L'oeuvre latine attribuée à Jacotin dans les sources des XVe et XVIe siècles : transcription critique et analyse

La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (http://www.bib.umontreal.ca/MU).

Identification de nouveaux partenaires protéiques des récepteurs couplés aux protéines G contrôlant leur transport du reticulum endoplasmique à la membrane plasmique

Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPGs) forment la plus grande et la plus diversifiée des familles de protéines localisées à la surface cellulaire et responsables de la transmission de signaux à l’intérieur des cellules. D’intenses recherches effectuées au cours des trente dernières années ont mené à l’identification de dizaines de protéines interagissant avec les RCPGs et contrôlant la signalisation, la désensibilisation, l’internalisation et la dégradation de ces importantes cibles pharmacologiques. Contrairement aux processus régulant l’activité des récepteurs à partir de la membrane plasmique, les mécanismes moléculaires contrôlant la biosynthèse des RCPGs dans le reticulum endoplasmique (RE) et leur transport jusqu’à la surface cellulaire sont très peu caractérisés. Une meilleure compréhension de ces processus nécessite l’identification de la machinerie protéique responsable de la maturation des RCPGs. Un crible protéomique basé sur le transfert d’énergie de résonance de bioluminescence (BRET), qui permet la mesure d’interactions protéiques dans les cellules vivantes, a mené à l’identification de plusieurs nouvelles protéines localisées dans la voie de sécrétion et interagissant potentiellement avec les RCPGs. Ces protéines étant localisées dans les compartiments cellulaires (reticulum endoplasmique et appareil de Golgi) responsables de la synthèse, du repliement adéquat et du transport à la membrane plasmique des récepteurs, il est très probable qu’elles soient impliquées dans le contrôle de l’expression des RCPGs à la surface cellulaire. La caractérisation de l’homologue humain de cornichon 4 (CNIH4), un nouvel intéracteur des RCPGs identifié dans le crible, a démontré que cette protéine localisée dans les compartiments précoces de la voie de sécrétion (RE et ERGIC) interagit de façon sélective avec les RCPGs. De plus, la suppression de l’expression endogène de cette protéine préalablement non-caractérisée, diminue le transport à la membrane plasmique d’un récepteur, indiquant que CNIH4 influence positivement l’export des RCPGs du RE. Ceci est supporté par l’observation que la surexpression de CNIH4 à de faibles niveaux favorise la maturation d’un récepteur mutant normalement retenu dans le RE. Nous avons également pu démontrer que CNIH4 est associée à la protéine Sec23, une des composantes de l’enveloppe des vésicules COPII qui sont responsables du transport des protéines du RE vers le Golgi, suggérant que CNIH4 pourrait favoriser le recrutement des récepteurs dans ces vésicules. La surexpression de CNIH4 à de très hauts niveaux provoque également la rétention intracellulaire des récepteurs. Cet effet dominant négatif pourrait être causé par la titration d’un autre facteur d’export des RCPGs. Une deuxième étude a permis de révéler que la protéine transmembranaire 9 (TMEM9), un nouvel intéracteur des RCPGs également identifié dans le crible, interagit sélectivement avec les récepteurs et avec CNIH4. La surexpression de cette protéine aux fonctions précédemment inconnues, rétablit le transport normal d’un récepteur en présence de CNIH4 surexprimée. De plus, la co-expression de TMEM9 potentialise la capacité de CNIH4 à augmenter la maturation d’un récepteur mutant normalement retenu dans le RE, suggérant que ces deux protéines forment un complexe régulant la maturation des RCPGs. Au cours de cette thèse, de nouvelles protéines interagissant avec les RCPGs et contrôlant leur expression à la membrane plasmique ont donc été identifiées, permettant une meilleure compréhension des mécanismes régulant le transport des récepteurs du RE à la surface cellulaire.

Approche efficace pour la conception des architectures multiprocesseurs sur puce électronique

Les systèmes multiprocesseurs sur puce électronique (On-Chip Multiprocessor [OCM]) sont considérés comme les meilleures structures pour occuper l'espace disponible sur les circuits intégrés actuels. Dans nos travaux, nous nous intéressons à un modèle architectural, appelé architecture isométrique de systèmes multiprocesseurs sur puce, qui permet d'évaluer, de prédire et d'optimiser les systèmes OCM en misant sur une organisation efficace des nœuds (processeurs et mémoires), et à des méthodologies qui permettent d'utiliser efficacement ces architectures. Dans la première partie de la thèse, nous nous intéressons à la topologie du modèle et nous proposons une architecture qui permet d'utiliser efficacement et massivement les mémoires sur la puce. Les processeurs et les mémoires sont organisés selon une approche isométrique qui consiste à rapprocher les données des processus plutôt que d'optimiser les transferts entre les processeurs et les mémoires disposés de manière conventionnelle. L'architecture est un modèle maillé en trois dimensions. La disposition des unités sur ce modèle est inspirée de la structure cristalline du chlorure de sodium (NaCl), où chaque processeur peut accéder à six mémoires à la fois et où chaque mémoire peut communiquer avec autant de processeurs à la fois. Dans la deuxième partie de notre travail, nous nous intéressons à une méthodologie de décomposition où le nombre de nœuds du modèle est idéal et peut être déterminé à partir d'une spécification matricielle de l'application qui est traitée par le modèle proposé. Sachant que la performance d'un modèle dépend de la quantité de flot de données échangées entre ses unités, en l'occurrence leur nombre, et notre but étant de garantir une bonne performance de calcul en fonction de l'application traitée, nous proposons de trouver le nombre idéal de processeurs et de mémoires du système à construire. Aussi, considérons-nous la décomposition de la spécification du modèle à construire ou de l'application à traiter en fonction de l'équilibre de charge des unités. Nous proposons ainsi une approche de décomposition sur trois points : la transformation de la spécification ou de l'application en une matrice d'incidence dont les éléments sont les flots de données entre les processus et les données, une nouvelle méthodologie basée sur le problème de la formation des cellules (Cell Formation Problem [CFP]), et un équilibre de charge de processus dans les processeurs et de données dans les mémoires. Dans la troisième partie, toujours dans le souci de concevoir un système efficace et performant, nous nous intéressons à l'affectation des processeurs et des mémoires par une méthodologie en deux étapes. Dans un premier temps, nous affectons des unités aux nœuds du système, considéré ici comme un graphe non orienté, et dans un deuxième temps, nous affectons des valeurs aux arcs de ce graphe. Pour l'affectation, nous proposons une modélisation des applications décomposées en utilisant une approche matricielle et l'utilisation du problème d'affectation quadratique (Quadratic Assignment Problem [QAP]). Pour l'affectation de valeurs aux arcs, nous proposons une approche de perturbation graduelle, afin de chercher la meilleure combinaison du coût de l'affectation, ceci en respectant certains paramètres comme la température, la dissipation de chaleur, la consommation d'énergie et la surface occupée par la puce. Le but ultime de ce travail est de proposer aux architectes de systèmes multiprocesseurs sur puce une méthodologie non traditionnelle et un outil systématique et efficace d'aide à la conception dès la phase de la spécification fonctionnelle du système.

La géographie du dollar et la Chine : analyse géoéconomique d'une sédition monétaire

L’équilibre économique mondial repose sur une asymétrie structurelle dont les pôles antagonistes principaux sont les États-Unis et l’Asie orientale. À la base de cet axe de tension géographique se trouve la question de la représentation mondiale de la richesse. La domination du dollar permet aux États-Unis un accès disproportionné aux ressources planétaires. Les pays créanciers, dont fait partie la Chine, hésitent à laisser flotter leur monnaie et attaquer l’hégémonie du dollar. Entre temps, les déséquilibres s’intensifient, tout comme les tensions politiques, par l’effet de ce système monétaire qui participe au maintien d’un monde unipolaire. Le système monétaire actuel n’offre aucune perspective endogène quant à la résolution des déséquilibres que son équilibre requiert. Ce mémoire cherche à identifier les stratégies géoéconomiques de la Chine pour se soustraire de l’emprise du dollar.

Genèse de l’immunopeptidome du CMH de classe I

La différentiation entre le « soi » et le « non-soi » est un processus biologique essentiel à la vie. Les peptides endogènes présentés par les complexes majeurs d’histocompatibilité de classe I (CMH I) représentent le fondement du « soi » pour les lymphocytes T CD8+. On donne le nom d’immunopeptidome à l’ensemble des peptides présentés à la surface cellulaire par les molécules du CMH I. Nos connaissances concernant l’origine, la composition et la plasticité de l’immunopeptidome restent très limitées. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé une nouvelle approche par spectrométrie de masse permettant de définir avec précision : la nature et l’abondance relative de l’ensemble des peptides composant l’immunopeptidome. Nous avons trouvé que l’immunopeptidome, et par conséquent la nature du « soi » immun, est surreprésenté en peptides provenant de transcrits fortement abondants en plus de dissimuler une signature tissu-spécifique. Nous avons par la suite démontré que l’immunopeptidome est plastique et modulé par l’activité métabolique de la cellule. Nous avons en effet constaté que les modifications du métabolisme cellulaire par l’inhibition de mTOR (de l’anglais mammalian Target Of Rapamycin) provoquent des changements dynamiques dans la composition de l’immunopeptidome. Nous fournissons également la première preuve dans l’étude des systèmes que l’immunopeptidome communique à la surface cellulaire l’activité de certains réseaux biochimiques ainsi que de multiples événements métaboliques régulés à plusieurs niveaux à l’intérieur de la cellule. Nos découvertes ouvrent de nouveaux horizons dans les domaines de la biologie des systèmes et de l’immunologie. En effet, notre travail de recherche suggère que la composition de l’immunopeptidome est modulée dans l’espace et le temps. Il est par conséquent très important de poursuivre le développement de méthodes quantitatives au niveau des systèmes qui nous permettront de modéliser la plasticité de l’immunopeptidome. La simulation et la prédiction des variations dans l’immunopeptidome en réponse à différents facteurs cellulaires intrinsèques et extrinsèques seraient hautement pertinentes pour la conception de traitements immunothérapeutiques.

La critique kierkegaardienne de Hegel ou l’exception qui confirme la règle

Ce mémoire cherche à faire ressortir la teneur philosophique de la critique kierkegaardienne de Hegel en s’inscrivant dans la lignée des travaux de Thulstrup et de Stewart. Comme plusieurs grands penseurs, Kierkegaard est apparu bien après sa mort sur la scène de l’histoire de la philosophie occidentale et ses œuvres les plus lues sont surtout celles concertant Hegel, de sorte que son anti-hégélianisme est vite devenu une affaire bien connue. En 1967, Thulstrup produit le premier travail consacré à l’ensemble de la critique kierkegaardienne de Hegel, travail dont les résultats confortent l’idée selon laquelle Kierkegaard n’aurait rien à voir avec Hegel. Mais il suscitera aussi, en 2003, la réaction de Stewart, qui trouve avant tout, derrière les allusions kierkegaardiennes à Hegel, une critique de ses contemporains hégéliens danois. Or, si Stewart éclaire brillamment l’historicité kierkegaardienne, il laisse de côté sa teneur philosophique. Notre mémoire tâchera donc de présenter une conception de l’œuvre kierkegaardienne comme exception, à partir de laquelle nous serons à même de comprendre allégoriquement son rapport à Hegel comme confirmation de la règle. Pour ce faire, nous produirons une exposition rassemblant thématiquement les allusions kierkegaardiennes à Hegel, ce qui permettra de constater chez Kierkegaard une variation sur le plan éthique à partir de 1843, problème qui ne peut s’expliquer que par une concrétisation de l’exception vers une forme particulière du religieux.

L'antibiorésistance acquise des bactéries de la glande mammaire et des intestins en fonction des traitements intramammaires de tarissement chez les bovins laitiers

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

L'abstention aux élections européennes de 2004 : Essai d'analyse psychosociale

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Sur le chemin de Kahnawake. Décolonisation du droit et mondialisations

Trop d’années sont maintenant passées pour que je me souvienne encore des conditions précises dans lesquelles j’ai noué ce colloque singulier avec Andrée Lajoie, colloque qui dure depuis plus de vingt ans, et qui n’a cessé de m’enrichir. Notre collègue et amie croit fondamentalement dans le Droit, beaucoup moins dans la capacité des juristes à trouver les réponses à la hauteur des problèmes auxquels sont confrontées nos sociétés contemporaines. D’où une attente et une exigence qui l’ont conduite à  interroger les expériences qui pourraient répondre à sa curiosité, tant dans le cadre de son propre biculturalisme juridique que dans ceux d’autres sociétés, sur d’autres continents, voire à d’autres moments de nos histoires communes. Mais, toujours me semble-t-il, avec une approche pragmatique car la théorie doit servir la pratique, non l’asservir, et l’objectif est de trouver des solutions concrètement mobilisables. Elle préfère aussi le fluide au flou, la reconnaissance de la multiplicité des facteurs interférant dans une décision juridique ou judiciaire au simplisme de la seule herméneutique juridique (Lajoie, 1997). Bref, elle est ouverte aux aventures intellectuelles.

La résolution du problème de formation de cellules dans un contexte multicritère

Les techniques de groupement technologique sont aujourd’hui utilisées dans de nombreux ateliers de fabrication; elles consistent à décomposer les systèmes industriels en sous-systèmes ou cellules constitués de pièces et de machines. Trouver le groupement technologique le plus efficace est formulé en recherche opérationnelle comme un problème de formation de cellules. La résolution de ce problème permet de tirer plusieurs avantages tels que la réduction des stocks et la simplification de la programmation. Plusieurs critères peuvent être définis au niveau des contraintes du problème tel que le flot intercellulaire,l’équilibrage de charges intracellulaires, les coûts de sous-traitance, les coûts de duplication des machines, etc. Le problème de formation de cellules est un problème d'optimisation NP-difficile. Par conséquent les méthodes exactes ne peuvent être utilisées pour résoudre des problèmes de grande dimension dans un délai raisonnable. Par contre des méthodes heuristiques peuvent générer des solutions de qualité inférieure, mais dans un temps d’exécution raisonnable. Dans ce mémoire, nous considérons ce problème dans un contexte bi-objectif spécifié en termes d’un facteur d’autonomie et de l’équilibre de charge entre les cellules. Nous présentons trois types de méthodes métaheuristiques pour sa résolution et nous comparons numériquement ces métaheuristiques. De plus, pour des problèmes de petite dimension qui peuvent être résolus de façon exacte avec CPLEX, nous vérifions que ces métaheuristiques génèrent des solutions optimales.

Residence and Autonomy in Postcolonial Maharashtra

Réalisé à l'aide de données harmonisées par le Integrated Public Use Microdata Series (IPUMS).

Nietzsche et le problème de Socrate

Ce mémoire a pour but d’élucider l’analyse et l’évaluation nietzschéennes du sens et de la portée de la figure de Socrate dans les cultures antique et moderne. Pour ce faire, nous nous pencherons d’abord sur la question de l’identité de Socrate, ce qui permettra d’introduire une distinction centrale à l’analyse de Nietzsche, soit celle entre la doctrine et la personnalité du célèbre Athénien. En effet, Nietzsche isole la personnalité de Socrate, qu’il circonscrit à partir des notions d’instinct, de pulsion et d’affect, de sa doctrine, qu’il appelle le socratisme et qu’il définit à partir de l’équation socratique raison = vertu = bonheur. Ensuite, nous développerons les trois éléments sur lesquels il s’appuie pour expliquer que Socrate ait pu séduire les Grecs, soit le fait qu’il fut un grand érotique, qu’il introduisit une nouvelle forme de joute à Athènes et qu’il apparut comme étant un médecin pour ses contemporains. Cette question des raisons permettant d’expliquer que Socrate ait pu séduire les Grecs est déterminante pour Nietzsche, puisque c’est de là qu’il est amené à se demander qui est ce Socrate et quel a été son véritable impact sur la culture, soit les deux questions qui sont au cœur de ce qu’il appelle « le problème de Socrate ». Enfin, nous nous pencherons sur le diagnostic que le philosophe allemand pose sur le célèbre Athénien ainsi que sur son évaluation de l’impact du socratisme sur les cultures antique et moderne, après quoi nous présenterons l’inversion des valeurs que Nietzsche tente d’opérer dans sa propre culture. Nous verrons alors qu’il cherche entre autres par cette inversion des valeurs à nous libérer du socratisme, car il est d’avis que cette doctrine dévalorise toute forme d’agir puisant ses motifs dans ce qui relève de l’inconscient et survalorise une morale luttant contre les pulsions dominantes en nous.

Étude de la dynamique des interactions des constituants du complexe de biosynthèse et d’insertion de la sélénocystéine dans la traduction des sélénoprotéines in vivo

Les sélénoprotéines sont des protéines auxquelles des sélénocystéines, soit le 21e acide aminé, sont incorporées durant leur traduction. Plus précisément, la sélénocystéine (Sec) est un dérivé métabolique de la sérine, mais structurellement équivalent à une cystéine dont on a remplacé l'atome de soufre par du sélénium. Elle se distingue des autres acides aminés puisqu’elle possède sa propre synthétase qui sert à convertir la sérine en Sec alors que le résidu est déjà fixé à l’ARNt. La position d’une Sec sur l’ARNm est indiquée par le codon UGA étant habituellement un signal STOP introduisant le concept de recoding. Grâce à une machinerie métabolique spécifique à l'ARNtSec et à la présence d’un SecIS (Selenocystein Insertion Sequence) sur l’ARNm, ce codon permet la présence d'une Sec dans la protéine. Il est connu que la synthèse débute avec l’acétylation de l’ARNt[Ser]Sec par la seryl-ARNt synthétase (SerRS) afin de donner la seryl-ARNt[Ser]Sec. Cette dernière est subséquemment phosphorylée par l’O-phosphoséryl-ARNt[Ser]Sec kinase (PSTK) qui donnera l’O-phosphoséryl-ARNt[Ser]Sec. Par la suite, un complexe de plusieurs protéines et cofacteurs, agissant comme machinerie pour l’incorporation des Sec durant la traduction, s’associe avec l’ARNt[Ser]Sec puis l’ARNm et, finalement, les composantes du ribosome. Parmi ces protéines, SepSecS catalyse l’étape finale de la synthèse des Sec en convertissant le O-phosphoseryl-ARNt[Ser]Sec en selenocysteinyl-ARNt[Ser]Sec utilisant le sélénophosphate comme source de sélénium. Des études récentes montrent que l’association avec SECp43 serait nécessaire pour que SepSecS joue son rôle et soit ségrégée au noyau pour s’associer à la machinerie de biosynthèse des sélénoprotéines, soit le complexe moléculaire qui reconnaît le codon UGA. Parmi les protéines de la machinerie de biosynthèse des sélénoprotéines que nous avons analysées, il y a eEFSec, RPL30, SPS2, SPS1, SBP2 et NSEP1. Nos résultats d’analyse de la dynamique de l’interaction entre les constituants de la machinerie de biosynthèse et d’incorporation des Sec, confirment plusieurs données de la littérature, mais remettent en question le modèle jusqu’à maintenant établi. Une meilleure compréhension de la dynamique des interactions entre ses constituants et la régulation de cette dynamique permet d’émettre des hypothèses quant au rôle de la machinerie de biosynthèse des sélénoprotéines et de l’importance de sa complexité. Nous avons analysé les interactions in vivo dans des cellules HEK293T au moyen de la technique de Protein-Fragment Complementation Assay (PCA) en couplant, par un clonage moléculaire, les gènes de chacune des protéines d’intérêt avec des fragments des gènes de la protéine luciférase (hRluc). Nous avons ainsi réalisé une fusion en N-terminal et en C-terminal des fragments de luciférase pour chacune des protéines d’intérêt. Puis, nous avons analysé la dynamique des interactions avec les composantes de la machinerie de biosynthèse des Sec. D’autres travaux seront essentiels afin de bâtir sur les résultats présentés dans cette recherche.

Sous un même toit? La formation et la transformation des maisonnées dans le Sud du Maroc : le cas des Ammeln (Tafraout, Anti-Atlas)

Thèse réalisée en cotutelle avec l'École des Hautes Études en Sciences Sociales (EHESS, Paris).