Insights into mechanism kinematics for protein motion simulation

Background: The high demanding computational requirements necessary to carry out protein motion simulations make it difficult to obtain information related to protein motion. On the one hand, molecular dynamics simulation requires huge computational resources to achieve satisfactory motion simulations. On the other hand, less accurate procedures such as interpolation methods, do not generate realistic morphs from the kinematic point of view. Analyzing a protein's movement is very similar to serial robots; thus, it is possible to treat the protein chain as a serial mechanism composed of rotational degrees of freedom. Recently, based on this hypothesis, new methodologies have arisen, based on mechanism and robot kinematics, to simulate protein motion. Probabilistic roadmap method, which discretizes the protein configurational space against a scoring function, or the kinetostatic compliance method that minimizes the torques that appear in bonds, aim to simulate protein motion with a reduced computational cost. Results: In this paper a new viewpoint for protein motion simulation, based on mechanism kinematics is presented. The paper describes a set of methodologies, combining different techniques such as structure normalization normalization processes, simulation algorithms and secondary structure detection procedures. The combination of all these procedures allows to obtain kinematic morphs of proteins achieving a very good computational cost-error rate, while maintaining the biological meaning of the obtained structures and the kinematic viability of the obtained motion. Conclusions: The procedure presented in this paper, implements different modules to perform the simulation of the conformational change suffered by a protein when exerting its function. The combination of a main simulation procedure assisted by a secondary structure process, and a side chain orientation strategy, allows to obtain a fast and reliable simulations of protein motion.

A interpretação filosófica da mecânica quântica de Werner Heisenberg: ontologia matemática e a crise nos fundamentos da lógica clássica

Qual a Filosofia da Natureza que podemos inferir da Física Contemporânea? Para Werner Karl Heisenberg, prêmio Nobel de Física de 1932, a ontologia da Ciência Moderna, estruturada no materialismo, no mecanicismo e no determinismo já não pode servir de fundamento para a nova Física. Esta requer uma nova base ontológica, onde o antirrealismo, seguido de um formalismo puro, aparece como o princípio basilar de uma nova Filosofia Natural. Este trabalho visa investigar o pensamento filosófico, a ontologia antirrealista, formalista, a abordagem da tradição filosófica e da história da ciência de Werner Heisenberg e sua contribuição para a interpretação da mecânica quântica.

Thermodynamic damage mechanism of transparent films caused by a low-power laser

A new model for analyzing the laser-induced damage process is provided. In many damage pits, the melted residue can been found. This is evidence of the phase change of materials. Therefore the phase change of materials is incorporated into the mechanical damage mechanism of films. Three sequential stages are discussed: no phase change, liquid phase change, and gas phase change. To study the damage mechanism and process, two kinds of stress have been considered: thermal stress and deformation stress. The former is caused by the temperature gradient and the latter is caused by high-pressure drive deformation. The theory described can determine the size of the damage pit. (c) 2006 Optical Society of America.

Development in laser induced extrinsic absorption damage mechanism of dielectric films

Absorption of host and the temperature-dependence of absorption coefficient have been considered in evaluating temperatures distribution in films, when laser pulse irradiates on films. Absorption of dielectric materials experience three stages with the increase of temperature: multi-photon absorption; single photon absorption; metallic absorption. These different absorption mechanisms correspond to different band gap energies of materials, which will decrease when the temperature of materials increases. evaluating results indicate that absorption of host increases rapidly when the laser pulse will be over. If absorption of host and the temperature-dependence of absorption are considered, the material temperatures in films will be increased by a factor of four.

Mechanism initiated by nanoabsorber for UV nanosecond-pulse-driven damage of dielectric coatings

A model of plasma formation induced by UV nanosecond pulselaser interaction with SiO2 thin film based on nanoabsorber is proposed. The model considers the temperature dependence of band gap. The numerical results show that during the process of nanosecond pulsed-laser interaction with SiO2 thin film, foreign inclusion which absorbs a fraction of incident radiation heats the surrounding host material through heat conduction causing the decrease of the band gap and consequently, the transformation of the initial transparent matrix into an absorptive medium around the inclusion, thus facilitates optical damage. Qualitative comparison with experiments is also provided. (C) 2008 Optical Society of America.

Imputação múltipla de dados faltantes: exemplo de aplicação no Estudo Pró-Saúde

Dados faltantes são um problema comum em estudos epidemiológicos e, dependendo da forma como ocorrem, as estimativas dos parâmetros de interesse podem estar enviesadas. A literatura aponta algumas técnicas para se lidar com a questão, e, a imputação múltipla vem recebendo destaque nos últimos anos. Esta dissertação apresenta os resultados da utilização da imputação múltipla de dados no contexto do Estudo Pró-Saúde, um estudo longitudinal entre funcionários técnico-administrativos de uma universidade no Rio de Janeiro. No primeiro estudo, após simulação da ocorrência de dados faltantes, imputou-se a variável cor/raça das participantes, e aplicou-se um modelo de análise de sobrevivência previamente estabelecido, tendo como desfecho a história auto-relatada de miomas uterinos. Houve replicação do procedimento (100 vezes) para se determinar a distribuição dos coeficientes e erros-padrão das estimativas da variável de interesse. Apesar da natureza transversal dos dados aqui utilizados (informações da linha de base do Estudo Pró-Saúde, coletadas em 1999 e 2001), buscou-se resgatar a história do seguimento das participantes por meio de seus relatos, criando uma situação na qual a utilização do modelo de riscos proporcionais de Cox era possível. Nos cenários avaliados, a imputação demonstrou resultados satisfatórios, inclusive quando da avaliação de performance realizada. A técnica demonstrou um bom desempenho quando o mecanismo de ocorrência dos dados faltantes era do tipo MAR (Missing At Random) e o percentual de não-resposta era de 10%. Ao se imputar os dados e combinar as estimativas obtidas nos 10 bancos (m=10) gerados, o viés das estimativas era de 0,0011 para a categoria preta e 0,0015 para pardas, corroborando a eficiência da imputação neste cenário. Demais configurações também apresentaram resultados semelhantes. No segundo artigo, desenvolve-se um tutorial para aplicação da imputação múltipla em estudos epidemiológicos, que deverá facilitar a utilização da técnica por pesquisadores brasileiros ainda não familiarizados com o procedimento. São apresentados os passos básicos e decisões necessárias para se imputar um banco de dados, e um dos cenários utilizados no primeiro estudo é apresentado como exemplo de aplicação da técnica. Todas as análises foram conduzidas no programa estatístico R, versão 2.15 e os scripts utilizados são apresentados ao final do texto.

Study on the activation mechanism of BCL-2 related ovarian killer (BOK)

BCL-2 family proteins are key regulators of the mitochondrial apoptotic machinery, controlling the mitochondrial outer membrane (MOM) permeabilization (MOMP). BCL-2 related Ovarian Killer (BOK) is a poorly understood pro-apoptotic member of this protein family. It has been reported that BOK localizes predominantly (although not exclusively) at membranes of the endoplasmic reticulum and of the Golgi apparatus. However, it is unclear whether BOK also operates at the MOM to promote apoptosis, as other pro-apoptotic BCL-2 family members do. Basing on the fact that the other two BAX-like pro-apoptotic members have been reported to oligomerize in order to induce MOMP, site-directed mutagenesis was used to generate two point mutations that predictably eliminated BOK’s oligomerization capacity. Then, the effect of such mutations on BOK’s membrane activity was examined using fluorescence spectroscopy.

Análise de desempenho de redes p2p com protocolo push/pull para distribuição de vídeo na presença de nós não-cooperativos.

O uso de Internet para a distribuição de fluxos de vídeo tem se mostrado uma tendência atual e traz consigo grandes desafios. O alicerce sobre qual a Internet está fundamentada, comutação por pacotes e arquitetura cliente-servidor, não proporciona as melhores condições para este tipo de serviço. A arquitetura P2P (peer-to-peer) vem sendo considerada como infraestrutura para a distribuição de fluxos de vídeo na Internet. A idéia básica da distribuição de vídeo com o suporte de P2P é a de que os vários nós integrantes da rede sobreposta distribuem e encaminham pedaços de vídeo de forma cooperativa, dividindo as tarefas, e colocando à disposição da rede seus recursos locais. Dentro deste contexto, é importante investigar o que ocorre com a qualidade do serviço de distribuição de vídeo quando a infraestrutura provida pelas redes P2P é contaminada por nós que não estejam dispostos a cooperar, já que a base desta arquitetura é a cooperação. Neste trabalho, inicialmente é feito um estudo para verificar o quanto a presença de nós não-cooperativos pode afetar a qualidade da aplicação de distribuição de fluxo de vídeo em uma rede P2P. Com base nos resultados obtidos, é proposto um mecanismo de incentivo à cooperação para que seja garantida uma boa qualidade de vídeo aos nós cooperativos e alguma punição aos nós não-cooperativos. Os testes e avaliações foram realizados utilizando-se o simulador PeerSim.