Design and development of compact optical systems = Diseño y desarrollo de sistemas ópticos compactos

Esta tesis considera dos tipos de aplicaciones del diseño óptico: óptica formadora de imagen por un lado, y óptica anidólica (nonimaging) o no formadora de imagen, por otro. Las ópticas formadoras de imagen tienen como objetivo la obtención de imágenes de puntos del objeto en el plano de la imagen. Por su parte, la óptica anidólica, surgida del desarrollo de aplicaciones de concentración e iluminación, se centra en la transferencia de energía en forma de luz de forma eficiente. En general, son preferibles los diseños ópticos que den como resultado sistemas compactos, para ambos tipos de ópticas (formadora de imagen y anidólica). En el caso de los sistemas anidólicos, una óptica compacta permite tener costes de producción reducidos. Hay dos razones: (1) una óptica compacta presenta volúmenes reducidos, lo que significa que se necesita menos material para la producción en masa; (2) una óptica compacta es pequeña y ligera, lo que ahorra costes en el transporte. Para los sistemas ópticos de formación de imagen, además de las ventajas anteriores, una óptica compacta aumenta la portabilidad de los dispositivos, que es una gran ventaja en tecnologías de visualización portátiles, tales como cascos de realidad virtual (HMD del inglés Head Mounted Display). Esta tesis se centra por tanto en nuevos enfoques de diseño de sistemas ópticos compactos para aplicaciones tanto de formación de imagen, como anidólicas. Los colimadores son uno de los diseños clásicos dentro la óptica anidólica, y se pueden utilizar en aplicaciones fotovoltaicas y de iluminación. Hay varios enfoques a la hora de diseñar estos colimadores. Los diseños convencionales tienen una relación de aspecto mayor que 0.5. Con el fin de reducir la altura del colimador manteniendo el área de iluminación, esta tesis presenta un diseño de un colimador multicanal. En óptica formadora de imagen, las superficies asféricas y las superficies sin simetría de revolución (o freeform) son de gran utilidad de cara al control de las aberraciones de la imagen y para reducir el número y tamaño de los elementos ópticos. Debido al rápido desarrollo de sistemas de computación digital, los trazados de rayos se pueden realizar de forma rápida y sencilla para evaluar el rendimiento del sistema óptico analizado. Esto ha llevado a los diseños ópticos modernos a ser generados mediante el uso de diferentes técnicas de optimización multi-paramétricas. Estas técnicas requieren un buen diseño inicial como punto de partida para el diseño final, que será obtenido tras un proceso de optimización. Este proceso precisa un método de diseño directo para superficies asféricas y freeform que den como resultado un diseño cercano al óptimo. Un método de diseño basado en ecuaciones diferenciales se presenta en esta tesis para obtener un diseño óptico formado por una superficie freeform y dos superficies asféricas. Esta tesis consta de cinco capítulos. En Capítulo 1, se presentan los conceptos básicos de la óptica formadora de imagen y de la óptica anidólica, y se introducen las técnicas clásicas del diseño de las mismas. El Capítulo 2 describe el diseño de un colimador ultra-compacto. La relación de aspecto ultra-baja de este colimador se logra mediante el uso de una estructura multicanal. Se presentará su procedimiento de diseño, así como un prototipo fabricado y la caracterización del mismo. El Capítulo 3 describe los conceptos principales de la optimización de los sistemas ópticos: función de mérito y método de mínimos cuadrados amortiguados. La importancia de un buen punto de partida se demuestra mediante la presentación de un mismo ejemplo visto a través de diferentes enfoques de diseño. El método de las ecuaciones diferenciales se presenta como una herramienta ideal para obtener un buen punto de partida para la solución final. Además, diferentes técnicas de interpolación y representación de superficies asféricas y freeform se presentan para el procedimiento de optimización. El Capítulo 4 describe la aplicación del método de las ecuaciones diferenciales para un diseño de un sistema óptico de una sola superficie freeform. Algunos conceptos básicos de geometría diferencial son presentados para una mejor comprensión de la derivación de las ecuaciones diferenciales parciales. También se presenta un procedimiento de solución numérica. La condición inicial está elegida como un grado de libertad adicional para controlar la superficie donde se forma la imagen. Basado en este enfoque, un diseño anastigmático se puede obtener fácilmente y se utiliza como punto de partida para un ejemplo de diseño de un HMD con una única superficie reflectante. Después de la optimización, dicho diseño muestra mejor rendimiento. El Capítulo 5 describe el método de las ecuaciones diferenciales ampliado para diseños de dos superficies asféricas. Para diseños ópticos de una superficie, ni la superficie de imagen ni la correspondencia entre puntos del objeto y la imagen pueden ser prescritas. Con esta superficie adicional, la superficie de la imagen se puede prescribir. Esto conduce a un conjunto de tres ecuaciones diferenciales ordinarias implícitas. La solución numérica se puede obtener a través de cualquier software de cálculo numérico. Dicho procedimiento también se explica en este capítulo. Este método de diseño da como resultado una lente anastigmática, que se comparará con una lente aplanática. El diseño anastigmático converge mucho más rápido en la optimización y la solución final muestra un mejor rendimiento. ABSTRACT We will consider optical design from two points of view: imaging optics and nonimaging optics. Imaging optics focuses on the imaging of the points of the object. Nonimaging optics arose from the development of concentrators and illuminators, focuses on the transfer of light energy, and has wide applications in illumination and concentration photovoltaics. In general, compact optical systems are necessary for both imaging and nonimaging designs. For nonimaging optical systems, compact optics use to be important for reducing cost. The reasons are twofold: (1) compact optics is small in volume, which means less material is needed for mass-production; (2) compact optics is small in size and light in weight, which saves cost in transportation. For imaging optical systems, in addition to the above advantages, compact optics increases portability of devices as well, which contributes a lot to wearable display technologies such as Head Mounted Displays (HMD). This thesis presents novel design approaches of compact optical systems for both imaging and nonimaging applications. Collimator is a typical application of nonimaging optics in illumination, and can be used in concentration photovoltaics as well due to the reciprocity of light. There are several approaches for collimator designs. In general, all of these approaches have an aperture diameter to collimator height not greater than 2. In order to reduce the height of the collimator while maintaining the illumination area, a multichannel design is presented in this thesis. In imaging optics, aspheric and freeform surfaces are useful in controlling image aberrations and reducing the number and size of optical elements. Due to the rapid development of digital computing systems, ray tracing can be easily performed to evaluate the performance of optical system. This has led to the modern optical designs created by using different multi-parametric optimization techniques. These techniques require a good initial design to be a starting point so that the final design after optimization procedure can reach the optimum solution. This requires a direct design method for aspheric and freeform surface close to the optimum. A differential equation based design method is presented in this thesis to obtain single freeform and double aspheric surfaces. The thesis comprises of five chapters. In Chapter 1, basic concepts of imaging and nonimaging optics are presented and typical design techniques are introduced. Readers can obtain an understanding for the following chapters. Chapter 2 describes the design of ultra-compact collimator. The ultra-low aspect ratio of this collimator is achieved by using a multichannel structure. Its design procedure is presented together with a prototype and its evaluation. The ultra-compactness of the device has been approved. Chapter 3 describes the main concepts of optimizing optical systems: merit function and Damped Least-Squares method. The importance of a good starting point is demonstrated by presenting an example through different design approaches. The differential equation method is introduced as an ideal tool to obtain a good starting point for the final solution. Additionally, different interpolation and representation techniques for aspheric and freeform surface are presented for optimization procedure. Chapter 4 describes the application of differential equation method in the design of single freeform surface optical system. Basic concepts of differential geometry are presented for understanding the derivation of partial differential equations. A numerical solution procedure is also presented. The initial condition is chosen as an additional freedom to control the image surface. Based on this approach, anastigmatic designs can be readily obtained and is used as starting point for a single reflective surface HMD design example. After optimization, the evaluation shows better MTF. Chapter 5 describes the differential equation method extended to double aspheric surface designs. For single optical surface designs, neither image surface nor the mapping from object to image can be prescribed. With one more surface added, the image surface can be prescribed. This leads to a set of three implicit ordinary differential equations. Numerical solution can be obtained by MATLAB and its procedure is also explained. An anastigmatic lens is derived from this design method and compared with an aplanatic lens. The anastigmatic design converges much faster in optimization and the final solution shows better performance.

Agreement Abstractions in Anonymous and Homonymous Distributed Systems Prone to Failures

The distributed computing models typically assume every process in the system has a distinct identifier (ID) or each process is programmed differently, which is named as eponymous system. In such kind of distributed systems, the unique ID is helpful to solve problems: it can be incorporated into messages to make them trackable (i.e., to or from which process they are sent) to facilitate the message transmission; several problems (leader election, consensus, etc.) can be solved without the information of network property in priori if processes have unique IDs; messages in the register of one process will not be overwritten by others process if this process announces; it is useful to break the symmetry. Hence, eponymous systems have influenced the distributed computing community significantly either in theory or in practice. However, every thing in the world has its own two sides. The unique ID also has disadvantages: it can leak information of the network(size); processes in the system have no privacy; assign unique ID is costly in bulk-production(e.g, sensors). Hence, homonymous system is appeared. If some processes share the same ID and programmed identically is called homonymous system. Furthermore, if all processes shared the same ID or have no ID is named as anonymous system. In homonymous or anonymous distributed systems, the symmetry problem (i.e., how to distinguish messages sent from which process) is the main obstacle in the design of algorithms. This thesis is aimed to propose different symmetry break methods (e.g., random function, counting technique, etc.) to solve agreement problem. Agreement is a fundamental problem in distributed computing including a family of abstractions. In this thesis, we mainly focus on the design of consensus, set agreement, broadcast algorithms in anonymous and homonymous distributed systems. Firstly, the fault-tolerant broadcast abstraction is studied in anonymous systems with reliable or fair lossy communication channels separately. Two classes of anonymous failure detectors AΘ and AP∗ are proposed, and both of them together with a already proposed failure detector ψ are implemented and used to enrich the system model to implement broadcast abstraction. Then, in the study of the consensus abstraction, it is proved the AΩ′ failure detector class is strictly weaker than AΩ and AΩ′ is implementable. The first implementation of consensus in anonymous asynchronous distributed systems augmented with AΩ′ and where a majority of processes does not crash. Finally, a general consensus problem– k-set agreement is researched and the weakest failure detector L used to solve it, in asynchronous message passing systems where processes may crash and recover, with homonyms (i.e., processes may have equal identities), and without a complete initial knowledge of the membership.

Engineering Computational Emotion - A Reference Model for Emotion in Artificial Systems

Emotion is generally argued to be an influence on the behavior of life systems, largely concerning flexibility and adaptivity. The way in which life systems acts in response to a particular situations of the environment, has revealed the decisive and crucial importance of this feature in the success of behaviors. And this source of inspiration has influenced the way of thinking artificial systems. During the last decades, artificial systems have undergone such an evolution that each day more are integrated in our daily life. They have become greater in complexity, and the subsequent effects are related to an increased demand of systems that ensure resilience, robustness, availability, security or safety among others. All of them questions that raise quite a fundamental challenges in control design. This thesis has been developed under the framework of the Autonomous System project, a.k.a the ASys-Project. Short-term objectives of immediate application are focused on to design improved systems, and the approaching of intelligence in control strategies. Besides this, long-term objectives underlying ASys-Project concentrate on high order capabilities such as cognition, awareness and autonomy. This thesis is placed within the general fields of Engineery and Emotion science, and provides a theoretical foundation for engineering and designing computational emotion for artificial systems. The starting question that has grounded this thesis aims the problem of emotion--based autonomy. And how to feedback systems with valuable meaning has conformed the general objective. Both the starting question and the general objective, have underlaid the study of emotion, the influence on systems behavior, the key foundations that justify this feature in life systems, how emotion is integrated within the normal operation, and how this entire problem of emotion can be explained in artificial systems. By assuming essential differences concerning structure, purpose and operation between life and artificial systems, the essential motivation has been the exploration of what emotion solves in nature to afterwards analyze analogies for man--made systems. This work provides a reference model in which a collection of entities, relationships, models, functions and informational artifacts, are all interacting to provide the system with non-explicit knowledge under the form of emotion-like relevances. This solution aims to provide a reference model under which to design solutions for emotional operation, but related to the real needs of artificial systems. The proposal consists of a multi-purpose architecture that implement two broad modules in order to attend: (a) the range of processes related to the environment affectation, and (b) the range or processes related to the emotion perception-like and the higher levels of reasoning. This has required an intense and critical analysis beyond the state of the art around the most relevant theories of emotion and technical systems, in order to obtain the required support for those foundations that sustain each model. The problem has been interpreted and is described on the basis of AGSys, an agent assumed with the minimum rationality as to provide the capability to perform emotional assessment. AGSys is a conceptualization of a Model-based Cognitive agent that embodies an inner agent ESys, the responsible of performing the emotional operation inside of AGSys. The solution consists of multiple computational modules working federated, and aimed at conforming a mutual feedback loop between AGSys and ESys. Throughout this solution, the environment and the effects that might influence over the system are described as different problems. While AGSys operates as a common system within the external environment, ESys is designed to operate within a conceptualized inner environment. And this inner environment is built on the basis of those relevances that might occur inside of AGSys in the interaction with the external environment. This allows for a high-quality separate reasoning concerning mission goals defined in AGSys, and emotional goals defined in ESys. This way, it is provided a possible path for high-level reasoning under the influence of goals congruence. High-level reasoning model uses knowledge about emotional goals stability, letting this way new directions in which mission goals might be assessed under the situational state of this stability. This high-level reasoning is grounded by the work of MEP, a model of emotion perception that is thought as an analogy of a well-known theory in emotion science. The work of this model is described under the operation of a recursive-like process labeled as R-Loop, together with a system of emotional goals that are assumed as individual agents. This way, AGSys integrates knowledge that concerns the relation between a perceived object, and the effect which this perception induces on the situational state of the emotional goals. This knowledge enables a high-order system of information that provides the sustain for a high-level reasoning. The extent to which this reasoning might be approached is just delineated and assumed as future work. This thesis has been studied beyond a long range of fields of knowledge. This knowledge can be structured into two main objectives: (a) the fields of psychology, cognitive science, neurology and biological sciences in order to obtain understanding concerning the problem of the emotional phenomena, and (b) a large amount of computer science branches such as Autonomic Computing (AC), Self-adaptive software, Self-X systems, Model Integrated Computing (MIC) or the paradigm of models@runtime among others, in order to obtain knowledge about tools for designing each part of the solution. The final approach has been mainly performed on the basis of the entire acquired knowledge, and described under the fields of Artificial Intelligence, Model-Based Systems (MBS), and additional mathematical formalizations to provide punctual understanding in those cases that it has been required. This approach describes a reference model to feedback systems with valuable meaning, allowing for reasoning with regard to (a) the relationship between the environment and the relevance of the effects on the system, and (b) dynamical evaluations concerning the inner situational state of the system as a result of those effects. And this reasoning provides a framework of distinguishable states of AGSys derived from its own circumstances, that can be assumed as artificial emotion.

Autonomous classification models in ubiquitous environments

Stream-mining approach is defined as a set of cutting-edge techniques designed to process streams of data in real time, in order to extract knowledge. In the particular case of classification, stream-mining has to adapt its behaviour to the volatile underlying data distributions, what has been called concept drift. Moreover, it is important to note that concept drift may lead to situations where predictive models become invalid and have therefore to be updated to represent the actual concepts that data poses. In this context, there is a specific type of concept drift, known as recurrent concept drift, where the concepts represented by data have already appeared in the past. In those cases the learning process could be saved or at least minimized by applying a previously trained model. This could be extremely useful in ubiquitous environments that are characterized by the existence of resource constrained devices. To deal with the aforementioned scenario, meta-models can be used in the process of enhancing the drift detection mechanisms used by data stream algorithms, by representing and predicting when the change will occur. There are some real-world situations where a concept reappears, as in the case of intrusion detection systems (IDS), where the same incidents or an adaptation of them usually reappear over time. In these environments the early prediction of drift by means of a better knowledge of past models can help to anticipate to the change, thus improving efficiency of the model regarding the training instances needed. By means of using meta-models as a recurrent drift detection mechanism, the ability to share concepts representations among different data mining processes is open. That kind of exchanges could improve the accuracy of the resultant local model as such model may benefit from patterns similar to the local concept that were observed in other scenarios, but not yet locally. This would also improve the efficiency of training instances used during the classification process, as long as the exchange of models would aid in the application of already trained recurrent models, that have been previously seen by any of the collaborative devices. Which it is to say that the scope of recurrence detection and representation is broaden. In fact the detection, representation and exchange of concept drift patterns would be extremely useful for the law enforcement activities fighting against cyber crime. Being the information exchange one of the main pillars of cooperation, national units would benefit from the experience and knowledge gained by third parties. Moreover, in the specific scope of critical infrastructures protection it is crucial to count with information exchange mechanisms, both from a strategical and technical scope. The exchange of concept drift detection schemes in cyber security environments would aid in the process of preventing, detecting and effectively responding to threads in cyber space. Furthermore, as a complement of meta-models, a mechanism to assess the similarity between classification models is also needed when dealing with recurrent concepts. In this context, when reusing a previously trained model a rough comparison between concepts is usually made, applying boolean logic. The introduction of fuzzy logic comparisons between models could lead to a better efficient reuse of previously seen concepts, by applying not just equal models, but also similar ones. This work faces the aforementioned open issues by means of: the MMPRec system, that integrates a meta-model mechanism and a fuzzy similarity function; a collaborative environment to share meta-models between different devices; a recurrent drift generator that allows to test the usefulness of recurrent drift systems, as it is the case of MMPRec. Moreover, this thesis presents an experimental validation of the proposed contributions using synthetic and real datasets.

Optimizing the reliability and resource efficiency of MapReduce-based systems

Debido al gran incremento de datos digitales que ha tenido lugar en los últimos años, ha surgido un nuevo paradigma de computación paralela para el procesamiento eficiente de grandes volúmenes de datos. Muchos de los sistemas basados en este paradigma, también llamados sistemas de computación intensiva de datos, siguen el modelo de programación de Google MapReduce. La principal ventaja de los sistemas MapReduce es que se basan en la idea de enviar la computación donde residen los datos, tratando de proporcionar escalabilidad y eficiencia. En escenarios libres de fallo, estos sistemas generalmente logran buenos resultados. Sin embargo, la mayoría de escenarios donde se utilizan, se caracterizan por la existencia de fallos. Por tanto, estas plataformas suelen incorporar características de tolerancia a fallos y fiabilidad. Por otro lado, es reconocido que las mejoras en confiabilidad vienen asociadas a costes adicionales en recursos. Esto es razonable y los proveedores que ofrecen este tipo de infraestructuras son conscientes de ello. No obstante, no todos los enfoques proporcionan la misma solución de compromiso entre las capacidades de tolerancia a fallo (o de manera general, las capacidades de fiabilidad) y su coste. Esta tesis ha tratado la problemática de la coexistencia entre fiabilidad y eficiencia de los recursos en los sistemas basados en el paradigma MapReduce, a través de metodologías que introducen el mínimo coste, garantizando un nivel adecuado de fiabilidad. Para lograr esto, se ha propuesto: (i) la formalización de una abstracción de detección de fallos; (ii) una solución alternativa a los puntos únicos de fallo de estas plataformas, y, finalmente, (iii) un nuevo sistema de asignación de recursos basado en retroalimentación a nivel de contenedores. Estas contribuciones genéricas han sido evaluadas tomando como referencia la arquitectura Hadoop YARN, que, hoy en día, es la plataforma de referencia en la comunidad de los sistemas de computación intensiva de datos. En la tesis se demuestra cómo todas las contribuciones de la misma superan a Hadoop YARN tanto en fiabilidad como en eficiencia de los recursos utilizados. ABSTRACT Due to the increase of huge data volumes, a new parallel computing paradigm to process big data in an efficient way has arisen. Many of these systems, called dataintensive computing systems, follow the Google MapReduce programming model. The main advantage of these systems is based on the idea of sending the computation where the data resides, trying to provide scalability and efficiency. In failure-free scenarios, these frameworks usually achieve good results. However, these ones are not realistic scenarios. Consequently, these frameworks exhibit some fault tolerance and dependability techniques as built-in features. On the other hand, dependability improvements are known to imply additional resource costs. This is reasonable and providers offering these infrastructures are aware of this. Nevertheless, not all the approaches provide the same tradeoff between fault tolerant capabilities (or more generally, reliability capabilities) and cost. In this thesis, we have addressed the coexistence between reliability and resource efficiency in MapReduce-based systems, looking for methodologies that introduce the minimal cost and guarantee an appropriate level of reliability. In order to achieve this, we have proposed: (i) a formalization of a failure detector abstraction; (ii) an alternative solution to single points of failure of these frameworks, and finally (iii) a novel feedback-based resource allocation system at the container level. Finally, our generic contributions have been instantiated for the Hadoop YARN architecture, which is the state-of-the-art framework in the data-intensive computing systems community nowadays. The thesis demonstrates how all our approaches outperform Hadoop YARN in terms of reliability and resource efficiency.

Comparison of Architectures and Performance of Database Replication Systems

One of the most demanding needs in cloud computing and big data is that of having scalable and highly available databases. One of the ways to attend these needs is to leverage the scalable replication techniques developed in the last decade. These techniques allow increasing both the availability and scalability of databases. Many replication protocols have been proposed during the last decade. The main research challenge was how to scale under the eager replication model, the one that provides consistency across replicas. This thesis provides an in depth study of three eager database replication systems based on relational systems: Middle-R, C-JDBC and MySQL Cluster and three systems based on In-Memory Data Grids: JBoss Data Grid, Oracle Coherence and Terracotta Ehcache. Thesis explore these systems based on their architecture, replication protocols, fault tolerance and various other functionalities. It also provides experimental analysis of these systems using state-of-the art benchmarks: TPC-C and TPC-W (for relational systems) and Yahoo! Cloud Serving Benchmark (In- Memory Data Grids). Thesis also discusses three Graph Databases, Neo4j, Titan and Sparksee based on their architecture and transactional capabilities and highlights the weaker transactional consistencies provided by these systems. It discusses an implementation of snapshot isolation in Neo4j graph database to provide stronger isolation guarantees for transactions.

Parametric and structural self-adaptation of embedded systems using evolvable hardware

Los sistemas empotrados han sido concebidos tradicionalmente como sistemas de procesamiento específicos que realizan una tarea fija durante toda su vida útil. Para cumplir con requisitos estrictos de coste, tamaño y peso, el equipo de diseño debe optimizar su funcionamiento para condiciones muy específicas. Sin embargo, la demanda de mayor versatilidad, un funcionamiento más inteligente y, en definitiva, una mayor capacidad de procesamiento comenzaron a chocar con estas limitaciones, agravado por la incertidumbre asociada a entornos de operación cada vez más dinámicos donde comenzaban a ser desplegados progresivamente. Esto trajo como resultado una necesidad creciente de que los sistemas pudieran responder por si solos a eventos inesperados en tiempo diseño tales como: cambios en las características de los datos de entrada y el entorno del sistema en general; cambios en la propia plataforma de cómputo, por ejemplo debido a fallos o defectos de fabricación; y cambios en las propias especificaciones funcionales causados por unos objetivos del sistema dinámicos y cambiantes. Como consecuencia, la complejidad del sistema aumenta, pero a cambio se habilita progresivamente una capacidad de adaptación autónoma sin intervención humana a lo largo de la vida útil, permitiendo que tomen sus propias decisiones en tiempo de ejecución. Éstos sistemas se conocen, en general, como sistemas auto-adaptativos y tienen, entre otras características, las de auto-configuración, auto-optimización y auto-reparación. Típicamente, la parte soft de un sistema es mayoritariamente la única utilizada para proporcionar algunas capacidades de adaptación a un sistema. Sin embargo, la proporción rendimiento/potencia en dispositivos software como microprocesadores en muchas ocasiones no es adecuada para sistemas empotrados. En este escenario, el aumento resultante en la complejidad de las aplicaciones está siendo abordado parcialmente mediante un aumento en la complejidad de los dispositivos en forma de multi/many-cores; pero desafortunadamente, esto hace que el consumo de potencia también aumente. Además, la mejora en metodologías de diseño no ha sido acorde como para poder utilizar toda la capacidad de cómputo disponible proporcionada por los núcleos. Por todo ello, no se están satisfaciendo adecuadamente las demandas de cómputo que imponen las nuevas aplicaciones. La solución tradicional para mejorar la proporción rendimiento/potencia ha sido el cambio a unas especificaciones hardware, principalmente usando ASICs. Sin embargo, los costes de un ASIC son altamente prohibitivos excepto en algunos casos de producción en masa y además la naturaleza estática de su estructura complica la solución a las necesidades de adaptación. Los avances en tecnologías de fabricación han hecho que la FPGA, una vez lenta y pequeña, usada como glue logic en sistemas mayores, haya crecido hasta convertirse en un dispositivo de cómputo reconfigurable de gran potencia, con una cantidad enorme de recursos lógicos computacionales y cores hardware empotrados de procesamiento de señal y de propósito general. Sus capacidades de reconfiguración han permitido combinar la flexibilidad propia del software con el rendimiento del procesamiento en hardware, lo que tiene la potencialidad de provocar un cambio de paradigma en arquitectura de computadores, pues el hardware no puede ya ser considerado más como estático. El motivo es que como en el caso de las FPGAs basadas en tecnología SRAM, la reconfiguración parcial dinámica (DPR, Dynamic Partial Reconfiguration) es posible. Esto significa que se puede modificar (reconfigurar) un subconjunto de los recursos computacionales en tiempo de ejecución mientras el resto permanecen activos. Además, este proceso de reconfiguración puede ser ejecutado internamente por el propio dispositivo. El avance tecnológico en dispositivos hardware reconfigurables se encuentra recogido bajo el campo conocido como Computación Reconfigurable (RC, Reconfigurable Computing). Uno de los campos de aplicación más exóticos y menos convencionales que ha posibilitado la computación reconfigurable es el conocido como Hardware Evolutivo (EHW, Evolvable Hardware), en el cual se encuentra enmarcada esta tesis. La idea principal del concepto consiste en convertir hardware que es adaptable a través de reconfiguración en una entidad evolutiva sujeta a las fuerzas de un proceso evolutivo inspirado en el de las especies biológicas naturales, que guía la dirección del cambio. Es una aplicación más del campo de la Computación Evolutiva (EC, Evolutionary Computation), que comprende una serie de algoritmos de optimización global conocidos como Algoritmos Evolutivos (EA, Evolutionary Algorithms), y que son considerados como algoritmos universales de resolución de problemas. En analogía al proceso biológico de la evolución, en el hardware evolutivo el sujeto de la evolución es una población de circuitos que intenta adaptarse a su entorno mediante una adecuación progresiva generación tras generación. Los individuos pasan a ser configuraciones de circuitos en forma de bitstreams caracterizados por descripciones de circuitos reconfigurables. Seleccionando aquellos que se comportan mejor, es decir, que tienen una mejor adecuación (o fitness) después de ser evaluados, y usándolos como padres de la siguiente generación, el algoritmo evolutivo crea una nueva población hija usando operadores genéticos como la mutación y la recombinación. Según se van sucediendo generaciones, se espera que la población en conjunto se aproxime a la solución óptima al problema de encontrar una configuración del circuito adecuada que satisfaga las especificaciones. El estado de la tecnología de reconfiguración después de que la familia de FPGAs XC6200 de Xilinx fuera retirada y reemplazada por las familias Virtex a finales de los 90, supuso un gran obstáculo para el avance en hardware evolutivo; formatos de bitstream cerrados (no conocidos públicamente); dependencia de herramientas del fabricante con soporte limitado de DPR; una velocidad de reconfiguración lenta; y el hecho de que modificaciones aleatorias del bitstream pudieran resultar peligrosas para la integridad del dispositivo, son algunas de estas razones. Sin embargo, una propuesta a principios de los años 2000 permitió mantener la investigación en el campo mientras la tecnología de DPR continuaba madurando, el Circuito Virtual Reconfigurable (VRC, Virtual Reconfigurable Circuit). En esencia, un VRC en una FPGA es una capa virtual que actúa como un circuito reconfigurable de aplicación específica sobre la estructura nativa de la FPGA que reduce la complejidad del proceso reconfiguración y aumenta su velocidad (comparada con la reconfiguración nativa). Es un array de nodos computacionales especificados usando descripciones HDL estándar que define recursos reconfigurables ad-hoc: multiplexores de rutado y un conjunto de elementos de procesamiento configurables, cada uno de los cuales tiene implementadas todas las funciones requeridas, que pueden seleccionarse a través de multiplexores tal y como ocurre en una ALU de un microprocesador. Un registro grande actúa como memoria de configuración, por lo que la reconfiguración del VRC es muy rápida ya que tan sólo implica la escritura de este registro, el cual controla las señales de selección del conjunto de multiplexores. Sin embargo, esta capa virtual provoca: un incremento de área debido a la implementación simultánea de cada función en cada nodo del array más los multiplexores y un aumento del retardo debido a los multiplexores, reduciendo la frecuencia de funcionamiento máxima. La naturaleza del hardware evolutivo, capaz de optimizar su propio comportamiento computacional, le convierten en un buen candidato para avanzar en la investigación sobre sistemas auto-adaptativos. Combinar un sustrato de cómputo auto-reconfigurable capaz de ser modificado dinámicamente en tiempo de ejecución con un algoritmo empotrado que proporcione una dirección de cambio, puede ayudar a satisfacer los requisitos de adaptación autónoma de sistemas empotrados basados en FPGA. La propuesta principal de esta tesis está por tanto dirigida a contribuir a la auto-adaptación del hardware de procesamiento de sistemas empotrados basados en FPGA mediante hardware evolutivo. Esto se ha abordado considerando que el comportamiento computacional de un sistema puede ser modificado cambiando cualquiera de sus dos partes constitutivas: una estructura hard subyacente y un conjunto de parámetros soft. De esta distinción, se derivan dos lineas de trabajo. Por un lado, auto-adaptación paramétrica, y por otro auto-adaptación estructural. El objetivo perseguido en el caso de la auto-adaptación paramétrica es la implementación de técnicas de optimización evolutiva complejas en sistemas empotrados con recursos limitados para la adaptación paramétrica online de circuitos de procesamiento de señal. La aplicación seleccionada como prueba de concepto es la optimización para tipos muy específicos de imágenes de los coeficientes de los filtros de transformadas wavelet discretas (DWT, DiscreteWavelet Transform), orientada a la compresión de imágenes. Por tanto, el objetivo requerido de la evolución es una compresión adaptativa y más eficiente comparada con los procedimientos estándar. El principal reto radica en reducir la necesidad de recursos de supercomputación para el proceso de optimización propuesto en trabajos previos, de modo que se adecúe para la ejecución en sistemas empotrados. En cuanto a la auto-adaptación estructural, el objetivo de la tesis es la implementación de circuitos auto-adaptativos en sistemas evolutivos basados en FPGA mediante un uso eficiente de sus capacidades de reconfiguración nativas. En este caso, la prueba de concepto es la evolución de tareas de procesamiento de imagen tales como el filtrado de tipos desconocidos y cambiantes de ruido y la detección de bordes en la imagen. En general, el objetivo es la evolución en tiempo de ejecución de tareas de procesamiento de imagen desconocidas en tiempo de diseño (dentro de un cierto grado de complejidad). En este caso, el objetivo de la propuesta es la incorporación de DPR en EHW para evolucionar la arquitectura de un array sistólico adaptable mediante reconfiguración cuya capacidad de evolución no había sido estudiada previamente. Para conseguir los dos objetivos mencionados, esta tesis propone originalmente una plataforma evolutiva que integra un motor de adaptación (AE, Adaptation Engine), un motor de reconfiguración (RE, Reconfiguration Engine) y un motor computacional (CE, Computing Engine) adaptable. El el caso de adaptación paramétrica, la plataforma propuesta está caracterizada por: • un CE caracterizado por un núcleo de procesamiento hardware de DWT adaptable mediante registros reconfigurables que contienen los coeficientes de los filtros wavelet • un algoritmo evolutivo como AE que busca filtros wavelet candidatos a través de un proceso de optimización paramétrica desarrollado específicamente para sistemas caracterizados por recursos de procesamiento limitados • un nuevo operador de mutación simplificado para el algoritmo evolutivo utilizado, que junto con un mecanismo de evaluación rápida de filtros wavelet candidatos derivado de la literatura actual, asegura la viabilidad de la búsqueda evolutiva asociada a la adaptación de wavelets. En el caso de adaptación estructural, la plataforma propuesta toma la forma de: • un CE basado en una plantilla de array sistólico reconfigurable de 2 dimensiones compuesto de nodos de procesamiento reconfigurables • un algoritmo evolutivo como AE que busca configuraciones candidatas del array usando un conjunto de funcionalidades de procesamiento para los nodos disponible en una biblioteca accesible en tiempo de ejecución • un RE hardware que explota la capacidad de reconfiguración nativa de las FPGAs haciendo un uso eficiente de los recursos reconfigurables del dispositivo para cambiar el comportamiento del CE en tiempo de ejecución • una biblioteca de elementos de procesamiento reconfigurables caracterizada por bitstreams parciales independientes de la posición, usados como el conjunto de configuraciones disponibles para los nodos de procesamiento del array Las contribuciones principales de esta tesis se pueden resumir en la siguiente lista: • Una plataforma evolutiva basada en FPGA para la auto-adaptación paramétrica y estructural de sistemas empotrados compuesta por un motor computacional (CE), un motor de adaptación (AE) evolutivo y un motor de reconfiguración (RE). Esta plataforma se ha desarrollado y particularizado para los casos de auto-adaptación paramétrica y estructural. • En cuanto a la auto-adaptación paramétrica, las contribuciones principales son: – Un motor computacional adaptable mediante registros que permite la adaptación paramétrica de los coeficientes de una implementación hardware adaptativa de un núcleo de DWT. – Un motor de adaptación basado en un algoritmo evolutivo desarrollado específicamente para optimización numérica, aplicada a los coeficientes de filtros wavelet en sistemas empotrados con recursos limitados. – Un núcleo IP de DWT auto-adaptativo en tiempo de ejecución para sistemas empotrados que permite la optimización online del rendimiento de la transformada para compresión de imágenes en entornos específicos de despliegue, caracterizados por tipos diferentes de señal de entrada. – Un modelo software y una implementación hardware de una herramienta para la construcción evolutiva automática de transformadas wavelet específicas. • Por último, en cuanto a la auto-adaptación estructural, las contribuciones principales son: – Un motor computacional adaptable mediante reconfiguración nativa de FPGAs caracterizado por una plantilla de array sistólico en dos dimensiones de nodos de procesamiento reconfigurables. Es posible mapear diferentes tareas de cómputo en el array usando una biblioteca de elementos sencillos de procesamiento reconfigurables. – Definición de una biblioteca de elementos de procesamiento apropiada para la síntesis autónoma en tiempo de ejecución de diferentes tareas de procesamiento de imagen. – Incorporación eficiente de la reconfiguración parcial dinámica (DPR) en sistemas de hardware evolutivo, superando los principales inconvenientes de propuestas previas como los circuitos reconfigurables virtuales (VRCs). En este trabajo también se comparan originalmente los detalles de implementación de ambas propuestas. – Una plataforma tolerante a fallos, auto-curativa, que permite la recuperación funcional online en entornos peligrosos. La plataforma ha sido caracterizada desde una perspectiva de tolerancia a fallos: se proponen modelos de fallo a nivel de CLB y de elemento de procesamiento, y usando el motor de reconfiguración, se hace un análisis sistemático de fallos para un fallo en cada elemento de procesamiento y para dos fallos acumulados. – Una plataforma con calidad de filtrado dinámica que permite la adaptación online a tipos de ruido diferentes y diferentes comportamientos computacionales teniendo en cuenta los recursos de procesamiento disponibles. Por un lado, se evolucionan filtros con comportamientos no destructivos, que permiten esquemas de filtrado en cascada escalables; y por otro, también se evolucionan filtros escalables teniendo en cuenta requisitos computacionales de filtrado cambiantes dinámicamente. Este documento está organizado en cuatro partes y nueve capítulos. La primera parte contiene el capítulo 1, una introducción y motivación sobre este trabajo de tesis. A continuación, el marco de referencia en el que se enmarca esta tesis se analiza en la segunda parte: el capítulo 2 contiene una introducción a los conceptos de auto-adaptación y computación autonómica (autonomic computing) como un campo de investigación más general que el muy específico de este trabajo; el capítulo 3 introduce la computación evolutiva como la técnica para dirigir la adaptación; el capítulo 4 analiza las plataformas de computación reconfigurables como la tecnología para albergar hardware auto-adaptativo; y finalmente, el capítulo 5 define, clasifica y hace un sondeo del campo del hardware evolutivo. Seguidamente, la tercera parte de este trabajo contiene la propuesta, desarrollo y resultados obtenidos: mientras que el capítulo 6 contiene una declaración de los objetivos de la tesis y la descripción de la propuesta en su conjunto, los capítulos 7 y 8 abordan la auto-adaptación paramétrica y estructural, respectivamente. Finalmente, el capítulo 9 de la parte 4 concluye el trabajo y describe caminos de investigación futuros. ABSTRACT Embedded systems have traditionally been conceived to be specific-purpose computers with one, fixed computational task for their whole lifetime. Stringent requirements in terms of cost, size and weight forced designers to highly optimise their operation for very specific conditions. However, demands for versatility, more intelligent behaviour and, in summary, an increased computing capability began to clash with these limitations, intensified by the uncertainty associated to the more dynamic operating environments where they were progressively being deployed. This brought as a result an increasing need for systems to respond by themselves to unexpected events at design time, such as: changes in input data characteristics and system environment in general; changes in the computing platform itself, e.g., due to faults and fabrication defects; and changes in functional specifications caused by dynamically changing system objectives. As a consequence, systems complexity is increasing, but in turn, autonomous lifetime adaptation without human intervention is being progressively enabled, allowing them to take their own decisions at run-time. This type of systems is known, in general, as selfadaptive, and are able, among others, of self-configuration, self-optimisation and self-repair. Traditionally, the soft part of a system has mostly been so far the only place to provide systems with some degree of adaptation capabilities. However, the performance to power ratios of software driven devices like microprocessors are not adequate for embedded systems in many situations. In this scenario, the resulting rise in applications complexity is being partly addressed by rising devices complexity in the form of multi and many core devices; but sadly, this keeps on increasing power consumption. Besides, design methodologies have not been improved accordingly to completely leverage the available computational power from all these cores. Altogether, these factors make that the computing demands new applications pose are not being wholly satisfied. The traditional solution to improve performance to power ratios has been the switch to hardware driven specifications, mainly using ASICs. However, their costs are highly prohibitive except for some mass production cases and besidesthe static nature of its structure complicates the solution to the adaptation needs. The advancements in fabrication technologies have made that the once slow, small FPGA used as glue logic in bigger systems, had grown to be a very powerful, reconfigurable computing device with a vast amount of computational logic resources and embedded, hardened signal and general purpose processing cores. Its reconfiguration capabilities have enabled software-like flexibility to be combined with hardware-like computing performance, which has the potential to cause a paradigm shift in computer architecture since hardware cannot be considered as static anymore. This is so, since, as is the case with SRAMbased FPGAs, Dynamic Partial Reconfiguration (DPR) is possible. This means that subsets of the FPGA computational resources can now be changed (reconfigured) at run-time while the rest remains active. Besides, this reconfiguration process can be triggered internally by the device itself. This technological boost in reconfigurable hardware devices is actually covered under the field known as Reconfigurable Computing. One of the most exotic fields of application that Reconfigurable Computing has enabled is the known as Evolvable Hardware (EHW), in which this dissertation is framed. The main idea behind the concept is turning hardware that is adaptable through reconfiguration into an evolvable entity subject to the forces of an evolutionary process, inspired by that of natural, biological species, that guides the direction of change. It is yet another application of the field of Evolutionary Computation (EC), which comprises a set of global optimisation algorithms known as Evolutionary Algorithms (EAs), considered as universal problem solvers. In analogy to the biological process of evolution, in EHW the subject of evolution is a population of circuits that tries to get adapted to its surrounding environment by progressively getting better fitted to it generation after generation. Individuals become circuit configurations representing bitstreams that feature reconfigurable circuit descriptions. By selecting those that behave better, i.e., with a higher fitness value after being evaluated, and using them as parents of the following generation, the EA creates a new offspring population by using so called genetic operators like mutation and recombination. As generations succeed one another, the whole population is expected to approach to the optimum solution to the problem of finding an adequate circuit configuration that fulfils system objectives. The state of reconfiguration technology after Xilinx XC6200 FPGA family was discontinued and replaced by Virtex families in the late 90s, was a major obstacle for advancements in EHW; closed (non publicly known) bitstream formats; dependence on manufacturer tools with highly limiting support of DPR; slow speed of reconfiguration; and random bitstream modifications being potentially hazardous for device integrity, are some of these reasons. However, a proposal in the first 2000s allowed to keep investigating in this field while DPR technology kept maturing, the Virtual Reconfigurable Circuit (VRC). In essence, a VRC in an FPGA is a virtual layer acting as an application specific reconfigurable circuit on top of an FPGA fabric that reduces the complexity of the reconfiguration process and increases its speed (compared to native reconfiguration). It is an array of computational nodes specified using standard HDL descriptions that define ad-hoc reconfigurable resources; routing multiplexers and a set of configurable processing elements, each one containing all the required functions, which are selectable through functionality multiplexers as in microprocessor ALUs. A large register acts as configuration memory, so VRC reconfiguration is very fast given it only involves writing this register, which drives the selection signals of the set of multiplexers. However, large overheads are introduced by this virtual layer; an area overhead due to the simultaneous implementation of every function in every node of the array plus the multiplexers, and a delay overhead due to the multiplexers, which also reduces maximum frequency of operation. The very nature of Evolvable Hardware, able to optimise its own computational behaviour, makes it a good candidate to advance research in self-adaptive systems. Combining a selfreconfigurable computing substrate able to be dynamically changed at run-time with an embedded algorithm that provides a direction for change, can help fulfilling requirements for autonomous lifetime adaptation of FPGA-based embedded systems. The main proposal of this thesis is hence directed to contribute to autonomous self-adaptation of the underlying computational hardware of FPGA-based embedded systems by means of Evolvable Hardware. This is tackled by considering that the computational behaviour of a system can be modified by changing any of its two constituent parts: an underlying hard structure and a set of soft parameters. Two main lines of work derive from this distinction. On one side, parametric self-adaptation and, on the other side, structural self-adaptation. The goal pursued in the case of parametric self-adaptation is the implementation of complex evolutionary optimisation techniques in resource constrained embedded systems for online parameter adaptation of signal processing circuits. The application selected as proof of concept is the optimisation of Discrete Wavelet Transforms (DWT) filters coefficients for very specific types of images, oriented to image compression. Hence, adaptive and improved compression efficiency, as compared to standard techniques, is the required goal of evolution. The main quest lies in reducing the supercomputing resources reported in previous works for the optimisation process in order to make it suitable for embedded systems. Regarding structural self-adaptation, the thesis goal is the implementation of self-adaptive circuits in FPGA-based evolvable systems through an efficient use of native reconfiguration capabilities. In this case, evolution of image processing tasks such as filtering of unknown and changing types of noise and edge detection are the selected proofs of concept. In general, evolving unknown image processing behaviours (within a certain complexity range) at design time is the required goal. In this case, the mission of the proposal is the incorporation of DPR in EHW to evolve a systolic array architecture adaptable through reconfiguration whose evolvability had not been previously checked. In order to achieve the two stated goals, this thesis originally proposes an evolvable platform that integrates an Adaptation Engine (AE), a Reconfiguration Engine (RE) and an adaptable Computing Engine (CE). In the case of parametric adaptation, the proposed platform is characterised by: • a CE featuring a DWT hardware processing core adaptable through reconfigurable registers that holds wavelet filters coefficients • an evolutionary algorithm as AE that searches for candidate wavelet filters through a parametric optimisation process specifically developed for systems featured by scarce computing resources • a new, simplified mutation operator for the selected EA, that together with a fast evaluation mechanism of candidate wavelet filters derived from existing literature, assures the feasibility of the evolutionary search involved in wavelets adaptation In the case of structural adaptation, the platform proposal takes the form of: • a CE based on a reconfigurable 2D systolic array template composed of reconfigurable processing nodes • an evolutionary algorithm as AE that searches for candidate configurations of the array using a set of computational functionalities for the nodes available in a run time accessible library • a hardware RE that exploits native DPR capabilities of FPGAs and makes an efficient use of the available reconfigurable resources of the device to change the behaviour of the CE at run time • a library of reconfigurable processing elements featured by position-independent partial bitstreams used as the set of available configurations for the processing nodes of the array Main contributions of this thesis can be summarised in the following list. • An FPGA-based evolvable platform for parametric and structural self-adaptation of embedded systems composed of a Computing Engine, an evolutionary Adaptation Engine and a Reconfiguration Engine. This platform is further developed and tailored for both parametric and structural self-adaptation. • Regarding parametric self-adaptation, main contributions are: – A CE adaptable through reconfigurable registers that enables parametric adaptation of the coefficients of an adaptive hardware implementation of a DWT core. – An AE based on an Evolutionary Algorithm specifically developed for numerical optimisation applied to wavelet filter coefficients in resource constrained embedded systems. – A run-time self-adaptive DWT IP core for embedded systems that allows for online optimisation of transform performance for image compression for specific deployment environments characterised by different types of input signals. – A software model and hardware implementation of a tool for the automatic, evolutionary construction of custom wavelet transforms. • Lastly, regarding structural self-adaptation, main contributions are: – A CE adaptable through native FPGA fabric reconfiguration featured by a two dimensional systolic array template of reconfigurable processing nodes. Different processing behaviours can be automatically mapped in the array by using a library of simple reconfigurable processing elements. – Definition of a library of such processing elements suited for autonomous runtime synthesis of different image processing tasks. – Efficient incorporation of DPR in EHW systems, overcoming main drawbacks from the previous approach of virtual reconfigurable circuits. Implementation details for both approaches are also originally compared in this work. – A fault tolerant, self-healing platform that enables online functional recovery in hazardous environments. The platform has been characterised from a fault tolerance perspective: fault models at FPGA CLB level and processing elements level are proposed, and using the RE, a systematic fault analysis for one fault in every processing element and for two accumulated faults is done. – A dynamic filtering quality platform that permits on-line adaptation to different types of noise and different computing behaviours considering the available computing resources. On one side, non-destructive filters are evolved, enabling scalable cascaded filtering schemes; and on the other, size-scalable filters are also evolved considering dynamically changing computational filtering requirements. This dissertation is organized in four parts and nine chapters. First part contains chapter 1, the introduction to and motivation of this PhD work. Following, the reference framework in which this dissertation is framed is analysed in the second part: chapter 2 features an introduction to the notions of self-adaptation and autonomic computing as a more general research field to the very specific one of this work; chapter 3 introduces evolutionary computation as the technique to drive adaptation; chapter 4 analyses platforms for reconfigurable computing as the technology to hold self-adaptive hardware; and finally chapter 5 defines, classifies and surveys the field of Evolvable Hardware. Third part of the work follows, which contains the proposal, development and results obtained: while chapter 6 contains an statement of the thesis goals and the description of the proposal as a whole, chapters 7 and 8 address parametric and structural self-adaptation, respectively. Finally, chapter 9 in part 4 concludes the work and describes future research paths.

Agreement Abstractions in Anonymous and Homonymous Distributed Systems Prone to Failures

The distributed computing models typically assume every process in the system has a distinct identifier (ID) or each process is programmed differently, which is named as eponymous system. In such kind of distributed systems, the unique ID is helpful to solve problems: it can be incorporated into messages to make them trackable (i.e., to or from which process they are sent) to facilitate the message transmission; several problems (leader election, consensus, etc.) can be solved without the information of network property in priori if processes have unique IDs; messages in the register of one process will not be overwritten by others process if this process announces; it is useful to break the symmetry. Hence, eponymous systems have influenced the distributed computing community significantly either in theory or in practice. However, every thing in the world has its own two sides. The unique ID also has disadvantages: it can leak information of the network(size); processes in the system have no privacy; assign unique ID is costly in bulk-production(e.g, sensors). Hence, homonymous system is appeared. If some processes share the same ID and programmed identically is called homonymous system. Furthermore, if all processes shared the same ID or have no ID is named as anonymous system. In homonymous or anonymous distributed systems, the symmetry problem (i.e., how to distinguish messages sent from which process) is the main obstacle in the design of algorithms. This thesis is aimed to propose different symmetry break methods (e.g., random function, counting technique, etc.) to solve agreement problem. Agreement is a fundamental problem in distributed computing including a family of abstractions. In this thesis, we mainly focus on the design of consensus, set agreement, broadcast algorithms in anonymous and homonymous distributed systems. Firstly, the fault-tolerant broadcast abstraction is studied in anonymous systems with reliable or fair lossy communication channels separately. Two classes of anonymous failure detectors AΘ and AP∗ are proposed, and both of them together with a already proposed failure detector ψ are implemented and used to enrich the system model to implement broadcast abstraction. Then, in the study of the consensus abstraction, it is proved the AΩ′ failure detector class is strictly weaker than AΩ and AΩ′ is implementable. The first implementation of consensus in anonymous asynchronous distributed systems augmented with AΩ′ and where a majority of processes does not crash. Finally, a general consensus problem– k-set agreement is researched and the weakest failure detector L used to solve it, in asynchronous message passing systems where processes may crash and recover, with homonyms (i.e., processes may have equal identities), and without a complete initial knowledge of the membership.

New systems of management to improve the health and welfare of rabbits in farm conditions = Nuevos sistemas de cría y manejo para mejorar la salud y bienestar de conejos de granja

El objetivo general de esta Tesis Doctoral fue evaluar nuevos sistemas de alojamiento y cría de conejos de granja, estudiando tanto parámetros comportamentales (experimento 1) como productivos y reproductivos (experimento 3). Además, se evaluaron diferentes técnicas de muestreo con el fin de optimizar el tiempo empleado para el estudio del comportamiento animal (experimento 2). En el experimento 1, se estudió el comportamiento de conejas alojadas en dos tipos de jaulas (TJ), convencionales vs. alternativas con una plataforma elevada, en distintos estados fisiológicos (EF), lactantes y gestantes. Se observó el comportamiento de 12 conejas reproductoras con grabaciones de una duración de 24 h continuas. Independientemente del EF y TJ, las conejas pasaron gran parte de su tiempo sobre el reposapatas (57,7 %, de media). Sin embargo, debido al uso de la plataforma (23,0% del tiempo, de media), las conejas lactantes permanecieron un 36,6 % menos de tiempo (P<0,001) sobre el reposapatas y las gestantes un 27,0% menos (P<0,001) sobre el enrejillado en jaulas alternativas que en convencionales. En las jaulas alternativas, las conejas podían adoptar la postura “levantada”, sin embargo ésta fue observada solamente en conejas gestantes una media de 4,6 veces al día. Las conejas bebieron con mas frecuencia en jaulas convencionales que en alternativas (24,6 vs 19,1 veces al día; P<0,05). Se observó una mayor duración y frecuencia del comportamiento “interactuando con compañeras” en conejas gestantes alojadas en jaulas convencionales (276 s/d y 4,6 veces/d; P<0,05). La frecuencia de “interactuando con gazapos” fue menor en jaulas alternativas que en convencionales (2,4 vs 8,6 veces al día; P<0,01). La hora del día afectó al comportamiento de las conejas, teniendo un comportamiento menos activo durante las horas centrales del día. Durante las horas de oscuridad, las conejas estuvieron más inquietas realizando comportamientos como ‘encabritarse’ o amamantar, coincidiendo éstos en el tiempo en el cual las conejas pasaron más tiempo en la plataforma. Las conejas utilizaron frecuentemente la plataforma, independientemente del estado fisiológico. En la fase de lactación, las conejas utilizaron la plataforma para huir de los intentos de mamar por parte de los gazapos cuando éstas no estaban receptivas. El uso de la plataforma puede dar lugar a problemas higiénicos debidos tanto por la acumulación de heces sobre ella como por la caída de heces y orina sobre los animales que están en la parte inferior. La ausencia de estereotipias por parte de las conejas tanto en jaulas alternativas como en convencionales no sugiere una falta de bienestar debida al sistema de alojamiento. En el experimento 2, se compararon distintos métodos de observación simplificada con respecto un método de referencia usando grabaciones continuas de 24 h para la evaluación del comportamiento de conejas en distintos estados fisiológicos (gestantes y lactantes) alojadas en dos tipos de jaulas (convencionales y alternativas). Se analizaron un total de 576 h de grabaciones continuas de 24 h en 12 conejas reproductoras al final del periodo de lactación y en las mismas conejas después del destete. Los comportamientos observados se clasificaron en tres categorías independientes (localización en la jaula, postura y comportamientos funcionales). Se utilizaron grabaciones continuas de 24 h como método de referencia para validar otros cuatro métodos de observación simplificados, utilizando grabaciones de distinta duración y frecuencia a lo largo del día. Métodos regulares: corto y largo con 2.4 y 8 h de observación respectivamente, y métodos irregulares: corto y largo con 6 y 8 h de observación, respectivamente. Como resultado, se observó que independientemente del sistema de alojamiento, el mejor método para reducir el tiempo de observación necesario para evaluar el comportamiento de conejas reproductoras depende del tipo de variable a estudiar y del estado fisiológico de las conejas. En gestantes, los métodos irregulares no fueron adecuados para estimar comportamientos de larga duración tales como tumbada, sentada, descansando y acicalándose. Sin embargo, en ambos estados fisiológicos, los métodos regulares fueron precisos para los comportamientos de los grupos localización y postura y para comportamientos funcionales de larga duración. Por otro lado, los coeficientes de variación de los comportamientos poco frecuentes realizados principalmente durante el periodo de oscuridad fueron muy altos, y el método irregular largo obtuvo los menores errores de estimación para éstos comportamientos. En el experimento 3, se estudió el efecto de un uso combinado de lactaciones largas (hasta 46 días) con jaulas alternativas sobre los parámetros productivos y reproductivos de 104 conejas y sus camadas durante cinco ciclos reproductivos. La mitad de las conejas fueron alojadas en jaulas polivalentes convencionales (39 cm x 100 cm x 30 cm) y la otra mitad en jaulas polivalentes alternativas (39 cm x 100 cm x 60 cm), con una plataforma elevada. Dentro de cada grupo de alojamiento, la mitad de las conejas se destetaron a 32 días y la otra mitad a 46 días tras el parto. Las lactaciones más largas afectaron negativamente al peso (P<0,001), contenido en grasa y energía (P<0,05) de las conejas al final del periodo de lactación, pero éste efecto disminuyó con el número de partos. La fertilidad, prolificidad y la mortalidad de las conejas no fue afectada por la duración de la lactación. El destete tardío dio lugar a un mayor tamaño y peso de la camada al final del periodo de crecimiento (8,9 y 11,3 %, respectivamente) y a un menor índice de conversión por jaula durante el todo el periodo experimental (13,5 %) con respecto al destete convencional (P<0,001). Éstos resultados fueron paralelos a la menor mortalidad global (12,6 vs 17,6 %; P<0,05) observada en gazapos con destete tardío. Las diferencias en los parámetros productivos con las distintas edades al destete sólo fueron observadas en los ciclos con peor estado sanitario (tercer y quinto ciclo), en los cuales el destete tardío redujo la mortalidad. El tipo de jaula no afectó al peso de la coneja, condición corporal, mortalidad, fertilidad ni tamaño de camada durante los cinco primeros ciclos reproductivos. Sin embargo, el peso de la camada y el índice de conversión a los 21 días de edad fueron 4,2% mayor (P<0,001) y 5,0% menor (P<0,005) en animales alojados en jaulas alternativas que en jaulas convencionales. A día 59 las jaulas alternativas dieron lugar a camadas más pesadas (P<0,01); sin embargo, éste efecto fue influenciado por la densidad alcanzada en cada ciclo, ya que cuando la densidad de los animales fue menor que 40kg/m2 (tercer y quinto ciclo), el efecto del tipo de jaula sobre el peso de la camada no fue significativo. De los resultados obtenidos se puede concluir que el uso combinado de lactaciones más largas y jaulas con mayor superficie disponible con una plataforma elevada podría ser una alternativa para mejorar el bienestar animal en determinadas situaciones productivas. ABSTRACT The general aim of this PhD Thesis was to evaluate new housing and husbandry systems of farmed rabbits, studying behavioral (experiment 1), productive and reproductive (experiment 3) parameters. Moreover, different sampling techniques were evaluated in order to optimize the assessment of rabbit behaviour (experiment 2). In experiment 1, the behaviour of rabbit does housed in two different types of cage (TC), conventional vs. alternative with an elevated platform, at different physiological stages (PS), lactation and gestation was to study. Behavioural observations were carried out on 12 commercial rabbit does using continuous 24 hour video recording. Independently of PS and TC, rabbit does spent most of their time on foot mats (57.7 %, as average). However, due to the use of platforms (23.0% of time, as average), lactating does spent 36.6% less time (P<0.001) on foot mats and gestating does spent 27.0% less (P<0.001) time on wire mesh in alternative cages than in conventional cages. Alternative cages allowed for standing posture but this behaviour was only observed in gestating does (4.6 times a day, as average). Frequency of drinking was higher in conventional than in alternative cages (24.6 vs. 19.1 times a day; P<0.05). Gestating does housed in conventional cages reached the highest duration and frequency of interacting with neighbours (276 s/d and 4.6 times/d; P<0.05). The frequency of interacting with kits was lower in alternative than in conventional cages (2.4 vs. 8.6 times a day; P<0.01). Does’ behaviour was influenced by hour of day, being less active at the midday hours. During dark hours rabbit does more frequently performed restless behaviour such as hyperactivity or nursing, matching the time at which rabbit does spent more time on the platform. The platform was frequently used by rabbit does, independent of their physiological state, and during late lactation phase, when mothers were not receptive to nursing, does housed in alternative cages used the platform as a mean to flee from kids trying to suckle. The use of the platform might lead to hygienic problems due to retained faeces on the platform and faeces and urine falling onto animals located in the lower part of the cage. Stereotypies were not observed in any housing system, therefore conventional cages do not suggest lack of animal welfare. In experiment 2, it was compared the results of different simplified sampling methods of behavioural data with respect to reference records of 24-h in order to assess rabbit does behaviours at different physiological stages (gestation and lactation) in animals housed in two types of cages (conventional and alternative). A total of 576 h of continuous video of 12 rabbit does at the end of lactation and on the same females after weaning were analysed. The behavioural observations were studied using three independent categories of classification (location in the cage, posture and functional behaviours). Continuous behavioural recordings of 24 h were considered as the reference method to validate another 4 sampling methods of data collection by aggregated video recordings of different frequency and duration (regular short and long methods with 2.4 and 8 h of observation respectively, and irregular short and long methods with 6 and 8 h of observation, respectively). The current results showed that, independently of housing system, the best method to reduce the total observation time required to assess rabbit does behaviour depends on the trait studied and physiological stage of does. In gestating does, irregular methods were not suitable to estimate behaviours of long duration such as lying, sitting, resting and grooming. However, in both physiological stages, regular methods were accurate for location behaviours, postures and functional behaviours of long duration. Instead, for the study of infrequent behaviours performed mainly during dark period, where coefficients of variation were high, the irregular long method led to the lowest mean estimation errors. In experiment 3, the effects of the combined use of long lactation periods (46 days) with alternative cages on the reproductive and growth performance of 104 rabbit does and their litters during five consecutive reproductive cycles were studied. Half of does were housed in conventional polyvalent cages (39 cm x 100 cm x 30 cm) and the other half in alternative polyvalent cages (39 cm x 100 cm x 60 cm), with a raised platform. Half of the rabbit does in each type of cages were weaned at 32 and the other half at 46 days after parturition. Longer lactations affected negatively to body weight (P<0.001), fat and energy content (P<0.05) of rabbit does at the end of the lactation period, but this effect decreased with the number of parturitions. Fertility, prolificacy and doe mortality were not affected by lactation length. Late weaning led to higher litter size (by 8.9 %) and litter weight (by 11.3 %) at the end of growing period and lower feed conversion ratio per cage during the overall experimental period (13.5 %) than standard weaning (P<0.001). These results were parallels to a lower mortality (12.6 vs 17.6 %; P<0.05) of young rabbit weaned later during the overall experimental period. Differences in performances at different weaning ages were only observed during cycles with worst health status (third and fifth cycles) in which late weaning decreased mortality. Type of cage did not affect doe body weight and body condition, mortality, fertility, prolificacy and litter size during the five firsts reproductive cycles. Nevertheless, at day 21 litter weight and feed conversion ratio were 4.2 % higher (P<0.001) and 5.0 % lower (P<0.005) in animals housed in alternative than in conventional cages. Alternative cages also led to heavier litters at 59 days (P<0.01); however, this effect was influenced by density reached in each cycle, as when the density of animals was lower than 40 kg/m2 (cycles three and five), the difference of litter weight between alternative and conventional cages was not significant. From the results obtained it can be concluded that the combined use of longer lactations and cages with higher available surface with a raised platform could be an alternative to improve animal welfare in some productive situations.

Trust-ware: A Methodology to Analyze, Design, and Secure Trust and Reputation Systems

Entendemos por inteligencia colectiva una forma de inteligencia que surge de la colaboración y la participación de varios individuos o, siendo más estrictos, varias entidades. En base a esta sencilla definición podemos observar que este concepto es campo de estudio de las más diversas disciplinas como pueden ser la sociología, las tecnologías de la información o la biología, atendiendo cada una de ellas a un tipo de entidades diferentes: seres humanos, elementos de computación o animales. Como elemento común podríamos indicar que la inteligencia colectiva ha tenido como objetivo el ser capaz de fomentar una inteligencia de grupo que supere a la inteligencia individual de las entidades que lo forman a través de mecanismos de coordinación, cooperación, competencia, integración, diferenciación, etc. Sin embargo, aunque históricamente la inteligencia colectiva se ha podido desarrollar de forma paralela e independiente en las distintas disciplinas que la tratan, en la actualidad, los avances en las tecnologías de la información han provocado que esto ya no sea suficiente. Hoy en día seres humanos y máquinas a través de todo tipo de redes de comunicación e interfaces, conviven en un entorno en el que la inteligencia colectiva ha cobrado una nueva dimensión: ya no sólo puede intentar obtener un comportamiento superior al de sus entidades constituyentes sino que ahora, además, estas inteligencias individuales son completamente diferentes unas de otras y aparece por lo tanto el doble reto de ser capaces de gestionar esta gran heterogeneidad y al mismo tiempo ser capaces de obtener comportamientos aún más inteligentes gracias a las sinergias que los distintos tipos de inteligencias pueden generar. Dentro de las áreas de trabajo de la inteligencia colectiva existen varios campos abiertos en los que siempre se intenta obtener unas prestaciones superiores a las de los individuos. Por ejemplo: consciencia colectiva, memoria colectiva o sabiduría colectiva. Entre todos estos campos nosotros nos centraremos en uno que tiene presencia en la práctica totalidad de posibles comportamientos inteligentes: la toma de decisiones. El campo de estudio de la toma de decisiones es realmente amplio y dentro del mismo la evolución ha sido completamente paralela a la que citábamos anteriormente en referencia a la inteligencia colectiva. En primer lugar se centró en el individuo como entidad decisoria para posteriormente desarrollarse desde un punto de vista social, institucional, etc. La primera fase dentro del estudio de la toma de decisiones se basó en la utilización de paradigmas muy sencillos: análisis de ventajas e inconvenientes, priorización basada en la maximización de algún parámetro del resultado, capacidad para satisfacer los requisitos de forma mínima por parte de las alternativas, consultas a expertos o entidades autorizadas o incluso el azar. Sin embargo, al igual que el paso del estudio del individuo al grupo supone una nueva dimensión dentro la inteligencia colectiva la toma de decisiones colectiva supone un nuevo reto en todas las disciplinas relacionadas. Además, dentro de la decisión colectiva aparecen dos nuevos frentes: los sistemas de decisión centralizados y descentralizados. En el presente proyecto de tesis nos centraremos en este segundo, que es el que supone una mayor atractivo tanto por las posibilidades de generar nuevo conocimiento y trabajar con problemas abiertos actualmente así como en lo que respecta a la aplicabilidad de los resultados que puedan obtenerse. Ya por último, dentro del campo de los sistemas de decisión descentralizados existen varios mecanismos fundamentales que dan lugar a distintas aproximaciones a la problemática propia de este campo. Por ejemplo el liderazgo, la imitación, la prescripción o el miedo. Nosotros nos centraremos en uno de los más multidisciplinares y con mayor capacidad de aplicación en todo tipo de disciplinas y que, históricamente, ha demostrado que puede dar lugar a prestaciones muy superiores a otros tipos de mecanismos de decisión descentralizados: la confianza y la reputación. Resumidamente podríamos indicar que confianza es la creencia por parte de una entidad que otra va a realizar una determinada actividad de una forma concreta. En principio es algo subjetivo, ya que la confianza de dos entidades diferentes sobre una tercera no tiene porqué ser la misma. Por otro lado, la reputación es la idea colectiva (o evaluación social) que distintas entidades de un sistema tiene sobre otra entidad del mismo en lo que respecta a un determinado criterio. Es por tanto una información de carácter colectivo pero única dentro de un sistema, no asociada a cada una de las entidades del sistema sino por igual a todas ellas. En estas dos sencillas definiciones se basan la inmensa mayoría de sistemas colectivos. De hecho muchas disertaciones indican que ningún tipo de organización podría ser viable de no ser por la existencia y la utilización de los conceptos de confianza y reputación. A partir de ahora, a todo sistema que utilice de una u otra forma estos conceptos lo denominaremos como sistema de confianza y reputación (o TRS, Trust and Reputation System). Sin embargo, aunque los TRS son uno de los aspectos de nuestras vidas más cotidianos y con un mayor campo de aplicación, el conocimiento que existe actualmente sobre ellos no podría ser más disperso. Existen un gran número de trabajos científicos en todo tipo de áreas de conocimiento: filosofía, psicología, sociología, economía, política, tecnologías de la información, etc. Pero el principal problema es que no existe una visión completa de la confianza y reputación en su sentido más amplio. Cada disciplina focaliza sus estudios en unos aspectos u otros dentro de los TRS, pero ninguna de ellas trata de explotar el conocimiento generado en el resto para mejorar sus prestaciones en su campo de aplicación concreto. Aspectos muy detallados en algunas áreas de conocimiento son completamente obviados por otras, o incluso aspectos tratados por distintas disciplinas, al ser estudiados desde distintos puntos de vista arrojan resultados complementarios que, sin embargo, no son aprovechados fuera de dichas áreas de conocimiento. Esto nos lleva a una dispersión de conocimiento muy elevada y a una falta de reutilización de metodologías, políticas de actuación y técnicas de una disciplina a otra. Debido su vital importancia, esta alta dispersión de conocimiento se trata de uno de los principales problemas que se pretenden resolver con el presente trabajo de tesis. Por otro lado, cuando se trabaja con TRS, todos los aspectos relacionados con la seguridad están muy presentes ya que muy este es un tema vital dentro del campo de la toma de decisiones. Además también es habitual que los TRS se utilicen para desempeñar responsabilidades que aportan algún tipo de funcionalidad relacionada con el mundo de la seguridad. Por último no podemos olvidar que el acto de confiar está indefectiblemente unido al de delegar una determinada responsabilidad, y que al tratar estos conceptos siempre aparece la idea de riesgo, riesgo de que las expectativas generadas por el acto de la delegación no se cumplan o se cumplan de forma diferente. Podemos ver por lo tanto que cualquier sistema que utiliza la confianza para mejorar o posibilitar su funcionamiento, por su propia naturaleza, es especialmente vulnerable si las premisas en las que se basa son atacadas. En este sentido podemos comprobar (tal y como analizaremos en más detalle a lo largo del presente documento) que las aproximaciones que realizan las distintas disciplinas que tratan la violación de los sistemas de confianza es de lo más variado. únicamente dentro del área de las tecnologías de la información se ha intentado utilizar alguno de los enfoques de otras disciplinas de cara a afrontar problemas relacionados con la seguridad de TRS. Sin embargo se trata de una aproximación incompleta y, normalmente, realizada para cumplir requisitos de aplicaciones concretas y no con la idea de afianzar una base de conocimiento más general y reutilizable en otros entornos. Con todo esto en cuenta, podemos resumir contribuciones del presente trabajo de tesis en las siguientes. • La realización de un completo análisis del estado del arte dentro del mundo de la confianza y la reputación que nos permite comparar las ventajas e inconvenientes de las diferentes aproximación que se realizan a estos conceptos en distintas áreas de conocimiento. • La definición de una arquitectura de referencia para TRS que contempla todas las entidades y procesos que intervienen en este tipo de sistemas. • La definición de un marco de referencia para analizar la seguridad de TRS. Esto implica tanto identificar los principales activos de un TRS en lo que respecta a la seguridad, así como el crear una tipología de posibles ataques y contramedidas en base a dichos activos. • La propuesta de una metodología para el análisis, el diseño, el aseguramiento y el despliegue de un TRS en entornos reales. Adicionalmente se exponen los principales tipos de aplicaciones que pueden obtenerse de los TRS y los medios para maximizar sus prestaciones en cada una de ellas. • La generación de un software que permite simular cualquier tipo de TRS en base a la arquitectura propuesta previamente. Esto permite evaluar las prestaciones de un TRS bajo una determinada configuración en un entorno controlado previamente a su despliegue en un entorno real. Igualmente es de gran utilidad para evaluar la resistencia a distintos tipos de ataques o mal-funcionamientos del sistema. Además de las contribuciones realizadas directamente en el campo de los TRS, hemos realizado aportaciones originales a distintas áreas de conocimiento gracias a la aplicación de las metodologías de análisis y diseño citadas con anterioridad. • Detección de anomalías térmicas en Data Centers. Hemos implementado con éxito un sistema de deteción de anomalías térmicas basado en un TRS. Comparamos la detección de prestaciones de algoritmos de tipo Self-Organized Maps (SOM) y Growing Neural Gas (GNG). Mostramos como SOM ofrece mejores resultados para anomalías en los sistemas de refrigeración de la sala mientras que GNG es una opción más adecuada debido a sus tasas de detección y aislamiento para casos de anomalías provocadas por una carga de trabajo excesiva. • Mejora de las prestaciones de recolección de un sistema basado en swarm computing y odometría social. Gracias a la implementación de un TRS conseguimos mejorar las capacidades de coordinación de una red de robots autónomos distribuidos. La principal contribución reside en el análisis y la validación de las mejoras increméntales que pueden conseguirse con la utilización apropiada de la información existente en el sistema y que puede ser relevante desde el punto de vista de un TRS, y con la implementación de algoritmos de cálculo de confianza basados en dicha información. • Mejora de la seguridad de Wireless Mesh Networks contra ataques contra la integridad, la confidencialidad o la disponibilidad de los datos y / o comunicaciones soportadas por dichas redes. • Mejora de la seguridad de Wireless Sensor Networks contra ataques avanzamos, como insider attacks, ataques desconocidos, etc. Gracias a las metodologías presentadas implementamos contramedidas contra este tipo de ataques en entornos complejos. En base a los experimentos realizados, hemos demostrado que nuestra aproximación es capaz de detectar y confinar varios tipos de ataques que afectan a los protocoles esenciales de la red. La propuesta ofrece unas velocidades de detección muy altas así como demuestra que la inclusión de estos mecanismos de actuación temprana incrementa significativamente el esfuerzo que un atacante tiene que introducir para comprometer la red. Finalmente podríamos concluir que el presente trabajo de tesis supone la generación de un conocimiento útil y aplicable a entornos reales, que nos permite la maximización de las prestaciones resultantes de la utilización de TRS en cualquier tipo de campo de aplicación. De esta forma cubrimos la principal carencia existente actualmente en este campo, que es la falta de una base de conocimiento común y agregada y la inexistencia de una metodología para el desarrollo de TRS que nos permita analizar, diseñar, asegurar y desplegar TRS de una forma sistemática y no artesanal y ad-hoc como se hace en la actualidad. ABSTRACT By collective intelligence we understand a form of intelligence that emerges from the collaboration and competition of many individuals, or strictly speaking, many entities. Based on this simple definition, we can see how this concept is the field of study of a wide range of disciplines, such as sociology, information science or biology, each of them focused in different kinds of entities: human beings, computational resources, or animals. As a common factor, we can point that collective intelligence has always had the goal of being able of promoting a group intelligence that overcomes the individual intelligence of the basic entities that constitute it. This can be accomplished through different mechanisms such as coordination, cooperation, competence, integration, differentiation, etc. Collective intelligence has historically been developed in a parallel and independent way among the different disciplines that deal with it. However, this is not enough anymore due to the advances in information technologies. Nowadays, human beings and machines coexist in environments where collective intelligence has taken a new dimension: we yet have to achieve a better collective behavior than the individual one, but now we also have to deal with completely different kinds of individual intelligences. Therefore, we have a double goal: being able to deal with this heterogeneity and being able to get even more intelligent behaviors thanks to the synergies that the different kinds of intelligence can generate. Within the areas of collective intelligence there are several open topics where they always try to get better performances from groups than from the individuals. For example: collective consciousness, collective memory, or collective wisdom. Among all these topics we will focus on collective decision making, that has influence in most of the collective intelligent behaviors. The field of study of decision making is really wide, and its evolution has been completely parallel to the aforementioned collective intelligence. Firstly, it was focused on the individual as the main decision-making entity, but later it became involved in studying social and institutional groups as basic decision-making entities. The first studies within the decision-making discipline were based on simple paradigms, such as pros and cons analysis, criteria prioritization, fulfillment, following orders, or even chance. However, in the same way that studying the community instead of the individual meant a paradigm shift within collective intelligence, collective decision-making means a new challenge for all the related disciplines. Besides, two new main topics come up when dealing with collective decision-making: centralized and decentralized decision-making systems. In this thesis project we focus in the second one, because it is the most interesting based on the opportunities to generate new knowledge and deal with open issues in this area, as well as these results can be put into practice in a wider set of real-life environments. Finally, within the decentralized collective decision-making systems discipline, there are several basic mechanisms that lead to different approaches to the specific problems of this field, for example: leadership, imitation, prescription, or fear. We will focus on trust and reputation. They are one of the most multidisciplinary concepts and with more potential for applying them in every kind of environments. Besides, they have historically shown that they can generate better performance than other decentralized decision-making mechanisms. Shortly, we say trust is the belief of one entity that the outcome of other entities’ actions is going to be in a specific way. It is a subjective concept because the trust of two different entities in another one does not have to be the same. Reputation is the collective idea (or social evaluation) that a group of entities within a system have about another entity based on a specific criterion. Thus, it is a collective concept in its origin. It is important to say that the behavior of most of the collective systems are based on these two simple definitions. In fact, a lot of articles and essays describe how any organization would not be viable if the ideas of trust and reputation did not exist. From now on, we call Trust an Reputation System (TRS) to any kind of system that uses these concepts. Even though TRSs are one of the most common everyday aspects in our lives, the existing knowledge about them could not be more dispersed. There are thousands of scientific works in every field of study related to trust and reputation: philosophy, psychology, sociology, economics, politics, information sciences, etc. But the main issue is that a comprehensive vision of trust and reputation for all these disciplines does not exist. Every discipline focuses its studies on a specific set of topics but none of them tries to take advantage of the knowledge generated in the other disciplines to improve its behavior or performance. Detailed topics in some fields are completely obviated in others, and even though the study of some topics within several disciplines produces complementary results, these results are not used outside the discipline where they were generated. This leads us to a very high knowledge dispersion and to a lack in the reuse of methodologies, policies and techniques among disciplines. Due to its great importance, this high dispersion of trust and reputation knowledge is one of the main problems this thesis contributes to solve. When we work with TRSs, all the aspects related to security are a constant since it is a vital aspect within the decision-making systems. Besides, TRS are often used to perform some responsibilities related to security. Finally, we cannot forget that the act of trusting is invariably attached to the act of delegating a specific responsibility and, when we deal with these concepts, the idea of risk is always present. This refers to the risk of generated expectations not being accomplished or being accomplished in a different way we anticipated. Thus, we can see that any system using trust to improve or enable its behavior, because of its own nature, is especially vulnerable if the premises it is based on are attacked. Related to this topic, we can see that the approaches of the different disciplines that study attacks of trust and reputation are very diverse. Some attempts of using approaches of other disciplines have been made within the information science area of knowledge, but these approaches are usually incomplete, not systematic and oriented to achieve specific requirements of specific applications. They never try to consolidate a common base of knowledge that could be reusable in other context. Based on all these ideas, this work makes the following direct contributions to the field of TRS: • The compilation of the most relevant existing knowledge related to trust and reputation management systems focusing on their advantages and disadvantages. • We define a generic architecture for TRS, identifying the main entities and processes involved. • We define a generic security framework for TRS. We identify the main security assets and propose a complete taxonomy of attacks for TRS. • We propose and validate a methodology to analyze, design, secure and deploy TRS in real-life environments. Additionally we identify the principal kind of applications we can implement with TRS and how TRS can provide a specific functionality. • We develop a software component to validate and optimize the behavior of a TRS in order to achieve a specific functionality or performance. In addition to the contributions made directly to the field of the TRS, we have made original contributions to different areas of knowledge thanks to the application of the analysis, design and security methodologies previously presented: • Detection of thermal anomalies in Data Centers. Thanks to the application of the TRS analysis and design methodologies, we successfully implemented a thermal anomaly detection system based on a TRS.We compare the detection performance of Self-Organized- Maps and Growing Neural Gas algorithms. We show how SOM provides better results for Computer Room Air Conditioning anomaly detection, yielding detection rates of 100%, in training data with malfunctioning sensors. We also show that GNG yields better detection and isolation rates for workload anomaly detection, reducing the false positive rate when compared to SOM. • Improving the performance of a harvesting system based on swarm computing and social odometry. Through the implementation of a TRS, we achieved to improve the ability of coordinating a distributed network of autonomous robots. The main contribution lies in the analysis and validation of the incremental improvements that can be achieved with proper use information that exist in the system and that are relevant for the TRS, and the implementation of the appropriated trust algorithms based on such information. • Improving Wireless Mesh Networks security against attacks against the integrity, confidentiality or availability of data and communications supported by these networks. Thanks to the implementation of a TRS we improved the detection time rate against these kind of attacks and we limited their potential impact over the system. • We improved the security of Wireless Sensor Networks against advanced attacks, such as insider attacks, unknown attacks, etc. Thanks to the TRS analysis and design methodologies previously described, we implemented countermeasures against such attacks in a complex environment. In our experiments we have demonstrated that our system is capable of detecting and confining various attacks that affect the core network protocols. We have also demonstrated that our approach is capable of rapid attack detection. Also, it has been proven that the inclusion of the proposed detection mechanisms significantly increases the effort the attacker has to introduce in order to compromise the network. Finally we can conclude that, to all intents and purposes, this thesis offers a useful and applicable knowledge in real-life environments that allows us to maximize the performance of any system based on a TRS. Thus, we deal with the main deficiency of this discipline: the lack of a common and complete base of knowledge and the lack of a methodology for the development of TRS that allow us to analyze, design, secure and deploy TRS in a systematic way.

Implementing fully homomorphic encryption schemes in FPGA-based systems

LLas nuevas tecnologías orientadas a la nube, el internet de las cosas o las tendencias "as a service" se basan en el almacenamiento y procesamiento de datos en servidores remotos. Para garantizar la seguridad en la comunicación de dichos datos al servidor remoto, y en el manejo de los mismos en dicho servidor, se hace uso de diferentes esquemas criptográficos. Tradicionalmente, dichos sistemas criptográficos se centran en encriptar los datos mientras no sea necesario procesarlos (es decir, durante la comunicación y almacenamiento de los mismos). Sin embargo, una vez es necesario procesar dichos datos encriptados (en el servidor remoto), es necesario desencriptarlos, momento en el cual un intruso en dicho servidor podría a acceder a datos sensibles de usuarios del mismo. Es más, este enfoque tradicional necesita que el servidor sea capaz de desencriptar dichos datos, teniendo que confiar en la integridad de dicho servidor de no comprometer los datos. Como posible solución a estos problemas, surgen los esquemas de encriptación homomórficos completos. Un esquema homomórfico completo no requiere desencriptar los datos para operar con ellos, sino que es capaz de realizar las operaciones sobre los datos encriptados, manteniendo un homomorfismo entre el mensaje cifrado y el mensaje plano. De esta manera, cualquier intruso en el sistema no podría robar más que textos cifrados, siendo imposible un robo de los datos sensibles sin un robo de las claves de cifrado. Sin embargo, los esquemas de encriptación homomórfica son, actualmente, drás-ticamente lentos comparados con otros esquemas de encriptación clásicos. Una op¬eración en el anillo del texto plano puede conllevar numerosas operaciones en el anillo del texto encriptado. Por esta razón, están surgiendo distintos planteamientos sobre como acelerar estos esquemas para un uso práctico. Una de las propuestas para acelerar los esquemas homomórficos consiste en el uso de High-Performance Computing (HPC) usando FPGAs (Field Programmable Gate Arrays). Una FPGA es un dispositivo semiconductor que contiene bloques de lógica cuya interconexión y funcionalidad puede ser reprogramada. Al compilar para FPGAs, se genera un circuito hardware específico para el algorithmo proporcionado, en lugar de hacer uso de instrucciones en una máquina universal, lo que supone una gran ventaja con respecto a CPUs. Las FPGAs tienen, por tanto, claras difrencias con respecto a CPUs: -Arquitectura en pipeline: permite la obtención de outputs sucesivos en tiempo constante -Posibilidad de tener multiples pipes para computación concurrente/paralela. Así, en este proyecto: -Se realizan diferentes implementaciones de esquemas homomórficos en sistemas basados en FPGAs. -Se analizan y estudian las ventajas y desventajas de los esquemas criptográficos en sistemas basados en FPGAs, comparando con proyectos relacionados. -Se comparan las implementaciones con trabajos relacionados New cloud-based technologies, the internet of things or "as a service" trends are based in data storage and processing in a remote server. In order to guarantee a secure communication and handling of data, cryptographic schemes are used. Tradi¬tionally, these cryptographic schemes focus on guaranteeing the security of data while storing and transferring it, not while operating with it. Therefore, once the server has to operate with that encrypted data, it first decrypts it, exposing unencrypted data to intruders in the server. Moreover, the whole traditional scheme is based on the assumption the server is reliable, giving it enough credentials to decipher data to process it. As a possible solution for this issues, fully homomorphic encryption(FHE) schemes is introduced. A fully homomorphic scheme does not require data decryption to operate, but rather operates over the cyphertext ring, keeping an homomorphism between the cyphertext ring and the plaintext ring. As a result, an outsider could only obtain encrypted data, making it impossible to retrieve the actual sensitive data without its associated cypher keys. However, using homomorphic encryption(HE) schemes impacts performance dras-tically, slowing it down. One operation in the plaintext space can lead to several operations in the cyphertext space. Because of this, different approaches address the problem of speeding up these schemes in order to become practical. One of these approaches consists in the use of High-Performance Computing (HPC) using FPGAs (Field Programmable Gate Array). An FPGA is an integrated circuit designed to be configured by a customer or a designer after manufacturing - hence "field-programmable". Compiling into FPGA means generating a circuit (hardware) specific for that algorithm, instead of having an universal machine and generating a set of machine instructions. FPGAs have, thus, clear differences compared to CPUs: - Pipeline architecture, which allows obtaining successive outputs in constant time. -Possibility of having multiple pipes for concurrent/parallel computation. Thereby, In this project: -We present different implementations of FHE schemes in FPGA-based systems. -We analyse and study advantages and drawbacks of the implemented FHE schemes, compared to related work.

Spectral study and classification of worldwide locations considering several multijunction solar cell technologies

Multi-junction solar cells are widely used in high-concentration photovoltaic systems (HCPV) attaining the highest efficiencies in photovoltaic energy generation. This technology is more dependent on the spectral variations of the impinging Direct Normal Irradiance (DNI) than conventional photovoltaics based on silicon solar cells and consequently demands a deeper knowledge of the solar resource characteristics. This article explores the capabilities of spectral indexes, namely, spectral matching ratios (SMR), to spectrally characterize the annual irradiation reaching a particular location on the Earth and to provide the necessary information for the spectral optimization of a MJ solar cell in that location as a starting point for CPV module spectral tuning. Additionally, the relationship between such indexes and the atmosphere parameters, such as the aerosol optical depth (AOD), precipitable water (PW), and air mass (AM), is discussed using radiative transfer models such as SMARTS to generate the spectrally-resolved DNI. The network of ground-based sun and sky-scanning radiometers AERONET (AErosol RObotic NETwork) is exploited to obtain the atmosphere parameters for a selected bunch of 34 sites worldwide. Finally, the SMR indexes are obtained for every location, and a comparative analysis is carried out for four architectures of triple junction solar cells, covering both lattice match and metamorphic technologies. The differences found among cell technologies are much less significant than among locations.

Introduction to Special issue on Reconfigurable computing and FPGAs

During the last three decades, FPGA technology has quickly evolved to become a major subject of research in computer and electrical engineering as it has been identified as a powerful alternative for creating highly efficient computing systems. FPGA devices offer substantial performance improvements when compared against traditional processing architectures via custom design and reconfiguration capabilities.

Stability threshold approach for complex dynamical systems

Acknowledgments This paper was developed within the scope of the IRTG 1740/TRP 2011/50151-0, funded by the DFG/FAPESP, and supported by the Government of the Russian Federation (Agreement No. 14.Z50.31.0033 with the Institute of Applied Physics RAS). The first author thanks Dr Roman Ovsyannikov for valuable discussions regarding estimation of the mistake probability.

Phylogeny of genes for secretion NTPases: Identification of the widespread tadA subfamily and development of a diagnostic key for gene classification

Macromolecular transport systems in bacteria currently are classified by function and sequence comparisons into five basic types. In this classification system, type II and type IV secretion systems both possess members of a superfamily of genes for putative NTP hydrolase (NTPase) proteins that are strikingly similar in structure, function, and sequence. These include VirB11, TrbB, TraG, GspE, PilB, PilT, and ComG1. The predicted protein product of tadA, a recently discovered gene required for tenacious adherence of Actinobacillus actinomycetemcomitans, also has significant sequence similarity to members of this superfamily and to several unclassified and uncharacterized gene products of both Archaea and Bacteria. To understand the relationship of tadA and tadA-like genes to those encoding the putative NTPases of type II/IV secretion, we used a phylogenetic approach to obtain a genealogy of 148 NTPase genes and reconstruct a scenario of gene superfamily evolution. In this phylogeny, clear distinctions can be made between type II and type IV families and their constituent subfamilies. In addition, the subgroup containing tadA constitutes a novel and extremely widespread subfamily of the family encompassing all putative NTPases of type IV secretion systems. We report diagnostic amino acid residue positions for each major monophyletic family and subfamily in the phylogenetic tree, and we propose an easy method for precisely classifying and naming putative NTPase genes based on phylogeny. This molecular key-based method can be applied to other gene superfamilies and represents a valuable tool for genome analysis.