2013. Os stents foram o dispositivo intracoronário mais utilizado, com uma taxa de stents eluidores de fármaco de 73% em 2013. O acesso radial passou de 4,1% em 2004 para 57,9% em 2013 (p < 0,001). Conclusões: A cardiologia de intervenc¸ão mantém uma tendência de crescimento desde 2004 a 2013. Neste ano, a totalidade dos centros de cardiologia de intervenc¸ão portugueses estavam a exportar os dados para o RNCI, destacando-se o aumento relativo da angioplastia primária e o incremento do acesso radial.

MOLECULAR TYPING OF Giardia duodenalisISOLATES FROM NONHUMAN PRIMATES HOUSED IN A BRAZILIAN ZOO

Giardia infections in captive nonhuman primates (NHP) housed at a Brazilian zoo were investigated in order to address their zoonotic potential. Fresh fecal samples were collected from the floors of 22 enclosures where 47 primates of 18 different species were housed. The diagnosis of intestinal parasites after concentration by sedimentation and flotation methods revealed the following parasites and their frequencies: Giardia (18%); Entamoebaspp. (18%); Endolimax nana(4.5%); Iodamoeba spp. (4.5%); Oxyurid (4.5%) and Strongylid (4.5%). Genomic DNA extracted from all samples was processed by PCR methods in order to amplify fragments of gdh and tpi genes of Giardia. Amplicons were obtained from samples of Ateles belzebuth, Alouatta caraya, Alouatta fusca and Alouatta seniculus. Clear sequences were only obtained for the isolates from Ateles belzebuth (BA1), Alouatta fusca(BA2) and Alouatta caraya (BA3). According to the phenetic analyses of these sequences, all were classified as assemblage A. For the tpi gene, all three isolates were grouped into sub-assemblage AII (BA1, BA2 and BA3) whereas for the gdh gene, only BA3 was sub-assemblage AII, and the BA1 and BA2 were sub-assemblage AI. Considering the zoonotic potential of the assemblage A, and that the animals of the present study show no clinical signs of infection, the data obtained here stresses that regular coproparasitological surveys are necessary to implement preventive measures and safeguard the health of the captive animals, of their caretakers and of people visiting the zoological gardens.

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF INFLUENZA B VIRUS OUTBREAK ON A CRUISE SHIP IN BRAZIL 2012

In February 2012, an outbreak of respiratory illness occurred on the cruise ship MSC Armonia in Brazil. A 31-year-old female crew member was hospitalized with respiratory failure and subsequently died. To study the etiology of the respiratory illness, tissue taken at necropsy from the deceased woman and respiratory specimens from thirteen passengers and crew members with respiratory symptoms were analyzed. Influenza real-time RT-PCR assays were performed, and the full-length hemagglutinin (HA) gene of influenza-positive samples was sequenced. Influenza B virus was detected in samples from seven of the individuals, suggesting that it was the cause of this respiratory illness outbreak. The sequence analysis of the HA gene indicated that the virus was closely related to the B/Brisbane/60/2008-like virus, Victoria lineage, a virus contained in the 2011-12 influenza vaccine for the Southern Hemisphere. Since the recommended composition of the influenza vaccine for use during the 2013 season changed, an intensive surveillance of viruses circulating worldwide is crucial. Molecular analysis is an important tool to characterize the pathogen responsible for an outbreak such as this. In addition, laboratory disease surveillance contributes to the control measures for vaccine-preventable influenza.