Spatial organisation and behaviour of the parental chromosome sets in the nuclei of Saccharomyces cerevisiae × S. paradoxus hybrids

Peer reviewed

Sets and Supersets

Peer reviewed

Natural Language Generation and Fuzzy Sets : An Exploratory Study on Geographical Referring Expression Generation

This work was supported by the Spanish Ministry for Economy and Competitiveness (grant TIN2014-56633-C3-1-R) and by the European Regional Development Fund (ERDF/FEDER) and the Galician Ministry of Education (grants GRC2014/030 and CN2012/151). Alejandro Ramos-Soto is supported by the Spanish Ministry for Economy and Competitiveness (FPI Fellowship Program) under grant BES-2012-051878.

Teen apprentices build sets in Tanglewood, MA

Inscriptions: Verso: [stamped] Photograph by Freda Leinwand. [463 West Street, Studio 229G, New York, NY 10014].

Core Sets da Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Saúde (CIF) para a Artrite Reumatoide segundo a perspetiva dos indivíduos

Introdução: A complexidade da utilização da CIF devido ao elevado número de categorias levou à necessidade de desenvolver Core Sets de forma a identificar e agrupar os principais problemas dos indivíduos para as diferentes condições de saúde. Contudo, mostra-se necessário comparar estes Core Sets iniciais com a perspetiva dos indivíduos em diferentes países, para uma melhor utilização deste instrumento na prática clínica. Objetivo: Identificar os principais problemas percecionados pelos indivíduos com AR em Portugal e verificar se estes se encontram contemplados nos comprehensive e brief Core Sets da CIF para a mesma condição. Metodologia: Esta investigação consiste num estudo qualitativo com uma amostra de conveniência com indivíduos com AR. Para a recolha de dados foram utilizadas entrevistas individuais gravadas sobre a forma de áudio, sendo o procedimento do estudo baseado no protocolo de Coenen M., (2008). Resultados: O estudo inclui 20 indivíduos com uma média de idade de 61,35 (±10,5) anos, sendo que 95% pertenciam ao género feminino e 5% ao género masculino. Das 99 categorias identificadas, 41 (42,71%) encontram-se presentes nas 96 categorias do comprehensive Core Sets da CIF e 31 (79,49%) nas 39 categorias dos brief Core Sets da CIF. Conclusões: O presente estudo conclui que embora os Core Sets da CIF para a AR sejam específicos para os indivíduos com esta condição, quando comparados com a população portuguesa, estes não apresentam vários problemas identificados por estes indivíduos. Para além disso, estes Core Sets da CIF contêm problemas que não foram relatados por esta população.

Pelo olhar de quem não sente a diferença : comparação dos Cores Sets da Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Saúde (CIF) para a Paralisia Cerebral com a perspetiva de crianças/ jovens e cuidadores, de Portugal

Introdução: A CIF foi considerada, por alguns clínicos, como não sendo totalmente viável para a aplicação na rotina clínica, já que este sistema de classificação contém mais de 1400 categorias. Posto isto, o processo de desenvolvimento de Core Sets da CIF tem sido priorizado pela OMS, tornando a CIF acessível para a avaliação das cs específicas. Estes pretendem orientar uma avaliação multidisciplinar abrangente, incluindo as categorias da CIF para descrever, de uma forma suficiente, a funcionalidade e incapacidade dos indivíduos. Contudo, podem existir divergências entre a perspetiva de crianças e jovens portugueses com PC e cuidadores sobre a sua cs e os core sets da CIF estabelecidos para a mesma. Objetivo: Identificar os problemas percecionados pelas crianças e jovens com paralisia cerebral e pelos cuidadores em Portugal e analisar em que medida estes aspetos são representados pela versão atual do Comprehensive Core Set da CIF para esta cs. Metodologia: Este estudo é qualitativo, tendo-se utilizado uma amostra conveniente de crianças/jovens com PC e cuidadores. Todos os dados foram recolhidos por meio de entrevistas e posteriormente analisados segundo o protocolo de Coenen. Foi efetuado o linking dos conceitos obtidos das entrevistas para as categorias da CIF, tendo sido comparadas com os Core Sets da CIF para esta condição. Resultados: Este estudo tem uma amostra de 48 indivíduos, sendo que 28 eram crianças e jovens com PC e os restantes 20 eram cuidadores. A média de idades das crianças/jovens incluídos foi 13,04 (±3,26), sendo que a idade mínima incluída foi 8 anos e a idade máxima, 18 anos. A média de idades dos cuidadores incluídos foi de 35,20 (±8,01) anos, sendo que a idade mínima incluída foi 22 anos e a idade máxima 55 anos. Das 256 categorias identificadas, 101 estão contempladas nas categorias dos Comprehensive Core Set da CIF. Estas encontram-se presentes em 58 categorias de 2º nível dos Comprehensive Core Set de um total de 135, correspondendo a 43% dos mesmos. Conclusões: Tendo em conta os resultados obtidos, podemos concluir que os Comprehensive Core Set da CIF para a PC contemplam a grande maioria dos problemas percecionados pela população-alvo, ainda que integre várias categorias que não foram relevantes para esta população em estudo.

O EU na Osteoartrose : comparação dos Core Sets da CIF para a Osteoartrose, com a perspetiva dos utentes com OA da região centro de Portugal

Introdução: Na prática diária, os clínicos necessitam apenas de uma fração das categorias encontradas na CIF. No conflito entre a generalização e a necessidade de captar detalhes, a CIF deve ser adaptada às perspetivas e necessidades de diferentes utilizadores. Esta necessidade surge como a principal motivação por detrás do projeto dos Core Sets, que tem como objetivo extrair uma seleção de categorias de toda a classificação que são relevantes para condições específicas de saúde. Após o desenvolvimento da primeira versão dos Core Sets da CIF para a OA, os autores realçaram a importância desta ser testada sob a perspetiva de diferentes profissionais, em diferentes países e ainda segundo a perspetiva dos indivíduos. Objetivos: Identificar os problemas percecionados pelos indivíduos com OA, da região centro de Portugal e verificar em que medida estes aspetos se encontram compreendidos no Comprehensive e Brief Core Set da CIF, para esta condição de saúde. Metodologia: Foi realizado um estudo qualitativo, recorrendo a uma amostra de conveniência, indivíduos com OA no joelho e/ou anca. A recolha de dados consistiu em entrevistas individuais, e o seu processamento foi efetuado segundo o protocolo de Coenen (2008). Resultados: Foram incluídos 20 indivíduos, perfazendo uma média de idades de 69,65 (±9,8) anos, dos quais 9 são mulheres e 11 homens. Foram identificadas 34 das 55 categorias contempladas no Comprehensive Core Set da CIF e 9 das 12 categorias do Brief Core Set da CIF, 61,82% e 75%, respetivamente. Conclusões: Tendo em conta os resultados, conclui-se que os Comprehensive e Brief Core Sets da CIF para a OA abrangem a perspetiva da população portuguesa, contudo não contemplam alguns dos problemas percecionados pelos indivíduos. Além disso, ainda se verifica que integra algumas categorias não relevantes para esta população.

Predicting Forest Responses to Changing Environmental Conditions

Forests change with changes in their environment based on the physiological responses of individual trees. These short-term reactions have cumulative impacts on long-term demographic performance. For a tree in a forest community, success depends on biomass growth to capture above- and belowground resources and reproductive output to establish future generations. Here we examine aspects of how forests respond to changes in moisture and light availability and how these responses are related to tree demography and physiology.

First we address the long-term pattern of tree decline before death and its connection with drought. Increasing drought stress and chronic morbidity could have pervasive impacts on forest composition in many regions. We use long-term, whole-stand inventory data from southeastern U.S. forests to show that trees exposed to drought experience multiyear declines in growth prior to mortality. Following a severe, multiyear drought, 72% of trees that did not recover their pre-drought growth rates died within 10 years. This pattern was mediated by local moisture availability. As an index of morbidity prior to death, we calculated the difference in cumulative growth after drought relative to surviving conspecifics. The strength of drought-induced morbidity varied among species and was correlated with species drought tolerance.

Next, we investigate differences among tree species in reproductive output relative to biomass growth with changes in light availability. Previous studies reach conflicting conclusions about the constraints on reproductive allocation relative to growth and how they vary through time, across species, and between environments. We test the hypothesis that canopy exposure to light, a critical resource, limits reproductive allocation by comparing long-term relationships between reproduction and growth for trees from 21 species in forests throughout the southeastern U.S. We found that species had divergent responses to light availability, with shade-intolerant species experiencing an alleviation of trade-offs between growth and reproduction at high light. Shade-tolerant species showed no changes in reproductive output across light environments.

Given that the above patterns depend on the maintenance of transpiration, we next developed an approach for predicting whole-tree water use from sap flux observations. Accurately scaling these observations to tree- or stand-levels requires accounting for variation in sap flux between wood types and with depth into the tree. We compared different models with sap flux data to test the hypotheses that radial sap flux profiles differ by wood type and tree size. We show that radial variation in sap flux is dependent on wood type but independent of tree size for a range of temperate trees. The best-fitting model predicted out-of-sample sap flux observations and independent estimates of sapwood area with small errors, suggesting robustness in new settings. We outline a method for predicting whole-tree water use with this model and include computer code for simple implementation in other studies.

Finally, we estimated tree water balances during drought with a statistical time-series analysis. Moisture limitation in forest stands comes predominantly from water use by the trees themselves, a drought-stand feedback. We show that drought impacts on tree fitness and forest composition can be predicted by tracking the moisture reservoir available to each tree in a mass balance. We apply this model to multiple seasonal droughts in a temperate forest with measurements of tree water use to demonstrate how species and size differences modulate moisture availability across landscapes. As trees deplete their soil moisture reservoir during droughts, a transpiration deficit develops, leading to reduced biomass growth and reproductive output.

This dissertation draws connections between the physiological condition of individual trees and their behavior in crowded, diverse, and continually-changing forest stands. The analyses take advantage of growing data sets on both the physiology and demography of trees as well as novel statistical techniques that allow us to link these observations to realistic quantitative models. The results can be used to scale up tree measurements to entire stands and address questions about the future composition of forests and the land’s balance of water and carbon.

Mike Heithaus' field crew sets out a longline that has about 40 small hooks baited with mullett. They let the line soak for an hour before they check for sharks, Shark River

This material is based upon work supported by the National Science Foundation through the Florida Coastal Everglades Long-Term Ecological Research program under Cooperative Agreements #DBI-0620409 and #DEB-9910514. This image is made available for non-commercial or educational use only.

Inventory of SINOPS project data sets

During the SINOPS project, an optimal state of the art simulation of the marine silicon cycle is attempted employing a biogeochemical ocean general circulation model (BOGCM) through three particular time steps relevant for global (paleo-) climate. In order to tune the model optimally, results of the simulations are compared to a comprehensive data set of 'real' observations. SINOPS' scientific data management ensures that data structure becomes homogeneous throughout the project. Practical work routine comprises systematic progress from data acquisition, through preparation, processing, quality check and archiving, up to the presentation of data to the scientific community. Meta-information and analytical data are mapped by an n-dimensional catalogue in order to itemize the analytical value and to serve as an unambiguous identifier. In practice, data management is carried out by means of the online-accessible information system PANGAEA, which offers a tool set comprising a data warehouse, Graphical Information System (GIS), 2-D plot, cross-section plot, etc. and whose multidimensional data model promotes scientific data mining. Besides scientific and technical aspects, this alliance between scientific project team and data management crew serves to integrate the participants and allows them to gain mutual respect and appreciation.

Identical Origins, Divergent Paths: Filial Responsibility Laws in Canada and the United States

This dissertation examines the origins of filial responsibility laws in Canada and the United States, laws which prescribe that adult children have an obligation of support which is owed to their parents. Filial responsibility laws enable an indigent parent, or an institution providing medical treatment and care to an indigent parent, to seek financial support from that parent’s adult children through the use of litigation. While those who favour these rarely-used laws claim that they bring many benefits to both the family and the state, there is little evidence to suggest that such benefits are actualized. The development and use of the laws in Canada and the United States make it clear that the limitation of the expenditure of government funds was the primary motive for these laws and the support of families a distant secondary motive.

Prior knowledge transfer across transcriptional data sets and technologies using compositional statistics yields new mislabelled ovarian cell line

Here, we describe gene expression compositional assignment (GECA), a powerful, yet simple method based on compositional statistics that can validate the transfer of prior knowledge, such as gene lists, into independent data sets, platforms and technologies. Transcriptional profiling has been used to derive gene lists that stratify patients into prognostic molecular subgroups and assess biomarker performance in the pre-clinical setting. Archived public data sets are an invaluable resource for subsequent in silico validation, though their use can lead to data integration issues. We show that GECA can be used without the need for normalising expression levels between data sets and can outperform rank-based correlation methods. To validate GECA, we demonstrate its success in the cross-platform transfer of gene lists in different domains including: bladder cancer staging, tumour site of origin and mislabelled cell lines. We also show its effectiveness in transferring an epithelial ovarian cancer prognostic gene signature across technologies, from a microarray to a next-generation sequencing setting. In a final case study, we predict the tumour site of origin and histopathology of epithelial ovarian cancer cell lines. In particular, we identify and validate the commonly-used cell line OVCAR-5 as non-ovarian, being gastrointestinal in origin. GECA is available as an open-source R package.

Project AWARE Sets New Records in 2015: 1,000 to Service, Friendships & Community

Project AWARE is the Iowa DNR's volunteer river cleanup.